LAPORAN PRAKTIKUM KIMIA FISIKA II

GAYA ANTAR MOLEKUL PADA ASAM KARBOKSILAT

Disusun oleh: Nama : Vina Anggraini NIM : 10/297482/PA/13001 Jurusan/Fakultas : Kimia/MIPA Hari/Tanggal : Kamis, 31 Mei 2012

LABORATORIUM AUSTRIAN-INDONESIAN CENTRE OFCOMPUTATIONAL SCIENCE JURUSAN KIMIA FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM UNIVERSITAS GADJAH MADA YOGYAKARTA 2012

GAYA ANTAR MOLEKUL PADA ASAM KARBOKSILAT

I. TUJUAN Memahami terjadinya ikatan antar molekul dalam dimer asam karboksilat yang berbentuk ikatan hidrogen. II. DASAR TEORI Jenis interaksi yang sangat kuat terjadi antara molekul yang mengandung atom hidrogen yang terikat pada nitrogen, oksigen atau fluor. Masing-masing dari unsur terakhir ini adalah elektronegatif dan mempunyai elektron valensi menyendiri. Dalam keadaan cair, molekul tersebut memiliki tarikan yang kuat satu terhadap yang lain. Atom hidrogen yang parsial positif dari satu molekul ditarik oleh pasangan elektron menyendiri dari atom suatu molekul lain yang elektronegatif. Tarikan ini disebut ikatan hidrogen. Ikatan hidrogen adalah seperti perekat antara molekul. Senyawa yang berikatan hidrogen mempunyai titiik didih yang sangat tinggi dan cenderung dapat larut dalam air (Fessenden & Fessenden, 1986). Kimia komputasi adalah cabang ilmu kimia yang menggunakan hasil kimia teori yang diterjemahkan ke dalam program komputer untuk menghitung sifat-sifat molekul dan perubahannya. Kimia komputasi dapat pula melakukan simulasi terhadap sistem-sistem besar (atau banyak molekul protein gas, padatan, cairan, dan kristal cair) dan menerapkan program tersebut pada sistem kimia nyata. Contoh sifat-sifat yang dihitung antara lain struktur atom, energi dan selisih energi, muatan, momen dipole, kereaktifan, frekuensi getaran, dan besaran spektroskopi lainnya. Simulasi terhadap makromolekul (seperti protein dan asam nukleat) dan system besar bisa mencakup kajian konformasi molekul dan perubahannya (misalnya proses denaturasi protein), perubahan massa, serta peramalan sifat-sifat makroskopik (seperti kalor jenis) berdasarkan perilaku tingkat atom dan molekul. Istilah kimia komputasi sering digunakan juga sebagai ilmu komputer dan kimia (Prianto, 2007). Sifat-sifat molekul, seperti energi, struktur, momen dipol, keterpolaran, atau hyperpolarizability merupakan beberapa besaran yang dapat dihitung lewat perhitungan. Dalam komputasi molekul, terdapat beberapa teknik untuk menghitung sifat-sifat molekul, yaitu mekanika molekul, teori fungsi kerapatan atau teori struktur electron (Jensen, F, 1999). Terdapat banyak metode yang digunakan dalam kimia komputasi, diantara lainnya yaitu metode semi empiris dan metode mekanika kuantum. a. Metode Semiempiris Perhitungan semiempiris disusun dengan cara yang secara umum sama dengan perhitungan Hartree-Fock atau HF. Beberapa perhitungan, seperti integral elektron ganda diselesaikan dengan cara pendekatan atau sama sekali dihilangkan. Dalam rangka mengoreksi kesalahan perhitungan akibat penghilangan sebagian dari perhitungan HF, metoda ini diparameterisasi dengan cara fitting kurva untuk menghasilkan beberapa parameter atau angka agar dapat memberikan kesesuaian dengan data eksperimen. Sisi baik dari perhitungan semiempiris adalah mereka lebih cepat daripada perhitungan menggunakan metode ab-initio. Sisi buruk dari perhitungan semiempiris adalah hasilnya bergantung pada tersedianya parameter yang sesuai dengan molekul yang dianalisis. Jika molekul yang dikaji mirip dengan molekul yang ada dalam data bese yang digunakan dalam metode parameterisasi, hasilnya akan baik. Jika molekul yang dikaji berbeda secara

