TUGAS MATAKULIAH TEKNOLOGI PRODUKSI BENIH INDEXING

Oleh YOHAN PRASETYO 0910483078

PROGAM STUDI AGROEKOTEKNOLOGI FAKULTAS PERTANIAN UNIVERSITAS BRAWIJAYA MALANG 2011

Indexing ialah proses identifikasi tanaman yang bertujuan untuk mengetahui adanya virus atau pathogen sistemik pada tanaman dan atau jaringan tanaman. Secara tidak langsung indexing juga dapat dikatakan sebagai upaya untuk membedakan antara tanaman yang sehat dengan tanaman yang terkena penyakit. Secara umum ada empat metode indeksing: Polymerase Chain Reaction (PCR), Enzym Linked Immunosorbent Assay (ELISA), Analisa DNA dengan Polyacrilamid gel elektroforesis, dan Metode Uji Tanaman Indikator. 1. Polymerase Chain Reaction (PCR) Secara sederhana, teknik PCR dilakukan dengan mencampurkan sampel DNA dengan primer oligonukleotida trifosfat (dNTP), enzim termostabil Taq DNA polimerase dalam larutan DNA yang sesuai ; dan kemudian menaikan dan menurunkan suhu campuran secara berulang dalam beberapa puluh siklus hingga akhirnya diperoleh jumlah sekuens DNA yang diinginkan. Aplikasi metode PCR pada tanaman jeruk yaitu: Entres jeruk keprok garut diambil dari Garut. Agar entres yang diambil bebas CPVD, dipakai teknik shoot tip grafting alias sambung tunas pucuk. Hasilnya spektrum cahaya yang menunjukkan DNA sehat atau terkena penyakit. Spektrum cahaya seperti terbakar berarti bibit jeruk sudah terinfeksi. 2. Enzym Linked Immunosorbent Assay (ELISA) Yaitu sebagai salah satu metode serologi sering digunakan untuk mendeteksi virus tungro karena mudah dilakukan, cepat, sensitif, akurat dan dapat digunakan untuk menguji sampel dalam jumlah besar. Dalam uji ELISA ada beberapa cara yang digunakan yaitu indirect ELISA, double antibody sandwich ELISA (OAS ELISA), OAS-ELISA protocol, F (ab')2 indirect ELISA dan F (ab')2 ELISA protocol. Aplikasi ELISA dalam bidang pertanian Aplikasi ELISA dalam bidang pertanian yaitu untuk mendeteksi adanya penyakit prunus necritic ring-spot virus (PNRSV) pada tanaman mawar. PNRSV dapat dideteksi dengan metode Enzime Linked imuno Sorbent Assay (ELISA) secara langsung. Prinsip kerja ELISA yaitu : Antibodi (protein) virus yang spesifik terabsorbansi pada permukaan lubang. 3. Metode Uji Tanaman Indikator

Metode ini sangat sederhana yaitu hanya mengamati dan mencocokkan antara tanaman yang sehat dengan tanaman yang sudah terinfeksi pathogen. Aplikasi Metode Uji Tanaman Indikator Pada Jeruk Aplikasi metode uji tanaman indicator pada jeruk misalnya yaityu akibat serangan Citrus Tatter Leaf Virus = CTLV . Indeksing dapat dilakukan dengan tanaman indikator jenis Citrus excelsa, Troyer, Carrizo, Citrange (Poncirus trifoliate x Citrus sinensis) atau jeruk nipis. 4. Analisa DNA dengan Polyacrilamid gel elektroforesis Teknik ini sederhana, cepat terbentuk, dan mampu memisahkan campuran potongan DNA sesuai dengan ukurannya secara akurat, dibanding dengan densitas gradient sentrifugasi. DNA berupa bands-DNA pada gel agarose digunakan pewarna yang mengandung fluoresen dengan konsentrasi rendah, seperti intercalating agent ethidium bromide (EtBr). Gel poliakrilamid vs gel agaros 1. Gel Poliakrilamid Lebih effektif untuk pemisahan fragmen DNA antara 5-500bp, power: ekstrim tinggiu, kuran perbedaan DNA yang terpisah sampai 1bp, pembuatannya lebih sulit dibanding gel agarose, karena biasanya digunakan poliakrilamid dengan resolusi yang tinggi, medan gerak secara vertikal dan listriknya konstan. 2. Gel Agarose Power lebih rendah, Mempunyai laju pemisahan lebih cepat, Dapat memisahkan fragmen DNA antara 100bp 50kb tergantung dari konsentrasi gel agarose yang digunakan, medan gerak biasanya horisontal Electroforesis migration rate Elektroforesis migration rate selama DNA bergerak menembus gel agarose dipengaruhi oleh beberapa factor utama, sebagai berikut: Ukuran molekul DNA,Molekul yang lebih besar akan bergerak lebih lambat, missal DNA linier lebih cepat dibanding DNA sirkuler. Jarak migrasi molekul DNA pada gel adalah laju terbalik proporsional log-10 dari jumlah pasangan basa dan Konsentrasi gel agarose ,Fragmen DNA yang bervariasi ukuran molekulnya akan berberak sesuai dengan konsentrasi dari gel agarose yang digunakan. Rumusnya adalah: logQ=logQS-KrT dimana QS adalah free

electrophoresis mobility, Kr adalah retardation coefficient, dan Q adalah electrophoretic mobility DNA.

T adalah

gel konsentrasi serta