Transcripcin Diferencias eucariotas - procariotas

Diferencias eucariotas - procariotas

Caracterstica
Promotor
Cistrn RNA polimerasa

Procariota
Cajas y zona operadora Solo cajas

Eucariota

Policistrones una sola, con 5 subunidades distintas El ARN recin transcrito, no tiene.

Monocistrones

3 ARN polimerasas.

Estabilizacin

Contiene, al comienzo de la cadena, 7-metilguanosina o CAP, y al final de la cadena, una secuencia poli A.

Comienzo

ARN pol, se autoacopla al promotor

ARN pol, necesita la presencia de protenas de iniciacin, que se unan antes que ella al ADN.

Intrones

No tiene

Tiene y se eliminan mediante splicing (corte y empalme).

ARN polimerasa en eucariotas

El ncleo de las clulas eucariotas posee 3 ARN polimerasas:

RNA polimerasa I se encuentra en el nuclolo (transcribe genes que codifican para RNA ribosmicos. RNA polimerasa II y III se localizan en el nucleoplasma.

RNA Polimerasa RNA Pol I

Localizacin Nuclolo

Producto rRNAs 28S, 18S, 5.8S

Sensibilidad a -amanitina insensible

RNA Pol II

Nucleoplasma

mRNAs, miRNAs snRNA tRNAs, rRNA 5S, algunos snRNAs

Muy sensible

RNA Pol III

Nucleoplasma

Sensibilidad intermedia

Comparacin de las estructuras tridimensionales de las RNA polimerasas eucariotas y bacterianas

Comparacin esquemtica de la estructura de las RNA polimerasas eucariotas y bacterianas

El extremo carboxilo terminal de la subunidad ms grande de la RNA pol II (RPB1) contiene un segmento repetido de 7 aminocidos (CTD). La fosforilacin de CTD es importante para la transcripcin y el procesamiento del ARN.

Promotores reconocidos por la RNA polimerasa II

Promotor mnimo
Regin comprendida a ambos lados del sitio de inicio de la transcripcin. Se une el aparato de transcripcin basal. Caja TATA (-25-30) (TATAAA); inicio de la transcripcin (YYYAN(T/A)YY). Determina una transcripcin basal

BRE: Elemento Reconocedor de TFIIB

DCE: Elementos del Promotor Mnimo ubicados Corriente Abajo

Promotores reconocidos por la RNA polimerasa II

Promotor regulador
Regin comprendida corriente arriba al promotor mnimo (200 pb o ms lejos). A estas secuencias se unen factores de transcripcin especficos que determinan una transcripcin eficiente y regulada del gen. La localizacin y organizacin de estos mdulos es variable. Caja CG: Factor de transcripcin Sp1. Caja CCAATT: CTF

Promotores reconocidos por la RNA polimerasa II

CpG island
approx. -100 to -1

Promotor reconocido por la RNA polimerasa I

Los promotores de los genes transcriptos por RNA pol I no estn tan bien conservados en su secuencia entre diferentes especies. Pero su arquitectura general s est bien conservada. Consiste en dos elementos: un elemento central que contiene al sitio de inicio de la transcripcin. Un elemento corriente arriba (UPE), aproximadamente -100 pb ms alejado. La distancia entre estos dos elementos es importante para el reconocimiento por los factores de transcripcin.

Promotores reconocidos por la RNA polimerasa III

Existen tres clases de promotores diferentes en los genes transcriptos por RNA pol III. Dos de stos se encuentran en el interior de la secuencia transcripta. Genes con promotores internos: El promotor del gen del rRNA 5S contiene tres regiones: Caja A; un elemento intermedio corto; una Caja C.

Los promotores de los genes de los tRNAs poseen dos partes: Caja A y Caja B.

Genes con promotores localizados corriente arriba: El promotor del gen que codifica a snRNA U6 es similar a los promotores reconocidos por la RNA pol II. Tienen secuencia TATA y una secuencia de unin a el factor SNAP.

Secuencias Activadoras y represoras de la Transcripcin que no forman parte del promotor

El primer enhancer fue descubierto en la regin 5del gen de expresin temprana del virus SV40

Las secuencias estimuladoras o enhancers son secuencias que se encuentran distantes del promotor e incrementan la transcripcin de los genes a los que se encuentran asociados. Pueden localizarse a 5 o 3 del gen, o incluso dentro del mismo. Su efecto no depende de su orientacin. Tienen una estructura modular, con diferentes secuencias cortas de ADN. Regulan la expresin gnica especifica tisular y temporal. Actan a distancia mediante la unin de factores de transcripcin especficos. Algunos pueden actuar como represores cuando son reconocidas por protenas represoras.

