Servicio de ayuda al diagnstico oncolgico

Anlisis Genmico Tumoral

PCBSH CP13 0903212

Oncologa Personalizada
El campo de la oncologa ha entrado en la era de la medicina personalizada
Theranostics: "Therapeutics" and "Diagnostics 1 Seleccin de tratamientos acompaada de biomarcadores diagnsticos, pronsticos y predictivos que permiten mejorar y personalizar los tratamientos oncolgicos
JAK2 V617F (50% Neoplasia mieloproliferativa) EGFR Erlotinib/ Cetuximab (20% Cancer pulmn) BRAF V600E PLX4032 (50-60% Melanoma) ALK Crizotinib (3-5% Cancer pulmn) FLT3 Peor pronstico LMA

Ejemplos

KRAS Resistencia a tratamientos anti-EGFR C-KIT Imatinib (50-60% Cancer gastrointestinal) NPM1 Buen pronstico LMA

La proporcin de frmacos dirigidos est incrementando: actualmente ya existen ms de 650 terapias orales dirigidas en desarrollo.

Nuevo paradigma2,3,4,5,6,7,8
En un mismo tipo de tumor pueden existir diversas mutaciones en diferentes genes que afectan a la progresin del tumor y a la respuesta a determinados frmacos Diferentes tipos de tumores tienen mutaciones en comn que los hacen susceptibles a los mismos tratamientos

Objetivo: Ofrecer Soluciones

BioSequence ofrece servicios de diagnstico oncolgico completos y coste-efectivos para ayudar al onclogo a seleccionar la terapia adecuada para cada paciente
Colaboramos a nivel europeo con el Baylor College of Medicines Cancer Genetics Laboratory (CGL), institucin lder en EEUU con ms de 30 aos de experiencia en diagnstico gentico mdico.

Historia Clnica Tipo de tumor Tratamientos previos Historia familiar Investigaciones de laboratorio/imagen

Muestras de sangre y del tumor Deteccin de mutaciones a gran escala:

Seleccin de un tratamiento o ensayo clnico para el paciente en funcin de:

Mutaciones Disponibilidad de tratamientos dirigidos o terapias estndar Resultados de estudios previos Biomarcadores pronsticos Preferencias del paciente

BioSeq 739 Microarrays

BioSeq EX Otras pruebas

Bsqueda en la base de datos y prediccin de las consecuencias mutacionales Revisin multidisciplinaria Informe clnico Consejo gentico

Acceso al foro Cancer Tumor Board

Nuestros Servicios
Nuestros servicios estn enfocados a obtener la mxima informacin posible en el menor tiempo con el objetivo de ayudar a mejorar los tratamientos.

Por ello, todos nuestros productos se acompaan de:

Informe clnico con el anlisis e interpretacin de las mutaciones (biomarcadores diagnsticos, predictivos y pronsticos) Consejo gentico por parte de nuestro equipo Discusin de casos va telefnica (conference call) Acceso al foro de informacin de nuestro Cancer Tumor Board Informacin acerca de los ensayos clnicos que se estn realizando y que pueden ser ms adecuados para el paciente. Anlisis genmicos realizados por el Baylor College of Medicines Cancer Genetics Laboratory.

BioSeq 739
BioSeq 739 analiza un panel de 46 genes y 739 mutaciones seleccionados por su relacin con la mayor parte de los cnceres y terapias conocidas5,6,7,8 segn los principales Centros Oncolgicos y Universidades internacionales9,10,11,12.
Panel de genes
ABL1 AKT1 ALK APC ATM BRAF CDH1 CDKN2A CSF1R CTNNB1 EGFR ERBB2 ERBB4 FBXW7 FGFR1 FGFR2 FGFR3 FLT3 GNAS HNF1A HRAS IDH1 JAK2 JAK3 KDR KIT KRAS MET MLH1 MPL NOTCH1 NPM1 NRAS PDGFRA PIK3CA PTEN PTPN11 RB1 RET SMAD4 SMARCB1 SMO SRC STK11 TP53 VHL

El lmite de deteccin es del 5% con una cobertura de 500X y del 10% con una cobertura de 200X.

