Prlogo a la edicin en espaol Prefacio VIII

VII

11I 2.8 2.9 2.10 2.11

DIVERSIDAD MICROBIANA Diversidad fisiolgica de los 43 microorganismos Bacterias 45 Arqueas 48 Microorganismos eucariticos

43

PRINCIPIOS DE MICROBIOLOGA
Captulo 1 Microorganismos y microbiologa 1
~

51

Captulo 3 Qumica de los componentes celulares 55

ENLACESQUiMICOS. MACROMOLCULAS
2 3.1 3.2 11 3.3 sobre Y AGUA 56

I 1.1 1.2 1.3

INTRODUCCiN A LA MICROBIO LOGiA Microbiologa 3 como clulas y sus ambientes 3

Los microorganismos Los microorganismos naturales 6 microbiana 6

Enlaces fuertes y dbiles 56 Las macromolculas y el agua como disolvente de la vida 58 MACROMOLCULAS INFORMACiN 60 Polisacridos 60 CON SIN

1.4 Antigedad y amplitud de la vida

1.5 Impacto de los microorganismos el hombre 8
(11 EN MICROBIO LOGiA 11

3.4
11I 3.5

Lpidos 62
MACROMOLCULAS INFORMACiN 63

LOS CAMINOS DEL DESCUBRIMIENTO 3.6 3.7

3.8

cidos nucleicos

63

1.6 Las races histricas de la microbiologa: 1.7 1.8 1.9 1.10

Hooke, van Leeuwenhoek, y Cohn 11 Pasteur y la derrota de la generacin espontnea 13 Koch, la enfermedad infecciosa y la microbiologa del cultivo puro 16 Diversidad microbiana y el surgimiento de la microbiologa general 20 La Era Moderna de la microbiologa 22 Informacin adicional Medios slidos, la placa de Petri y los cultivos puros 19

Aminocidos y enlace peptdico 65 Protenas: estructuras primaria y secundaria 67 Protenas: estructuras de orden superior y desnaturalizacin 68

Captulo 4 Estructura y funcin celular en Bacterias y Arqueas 73

I 4.1 4.2 11 4.3 MORFOLOGiA y TAMAO CELULAR Morfologa celular 74 El tamao celular y la importancia pequeo 75 MEMBRANA CITOPLASMTICA y TRANSPORTE 78 Membrana citoplasmtica en bacterias y arqueas 78 Funciones de la membrana citoplasmtica Transporte y sistemas de transporte 82 PAREDES CELULARES DE PROCARIOTAS 86 La pared celular de bacterias: el peptidoglicano 86 La membrana externa de bacterias gramnegativas 90 Paredes celulares de arqueas 93 OTRAS ESTRUCTURAS SUPERFICIALES E INCLUSIONES CELULARES 94 Capas superficiales, pelos y fimbrias 94 XXII! de ser 74

Captulo 2 Un breve viaje por el mundo microbiano 28

LA VISiN DE LO MUY PEQUEO 29 , I 2.1 Fundamentos de microscopa ptica 29 2.2 Mejora y ajuste del contraste en microscopa

4.4 4.5 11I

81

2.3 2.4 . 11

ptica 30 Imagen tridimensional de las clulas Microscopa electrnica 35

33 4.6 4.7 4.8 IV 4.9

ESTRUCTURA CELULAR E HISTORIA EVOLUTIVA 37

2.5 Elementos estructurales

de las clulas y de los virus 37 2.6 Organizacin del DNA en las clulas microbianas 39 2.7 El rbol evolutivo de la vida 41

XXIV Contenido
4.10 4.11 4.12 V 4.13 4.14 4.15 Inclusiones celulares 96 6.2 6.3 6.4 105 11 6.5 6.6 6.7 6.8 11I Protenas Fts y divisin celular 156 MreB y los determinantes de la morfologa celular 157 Sntesis de peptidoglicano y divisin celular CRECIMIENTO DE POBLACIONES BACTERIANAS 161 Terminologa y concepto de crecimiento exponencial 161 Formulacin del crecimiento exponencial Ciclo del crecimiento microbiano 163 Cultivo continuo: el quimiostato MEDIDA DEL CRECIMIENTO MICROBIANO 167 Determinacin del nmero total de clulas: recuento microscpico 167 Recuento de clulas viables 168 Medida de la masa microbiana: mtodos turbidimtricos 170 TEMPERATURA Y CRECIMIENTO MICROBIANO 172 Efecto de la temperatura microbiano 172 Crecimiento microbiano temperaturas 175 Crecimiento microbiano temperaturas 178 sobre el crecimiento a bajas a altas 165 159

Vesculas de gas 98 Endosporas 100 MOVIMIENTO MICROBIANO

Flagelos y movilidad 105 Movilidad por deslizamiento 110 El movimiento celular como respuesta sensorial: tactismos microbianos 111 Informacin adicional Cunto tiempo puede sobrevivir una espora? 102

162

Captulo 5

Nutricin, cultivo y metabolismo microbiano 117

118

6.9
6.10 6.11

NUTRICiN Y CULTIVO DE MICROORGANISMOS 5.1 5.2 5.3 11 5.4 5.5 11I 5.6 Nutricin microbiana 118 Medios de cultivo 121 Cultivo de microorganismos laboratorio 123 ENERGTICA Y ENZIMAS Bioenergtica 125 Catlisis yenzimas 126

en el 124

IV
6.12 6.13

OXIDACiN-REDUCCIN DE ALTA ENERGiA 129 Oxidacin y reduccin: de electrones 129

Y COMPUESTOS

6.14 V 6.15 6.16 6.17 6.18

donadores y aceptores redox

OTROS FACTORES AMBIENTALES QUE AFECTAN AL CRECIMIENTO 180 Crecimiento microbiano y pH 180 Efectos osmticos sobre el crecimiento microbiano 182 Oxgeno y crecimiento microbiano 184 Formas txicas del oxgeno 186 Informacin adicional Crecimiento microbiano en el mundo real: biopelculas 173

