Anda di halaman 1dari 10

ANALISIS KRITIS ZOOLOGI VERTEBRATA

Judul jurnal yang dianalisis

Genetic Relationships of Japanese and Korean Bagrid Catfishes Inferred from Mitochondrial DNA Analysis (Hubungan genetic ikan lele Jepang dan Korea diambil dari analisis DNApada Mitikondria)

Nama penulis analisis kritis : Ardiani Samti NA 100341400678

Tempat & waktu penulisan analisis kritis Malang, Jln.Terusan Surabaya 87 C , 07 Oktober 2011

Bibliografi

Toshio Okazaki, Sang-Rin Jeon, Masakazu Watanabe, and Tadao Kitagawa. 1999. Genetic Relationships of Japanese and Korean Bagrid Catfishes Inferred from Mitochondrial DNA Analysis Zoological Society of Japan,(Online) ,16(2):363-373,( http://www.bioone.org/doi/full/10.2108/zsj.16.363), diakses pada 26 September 2011

Tujuan penulisan jurnal Ikan lele atau dalam bahasa inggris disebut cat fish merupakan ikan yang

persebarannya luas. Ikan lele merupakan family Bagridae yang distribusinya dari Afrika hingga Asia Timur. Dalam jurnal ini, tujuan peneliti dalam penulisan jurnal adalah 1. Untuk mengetahui hubungan genetik ikan lele Jepang dan Korea ditinjau dari DNA mitikondrianya

2. Untuk mengetahui morfologi luar ikan lele yang berasal dari Jepang dan Korea

Fakta unik pada jurnal Masing-masing dari 16 endonuklease restriksi menghasilkan beberapa

pola pita. Namun,penggunaan TSP EI, yang memberikan pola banding ambigu dalam sebuah studi sebelumnya, dihentikan. Setiap spesies ditandai oleh kombinasi yang berbeda morph yang dihasilkan oleh para NJ dan MP. Karena ikan lele bagrid juga banyak didistribusikan dalam Asia Timur,dengan sejumlah besar spesies didistribusikan di Cina daratan daripada di Korea dan Jepang, maka rendah kemungkinan wakil Korea dan Jepang bersamasama monofiletik,harus dicatat Studi saat ini menolak anggapan masa lalu bahwa spesies P. ichikawai erat terkait dengan P. brevicorpus di Korea dan menunjukkan tidak hanya hubungan kerabat dekat anatar dua spesies yang diperiksa. Oleh karena itu sulit untuk menyelesaikan asal-usulnya hanya didasarkan pada set data saat ini. Sebuah pola yang serupazoogeografis, yang menghubungkan pusat Jepang dengan ujung selatan Semenanjung Korea, juga terlihat dalam Loach genus Niwaella, meskipun kurangnya informasi genetic menghalangi klasifikasi tersebut lebih lanjut.

Pertanyaan penting dalam jurnal

1. Ikan air tawar diyakini telah menembus Jepang ketika Negara itu dan daratan Asia bergabung dengan jembatan tanah selama berbagai periode glacial. Pertanyaan: a. Hal apa yang membantu keberadaan ikan air tawara itu ,sehingga masih hidup hingga sekarang? b. Apakah yang dimaksud dengan jembatan tanah itu?

2. Baru-baru rentang dengan

ini, yang

P.

nudiceps diduga Ayu

telah endemik,

ditemukan

di

sungai telah dari

di

luar

tampaknya altivelis)

disertai Danau

transplantasi

(Plecoglossus

Biwa. Hal ini diyakini bahwa spesimen Sungai Kiso (St 11) diperiksa dalam penelitian ini berasal dari seperti sebuah transplantasi. Pertanyaan : Apakah yang menyebabkan ikan-ikan tersebut bermigrasi ke danau-danau tersebut?

3. Secara khusus telah dianggap bahwa spesies Korea, Pseudobagrus fulvidraco dan P.brevicorpus, erat terkait dengan P. nudiceps dan P.ichikawi, yang masing-masing ditemukan di Jepang. Pertanyaan: a. Bagaimana morfologi tubuh keduanya? Apakah memiliki perbedaan? b. Meski berasal dari genus yang sama, apakah keduanya juga memiliki variasi genetic yang sama?

