Anda di halaman 1dari 11

MAKALAH FISIOLOGI MIKROBIA

REKAYASA METABOLIK MIKROORGANISME SEBAGAI TOOL BIOSINTESA DAN BIODEGRADASI ZAT KIMIA

Disusun oleh : Aprian Heriyawan 09/282980/PN/11606

JURUSAN MIKROBIOLOGI FAKULTAS PERTANIAN UNIVERSITAS GADJAH MADA YOGYAKARTA 2012

I. 1. Latar Belakang

PENDAHULUAN

Mikroba telah dimanfaatkan secara luas sebagai bioreaktor untuk memproduksi antibiotik, protein terapi, ingredient untuk food maupun feed, biofuel, vitamin dan bahan kimia lainnya. Hal ini terkait dengan kecenderungan untuk mengganti proses sintesa kimia dengan menggunakan bioteknologi berbasis fermentasi mikroba. Selain lebih aman, kemampuan tumbuh yang cepat meskipun pada media yang murah, terkarakterisasinya sebagian besar genome yang berperan dalam kehidupannya, serta kemampuannya untuk mengkopi vektor menjadi alasan yang utama bagi pemanfaatan mikroba sebagai inang untuk penerapan rekayasa metabolik. Makhluk multiseluler, baik manusia, hewan, maupun tumbuhan tersusun atas jutaan sel. Tiap sel memiliki fungsi tertentu untuk kelangsungan hidup suatu organisme. Untuk menjalankan fungsinya, sel melakukan proses metabolisme. Metabolisme (bahasa Yunani: , metabolismos, perubahan) adalah semua reaksi kimia yang terjadi di dalam organisme, termasuk yang terjadi di tingkat selular. Secara umum, metabolisme memiliki dua arah lintasan reaksi kimia organik, katabolisme, yaitu reaksi yang mengurai molekul senyawa organik untuk

mendapatkan energi anabolisme, yaitu reaksi yang merangkai senyawa organik dari molekul-molekul tertentu, untuk diserap oleh sel tubuh. Kedua arah lintasan metabolisme diperlukan setiap organisme untuk dapat bertahan hidup. Arah lintasan metabolisme ditentukan oleh suatu senyawa yang disebut sebagai hormon, dan dipercepat (dikatalisis) oleh enzim. Pada senyawa organik, penentu arah reaksi kimia disebut promoter dan penentu percepatan reaksi kimia disebut katalis. Pada setiap arah metabolisme, reaksi kimiawi melibatkan sejumlah substrat yang bereaksi dengan dikatalisis enzim pada jenjang-jenjang reaksi guna menghasilkan senyawa intermediat, yang merupakan substrat pada jenjang reaksi berikutnya. Keseluruhan pereaksi kimia yang terlibat pada suatu jenjang reaksi disebut metabolom. Semua ini dipelajari pada suatu cabang ilmu biologi yang disebut metabolomika. 2. Tujuan 1. Mengetahui peran rekayasa metabolomik pada berbagai bidang kehidupan 2. Mengetahui mekanisme yang dapat terjadi dengan rekayasa metabolomik

II.