5.7 5.8 IV 5.9 5.10

5.11 5.12 5.13 5.14 V 5.15 5.16 5.17 5.18

El NAD como un transportador de electrones 131

Compuestos de alta energa y almacenamiento de energa 132 BASES DEL CATABOLlSMO Conservacin de la energa La gluclisis como ejemplo de fermentacin 134 133 134

La respiracin y los sistemas de membrana transportadores de electrones 137 Respiracin y fuerza motriz de protones 140 Flujo del carbono en la respiracin: el ciclo del cido ctrico 142 Diversidad catablica 144 BASES DEL ANABOLlSMO Biosntesis Biosntesis Biosntesis Regulacin biosintticas 146

BIOLOGA MOLECULAR DE LOS MICROORGANISMOS Captulo 7

I 7.1 11 7.2 7.3 7.4
11I

Fundamentos de biologa
molecular 191
192 192

GENES y EXPRESiN GNICA Macromolculas e informacin

de azcares y polisacridos 146 de aminocidos y nucletidos 147 de cidos grasos y lpidos 148 de la actividad de enzimas 149

gentica 193

LA ESTRUCTURA DEL DNA La doble hlice 193

Informacin adicional Los productos de fermentacin por levaduras y el efecto Pasteur 136

Superenrollamiento 196 Cromosomas y otros elementos genticos

LA REPLlCACIN DEL DNA 199

198

Captulo 6
I 6.1

Crecimiento

microbiano

154
155 155

DIVISiN CELULAR BACTERIANA Crecimic::nto celular y fisin binaria

7.5 7.6 7.7 7.8

Moldes y enzimas 199 La horquilla de replicacin 201 La replicacin bidireccional yel replisoma 203 Correccin de errores y terminacin 205

Contenido IV 7.9 7.10 7.11 7.12 V 7.13 7.14 7.15 7.16 7.17 LA SINTESIS DEL RNA: TRANSCRIPCiN 206 Aspectos generales de la transcripcin Factores sigma y secuencias consenso Terminacin de la transcripcin 210 La unidad de transcripcin 211 LA SINTESIS DE PROTEINAS 212 9.12 9.13 VI 9.14 9.15 9.16 207 208 IV MECANISMOS REGULADORES GLOBALES 260

'X'J0I

9.9 El control global y el operon lac 260 9.10 La respuesta estricta 261 9.11 Otras redes de control global 263
V REGULACiN DEL DESARROLLO EN BACTERIAS MODELO 265 Esporulacin en Bacillus 265 Diferenciacin en Caulobacter 266 REGULACiN BASADA EN EL RNA 267 Regulacin por RNA y RNA antisentido Interruptores de RNA 268 Atenuacin 270 267

El cdigo gentico 212 RNA de transferencia 215 Traduccin: el proceso de la sntesis de protenas 217 La incorporacin de aminocidos no estndar 220 Plegamiento y secrecin de protenas

221

Captulo 8

Biologa molecular de arqueas y eucariotas 226

Captulo 10

Una visin rpida de los virus y la virologa 274

BIOLOGIA MOLECULAR DE LAS ARQUEAS 227

8.1 Cromosomas y replicacin del DNA

8.2 8.3 8.4 en arqueas 227 Transcripcin y procesamiento del RNA en arqueas 229 Sntesis de protenas en arqueas 230 Caractersticas comunes en bacterias y arqueas 231 BIOLOGiA MOLECULAR EUCARITICA 232 10.1 10.2 10.3 10.4 11 10.5 10.6 10.7 11I 10.8 10.9 10.10 10.11 10.12 IV
246

ESTRUCTURA Y CRECIMIENTO DE LOS VIRUS 275 Propiedades generales de los virus Naturaleza del virin 276 El hospedador Cuantificacin del virus de virus 280 280 275

REPLlCACIN VIRICA 282 Caractersticas vrica 282 generales de la replicacin

8.5 8.6 8.7 8.8 8.9 8.10

Genes y cromosomas en los eucariotas 232 Visin general de la divisin celular eucaritica 234 Replicacin del DNA lineal 235 Procesamiento del RNA 237 Transcripcin y traduccin en eucariotas 240 Interferencia por RNA (RNAi) 242 Informacin adicional Intenas y empalme de protenas 238

Unin y penetracin vricas 283 Produccin de cidos nucleicos y protenas vricas 285 DIVERSIDAD ViRICA Generalidades 287 287

de los virus bacterianos

Bacterifagos virulentos y T4 290 Bacterifagos atemperados, lambda y Pl 292 Generalidades de los virus animales 295 Retrovirus 297
ENTIDADES SUBviRICAS 299 299

Captulo 9
I

Regulacin de la expresin gnica 245

DE LA REGULACiN

I 9.1

GENERALIDADES

Principales tipos de regulacin

246 247

10.13 10.14 10.15

Virus defectuosos Viroides 299

Priones

300 adicional los virus el DNA? 288

I 11 I PROTEiNAS DE UNiN AL DNA Y REGULACiN DE LA TRANSCRIPCiN 9.2 9.3 9.4 Protenas de unin al DNA 247 Control negativo de la transcripcin: represin e induccin 249 Control positivo de la transcripcin

