Projet ANR Gnomique MtaQTL

BioMercatorV3
Olivier Sosnowski, Johann Joets Tutoriel version novembre 2010 26 Novembre 2010

Sommaire
Projet ANR Gnomique MtaQTL.......................................................................................................1 Introduction..........................................................................................................................................3 Ouverture des fichiers de donnes........................................................................................................3 Visualisation des cartes.........................................................................................................................6 Reprsentation d'une carte complte...........................................................................................6 Zoom individuel..........................................................................................................................8 Reprsentation par chromosome.................................................................................................8 Analyses (BioMercator v2)..................................................................................................................9 Compilation de cartes..................................................................................................................9 Mta analyses de Qtls...............................................................................................................10 Analyses (MetaQTL)..........................................................................................................................11 Vrification des connexions entre les cartes(InfoMap).............................................................11 Comparaison de cartes (MMapView).......................................................................................13 Cration de la carte consensus (ConsMap)...............................................................................13 Projection de Qtls (QTLProj)....................................................................................................14 Mta analyse de Qtls(QTLClust & QTLTree)..........................................................................15 Mta analyses..................................................................................................................15 Visualisation des modles................................................................................................16 Export en fichiers images..........................................................................................................18

Introduction
Ce tutoriel va vous guider pas pas dans toutes les fonctionnalits de BioMercator V3 afin que vous puissiez vous familiariser avec ce logiciel. Les fichiers de donnes utilises par ce tutoriel se trouvent dans le dossier 'sample'. Voici une liste de ces fichiers : Fichiers au format BioMercatorV3 : Fichier de carte : sample/Format standard BioMercatorV3/*.txt Fichier de Qtls : sample/Format standard BioMercatorV3/*.txt Fichiers au format BioMercatorV2 : Fichier de carte : sample/Format BioMercatorV2/*.txt Fichier de Qtls : sample/Format BioMercatorV2/*.txt Fichiers au format XML d'change BioMercatorV3 : Fichiers de carte : sample/Format standard BioMercatorV3/*_map.txt Fichier de Qtls : sample/Format standard BioMercatorV3/*_qtl.txt Fichiers au format XML MetaQTL : Fichiers de carte (Qtls inclus) : sample/Format MetaQTL XML/data/* Fichier d'ontologie : tutoriel/MetaQTL/Format MetaQTL XML/ontology.xml

Ouverture des fichiers de donnes

Lors de la premire ouverture du logiciel, l'espace de travail (ou Workspace) est compltement vide.

Fig 1: Logiciel au dmarrage

Nous allons commencer par charger les fichiers de cartes gntique au format MetaQTL. L'assistant est accessible dans le menu 'Fichier', 'Ouvrir'; slectionner 'Nouveau Projet' et le nommer 'data'. Le format standard de ce logiciel est le format texte tabul BioMercatorV3. Pour le moment, le tutoriel est bas au dpart sur format XML de MetaQTL, mais la version suivante le sera sur le format standard.

Fig 2: Chargement de fichier tape 1

La fentre suivante permet de parcourir le disque dur pour chercher les fichiers de donnes. L'assistant peut charger diffrents types de fichiers, et chacun est prsent en diffrents exemplaires dans le rpertoire du tutoriel : Le format standard BioMercatorV3 tabul de carte Le format standard BioMercatorV3 tabul de qtls Le format XML BioMercatorV3 d'change Le format BioMercatorV2 tabul de cartes Le format BioMercatorV2 tabul de qtls Cliquer sur 'Parcourir', slectionner tous les fichiers XML fournis. (maintenir 'shift' ou 'Control' appuy pour slectionner plusieurs fichiers)

Fig 3: Chargement de fichier tape 2

Fig 4: Chargement de fichier tape 3

Aprs validation, une description de toutes les cartes charges s'affiche.

Fig 5: Chargement de fichier tape 4

Une fois cette fentre ferme (cliquer sur 'Terminer'), le projet 'data' contenant les cartes est maintenant disponible dans l'espace de travail.

Fig 6: Chargement de fichier tape 5

Afin de montrer le fonctionnement de l'assistant, l'tape suivante sera de charger plusieurs cartes provenant de plusieurs formats de fichiers diffrents. Ouvrir l'assistant de la mme faon que prcdemment, choisir un nouveau projet tel que 'All' et explorer le disque dur pour choisir tous les fichiers contenus dans le rpertoire 'allFormats' (dans le rpertoire 'sample').

Fig 7: Chargement de plusieurs formats de fichiers

L'ensemble de fichiers slectionns est list ainsi que leur type. Les donnes charges sont maintenant accessible via l'arborescence gauche dans le projet choisi.

