Tugas Makalah Bioteknologi Molekular

BIOTEKNOLOGI MOLEKULAR BERBASIS TEKNOLOGI INFORMASI Oleh: Marthinus Pongsendana H311 09 282

Jurusan Kimia Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Hasanuddin Makassar 2012

BAB I PENDAHULUAN

Saat ini perkembangan bioteknologi molekuler cukup pesat. Besarnya database sequence biologi seperti DNA, RNA dan rangkaian protein tentu memerlukan sistem penggalian data yang tepat dan terotomasi sehingga dapat mengurangi biaya penelitian. Pada kajian ilmu biologi molekuler modern dijelaskan bahwa sequence DNA/RNA dan sequence protein merupakan unit dasar yang terlibat dalam fungsi biologis khusus sehingga bisa dikatakan bahwa sequence biologis hanyalah kombinasi dari unit-unit dasar. Karakteristik fungsional dari sequence tersebut hanya melibatkan struktur utamanya, tetapi juga bentuk tiga dimensinya. Perkembangan teknologi DNA rekombinan memainkan peranan penting dalam lahirnya bioinformatika. Teknologi DNA rekombinan memunculkan suatu pengetahuan baru dalam rekayasa genetika organisme yang dikenal bioteknologi. Perkembangan bioteknologi dari bioteknologi tradisional ke bioteknologi modern salah satunya ditandainya dengan kemampuan manusia dalam melakukan analisis DNA organisme, sekuensing DNA dan manipulasi DNA. Perkembangan jaringan internet juga mendukung berkembangnya bioinformatika. Pangkalan data bioinformatika yang terhubungkan melalui internet memudahkan ilmuwan dalam mengumpulkan hasil sekuensing ke dalam pangkalan data tersebut serta memperoleh sekuens biologi sebagai bahan analisis. Selain itu, penyebaran program-program aplikasi bioinformatika melalui internet

memudahkan ilmuwan dalam mengakses program-program tersebut dan kemudian memudahkan pengembangannya.

BAB II ISI

Bioinformatika merupakan ilmu terapan yang lahir dari perkembangan teknologi informasi dibidang molekular. Pembahasan dibidang bioinformatika ini tidak terlepas dari perkembangan biologi molekular modern, salah satunya peningkatan pemahaman manusia dalam bidang genomic yang terdapat dalam molekul DNA. Kemampuan untuk memahami dan memanipulasi kode genetik DNA ini sangat didukung oleh teknologi informasi melalui perkembangan hardware dan soffware. Baik pihak pabrikan sofware dan harware maupun pihak ketiga dalam produksi perangkat lunak. Salah satu contohnya dapat dilihat pada upaya Celera Genomics, perusahaan bioteknologi Amerika Serikat yang melakukan pembacaan sekuen genom manusia yang secara maksimal

memanfaatkan teknologi informasi sehingga bisa melakukan pekerjaannya dalam waktu yang singkat (hanya beberapa tahun) (Jokojowo, 2012). Bioteknologi modern lahir tahun 70-an diawali dengan inovasi ilmuwan AS mengembangkan teknologi DNA rekombinan. Berkat penemuan ini lahirlah perusahaan bioteknologi pertama di dunia, Genentech di AS yang segera memproduksi protein hormon, insulin yang dibutuhkan penderita diabetes, dalam bakteri. Selama ini insulin hanya bisa didapatkan dalam jumlah sangat terbatas dari organ pankreas sapi. Sebagaimana TI, saat ini produk bioteknologi telah mengimbas bahkan kepada kebutuhan hidup sehari-hari masyarakat seperti pangan, kosmetika, dsb.

Gambar 1. Sentral dogma: Arus informasi dalam sel . Ciri dari bioteknologi modern tadi adalah kemampuan pada manipulasi DNA. Rantai/sekuen DNA yang mengkode protein disebut gen. Gen itu ditranskripsikan menjadi mRNA yang selanjutnya mRNA ditranslasikan menjadi protein (Gambar 1). Protein sebagai produk akhir adalah yang bertugas menunjang seluruh proses kehidupan antara lain sebagai katalis reaksi biokimia dalam tubuh (protein ini disebut enzim), ikut serta dalam sistem pertahanan tubuh melawan virus, parasit dll (disebut antibodi), menyusun struktur tubuh dari ujung kaki (otot terbentuk dari protein actin, myosin, dsb) sampai ujung rambut (rambut tersusun dari protein keratin), dll. Arus informasi, DNA -> RNA -> Protein, inilah yang disebut sentral dogma dalam bioteknologi (Witarto, 2003). Salah satu input penting untuk riset biologi molekuler dan pengembangan bioteknologi adalah gen, bagian dari genom yang membawa sifat suatu organisme. Usaha untuk memahami ataupun memodifikasi berbagai proses biologi pada tingkat molekuler, memerlukan tersedianya gen-gen yang terlibat di dalam proses tersebut termasuk informasi yang terkait dengan gengen tersebut. Identifikasi dan karakterisasi gen seringkali diperlukan dalam berbagai percobaan

