(BIO)KIMIA SEL DAN NUTRISI MIKROORGANISME ASPEK BIOKIMIA SEL MIKROORGANISME

Asam amino punya gugus asam (-COOH) dan gugus basa

Komposisi yang khas dari suatu sel bakteri terdiri dari

50% C, 20% O, 14% N, 8% H, 3% P, 1% S, dan sejumlah kecil Mg2+, K+, Na+, Ca2+, Cl- dan vitamin-vitamin. Sel hidup merupakan suatu reaktor yang sangat

(-NH2). Gugus asam adalah netral pada pH rendah dan bermuatan negatif pada pH tinggi. Pada pH menengah, asam amino mempunyai sekaligus muatan positif dan negatif, atau berupa senyawa dipolar yang disebut zwitterion. TITIK ISOELEKTRIK

kompleks yang didalamnya terjadi lebih dari 2000 reaksi. PROTEIN Protein merupakan molekul organik terbanyak dalam suatu sel hidup, yaitu 40% sampai 70% dari berat kering sel. Protein merupakan polimer besar asam amino dengan BM 6000 sampai ratusan ribu. Protein yang tersusun atas kurang dari 50 asam amino disebut polipeptida.

Tititk pH dimana protein tidak bermuatan disebut titik

isoelektrik, dimana asam amino tidak bergerak bila dipengaruhi oleh muatan listrik. Pada titik ini protein tidak larut sehingga mudah untuk diendapkan. Titik isoelektrik berbeda-beda tergantung kepada gugus R-nya. CONJUGATED PROTEIN

Protein yang memiliki komponen organik atau anorganik

BM molekul protein sering diukur menggunakan unit Dalton, yaitu unit massa yang ekuivalen dengan suatu atom hidrogen. FUNGSI PROTEIN Protein memiliki beberapa fungsi biologis:

(prosthetik grup) selain asam amino, disebut sebagai conjugated protein (protein terkonyugasi). Contohnya adalah hemoglobin yang mengandung heme group (senyawa kompleks mengandung besi). KARBOHIDRAT

Protein struktural, seperti glycoprotein, collagen,

Karbohidrat yang disintesa melalui fotosintesis,

memiliki formula (CH2O)n, dimana n 3. Monosakarida adalah karbohidrat terkecil yang

keratin; Protein katalis: enzim-enzim Enzim merupakan jenis protein yang paling besar, yaitu lebih dari 2000 enzim yang sudah sudah diketahui. Protein transport, seperti hemoglobin, serum albumin; Protein regulator, hormon (insulin, hormon pertumbuhan); Protein protektif, seperti antibodi, thrombin. ASAM AMINO Komponen pembentuk protein adalah asam amino. Ada 20 jenis asam amino yang dinamai menurut gugus R, yang berupa:

senyawa alifatik berantai lurus (Glycine, Alanine, Valine, Leucine, Isoleucine); senyawa aromatik (Histidine, Phenylalanine, Tyrosine, Tryptophan) senyawa asam imino (Proline); mengandung S (Cystein, Methioneine); mengandung OH (Serine, Threonine);

mengandung 3-9 atom karbon dalam bentuk aldehid (aldosa) atau keton (ketosa). Aldoses Aldotriose (D-Glyceraldehyde); Aldotetrose (D-Erythrose, D-Threose); Aldopentose (D-Ribose, D-Arabinose, D-Xylose, D-Lyxose); Aldohexose (D-Allose, D-Altrose, D-Glucose, D-Galactose, DMannose, D-Talose, D-Idose) Ketoses Ketotriose (Dyhydroxyacetone); Ketotetrose (D-Erythrulose); Ketopentose (D-Ribulose, D-Xylulose); Ketohexose (D-Psicose, D-Fructose, D-Sorbose, D-Togatose). MONOSAKARIDA Disakarida dibentuk dengan cara kondensasi dua monosakarida dengan ikatan glikosidik.

