PROTEIN

Protein merupakan koponen utama dalam semua sel hidup. Fungsinya terutama ialah sebagai unsur pembentuk setruktur sel, misalnya dalam rambut, wol, kolgen, jaringan penghubung, membran sel, dan lain-lain. Selain iu dapat pula berfungsi sbagai protein yang aktif, seperti misalnya enzim, yang berperan sebagai katalis segala prses biokimia dalam sel. Protein aktif selain enzim yaitu hormon, haemoglobin, protein yang terikat pada gen, tioksin, antibodi/antigen dan lain-lain.(Wirahadikusumah, 1989). A. Ciri Molekul Protein Beberapa ciri molekul protein adalah: 1. berat molekulnya besar, ribuan sampai jutaan, sehingga merupakan suatu makromolekul. 2. umumnya terdiri atas 20 macam asam amino. Asam amino berikatan (secara kovalen) satu dengan yang lain dalam variasi urutan yang bermacam-macam, membentuk suatu rantai polipeptida. Ikatan peptida merupakan ikatan antara gugus -karboksil dari asam amino yang satu dengan gugus -amino dari asam amino yang lainnya. 3. terdapatnya ikatan kimia lain, yang menyebabkan terbentuknya lengkungan-lengkungan rantai polipeptida menjadi struktur tiga dimensi protein. Sebagai contoh misalnya ikatan hidrogen, ikatan hidrofob (ikatan apolar), ikatan ion atau elektrostatik dan ikatan Van Der Waals. 4. Strukturnya tidak stabil terhadap beberapa faktor seperti pH, radiasi, temperatur, medium pelarut organik, dan deterjen. 5. umumya reaktif dan sangat spesifik, disebabkan terdapatnya gugus samping yang reaktif dan susunan khas struktur makromolekulnya. Berbagai macam gugus samping yang biasa terdapat ialah kation, anion, hidroksil aromatik, hidroksil alifatik, amin, amida, tiol dan gugus heterosiklik. B. Klasifikasi Protein Klasifikasi protein dalam biokimia didasarkan pada fungsi biologisnya. 1. Enzim Enzim merupakan golongan protein yang terbesar dan paling penting. Kira-kira seribu macam enzim telah diketahui, yang masing-masing berfungsu sebagai katalisator reaksi kimai dalam jasad hidup. Pada jasad fhidup yang berbeda terdapat macam enzim yang berbeda pula. Molekul ensim biaanya berbentuk bulat (globular), sebagian terdiri atas satu rantai polipeptida dan sebagian lain terdiri lebih dari satu polipeptida. Contoh enzim:ribonuklese,suatu enzim yang mengkatalisa hidrolisis RNA; sitokrom, berperan dalam proses pemindahan elektron; tipsin, kataliator pemutus ikatan peptida tertentu dalam polipeptida. 2. Protein Pembangun Protein pembangun berfungsi sebagai unsur pembentuk struktur. Beberapa contoh misalnya: protein pembungkus virus, merupakan selubung pada kromosom; glikoprotein, merupakan penunjang struktur dinding sel; struktur membran, merupakan protein komponen membran sel; -keratin,terdapat dalam kulit, bulu ayam, kuku; sklerotin, terdapat dalam rangka luar insekta; fibroin, terdapat dalam kokon ulat sutra; kolagen, merupakan serabut dalam jaringan pengambung; elastin, terdapat pada jaringan penyambung yang elastis (ikat sendi); mukoprotein, terdapat dalam sekresi mukosa (lendir).

