Anda di halaman 1dari 7

LIGAN Ligan : Molekul spesifik yang dapat mengikat reseptor dan

Protein : Heteropolimer yang hasil informasi DNA.

terdiri

dari

asam amino terikat

melalui ikatan peptide secara kovalen terbentuk dari

menimbulkan efek biologis. Ligan dapat berupa bukan protein atau protein : 1. hormon, growth factor, neurotransmitter, feromon 2. stimulus fisik: cahaya, panas, sentuhan 3. perubahan konsentrasi metabolit

Untuk menjalankan fungsinya protein akan mengikat bahan lain seperti ion dan koenzim yang dikenal sebagai ligan, jadi dibahas PROTEIN-LIGAN. Fungsi protein ligan umumnya sebagai regulator contohnya HEMOGLOBIN oksigen. Fungsi protein ligan itu sendiri : 1. Transpor molekul Hemoglobin Myoglobin O2 bukan sebagai katalisator tetapi meregulasi

2. Pergerakan 3. Imunitas 4. Katalisis Reaksi 5. Reseptor

Aktin-Miosin Antibodi Enzim Protein G

Ca2+ Antigen Substrat Obat Morphine

Tropomiosin-Troponin Pada gambar di atas, stimulus dari luar sel berupa ligan, kemudian terjadi ikatan antara ligan dengan reseptor di membran sel. Terus ada suatu mekanisme penyampaian pesan yang akan menyebabkan perubahan ekspresi gen.

Konsepnya sama dengan pengikatan enzim-substrat

Prinsip ikatan protein-ligand


1. Ikatan protein-ligan itu reversibel 2. Ikatan

Modifikasi yang sering ditemukan adalah modifikasi berupa fosforilasi ( proses masuknya fosfat trivalent ke dalam molekul (strukturnya

protein-ligan

spesifik

organik ) pada residu serin, treonin, dan tirosin.


Selain fosforilasi, proses modifikasi lainnya adalah dengan cara

komplementer/couple)
3. Protein itu fleksibel: Bisa merubah konformasi/ kesesuaian

penambahan gugus karbohidrat yang dikenal sebagai glikosilasi


pada residu serin, treonin, dan asparagine. Interaksi proteinligan dapat dituliskan melalui persamaan reaksi berikut: P+L PL -> efek biologis P : Protein 4. L : Ligan PL : Kompleks Protein-Ligan (Holoprotein) Kompleks PL bersifat REVERSIBEL, jika tidak dibutuhkan lagi maka akan lepas.

(Induced-Fit oleh ligan) Seperti enzim dengan induced-fit model

Provokator:

Propagasi/menstimulus

perubahan

konformasi

Persamaan tersebut memiliki tetapan keseimbangan tertentu, dan reaksi ini tunduk pada hukum kegiatan massa. Hukum kegiatan massa

protein yang lain 5. Interaksi protein-ligan bisa diatur Protein yang mengikat ligan disebut sebagai apoprotein. Kompleks interaksi antara protein dan ligan disebut sebagai holoprotein. Setelah protein selesai di translasi, maka ada beberapa protein yang akan mengalami modifikasi, hal tersebut disebut sebagai modifikasi pascatranslasi.

Dalam suatu sistem yang seimbang, tetapan keseimbangan khas bagi tiap sistem dan nilainya adalah hasil kali konsentrasi produk yang masingmasing dipangkatkan dengan koefisien, dibagi dengan hasil kali konsentrasi reaktan yang masingmasing dipangkatkan dengan koefisien.
mA + nB oC + pD

Produk Koefisien Produk Reaktan Koefisien Reaktan

:A+B : m dan n :C+D : o dan p

NONCOOPERATIVE Kompleks protein-ligan dengan kondisi yang sesuai tetapi binding site tidak dapat berkomunikasi dengan yang lain, TIDAK ADA REAKSI. Kenapa ? kemungkinan terjadi mutasi ! atau terjadi ikatan bukan protein-ligan tetapi dengan yang lain yang memiliki gugus yang sama (analog), sehingga tidak terjadi reaksi.

