1. Catabolite Repression. E. coli cells are growing in a medium containing lactose but no glucose.

Indicate whether each of the following changes or conditions would increase, decrease, or not change the expression of the lac operon. It may be helpful to draw a model depicting what is happening in each situation. (a) Addition of a high concentration of glucose (b) A mutation that prevents dissociation of the Lac repressor from the operator (c) A mutation that completely inactivates _-galactosidase (d) A mutation that completely inactivates galactoside permease (e) A mutation that prevents binding of CRP to its binding site near the lac promoter 2. You want to amplify the DNA between the two stretches of sequence shown in Figure below. Of the listed primers choose the pair that will allow you to amplify the DNA by PCR

3. What is so special about RNA that makes it such an attractive evolutionary precursor to DNA and protein? What is it about DNA that makes it a better material than RNA for storage of genetic information? 4. A genomic library of a prokaryotic organism is often constructed by cloning the products of a Sau3AI partial digest of the genomic DNA into a BamHI site of the vector. a. Why are two different enzymes used in this experiment? b. What is a partial digestion, and how is it performed? c. Why is partial digestion often used for constructing genomic libraries? 5. Suggest a few different ways that recombinant plasmids can be introduced into a gramnegative bacterium, such as E.coli. 6. Transcription Attenuation How would transcription of the E. coli trp operon be affected by the following manipulations of the leader region of the trp mRNA? (a) Increasing the distance (number of bases) between the leader peptide gene and sequence 2 (b) Increasing the distance between sequences 2 and 3 (c) Removing sequence 4 (d) Changing the two Trp codons in the leader peptide gene to His codons (e) Eliminating the ribosome-binding site for the gene that encodes the leader peptide

(f) Changing several nucleotides in sequence 3 so that it can base-pair with sequence 4 but not with sequence 2 7. Distinguish among gene cloning, recombinant DNA technology and genetic engineering by describing each process and discussing how they are interrelated. 8. What features of plasmid cloning vectors make them useful for cloning DNA? Provide examples of different types of cloning vectors and discuss their applications in biotechnology 9. Compare and contrast genomic libraries with cDNA libraries. Which type of library would be your first choice to use if you were attempting to clone a gene in adipocyte (fat) cells that encodes a protein thought to be involved in obesity? Explain your answer. What type of library would you choose if you were interested in cloning gene regulatory elements such as promotor and enhancer sequences? 10. The Ribonuclease Gene. Human pancreatic ribonuclease has 128 amino acid residues. (a) What is the minimum number of nucleotide pairs required to code for this protein? (b) The mRNA expressed in human pancreatic cells was copied with reverse transcriptase to create a library of human DNA. The sequence of the mRNA coding for human pancreatic ribonuclease was determined by sequencing the complementary DNA (cDNA) from this library that included an open reading frame for the protein. Use the Entrez database system (www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez) to find the published sequence of this mRNA (search the nucleotide database for accession number D26129). What is the length of this mRNA? (c) How can you account for the discrepancy between the size you calculated in (a) and the actual length of the mRNA?
1. Represi katabolit. Sel E. coli tumbuh dalam media yang mengandung laktosa tapi tidak ada glukosa. Menunjukkan apakah setiap perubahan atau kondisi berikut akan naik, turun, atau tidak mengubah ekspresi operon lac. Ini mungkin membantu untuk menggambar model yang menggambarkan apa yang terjadi dalam setiap situasi. (a) Penambahan konsentrasi tinggi glukosa (b) Sebuah mutasi yang mencegah disosiasi Lac represor dari operator (c) Sebuah mutasi yang benar-benar menginaktivasi _-galaktosidase (d) Sebuah mutasi yang benar-benar menginaktivasi galactoside permease (e) Sebuah mutasi yang mencegah pengikatan CRP ke situs mengikat dekat promotor lac 2. Anda ingin memperkuat DNA antara dua ruas urutan yang ditunjukkan pada Gambar di bawah ini. Dari primer yang terdaftar memilih pasangan yang akan memungkinkan Anda untuk memperkuat DNA dengan PCR 3. Apa yang begitu istimewa tentang RNA yang membuatnya seperti pendahulu evolusi menarik bagi DNA dan protein? Apa itu tentang DNA yang membuatnya menjadi bahan yang lebih baik daripada RNA untuk penyimpanan informasi genetik? 4. Sebuah perpustakaan genom dari organisme prokariotik sering dibangun dengan kloning produk dari Sau3AI parsial intisari dari DNA genom menjadi situs BamHI dari vektor. a. Mengapa dua enzim berbeda yang digunakan dalam percobaan ini? b. Apa yang dimaksud dengan pencernaan parsial, dan bagaimana cara yang

dilakukan? c. Mengapa pencernaan parsial sering digunakan untuk membangun perpustakaan genom? 5. Sarankan beberapa cara yang plasmid rekombinan dapat diperkenalkan ke dalam bakteri gram negatif, seperti E.coli. 6. Transkripsi Attenuation Bagaimana transkripsi E. coli operon trp dipengaruhi oleh manipulasi berikut wilayah pemimpin mRNA trp? (a) Peningkatan jarak (jumlah basis) antara pemimpin peptida gen dan urutan 2 (b) Meningkatkan jarak antara urutan 2 dan 3 (c) Menghapus urutan 4 (d) Mengubah dua kodon Trp pada gen peptida pemimpin untuk kodon Nya (e) Menghilangkan situs ribosom mengikat untuk gen yang mengkode peptida pemimpin (f) Mengubah beberapa nukleotida dalam urutan 3 sehingga dapat pasangan basa dengan urutan 4 tapi tidak dengan urutan 2 7. Bedakan antara kloning gen, teknologi DNA rekombinan dan rekayasa genetika dengan menjelaskan setiap proses dan mendiskusikan bagaimana mereka saling terkait. 8. Apa fitur dari vektor kloning plasmid membuat mereka berguna untuk kloning DNA? Memberikan contoh berbagai jenis vektor kloning dan mendiskusikan aplikasi mereka di bidang bioteknologi 9. Bandingkan dan kontras perpustakaan genom dengan perpustakaan cDNA. Jenis perpustakaan akan menjadi pilihan pertama Anda untuk digunakan jika Anda sedang berusaha untuk mengkloning gen dalam adiposit (lemak) sel yang mengkode protein dianggap terlibat dalam obesitas? Jelaskan jawaban Anda. Jenis perpustakaan apa yang akan Anda pilih jika Anda tertarik dalam elemen gen kloning peraturan seperti promotor dan urutan penambah? 10. The ribonuklease Gene. Ribonuklease pankreas manusia memiliki 128 residu asam amino. (a) Berapakah jumlah minimum pasang nukleotida yang dibutuhkan untuk kode untuk protein ini? (b) mRNA disajikan dalam sel pankreas manusia disalin dengan reverse transcriptase untuk menciptakan sebuah "perpustakaan" DNA manusia. Urutan mRNA coding untuk ribonuklease pankreas manusia ditentukan oleh sekuensing DNA komplementer (cDNA) dari perpustakaan ini yang termasuk kerangka pembacaan terbuka untuk protein. Gunakan sistem database Entrez (www.ncbi.nlm.nih.gov / Entrez) untuk menemukan urutan yang dipublikasikan mRNA ini (mencari database nukleotida untuk aksesi nomor D26129). Berapa panjang mRNA ini? (c) Bagaimana Anda dapat menjelaskan perbedaan antara ukuran yang Anda dihitung dalam (a) dan panjang sebenarnya mRNA?