NOES BSICAS DE SISTEMTICA FILOGENTICA

Snia Godoy Bueno Carvalho Lopes Fanly Fungyi Chow Ho

4.1 Introduo 4.2 Escolas de classificao baseadas em princpios evolutivos 4.3 O mtodo filogentico Interpretando uma rvore filogentica 4.4 Tipos de dados utilizados em inferncia filogentica 4.5 Utilizao da metodologia e principais limitaes

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TPICO

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4.1 Introduo
Como estudamos nos tpicos anteriores, todos os organismos vivos e fsseis descendem de um nico ancestral comum. Todos evoluram atravs de um processo de descendncia com modificao, dando origem s milhares de formas hoje existentes. No Tpico 1 foi apresentado como a humanidade historicamente tentou organizar e classificar esta incrvel diversidade de animais, plantas, fungos e micro-organismos. Neste tpico, discutiremos como se deu o desenvolvimento das tcnicas modernas de reconstruo filogentica, sua utilizao para classificao e quais os principais fundamentos tericos e metodolgicos para sua prtica.

Objetivos
Espera-se que o aluno compreenda:

o que sistemtica filogentica: origens, principais metodologias e fundamentos

tericos, usos e limitaes deste paradigma.

4.2 Escolas de classificao baseadas em princpios evolutivos

H duas escolas principais que se pautam no princpio evolutivo central de descendncia com modificao: a evolutiva e a filogentica ou cladstica. Ambas partem de um aspecto simples, porm fundamental: organismos com relao de parentesco prxima so mais semelhantes que organismos com relao de parentesco relativamente mais distante. Isto porque parentes prximos tendem a herdar caractersticas que estavam presentes em um ancestral em comum. fcil notar como irmos parecem mais entre si do que quando comparados com outros parentes mais distantes ou outras pessoas. Essas escolas divergem, no entanto, no modo como interpretam as relaes de parentesco. Na escola evolutiva, foi partindo desta simples observao que foram desenvolvidas classificaes buscando simplesmente agrupar organismos semelhantes que reflitam o maior ou menor grau de parentesco. Para tal, os pesquisadores procuraram observar caracteres que pudessem de alguma forma auxiliar na identificao dos seres mais aparentados, observando peculiaridades ou traos discretos nos organismos como, por exemplo, estruturas,

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morfologia, citologia, embriologia, etc. importante notar dois aspectos principais neste tipo de escola de classificao evolutiva. O primeiro que as decises sobre quais caracteres so importantes ou no feita sem nenhum mtodo objetivo e replicvel (aspecto este fundamental em qualquer disciplina cientfica), e o segundo que ela no permite a utilizao de muitos caracteres simultaneamente. O fato da escolha da importncia dos caracteres ser relativamente arbitrria, dependendo do pesquisador ou dela ser mais evidente e fcil de analisar, tornou-se subsequentemente uma questo central na biologia, pois eles no necessariamente poderiam refletir as proximidades de parentesco. Todos os caracteres tm a mesma importncia? Se no, quais caracteres devem ser utilizados em sistemas de classificao? Estas questes s comearam a ser resolvidas com o desenvolvimento, do conceito de homologia. O curador do Museu de Histria Natural de Londres, Richard Owen, foi um dos grandes responsveis pelo desenvolvimento desse conceito. Ele argumentava que existiam tantas semelhanas entre os membros anteriores de diferentes animais vertebrados como a nadadeira de uma foca e a mo de um ser humano, que as estruturas deveriam ser derivadas de uma nica estrutura presente no ancestral comum de todos aqueles animais. Este conceito entrelaa de maneira elegante e definitiva as observaes provenientes da anatomia comparada com o pensamento evolutivo que comeava a se desenvolver ao final do sculo 19. Este grande desenvolvimento intelectual resolve a primeira das questes: quais caracteres devem ser utilizados ao fazer reconstrues evolutivas? Os caracteres homlogos, por refletirem ancestralidade comum e, portanto, herdabilidade de caracteres, so os melhores candidatos para a reconstruo evolutiva. No entanto, ainda resta um problema de ordem prtica. Como determinar quais caracteres so homlogos? Que mtodo deve ser utilizado para que possamos, de maneira objetiva e replicvel, diferenciar os caracteres homlogos? Por muito tempo, no existiam mtodos analticos para determinar a validade dos caracteres homlogos e eram consideradas racionalizaes discursivas, ou seja, autoridades no assunto estudavam os diversos caracteres a fim de determinar a partir de sua opinio quais deveriam ser utilizados para reconstruo evolutiva e/ou classificao. No entanto, nas dcadas de 1950 e 1960, o entomlogo alemo Willi Hennig props uma teoria capaz de lidar com todos os caracteres gerados pelos morfologistas de uma vez s, e ainda determinar atravs de um meio analtico quais seriam homlogos. Sua abordagem, hoje conhecida como cladstica