Informacin Inventaron

Captulo 11
251

Fundamentos de gentica bacteriana 304

BACTERIANOS 305

11I , PERCE..pCIN y TRANSDUCCIN DE SENAL 253 9.5 Sistemas reguladores de dos componentes 253 9.6 Percepcin de qurum 255 9.7 Regulacin de la quimiotaxis 257 9.8 Control de la transcripcin en arqueas 259

CROMOSOMAS y PLAsMIDOS
11.1

11.2 11.3

Mapa gentico del cromosoma de Escherichia co/i 305 Plsmidos: principios generales 308 Tipos de plsmidos y su significado biolgico 310

XXVI Contenido
11 11.4 11.5 11.6 11.7 11.8 11I 11.9 11.10 11.11 11.12 11.13 11.14 11.15 11.16 MUTACiN 312 315

Captulo 13
I 13.1 13.2 13.3 13.4 13.5 11 13.5 13.6 13.7 11I 13.9 13.10

Genmica microbiana
379

378

Mutaciones y mutantes 312 Bases moleculares de la mutacin Tasas de mutacin 317 Mutagnesis 318 Mutagnesis y carcinognesis: de Ames 322 INTERCAMBIO GENTICO EN PROCARIOTAS 323 Recombinacin gentica Transformacin 325 Transduccin 328 324

GENO MAS MICROBIANOS

la prueba

Breve historia de la genmica 379 Genomas procariticos: tamaos y contenido de ORF 379 Genomas procariticos: anlisis bioinformticos y distribuciones gnicas 382 El genoma de los orgnulos eucariticos 385 Genomas microbianos eucariticos 389 FUNCiN Y REGULACiN DEL GENOMA 391 Micromatrices y transcriptoma Protemica 394 Metabolmica 395 LA EVOLUCiN DEL GENOMA 391

Conjugacin: caractersticas esenciales 331 Formacin de las cepas Hfr y movilizacin cromosmica 333 Complementacin 336 Transferencia gnica en arqueas 338 DNA mvil: elementos transponibles 339

396

Captulo 12

Ingeniera gen tica

344

Familias gnicas, duplicaciones y deleciones 396 DNA mvil: transposones y secuencias de insercin 397 Transferencia del genoma Evolucin de de patogenia gnica horizontal y estabilidad 398 la virulencia: islas 400 401

13.11 13.12 IV 13.13 13.14

HERRAMIENTAS Y TCNICAS DE INGENIERIA GENTICA 345 12.1 12.2 12.3 12.4 11 12.5 12.6 12.7 12.8 11I 12.9 12.10 IV 12.11 12.12 12.13 12.14 12.15 Enzimas de restriccin y modificacin 345 Hibridacin de cidos nudeicos y transferencia Southern 347 Fundamentos de la donacin molecular 348 Los plsmidos como vectores de donacin 349 SECUENCIACIN. SINTESIS. y AMPLIFICACiN DEL DNA 352 Secuenciacin del DNA 352 Secuenciacin y registro de genomas completos 354 Sntesis de DNA 356 Amplificacin de DNA: reaccin en cadena de la polimerasa 356 MANIPULACiN DE GENES BACTERIANOS 360 Mtodos moleculares de mutagnesis 360 Fusiones gnicas y genes testigo 362 TCNICAS DE AVANZADAS DE CLONACIN 364 Hospedadores de donacin de los vectores 364

GENMICA AMBIENTAL

Deteccin de microorganismos no cultivados 401 Genomas vricos en la naturaleza Informacin adicional Edicin del RNA 388

402

LA DIVERSIDAD MICROBIANA

Captulo 14

Evolucin y sistemtica microbiana 405

LA TIERRA PRIMITIVA Y EL ORIGEN Y DIVERSIFICACiN DE LA VIDA 406 14.1 14.2 14.3 14.4 11 14.5 14.6 14.7 14.8 14.9 11I 14.10 14.11 Formacin e historia primitiva de la Tierra 406 Origen de la vida celular 408 Diversificacin microbiana: consecuencias para la biosfera terrestre 412 Origen endosimbitico de los eucariotas 413 EVOLUCiN MICROBIANA 416

A la bsqueda del don correcto 365 Vectores lanzadera y vectores de expresin 368 El bacterifago lambda como vector de donacin 371 Vectores para la donacin genmicas 373 y la secuenciacin

El proceso evolutivo 416 Anlisis evolutivo: aspectos tericos 417 Anlisis evolutivo: mtodos analticos 419 Filogenia microbiana 421 Aplicaciones de los mtodos filogenticos basados en el SSU rRNA 423 SISTEMTICA MICROBIANA Anlisis fenotpico Anlisis genotpico 426 428 426

Informacin adicional Identificacin gentica (huellas dactilares de DNA) 358

Contenido 16.3 432 16.4 16.5 16.6

XXVII

14.12 14.13 14.14

Anlisis filogentico 431 El concepto de especie en microbiologa Clasificacin y nomenclatura 435

Bacterias grampositivas que carecen de pared: los micoplasmas 501 Actinobacterias: corineformes y bacterias del cido propinico 503 Actinobacteria: Mycobacterium 504 Actinobacterias filamentosas: Streptomyces y organismos relacionados 507