Prinsip sains yang relevan dengan konsep yang dipelajari Sebagian dari urutan gen b sitokrom dan potongan panjang fragment

polimorfisme pada DNA mitokondria digunakan untuk memeriksa hubungan inter dan intra spesifik diantara 9 spesies ikan lele dari famili Bragidae di Jepang dan Korea. Beberapa opini telah dikemukakan mengenai hubungan kekeluargaan antara ikan lele Bagrid Jepang dan Korea, berdasarkan kemiripan morfologi luarnya. Hampir sebagian opini tersebut ditolak atau berlainan dengan terbaru. Misalnya, telah dipertimbangkan bahwa spesies dari data Korea:

Pseudobagrus brevicorpus dan P. fulvidraco adalah berhubungan dekat dengan spesies : P. ichikawai and P. nudiceps yang ditemukan di Jepang. Dengan cara yang sama P. nudiceps and P. fulvidraco terwakili pada jarak cabang yang jauh.Sedangkan secara intraspesifik genetic perbedaan lele Bagrid Jepang dan Korea relative kecil, meski secara populasi geografisnya berbeda. Berikut langkah kerja dari penelitian ini: Sejumlah DNA ikan diekstrak dari jaringan otot putih sebanyak 500 mg, mengikuti Lansmen (1991). Potongan pasangan DNA tersebut panjangnya sekitar 1.9 kilobasa (kbs) yang berasal dari sitokrom b pada gen 12S Rrna yang

mencakup seluruh D loop. Dijelaskan oleh Saiki (1988) dari DNA genom menggunak pasangan basa sederhana. Divergensi urutan nukleotida diperkirakan dengan membandingkan dengan elektroforesis pola dari dua sekuens DNA dalam pertanyaan (panjang-perbedaan metode; Nei dan Li, 1979), dicerna oleh pembatasan endonuklease. Phenograms yang dihasilkan oleh unweighted

pasangan kelompok metode (UPGMA; Sneath dan Sokal, 1973) dan neighborjoining

Pernyataan yang ingin dilakukan Setelah membaca dan membuat analisis kritis jurnal yang berjudul Genetic

Relationships of Japanese and Korean Bagrid Catfishes Inferred from Mitochondrial DNA Analysis memberi inspirasi saya untuk melakukan penelitian serupa. Mengingat lele adalah ikan yang sangat umum di Indonesia, terutama Jawa.Namun sepertinya penelitian tentang lele sampai tingkat genetis mengenai perbedaan lele dari tempat yang berbeda di Jawa belumlah banyak dilakukan. Jika diberi kesempatan saya ingin meneliti ikan lele yang dari genus sama, dan hidup di kondisi geografis yang relative sama untuk diketahui adakah perbedaan tingkat genetisnya. Misalnya, ikan lele dari genus sama yang hidup di Ngawi dan ikan lele yang hidup di Trenggalek. Atau ikan lele yang dipelihara di kolam dan ikan lele yang hidup bebas. Masih banyak masyarakat kita yang memelihara lele di tempat pembaangan akhir kotoran manusia (di blumbang). Ikan lele ini diberi makan dengan kotoran manusia. Saya ingin mengetahui, apakah ada perbedaan ikan yang diberi pakan kotoran manusia dengan ikan lele yang diberi pakan pelet.

Diskusi

Para NJ (Gambar 4 (A)) dan MP (Gambar 4 (B, C)) Analisis umumnya kongruen dalam mendefinisikan hubungan antara orang Jepang dan Korea bagrid ikan lele. Meskipun beberapa pendapat sebelumnya telah diusulkan mengenai bagrid atas hubungan, hampir semua ditolak oleh set data saat ini.... Meskipun P. ichikawai di Jepang telah dianggap paling terkait erat dengan P. brevicorpus di Korea, pohon-pohon berasal di sini menunjukkan bahwa P. ichikawai bercabang secara terpisah dari semua spesies Pseudobagrus tersisa. Demikian pula, P. nudiceps dan P. fulvidraco, yang telah disarankan untuk terdiri dari sebuah spesies tunggal (Uchida, 1939), yang diwakili jauh dipisahkan oleh cabang. P. tokiensis dan P. aurantiacus, juga dianggap pada satu waktu untuk mewakili satu spesies (Miyadi et al., 1976), yang kemudian ditemukan telah substansial genetik dan morfologi perbedaan (Ueno, 1974; Juso, 1979; Hosoya dan Yamada, 1993; Watanabe dan Maeda, 1995). Analisis ini menunjukkan bahwa dua spesies tidak hanya menempati cabang terpisah, tetapi juga bahwa mereka tidak terdiri kelompok saudara. Meskipun hubungan keluarga antara P. koreanus dan P. aurantiacus telah disarankan dari kebetulan karyological mereka (Ueno, 1985), analisis saat ini tidak menjamin afinitas terdekat mereka. Di atas menunjukkan bahwa studi terakhir morfologi eksternal telah menyebabkan kesalahpahaman sistematis spesies di atas ' hubungan, dan bahwa analisis karyological saja tidak dapat mengatasi mereka. Karena ikan lele bagrid juga banyak didistribusikan dalam Asia timur, dengan sejumlah besar spesies didistribusikan di Cina daratan daripada di Korea dan Jepang (Mo, 1991),

