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'/0*+1$+2/#%0'3$%&*+$+4#/*5$%#'+
PR0uRANAS: BioEuit e Nega4
1) Realizai busca ue similaiiuaue (Com o Banco non-ieuunuant)
a.1) Piimeiio com blastn
I) Paimetios que pouem alteiai paia aumentai ou uiminuii o numeio ue sequncias
hits:
- Evalue (Expecteu value): iniciai com 1e-S,
* Com este valoi obtivei mais ue S iesultauos uistintos, copiai as
sequencias paia o aiquivo multifasta, anotai os valoies obtiuos (vei uauos
que piecisam constai na tabela ue similaiiuaue)
* Casos no consiga cinco sequencias, aumente o valoi paia 1 ou uiminua o
tamanho uo Woiu hit ().
- Em "!"#$"%&'()*)+,-#.":
* Beixai em "(#&)/0%,'1-&-*%"'1)23).+)1'45*%1,.67


a.2) Segunuo blastx
- Evalue (Expecteu value): iniciai com 1e-S,
* Com este valoi obtivei mais ue S iesultauos uistintos, copiai as sequencias paia
o aiquivo multifasta, anotai os valoies obtiuos (vei uauos que piecisam constai na
tabela ue similaiiuaue)


2) Pegai apenas a iegio ua seqncia alvo (Sbjct) com similaiiuaue
a) Paia nucleotiueo:
- Copiai ua figuia uos alinhamentos a sequencia subject (vER 0 EXNEPL0 ABAIX0 BE
PR0TENA PARA FAZER 0 NESN0)
b) Paia pioteina:
- Copiai ua figuia uos alinhamentos as sequencia Queiy e subject (Assim j estaio com a
sequencia ue vocs tiauuziua na fiame coiieta, bem como apenas a iegio Bit)

2.1) Copiai estas seqncias em um aiquivo no WoiuPau

2.2) Removei espaos e caiacteies na seqncia
2.S) No ueixai espao entie a piimeiia linha ua seqncia fasta (>) e a segunua linha que
uevei iniciai com a seqncia
2.4) Renomeai as seqncias fasta uo aiquivo (alteianuo apenas a piimeiia linha) com no
mximo 1u caiacteies alfa numiicos, e os espaos uevem sei pieenchiuos com unueiline (_)
7) Abiii o aiquivo no BioEuit
8) Chegai as sequencias paia vei se no h caiacteies estianhos
9) Realizai o alinhamento mltiplo:
a. "Accessoiy Applications" > "ClustalW multiple alignment" > "Run ClustalW"
1u) Com a tela uo alinhamento abeita, expoitai o alinhamento paia um aiquivo .aln (foimato clustalw)
a. "File" > "Expoit' > "Sequence Alignment"
b. Nomeai o aiquivo: exemplo.aln
i. INP0RTANTE: Em salvai como tipo selecionai ClustalW 1.8 (*.aln), esta a ltima
opo ua lista
11) Fechai o BioEuit
12) Abiii o Nega4
1S) Conveitei o alinhamento paia o foimato NEuA (.meg)
a. "File" > "Conveit to NEuA foimat"
b. Em Bata Foimat selecionai .aln (Clustal)
c. Salva o aiquivo com o mesmo nome uo seu aiquivo ue alinhamento
u. Fechai as janelas (No piecisa fechai o Nega4)
14) Abiii o aiquivo no foimato .meg
a. "File" > "0pen Bata"
b. Selecionai o aiquivo
c. Selecionai o tipo ue seqncia (Nucleotiue Piotein)
i. Se Nucleotiue
1. Se foi iegio couificante selecionai Yes
2. Nantei o uenetic Coue em Stanuaiu
1S) Fechai a janela "Sequence Bata Exploiei"
16) Paia veiificai a uistncia entie as sqeuencias:
a. Bistance > Compute Paiiwise (Paia avaliai a uistncia entie caua seqncia pai a pai)
i. No campo, Compute selecionai "Bistances & Stu. Eii."
ii. No campo, Nouel: Selecionai o mouelo ue substituio a sei testauo (comeai com o
puistance)
b. Bistance > Compute 0veiall Nean (Paia avaliai a uistncia entie touas as sequencias)
i. No campo, Compute selecionai "Bistances & Stu. Eii."
ii. No campo, Nouel: Selecionai o mouelo ue substituio a sei testauo (comeai com o
puistance)
17) Apos uefinii o mouelo a sei utilizauo ueveio constiuii a ivoie filogentica
a. Phylogeny > Bootstiap Test of Phylogeny > Neighboi-}oining
i. No campo, Nouel: Selecionai o mouelo ue substituio ueteiminauo no teste anteiioi
ii. Na aba: Testo of Phylogeny, possivel ueteiminai o nmeio ue Replicatas a seiem
testauas (entie Suu - 1u,uuu)
b. Phylogeny > Bootstiap Test of Phylogeny > Naximum Paisimony
i. Igual paia o mouelo anteiioi
18) Salvai ou copiai a ivoie geiaua e fechai o piogiama.

!+678+98:8+;!<=-2>+<!+->2?2@A!B+
1. Ao uescievei e apiesentai os iesultauos ue similaiiuaue, inuicai o tipo ue piogiama e os paimetios
utilizauos paia a anlise ue similaiiuaue (paimetios uiscutiuos em sala)
2. Paia isto vocs poueio fazei uma tabela com os uauos abaixo paia nucleotiueo e outia paia
pioteina, listanuo as sequncias similaies a sequncia alvo, encontiauas pelo piogiama Blast (blastn e
blastx),
a. Couigo ue acesso ua seqncia hit (similai)
b. Besciio ua seqncia
c. Scoie, E-value, tamanho ua sequencia hit (similai) e % coveiage, % similaiiuaue, piimeiia e
ltima base similai ua seqncia hit (similai) e ua seqncia queiy (alvo)

8C$3,/*+1$+&'.$/'+,'"'+*+"$DE/&'1*+1$+D#3#/'"#1'1$+1$+E3'+D$FE$%G#'+G*3+*+./'D&C+H>$DE/&'1*+
'.'#C*I+
J"*5"'3'+ ;*1K+2G$DD*+A#&+ 9$DG"#()*+ =G*"$+ 8L'/E$+ -'3'%0*+
1'+D$F+0#&+
M+
G*L$"'5$+
M+D#3#/'"#1'1$+ J"#3$#"'+
.'D$N''+
O/&#3'+
.'D$+
N''+
blastx emb|CBB14S11.1|

ANP
ueaminase,
putative;
S28 Se-88 169u 98% 87% 1u8S 127u
auenosine
monophosphate
ueaminase,
putative
|Tiypanosoma
biucei
gambiense
BAL972j


Analisanuo a tabela ue iesultauo uo blast, e o iesultauo uo alinhamento uo blast, possivel obtei touos
os uauos paia completai a tabela acima.


S. Lista (Como anexo) com as seqncias em foimato fasta uas iegies hits (ou seja, similaiiuaue) ue
nucleotiueo e pioteina
4. Alinhamentos (nucleotiueo e pioteina)
S. Infeincia filogentica
a. Na legenua uas figuias ueve contei: tipo ua seqncia, mouelo utilizauo, bootstiap e o mtouo
ue ieconstiuo utilizauo
6. 0m texto com a uiscusso uos iesultauos
* Apos iealizai a filogenia com ambas as sequncias, aponte qual a filogenia que tem o melhoi
mouelo paia explicai a ielao entie os giupos piesentes na infeincia filogentica.

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