Maltose (kondensasi 2 molekul glucose dengan ikatan 1,4 glycosidic. Sucrose adalah disakarida -D-glucose dengan -DFructose. Lactose adalah disakarida -D-glucose dengan -Dgalactose. Laktosa ditemukan dalam susu dan whey, sedangkan sucrose gula yang paling banyak ditemui pada tanaman. DISAKARIDA Polisakarida dibentuk melalui kondensasi lebih dari 2 molekul monosakrida melalui ikatan glycosidic.

mengandung asam dan amida terkait (Aspartic acid dan Asparsgine, Glutamic acid dan Glutamine); mengandung gugus basa (NH2) (Lysine dan Arginine)

Sebagian besar protein di alam adalah asam amino tipe L (levo). Asam amino tipe D (dekstro) jarang ditemui di alam, hanya ada pada dinding sel beberapa mikroorganisme dan dalam beberapa antibiotik. ZWITTERION

Amylose adalah polimer lurus glucose melalui ikatan 1,4 glycosidic dengan BM antara beberapa ribu sampai 1.5 juta Daltons. Amilosa tidak larut dalam air dan komponen dari kirakira 20% pati.

ASAM NUKLEAT

Tiga komponen utama asam nukleat adalah asam fosfat,

Amylopectin adalah polimer bercabang dari molekul Dglucose. Pencabangan terjadi pada gugus OH dari carbon ke-1 dari suatu molekul glukosa dengan gugus OH dari karbon ke-6 molekul glucose yang lain, yang disebut ikatan -1,6 glycosidic. Amylopectin lebih besar dari amylose dengan BM 1-2 juta Daltons. Amylopectin larut dalam air. Glycogen mirip dengan amylopectin dengan pencabangan yang lebih banyak, yaitu setiap 12 unit glucose. BM glycogen 5 juta Daltons. Cellulose adalah polimer lurus panjang dari glucose dengan ikatan -1,4. BM Cellulose antara 50 ribu 1 juta Daltons. Tidak sebagaimana ikatan -1,4, ikatan -1,4 tahan terhadap hidrolisis enzimatis. LEMAK DAN STEROID

pentosa (ribose dan deoxyribose) dan basa nitrogen (purine atau pyrimidine). Basa purine terdiri dari Adenine (A) dan Guanine (G), sedangkan basa pyrimidine terdri dari Thymine (T), Cytosine (C) dan Uracil (U) RNA

RNA terdiri dari messenger RNA (mRNA), transfer RNA (tRNA) dan ribosomal RNA (rRNA). mRNA disintesis di kromosom dan membawa informasi genetik dari kromosom ke ribosom untuk sintesis protein tertentu. tRNA membawa asam amino spesifik dari sitoplasma ke tempat sintesis protein di ribosom. tRNA mengandung 70-90 nukleotida dan memiliki BM 23-28 kD. rRNA yang ada di ribosom merupakan komponen utama (65%) dari ribosom. Nukleotida merupakan komponen pembangun DNA dan RNA yang juga berperan untuk menyimpan energi (ATP, ADP, AMP) senyawa pereduksi (NAD dan NADP). ATP adalah alat tukar energi dalam sel dimana proses oksidasi gula dlm proses katabolisme, menghasilkan energi yang ditangkap dan disimpan dalam bentuk ATP (energi digunakan untuk merubah ADP menjadi ATP). Sintesis suatu senyawa yg memerlukan energi (anabolisme) mengambil energi dari hidrolisis ATP menjadi ADP dan AMP yang melepaskan energi. NUTRISI SEL MIKROORGANISME