3. Protein Kontaktil Merupakan golongan protein yang berperan dalam proses gerak. Sebagai contoh misalnya: miosin, unsur filamen tak bergerak dalam miofibril; aktin, unsur filamen yang bergerak dalam miofibril; dienin, terdapat dalam rambut getar dan flagel. 4. Protein Pengangkut Mempunyai kemampuan mengikat molekul tertentu dan melakukan pengangkutan berbagai macam zat melalui aliran darah. Sebagai contoh: haemoglobin, terdiri atas gugus senyawa hame yang mengandung besi terikat pada protein globin, berfungsi sebagai alat pengankut oksigen dalam darah vertebrata; hemosianin, sebagai alat pengangkut oksigen dalam darah beberapa macam invertebrata; serum albumin, pengangkut asam lemak dalam darah; seruloplasmin, alat pengangkut ion tembaga dalam darah. 5. Protein Hormon Beberapa hormon protein adalah: insulin, mengatur metabolisme glikosa; adrenokortikotrop, mengatur sintesis kortikosteroid; hormon pertumbuhan, menstimulasi pertumbuhan tulang. 6. Protein Bersifat Racun Bersifat racun terhadap hewan kelas tinggi: racun dari Clostridium botulinum, yang menyebabkan keracunan bahan makanan. 7. Protein Pelindung Umumnya terdapat dalam darah vertebrata . misalnya: antibodi, protein yang dibentuk jika ada antigen dan dengan antigen yang merupakan protein asing, dapat membentuk senyawa kompleks. 8. Protein Cadangan Disimpan untuk berbagai proses metabolisme dalam tubuh. Sebagai contoh: ovalbumin, protein yang terdapat padaputih telur; zein, merupakan protein dalam biji jagung. Organisasi Struktur Protein 1. Struktur Primer Struktur primer protein ditentukan oleh ikatan kovalen antara residu asam amino yang berurutan yang membentuk ikatan peptida. Urutan, macam dan jumlah asam amino yang membentuk rantai polipeptida, adalah struktur polimer protein. Untuk mengetahui struktur primer suatu protein diperlukan cara penentuan bertingkat: (1) Penentuan jumlah rantai polipeptida yang berdiri sendiri dari protein, (2) Pemutusan ikatan antara rantai polipeptida yang satu dengan yang lain, (3) Pemisahan masing-masing rantai polipeptida, dan (4) Penentuan urutan asam amino dari masing-masing rantai polipeptida dengan metode Sanger. 2. Strutur Sekunder Analisis difraksi sinar-X merupakan cara yang baik untuk mempelajari struktur sekunder protein. Struktur ini terjadi karena ikatan hidrogen antara atom O dari gugus karbonil (C=O) dengan atom H dari gugus amino (N-H) dalam satu rantai polipeptida, mamungkinkan terbentuknya konformasi spiral yang disebut struktur helix. Bila ikatan hidrogen tersebut terjadi antara dua

