Diagrama de Fases
Para cristalizarmos uma macromolcula biolgica necessrio traz-la a um estado de supersaturao. Consideremos uma protena dissolvida em um tampo. Nessa situao, para que a protena seja levada a formar cristais, necessrio que as molculas da protena dissolvidas na soluo, sejam trazidas a uma situao onde as molculas estejam prximas umas das outras. Para levar a protena a essa situao podemos aumentar sua concentrao (eixo vertical), ou aumentar a concentrao do sal presente na soluo da protena. O diagrama ao lado ilustra as diferentes regies de solubilidade da protena. wfdaj.sites.uol.com.br
2006 Dr. Walter F. de Azevedo Jr.
Diagrama de Fases
O processo de cristalizao da protena normalmente deve ser lento, ou seja, considerando-se a protena inicialmente numa regio abaixo da curva de solubilidade, devemos aumentar a concentrao salina, ou da protena, de modo a traz-la na regio de supersaturao, de forma lenta. Na regio de supersaturao teremos as molculas da protena prximas umas das outras, o que, em casos favorveis, promover o aparecimento dos primeiros ncleos cristalinos. Esse microcristais serviro de base para o crescimento de cristais maiores, adequados para experimentos de difrao de raios X. wfdaj.sites.uol.com.br
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Diagrama de Fases
Para cristalizarmos protenas normalmente usamos o mtodo de difuso de vapor. Uma gota de protena colocada sobre uma lamnula. Nessa gota adicionamos uma soluo contendo sal, ou outro agente precipitante, como Polietileno glicol (PEG). Colocamos essa lamnula sobre um poo, onde temos a soluo do precipitante. Ao fecharmos esse sistema ocorrer difuso de molculas de gua da gota para o poo, levando a protena, em casos favorveis, a um estado de supersaturao, que pode levar formao dos primeiros ncleos cristalinos.
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Salting-in
O aumento da solubilidade de uma macromolcula biolgica a baixa concentrao salina (<0,5M) chamada salting-in. Este fenmeno explicado pelas interaes eletrostticas no especficas entre a macromolcula carregada e as espcies inicas do sal. Segundo a teoria de Debye-Hckel para solues inicas, um aumento na fora inica reduz a atividade dos ons em soluo e aumenta a solubilidade do composto inico. Uma forma alternativa de se tratar este fenmeno considerar o salting-in como o resultado da competio entre grupos carregados na superfcie da macromolcula e os ons em soluo. Na ausncia de ons de solvente a macromolcula precipita devido atrao de eletrosttica entre cargas opostas em diferentes partes da macromolcula. Se os ons so adicionados soluo eles blindam os grupos carregados na macromolcula e aumentam a sua solubilidade.
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Salting-in
Fenmeno de salting-in. a) Macromolcula biolgica sem a presena de ons dissolvidos na soluo. A atrao eletrosttica entre os grupos carregados em duas os mais macromolculas causa a aglomerao e precipitao. b) ons blindam a interao eletrosttica entre as macromolculas, aumentando a solubilidade.
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Salting-out
Outra forma de precipitar uma macromolcula pela adio de sal (salting-out), este serve para imobilizar as molculas de gua, desta forma aumentando a concentrao efetiva da macromolcula, ou seja, diminuindo a sua solubilidade. No fenmeno de salting-out a solubilidade da macromolcula biolgica governada principalmente por efeitos hidrofbicos.
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Seqncia de eventos para a montagem de uma gota de cristalizao: a) Colocase 1-2l da soluo da macromolcula biolgica sobre a lamnula de vidro. b) Adiciona-se 1-2l da soluo do reservatrio gota com a soluo da macromolcula biolgica. c) Ao final temos uma gota (2+2) com a soluo de macromolcula biolgica mais a soluo do reservtorio. wfdaj.sites.uol.com.br
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Na cristalizao de protena podemos variar a forma de acomodar a gota de cristalizao, como na figura acima. Tal variao permite modificaes nas condies de difuso do vapor de gua da gota para o poo, que pode favorecer o aparecimento de cristais de protena. wfdaj.sites.uol.com.br
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Faixa de pH: 4,6; 5,6; 6,5; 7,5 e 8,5 Aditivos: Cloreto de Ca, Citrato de Na, Cloreto de Mg, Acetato de NH4, Sulfato de NH4, Acetato de Mg, Acetato de Zn e Acetato de Ca. wfdaj.sites.uol.com.br
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Fonte: http://www.hamptonresearch.com/products/ProductDetails.aspx?cid=1&sid=17&pid=1
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Placas Linbro
Um dos sistema usados para cristalizao de protenas a placa linbro, mostrada acima. Essa placa apresenta 24 poos, que permite testarmos diversas condies de cristalizao. As lamnulas so colocadas sobre cada um dos poos, e vedadas com graxa de vcuo.