molekuler antara lain isolasi, kloning ataupun mempelajari ekspresinya. Untuk itu diperlukan adanya pelacak spesifik gen yang dapat mengidentifikasi

keberadaannya maupun ekspresinya dengan cara yang mudah namun akurat. Ada beberapa pendekatan yang dapat digunakan untuk mengembangkan pelacak spesifik tersebut. Pendekatan yang memanfaatkan kemajuan bioinformatika dan teknik PCR, saat ini merupakan salah satu cara yang relatif mudah yang dapat dilakukan (Santoso, 2001). Pada abad ke-21 ini ilmu pengetahuan yang dikembangkan oleh manusia maju sangat pesat. Banyak penemuan-penemuan baru di berbagai bidang yang sebelumnya sulit untuk diperkirakan. Salah satu bidang yang berkembang sangat cepat adalah teknolgi informasi (TI). Berbagai produk dan jasa dalam bidang teknologi informasi mulai dari komputer pribadi, internet, handphone sudah dinikmati oleh masyarakat luas. Kekuatan inovasi teknologi yang disepadankan dengan teknologi informasi saat ini adalah bioteknologi yang merupakan salah satu cabang ilmu biologi. Dengan adanya bioteknologi modern yang ditandai dengan kemampuan manusia untuk memanipulasi kode genetik DNA. Berbagai aplikasinya telah merambah berbagai sektor seperti kedokteran, pangan, dan lingkungan. Ledakan informasi dari kemajuan bioteknologi seperti data sekuen DNA dari pembacaan genom, data sekuen dan struktur protein sampai kepada data transkripsi RNA berkat teknologi DNA chip, telah mendorong lahirnya bioinformatika yang digunakan untuk mengorganisasi dan menganalisis data-data tersebut menjadi sebuah informasi biologis yang bermakna. Di Indonesia bioinformatika masih belum dikenal oleh masyarakat luas. Di kalangan peneliti

sendiri, mungkin hanya para peneliti biologi molekuler yang sedikit banyak mengikuti perkembangannya karena keharusan menggunakan perangkat-

perangkat bioinformatika untuk analisa data. Bioinformatika ini penting untuk manajemen data-data dari dunia biologi dan kedokteran modern. Tidaklah dapat dimungkiri kalau bioinformatika telah mempercepat kemajuan ilmu biologi. Lebih jauh lagi, kalau dilihat dari bidang yang lebih spesifik, kemajuan suatu bidang sangat dipengaruhi oleh kemajuan bioinformatika. Bermacam database telah dibuat dan banyak perangkat lunak telah diciptakan yang menunjukkan trend kepada spesialisasi tujuan. Walaupun negara berkembang seperti Indonesia kurang dapat berpartisipasi dalam eksperimen bioteknologi yang padat informasi untuk pengumpulan informasi dalam database-database itu, peluang untuk memanfaatkannya melalui bioinformatika terbuka lebar karena sifatnya yang terbuka. Aplikasi TI dalam bidang biologi atau life sciences yang melahirkan bidang bioinformatika akan menjadi semakin penting di masa depan, tidak hanya mempercepat kemajuan bioteknologi namun juga menjembatani dua bidang baru tersebut yaitu TI dan bioteknologi. Sebagaimana TI, saat ini produk bioteknologi telah mengimbas bahkan kepada kebutuhan hidup sehari-hari masyarakat seperti pangan dan kesehatan. Ciri dari bioteknologi modern adalah kemampuan pada manipulasi DNA. Rantai atau sekuen DNA yang mengkode protein disebut gen. Gen itu ditranskripsikan menjadi mRNA yang selanjutnya mRNA ditranslasikan menjadi protein. Protein sebagai produk akhir bertugas menunjang seluruh proses kehidupan antara lain sebagai katalis reaksi biokimia dalam tubuh, sering disebut dengan enzim, ikut serta dalam sistem pertahanan tubuh melawan virus atau