Las tres RNA polimerasas eucariotas necesitan de otras protenas para iniciar la transcripcin

Factores de transcripcin basales o generales: se unen al promotor mnimo para iniciar la transcripcin. Se requieren 6 TFII para que la RNA polimerasa II inicie la transcripcin. Al menos in vitro, se unen en un orden especfico para formar el complejo de preiniciacin

TFIIA
No es tan importante, al menos para la transcripcin in vitro. Quizs ayude a la unin de otros factores al complejo de iniciacin.

TFIID

TFIID se compone de TBP (protena de unin a caja TATA ) Reconoce al promotor Recluta a TFIIB Adems est formado por otros 13 polipptidos denominados TAF (Factores Asociados a TBP) TBP es un Factor de Transcripcin universal ya que tambin es requerida para la transcripcin de genes transcriptos por las otras RNA polimerasas.

La unin de TBP al ADN induce una curvatura en el mismo

TFIID puede reconocer promotores que no tienen caja TATA

TFIIB

TFIIB acta como puente entre la RNA polimerasa II y TBP. Ayuda a que la RNA pol II seleccione el sitio de inicio de la transcripcin Recluta al complejo TFIIF-PoI II. Bajo ciertas condiciones (presencia de BRE en el promotor), la RNA pol II junto a TFIID y TFIIB pueden formar un complejo de iniciacin mnimo. Para la mayora de los promotores, sin embargo, se necesitan de TFIIE, TFIIF y TFIIH.

TFIIF

Recluta a RNA polimerasa II Posiciona a la RNA Polimerasa II sobre el sitio de inicio de la transcripcin

TFIIE
TFIIE es un heterotetrmero (a2b2) Crea un sitio de anclaje para el prximo Factor de Transcripcin (TFIIH). -Modula la actividad enzimtica de TFIIH. Favorece la apertura del promotor.

TFIIH

TFIIH es una protena multimrica compuesta de 9 subunidades, algunas de ellas con distintas actividades enzimticas. Posee actividad helicasa, que desenrrolla el duplex de ADN en el sitio de inicio permitiendo que la RNA polimerasa II interaccione con la hebra molde. Posee actividad de quinasa, fosforilando al CTD de la RNA Pol II al inicio de la enlongacin.

La fosforilacin de la RNA polimerasa II en CTD permite que escape del promotor. Los factores de Transcripcin Generales son liberados.

Inicio de la Transcripcin (Complejo de Preiniciacin) en genes cuyos promotores no poseen Cajas TATA

Unin de la RNA polimerasa III a promotores Internos

El Complejo Mediador y la RNA polimerasa II

FACTORES DE ENLONGACION
La RNA polimerasa II no aade nucletidos de manera eficaz por si sola. Para que esto ocurra se requieren de Factores de Enlongacin Existen secuencias llamadas sitios de pausa, en los que la RNA Pol II se detiene. Los Factores de Enlongacin: TFIIF limita la pausa que producen estas secuencias evitando la disociacin de la RNA Pol II. TFIIS se inserta en el sitio activo de la RNA Pol II y activa una actividad de RNAasa en la RNA Pol II, que corta al extremo 3 del RNA

Protenas reguladoras
La expresin gnica es controlada por protenas activadoras o represoras que se unen de manera especfica a secuencias del DNA. Generalmente se unen como dmeros y reconocen secuencias especficas mediante la insercin de una hlice en el surco mayor, a travs del cual tienen acceso a las bases del DNA .
Surco menor

Surco mayor

Protenas reguladoras

Las protenas reguladoras presentan dos Dominios proteicos: Dominio de unin al ADN

Dominio de Activacin de la Transcripcin

Protenas reguladoras

Dominio de unin al ADN Se encuentran en este dominio, diferentes motivos de unin al ADN.
Motivo hlice giro hlice Motivo de homeodominio Motivo de dedos de Zinc Motivo en cremallera de leucina Motivo en hlice bucle hlice

Motivo de homeodominio

1 3 2

Las protenas con homeodominio estn en todos los eucariotas, incluso en levaduras. Consiste en tres hlices; la segunda y la tercera forman una estructura semejante a el motivo hlice-giro-hlice. La hlice 3 es la de reconocimiento, que interacciona con la bases a travs del surco mayor. En la mayora, el extremo N-terminal interacta con el ADN a travs del surco menor.

Motivos que contienen Zinc

Hay varios motivos, en los dominios de fijacin al ADN, que contienen Zinc: Dedos de Zinc clsicos (TFIIIA y Sp1) Mdulos de Zinc (Receptor de glucocorticoides y receptores nucleares) Mdulos que contiene dos iones Zinc y 6 Cistenas (Protena activadora Gal 4 en levaduras) El Zinc cumple un papel estructural indispensable para mantener la integridad del motivo, llamado dedo. El ADN es reconocido por una hlice que interacciona con el surco mayor.