Fonte: http://www.hamptonresearch.com
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Fonte: http://www.hamptonresearch.com
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Cristais de Protenas
0,5mm
0,5mm
0,5mm
0,5mm
0,5mm
0,5mm
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Montagem de Cristais
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Criocristalografia
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Criocristalografia
Fonte: http://www.hamptonresearch.com
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Sistema Criognico
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Protocolo de Otimizao de Cristais A grande maioria dos experimentos de cristalizao de protenas normalmente termina
em insucesso. Os nmeros variam, mas de uma forma geral aceita-se que para uma protena qualquer a taxa de sucesso varia entre 10 e 20 %. Contudo, mas as que conseguimos cristalizar normalmente no na primeira tentativa, assim um processo crucial na cristalizao de uma protena a otimizao. Normalmente ao usarmos os screens temos resultados como precipitado, ou gotas claras, ou ainda microcristais. Em cada uma dessas situaes temos estratgias que podem levar formao de cristais adequados para os experimentos de difrao de raios X. Cristais adequados devem ter ase seguintes caractersticas: 1) Boas dimenses, normalmente maiores que 0,2 mm. 2) Arestas bem definida. 3) Relativa rigidez. 4) Facilidade de manuseio. Mesmo satisfazendo s essas condies o cristal pode no difratar. O teste final quando expomos o cristal ao feixe de raios X e vemos um padro claro e com centenas de pontos de difrao. wfdaj.sites.uol.com.br
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Protocolo de Otimizao de Cristais Consideremos o seguinte cenrio onde temos pequenos cristais obtidos
nos experimentos iniciais, com ou sem precipitado amorfo acompanhando-os. Para a melhoria dos cristais e eliminao do precipitado amorfo seguimos os seguintes passos: Passo 1) Abaixe a concentrao da macromolcula e tente as mesmas condies em que obteve os primeiros cristais. Tente varias concentraes, por exemplo, se os primeiros cristais foram conseguidos com a concentrao de 10mg/ml tente 9, 8, 7, 6 e 5 mg/ml. Espere por uma semana e se no houver melhora nos cristais, Passo 2) Mantenha a concentrao da macromolcula biolgica constante e abaixe a concentrao do agente precipitante.
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Protocolo de Otimizao de Espere por uma semana e se no houver melhora nos cristais, Cristais
Passo 3) Adicione 0,2M NaCl ao reservatrio. Se a gota de cristalizao ficar completamente clara (sem precipitado ou cristais) aps uma semana, aumente a concentrao do precipitante em incrementos de 5% a cada 3 dias. Se a gota continuar sem cristais ou precipitado 0,2M de NaCl foi demasiado, tente novamente com 20mM NaCl o mesmo procedimento. A eliminao do precipitado, se presente, importante visto que o mesmo age como stio de nucleao e complica a manipulao futura do cristal. Se no houve melhoria nos cristais pode-se tentar microssemeadura (microseeding) caso tal tentativa no funcione pode-se tentar variar a temperatura, caso o experimento foi realizado a 4oC, deve-se tentar em temperatura ambiente e vice-versa.