Tecnologa: ultrasecuenciacin de Ion Torrent - Ion AmpliSeq Cancer Panel Plazo de entrega: 8-10 das Aplicaciones clnicas y en investigacin
Permite mejorar el coste-efectividad de los tratamientos actuales y ofrece terapias dirigidas para los pacientes Ofrece posibilidades de tratamiento a los pacientes con tumores de origen desconocido Permite reducir costes y tiempo en los estudios con nuevos frmacos Servicio de secuenciacin con resultados adaptados a las necesidades del proyecto de investigacin

BioSeq EX
Ultrasecuenciacin del EXoma del tumor y del EXoma de la lnea germinal del paciente + BioSeq 739 (ultrasecuenciacin de 46 genes y 739 mutaciones)
Estudio en profundidad en el que se comparan las mutaciones del tumor con las de la lnea germinal para seleccionar variaciones que por su relevancia clnica en cncer pueden aportar una mayor informacin sobre el desarrollo y evolucin del tumor y permiten optimizar el tratamiento del paciente. Tecnologa: ultrasecuenciacin de Illumina Hi Seq + ultrasecuenciacin de Ion Torrent

Plazos de entrega a) Anlisis clnico de la ultrasecuenciacin: 60-80 das b) Anlisis clnico del resultado de BioSeq 739: 8-10 das
Aplicaciones clnicas y en investigacin El objetivo de BioSeq EX es ofrecer al onclogo el mximo de informacin gentica que sea relevante clnicamente para el paciente.

Microarrays
Microarrays de gran resolucin diseados para analizar cromosmicamente los tumores:
Nombre Resolucin Media 1Kb (exones largos) a 10 Kb (regiones genmicas oncolgicas) en regiones diana y 20 Kb en regiones backbone 1Kb (exones largos) a 10 Kb (regiones genmicas oncolgicas) en regiones diana, y 20 Kb en regiones backbone 1Kb (exones largos) a 10 Kb (regiones genmicas oncolgicas) en regiones diana, y 12 Kb en regiones backbone Sensibilidad para cambios en el nmero de copias >400Kb Tipo de Muestra Sangre, Medula sea, FFPE, Tejido Fresco Congelado Sangre, Medula sea, FFPE**, Tejido Fresco Congelado Sangre, Medula sea, FFPE**, Tejido Fresco Congelado Sangre, Medula sea, Tejido Fresco Congelado Sangre, Medula sea, FFPE, Tejido Fresco Congelado

Tumor especfico

Descripcin Este test se puede usar para detectar CNV en diferentes tejidos tumorales incluyendo canceres hematolgicos y tumores slidos. Analiza >500 genes del cncer y otros genes relacionados. Este array puede detectar CNVs, prdidas de heterocigosidad (LOH) e isodisomias uniparentales cromosmicas o de un segmento cromosmico (UPD). Puede usarse en diferentes tejidos tumorales incluyendo canceres hematolgicos y tumores slidos. Analiza >500 genes del cncer y otros genes relacionados. Diseado por el CGL del BCM. 2,300 genes del cncer y otros genes relacionados, 235 miRNAs asociados con cncer. Media de 6 sondas/exn. Array de SNP de alta resolucin. Cobertura de todo el genoma. 2,6 millones de marcadores de nmero de copias. Este array permite hacer un screening del genoma entero en busca de anomalas graves. Sondas para 262,000 SNPs (ms de 5 sondas por marcador). Evaluacin LOH y UPD.

180K CGH

180K CGH/SNP

BCM 400K CGH/SNP

CytoScan HD

No

GeneChip Human Mapping 250K Nsp

Puede detectar lesiones >300Kb.

No

*LOH menor de 10 Mb de tamao no se tendr en cuenta. **Este array no detecta LOH en muestras FFPE de ms de 5 aos. En este caso, es aconsejable elegir el Array 180K CGH.

Pruebas Genticas Complementarias

Completamos nuestros servicios con un catlogo de ms de 400 pruebas genticas para la deteccin de anomalas en genes relacionados con el cncer adulto e infantil.
Test para la deteccin de mutaciones germinales (cncer familiar)
Deteccin de mutaciones germinales en genes como APC, TP53, MEN1, MLH1, MSH2/6, RUNX1, PTEN, SDHA/C/B/D, TPMT, etc. para el diagnstico y la vigilancia del cncer en pacientes.