Motivo en Cremallera de Leucina

Leucina

Este motivo combina superficies de dimerizacin y de unin al ADN en una sola unidad estructural. Las dos hlices largas, una en cada monmero, forman un dmero a travs de una regin rica en leucinas (aminocido hidrfobo). Los dmeros pueden ser homo o heterodmeros. Cada hlice se inserta en el surco mayor.

Motivo en Hlice Bucle Hlice

Ejemplo: Factor de Transcripcin MyoD

Al igual que en la cremallera de leucina, una regin en hlice de cada monmero se inserta en el surco mayor del ADN. La regin de dimerizacin est formada por otra hlice separada de la anterior por un bucle flexible.

Protenas reguladoras
Dominio de activacin de la transcripcin
A diferencia de los dominios de fijacin, las regiones activadoras no siempre poseen estructuras bien definidas. Se agrupan segn el contenido de aminocidos en:

Regin activadora acdica (Gal 4) Regin activadora ricas en glutamina (Sp1) Regin activadora ricas en Prolina (CTF1)

Receptores Nucleares
Contienen dodos de Zinc en el Dominio de Unin al ADN Adems del dominio de Activacin deben tener otro Dominio que le permita unirse a una hormona. As se convierten en Protenas Activadoras que pueden unirse a un enhancer o a un Elemento de Respuesta a Hormona HRE).
Receptores Tipo I Inactivos en el citoplasma (Receptor de Glucocorticoide) Receptores Tipo II Inactivos en el ncleo (Receptor de hormona tiroidea) Receptores Tipo III (Receptores Huerfanos)

El Receptor de Glucocorticoides se encuentra inactivo en el citoplasma unido a una protena Hsp90. Cuando se une a la hormona, se produce un cambio conformacional; se disocia de Hsp90.

Las interacciones entre Factores de Transcripcin incrementan las opciones del Control en la Expresin Gnica

Posibles combinaciones entre 3 Factores de Transcripcin que pueden formar Dmeros

Las secuencias amplificadoras suelen tener una longitud de 50 a 200 pares de bases e incluye sitios de unin para varios Factores de Transcripcin. La unin de los activadores es cooperativa porque: -Interactan entre s -La protena HMG-1 se une al amplificador contribuyendo a la unin de los activadores mediante el arqueado del ADN para facilitar las interacciones entre ellos.

Modelo del amplificosoma que se forma sobre el amplificador del gen que codifica para Interfern b. Este complejo entra en contacto con la maquinaria de transcripcin, activando la transcripcin de este gen.

La Transcripcin puede reprimirse de diferentes maneras

La Transcripcin puede reprimirse de diferentes maneras

Aisladores: estas secuencias de ADN controlan las acciones de los activadores. Actan bloqueando la comunicacin entre las protenas activadoras y la maquinaria de transcripcin.

La Transcripcin puede reprimirse de diferentes maneras

Represin por el reclutamiento de modificadores de las histonas

Modificacin de la estructura de la cromatina

Protenas

HGM (de gran movilidad)

HGMA HMGB HMGN

Modificaciones de

las histonas

Reorganizacin de

nucleosomas

Modificaciones covalentes en las colas de las Histonas

Turner, BM Cell 2002 Lusser Curr Opin Plant Biol 5:437;2002

Regulacin de la expresin gnica mediante modificaciones en la estructura de la cromatina

Las protenas activadoras tambin pueden reclutar, adems de la maquinaria de transcripcin, a los Factores remodeladores de la cromatina (SWI/SNF). Estos tienen homologa a helicasas. Permitiran que los nucleosomas se disocien del ADN y se deslicen, facilitando la unin de Factores de Transcripcin al ADN.

Metilacin del ADN

La metilacin del ADN es otro mecanismo general que controla la transcripcin en eucariotas

El ADN es metilado especficamente en las C que preceden a las G en el ADN. La metilacin est asociada a la represin de la transcripcin. Los patrones de metilacin se mantienen despus de la replicacin del ADN

Impresin o imprinting genmico

Controla la expresin de genes implicados en el desarrollo embrionario

La Metilacin del ADN y la desacetilacin de Histonas estn asociadas

Esquema general del control de la expresin gnica a nivel Postranscripcional de genes codificantes de protenas

Transcription factor
Binding Domain Activation Domain

Yeast 2-hybrid system

Activation Domain

Binding Domain

Cmo estudiar si dos protenas pueden interactuar entre ellas

Transcription factor
Binding Domain Activation Domain

Yeast 2-hybrid system

Activation Domain

Binding Domain

Prot1
Binding Domain

Prot2
Activation Domain

Transcription factor
Binding Domain Activation Domain

Yeast 2-hybrid system

Activation Domain

Binding Domain

Prot1
Binding Domain
If Prot1 and Prot2 interact:

Prot2
Activation Domain

Prot1 Prot2
Binding Domain Activation Domain

mRNA

Promoter Region

Reporter Gene