Anda di halaman 1dari 3

Langkah-langkah untuk pengoperasian pemodelan protein melalui internet

Masuk pada situs www.ncbi.nlm.nih.gov Pada kolom database pilih protein Ketik jenis protein yang akan menjadi template pada kolom keyword Dari sekian banyak protein yang ditampilkan pilih yang wildtype Klik send to pilih file pilih FASTA create file open with (dengan program wordpad) Maka tampaklah sekuensi dari protein template yang kita cari Jangan lupa untuk menguban asam amino dari urutannya secara manual (Yang merupakan protein yang akan kita teliti).

Langkah Untuk Pemodelan Protein


Masuk pada situs http://swissmodel.expassy.org/ Klik myworkspace Kalau belum registrasi, maka registrasi dulu untuk mendapatkan password. Kalau sudah registrasi tinggal log ini saja Pilih Tools template identification copy paste sekuensi asam amino yang akan kita teliti (jangan lupa di backspace untuk menghilangkan spasi antara sekuensi) Klik submit my workspace log in tunggu sampai template identification kita finished Klik di kodenya Muncul laman work unit pilih kode protein di bawah protein kita yang mau kita bandingkan (sebagai template) Pilih modeling automated mode copy paste sekuensi asam amino kita Masukkan kode PDB ID dan chainnya Submit modeling request Tunggu sampai model protein kita finish, kalau sudah finish klik di kodenya maka tampaklah laman model summary

Lihat berapa persen sequence identify Download model as pdb save Pilih tools structure assessment Browse model yang kta download tadi Pilih procheck submit Tinggu sampai structure assessment finish klik di kodenya Klik pdf ramachandran plot Dah bisa dianalisa apakah model protein kita dapay dipakai atau tidak. Bagaimana cara menganalisanya???? BACA BUKU PRINCIPLE OF PHYSIC OF BIOCHEMISTRY YANG SUDAH KITA FOTOKOPI BERSAMA

CARA PEMODELAN PROTEIN MENGGUNAKAN PYMOL Model pymol yang telah kita download dari PDB kita buka Setelah itu terserah kita mau kita apakan gambar tersebut dengan menggunakan A,S, H, L dan C (coba sendiri aja) Kalau kita mau membandingkan sekuens antara protein kita dengan protein wild type, maka kita klik display sekuens kemudian kita bandingkan sekuens yang berubah antara wild type dengan protein milik kita ganti warnanya maka kita dapat melihat lokasi daerah mutasi pada penelitian kita secara grafis Bisa juga di superimposed antara protein kita dengan protein wild type (klik A align to molecule) Kalau kita mau mengetahui daerah yang diprediksi sebagai epitop suatu protein, maka kita buka dulu program software