rendah kemungkinan wakil Korea dan Jepang bersama-sama yang monofiletik, harus dicatat. Ada batas untuk menyelesaikan hubungan sistematis benar hanya didasarkan spesimen dari daerah yang terakhir. Posisi berdiri sendiri dari P. ichikawai pada pohon-pohon ditentukan dalam penelitian ini, adalah penting. Kisaran endemik P. ichikawai terbatas pada sungai memasuki Teluk Ise, seperti yang sangat luar biasa dibandingkan dengan air tawar Jepang lainnya ikan. Studi saat ini menolak anggapan masa lalu bahwa spesies ini erat terkait dengan P. brevicorpus di Korea dan menunjukkan tidak adanya hubungan kerabat antara
dua spesies spesies, dengan P. Oleh ichikawai karena pada mewakili itu, set sulit data sebuah untuk saat cabang awal diperiksa. hanya diselesaikan ini. Sebuah

asal-usulnya

didasarkan

pola yang serupa zoogeografis, yang menghubungkan pusat Jepang dengan ujung Loach selatan genus Semenanjung (Sawada dan Korea, Kim, juga 1977), terlihat meskipun lebih dalam kurangnya lanjut.

Niwaella genetik

informasi

menghalangi

klarifikasi

Kebanyakan organisme yang mendiami Jepang tampaknya memiliki real kerabat

tionship kepada mereka di Benua Asia. Ikan air tawar diyakini telah menembus Jepang ketika negara itu dan daratan Asia bergabung dengan jembatan tanah selama berbagai periode glasial (Aoyagi, 1957; Mizuno, 1987). Air Tawar ikan di Jepang sering milik spesies yang sama dengan mereka mendiami di Benua Asia. Hal ini paling sering diamati ikan air tawar antara di Jepang barat dan mereka di Korea (Lindberg, 1972). Jika kita hanya menerapkan hipotesis bahwa ikan lele bagrid Jepang juga berasal dari Benua Asia kita dapat membayangkan skenario berikut. P. ichikawai adalah awal dari ikan lele bagrid untuk menembus Jepang. Setelah P. ichikawai, tokiensis P. bercabang antara Bagrid Jepang ikan lele. Ini, serta utara yang kisaran endemik, menunjukkan tokiensis P. sebagai yang bagrid berikutnya untuk memasuki Jepang. Selanjutnya, nudiceps P. menembus Jepang, diikuti oleh P. aurantiacus, menurut bukti dari kedua pohon-pohon filogenetik dan rentang endemik mereka. Kita harus juga mempertimbangkan kemungkinan ikan lele bagrid Jepang memiliki speciated independen di Kepulauan Jepang. Ini membutuhkan untuk dikumpulkan set data lebih lanjut untuk berbagai air tawar ikan untuk menggambar gambaran yang lengkap. Meskipun tingkat aneka jam yang diusulkan untuk tanggal untuk taksa variabel (Martin dan Palumbi, 1993). Jepang dan Korea bagrid ikan lele disarankan memiliki menyimpang sejak Miosen didasarkan pada tingkat sekitar tiga kali lipat dari banyak digunakan "vertebrata jam" (2% per juta tahun; Brown