Citogentica/FISH
Deteccin y confirmacin de alteraciones gnicas y cromosmicas (amplificaciones, traslocaciones o deleciones) nicas o en funcin del tipo de cncer por paneles especficos. Ejemplos:
AML FISH Panel: D8Z2, AML/ETO, MLL, PML/RARA, CBFB NHL FISH Panel: ALK, BCL6, ATM, IGH, p53)

Test Moleculares
Deteccin de mutaciones somticas nicas en genes como cKIT, AKT, EGFR, KRAS, PI3CA, etc. o de paneles genticos especficos de cncer, como por ejemplo:
AML Panel: FLT3 / NPM1 Anti-EGFR Therapy Panel: EGFR/KRAS/BRAF/PI3CA/ALKT

para el diagnstico y pronstico tumoral y la asociacin a tratamientos oncolgicos.

Procedimiento y Envo de Muestras

Para realizar los anlisis son necesarios 500 ng de ADN de clulas tumorales obtenidas mediante biopsia y una muestra de ADN germinal del paciente Nuestras pruebas analizan todo tipo de muestra tumoral:
Sangre Lminas FFPE ADNg Sangre Leucmica Bloque tumoral FFPE Otros (consultar) Mdula sea Tejido Fresco Congelado

BioSequence se hace cargo de la recogida y el transporte de la muestra.

Todas las pruebas se realizan en laboratorios certificados CLIA (Clinical Laboratory Improvement Act).

Comit Cientfico y Mdico

Mara S. Soengas, PhD
PhD, Centro de Biologa Molecular Severo Ochoa Directora del Programa de Patologa Molecular del CNIO Jefa del Grupo de Melanoma del CNIO Miembro fundador del Melanoma Research Foundation Colaboradora en el Melanoma Roadmap del National Institutes of Health (US)

Dolores H. Lpez Terrada, MD, PhD

Profesora Asociada del Departamento de Patologa e Inmunologa del Baylor College of Medicine Profesora Asociada del Departamento de Pediatra, Seccin de Hematologa-Oncologa del Baylor College of Medicine Patloga en el Texas Children's Hospital Directora del Laboratorio de Oncologa Molecular del Texas Children's Hospital

Dami Tormo Carulla PhD, MBM

PhD, Gentica Molecular e Inmunologa Rheinische Friedrich-Wilhelms Universidad de Bonn Socio y Co-fundador de BioCapital Advisors CEO y Co-fundador en BiOncotech Therapeutics

Ivn Mrquez Rodas, MD, PhD

Onclogo Mdico Coordinador de la Unidad Cncer Heredofamiliar del Hospital General Universitario Gregorio Maran

Datos de Contacto
BioSequence S.L.
Parque Cientfico Universidad de Valencia C/ Catedrtico Agustn Escardino n 9 Edificio 1 Despacho 2.06 46980 Paterna (Valencia) - Espaa
Persona de Contacto: Adriana Terrdez +34 627 677 637 info@bio-sequence.com www.bio-sequence.com

Plano de acceso

Bibliografa
Bibliografa
1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 9. Warner, S. Diagnostics + Therapy = Theranostics. Strategy requires teamwork, partnering, and tricky regulatory maneuvering. The Scientist 18 (16): 38. (2004). Dancey, J.E. et al. The Genetic Basis for Cancer Treatment Decisions. Cell 148: 409-420 (2012). Beadling C. et al. Multiplex Mutation Screening by Mass Spectrometry: Evaluation of 820 Cases from a Personalized Cancer Medicine Registry. The Journal of Molecular Diagnostics 13 (5): 504-513. (2011). Sharma SV, et al. Cell line-based platforms to evaluate the therapeutic efficacy of candidate anticancer agents. Nat Rev Cancer. 10(4): 241-53. (2010). Thomas RK, et al. High-throughput oncogene mutation profiling in human cancer. Nat Gen 39 (3): 347-351. (2007). Chen-Hsiang Yeang, et al. Combinatorial patterns of somatic gene mutations in cancer. The FASEB Journal 22: 26052622. (2008). Pao W. The VICC Personalized Cancer Medicine Initiative. Review Symposium. Vanderbilt-Ingram Cancer Center 8th Annual Oncology & Hematology. (2011). MacConaill, L.E et al. Clinical Implications of the Cancer Genome. Journal of Clinical Oncology 28 (35): 5219 5228. (2010). Corless C. Semiconductor-based Sequencing for Cancer Diagnostics: Gamblig with Chips. Association of Molecular Pathology annual meeting 2011. [online] http://www.youtube.com/watch?v=Y0JdlHRjntI