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Cristalizao
Anlise
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Caracterizao de Cristais
Uma etapa inicial importante na elucidao da estrutura tridimensional de protenas, por meio de cristalografia por difrao de raios X determinao do contedo da cela unitria. Uma vez tenhamos determinado os parmetros da cela unitria: a, b, c, alfa, beta e gama, temos que determinar quantas molculas temos na unidade assimtrica. Para isto precisamos alm dos parmetros da cela unitria o peso molecular da protena cristalizada. O mtodo proposto por Matthews (1968) permite calcular o nmero de molculas por unidade assimtrica. Matthews determinou que para cristais de protenas a relao entre volume da cela unitria (Vcell) e o peso molecular da protena cristalizada fica na faixa de 1,7 a 3,5 3/Da, com a maioria dos valores em torno de 2,15 3/Da, este valor chamado volume de Matthews (VM) VM = Vcell Z.MW Onde Z o nmero de molculas na cela unitria, MW o peso molecular da protena cristalizada e Vcell o volume cela unitria, que para uma cela unitria qualquer dada por: Vcell = a.b.c [1 + 2 cos cos cos - cos2 - cos2 - cos2]1/2 wfdaj.sites.uol.com.br
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Caracterizao de Cristais
A frao de volume ocupada por protena (Vprotein) dada por: Vprotein = 1,23/VM E a frao de volume de solvente no cristal dada por: Vsolvent = 1 1,23/VM Vprotein pode ser determinado por: Vprotein = (Volume especfico da protena em cm3/g) VM
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Artigos de cristalizao
Principais sees de um artigo de cristalizao de protenas: 3) Clonagem, expresso e purificao da protena 4) Cristalizao 5) Coleta de dados de difrao de raios X 6) Outros (Teste de atividade, sequenciamento, soluo da estrutura e refinamento cristalogrfico parcial.
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Artigos de cristalizao
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Hexagonal crystals of MtCS. Approximate dimensions are 0.30 0.25 0.25 mm.
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A typical diffraction pattern of the MtCS crystal with 1 oscillation range. The crystal diffracts to 2.8 resolution.
1.427 P6422 or P6222 a = 129.74, b = 129.74, c = 156.77 2.942.8 2 molecules 92610 19341 97.9 (97.9) 5.6 (16.5)
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Caracterizao de Cristais
Aplicaes. 3) Determinao do contedo da unidade assimtrica da corismato sintase de Mycobacterium tuberculosis (Dias et al., 2004). A partir dos dados de difrao de raios X foi determinado que os parmetros da cela unitria. a = 129,74 b = 129,74 c = 156,77 Grupo espacial: P6422 ou P6222 MW = 41.800 kDa Para cela hexagonal: Vcell = a.b.c.sen () Vcell = 129,74. 129,74 . 156,77. sen(120o) = 2.285.290,31 3 wfdaj.sites.uol.com.br
Caracterizao de Cristais
Para determinarmos o contedo da unidade assimtrica calcularemos o volume de Matthews para diferentes possibilidades de unidade assimtrica e verificaremos qual valor fica mais prximo da faixa de 1,7 a 3,5 , como segue: VM = Vcell Z.MW
Z 2 6 4 18 24 30
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Caracterizao de Cristais
Os valores dentro das caixas esto dentro da faixa prevista por Matthews, contudo sabemos que o grupo espacial hexagonal primitivo, o que significa que temos 6 unidades assimtricas, assim teremos um nmero de molculas mltiplo de 6, ou seja, 12, 18, 24, 30.., sendo o valor mais provvel 24. Assim temos: Vprotein = 1,23/VM = 0,5395 e Vsolvent = 0,4605
Z 2 6 4 18 24 30
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Artigos de cristalizao
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Fonte: Cavada BS, Marinho ES, Souza EP, Benevides RG, Delatorre P, Souza LA, Nascimento KS, Sampaio AH, Moreno FB, Rustiguel JK, Canduri F, de Azevedo WF Jr, Debray H. Acta Crystallogr Sect F Struct Biol Cryst Commun. 1(62), 235-237, 2006
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Fonte: Cavada BS, Marinho ES, Souza EP, Benevides RG, Delatorre P, Souza LA, Nascimento KS, Sampaio AH, Moreno FB, Rustiguel JK, Canduri F, de Azevedo WF Jr, Debray H. Acta Crystallogr Sect F Struct Biol Cryst Commun. 1(62), 235-237, 2006