et al., 1979) karena hanya posisi ketiga digunakan untuk arus analisis (Tabel 4; Kimura, 1980). Perlu dicatat bahwa divergensi genetik jelas dalam spesies individu relatif kecil, bahkan antara populasi geografis jauh. Antara Sungai Amur dan populasi Korea L. nitidus dan P. fulvidraco, analisis RFLP, yang termasuk cepat berkembang D-loop wilayah, tidak menghasilkan morphs berbeda (Tabel 3). Nilai-nilai jarak genetik diperoleh dari sekuensing dari gen sitokrom b spesies ini 0,41% baik. Demikian pula, variasi sangat sedikit di seluruh seluruh rentang nudiceps P.. Nilai genetik jarak, misalnya, antara individu-individu dikumpulkan di Danau Biwa (St 14) dan Sungai Asahi (St 23), memiliki haplotype yang sama dalam analisis RFLP, adalah 0% (Tabel 4). Karena ini dapat menyarankan adanya jam lebih lambat mt DNA dalam ikan lele bagrid yang juga diduga dalam beberapa jenis ikan lainnya (Martin dan Palumbi, 1993), penyelidikan lebih lanjut diperlukan untuk menemukan mereka waktu divergensi. Baru-baru ini, P. nudiceps telah ditemukan di sungai di luar rentang yang diduga endemik, tampaknya telah disertai dengan transplantasi Ayu (Plecoglossus altivelis) dari Danau Biwa. Hal ini diyakini bahwa spesimen Sungai Kiso (St 11) diperiksa dalam penelitian ini berasal dari seperti sebuah transplantasi. Mengenai distribusi dikenal baru-baru ini di timur laut Kyushu (Hosoya dan Yamada, 1993), Mizoiri et al. (1997) menyarankan bahwa mereka mewakili penduduk asli, karena mereka distribusi kontinu geografis. Namun, Hasil ini tidak dapat memberikan dukungan untuk ini, karena setiap haplotipe yang unik yang membedakan mereka dari populasi lain, termasuk populasi Danau Biwa, tidak diamati analisa data Divergensi urutan nukleotida diperkirakan dengan membandingkan dengan elektroforesis pola dari dua sekuens DNA dalam pertanyaan (panjang-perbedaan metode; Nei dan Li, 1979), dicerna oleh pembatasan endonuklease. Phenograms yang dihasilkan oleh unweighted pasangan kelompok metode (UPGMA; Sneath dan Sokal, 1973) dan neighborjoining analisis (NJ; Saitou dan Nei, 1987). Data sekuens DNA diproses menggunakan program DNASIS (Hitachi Software Engineer. Co Ltd). Jarak genetik diperoleh menggunakan dua parameter metode Kimura (transisi / transversi [ts / tv] rasio = 5; Kimura, 1980). Dua metode yang berbeda yang bekerja untuk menyimpulkan hubungan antara taksa; yang PAUP 3.1.1. program komputer (Swofford, 1993) untuk analisis parsimoni maksimum (MP), dan yang PHYLIP 3,572 paket komputer (Felsenstein, 1996) untuk analisis NJ

(Saitou dan Nei, 1987). Keandalan setiap cabang interior diuji oleh 1.000 ulangan bootstrap.
HASIL pembatasan Masing-masing pola pita TSP dari 16 endonuklease restriksi menghasilkan Tabel pola banding Setiap 2). ambigu spesies analisis beberapa Namun, dalam ditandai

(morphs EI, yang

pembatasan; memberikan dihentikan.

penggunaan sebuah

studi

pendahuluan,

oleh kombinasi yang berbeda-morph yang dihasilkan oleh

14 dari 15 enzim restriksi yang tersisa. Bst UI monomorfik dan umum untuk semua spesies diperiksa. Tabel 3 menunjukkan genotipe komposit (haplotype) terdeteksi antara ikan lele bagrid dan lokasi mereka muncul. Mengenai sungai populasi dalam satu spesies, semua morphs diproduksi yang identik pada kedua P. aurantiacus dan L. ussuriensis. Demikian pula, populasi yang paling L. nitidus itu identik, kecuali untuk morphs diproduksi oleh NLA III. Spesimen dari P. tokiensis dikumpulkan di sungai utara Sungai Naka menghasilkan unik morphs berikut pencernaan dengan Hinf I. morph "Sau96 ID "muncul hanya dalam populasi Sungai Namhan P. koreanus dan demikian juga morph "NLA III J" di P. fulvidraco. Hanya beberapa varian individu yang ditemukan di antara P. nudiceps populasi melalui berbagai spesies. Dari P. brevicorpus dan P. ichikawai, baik diwakili dalam Penelitian ini dengan populasi tunggal saja, morphs varian berikut pencernaan dengan Hinf I dan III NLA diamati, masing-masing. Di antara 126 bagrid ikan lele diperiksa, 22 haplotipe diidentifikasi (Tabel 3), semua spesies yang mereka sendiri haplotype. Perbedaan urutan diperkirakan berpasangan haplotype berkisar antara 0,18-6,61%. Kedua phenograms oleh UPGMA dan NJ (Gambar 2), berdasarkan di atas, jelas menunjukkan bahwa penataan haplotype sesuai untuk setiap spesies. Perlu dicatat bahwa kedua phenograms menunjukkan deviasi yang cukup besar P. ichikawai dari sisa spesies Pseudobagrus meskipun tidak phenograms tidak menunjukkan kesesuaian lengkap. Selain itu, penataan spesies yang tersisa tidak sesuai dengan lokasi geografis mereka, yaitu Jepang dan Korea Selatan. L. ussuriensis dan L. nitidus membentuk sebuah cluster tunggal, yang menyimpang dari Pseudobagrus spesies, kecuali P. ichikawai. P. tokiensis dan P. aurantiacus, pada satu waktu yang dianggap sebagai spesies tunggal, jelas-jelas dibedakan satu sama lain.