parasit yang disebut antibodi, Arus informasi, dari DNA ke RNA, lalu ke Protein, inilah yang disebut pemikiran utama dalam biologi. Hanya 20-an tahun sejak bioteknologi modern lahir, terjadilah ledakan data biologis yang mencengangkan. Hal ini disebabkan oleh kemajuan teknologi biologi molekuler itu sendiri (misalnya DNA rekombinan dan PCR) dan ditunjang dengan peralatan yang memadai membuat waktu dan biaya lebih pendek/murah. Ledakan awal dimulai dari data DNA. Tahun 1977 untuk pertamakalinya sekuen DNA satu organisme dibaca secara menyeluruh yaitu pada sejenis virus yang memiliki kurang lebih 5.000 nukleotida/molekul DNA atau sekitar 11 gen. Sekarang sudah ada milyaran data nukleotida tersimpan dalam database DNA, GenBank di AS yang didirikan tahun 1982. Sekuen seluruh DNA manusia yang terdiri dari 3 milyar nukleotida dirampungkan dalam waktu 3 tahun. Di Indonesia, dengan membayar $15, kita bisa membaca sekuen 500-an nukleotida di Lembaga Biologi Molekuler Eijkman, Jakarta. Trend yang sama juga nampak pada database lain seperti database sekuen asam amino penyusun protein dan database struktur 3D protein. Inovasi teknologi DNA chip yang dipelopori oleh perusahaan bioteknologi AS, Affymetrix di Silicon Valley telah mendorong munculnya database baru mengenai RNA. Dengan ini, riset tidak dilakukan lagi satu persatu terhadap molekul (DNA/RNA/protein) yang diminati, namun pada keseluruhan atau satu set masing-masing molekul (untuk DNA dari gen ke genom, untuk RNA disebut transkriptom dan proteom untuk protein). Ledakan data atau informasi biologi itu yang mendorong lahirnya Bioinformatika. Bioinformatika didefenisikan sebagai aplikasi dari alat komputasi dan analisa untuk menangkap dan

menginterpretasikan data-data biologi. Karena Bioinformatika adalah bidang yang relatif baru, masih banyak kesalahpahaman mengenai definisinya. Bioinformatika muncul atas desakan kebutuhan untuk mengumpulkan, menyimpan dan menganalisis data-data biologis dari database DNA, RNA maupun protein tadi. Untuk mewadahinya beberapa jurnal baru bermunculan (misalnya Applied Bioinformatics), atau berubah nama seperti Computer Applications in the Biosciences (CABIOS) menjadi BIOInformatic yang menjadi official journal dari International Society for Computational Biology (ICSB). Beberapa topik utama dalam Bioinformatika dijelaskan di bawah ini. Keberadaan database adalah syarat utama dalam analisa Bioinformatika. Database informasi dasar telah tersedia saat ini. Untuk database DNA yang utama adalah GenBank di AS. Sementara itu bagi protein, databasenya dapat ditemukan di Swiss-Prot (Swiss) untuk sekuen asam aminonya dan di Protein Data Bank (PDB) (AS) untuk Pertumbuhan data nukleotida atau basa DNA dalam GenBank. Data yang berada dalam database itu hanya kumpulan/arsip data yang biasanya dikoleksi secara sukarela oleh para peneliti, namun saat ini banyak jurnal atau lembaga pemberi dana penelitian mewajibkan penyimpanan dalam database. Trend yang ada dalam pembuatan database saat ini adalah isinya yang makin spesialis. Setelah informasi terkumpul dalam database, langkah berikutnya adalah menganalisis data. Pencarian database umumnya berdasar hasil alignment atau pensejajaran sekuen, baik sekuen DNA maupun protein. Metode ini digunakan berdasar kenyataan bahwa sekuen DNA atau protein bisa berbeda sedikit tetapi memiliki fungsi yang sama. Kegunaan dari pencarian ini adalah ketika mendapatkan suatu sekuen DNA atau protein yang