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ou sistemtica filogentica, revolucionou o campo da sistemtica. Atualmente, a tcnica utilizada no somente para reconstrues histricas de parentesco entre os organismos, mas tambm como ferramenta preditiva em estudos epidemiolgicos (maiores detalhes sobre isso ser tratado ao final do tpico).
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Na sistemtica filogentica, entende-se que um carter, eventualmente, poder ser modificado na descendncia, passando a se apresentar com variaes, que sero subsequentemente, herdadas nas prximas geraes. Desta maneira, o carter est presente no ancestral exclusivo de todos os herdeiros, e tambm em todos os herdeiros, mas nestes com uma modificao ou variao. Essa nova variao ou novo estado do carter considerado uma condio derivada, ou seja, surgiu a partir da modificao no estado do carter previamente presente na linhagem ancestral. A condio derivada tem o potencial de servir como determinante para definir um novo grupo e chamada apomorfia (do grego ap = longe de; morph = forma) no paradigma moderno. Uma apomorfia pode ser exclusiva de apenas um grupo, sendo chamada nesse caso de autapomorfia (do grego autos = (eu) mesmo; morph = forma), ou compartilhada por dois ou mais grupos, chamada sinapomorfia (do grego snapsis = ao de juntar; morph = forma). H, no entanto, casos em que o carter herdado sem modificao, falando-se em estado plesiomrfico (do grego plesios = vizinho, significando prximo; morph = forma) e no serve para definir um novo grupo. Quando esse estado plesiomrfico compartilhado por mais de um agrupamento chamado simplesiomrfico. As analogias, ou seja, caracteres semelhantes que surgem em linhagens no aparentadas, devem ser discriminadas nas anlises filogenticas, pois elas podem gerar interpretaes errneas sobre relaes de parentesco entre grupos de organismos. Esses caracteres anlogos devem ser identificados para evitar que equivocadamente sejam usados para unir grupos no relacionados. Caracteres anlogos so interpretados na filogentica como um tipo de homoplasia (do grego homs = semelhante, igual; plsis = ao de modelar, dar feio): semelhana estrutural decorrente de paralelismo ou convergncia evolutiva, e no de ancestralidade comum.

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Outro tipo de homoplasia que deve ser identificado nas anlises filogenticas a perda, condio bastante comum na evoluo.Vrios caracteres so perdidos na evoluo e precisamos saber se a ausncia de um carter na linhagem em estudo se deve a uma perda evolutiva (ou seja, o carter estava presente no ancestral e foi perdido) ou se realmente aquele carter nunca esteve presente na linhagem ancestral. A diferenciao de todos esses tipos de condies feita na sistemtica filogentica com base em uma metodologia prpria.

