Aula 4 26/09/12 Sumrio

Protenas Nveis de organizao estrutural Estrutura primria Estrutura secundria Hlice , folha , voltas ou loops, random coil Estrutura terciria Motivos, Domnios Estrutura quaternria

Bioqumica I (MICF; 12/13)

Protenas
Nveis de Organizao Estrutural Primria Secundria Terciria Quaternria

Sequncia deaminocidos

Arranjoespaciallocal dacadeia polipeptdica

Arranjoespacial organizadodoselementos daestruturasecundria: Suprasecundria Domnio

Arranjoespacialdas diferentesestruturas tercirias

Bioqumica I (MICF; 12/13)

Protenas Estrutura Primria

A sequncia de aminocidos na cadeia polipeptdica TerminalAmina (Nterminal) TerminalCarboxlico (Cterminal)

tomodeCarbonoC tomode AzotoN

tomodeCarbono C
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Protenas Estrutura Secundria

Devido s: propriedades da ligao peptdica (ngulos de torso e caractersticas co-planares) Possveis interaces entre os tomos constituintes da cadeia polipeptdica

Formao de Estruturas Locais Regulares

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Protenas Estruturas Secundrias

Random Coil Cadeia

Voltas ou loops

Hlice

Estruturas Locais Regulares

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Protenas Hlices
Formas mais abundantes Resduos consecutivos com os ngulos: de 60 e de 50 Ligaes de H entre C=O do resduo n e o N-H do resduo n+4 (todos os referidos resduos envolvidos em ligaes de H excepto o 1 e o ltimo), ligaes intracatenrias Extremidades polares 3.6 resduos por volta (tamanho mdio 10 resduos) Grupos R orientados para fora da hlice, interaces entre os resduos podem estabilizar ou no a hlice Ala, Glu, Leu e Met mais favorveis Pro, Gly, Tyr e Ser menos favorveis Localizao na superfcie da protena com resduos hidrfilos orientados para o exterior C-terminal
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N-terminal

Protenas Hlices
Enrolamento para a esq. ou para a direita:

Mais comum
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Protenas Cadeia
ngulos de torso adoptam posio mais estendida, impedindo a formao de ligaes de H intracatenrias: de 140 e de 130 Cada cadeia constituda por 5-10 resduos de aminocidos Os grupos R encontram-se orientados para fora da cadeia, em direces opostas (no h interaces) Potencial para serem anfipticas (face polar e face apolar) N-terminal

C-terminal
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Protenas
Folha paralela e anti-paralela
anti-paralela

Ligaes de H: entre o grupo C=O e o grupo N-H de diferentes cadeias (ligaes mais curtas do que na hlice )

paralela

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Protenas
Folha paralela e anti-paralela
Torso natural

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Protenas
Voltas ou loops 1/3 resduos fazem parte destas estruturas

Alteram a direco da cadeia polipeptdica

Locais de reconhecimento de anticorpos, fosforilao, glicosilao, hidroxilao, etc Mais comuns: voltas e voltas

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Protenas
Voltas tipo I e II
Envolvem 4 resduos de aminocidos Apenas se estabelece ligao de H entre: o grupo C=O do 1 aminocido e o grupo N-H do 4 aminocido Os aminocidos preferenciais so a Gly (pequeno e flexvel) e a Pro (configurao cis da cadeia polipeptdica favorvel formao de uma volta) Dividem-se em:

voltas tipo I

voltas tipo II (3 aminocido - Gly)

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Protenas
Voltas
Constitudas apenas por 3 resduos de aminocidos Estabelece uma ligao de H entre: o grupo C=O do 1 aminocido e o grupo N-H do 3 aminocido

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Protenas
Frequncias relativas dos 20 aa nas diferentes estruturas secundrias

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Protenas Estrutura terciria

O modo como as unidades de estruturas secundrias se associam entre si para originar uma conformao tridimensional

Estruturas supra-secundrias (motivos) Domnios

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Protenas
Estruturas supra-secundrias ou Motivos
Combinaes de 2 a 4 estruturas secundrias sucessivas que contactam entre si, com um arranjo geomtrico especfico Podem estar associados ou no a uma funo particular Exemplos: Motivo hlice-loop-hlice Motivo gancho (unidade ) Unidade Loop Zinc finger ()

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Protenas
Motivo hlice-loop-hlice Duas hlices ligadas por uma volta

Ligao ao Ca2+ (Ex: Parvalbumina, Calmodulina, Troponina C

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Protenas

Unidade Duas cadeias ligadas por um loop

Unidade (Motivo Zinc finger)

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Protenas

Motivo Gancho (unidade ) Duas cadeias anti-paralelas ligadas por um loop

Motivo Duas cadeias paralelas ligadas por uma hlice

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Protenas
Domnios
Vrios motivos podem-se agrupar formando estruturas locais compactas semi-independentes Estrutura secundria Estrutura supra-secundria Associaes mais alargadas de estruturas supra secundrias (domnios) (s ) (, ) (s )

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Protenas
Domnio S

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Protenas
Domnio - S

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Protenas
Domnio Tim Barrel Repeties

Triose Fosfato Isomerase (TIM)

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Protenas Estrutura Quaternria

O modo como duas ou mais cadeias polipeptdicas (sub-unidades) podem associar-se entre si para formar uma protena

1 Sub-unidade Prot. Monomrica (no apresenta estr. quaternria)

2 Sub-unidades Prot. Multimrica iguais entre si homomrica diferentes entre si - heteromrica Nmero de unidades varivel (de 2 a centenas) Classificao de acordo com o eixo de simetria apresentado entre as subunidades
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Protenas
Simetria didrica (DN): 2xn unidades idnticas em torno de um eixo rotacional

Hemeritrina
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Protenas

Simetria octadrica (O)

Simetria tetra-drica (T)

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Protenas
Simetria icosadrica (I)

Ex:Vrusdapoliomielite Simetria helicoidal

Ex:Vrusdomosaicodotabaco(2130subunidadesidnticas)
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