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1.427 P212121 a = 67.82, b = 103.14, c = 122.09 34.921.77 4 molecules 286361 80568 97.00 (97.0) 5.4 (32.5)
Fonte: Cavada BS, Marinho ES, Souza EP, Benevides RG, Delatorre P, Souza LA, Nascimento KS, Sampaio AH, Moreno FB, Rustiguel JK, Canduri F, de Azevedo WF Jr, Debray H. Acta Crystallogr Sect F Struct Biol Cryst Commun. 1(62), 235-237, 2006
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Caracterizao de Cristais
Aplicaes. 3) Determinao do contedo da unidade assimtrica da Lectina de Cymbosema roseum seeds (Cavada et al., 2006). A partir dos dados de difrao de raios X foi determinado que os parmetros da cela unitria. a = 67,82 b = 103,14 c = 122,09 Grupo espacial: P212121 MW = 25kDa Vcell = 67,82 . 103,14 . 122,09 = 854.014,03 3
Referncia:Cavada BS, Marinho ES, Souza EP, Benevides RG, Delatorre P, Souza LA, Nascimento KS, Sampaio AH, Moreno FB, Rustiguel JK, Canduri F, de Azevedo WF Jr, Debray H. Acta Crystallogr Sect F Struct Biol Cryst Commun. 1(62), 235-237, 2006
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Caracterizao de Cristais
Para determinarmos o contedo da unidade assimtrica calcularemos o volume de Matthews para diferentes possibilidades de unidade assimtrica e verificaremos qual valor fica mais prximo da faixa de 1,7 a 3,5 , como segue: VM = Vcell Z.MW Z 2 3 4 5 6 7 8 9 VM(3/Da) 34,14 17,07 11,38 8,53 6,83 5,69 4,88 4,27 Z 9 10 11 12 13 14 15 16 VM(3/Da) 3,79 3,41 3,10 2,85 2,63 2,44 2,28 2,14 Z 17 18 19 20 21 22 23 24 VM(3/Da) 2,01 1,90 1,80 1,71 1,63 1,55 1,49 1,42
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Caracterizao de Cristais
Os valores dentro das caixas esto dentro da faixa prevista por Matthews, contudo sabemos que o grupo espacial ortorrmbico primitivo, o que significa que temos 4 unidades assimtricas, assim teremos um nmero de molculas mltiplo de 4, ou seja, 12, 16 ou 20, sendo o valor mais provvel 16. Assim temos: Vprotein = 1,23/VM = 0,575 Z 2 3 4 5 6 7 8 9 VM(3/Da) 34,14 17,07 11,38 8,53 6,83 5,69 4,88 4,27 Z 9 10 11 12 13 14 15 16 e Vsolvent = 0,425 VM(3/Da) 3,79 3,41 3,10 2,85 2,63 2,44 2,28 2,14 Z 17 18 19 20 21 22 23 24 VM(3/Da) 2,01 1,90 1,80 1,71 1,63 1,55 1,49 1,42
2006 Dr. Walter F. de Azevedo Jr.
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Artigos de cristalizao
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Fonte: Vivan AL, Dias MVB, Schneider CZ, de Azevedo Jr. WF, Basso LA, Santos DS. Acta Crystallogr Sect F Struct Biol Cryst Commun. F62, 357-360, 2006
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Caracterizao de Cristais
Aplicaes. 3) Determinao do contedo da unidade assimtrica da Lectina de Cymbosema roseum seeds (Cavada et al., 2006). A partir dos dados de difrao de raios X foi determinado que os parmetros da cela unitria. a = 98,26 b = 133,22 c = 225,01 Grupo espacial: I222 ou I212121 MW = 33,6 kDa Vcell = 98,26 . 133,22 . 225,01 = 2.945.425,3 3
Fonte: Vivan AL, Dias MVB, Schneider CZ, de Azevedo Jr. WF, Basso LA, Santos DS. Acta Crystallogr Sect F Struct Biol Cryst Commun. F62, 357-360, 2006
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Caracterizao de Cristais
Para determinarmos o contedo da unidade assimtrica calcularemos o volume de Matthews para diferentes possibilidades de unidade assimtrica e verificaremos qual valor fica mais prximo da faixa de 1,7 a 3,5 , como segue: VM = Vcell Z.MW Z 2 8 16 24 32 40 48 VM(3/Da) 87,66 10,96 5,48 3,65 2,74 2,19 1,83
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Caracterizao de Cristais
Os valores dentro das caixas esto dentro da faixa prevista por Matthews, contudo sabemos que o grupo espacial ortorrmbico com centragem I, o que significa que temos 16 unidades assimtricas, assim teremos um nmero de molculas mltiplo de 16, ou seja, 16, 32, 48, sendo o valor mais provvel 32. Assim temos: Vprotein = 1,23/VM = 0,4489 Z 2 8 16 32 48 e Vsolvent = 0,5511 VM(3/Da) 87,66 10,96 5,48 2,74 1,83
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Referncias
Drenth, J. (1994). Principles of Protein X-ray Crystallography. New York: Springer-Verlag.
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