K eq = Sistem tersebut memiliki kejenuhan. Dimana laju reaksi tidak akan meningkat meskipun substrat ditambahkan, karena semua sisi aktif enzim telah mengikat substrat. Dengan persamaan berikut, P+L PL, maka dapat ditentukan: 1. Afinitas P&L

Contoh interaksi proteinligan antara lain ialah: a. Hemoglobin Hemoglobin dan mioglobin adalah protein yang berfungsi untuk mengangkut oksigen di dalam tubuh. Mioglobin mengikat oksigen di dalam sel otot sehingga oksigen akan selalu tersedia untuk metabolisme selsel otot. Hem berfungsi sebagai gugus prostetiknya.

Afinitas : Kemampuan ligan mengikat reseptor.


Semakin besar, semakin mudah berikatan dengan reseptor. 2. Bilangan pergantian ( turnover number )

Ikatan Protein-Ligan COOPERATIVE Jadi setelah terbentuk kompleks protein-ligan akan

mengaktifkan protein lain kemudian mengaktifkan protein yang lain lagi, seterusnya dan seterusnya.

Hem terdiri dari sebuah cincin porfirin hidrofobik yang berikatan dengan besi kemudian berikatan dengan kantong hidrofobik pada protein yang mengandung 2 residu histidin.

5. Afinitas terhadap O2 lebih rendah dari myoglobin.

Substitusi pada rantai asam amino pada struktur hemoglobin dapat berakibat serius, contohnya adalah penyakit anemia sel sabit yang terjadi karena adanya substitusi valin dengan

glutamate.

Hemoglobin mengandung 4 subunit, yaitu 2 subunit dan 2

subunit .
Rantai memiliki 141 residu asam amino. Rantai memiliki 146 residu asam amino. Kerja hemoglobin tergantung pada tekanan O 2. Karakteristik Hb :
1. Ditemukan di dalam eritrosit sekitar 34% dari berat 2. Struktur tetramer 22

Hb S (Sickel cell) Positive site : resisten terhadap malaria.

3. Struktur subunitnya mirip myoglobin


4. Sensitive

terhadap

perubahan

O2

karena

struktur

kuartenernya.

Sickle cell anemia Bentuk eritrosit yang cekung pengikatan O2 . Pada tekanan O 2 yang tinggi

normal itu mempengaruhi terhadap

3. Makanya, dia bagus untuk menyimpan O2 tapi tidak bagus

untuk transpor. Karena nantinya bisa mengikat tapi tidak bisa melepas. Hemoglobin (Hb) akan mengikat O2 di paruparu dimana

Menyebabkan terjadinya afinitas rendah sehingga hemoglobin dan mioglobin akan mengalami kejenuhan.
Pada tekanan O 2 yang rendah

tekanannya tinggi dan akan melepasnya ke tempat yang tekanannya rendah, yaitu di dalam sel dan jaringan tubuh.
Perbedaan antara mioglobin dan Hb, terletak pada struktur keduanya. O2 berikatan dengan rantai polipeptida tunggal dari mioglobin, sedangkan O2 dapat berikatan dengan keempat subunit dari Hb. Hb dapat berada dalam keadaan tegang (T) dan dalam keadaan rileks (R). O2 akan mudah terikat pada Hb jika dalam keadaan R.

Menyebabkan afinitas tinggi supaya mengikat O2 lebih banyak. Mioglobin akan mengandung oksigen lebih banyak daripada hemoglobin. Oleh karena itu hemoglobin berfungsi sebagai pengangkut

oksigen yang efektif.


Why? Because myoglobin is insensitive to small change in [O 2] (pO 2) when pO 2 is larger than certain value, myoglobin with its high affinity for O2 is good for storage, but not good for transport. Jadi myoglobin ..
1. Dia tidak sensitif terhadap perubahan O2 2. Jadi, saat tekanan parsial O2

T state tidak ada His HC3 yang berfungsi untuk mengikat Hem. R state ada His HC3 ditengah untuk mengikat Hem. Apabila oksigen dalam darah rendah, maka oksigen harus meningkat cukup banyak agar Hb dapat mengikat oksigen pertama. Namun, apabila beberapa oksigen telah terikat, hanya diperlukan

lebih besar dari angka

standarnya, perubahan konsentrasi O2 yang sedikit belum bisa membuat ikatan O2-myoglobin lepas.