10. Li M. Next Generation Cancer Gene Sequencing for Clinically Actionable Mutations. Association of Molecular Pathology annual meeting 2011. [online] http://www.youtube.com/watch?v=EVSwdTGlSis&feature=related 11. Li M. The Efficacy of Next Generation Sequencing for Detection of Clinically Actionable Mutations in Cancer. Advances in Genome Biology and Technology 2012. [online] http://www.youtube.com/watch?v=Kjmum3vW53s 12. Yang MH, et al. Possible differentiation of cerebral glioblastoma into pleomorphic xanthoastrocytoma: an unusual case in an infant. J Neurosurg Pediatrics 9: 517 523. (2012).

Bibliografa
Artculos relacionados
Stratton, MR, et al. The cancer genome. Nature 458 (7239): 719. (2009). MacConaill, L.E et al. Profiling Critical Cancer Gene Mutations in Clinical Tumor Samples. Plos One 4 (11): e7887 (2009). La Thangue, N. B. et al. Predictive biomarkers: a paradigm shift towards personalized cancer medicine. Nat. Rev. Clin. Oncol. 8, 587596 (2011) Wong, K.M., et al. Unraveling the genetics of cancer: Genome Sequencing and Beyond. Annu. Rev. Genomics Hum. Genet. 12: 407-30 (2011) National Cancer Institute. Targeted Cancer Therapies [online] http://www.cancer.gov/cancertopics/factsheet/Therapy/targeted (2012).

Jackson D. et al. Personalized cancer medicineadvances and socio-economic challenges. Nature Reviews Clinical Oncology 8, 735-741(2011).
Ross, J.S. et al. Whole cancer genome sequencing by Next-Generation Methods. Am. J. Clin. Pathol. 136: 527-539 (2011). Leary R.J. et al. Development of Personalized Tumor Biomarkers Using Massively Parallel Sequencing. Sci Transl Med. 2 (20): 20ra14. (2010). Strausberg R.L. et al. Whole-genome cancer analysis as an approach to deeper understanding of tumor biology. British Journal of Cancer 102: 243-248 (2010). Taylor B.S. et al. Clinical cancer genomics: how soon is now? J Pathol 223: 318-326 (2011).

Vogenberg F.R. et al. Personalized Medicine. Part I: Evolution and Development into Theranostics. P&T 35 (10). (2010).
McDermott U. et al. High-throughput lung cancer cell line screening for genotype-correlated sensitivity to an EGFR kinase inhibitor. Methods Enzymol.438:331-41. (2008) Shen Yang, et al. Gene mutation patterns and their prognostic impact in a cohort of 1185 patients with acute myeloid leukemia. Blood, American Society of Hematology 118 (20): 5593-5603. (2011). McDermott U. et al. Identification of genotype-correlated sensitivity to selective kinase inhibitors by using high-throughput tumor cell line profiling. Proc Natl Acad Sci U S A. 104(50):19936-41. (2007). Jnne PA. et al. Factors underlying sensitivity of cancers to small-molecule kinase inhibitors. Nat Rev Drug Discov. 8(9):709-23. Review. (2009). J. van t Veer L, et al. Enabling personalized cancer medicine through analysis of gene-expression patterns. Nature 452 (3): 564-570. (2008). Dias-Santagata, et al. Rapid targeted mutational analysis of human tumours: a clinical platform to guide personalized cancer medicine EMBO Molecular Medicine 2 (5): 146158. (2010). The International Cancer Genome Consortium. International network of cancer genome projects. Nature 464 (7291): 993998. (2010). Barretina J. et al. The cancer cell line encyclopedia enables predictive modelling of anticancer drug sensitivity. Nature 483: 603-307. (2012). Mathew J. et. al. Systematic identification of genomic markers of drug sensitivity in cancer cells. Nature 483: 570-575. (2012)