belum diketahui fungsinya maka dengan membandingkannya dengan yang ada dalam database bisa diperkirakan fungsinya. Algoritma untuk pattern recognition seperti Neural Network, Genetic Algorithm dll telah dipakai dengan sukses untuk pencarian database ini. Salah satu perangkat lunak pencari database yang paling berhasil dan bisa dikatakan menjadi standar sekarang adalah BLAST (Basic Local Alignment Search Tool). Perangkat lunak ini telah diadaptasi untuk melakukan alignment terhadap berbagai sekuen seperti DNA (blastn), protein (blastp). Barubaru versi yang fleksibel untuk dapat beradaptasi dengan database yang lebih variatif telah dikembangkan dan disebut Gapped BLAST serta PSI (Position Specific Iterated)-BLAST. Sementara itu perangkat lunak yang digunakan untuk melakukan alignment terhadap sekuen terbatas di antaranya yang lazim digunakan adalah CLUSTAL dan CLUSTAL W. Data yang memerlukan analisis bioinformatika dan cukup mendapat banyak perhatian saat ini adalah data hasil DNA chip. Menggunakan perangkat ini dapat diketahui kuantitas maupun kualitas transkripsi satu gen sehingga bisa menunjukkan gen-gen apa saja yang aktif terhadap perlakuan tertentu, misalnya timbulnya kanker. mRNA yang diisolasi dari sampel dikembalikan dulu dalam bentuk DNA menggunakan reaksi reverse transcription. Selanjutnya melalui proses hibridisasi, hanya DNA yang komplementer saja yang akan berikatan dengan DNA di atas chip. DNA yang telah diberi label warna berbeda ini akan menunjukkan pattern yang unik. Berbagai algoritma pattern recognition telah digunakan untuk mengenali gen-gen yang aktif dari eksperimen DNA chip ini, salah satunya yang paling ampuh adalah Support Vector Machine (SVM). Sementara itu di kalangan TI masih kurang

mendapat perhatian. Ketersediaan database dasar (DNA, protein) yang bersifat terbuka dan gratis merupakan peluang besar untuk menggali informasi berharga. Sudah disepakati, database genom manusia misalnya akan bersifat terbuka untuk seluruh kalangan. Dari database tersebut bisa digali gen-gen yang memiliki potensi kedokteran/farmasi. Dari sinilah Indonesia dapat ikut berperan mengembangkan bioinformatika. Kerjasama antara peneliti bioteknologi yang memahami makna biologis data tersebut dengan praktisi IT seperti programmer akan sangat berperan dalam kemajuan Bioinformatika Indonesia nantinya. Bioinformatika ini penting untuk manajemen data-data dari dunia biologi dan kedokteran modern. Perangkat utama Bioinformatika adalah program software dan didukung oleh kesediaan internet. Saat ini, perkembangan ilmu biologi sangat dipengaruhi oleh perkembangan ilmu bioinformatika. Tidaklah dapat dimungkiri kalau bioinformatika telah mempercepat kemajuan ilmu biologi. Lebih jauh lagi, kalau dilihat dari bidang yang lebih spesifik, kemajuan suatu bidang sangat dipengaruhi oleh kemajuan bioinformatika. Semakin maju bioinformatika di suatu bidang (ditandai dengan banyaknya software yang tersedia), semakin maju pulalah bidang tersebut. Ada banyak sekali penerapan bioinformatika, mulai dari manajemen data hingga penggunaannya pada dunia kebiologian dan turunannya untuk kepentingan dalam dunia pendidikan. misalnya Bioinformatika dalam Virologi. Sebelum kemajuan bioinformatika, untuk mengklasifikasikan virus kita harus melihat morfologinya terlebih dahulu. Untuk melihat morfologi virus dengan akurat, biasanya digunakan mikroskop elektron yang harganya sangat mahal sehingga

tidak bisa dimiliki oleh semua laboratorium. Selain itu, kita harus bisa mengisolasi dan mendapatkan virus itu sendiri. Isolasi virus adalah suatu pekerjaan yang tidak mudah. Banyak virus yang tidak bisa dikulturkan, apalagi diisolasi. Walaupun untuk beberapa virus bisa dikulturkan, tidak semuanya bisa diisolasi dengan mudah. Oleh karena itu, sebelum perkembangan bioinformatika, kita tidak bisa mengidentifikasi dan mengklasifikasikan virus-virus semacam ini. Dengan kemajuan teknik isolasi DNA/RNA, teknik sekuensing dan ditunjang dengan kemajuan bioinformatika, masalah diatas bisa teratasi. Untuk