signifikan dengan molekul yang digunakan dalam metode parameterisasi, jawabannya mungkin akan sangat berbeda dengan data eksperimen. Perhitungan semiempiris telah sangat sukses dalam menjelaskan masalah di bidang kimia organik yang hanya mengandung beberapa unsur secara ekstensif dan molekul berukuran yang sedang. Namun demikian, metode semiempiris akan memberikan beberapa kesalahan, khususnya jika harus menjelaskan permasalahan pada kimia anorganik, terutama jika kita bekerja dengan melibatkan unsur-unsur transisi (Jensen, 1999). Perhitungan semiempiris telah sangat sukses dalam menjelaskan masalah di bidang kimia organik yang hanya mengandung beberapa unsur secara ekstensif dan molekul dengan ukuran yang sedang. Namun demikian, metoda semiempiris akan memberikan beberapa kesalahan, khususnya jika harus menjelaskan permasalahan pada kimia anorganik, terutama jika kita bekerja dengan melibatkan unsur-unsur transisi (Hansch, 1996). b. Metode Mekanika Kuantum Jika molekul sangat besar untuk dapat ditinjau dengan metode semiempiris, masih ada kemungkinan untuk memodelkan kelakuan mereka dengan mengabaikan mekanika kuantum secara penuh. Metode yang dikenaldengan mekanika molekular menyediakan pernyataan aljabar yang sederhana untuk energi total senyawa, tanpa harus menghitung fungsi gelombang atau kerapatan elektron total. Pernyataan energi mengandung persamaan klasik sederhana, seperti persamaan osilator harmonis untuk menggambarkan energy yang tercakup pada terjadinya uluran, bengkokan dan torsi ikatan, gaya antar molekul, seperti interaksi Van der Waals dan ikatan hidrogen. Semua tetapan dalam persamaan ini harus diperoleh dari data eksperimen atau perhitungan ab-initio. Dalam metode mekanika molekuler, data base senyawa yang digunakan dalam metode parameterisasi merupakan hal yang krusial berkaitan dengan kesuksesan perhitungan. Himpunan parameter dan fungsi matematika dinamakan medan gaya (Force-Field). Seperti halnya pada metode semiempiris yang diparameterisasi terhadap satu himpunan molekul organik, metade mekanika molekuler diparameterisasi terhadap golongan yang khas dari molekul seperti kelompok hidrokarbon, alkohol atau protein. Suatu medan gaya tertentu, misalnya protein, hanya akan berjalan dengan baik untuk mendeskripsikan kelompok senyawa protein, tetapi akan menghasilkan data yang jelek jika digunakan untuk menghitung golongan senyawa yang lain (Leach, 1996). Sisi positif dari mekanika molekular adalah dimungkinkannya melakukan modeling terhadap molekul yang besar seperti halnya protein dan segmen dari DNA, sehingga metode ini merupakan alat utama perhitungan bagi para biokimiawan. Sedangkan sisi buruk dari mekanika molekular adalah banyak sifat kimia yang tidak dapat didefinisikan dengan metode ini, seperti halnya keadaan eksitasi elektronik. Dalam upaya untuk bekerja dengan sistem yang besar dan kompleks, sering perangkat lunak mekanika molekular mempunyai kemampuandan kemudahan untuk menggunakan perangkat lunak grafik. Mekanika molecular terkadang digunakan karena kemudahannya dalam menggambarkan sistem(Leach, 1996). HyperChem ialah suatu program simulasi dan pemodelan molecular yang memungkinkan perhitungan kimiawi yang kompleks. Software ini dapat digunakan untuk menggambar struktur kimia, optimasi geometri dengan berbagai macam model, study