Lemak adalah senyawa biologis hidrophobik yang tidak larut air tapi larut dalam pelarut non polar seperti benzene, chloroform dan ether. Komponen utama lemak adalah asam lemak yang terdiri dari hydrokarbon (gugus hydrophobic) dan carboxyl (gugus hydrophilic). CH3-(CH2)n-COOH dimana n antara 12 dengan 20. Lemak merupakan ester dari asam lemak dan gliserol. Lipoprotein dan Lipopolisakarida merupakan bentuk lain lemak yang banyak ditemui pada membran sel. Phosphoglyceride memiliki struktur yang sama dengan lemak dimana salah satu asam lemak digantikan oleh asam phospate. Bentuk lemak yang lain adalah Poly Hydroxy Alkanoates (PHA), khususnya Poly Hydroxy Butyrate (PHB) yang merupakan bahan bioplastik yang ramah lingkungan. STEROID Steroid dapat juga diklasifikasikan sebagai lemak. Contoh steroid adalah :

Semua organisme kecuali virus mengandung sejumlah besar air (kira-kira 80%). Lebih kurang 50% dari berat kering sel adalah protein, yg sebagian besar berupa enzim. Kandungan asam nukleat bervariasi antara 10-20%, kecuali pada virus yg bisa mencapai 50%. Kandungan lemak kira-kira 5-15%, kecuali pd mikroba penghasil PHB yg bisa mencapai 90%. NUTRISI MIKROBA Nutrisi yg diperlukan sel mikroba terdiri atas: Unsur Makro (macronutrients), yaitu unsur C, O, N, H, P, S, Mg2+ , K+. Bahan-bahan ini diperlukan pd konsentrasi 10-4 M. Unsur mikro (micronutrients/trace elements), yaitu Mo2+, Zn2+, Cu2+, Mn2+, Fe2+, Ca2+, Na+, vitamin, hormon pertumbuhan, dan prekursor metabolic. MACRONUTRIENTS Karbon:

Cholesterol (regulator pertumbuhan dan metabolisme pada konsentasi yang sangat rendah, kira-kira 10-8 M); Cortisone (antiinflammatory sebagai obat sakit kulit);

Estrogen dan Progesteron (bahan kontraseptif); ASAM NUKLEAT

Asam nukleat (DNA dan RNA) memainkan peran penting

dalam reproduksi sel. DNA menyimpan dan meneruskan informasi genetik; RNA berperan dalam sintesis protein.

Senyawa karbon merupakan sumber energi dan sumber karbon sel yang utama.

Sumber karbon yang umum dalam bioindustri adalah: molasses (sukrosa), pati (glukosa, dekstrin), syrup jagung, limbah sulfite dari industri kertas (glukosa), methanol, ethanol, methane. KARBON

Potassium adalah kofaktor utk beberapa enzim dan

diperlukan dalam metabolisme karbohidrat. Sumber K yg utama adalah garam KH2PO4 dan K2HPO4. Magnesium: Mg adalah kofaktor utk beberapa enzim, ada pd dinding

Sumber karbon yang umum pada kultivasi skala lab adalah glukosa, sukrosa, dan fruktosa. Pada kultivasi aerobic, 50% substrate karbon digunakan utk menjadi bahan sellular, 50% sisanya menjadi sumber energi. Pada kultivasi anaerobic, kurang dari 30% substrate karbon dikonversi menjadi sel, 70% sisanya menjadi produk (sel atau metabolit). Oksigen:

sel dan membrane. Ribosome memerlukan ion Mg2+. Magnesium umumnya disuplai dalam bentuk garam MgSO4.7H2O atau MgCl. Tabel 2. Delapan Unsur Makro dan Peranannya MICRONUTRIENTS

Kekurangan unsur kelumit (trace elements) memperpanjang fase lag, menurunkan laju pertumbuhan spesifik dan yield produk. Tiga kategori unsur kelumit: Unsur kelumit yg paling banyak diperlukan adalah Fe, Zn, dan Mn. Semua merupakan kofaktor penting. Unsur kelumit yg diperlukan utk pembentukan produkproduk spesifik, adalah Cu, Co, Mo, Ca, Na, Cl, Ni, dan Se. Unsur kelumit yg jarang dibutuhkan, spt B, Al, Si, Cr, V, Sn, Be, F, Ti, Ga, Ge, Br, Zr, W, Li, I. Bila diperlukan harus pd konsentrasi < 10-6 M dan toksik pd konsentrasi 10-4 M. MICRONUTRIENTS

Lebih kurang 20% berat kering sel adalah oksigen.