rantai polipeptida, maka masing-masing rantai tidak membentuk helix, melainkan rantai paralel dengan bentuk berkelok-kelok yang disebut konformasi-. Rantai polipeptida denagn konformasi- ini dihubung silangkan (cross-linked) oleh ikatan hidrogen sehingga membentuk suatu struktur yang disebut lembaran berlipat-lipat (pleated sheets). Perenggangan rantai polipeptida membentuk struktur berkelok-kelok, yang kemudian menghasilkan konformasi lembaran berlipat-lipat diawali oleh putusnya ikatan hidrogen yang berperan dalam pemantapan struktur -helix yang menyebabkan berubahnya struktur keratin menjadi keratin yang dapat terjadi pada protein serabut pada pemanasan dengan uap. 3. Struktur Tersier Struktur tersier terbentuk karena terjadinya perlipatan (folding) rantai -helix, konformasi , maupun gulungan rambang suatu polipeptida, membentuk protein globular, yang struktur tiga dimensinya lebih rumit daripada protein serabut. Kemantapan struktur tersier suatu molekul protein, selain disebabkan oleh ikatan kovalen seperti ikatan peptida dan ikatan disulfida, juga oleh ikatan tak-kovalen yang menunjangnya, yaitu yang menyebebkan terjadinya perlipatan terebut. Ikatan tak-kovalen ini terjadi antara gugus rantai samping polipeptida. 4. Struktur Kuartener Sebagian besar protein berbentuk globular yang mempunyai berat molekul lebih dari 50.000 merupakan suatu oligomer, yang terjadi dari beberapa rantai polipeptida yang terpisah. Rantai polipeptida ini yang juga disebut protomer saling mengadakan interaksi membentuk struktur kuartener dari protein oligomer tersebut. Dalam proses denaturasi ini, protein oligomer mengalami dua proses bertingkat: (1) Disosiasi rantai polipeptida yang satu dari yang lainnya, dan (2) Merenggangnya sauan rantai polipeptida. Kemantapan struktur kuartener suatu protein oligomer disebaban oleh interaksi dan ikatan non kovalen yang lemah antara masing-masing subbagiannya. Kemampuan untuk berhimpun diri daripada beberapa sub bagian ini merupakan ciri struktur kuartener suatu protein oligomer. Sifat Larutan Protein 1. Sifat Asam-Basa Sifat asam-basa suatu protein dalam larutan, sebagian besar ditentukan oleh gugus R asam aminonya yang dapat berionisasi. Gugus NH2 dan COOH yang terdapat pada kedua ujung rantai polipeptida sedikit sekali menunjang sifat asam-basa protein tersebut. Karena perbedaan macam protein ditentukan oleh urutan asam amino dan konformasi polipeptidanya, maka kemumngkinan ionisasi gugus R itu dipengaruhi oleh gugus tetangganya. Seperti pada asam amino bebas, protein juga mempunyai titik isoelektrik, yaitu pada pH yang menunjukan jumlah muatan positif dan negatif sama dalam protein itu, sehingga pada keadaan ini daya larut protein minimum. Pada pH ini protein tidak akan bergerak bila diletakan dalam medan listrik. pH iso elektriknya ditentukan oleh jumlah dan pK gugus R yang berionisasi. Dalam larutan dengan pH di atas pH isoelektrik, protein bermuatan negatif dan akan bergerak ke anoda, pada pH sebaliknya protein bergerak ke katoda. 2. Pemisahan Protein Pemisahan protein dari campuran yang terdiri atas berbagai macam sifat asam-basa, ukuran, dan bentuk protein, dapat dilakukan dengan cara:

a. Elektroforesis Cara ini didasarkan pada kecepatan bergerak yang berbeda-beda dari protein dalam medan listrik, pada pH tertentu. Ada dua cara pemisahan protein: yang pertama adalah elektroforesisi batas gerak (moving boundary electrophoresis) dengan meletakan kedua campuran dalam tabung U yang kedua ujungnya masing-masing dihubungkan dengan anoda dan katoda. Kecepatan gerak protein positif ke katoda maupun protein negatif ke anoda berbeda-beda. Perbedaan kecepatan ini akan menghasilkan batas atau lapisan dalam tabung U yang dapat dilihat dengan menggunakan cara penentuan index refraksinya. Jumlah lapisan yang terjadi menunjukan banyaknya macam protein dalam campuran. Masing-masing protein dapat dipisahkan dengan mengeluarkannya dari tabung U dengan menggunakan kran yang merupakan bagia tabung tersbut. Cara ini mempunya berbagai kekurangan, yaitu lambatnya pekerjaan, dibutuhkannya jumlah campuran protein yang banyak, penentuan indeks refraksi yang sukar, lapisan yang terjadi mudah dipengaruhi oleh getaran; cara ekedua adalah elektroforesis lajur (zone electrophoresis) sedikit campuran protein dari larutan dapat ditempatkan pada suatu matriks padat, misalnya kertas saring, jel kanji. Pergerakan protein pada matriks padat tersebut akan jelas terlihat setelah dilakukan penentuan kualitatif dengan uji warna. b. Kromatografi Penentuan dan pemisahan campuran protein dengan cara kromatografi dilakukan berdasarkan prinsip-prinsip kromatografi pada umumnya yaitu dengan mempertimbangkan adanya dua fase yaitu fase gerak dan fase diam. c. pengandapan protein sebagai garam Seagian besar protein dapat diendapkan dari larutan air dengan penambahan asam tertentu, seperti, asam trikloroasetat dan asam perkolat. Penambahan asam ini menyebabkan terbentuknya garam protein yang tidak larut. Zat pengendap lainnya adalah asam tungsat, fosfotungsat, dan metafosat. Protein dapat juga diendapakan dengan kation tertentu seperti Zn2+ dan Pb2+. d. pengendapan dengan cara perbedaan kelarutan Berbagai protein globular mempunyai daya kelarutan yang berbeda didalam air. Variabel yang mempengaruhi kelarutan ini adalah: pertama, pengaturan protein dari campuran dengan pengaturan pH didasarkan pada harga pH isoelektrik yang berbeda-beda untuk tiap macam protein. Pada pH isoelektriknya beberapa protein akan mengendap dari larutan, sehingga dengan cara pengaturan pH larutan, masing-masing protein dalam campuran dapat dipisahkan satu dari yang lainnya dengan teknik yang disebut penendapan isoelektrik; kedua, penambahan garam didasarkan pada oengaruh yang berbeda daripada penambahan garam tersebut pada kelarutan beberapa protein globular. Proses ini disebut salt-in, dan tidak dipengaruhi oleh garam netral, tetapi dipengaruhi oleh konsentrasi dan jumlah muatan pada tiap ion dalam lartuan. Dalam proses ini garam divalen seperti MgCl2 dan MgSO4 lebih efektif daripada garam monovalen seperti NaCl, dan KCl; ketiga, penambahan pelarut organik tertentu seperti etanol dan aseton kedalam larutan protein dalam air akan menyebebkan berkurangnya kelarutan protein, sehingga memungkinkan pengandapannya. Kejadian ini disebabkan oleh kelarutan protein yang pada pH dan kekuatan ion tertentu merupakan fungsi konstanta dielektrik daripada medium, dan adanya kecenderungan menurunnya hidratasi gugus ion dengan masuknya pelarut organik tersebut; keempat, temperatur , dalam batas-batas tertentu mempengaruhi kelarutan protein. Pada umumnya kelarutan naik pada suhu yang lebih tinggi (0o-40oC). pada suhu diatas 40oC

kebanyakan protein menjadi tidak mantap dan mulai mengalami denaturasi.

Pertanyaan 1. jelaskan pengertian beserta fungsi dari protein? 2. jelaskan bagaimana terbentuknya struktur sekunder protein ? Jawaban 1. Protein adalah suatu makromolekul yang merupakan komponen utama dalam semua sel hidup, terdiri atas asam amino yang saling bereaksi. Protein berfungsi sebagai enzim yang berperan dalam mengkatalis berbagai proses reaksi biokimia, sebagai alat transport bahan makanan (haemoglobin), sebagai suatu racun, sebagai antibodi, sebagai hormon, dan sebagai pembentuk membran sel. 2. Struktur sekunder protein terbentuk karena ikatan hidrogen antara atom O dari gugus karbonil (C=O) dengan atom H dari gugus amino (N-H) dalam satu rantai polipeptida, yang memungkinkan terbentuknya konformasi spiral yang disebut struktur helix. Bila ikatan hidrogen tersebut terjadi antara dua rantai polipeptida, maka masing-masing rantai tidak membentuk helix, melainkan rantai paralel dengan bentuk berkelok-kelok yang disebut konformasi-.