Captulo 15
I 15.1

Dominio Bacteria: las proteobacterias

440
441 11I 16.7 16.8 IV 16.9 V 16.10 VI 16.11 VII 16.12 16.13 VIII 16.14 IX , 16.15 X 16.16 XI 16.17 XII 16.18 481 XIII 16.19 16.20

LA FILOGENIA DE LAS BACTERIAS Visin general de la filogenia de las bacterias 441 PROTEOBACTERIAS FOTTROFAS, QUIMIOLlTTROFAS y METANTROFAS 443 Bacterias Bacterias Bacterias Bacterias Bacterias

CIANOBACTERIAS y PROCLOROFITAS Cianobacterias Proclorofitas

CLAMIDIAS Clamidias

511

511 515
516

...11

516

15.2 15.3 15.4 15.5 15.6 (11I

fototrficas rojas 443 nitrificantes 446 oxidantes del azufre y el hierro 448 oxidantes del hidrgeno 451 metantrofas y metiltrofas 453

PLANCTOMYCES/PIRELLULA

519

Planctomyces: una bacteria pendunculada filogenticamente nica 519

LOS VERRUMICROBIOS Verrumicrobium 520 520

PROTEOBACTERIAS QUIMIOORGANTROFAS AEROBIAS y ANAEROBIAS FACULTATIVAS 456 Pseudomonas y pseudomonadceas Bacterias del cido actico 459 456

y Prosthecobacter

LAS FLAVOBACTERIAS

521 521
522 relacionados

15.7 15.8 15.9 15.10 15.11 15.12 15.13

Bacteroides y Flavobacterium Acidobacterias 521

EL GRUPO CYTOPHAGA

Bacterias fijadoras de nitrgeno aerobias de vida libre 460 Neisseria, Chromobacterium y gneros relacionados 462 Enterobacterias 463 Vibrio, Aliivibrio, y Photobacterium 467 Rickettsias 469 PROTEOBACTERIAS INUSUALES 472 MORFOLGICAMENTE

Cytophaga y organismos
BACTERIAS Chlorobium del azufre VERDES

522
523

DEL AZUFRE verdes

y otras bacterias 523 526

LAS ESPIROQUETAS Espiroquetas DEINOCOCCOS Deinococcus 526 529

(iV
15.14 15.15 15.16 V 15.17 15.18
15.19

Espirilos 472 Proteobacterias con vainas: Sphaerotilus y Leptothrix 475 Bacterias pedunculadas con prostecas y que forman yemas 477

y Thermus

529

BACTERIAS VERDES NO DEL AZUFRE Chloroflexus y organismos relacionados 533

531 531

DELTAY EPSILONPROTEOBACTERIAS
Mixobacterias deslizantes 481 Proteobacterias reductoras de sulfato y reductoras de azufre 485 Las epsilonproteobacterias 488

BACTERIAS HIPERTERMFILAS Thermotoga y Thermodesulfobacterium Aquifex, Thermocrinis y organismos relacionados 534 NITROSPIRA y DEFERRIBACTER

533

XIV
16.21

535

Captulo 16

Dominio Bacteria: grampositivas y otras bacterias 491

Nitrospira, Deferribacter, y organismos relacionados 535

VISiN GENERAL DE LAS BACTERIAS

GRAMPOSITIVAS y OTRAS BACTERIAS 492

Captulo 17

Dominio Archaea
y METABOLISMO 539

538

FILOGENIA GENERAL

11
16.1

BACTERIAS GRAMPOSITIVAS y ACTINOBACTERIAS 942

Bacterias

17.1 17.2 11

grampositivas no formadoras
formadoras 17.3

Visin general filogentica de las arqueas Conservacin de la energa y autotrofia en arqueas 540 FILUM EURYARCHAEOTA Arqueas halfilas extremas 541 541

539

16.2

de endosporas 492 Bacterias grampositivas de endosporas 496

XXVIII Contenido
17.4 17.5 17.6 17.7 17.8 11I 17.9 17.10 17.11 17.12 IV 17.13 17.14 17.15 Arqueas productoras de metano: metangenos 546 Thermoplasmatales 550 Thermococcales y Methanopyrus 552 Archaeoglobales 553 Nanoarchaeum y Aciduliprofundum 554 FILUM CRENARCHAEOTA 556 I 19.1 19.2 19.3 19.4 11 19.5 11I 19.6 19.7 19.8 19.9 VIRUS DE BACTERIAS 608 Bacterifagos de RNA 608 Bacterifagos de DNA de cadena sencilla 610 Bacterifagos de DNA de doble cadena 613 Mu: un bacterifago de DNA de doble cadena transponible 615 VIRUS DE ARQUEAS Virus de arqueas 617 619 617 V 18.20 18.21 ALGAS UNICELULARES VERDES y ROJAS 601 Algas rojas unicelulares Algas verdes unicelulares 602 603

Captulo 19

Diversidad viral

607

Hbitats y metabolismo energtico en las crenarqueotas 556 Hipertermfilos de hbitats volcnicos terrestres 558 Hipertermfilos de hbitats volcnicos submarinos 560 Crenarqueotas no termfilas 563 EVOLUCiN Y VIDA A ALTAS TEMPERATURAS 564 Un lmite superior de temperatura para la vida microbiana 564 Adaptaciones de la vida a alta temperatura 565 Arqueas hipertermfilas, H2 y evolucin microbiana 567