4.3 O mtodo filogentico

Na sistemtica filogentica, os caracteres de interesse so os apomrficos: derivados de um estado ancestral. A questo restante, no entanto, como diagnosticar quais caracteres so apomrficos. importante que exista um mtodo objetivo e replicvel para a determinao destes caracteres, pois estas so necessidades em estudos cientficos. A abordagem de Willi Hennig se diferenciava de outras contemporneas, pois buscava realizar a inferncia histrica de maneira puramente lgica e cientfica. As principais linhas-guia de seu mtodo so: 1. As relaes entre espcies so estritamente genealgicas, ou seja, verticais; 2. As apomorfias so o nico tipo de evidncia que identifica; ancestralidade em comum e so elas que definem novos agrupamentos; 3. A mxima conformidade com a evidncia deve ser determinada utilizando-se o princpio auxiliar da parcimnia. Dentre os trs princpios gerais, apenas os dois primeiros so baseados no conhecimento biolgico. O terceiro princpio evocado da disciplina da filosofia lgica para ajudar a resolver questes em que a evidncia em mos aponta vrias possibilidades de resposta. O princpio da parcimnia, tambm conhecido como a navalha de Occam, enunciado da seguinte maneira: Se em tudo o mais forem idnticas as explicaes, a mais simples a melhor. Em termos filogenticos, a explicao mais simples de relao filogentica entre os organismos aquela que assume o menor nmero de passos evolutivos, ou seja, o menor nmero de mudanas de estado dos caracteres. Desta maneira, os cientistas se

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utilizam de mtodos especiais para calcular qual rvore possui o menor nmero de passos. Estes mtodos so em geral executados por programas de computador, mas em alguns casos, pode-se executar at mesmo de maneira manual.
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Interpretando uma rvore filogentica

As rvores filogenticas so representadas seguindo-se uma srie de convenes. Observe na Figura 4.1 uma rvore generalizada. Os terminais (A, B, C, D) representam as entidades de estudo. A entidade de estudo pode ser um indivduo, populaes ou at mesmo espcies inteiras em um nico terminal. As linhas que saem dos terminais representam os ramos. Os ramos podem conectar um terminal outro por um n (como D a Figura 4.1: Representao de uma rvore filogentica do C pelo n x), ou um n outro mais abaixo (como x tipo cladograma, com as convenes indicadas / Fonte: Cepa a y para os terminais B, C e D). Os ns representam ancestrais hipotticos. No exemplo, o n x representa o ancestral hipottico de C e D. O n y representa o ancestral hipottico da linhagem representada por C + D e da linhagem representada por B. muito importante frisar que os ns so sempre hipotticos, e no representam fsseis. Um fssil, quando encontrado, um elemento conhecido na anlise. Ser representado por um terminal na conveno de estudos filogenticos (note que C possui uma adaga, representando que um indivduo ou linhagem fssil). O ltimo n (z) designa a insero da raiz, que uma representao hipottica da mais antiga linhagem do grupo. O termo tcnico utilizado para denominar todo tipo de rvore filogentica dendrograma. Um elemento, nem sempre representado, porm sempre implcito, a direo do tempo. Em todo tipo de representao em forma de rvore filogentica, a ordem de ramificao representa o momento de isolamento das linhagens, umas em relao s outras.

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Na raiz est representado o evento evolutivo mais antigo, e os terminais representam eventos recentes. Em dendogramas do tipo cladograma, os comprimentos relativos dos ramos no representam unidades de tempo (veja as representaes A, B e C na Figura 4.2).

Figura 4.2: Representaes de cladogramas

As representaes A, B e C nos dizem a mesma coisa em questo de relao entre os terminais. No caso da representao B, no entanto, os ramos esto mais quadrados (uma modificao puramente esttica do que est em A), e na C, a nica diferena que os ramos foram alongados para alinhar os terminais no topo (novamente, uma modificao esttica de A e B), o que pode ser feito j que os comprimentos relativos no possuem significado temporal. Analise agora outro tipo de representao:

Figura 4.3: Representao de um filograma

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Na representao acima, h uma escala de tempo indicada por um pequeno trao ao lado da imagem. No caso, o comprimento do trao equivale a 0,2 milho de anos. Sendo assim, cada ramo tem um comprimento diferente, pois leva em considerao o tempo, ou seja, cada ramo representa a quantidade de modificao evolutiva que ocorreu desde que as linhagens se separaram no n. Este tipo de rvore filogentica conhecido como filograma. Outra maneira de reconhecer este tipo de rvore que, em geral, diferentes ramos tm diferentes tamanhos, enquanto o cladograma sempre mais simtrico. Todas as rvores filogenticas podem ser de dois tipos: enraizadas ou no-enraizadas. As mostradas anteriormente so todas enraizadas, pois possuem uma raiz, uma origem. rvores no enraizadas so muito comuns em anlises baseadas somente em dados moleculares, mas so usadas em outros casos tambm.Veja um exemplo desse tipo de rvore e note que nela no h uma raz: todos os ramos partem de um ponto central.