ISI MAKALAH

Rekayasa metabolik biasanya didefinisikan sebagai target dan tujuan dari metabolic pathway yang didapat dari suatu organisme dalam rangka pemanfaatannya untuk tranformasi kimia, energi transduksi, supramolecul asembly. Bidang yang melibatkan multidisiplin ini menggambarkan hubungan beberapa prinsip dari rekayasa kimia, komputer sains, biokimia, dan biologi molekuler. Secara prinsip, rekayasa metabolik adalah aplikasi dari prinsip rekayasa desain dan analisa metabolic pathway untuk mencapai suatu tujuan. Tujuan itu bisa saja untuk meningkatkan proses produksi, biosintesa prekursor atau polimer, atau untuk memperbesar kapasitas metabolisme dengan penambahan proses tertentu untuk produksi atau degradasi zat kimia. Teknologi ini meliputi penggunaan DNA teknologi dan pemahaman yang dalam mengenai fisiologi sel untuk memodifikasi intermediate metabolisme. Yang menarik dari rekayasa metabolisme ini adalah simulasi aplikasi membuka peluang bagi perbaikan strain yang mampu meningkatkan produksi melalui proses metabolisme tertentu. Trend yang sekarang sedang terjadi terfokus pada penggunaan proses biologi sebagai alternatif dari proses kimiawi, yang lebih besar dari segi kontinunitasnya dan tentunya proses green chemistry yang lebih ramah lingkungan. Perkembangan pada genomic, transcriptomics, proteomics, metabolomic dan bahkan fluxomics mengarahkan kita untuk mempelajari metabolic pathway dan network pada level sistemnya. Fokus dari review ini terletak pada oportunitas potensi teknologi rekayasa metabolik mikroorganisme untuk memproduksi zat yang bermanfaat.

1. Fermentasi Mikroba rekombinan untuk merubah biomasa (limbah) menjadi produk yang bermanfaat.

Rekayasa Mikroba untuk produksi bioethanol. Krisis energi telah memaksa manusia untuk menciptakan energi alternatif terbarukan (renewable energy), salah satunya adalah produksi bioethanol. Umumnya ethanol diproduksi dengan menggunakan pati sebagai bahan bakunya, terutama untuk memenuhi kebutuhan industri makanan. Hingga kini, bahan bakar etanol memiliki pasar terbesar yang mencapai 60% total produksi etanol dunia. Sedangkan etanol untuk industri mencapai 20% dari pasar ini dan untuk industri minuman berkisar 15%, dimana kedua pasar ini tumbuh perlahan dibanding pasar bahan bakar etanol.

Gambar 1. Rekayasa Metabolik S.cerevisiae untuk konversi gula Pentosa menjadi bioethanol

Oleh karena produksi bioetanol dengan pati sebagai bahan baku tidak ekonomis, maka diupa yakan untuk menggunakan limbah pertanian, industri seperti kulit beras, serbuk kayu, yang kadar gulanya masih tinggi ( lebih dari 60%) sebagai bahan baku pengganti pati. Beberapa mikroba telah direkayasa sehingga mampu untuk mengkonversi monosakarida dari limbah, menjadi bioethanol, seperti Z.mobilis, E.coli, Lactobacillus sp. dan S.cerevisiae. Sebagai contoh, S.cerevisiae secara alami, tidak mempunyai kemampuan untuk mengkonversi xylosa dan arabinosa yang merupakan bula pentosa menjadi bioetanol. Tetapi dengan menambahkan beberapa gen penyandi xylose isomerase, xylulokinase, L-arabinose isomerase, L-ribulose kinase, rekombinan S.cerevisiae mampu mengkonversi gula pentosa menjadi bioetanol. Gambar 1. di atas, menunjukkan metabolisme S.cerevisiae yang telah direkayasa agar mampu mengkonversi gula pentosa ( xylosa dan arabinosa ) menjadi bioethanol. Rekombinan S.cerevisiae mampu memproduksi bioethanol sebesar 50~70 g/100 g biomas.

Rekayasa Mikroba untuk produksi R-(-) Hydroxycarboxylic Acids (material biodegradable plastic) Polyhydroxyalkanoat (PHAs) adalah kelompok

biodegradable poliester yang tersintesa dan terakumulasi oleh bermacam bakteri. PHA merupakan berguna material untuk yang