Elektroforesis dua dimensi

Dari Wikipedia bahasa Indonesia, ensiklopedia bebas Belum Diperiksa

Elektroforesis dua dimensi (2-DE atau elektroforesis 2-D) adalah suatu teknik analisa protein dengan melakukan pemisahan protein menggunakan dua dimensi.[1] Teknik ini sering digunakan untuk studi proteomika (analisa molekular terhadap keseluruhan protein yang dihasilkan dari ekspresi gen dalam sel), deteksi marker penyakit, penelitian kanker dan obat, pemeriksaan kemurnian, dan juga purifikasi (pemurnian) protein skala mikro.[2] Hal ini dikarenakan, elektroforesis 2-D mampu memisahkan hingga ribuan protein secara bersamaan.[3]

[sunting] Prinsip dasar

Skema pemisahakan menggunakan elektroforesis 2-D

Dalam elektroforesis 2-D, dimensi pertama dalam pemisahan protein dilakukan berdasarkan titik isoelektrik (atau muatan) protein tersebut. Sedangkan, pada dimensi kedua, protein akan dipisahkan berdasarkan berat molekulernya. Pemisahan protein dengan teknik ini dilakukan dalam kondisi terdenaturasi.[1] Pada dimensi pertama, protein yang akan dianalisa dilarutkan dalam urea untuk memutuskan ikatan hidrogen pada protein (agen pendenaturasi). Urea umum digunakan karena senyawa ini tidak merubah dalam muatan protein sehingga pemisahan protein dapat dilakukan berdasarkan muatannya. Dengan menggunakan medan listrik, protein dipisahkan melalui gel yang memiliki gradien pH. Protein akan bergerak hingga berhenti pada titik dimana muatan protein tersebut netral (titik isoelektriknya).[1] Setelah melalui dimensi pertama, protein dipisahkan kembali melalui dimensi kedua. Biasanya tahap ini dilakukan dengan gel poliakrilamida dan sodium dodesil sulfat (SDS). SDS akan membuat seluruh protein bermuatan negatif sehingga pemisahan bisa dilakukan hanya berdasarkan bobot molekulernya.[1] Teknik elektroforesis 2-D yang sering digunakan adalah: untuk dimensi pertama dapat menggunakan elektroforesis pemfokusan isoelektrik (isoelectric focusing, IEF) dan nonequilibrium pH gradient electrophoresis (NEPHGE). Sedangkan untuk dimensi kedua, biasanya digunakan elektroforesis gel poliakrilamida SDS (SDS-PAGE).[1]

[sunting] Visualisasi dan Evaluasi Hasil

Hasil elektroforesis 2-D dengan pewarna Coomasie.

Untuk melihat hasil pemisahan protein menggunakan elektroforesis 2-D, dapat dilakukan pewarnaan gel dengan coomasie atau pewarnaan perak. Teknik visualisasi lain yang dapat digunakan adalah fluorografi dan autoradiografi (penggunaan radioaktif). Di dalam satu gel, bisa terdapat ribuan titik protein yang dapat dianalisa atau diambil (dipisahkan) menggunakan perangkat lunak (sofware) tertentu. Setelah dilakukan pemilihan dan pemisahan protein (berupa titik pada gel), analisa lebih lanjut biasanya dilakukan dengan melakukan digesti protein dan kemudian melalui tahap analisa menggunakan spektofotometer massa (MALDI-TOF).

[sunting] Referensi
1. ^ a b c d e (en)Thierry Rabilloud (1999). Proteome Research: Two-Dimensional Gel Electrophoresis and Identification Methods (Principles and Practice). Springer. ISBN 978-3-54065792-7. 2. ^ (en)Andrew J. Link (1999). 2-D Proteome Analysis Protocols (Methods in Molecular Biology). Humana Press. ISBN 978-0-89603-524-9. 3. ^ 2-D Electrophoresis using immobilized pH gradients: Principles and Methods

Optimasi Pemisahan dan Uji Aktivitas Protein Antibakteri dari Cairan Selom Cacing Tanah Perionyx excavatus. Oleh :
Yumaihana , Yumaihana (2007) Optimasi Pemisahan dan Uji Aktivitas Protein Antibakteri dari Cairan Selom Cacing Tanah Perionyx excavatus. Oleh :. Working Paper. Fakultas Peternakan. (Unpublished)
Microsoft Word (Optimasi Pemisahan dan Uji Aktivitas Protein Antibakteri dari Cairan Selom Cacing Tanah Perionyx excavatus. Oleh :) - Supplemental Material Available under License Creative Commons Public Domain Dedication. Download (25Kb)