Figura 4.4: Exemplo de rvore no enraizada

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Na construo de rvores enraizadas, deve-se definir o posicionamento da raiz com base na determinao de pelo menos um grupo externo, ou seja, de pelo menos uma linhagem que no faa parte das linhagens de interesse, chamadas grupos internos. A escolha do grupo externo no simples. Em geral um grupo aparentado dos grupos internos de interesse, mas que surgiu antes na histria evolutiva. Assim, conseguimos definir homologias e comparar os estados de cada carter para definir as apomorfias.
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As apomorfias, principalmente em estudos morfolgicos, podem estar indicadas em uma rvore. Veja no exemplo abaixo que o grupo C+D unificado pela apomorfia 1, o grupo B+C+D unificado pela apomorfia 2 e assim por diante.

Figura 4.5: Cladograma com as apomorfias indicadas

Os grupos unificados por apomorfias so denominados monofilticos (do grego monos = nico; filtico = refere-se linhagem), pois contm em uma nica linhagem um ancestral e inclui todos os seus descendentes. Desta maneira, C+D compem um grupo monofiltico definido pela apomorfia 1. Do mesmo modo, B + o ramos que inclui (C+D) monofiltico, definindo pela apomorfia 2. No entanto, agrupamentos que excluem uma das linhagens descendentes, so chamados parafilticos (do grego para = ao lado de; filtico = refere-se linhagem). Por exemplo, se considerarmos apenas as linhagens B+C, elas so parafilticas, pois exclumos a linhagem D. Se o grupo excluir mais

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de uma das linhagens descendentes, como por exemplo, o grupamento A+C exclui tanto B quanto D, denominado polifiltico (do grego pols = muito; filtico = refere-se linhagem). No paradigma estabelecido por Willi Hennig, somente os grupos monofilticos devem ser considerados naturais. Grupos que compartilham o mesmo n exclusivo so chamados grupos-irmos. Assim, C e D so grupos irmos, pois compartilham exclusivamente um n. Por sua vez, B grupo irmo do conjunto formado pelos grupos (B+C), pois tambm compartilham um n exclusivo.
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4.4 Tipos de dados utilizados em inferncia filogentica

Tradicionalmente, dados provenientes de estudos morfolgicos e anatmicos so utilizados para a reconstruo filogentica. Tipicamente, cientistas observam uma grande quantidade de espcimes representando diferentes linhagens (linhagens podem ser espcies ou populaes). Em cada espcime, so observados vrios caracteres morfolgicos e anatmicos, e estes so registrados em uma grande tabela chamada matriz de caracteres. A matriz de caracteres ento analisada de modo a tentar definir os estados derivados de cada carter (apomorfias) e transpor isso com parcimnia para um cladograma. Esta anlise feita por um algoritmo que tenta reconciliar as mudanas de estado observadas na matriz com uma rvore filogentica que explique tais mudanas da maneira mais simples possvel.
Um algoritmo uma srie de instrues dada um computador ou a um ser humano de maneira que permita resolver problemas de um certo tipo. Pode-se fazer uma analogia com uma receita de bolo: o problema fazer o bolo, o meio de resolv-lo seguindo a receita. Algoritmos so, ento, protocolos seguidos passo-a-passo, em geral por um computador, para completar o problema em questo, no caso, encontrar a rvore filogentica mais simples.