mengidentifikasi dan mengklasifikasikan virus, isolasi virus tidak lagi menjadi suatu hal yang mutlak. Kita cukup dengan hanya melakukan sekuensing terhadap gen-nya. Ini adalah salah satu hasil kemajuan bioinformatika yang nyata dalam bidang virologi. Ketersediaan database dasar (DNA, protein) yang bersifat terbuka/gratis merupakan peluang besar untuk menggali informasi berharga daripadanya. Sudah disepakati, database genom manusia misalnya akan bersifat terbuka untuk seluruh kalangan. Dari padanya bisa digali kandidat-kandidat gen yang memiliki potensi kedokteran/farmasi (Anonim, 2011). Pemanfaatan bioteknologi, juga telah diterapkan dalam

mengklasifikasikan virus. Untuk klasifikasi virus, ada beberapa hal yang menjadi dasar pertimbangan. Diantaranya adalah asam nukleat pembentuk genom-nya (DNA atau RNA), bentuk simetri-nya, eksistensi selaput-nya (envelope), dll [1]. Jauh sebelum perkembangan biologi molekuler, yang menjadi patokan utama adalah bentuk simetri atau morfologi ini. Salah satu contoh adalah coronavirus

(virus penyebab radang paru-paru (pneumonia) termasuk SARS), yaitu virus yang mempunyai bentuk seperti mahkota atau crown (corona = crown)

Gambar 2. Hasil analisa coronavirus dengan mikroskop elektron Dalam perjalanan sejarah virologi, hal yang dijadikan pertimbangan untuk klasifikasi virus mengalami perubahan. Kalau dulunya klasifikasi berdasarkan morfologi, tempat berkembangbiak, bentuk penyakit merupakan klasifikasi yang banyak digunakan, saat ini ditambahkan lagi klasifikasi berdasarkan genom virus tersebut. Klasifikasi ini dinamakan klasifikasi berdasarkan tipe genom atau disebut juga genotype.Bahkan klasifikasi berdasarkan genom inilah yang banyak digunakan. Hal ini sangat dipengaruhi oleh kemajuan teknologi biologi molekuler dan perkembangan bioinformatika, sehingga genom virus dapat diidentifikasi dengan mudah. Saat ini, morfologi bukan lagi menjadi hal yang mutlak untuk identifikasi dan klasifikasi virus, tapi hanya menjadi salah satu dasar pertimbangan. Dengan demikian, setiap virus yang bisa diisolasi genomnya, akan bisa diidentifikasi dan diklasifikasi, walaupun virus tersebut tidak bisa diisolasi.

Hal ini sangat membantu karena isolasi virus bukanlah pekerjaan yang mudah. Apalagi analisa morfologi memerlukan mikroskop elektron yang harganya sangat mahal sehingga tidak bisa dimiliki oleh setiap institusi penelitian (Utama, 2003).

BAB III PENUTUP

Pengembangan bioteknologi molekuler khususnya dalam bioinformatika telah mendorong kemajuan ilmu-ilmu yang memanfaatkannya. Dan tidak berkelebihan kalau perkembangan ilmu biologi umumnya dan ilmu-ilmu turunannya, sangat tergantung kepada perkembangan bioinformatika. Berbagai tool atau software telah dikembangkan untuk analisa gen virus. Berdasarkan analisa gen tersebut kita bisa mengklasifikasikan, menganalisa tingkat mutasi, memprediksi rekombinasi, dan memprediksi bagian antigenik suatu virus. Walaupun hasil yang didapatkan dengan menggunakan tool bioinformatika ini hanya memberikan data-data sebagai bahan pertimbangan, bukan hasil akhir, dengan bioinformatika pekerjaan menjadi cepat karena kita tidak harus melakukan eksperimen secara try and error. Kerjasama antara peneliti bioteknologi yang memahami makna biologis data tersebut dengan praktisi IT seperti programmer, akan sangat berperan dalam kemajuan Bioinformatika Indonesia nantinya.

DAFTAR PUSTAKA

Utama, A., 2003, Aplikasi Bioinformatika dalam Virologi, Ilmu Komputer, 1-10. Witarto, A., B., 2003, Bioinformatika: Mengawinkan Teknologi Informasi dan Bioteknologi, Pusat Penelitian Bioteknologi LIPI, Bogor. Anonim, 2012 (online), http://jokojowo.blogspot.com/2012/10/bioinformatika.html diakses pada tanggal 17 oktober 2012 pukul 13:08 WITA. Santoso, 2001, Pengembangan pelacak DNA spesifik gen melalui bioinformatika: Indentifikasi gen penyandi protein biji 21 kDa pada kakao UAH Indonesia, Menara Perkebunan 69 (1): 10-17.