Oksigen ada dalam semua komponen organik sel dan air. Molekul oksigen diperlukan sbg akseptor electron dlm metabolisme aerobik senyawa karbon. Gas O2 disuplai kedalam bioreaktor dengan aerasi. Nitrogen:

10-14% dari berat kering sel merupakan Nitrogen.

Sumber N yang utama adalah ammonia, atau garam ammonium (NH4Cl, (NH4)2SO4, NH4NO3), protein, peptide, asam-asam amino, dan urea. Sumber N pada kultivasi lab adalah nitrogen organic seperti yeast extract dan peptone. Beberapa seperti Azotobacter sp dan cyanobacteria mengambil N langsung dari udara dan membentuk ammonium. Nitrogen digunakan oleh sel sbg elemen pembangun protein dan asam nukleat. Tabel 1: Beberapa sumber C dan N yg digunakan oleh bioindustri Hidrogen:

Beberapa ion spt Mg2+, Fe3+, dan PO43-, dapat mengendap dalam medium. Untuk itu diperlukan bahan penkelat (chelating agent) utk melarutkannya. Bahan pengkelat mempunyai ligand (spt karboksil, amine, mercapto) utk mengikat ion logam utk membentuk senyawa kompleks yg larut dalam air. Asam sitrat, EDTA, polyphosphate, histidine, tyrosine, dan cystein merupakan agen pengkelat yg umum digunakan. Agen pengkelat diperlukan pd konsentrasi rendah (1mM). Faktor Pertumbuhan (Growth Factor)

Kira-kira 8% berat kering sel adalah Hidrogen. Unsur H

Growth factor menstimulasi pertumbuhan dan sintesa metabolit. Vitamin, asam amino dan hormone merupakan growth factor. Vitamin B1(thiamine), B2(riboflavin), B6(pyridoxine), B12 (cyanocobalamine), biotin, folic acid, lipoic acid, p-amino benzoid acid, dan vitamin K, berfungsi sebagai koenzim. Vitamin diperlukan pd konsentrasi 10-6 10-12 M. Beberapa mikroba auxotrophic memerlukan asam amino tertentu pd konsentrasi 10-6 - 10-13 M. Hormon insulin adalah hormone umum utk sel hewan dan cytokinin adalah hormone pertumbuhan tanaman. MEDIA PERTUMBUHAN Defined Media ==> mengandung jumlah tertentu senyawa kimia murni yang komposisinya diketahui. Contoh: glukosa, (NH4)2SO4, KH2PO4, MgCl2. Hasil kultivasi dapat dikontrol dan reprodusibel.

didapatkan dari senyawa karbon spt karbohidrat. Bakteri methanogen menggunakan H sebagai sumber energi. Phosphat: Kira-kira 3% berat kering sel adalah P. Phospor ada

dalam asam nukleat dan pd dinding sel bakteri gram positif. P adalah elemen kunci dalam pengaturan metabolisme sel. Sumber P yang utama adalah garam fosfat anorganik seperti KH2PO4 dan K2HPO4. Sulfur:

Lebih kurang 1% berat kering sel adalah S. S ada dalam

protein dan beberapa koenzim. Sumber S yang utama adalah garam sulfat spt (NH4)2SO4. Sumber S yang lain adalah asam amino yg mengandung S. Beberapa bakteri autotrop menggunakan S2- dan S0 sbg sumber energi. Potassium (K):

Complex media ==> mengandung senyawa alami yang komposisi kimiawinya tidak diketahui dengan pasti. Biasanya juga mengandung faktor pertumbuhan, vitamin, hormon, unsur kelumit sehingga menghasilkan sel yang lebih banyak. Contoh: yeast extract, peptone, molasses, corn step liquor. Contoh komposisi tipikal defined media dan complex media: Complex media yg digunakan pd produksi penicillin