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Atualmente, os cientistas analisam tambm caracteres moleculares, ou seja, sequncias de genes. Os dados moleculares possuem um poder comparativo muito abrangente, pois todos os organismos vivos compartilham da mesma organizao do material gentico. Neste caso, cada stio observado em uma dada sequncia considerado um carter. Sequncias genticas (nucleotdeos e aminocidos) de diferentes organismos devem primeiramente ser alinhadas utilizando programas (software) especficos. Aps o alinhamento, e tratando cada stio como um carter homlogo, utilizam-se algoritmos de reconstruo filogentica de maneira bastante semelhante aos utilizados em reconstrues filogenticas baseadas em dados morfolgicos. Com o advento de mtodos de sequenciamento cada vez mais baratos, hoje em dia existe enorme quantidade de organismos com seus genomas completamente sequenciados (Tabela 4.1). Os filogeneticistas atualmente conseguem alinhar genomas inteiros em busca de stios homlogos, em um novo tipo de estudo chamado filogenmico, ou seja, combinando tcnicas da filogentica com a rea da genmica. Estudos filogenmicos analisam milhes de stios, para centenas de espcies e levam meses para ser completados, mesmo utilizando os mais avanados computadores. Outro tipo muito comum de rvore filogentica que se desenvolve hoje em dia so as baseadas em evidncia total, ou seja, combinando dados moleculares e morfolgicos em uma mesma reconstruo. Este tipo de reconstruo o mais interessante do ponto de vista terico, no entanto, apresenta grande desafio computacional.
Grupo
Eucariontes Archaea Bacteria Total

Completos
37 119 1673 1829

Em andamento
1170 90 5140 6400

Tabela 4.1: Sntese dos projetos de sequenciamento de genoma, organizados por domnio da vida / Fonte: NCBI (Centro Nacional de Informao Tecnolgica, do ingls National Center for Biotechnology Information).

Reconstrues filogenticas em si representam um dos problemas mais difceis de serem resolvidos por computadores, pois o nmero de rvores possveis literalmente astronmico.Verifique na Tabela 4.2 como o nmero de rvores possveis aumenta rapidamente conforme aumenta o nmero de terminais. Para se ter uma idia comparativa destes nmeros, os astrnomos calculam que o nmero total de corpos estelares (planetas, estrelas e asterides) em todo o universo por

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volta 1024 objetos. Note na tabela que com cerca de 30 terminais j existe um nmero maior de rvores possveis. De maneira mais dramtica ainda, os astrnomos calculam que existem cerca de 1080 tomos em todo o Universo. Com somente 50 terminais j existem mais possibilidades de rvores enraizadas do que existem tomos no Universo. Hoje em dia, a maior parte das rvores construdas tem centenas de terminais, e, algumas, at mesmo milhares.
Terminais
3 4 5 6 7 8 9 10 15 20 30 50 80

rvores Possveis No-enraizadas

1 3 15 105 945 10.395 135.135 2.027.025 7,91x1012 2,22x1020 8,69x1036 2,84x1074 2,18x10137

Enraizadas
3 15 105 945 10.395 135.135 2.027.025 34.495.425 2,13x1014 8,20x1021 4,95x1038 2,75x1076 3,43x10139 tomos no Universo (1080) Corpos celestes no Universo (1024) Clulas no corpo humano (1011) Pessoas vivendo em Londres 1810 (106)

Tabela 4.2: Quadro comparativo entre a quantidade possvel de rvores diferentes (assumindo sempre rvores bifurcantes completamente resolvidas) ao aumentar o nmero de terminais. direita, alguns exemplos comparativos.

Os cientistas no esperam, no entanto, que os computadores construam cada uma das rvores possveis, para depois definir qual est correta. Na verdade, isso seria impossvel no mnimo, levaria uma eternidade mesmo com os mais avanados dos computadores. O que se tem feito para resolver esse problema aplicar mtodos computacionais especiais que exploram o espao virtual de possibilidades de maneira mais eficiente, de modo a se chegar a uma melhor soluo aproximada. Esses programas, portanto, ao invs de construir todas as rvores possveis para posteriormente decidir qual delas a melhor, procuram encontrar padres lgicos de maneira heurstica. na busca de desenvolver estas estratgias de explorao que se concentra a maior parte da pesquisa computacional no momento.