VIRUS RNA DE EUCARIOTAS

Captulo 18

Biologa celular y microorganismos eucariotas

Virus de RNA de plantas 619 Virus animales de RNA de cadena positiva: poliovirus y coronavirus 620 Virus animales de RNA de cadena negativa: rabia, gripe y virus relacionados 623 Virus de RNA de cadena doble: reovirus 626 VIRUS DE DNA DE EUCARIOTAS 627

571

IV 19.10 19.11 19.12 19.13 19.14 V 19.15

ESTRUCTURA Y FUNCiN DE LA CLULA EUCARIOTA 572 18.1 18.2 18.3 18.4 18.5 11 18.6 11I 18.7 18.8 18.9 18.10 18.11 18.12 IV 18.13 18.14 18.15 18.16 18.17 18.18 18.19 Estructura de la clula eucariota y del ncleo 572 Orgnulos respiratorios y fermentativos: la mitocondria y el hidrogenosoma 573 Orgnulos fotosintticos: el cloroplasto 575 Endosimbiosis: relaciones de mitocondrias y cloroplastos en las bacterias 575 Otros orgnulos y estructuras celulares de eucariotas 577 DIVERSIDAD MICROBIANA EN EUCARIOTAS 580 Filogenia del dominio Eukarya PROTISTAS 582 583 580

Virus vegetales de DNA 627 Replicacin de virus animales de DNA de doble cadena 629 Virus de DNA de doble cadena: herpesvirus 631 Virus de DNA de doble cadena: poxvirus 633 Virus de DNA de doble cadena: adenovirus 634 VIRUS QUE EMPLEAN TRANSCRIPTASA INVERSA 635 Retrovirus y hepadnavirus 635 Informacin adicional Mimivirus y la evolucin de los virus

628

Diplomnados y parabaslidos Euglenozoos 583 Alveolados 585 Estramenpilos 587 Cercozoos y radiolarios Amoebozoos 589 HONGOS 592 589

DIVERSIDAD METABLlCA y ECOLOGA MICROBIANA

Captulo 20

Diversidad metablica: fototrofia, autotrofia, quimiolitotrofia y fijacin del nitrgeno 640

641 641

I 20.1 20.2 20.3 20.4 20.5 11 20.6 20.7

EL SISTEMA DE VIDA FOTTROFO Fotosntesis Clorofilas y bacterioclorofilas 642 Carotenoides y ficobilinas 645 Fotosntesis anoxignica 647 Fotosntesis oxignica 652
AUTOTROFIA El ciclo de Calvin 654 654

Fisiologa y estructura de los hongos; asociaciones con otros organismos 592 Reproduccin y filogenia de los hongos 595 Quitridiomicetos 597 Zigomicetos 597 Glomeromicetos 598 Ascomicetos 598 Basidiomicetos 601

Otras vas auttrofas

en los fottrofos

656

Contenido 11I 20.8 20.9 20.10 20.11 20.12 20.13 IV 20.14 20.15 QUIMIOLlTOTROFIA 658

XXIX

11

Energtica de la quimiolitotrofia 658 Oxidacin del hidrgeno 659 Oxidacin de compuestos reducidos del azufre 660 Oxidacin del hierro 663 Nitrificacin 666 Anamox 668 FIJACiN DEL NITRGENO 669

ANLISIS DE LAS COMUNIDADES MICROBIANAS BASADOS EN TCNICAS INDEPENDIENTES DE CULTIVO 727 Mtodos generales de tincin 727 FISH 730 Relacionar genes especficos con organismos especficos mediante PCR 732 Genmica medioambiental 735 MEDICiN DE LAS ACTIVIDADES MICROBIANAS EN LA NATURALEZA 736

22.3 22.4 22.5 22.6 11I 22.7 22.8

Nitrogenasa y la fijacin del nitrgeno 669 Gentica y regulacin de la fijacin de N2 673 adicional Informacin Winogradsky y la quimiolitoautrofia 662

Anlisis qumicos, mtodos radioisotpicos y microelectrodos 736 Istopos estables 739

Captulo 21

Diversidad metablica: catabolismo de los compuestos orgnicos 677

678

Captulo 23

Ecosistemas

microbianos

744

PRINCIPIOS DE ECOLOGIA MICROBIANA 745 23.1 32.2 11 23.3 23.4 23.5 11I 23.6 23.7 23.8 IV 23.9 23.10 Conceptos de ecologa 745 Ecosistemas microbianos y ciclo biogeoqumico 746 EL HBITAT MICROBIANO Ambientes y Biopelculas: superficies Biopelculas: 747

I 21.1
21.2 21.3 21.4

FERMENTACIONES

21.5 11 21.6 21.7 21.8 21.9 21.10 21.11 21.12 21.13 11I 21.14 21.15 21.16 21.17 21.18 21.19

Fermentaciones: consideraciones energticas y redox 678 Diversidad fermentativa: fermentaciones del cido lctico y cido mixta 680 Diversidad fermentativa: fermentaciones de los clostridios y del cido propinico 683 Fermentaciones sin fosforilacin a nivel del sustrato 686 Sintrofismo 688 RESPIRACiN ANAEROBIA 690

microambientes 747 crecimiento microbiano sobre las 749 ventajas y control 751

ECOSISTEMAS MICROBIANOS DE AGUA DULCE, TERRESTRE Y VEGETAL 752 Ambientes de agua dulce 752 Ambientes terrestres 754 Plantas como hbitat para los microorganismos 757 ECOSISTEMAS MICROBIANOS MARINOS 759 Mar abierto 759 764