produksi

biodegradable plastic, yang ramah dari lingkungan. 140 jenis Lebih asam yang

karbosilat

terhidroksilasi pada posisi 3, 4-, 5-, atau 6-, semua dalam konfigurasi (R). Jika mereka terletak pada pusat kiral pada posisi gugus hidroksil, akan bisa berinkorporasi ke dalam PHAs dengan cara menumbuhkan bakteri target pada kondisi kultur yang berbeda. Karena itu, sangat beralasan bahwa beragam RHAs menjadi mudah dipersiapkan dengan depolimerisasi PHAs tersintesa. RHAs mengandung 2 fungsional grup yang mudah dimodifikasi untuk sintesa beragam senyawa kiral kususnya senyawa kimia tertentu seperti antibiotik, vitamin, parfum, feromon. Sebagai contoh, (R)-3-hydroxy butyric acid (R3HB) adalah prekursor penting dari 4-acetoxyazetidinone, yang sering digunakan untuk carbapenem antibiotik, yang mempunyai nilai market jutaan dolar. Poly-(R)-(-)-3hydroxybutyrate (PHB) adalah member yang paling banyak dari PHAs. Metoda untuk produksi R3HB dengan

pemotongan secara kimiawi membutuhkan larutan organic dalam jumlah besar sedangkan efisiensi produk relative rendah karena prosesnya yang komplikatif. Disisi lain, metabolisme untuk sintesa dan degradasi PHB memainkan peranan penting pada beberapa bakteri

untuk reservation dan reutilization dari excess karbon dan sumber energi dan mengurangi power. Pada bakteri, PHB tersintesa dari acetyl - coenzyme A (CoA) dengan 3 reaksi enzim yaitu, -ketothiolase, acetoacetyl-CoA reductase, dan PHA synthase (gambar 3). Ketika kondisinya sesuai, PHB terdepolimerasi menjadi R3HB oleh enzim intraselular PHA depolymerase dan oligomer hydrolase. R3HB dehydrogenase mengubah R3HB menjadi acetoacetate, yang kemudian dimetabolisme di dalam sel. Dengan teknik rekayasa metabolik, telah dilakukan ekspresi enzim PHA depolymerase pada E.coli dimana bakteri rekombinan ini mampu mengakumulasi PHB lebih dari 90% dari berat sel kering seperti gambar 4 di atas. Dengan terproduksinya PHAs secara masal, produksi biodegradable plastic skala industri yang lebih ramah lingkungan bisa dilakukan Produk biodegradable plastic bisa dilihat pada gambar 4. Dengan merekayasa mikroba E.coli telah dihasilkan R3HB sebesar 49.3% dari glukosa yang terkonsumsi.

2. Fermentasi Mikroba rekombinan untuk Memproduksi Obat-obatan

Rekayasa Mikroba untuk Produksi Tetrahydrobiopterin (BH4)

NH2TP 6PPH4 BH4

Gambar 5. Rekayasa metabolik E. coli untuk produksi BH4. Tetrahydrobiopterin (BH4) merupakan kofaktor yang esensial pada mahluk hidup tingkat tinggi yang digunakan oleh beberapa enzim seperti phenylalanine hydroxylase, tyrosine hydroxylase, tryptophan hydroxylase, dan 3 isoform dari NO synthase. Kofaktor ini sangat penting bagi fisiologi manusia, dimana beberapa penyakit neurologi seperti Doparesponsive dystonia dan Parkinson, diakibatkan karena terbatasnya ketersediaan BH4 dalam tubuh. BH4 digunakan sebagai obat dengan nama generik; sapropterin hydrocloride untuk mengobati pasien penderita typical hyperphenylalaninemia yang disebabkan oleh defisiensi integral BH4 pada alur biosintesa.

Sejak tahun 1992 BH4 alami untuk medik telah disintesa secara kimiawi. Tetapi proses ini sangat sulit karena membutuhkan material yang mahal, proses yang cukup banyak, dan prosedur penanganan yang rumit. Oleh karena itu, metoda alternatif dengan menggunakan teknik rekayasa metabolik dikembangkan untuk mendapatkan proses produksi yang lebih ekonomis dan efisien. Gen dari mamalian yang terkait dengan sintesa GTP menjadi BH4 telah diklon ke dalam E.coli. Gen tersebut adalah GTP cyclohydrolase I (GCHI), 6-pyruvoyl-tetrahydropterin synthase (PTPS), dan sepiapterin reductase (SPR). Gambar 5 di atas merupakan skema rekayasa E.coli yang berhasil memproduksi BH4 sebesar 4.0 g per liter kultur, sehingga bisa diproduksi secara komersial skala industri.