Fig 8: Ensemble des cartes charges

Visualisation des cartes

Reprsentation d'une carte complte
Le dclenchement de laffichage d'une carte complte ou d'un chromosome est modifi par rapport aux versions prcdentes : cet affichage n'est plus command par un clic sur le nom de la carte ou du chromosome, mais par un Glisser-Dposer sur lespace de travail (panneau principal) depuis le gestionnaire de donnes (panneau de gauche). Pour afficher un chromosome, cliquer sur le nom chromosome dans l'arborescence, puis tout en maintenant enfonc le bouton gauche de la souris, le faire glisser vers le panneau d'affichage. Lcher le bouton pour afficher le chromosome. Il est possible de procder de la mme manire pour afficher dautres chromosomes de nimporte quelle carte. Cela peut permettre de comparer des chromosomes de plusieurs cartes. Pour afficher une carte complte, procder de a mme manire en tirant le nom dune carte vers lespace de travail. Lors d'un "gliss-dplacer" d'une carte, le panneau d'affichage est pralablement effac, et ne contiendra uniquement la carte choisie. Un clic sur le bouton Tout effacer vide lespace de travail. Il est possible de supprimer de laffichage uniquement un ou plusieurs chromosomes. Pour supprimer un chromosome de la vue, positionner la souris sur le chromosome supprimer et presser la touche r (pour remove).

Fig 9: Affichage d'un chromosome tape 1 : Cliquer

Fig 10: Affichage d'un chromosome tape 2 : Glisser

Fig 11: Affichage d'un chromosome tape 3 : Lcher

Zoom individuel
Cette fonctionnalit permet de zoomer sur un chromosome sans activer le mode zoom en cascade. Ce mode de reprsentation est donc adapt si lon souhaite visualiser plusieurs chromosomes cote cote. Cette fonctionnalit est disponible lorsque plusieurs chromosomes sont reprsents. Dplacer la souris au dessus de la zone du chromosome a agrandir agrandir, et appuyer sur la touche 'i' (pour in) ou sur la touche 'o' (pour out) pour respectivement d'augmenter et de diminuer le zoom. Les touches 'u' (pour up) et 'd' (pour down) permettent de se dplacer sur le chromosome. Une reprsentation horizontale du chromosome symbolisant la rgion zoome est figure juste en dessous du chromosome.

Fig 12: Zoom par chromosome

Reprsentation par chromosome

Slectionner un chromosome directement dans l'arborescence : pour agrandir le chromosome, cliquer sur le bouton 'Zoom' (Le pointeur de souris changera de forme pour devienir une main). Cliquer sur la partie du chromosome agrandir -> un curseur apparat sur le chromosome et un agrandissement de dessine droite du chromosome.

Fig 13: Utilisation du zoom

Deux fonctionnalits sont disponibles : le dplacement de ce curseur (cliquer sur le curseur, faire glisser la souris tout en maintenant le clic pour le dplacer) la modification de sa taille (faites glisser la souris ses extrmits hautes et basses) Ces tapes peuvent tre renouveles pour agrandir la nouvelle zone.

Fig 14: Utilisation du zoom

Le zoom permet l'affichage de loci non visibles sans agrandissement; en effet, lorsque le nombre de loci afficher est trop important, l'interface limine certains loci de faon arbitraire.

Fig 15: Utilisation du zoom

Analyses (BioMercator v2)

La compilation de cartes (par projection de loci et de Qtls), et la mta analyse de Qtls tels qu'implments dans BioMercatorV2 sont disponibles dans cette nouvelle version.

Compilation de cartes
Cliquer sur 'Analyse', 'BioMercator V2', 'Compilation de Cartes' Crer un nouveau projet nomm "analysesBioM" par exemple Slectionner 'Cardinal_2001' comme carte projeter Slectionner 'Groh' comme carte cible Donner un nom la carte consensus

Fig 16: Compilation de carte

La nouvelle carte est calcule ; lorsque l'analyse est finie, une fentre donne des informations sur l'excution (une erreur sera prsente par exemple si aucun marqueur commun n'a t trouv entre les deux cartes). Cliquer sur la carte rsultante (dans le projet 'AnalysesBioM') pour voir les loci qui projets (ils sont de couleur bleue).

Fig 17: Compilation de carte

Mta analyses de Qtls

Nous allons lancer une mta analyse sur le chromosome 3 du rsultat de la projection de l'tape prcdente : Cliquer sur 'Analyse', 'BioMercator V2', 'Mta analyse de QTLs' Slectionner le projet cr prcdemment (nomm "analysesBioM") Slectionner le chromosome 3 Slectionner la carte rsultante prcdente (projet "analysesBioM") Donner un nom la nouvelle carte de mtaQtls rsultante

Fig 18: Mta analyse

Une fois l'analyse acheve, la nouvelle carte est disponible dans l'espace de travail. La carte cre contient les chromosomes sur lesquels la mta analyse a t faite, et sont reprsents de la forme d'un rpertoire; ils contiennent les diffrents modles (correspondants 1, 2, 3 et 4 mtaQTLs) ainsi que le fichier rsultat listant la position des mtaQtls et les valeurs du critre d'Akaike pour les modles de 1 4 et n mtaQTLs.