Respiracin anaerobia: principios generales 690 Reduccin del nitrato y desnitrificacin 691 Reduccin del sulfato y azufre 693 Acetogenesis 696 Metanogenesis 698 Reduccin de protones 702 Otros acepto res de electrones 703 Oxidacin anxica de hidrocarburos asociada a la respiracin anaerobia 706 PROCESOS DE QUIMIOORGANOTROFIA AEROBIA 709 El oxgeno molecular como reactivo en los procesos bioqumicos 709 Oxidacin aerobia de los hidrocarburos 710 Metilotrofia y metanotrofia 711 Metabolismo de hexosas, pentosas y polisacridos 713 Metabolismo de los cidos orgnicos Metabolismo de los lpidos 717

Profundidades marinas y barofilia

Informacin adicional Vida microbiana en las profundidades de la Tierra 758

Captulo

24

Ciclos de los nutrientes, biorremediacin y simbiosis

768

CICLOS DEL CARBONO Y DEL OXIGENO 769

716

24.1 24.2 11 24.3 24.4 24.5 11I 24.6

El ciclo del carbono Sintrofismo

769 771

y metanogenesis

CICLOS DEL NITRGENO, DEL AZUFRE Y DEL HIERRO 774 El ciclo del nitrgeno 774 El ciclo del azufre 775 El ciclo del hierro 777 BIORREMEDICIN MICROBIANA Lixiviacin microbiana minerales 781 de las menas 780

Captulo 22

Mtodos de ecologa microbiana 720

ANLISIS DE LAS COMUNIDADES MICROBIANAS BASADOS EN TCNICAS DE CULTIVO 721 22.1 22.2 Enriquecimiento y aislamiento Aislamiento en cultivo axnico 721 725

xxx

Contenido
24.7 24.8 24.9 IV Transformacin del mercurio y otros metales pesados 783 Biodegradacin Biodegradacin del petrleo 785 de los xenobiticos 786

Captulo 26
I
26.1 26.2

Biotecnologa
844

843

GENTICA

PRODUCTOS

DE LA INGENIERiA

SIMBIOSIS ENTRE ANIMALES Y MICROORGANISMOS 789 El rumen y los rumiantes Ecosistemas microbianos hidrotermales 793 789 de las fuentes 796

24.10 24.11
24.12 V 24.13 24.14 24.15

26.3 26.4 26.5 26.6 11 26.7

26.8 26.9 26.10

Simbiosis entre el calamar y Aliivibrio SIMBIOSIS ENTRE PLANTAS Y MICROORGANISMOS 798 Lquenes y micorrizas 798

Principios bsicos de la biotecnologa 844 Expresin de genes de mamferos en bacterias 844 Produccin de hormonas 848 Otros productos y protenas de mamferos 849 Obtencin de vacunas mediante ingeniera gentica 850 La prospeccin de genes 853 ORGANISMOS TRANSGNICOS 854

Tumoracin por Agrobacterium 801 La simbiosis en los ndulos radicales de las leguminosas 803

MICROBIOLOGA APLICADA

Modificacin gentica de rutas metablicas en bacterias 854 Modificacin gentica de animales 855 Terapia gnica en seres humanos 858 Plantas transgnicas en la agricultura 860 Informacin adicional La biologa sinttica y la fotografa bacteriana 856

Captulo 25

Microbiologa industrial

811
Captulo 27
I 813 27.1 27.2 27.3 11 27.4 27.5

AGENTES ANTIMICROBIANOS y PATOGENICIDAD Control del crecimiento microbiano 865

866 por calor 866 por radiacin 869 por filtracin 871 873

LOS MICROORGANISMOS INDUSTRIALES y LA FORMACiN DE PRODUCTOS 812 25.1

Los microorganismos industriales y sus productos 812 Metabolitos primarios y secundarios Caractersticas de las fermentaciones a gran escala 814 Escalado de las fermentaciones industriales 816
PRODUCTOS SANITARIA PARA LA INDUSTRIA 818

CONTROL F(SICO ANTIMICROBIANO Esterilizacin Esterilizacin Esterilizacin

25.2 25.3 25.4 11

25.5

CONTROL QUiMICO ANTIMICROBIANO Control qumico del crecimiento microbiano 873 Agentes antimicrobianos externo 875 qumicos para uso

Aislamiento y caracterizacin de antibiticos 818 La produccin industrial de penicilinas y tetraciclinas 821 Las vitaminas y los aminocidos 823 Los esteroides y otras biotransformaciones Las enzimas como productos industriales PRODUCTOS PARA LA INDUSTRIA ALIMENTAR lA 829 El vino 829 27.10 27.11 V Elaboracin de cerveza, bebidas destiladas y alcohol genrico 832 El vinagre 836 El cido ctrico y otros compuestos orgnicos 837 La levadura como agente de fermentacin y como suplemento alimenticio 838 Las setas como fuente de alimento 839 Informacin adicional Elaboracin de cerveza casera 834 11I
27.6 27.7 27.8 27.9 IV

25.6 25.7 25.8 25.9 11I 25.10 25.11 25.12 25.13 25.14 25.15

AGENTES ANTIMICROBIANOS IN VIVO 878

UTILIZADOS

825 826

Antimicrobianos sintticos 880 Antimicrobianos naturales: los antibiticos 882 Antibiticos 13-1actmicos: las penicilinas y las cefalosporinas 883 Antibiticos producidos por procariotas 885 CONTROL DE VIRUS Y DE PATGENOS EUCARITICOS 887 Los antivricos 887 890