Rekayasa Mikroba untuk Produksi L-Glycerol 3-phosphate (L-G3P) L-glycerol 3-phosphate (L-G3P) adalah

senyawa kiral yang mempunyai karbon yang berikatan dengan residu phosphate pada C3 dan 2 gugus hidrosyl berlokasi pada C1 dan C2 (lihat gambar 6). L-G3P merupakan natural stereo enantiomer pada semua organisme yang sangat stabil pada suhu tinggi. Gambar 6 . Struktur 3 dimensi dari LGlycerol 3-phospate L-G3P merupakan komponen potensial bagi sintesa monosakarida secara dan enzimatik.

glycerophospholipid

Monosakarida bisa disintesa dari L-G3P melalui dihydroxyacetone phosphate (DHAP). LG3P merupakan prekursor pada biosintesa phosphatidic acid, yang merupakan kunci

Gambar 7. A) gula menempel pada protein dan lemak yang berada di permukaan sel. B) cancer combating melalui aktivasi antibodi oleh vaccine

perantara bagi formasi semua glycerophospholipid, yang merupakan komponen biologi utama dari membran, seperti lecithine dan phosphatidyl cholin. Monosakarida dan glycerophospholipid mempunyai peluang besar dalam pengembangan therapeutic dan vaksin

Gambar 8. L-G3P pada pathway biosintesa Glycerol pada S. cerevisiae.

baru.

Sebagai contoh gula melekat pada beberapa protein dan lipid yang ada di permukaan sel, yang berpartisipasi pada proses biologi seperti sistem imun dan komunikasi antar sel (gambar 7A). Obat berbasis karbohidrat bisa digunakan sebagai vaksin atau penghambat bagi pertumbuhan tumor. Gambar 7B menunjukkan vaksin yang digunakan untuk melawan kanker, berikatan dengan gula tertentu pada permukaan sel tumor. Vaksin kemudian menginduksi sistem imun untuk menghasilkan antibodi yang memfasilitasi penghancuran sel tumor. Jenis lain dari obat antiviral berbasis pada molekul kecil yang berfungsi sebagai inhibitor bagi glycosylation enzyme dalam sel, yang menyebabkan terjadinya mis-glikosilasi sehingga menimbulkan misfolding dari matrik protein virus. Dengan demikian virus tersintesa dalam bentuk tidak aktif, yang pada akhirnya akan didegradasi oleh protease. Obat seperti ini telah diterapkan untuk virus hepatitis B dan bahkan untuk pengobatan HIV. Kesimpulannya, L-G3P merupakan prekursor bagi pharmaceuticals yang sangat stabil. Pada S.cerevisiae L-G3P diproduksi dengan cara mendapatkan mutan S.cerevisiae yang tidak mengandung satu atau dua dari isozyme L-Glycerol 3-phosphatase (gpp1, gpp2 atau gpp1 gpp2) seperti terlihat di gambar 8. Pada mutan S.cerevisiae tersebut, dimasukkan gen GPD1 untuk dioverexpresikan. Produksi L-G3P oleh rekombinan S.cerevisiae mencapai 5 mg/ g sel kering.

Fermentasi Mikroba rekombinan untuk Bioremediasi Pestisida digunakan oleh para petani di Indonesia dalam jumlah yang sangat besar. Kebanyakan dari pestisida yang digunakan merupakan derivat dari parathion, yang sangat toksik. Untuk mengatasi hal tersebut, gen opd penyandi parathion hydrolase telah

Gambar 9. Rekayasa metabolik pada E.coli untuk tujuan bioremediasi merubah parathion menjadi molekul yang non toxic diklon dan disekuen dari mikroba jenis Pseudomonas dan Flavobacterium, dan kemudian ditransformasikan ke dalam E.coli dan Pseudomonas putida. Parathion hydrolase mampu mendegradasi parathion menjadi PNP dan DETP, dimana PNP kemudian diubah menjadi N, C yang tidak toksik dan bermanfaat bagi pertumbuhan sel oleh satu operon gen pendegradasi PNP. Sementara itu, gen penyandi enzim phosphodiesterase telah diklon ke E.coli sehingga mampu menggunakan dietil fosfate sebagai sumber fosfate.