Fig 19: Mta Analyse

Analyses (MetaQTL)
BioMercatorV3 propose d'utiliser directement les fonctions du logiciel MetaQTL. Le droulement standard des analyses est le suivant : Vrifier la connectivit entre les cartes d'entres (prsence et ordre des marqueurs communs) Crer une carte consensus de loci Projeter les Qtls sur la carte consensus Lancer une mta analyse sur une lot de Qtls de la carte consensus Afficher les rsultats pour le modle de son choix

Vrification des connexions entre les cartes(InfoMap)

InfoMap permet de vrifier la bonne connexion entre les cartes afin de pouvoir les utiliser pour obtenir une carte consensus. Cliquer sur 'Analyses', 'MetaQTL', 'InfoMap'

Choisir de crer un nouveau projet "AnlayseMQTL" Dans la fentre de l'analyse, dans l'arborescence, choisir toutes les cartes charges au dbut du tutoriel Lancer l'analyse

Fig 20: InfoMap

Une fois l'analyse effectue, 2 fichiers sont crs ; ils comprennent des informations sur les marqueurs communs dans l'espace de travail, dans le projet choisi.

Fig 21: InfoMap

Fig 22: InfoMap

Comparaison de cartes (MMapView)

MmapView cre une image des liens existant entre les cartes ; Cliquer sur sur 'Analyses', 'MetaQTL', 'MmapView' Slectionner 'Mechin' comme carte de rfrence, puis 'Poupard' comme carte comparer Donner un nom au nom de fichier rsultat ('Mechin_On_Poupard' par exemple) Lancer l'analyse

Fig 23: MmapView

Une fois l'analyse temine, une image est accessible dans l'arborescence du projet. Les marqueurs inverss ont des liens rouges.

Fig 24: MmapView

Cration de la carte consensus (ConsMap)

La cration d'une carte consensus se fait en 1 tape, et ne ncessite pas de procdure itrative. Cliquer sur 'Analyses', 'MetaQTL', 'Consensus'

Choisir le projet cible Il est demand de choisir les cartes d'origine qui formeront la carte consensus ; choisir toutes les cartes fournies au dbut du tutoriel Lancer la cration de la carte consensus

Fig 25: ConsMap

Fig 26: ConsMap

Projection de Qtls (QTLProj)

Une fois avoir cr la carte consensus, il est ncessaire de projeter les Qtls contenus dans les cartes d'origines sur la carte consensus. Pour ce faire : Cliquer sur 'Analyses', 'MetaQTL', 'Compilation' Slectionner toutes les cartes d'origines Slectionner le projet de la carte consensus pour la carte de rfrence Slectionner la carte consensus comme carte de rfrence

Lancer la projection

Fig 27: Projection de Qtls

Fig 28: Projection de Qtls

Mta analyse de Qtls(QTLClust & QTLTree) Mta analyses

L'ensemble des mthodes de mta analyse sont lances simultanment (voir la documentation de BioMercatorV3 et de MetaQTL). Cliquer sur 'Analyses', 'MetaQTL', 'Mta analyse' Choisir le projet cible Choisir le chromosome 1 de la carte consensus comportant les Qtls (appele 'Compilation') Slectionner le nombre de mta caractres : Soit en indiquant le fichier d'ontologies fourni Soit en dcidant de grouper l'ensemble des caractres en 1 seul mta-caractre Lancer l'analyse

Fig 29: Mta analyse

Le rsultat de la mta analyse est une liste de 4 fichiers : "_res.txt" "_crit.txt" "_model.txt" "_qtlTree.txt" Parmi ces fichiers, seul celui nomm "_model.txt" est clairement lisible, et correspond aux meilleurs modles en fonction de critres. Les autres fichiers servent la visualisation des modles. (voir la documentation de BioMercatorV3 et de MetaQTL)

Visualisation des modles

Cliquer sur 'Analyses', 'MetaQTL', 'Mta analyse : visualisation' Choisir le projet cible Choisir le fichier rsultat de l'tape prcdente (le champ 'projet' est dj rempli) Choisir le chromosome afficher Choisir le nombre de mtaQtls conseill par le fichier "_model.txt" Changer les paramtres par dfaut provenant de metaQTL si ncessaire kmin : la valeur minimale pour calculer l'UCI (unconditional confidence intervals) kmax : la valeur maximale pour calculer l'UCI Lancer l'analyse

Fig 30: Visualisation de mta analyses

l'issue de l'excution, 2 nouveaux fichiers seront crs, et une carte comprenant les mtaQTLs. L'un des fichiers donne l'information sur l'appartenance des Qtls aux mtaQtls de la carte ; l'autre fichier est une image du clustering hierarchique du modle.

Fig 31: Visualisation de mta analyses

Fig 32: Visualisation de mta analyses

Export en fichiers images

BioMercator V3 permet l'export du panneau d'affichage en fichiers images : format Jpeg : fichier image simple format SVG : c'est dire un dessin vectoriel, pouvant ainsi tre dit par la suite laide de logiciels adapts L'exportation se fait simplement via le menu 'Fichier' 'Exporter'.