Los antifngicos

RESISTENCIA A LOS ANTIMICROBIANOS y DESCUBRIMIENTO DE NUEVOS ANTIMICROBIANOS 891 Resistencia Informacin a los antimicrobianos 892 896

27.12 27.13

Bsqueda de nuevos antimicrobianos

adicional Cmo prevenir la resistencia a los frmacos antimicrobianos 878

Contenido IV 29.9 29.10 29.11 ANTICUERPOS 953 957 y destruccin

XXXI

Captulo 28

Interacciones humana

de los

microorganismos con la especie

902

\. I
28.1 28.2 28.3 28.4 28.5 11

INTERACCIONES BENEFICIOSAS DE MICROORGANISMOS CON SERES HUMANOS 903 Principios bsicos de las interacciones de microorganismos con la especie humana 903 Microbiota normal de la piel 905 Microbiota normal de la cavidad bucal 906 Microbiota normal del tracto gastrotrointestinal 909 Microbiota normal de otras regiones del cuerpo 912 INTERACCIONES DAINAS DE MICROORGANISMOS CON SERES HUMANOS 915 Entrada del patgeno en el hospedador Colonizacin y crecimiento 918 Virulencia 918 FACTORES DE VIRULENCIA Y TOXINAS 922 Factores de virulencia 922 Las exotoxinas 922 Las enterotoxinas 926 Las endotoxinas 928 FACTORES DEL HOSPEDADOR EN LA INFECCiN 929 915

Anticuerpos 953 Produccin de anticuerpos Complemento, anticuerpos, del patgeno 959

Captulo 30

La inmunidad en la defensa delhospedador y en la enfermedad 964

INMUNIDAD Y DEFENSA DEL HOSPEDADOR 965 30.1 30.2 30.3 11 30.4 30.5 30.6 11I 30.7 30.8 Inmunidad Inmunidad Inmunidad innata 966 y clulas T 966 y anticuerpos 968 969 adaptativa adaptativa

28.6 28.7 28.8

I 111

INMUNIDAD Y PREVENCiN DE LAS ENFERMEDADES INFECCIOSAS Inmunidad Inmunidad natural 969 artificial e inmunizacin de inmunizacin

Nuevas estrategias

970 973

.
IV 28.13 28.14

28.9 28.10 28.11 28.12

ENFERMEDADES DE LA RESPUESTA INMUNITARIA 974 Alergia, hipersensibilidad yautoinmunidad 976 Superantgenos 979 Informacin adicional La promesa de nuevas vacunas

974

Factores de riesgo de infeccin en el hospedador 929 Resistencia innata a la infeccin Informacin Los probiticos adicional 912

Captulo 31
931 31.1 31.2

Inmunologa

molecular
983

982

RECEPTORES

E INMUNIDAD

Inmunidad innata y reconocimiento de estructuras 983 Inmunidad adaptativa y la superfamilia de las inmunoglobulinas 986 EL COMPLEJO PRINCIPAL DE HISTOCOMPATIBILlDAD 987 Estructura de las protenas MHC 988 Polimorfismos MHC y unin del antgeno ANTICUERPOS 990 990 989

..

INMUNOLOGA
11 31.3 31.4
936

Captulo 29 Principios esenciales de inmunologa 935

I GENERALIDADES DE INMUNOLOGiA 29.1 29.2 29.3 29.4 Clulas y rganos del sistema inmunitario 936 Respuesta inmunitaria innata 939 Inflamacin, fiebre, y choque sptico 943 Respuesta inmunitaria adaptativa 944

11I 31.5 31.6 IV 31.7 V

Protenas anticuerpo y unin al antgeno Genes de anticuerpos y diversidad 991 RECEPTORES DE CLULAS T 993 genes,

11 I ANTiGENOS y PRESENTACiN DE ANTiGENOS 946 29.5 29.6 Inmungenos Presentacin y antgenos de antgenos 946 a los linfocitos

Receptores de clulas T: protenas, y diversidad 993

SEALES MOLECULARES EN LA INMUNIDAD 994 Seleccin donal y tolerancia 995 Activacin de clulas T y B 997 Citocinas y quimiocinas 999 Informacin adicional Receptores ToIIde Drosophila: una respuesta antigua a la infeccin 984

948

11I 29.7 29.8

LlNFOCITOS T 951 Clulas T citotxicas y clulas asesinas naturales 951 Clulas T cooperadoras: respuesta inmunitaria activavin de la 952

31.8 31.9 31.10

XXXII Contenido

DIAGNSTICOY SEGUIMIENTO DE LAS ENFERMEDADES INFECCIOSAS

Captulo 32 Microbiologa e inmunologa diagnsticas 1003
DEPENDIENTES

ENFERMEDADES MICROBIANAS Captulo 34 Enfermedades microbianas

transmitidas de persona a persona 1075
TRANSMISiN DE ENFERMEDADES POR EL AIRE 1076
34.1 34.2 34.3 34.4 34.5 34.6 34.7 34.7 34.8 11

MTODOS DIAGNSTICOS DEL CULTIVO 1004

32.1 32.2 32.3 32.4

Aislamiento de patgenos de muestras clnicas 1004 Mtodos de identificacin dependientes de cultivo 1010 Pruebas de sensibilidad a agentes antimicrobianos 1013 Seguridad en el laboratorio de microbiologa 1016 INMUNOLOGfA y MTODOS DE DIAGNSTICO CLlNICO 1018 Inmunoensayos para las enfermedades infecciosas 1018 Anticuerpos policlonales y monoclonales 1020 Reacciones antgeno-anticuerpo in vitro: serologa 1021 Aglutinacin 1024 Anticuerpos fluorescentes 1025 Ensayo de inmunoadsorbente unido a enzima y radioinmunoensayo 1028 Procedimientos de inmunoblot 1033
MTODOS DIAGNSTICOS EN ACIDOS NUCLEICOS Sondas de cidos nucleicos BASADOS 1035 y PCR 1035

