Istilah Limnologi pertama kali digunakan oleh seorang ilmuwan berkebangsaan Swiss (Franois Alfonse Forel) pada tahun

1892 yang mendefinisikan limnologi sebagai cabang ilmu yang mempelajari komponen biotik di perairan darat permukaan yang bersifat menggenang atau lentik. Tahun 1966, Dussart melengkapi definisi tersebut menjadi cabang ilmu yang mempelajari seluruh fenomena dan saling interaksi antar komponen biotik dan abiotik yang terjadi di dalamnya, baik pada ekosistem perairan darat permukaan yang tergenang (lentik) maupun pada perairan darat permukaan yang mengalir (lotik). Para ahli mencoba menyederhanakan pengertian limnologi ini dengan "ilmu yang mempelajari proses interaksi faktor fisika, kimia dan biologi dalam sistem perairan darat (inland waters), dimulai dari garis pantai ke arah darat", yang dimaksud adalah memberikan penekanan bahwa objek studinya adalah perairan tergenang dan mengalir yang berada di daratan. Ilmu limnologi selain mendeskripsikan sifat morfologis, tipe habitat, keaneka-ragaman hayati, dan proses-proses dasar yang terjadi di dalamnya, maka limnologi telah berkembang ke arah limnologi aplikasi, perekayasaan dan pemodelan proses yang terjadi pada sistem limnologis itu sendiri dengan tujuan untuk kemaslahatan hidup manusia. Berdasarkan definisi tersebut, maka objek kajian limnologi mencakup areal garapan yang meliputi biota (flora dan fauna) yang hidup di dalam badan air dan sedimennya, kualitas air serta tipe perairan atau bentuk cekungan morfologi perairan dan hidrodinamikanya (yang sangat mempengaruhi komunitas biota dan kualitas air). Lebih jauh lagi, karena perairan darat itu sangat terkait dengan daerah/kawasan yang berfungsi sebagai pensuplai airnya (Daerah Aliran Sungai=DAS), maka pengaruh aktivitas antropogenik di DAS masing-masing perairan darat itu pun termasuk dalam kajian cabang ilmu yang disebut limnologi. Seiring dengan peningkatan jumlah penduduk, areal pemukiman dan pertumbuhan industri yang menutupi daerah sekitar perairan, serta eksploitasi yang berlebihan terhadap sumber daya perairan itu, maka hal-hal tersebut menimbulkan polemik berkepanjangan bagi kehidupan manusia dewasa ini. Pusat Penelitian Limnologi LIPI lahir ketika persoalan-persoalan lingkungan tersebut

mulai dirasakan oleh manusia seperti pencemaran perairan yang tinggi, terjadinya eutrofikasi perairan, hilangnya plasma nutfah Indonesia, bencana banjir, dan lainlain. Tahun 1986 dengan Keputusan Presiden No. 1 Tahun 1986 lahirlah PUSAT PENELITIAN DAN PENGEMBANGAN LIMNOLOGI, sebuah lembaga penelitian di bawah LIPI untuk melakukan kajian-kajian ilmiah tentang seluruh aspek pada sistem perairan darat Indonesia dengan pendekatan multidisiplin keilmuan secara terintegrasi untuk pengelolaan dan pendayagunaannya. Kembali ke atas.