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Buscas heursticas baseiam-se em aprendizado para encontrar uma soluo. Elas se contrapem s buscas exaustivas, ou seja, que exploram todo o universo possvel para encontrar uma soluo. Um bom exemplo de busca heurstica o que chamamos de senso comum: ao se deparar com uma situao nova, tendemos a nos apoiar em experincias prvias para decidir qual a melhor reao. Como no temos como prever o futuro (o que seria equivalente uma busca exaustiva), tentamos imaginar que outras situaes semelhantes passamos para tomar uma deciso. Computadores utilizam uma estratgia semelhante ao procurar rvores filogenticas, quando se deparam com uma situao que s os levou a construir rvores menos parcimoniosas. Eles podem mudar de direo e explorar outra estratgia mais interessante.

4.5 Utilizao da metodologia e principais limitaes

Os mtodos desenvolvidos pela sistemtica filogentica so muito poderosos, e hoje so utilizados em diversas reas do conhecimento, tanto reas de cincia bsica como de cincia aplicada. As disciplinas da biologia molecular, gentica, evoluo, desenvolvimento, comportamento, epidemiologia, ecologia, biologia da conservao e cincias forense so todas conceitualmente unificadas pela aplicao da metodologia da sistemtica filogentica. Por exemplo, alguns cientistas utilizam mtodos baseados em sistemtica filogentica para entender melhor como a biodiversidade se desenvolve, aprimorando estimativas de nmeros de espcies em certas localidades e permitindo melhor conhecimento de causa ao criar legislao visando conservao de espcies. Outro uso muito comum na rea de epidemiologia, para criao de vacinas mais eficientes. Anualmente, a Organizao Mundial da Sade reformula a vacina contra a gripe, pois o vrus tem alta taxa de mutao. Para determinar quais linhagens devem ser utilizadas na fabricao de novas vacinas, so feitas anlises filogenticas que auxiliam no processo de determinao de quais linhagens so mais comuns no ano em particular e, portanto, devem ser mais representadas na mistura viral utilizada na vacina. Ainda assim a sistemtica filogentica possui algumas limitaes. Como j discutimos, a metodologia cladstica assume que a herana dos caracteres (e genes) ocorre de maneira vertical. Hoje em dia sabemos que isto no necessariamente verdade para uma srie de genes, especialmente em bactrias, que realizam muita transferncia lateral

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de genes. Eventos de hibridizao (como por exemplo, a endossimbiose que deu origens s mitocndrias) tambm no podem ser computados utilizando-se mtodos cladsticos. Estas limitaes tendem a ser incorporadas eventualmente, porm por enquanto, devem ser levadas em conta ao realizar estudos filogenticos.

Fechamento o assunto
A sistemtica filogentica uma disciplina que se desenvolveu da curiosidade humana e, com o tempo, se tornou uma metodologia unificadora em toda a biologia. Atualmente, alguns dos programas de computador mais potentes so desenvolvidos para resolver problemas filogenticos, e a metodologia j comea a ser usada em outras disciplinas. A interpretao de rvores filogenticas um conceito bsico para compreenso de teorias biolgicas contemporneas, assim como um entendimento qualitativo sobre os mtodos utilizados para a reconstruo histrica. Apesar dos grandes avanos, a sistemtica filogentica (assim como toda metodologia cientfica) possui limitaes, em especial em relao transferncia lateral de genes, e dever ser modificada nos prximos anos para incorporar novas descobertas biolgicas. A sntese evolutiva moderna, que divide a vida em trs grandes domnios, no seria possvel sem o desenvolvimento da sistemtica filogentica em conjunto com a biologia molecular.

Referncias Bibliogrficas
Felsenstein, J. (2003) Inferring phylogenies. Graur, D. and Li W. H. (2000) Fundamentals of Molecular Evolution. Hall, B. (2007) Phylogenetic trees made easy: a how-to manual. Hennig, W, Dwight-Davis D, Zangerl R. (1999) Phylogenetic systematics. Wiley, E. O., Lieberman B. S. (2011) Phylogenetics: Theory and Practice of phylogenetic systematics.

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