molecular dinamik dasar, study QSAR, dan lain-lain. HyperChem mengkombinasikan kemampuan optimasi untuk teknik mekanika kuantum dan mekanika molekuler dengan fasilitas manipulasi dan visualisasi struktur. Simulasi dinamika molekul dan pengaturan yang sesuai kehendak pengguna, dengan program HyperChem, kita dapat menentukan struktur stabil dengan cara yang mudah.Penentuan struktur yang stabil dari molekul merupakan langkah perhitungan yang paling umum terjadi pada pemodelan molekul. Energi relatif dari struktur teroptimasi yang berbeda akan menentukan kestabilan konformasi, keseimbangan isomerisasi, panas reaksi, produk reaksi, dan banyak aspek lain dari kimia (Shabrina, 2011). Ikatan hidrogen merupakan ikatan khusus dipol-dipol antara atom hidrogen dalam ikatan polar (seperti N-H, O-H, dan F-H) dengan atom elektronegatif. Atom-atom yang memiliki sifat elektronegatif yang kuat antaralain N, O, dan F. Energi ikatan pada ikatan hidrogen cukup kuat. Kekuatan ini dipengaruhi oleh interaksi coulomb antara pasangan elektron bebas pada atom elektronegatif dengan inti hidrogen. Dimer disusun oleh dua monomer yang identik dan terikat bersama. Hubungan antara dua monomer tersebut dapat melalui ikatan kovalen atau ikatan hydrogen ( Chang,2005). III. CARA KERJA Mula- mula Icon hyperchem dibuka, kemudian Icon default element diklik, digambar model atom asam asetat, setelah itu, diklik icon Build dan Add H & Model Build, lalu File disimpan dengan cara diklik icon File kemudian Save as. File disimpan sebagai dimer. Percobaan berikutnya, file dimer dibuka kembali, lalu salah satu molekul di blok kemudian molekul tersebut dipindahkan atau diputar sedemikian rupa menggunakan icon rotate in-plane atau translate sehingga jarak antar atom yang berbed a molekul 2 sesuai dengan letak dimer yang diinginkan, lalu dipilih icon Setup, selanjutnya Semi Empirical ,lalu dipilih point AM1. Diklik icon Options, pada pilihan Spin Pairing dipilih UHF, convergence limit diganti pada 0.1, OK, lalu dipilih Compute dan di klik Geometry Optimization. Conv harus dipastikan YES, lalu energi yang ditampilkan dicatat sebagai energi kompleks. Kemudian, setup diklik lalu Recompute H Bondsuntuk menampilkan ikatan hydrogen, kemudian setelah selesai file disimpan dengan nama dimer 1a. Selanjutnya salah satu molekul dihapus, lalu di klik icon Compute pilih Single Point. Energi yang ditampilkan sebagai energi asam asetat I. File asam asetat yang kedua dibuka kembali, salah satu molekul lagi dihapus, lalu dipilih icon compute pilih Single Point. Energi yang ditampilkan dicatat sebagai energi asam asetat II. Dengan langkah yang sama dilakukan untuk perhitungan MM+. Untuk mengubah perhitungan MM+, di klik icon Setup kemudian Molecular Mechanics, setelah itu pilih MM+.

IV. HASIL DAN PEMBAHASAN A. Hasil Percobaan Metode Semi Empiris AM1

dimer I II III

E kompleks -1551.1224 -1547.6384 -1549.4219

E kar 1 -772.30891 -772.404806 -772.360678

E kar 2 -772.282858 -772.376122 -772.347861

E dimer -6.53063 -2.85747 -4.71336

Metode Mekanika Molekul MM+ dimer I II III E kompleks -15.344734 -12.104806 -13.200083 E kar 1 -6.003512 -6.017137 -6.008077 E kar 2 -5.994873 -6.018328 -6.016398 E dimer -3.34635 -0.06934 -1.17561