urutan analisis Setelah analisis RFLP, 15 orang (Tabel 3), haplotype yang mewakili masing-masing spesies dan berbeda geografis lokasi, dipilih untuk analisis urutan untuk menjelaskan mereka mungkin hubungan filogenetik. yang selaras urutan segmen bp 740 dari orang-orang yang ditampilkan pada Gambar. 3. Gambar. 4 (A) menunjukkan pohon NJ berdasarkan dua parameter-Kimura model (ts / tv = 5) dihasilkan untuk data posisi ketiga set (Tabel 4). Karena substitusi nukleotida banyak di ketiga posisi kodon yang diam dan tidak mengubah asam amino, tingkat nukleotida substiution jauh lebih tinggi di ketiga posisi daripada di posisi pertama dan kedua. Dalam analisis ini kami menggunakan set data posisi nukleotida ketiga kodon saja untuk menghilangkan efek dari varians dari substitusi pertama dan kedua posisi menurut Kimura (1980). Pohon ini menunjukkan bahwa P. ichikawai dipisahkan dari utama clade terdiri dari sisa spesies Pseudobagrus. Sebuah clade terdiri dari L. ussuriensis dan L. nitidus juga diindikasikan. Di atas adalah sama dan sebangun dengan yang dihasilkan dari RFLP analisis. Dalam klade Pseudobagrus utama, P. tokiensis
PENDAHULUAN Para siluriform keluarga Bagridae secara luas didistribusikan dari Afrika Asia timur (Berra, 1981). Melalui penelitian terakhir, hal ini dianggap diwakili di Jepang oleh empat spesies (Pseudobagrus nudiceps, P. aurantiacus, P. tokiensis dan P. ichikawai) dan di Korea dengan enam spesies (P. fulvidraco, P. koreanus, P. brevicorpus, Leiocassis nitidus, L. ussuriensis dan L. longirostris; Miyadi et al, 1976;. Jeon, 1984; Lee dan Kim, 1990; Watanabe dan Maeda, 1995). Sementara Jepang semua spesies didistribusikan allopatrically, lebih dari satu spesies telah direkam dari sistem sungai tunggal di Korea. Dalam beberapa tahun terakhir, L. longirostris belum dilaporkan di Korea (Lee dan Kim, 1990). Eksternal morfologi ikan lele kesamaan antara bagrid klarifikasi telah menghambat hubungan sistematis mereka, P. aurantiacus dan tokiensis P., yang didistribusikan di barat dan timur laut daerah Jepang, masing-masing, di satu waktu yang dianggap sebagai spesies tunggal (misalnya, Miyadi et

al., 1976). Substansial perbedaan genetik disimpulkan dari allozyme dan analisis karyological disediakan kunci untuk pengakuan dua spesies (Ueno, 1974). Beberapa usulan sistematis hubungan antara Jepang dan Korea bagrid ikan lele telah diajukan, berdasarkan morfologi eksternal kesamaan. Secara khusus, telah dianggap bahwa spesies Korea, Pseudobagrus fulvidraco dan P. brevicorpus, erat-terkait dengan P. nudiceps dan P. ichikawai, masing-masing, ditemukan di Jepang (Uchida, 1939; Miyadi et al, 1976.). Di masa lalu, P. ichikawai dan P. brevicorpus yang bahkan termasuk bersama-sama dalam genus terpisah, Coreobagrus (Mori, 1936; Okada dan Kubota, 1957). Meskipun garis besar dari hubungan genetik di antara ikan lele bagrid Jepang telah diberikan berdasarkan analisis allozyme (Maeda et al., 1994), hubungan sistematis antara Jepang dan Korea bagrid ikan lele tetap jelas. Studi ini meneliti hubungan genetik bagrid ikan lele di Jepang dan Korea, serta P. fulvidraco dan L. nitidus di Rusia, berdasarkan mitokondria (mt) urutan DNA polimorfisme dan situs restriksi.