Anda di halaman 1dari 23

Polymerase Chain Reaction

Kelompok 7 1. Chitta Putri Noviani 2. Rahmawati Alusia 3. Fitrianingsih 4. Luthfi Arqam Dalili

proses penggandaan DNA secara in vitro dengan cara mensintesis molekul DNA baru yang berkomplemen dengan molekul DNA target.

Thermal Cycler

Karry Mullis
pada tahun 1984

TA H A P P C R
1

Denaturasi Annealing Extension

Primer
DNA Template

Taq Polimerase

dNTP

Buffer

Primer

Primer yang telah kita desain tersebut harus diuji spesifisitasnya agar:
Primer tersebut hanya akan mengamplifikasi daerah

yang kita mau Tidak menempel pada daerah lain di genom organisme target Tidak menempel pada DNA organisme lain yang mungkin tercampur bersama DNA ketika isolasi DNA.

Taq (Thermus aquaticus) DNA polimerase


Merupakan enzim DNA polimerase (EC 2.7.7.7) yang dipurifikasi dari bakteri termofil ekstrem Thermus aquaticus. Taq DNA polimerase mempunyai suhu optimum yang tinggi untuk sintesis DNA yaitu 75-80 C.

Kelebihan penggunaaan Taq DNA Polimerase

yaitu tidak diperlukan penambahan enzim pada tiap-tiap siklus PCR seperti yang harus dilakukan kalau enzim yang digunakan adalah fragmen Klenow DNA polimerase I (Gelfand dan White, 1990). Taq DNA polimerase mempunyai keunikan yaitu bahwa enzim ini mampu menambahkan satu nukleotida, terutama dATP pada ujung-3 fragmen DNA hasil polimerisasi meskipun tanpa ada cetakannya (Clark, 1988).

Buffer
Buffer yang biasanya terdiri atas bahan-bahan kimia untuk mengkondisikan reaksi agar berjalan optimum dan menstabilkan enzim DNA polymerase. Buffer yang mengandung MgCl2 dengan konsentrasi maksimal sebesar 2,0 mM. Jika konsentrasi Mg2+ lebih tinggi dari 2,0 mM akan menghambat aktivitas Taq DNA polimerase (Lawyer et al. 1989).

Merupakan campuran dari empat prekursor yaitu dTTP, dGTP, dATP dan dCTP. Digunakan untuk sintesis DNA dalam teknik PCR.

Mekanisme kerja PCR

Faktor yang menentukan keberhasilan PCR


dNTP Oligonukleotida primer DNA template Komposisi larutan buffer Jumlah siklus reaksi Enzim yang digunakan

Pengembangan Teknik PCR


Teknik Reverse Transcriptase PCR (RT-PCR) PCR In Situ

Reverse Transcriptase PCR (RTPCR)


Teknik ini dikembangkan untuk melakukan analisis terhadap molekul RNA hasil transkripsi yang terdapat dalam jumlah sedikit di dalam sel. Dalam RT-PCR, sebaliknya, untai RNA pertama-tama di transkrip balik menjadi DNA komplemen (complementary DNA, atau cDNA) menggunakan enzim reverse transcriptase, dan cDNA yang dihasilkan akan digandakan.

Tahap utama RT-PCR

PCR In Situ
Teknik In Situ Hybridisation merupakan teknik analisa dengan terlebih dahulu melakukan isolasi DNA atau mRNA dari sel atau jaringan. Teknik hibridisasi in situ memerlukan molekul RNA atau DNA target dalam jumlah paling tidak 20 kopi dalam satu sel sehingga untuk mempermudah melakukan analisis molekul DNA ini digunakan amplifikasi terlebih dahulu secara in situ.

Sebelum dilakukan PCR in situ, sel atau sampel jaringan harus difiksasi dan dipermeabilisasi. Setelah dilakukan fiksasi dan permeabilisasi, kemudian dilakukan amplifikasi in situ dengan menambahkan komponen-komponen yang diperlukan untuk PCR. Teknik ini sering dimanfaatkan untuk deteksi urutan nukleotida virus, analisis dengan jumlah kopi tunggal, analisis translokasi kromosom, analisis lokalisasi mRNA dalam sel atau jaringan.

Referensi
Clark, J.M. 1988. Nobel non-templated nucleotide addirion reactionns catalyzed by procaryotic and eucaryotic DNA polymerases. Nucleic Acid. Res. 20:9677-9686 Gelfand, D.H., and white, T.J. 1990. Thermostable DNA polymerases. In : innis, M.A., Gelfand, D.H., Sninsky, J.J., and white, T.J. (Eds.) PCR Protocols. A guide to methods and application. Academic press, inc. San diego Yuwono, Triwibowo. 2006. Teori dan aplikasi polymerase chain reaction. Yogyakarta: Penerbit Andi

Referensi
Darmo Handoyo dan Ari Rudiretna. 2001. PRINSIP UMUM DAN PELAKSANAAN POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR). Pusat Studi Bioteknologi: Universitas Surabaya. Any Aryani, Diah Kusumawaty. 2007. PRINSIP-PRINSIP POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR) DAN APLIKASINYA. Program Studi Biologi Jurusan Pendidikan Biologi: UPI. SHABARNI GAFFAR. 2007. PENGGUNAAN PCR (POLIMERASE CHAIN REACTION) UNTUK DETEKSI RETROVIRUS HTLV (HUMAN T-CELL LY. MPHOTROPIC VIRUS). UNIVERSITAS PADJADJARAN. Sri Agung Fitri Kusuma. 2010. Makalah PCR. UNIVERSITAS PADJADJARAN

Referensi
Andre. 2010. Pengenalan Teknik PCR Polymerase Chain Reaction. http://andrescabra.blogspot.com/2010/11/pengenalan-teknik-pcr-polymerase-chain.html. (tgl akses 28-Maret-2012 21:46) Anonim. 2009. Mengenal PCR (Polymerase Chain Reaction). http://sciencebiotech.net/mengenal-pcrpolymerase-chain-reaction/. (tgl akses 28-Maret-2012 21:58) Anonim. 2008. Mengenal Polymerase Chain Reaction (PCR). http://biologimolekuler.blogspot.com/2008/09/mengenal-polymerase-chain-reaction-pcr.html. (tgl akses 28-Maret-2012 22:10) Anonim. 2011. Mengenal Polymerase Chain Reaction (PCR). http://kenjiediary.wordpress.com/2011/05/16/mengenal-pcr-polymerase-chain-reaction/. (tgl akses 28Maret-2012 22:30) Anonim. BAB XI Polymerase Chain Reaction (PCR). http://biomol.wordpress.com/bahan-ajar/pcr/. (tgl akses 29-Maret-2012 21:40) Anonim. 2010. Menguji Spesifisitas Primer. http://sciencebiotech.net/menguji-spesifisitas-primer/. (tgl akses 29-Maret-2012 22:15) Anonim. 2010. Yuk Mendesain Primer dengan Primer3Plus. http://sciencebiotech.net/yuk-mendesainprimer-dengan-primer3plus/. (tgl akses 30-Maret-2012 16:45) http://id.wikipedia.org/wiki/Biologi_molekular

Anda mungkin juga menyukai