B. Pembahasan Pada percobaaan ini akan membahas gaya antar molekul pada dimer asam karboksilat dengan tujuan untuk memahami terjadinya ikatan antar molekul dalam dimer asam karboksilat yang membentuk ikatan hidrogen. Untuk mengetahui adanya ikatan antar molekul berupa ikatan hidrogen pada dimer asam karboksilat dilakukan dengan perhitungan energi ikatan atau energi interaksi antar molekul asam karboksilat tersebut. Perhitungan energi ikatan atau energi interaksi pada percobaan ini dilakukan dengan dua metode yakni metode Semiempiris dan metode Mekanika Molekular. Metode semi empiris dengan menggunakan AM1 sedangkan metode mekanika molekular menggunakan MM+. Kedua metode ini digunakan karena memiliki perbedaan. Dimana metode semi empiris dengan AM1 lebih spesifik dibandingkan MM+, hal ini karena pada AM1 yang dihitung adalah masing- masing energi, seperti ditunjukkan adanya energienergi yang lain seperti binding energy, heat of, electronic, dan nuclear energy, serta tentu saja total energi dari semua energi yang disajikan tersebut sedangkan pada MM+ yang dihitung adalah total energinya saja. Dalam percobaan ini jarak antar atom H pada dimer satu dengan atom O pada dimer 2 dibuat 2. Pada pengaturan option total charge dibuat 0 karena semua elektron dibuat untuk berpasangan, sedangkan pada spin pairing diisi UHF, option ini digunakan untuk melihat interaksi antar muka atau interaksi dianggap belum terjadi sehingga masih ada spin yang tidak berpasangan. Fungsi gelombang UHF ini lebih fleksibel daripada fungsi RHF sehingga dapat menghasilkan penyelesaian yang mendekati eksak dan menghasilkan energi terhitung yang lebih rendah. Dari tiga bentuk konformasi dimer senyawa asam karboksilat, dimer yang pertama adalah bentuk seperti gambar di bawah ini :

Dimer pada gambar di atas memiliki ikatan antar molekul pada atom H pada gugus hidroksi pada salah satu senyawa asam karboksilat dengan atom O pada gugus karbonil dari senyawa asam karboksilat yang lainnya. Bentuk dimer yang kedua yaitu seperti gambar di bawah ini :

Dimer kedua asam karboksilat pada gambar di atas memiliki ikatan antar molekul pada atom H pada gugus hidroksi pada salah satu senyawa asam karboksilat dengan atom O yang juga terletak pada gugus hidroksi dari senyawa asam karboksilat yang lainnya. Bentuk dimer yang ketiga yaitu seperti pada gambar di bawah ini :

Pada bentuk dimer di atas, ikatan antar molekul yang terbentuk ada dua macam yaitu ikatan yang terjadi antara atom H pada gugus hidroksi pada salah satu senyawa asam karboksilat dengan atom O pada gugus karbonil pada senyawa asam karboksilat lainnya dan ikatan antara atom H pada gugus hidroksi pada salah satu senyawa asam karboksilat dengan atom O yang terletak pada gugus hidroksi juga pada senyawa asam karboksilat lainnya. Dari ketiga bentuk dimer asam karboksilat di atas, bentuk dimer pertamalah yang memiliki energi kompleks teroptimasi yang bernilai paling kecil atau paling negatif baik apabila dihitung dengan menggunakan metode semiempiris AM1 maupun dengan metode mekanika molekul MM+. Hal ini menandakan bahwa bentuk dimer dari senyawa asam karboksilat yang pertama merupakan bentuk dimer yang paling stabil diantara ketiga bentuk dimer di atas, yakni bentuk dimer dengan ikatan antar molekul asam karboksilat pada atom H pada gugus hidroksil dengan atom O pada gugus karbonil dalam senyawa asam karboksilat satu dengan yang lainnya. Semakin kecil atau semakin negatif energi ikatan (binding energy) antar molekulnya maka akan semakin kuat ikatan yang terbentuk sehingga senyawa asam karboksilat dimer yang terbentuk akan semakin stabil.