Patgenos transmitidos por el aire 1076 Enfermedades estreptoccicas 1077 Corynebacterium y difteria 1080 Bordetella y tosferina 1082 Mycobacterium. Tuberculosis y enfermedad de Hansen 1083 Neisseria meningitidis, meningitis y meningococemia 1086 Virus e infecciones respiratorias Resfriados 1090 Gripe 1091

11

1087

32.5 32.6 32.7

32.8 32.9 32.10 32.11 11I 32.12

TRANSMISiN DE ENFEMEDADES POR CONTACTO DIRECTO 1094 Staphylococcus 1094 Helicobacter pylori y lceras gstricas Virus de la hepatitis 1097 ENFERMEDADES DE TRANSMISiN SEXUAL 1100 Gonorrea y sfilis 1101 Chlamydia, herpes, tricomoniasis y virus del papiloma humano 1103 Sndrome de la inmunodeficiencia adquirida: SIDA y VIH 1106 1096

34.10 34.11 34.12 11I

34.13 34.14 34.15

Captulo
I 33.1 33.2 33.3 33.4 33.5 11 33.6 33.7 11I 33.8 33.9 33.10 33.11 33.12

33

Epidemiologa

1041
1042

PRINCIPIOS DE EPIDEMIOLOGiA

Captulo 35

La ciencia de la epidemiologa 1042 Vocabulario de la epidemiologa 1043 Reservorios de enfermedades y epidemias Transmisin de las enfermedades infecciosas 1048 La comunidad de hospedadores 1050 EPIDEMIAS ACTUALES 1052

Enfermedades transmitidas por vectores y por microorganismos del suelo 1117

POR

1045
35.1 35.2 11 35.3 35.4 35.5 35.6 35.7 11I 35.8 35.9

ENFERMEDADES TRANSMITIDAS ANIMALES 1118 Rabia 1118 por Hantavirus 1120

Sndromes

La pandemia de SIDA 1052 Infecciones hospitalarias 1054 EPIDEMIOLOGiA y SALUD PBLICA Medidas de salud pblica para el control de enfermedades 1055 Consideraciones sobre la salud global 1059 Enfermedades infecciosas emergentes y reemergentes 1061 Guerra biolgica y armas biolgicas 1067 Carbunco como arma biolgica 1070 Informacin adicional SARS como modelo de xito epidemiolgico 1068 1055

ENFERMEDADES TRANSMITIDAS POR ARTRPODOS 1122 Enfermedades producidas por rickettsias Enfermedad de Lyme 1126 Malaria 1129 Virus del Nilo occidental 1132 Peste 1134 1122

ENFERMEDADES TRANSMITIDAS A PARTIR DEL SUELO 1136 Enfermedades fngicas Ttanos 1139 1136

Informacin adicional Patgenos especiales y fiebres hemorrgicas vricas 1122

Contenido

XXXIII

Captulo 36 Tratamiento de aguas residuales, potabilizacin de aguas y enfermedades microbianas transmitidas por el agua 1142 .
I MICROBIOLOGIA DE LAS AGUAS RESIDUALES y POTABILlZACIN DEL AGUA 1143

37.2 37.3 11 37.4 37.5 37.6 11I 37.7 37.8 37.9 37.10 37.11

Conservacin de los alimentos Alimentos fermentados 1166

1163

DETECCiN DE MICROORGANISMOS E INTOXICACiN ALlMENTARIA 1168 Enfermedades transmitidas por los alimentos y deteccin de microorganismos 1168 Intoxicacin alimentaria por estafilococos 1170 Intoxicacin alimenticia por clostridios 1173 1171 INFECCIONES ALlMENTARIAS Salmonelosis 1173

36.1 36.2 36.3 11 36.4 36.5 36.6 36.7 36.8

Salud pblica y calidad del agua 1143 Tratamiento de aguas residuales y contaminadas 1145 Potabilizacin de agua para consumo humano 1149 ENFERMEDADES MICROBIANAS TRANSMITIDAS POR EL AGUA 1151 Fuentes de infeccin por el agua Clera 1152 1151

Giardiasis y criptosporidiosis 1154 Legionelosis (enfermedad de los legionarios) 1156 Fiebres tifoideas y otras enfermedades transmitidas por el agua 1157

Cepas patgenas de Escherichia coli 1175 Campylobacter 1177 Listeriosis 1178 Otras enfermedades infecciosas transmitidas por alimentos 1179 Informacin adicional Espinacas y Escherichia coli 0157:H7 1176

Apndice 1 Clculos de energa en bioenergtica microbiana 1183 Apndice 2 Manual de Bergey de bacteriologa sistemtica, segunda edicin 1189 Glosario 1197 1217

Captulo 37 Conservacin de los alimentos y enfermedades infecciosas transmitidas por los alimentos 1161
CONSERVACiN DE LOS ALIMENTOS Y CRECIMIENTO MICROBIANO 1162 37.1 Crecimiento microbiano y alteraciones de los alimentos 1162

Crditos de las fotografas ndice analtico 1219