b. Imunoglobulin Imunoglobulin berfungsi mengikat antigen asing yang masuk ke dalam tubuh. Imunoglobulin (Ig) terdiri atas 2 rantai, yaitu rantai ringan dan rantai berat yang diikatkan oleh ikatan disulfida. Ig yang paling banyak di dalam tubuh manusia adalah IgG yang juga dikenal sebagai globulin yang terdiri dari 220 asam amino pada rantai ringan dan 440 asam amino pada rantai berat. peningkatan sedikit tekanan oksigen agar persen saturasi hemoglobin oleh oksigen meningkat. Hasilnya adalah kurva saturasi oksigen yang berbentuk sigmoid. c. Kolagen Merupakan protein fibrosa sebagai komponen utama jaringan ikat dan merupakan protein yang jumlahnya paling banyak di Adapun bahan yang mempengaruhi pengikatan oksigen antara lain ialah 2,3-bifosfogliserat berfungsi untuk menurunkan afinitas Hb terhadap oksigen, sehingga oksigen akan mudah dilepaskan kedalam jaringan tubuh. Jika Hb mengikat proton, maka proton juga akan menurunkan afinitas Hb, sehingga menimbulkan fenomena yang dikenal sebagai efek Bohr. Ketika darah masuk ke dalam jaringan, maka pH darah akan menurun dan konsentrasi proton akan meningkat karena adanya peranan CO2. d. Insulin Berfungsi untuk mengubah glukosa menjadi glikogen. Terdiri dari 2 rantai polipeptida, yaitu rantai A yang mengandung 21 dalam tubuh mamalia. Kolagen dapat dijumpai di tulang, tendon, kulit, pembuluh darah, dan kornea mata. Kolagen mengandung sekitar 33% glisin dan 21% prolin. Tropokolagen adalah protein yang mengalami modifikasi pascatranslasi ekstensif dan merupakan prekusor bagi kolagen.

asam amino dan rantai B yang mengandung 30 asam amino yang keduanya disatukan oleh 2 ikatan disulfida. e. Heksokinasi Berfungsi untuk fosforilasi glukosa dan membentuk glukosa 6 fosfat. Terdapat 2 konformasi molekul berbeda, yaitu struktur terbuka dan struktur tertutup. Ketika mengikat glukosa maka struktur enzim berubah dari struktur terbuka menjadi struktur tertutup.

Pada orang yang proses sintesis proteinnya lebih banyak daripada proses degradasinya maka orang tersebut memiliki keseimbangan nitrogen positif sehingga ia dapat melakukan aktivitas fisik dengan baik. Namun pada orang yang sintesis proteinnya lebih sedikit daripada proses degradasinya, maka keseimbangan nitrogennya adalah keseimbangan negatif dan aktivitas fisiknya akan terganggu dan bila dibiarkan terus menerus, massa otototot rangkanya akan berkurang.

Kegunaan Turnover Protein Konsep turnover protein membandingkan antara sintesis protein dengan degradasi protein. Sumber utama terjadinya degradasi protein adalah asam amino, namun asam amino tersebut nantinya akan digunakan untuk sintesis asam amino yang baru. Namun tidak semua asam amino hasil degradasi akan digunakan untuk sintesis asam amino kembali, ada sebagaian asam amino yang akan dirombak dan nitrogennya dikeluarkan dari dalam tubuh melalui urin. Pada masa pertumbuhan, sintesis protein lebih sering terjadi daripada degradasinya. Turnover protein berhubungan dengan keseimbangan nitrogen. 1. Afinitas sangat penting untuk : Mengetahui peran enzim dan proses metabolisme Pemilihan obat Mamahami keracunan dan pengobatannya Marancang obat untuk inhibit kerja enzim dalam rangkaian metabolisme / protein dalam jalur transduksi sinyal. 2. Turnover number : Memahami peran fisiologis suatu enzim / protein Memahami proses amplifikasi sinyal dalam kaskade.