Dari ketiga konformasi dimer asam karboksilat di atas dapat ditentukan juga kemungkinan terbentuknya ikatan antar molekul yaitu ikatan hidrogen antara dua molekul asam karboksilat. Kemungkinan terbentuknya ikatan hidrogen bergantung pada konformasi senyawa dimer asam karboksilat. Dari ketiga bentuk dimer asam karboksilat di atas, yang membentuk ikatan hidrogen yaitu hanya dimer pertama. Hal ini disebabkan karena bentuk dimer pertama tersebut memiliki energi ikatan yang paling negatif sehingga memiliki bentuk dimer yang paling stabil. Semakin negatif nilai dari energi ikatan pada dimer asam karboksilat, maka ikatan antar molekul yaitu ikatan hidrogennya akan semakin kuat. Hal tersebut juga dibuktikan dengan jarak antara atom H dengan atom O yang saling berikatan yang tidak terlalu jauh walaupun telah dioptimasi strukturnya. Jika jarak antara atom H dari gugus hidroksi dari monomer yang satu dengan atom O karbonil dari monomer yang lainnya mempunyai jarak yang cukup jauh, maka ikatan hidrogen menjadi lemah atau tidak terbentuk sama sekali. Hal ini yang menyebabkan tidak terjadinya atau lemahnya ikatan hidrogen pada dimer bentuk kedua dan ketiga. Pada perhitungan bentuk dimer, digunakan geometry optimization sedangkan pada bentuk monomernya digunakan single point. Hal ini karena pada geometry optimization yang dihitung adalah energi antar molekul yang sebenarnya sedangkan pada single point energi yang dihitung adalah energi dari molekul yang dibuat atau di input ke dalam program. Dari hasil percobaan yang telah dilakukan diperoleh hasil bahwa besarnya energi monomer asam karboksilat antara monomer 1 dengan monomer 2 (E kar1) dan (E kar2) hampir sama. Hal ini karena memang kedua molekul asam karboksilat ini pada dasarnya sama, hanya sedikit berbeda pada kondisi lingkungannya. Dalam penghitungan energi kompleks teroptimasi pada masing-masing dimer dengan menggunakan metode semiempiris AM1 dengan metode mekanika molekulqr MM+ memiliki nilai yang sangat berbeda jauh sekali. Nilai energi kompleks teroptimasi apabila dihitung dengan AM1 akan jauh lebih besar dibandingkan dengan perhitungan dengan MM+. Namun apabila dihitung besar selisih energi dimernya (E dimer) akan diperoleh nilai yang hampir sama pada tiap-tiap dimernya pada kedua metode perhitungan yang dipakai. Hal ini disebabkan karena perhitungan E dimer menggunakan prinsip supermolekul yaitu dihitung dari selisih energi antara energi kompleks dengan jumlah dari energi masing-masing monomer. Tetapi dalam percobaan ini, nilai E dimer tidak nyaris sama antara dimer satu dengan yang lainnya dengan kedua metode tersebut. Ketidaksesuaian hasil percobaan dengan teori mungkin disebabkan karena penggambaran dimer yang kurang tepat, sehingga mempengaruhi perhitungan energi pada single point. V. KESIMPULAN Kestabilan ikatan hidrogen ini dipengaruhi oleh konformasi kompleks teroptimasi dari dimer ini yang akan mempengaruhi besar energi interaksinya. Semakin negatif besar energi interaksinya maka konformasi dimer akan semakin stabil sehingga jarak antar atom H dengan atom O tidak terlalu jauh yang akan menyebabkan semakin kuatnya ikatan hidrogen yang terbentuk pada dimer asam karboksilat tersebut. Ikatan antar molekul yang terjadi pada dimer asam karboksilat yaitu ikatan hidrogen dengan ikatan yang paling stabil yaitu pada dimer bentuk pertama.

VI. DAFTAR PUSTAKA Chang, Raymond, 2005, Kimia Dasar Konsep-Konsep Inti, Erlangga, Jakarta. Fessenden, R . J dan Fessenden, J. S , 1986. Kimia Organik. Edisi Ketiga. Jilid 2. Erlangga. Hansch C., Hoeckman D., Gao H., 1996, Comparative QSAR : Toward A Deeper Understanding of Chemicobiological Interaction, Chem. Rev., 96, 3, 1045. Jensen F., 1999, Introduction to Computational Chemistry, John Wiley and Sons , New York, USA. Leach A. R., 1996, Molecular Modeling: Principles and Applications, Longman, Singapore. Prianto, Bayu, 2007, Pemodelan Kimia Komputasi, Berita Dirgantara, Vol.8, Halaman 1-2. Shabrina, 2011, Optimasi Struktur Molekul [HyperChem], http://shabrinachemist.blogspot.com/2011/12/optimasi-struktur-molekul.html (diakses pada tanggal 2 Juni 2012 pada pukul 21.58 WIB) VII. LAMPIRAN A. Metode Semiempiris AM1 Dimer 1

Dimer 2

Dimer 3

C. Metode Mekanika Molekular MM+ Dimer 1

Dimer 2

Dimer 3