III.

KESIMPULAN DAN SARAN

Kesimpulan Teknologi rekayasa metabolik seperti tersebut diatas, teknologi yang berbasis pada pemahaman alur metabolik, DNA teknologi, komputer desain, dan biokimia. Artinya teknologi ini tidak memerlukan suatu perangkat mesin kusus yang mahal, tetapi lebih kepada kombinasi imformasi dari beberapa disiplin ilmu tersebut. Kelebihan teknologi ini dibanding DNA teknologi adalah lebih kepada optimalisasi proses yang terarah dalam mencapai tujuan. Dari beberapa pemaparan aplikasi rekayasa metabolik pada mikroba di atas, bisa diambil kesimpulan bahwa teknologi ini sangat atraktif untuk dikembangkan guna mensintesa maupun mendegradasi zat zat target.

Prospek Rekayasa Metabolik di Indonesia. Sudah menjadi masalah klasik dari suatu negara berkembang adalah minimnya ilmu pengetahuan dan keinginan untuk menerapkannya. Sehingga berdampak pada persoalan makro, seperti penggunaan zat kimia beracun, DDT untuk pestisida, ketidakmampuan untuk mengolah limbah (pertanian, kehutanan dan industri makanan dan untuk memproduksi material yang bermanfaat, tingginya biaya penelitian yang berbasis bioteknologi serta masih banyak lagi. Sementara itu, Indonesia sebagai negara tropis sebenarnya kaya akan berbagai potensi. Potensi sumber daya alam, yang di dalamnya adalah sumber daya mikroorganisme, potensi SDM, dengan semakin banyaknya warga negara Indonesia yang belajar ke luar negeri dan telah kembali dengan membawa pengetahuan yang modern, dan tidak kalah potensi masalah, karena masalah itu untuk dipecahkan bukan dibiarkan atau ditinggalkan sehingga menjadi peluang bagi timbulnya kreatifitas, dan yang berikutnya potensi pasar, dimana Indonesia memiliki penduduk yang besar, dan terletak diantara 2 benua. Dengan semua potensi tersebut, peluang aplikasi rekayasa metabolik sebenarnya sangat besar. Tinggal bagaimana pemerintah dan para peneliti memahami dan mendanai penelitian berbasis teknologi ini.

DAFTAR PUSTAKA Anderson, A. J., and Dawes, E. A., 1990. Occurrence, metabolism, metabolic role, and industrial uses of bacterial polyhydroxyalkanoates. Microbiol. Rev. 54, 450 472 Albertyn, J., Hohmann S., Thevelein, J. M. and Prior B. A. 1994. GPD1 encoding glycerol 3phosphate dehydrogenase is essential for growth under osmotic stress in Saccharamyces cerevisiae, and its expression is regulated by the high-osmolarity glycerol response pathway. Mol. Cell. Biol. 14, 4135 4144. Doi, Y. 1990. Microbial polyesters. VCH, New York, N.Y. Dove A. 2001. The bittersweet promise of glycobiology. Nat. Biotechnol. 19, 913 917 Eriksson P., Andre, L., Ansell, R., Blomberg, A. and Adler, L. 1995. cloning and characterization of GPD2, a second gene encoding sd-glycerol 3-phosphate dehydrogenase (NAD+) in Saccharomyces cerevisiae, and its comparison with GPD1 Mol. Biol. 17, 95 107. Koeller, K.M., and Wong, C.H. 2000. Emerging themes in medicinal glycoscience. Nat. Biotechnol. 18, 835 841 Lee, S.Y. 1996. Bacterial polyhydroxyalkanoates. Biotechnol. Bioeng. 49. 1 14