Abstract
Cairan selom adalah cairan yang terdapat dalam cacing tanah dan berperan penting untuk sistem kekebalannya. Banyak protein-protein pendegradasi dinding sel yang terkandung di cairan selom, membuat cacing memiliki aktivitas antibakteri dan sejumlah fungsi fisiologi lain. Penelitian pendahuluan telah mengidentifikasi bahwa cacing P. excavatus galur lokal memiliki aktivitas antibakteri terhadap Bacillus megaterium. Molekul antibakteri ini sangat tidak stabil dan mudah sekali terdegradasi. Beberapa usaha telah dilakukan untuk melihat daya tahan aktivitas antibakteri ini pada tiga variasi suhu, yaitu 26, 40 dan 20oC. Cairan selom segar yang disimpan selama 3 bulan pada 20oC, dan cairan selom dalam gliserol 1,5% yang disimpan selama 13 hari pada 4oC masih menunjukkan aktivitas antibakteri. Pemisahan protein protein dalam cairan selom dilakukan dengan menggunakan metode kromatografi penukar anion (DEAE-sefarosa). Fraksi yang diperoleh diuji aktivitas anti-B. megaterium secara kualitatif dan ternyata hanya fraksi pada puncak kedua yang aktif sebagai anti bakteri.

TEKNIK PEMISAHAN FRAKSI PROTEIN & PEMBUATAN FILTRAT BEBAS PROTEIN

Posted by: rgmaisyah on: Maret 10, 2010

In: Biochemistry | Chemistry | Pharmacokinetics | Toxicology Comment!

Pada laboratorium yang lengkap, pemisahan protein dapat dilakukan dengan beberapa teknik, yaitu :
1. 2. 3. 4. 5. Salting out. Tiap-tiap protein berbeda sifat pengendapannya. Ultra sentrifugasi. Protein dengan BM yang besar akan mengendap paling cepat. Elektroforesis. Perbedaan kecepatan migrasi pada medan listrik berdasarkan IEP. Kromatografi. Perbedaan kecepatan gerak pada media berdasarkan ukuran molekul. Teknik immunokimia. Antibodi tertentu akan terikat dengan antigen yang sesuai.

Pembuatan filtrate bebas protein menurut : 1. Folin Wu Masukkan 1 mL serum kdalam tabung sentrifuge. Tambahkan 7 mL aquadest, kemudian campur larutan. Tambahkan 1 mL Na. Tungstat 10%, campur lalu tambahkan 1 mL H2SO4 2/3 N. Campur sampai rata selama 3 menit dan diamkan selama 5 menit. Setelah itu sentrifuge selama 5 menit dan ambil filtratnya, atau dapat pula disaring dengan kertas saring. Mengambil filtrate harus hati-hati, jangan sampai endapan ikut masuk ke pipet. Cara yang lebih aman untuk mengambil filtrate adalah dengan disaring. 2. Somogy Masukkan 1 mL darah/serum/plasma ke dalam tabung sentrifuge. Tambahkan 7 mL aquadest, campur dengan baik agar darah haemolisis (jika yang digunakan adalah darah). Tambahkan 1 mL ZnSO4 10%, campur dengan baik dan tambahkan 1 mL NaOH 0,5N. Setelah itu, sentrifuge selama 5 menit dan ambil filtratnya. Ambil filtratnya dengan hati-hati jangan sampai keruh, atau dapat pula disaring dengan kertas saring. Pustaka : Dr. Zulbadar Panil, 2008, Memahami Teori dan Praktik Biokimia Dasar Medis. ( EGC-Jakarta)
Kaitkata: Analisa, Chemistry, Farmakokinetika, health, kuliah, nutrisi, penelitian, toksikologi