SEMINARIO 3: BIOENERGTICA Y ENZIMOLOGA I.

1.- DISCUTIR LA RELACION ENTRE LA CONSTANTE DE EQUILIBRIO DE UNA REACCION Y LA ESPONTANEIDAD DE ESTA. COMO SE OBTIENE EL DELTA G. El valor de la Keq da el grado de espontaneidad. K > 1 ser espontnea y K < 1 no ser espontnea. G es la energa libre de gibbs que se calcula en la relacin a Keq. Por lo que si G es negativo, es espontnea y exergnica. Si G es positivo, no es espontnea y endergnica. 2.- COMO SE OBTIENE EL DELTA G A PARTIR DE UNA REACCION DE OXIDO REDUCCION. Una reaccin de xido reduccin posee dos partes como su nombre lo dice. Una parte catablica de oxidacin exergnica y otra parte anablica de reduccin endergnica. Estas reacciones se les consideran acopladas ya que permiten la conversin de una reaccin endergnica en exergnica. Ocurre porque aprovechan la energa liberada por una reaccin exergnica para lograr una sntesis endergnica. Por lo tanto, por diferencia de potencial y por transferencia de electrones puede haber excedente de energa, siendo entonces G negativo, es decir, espontneo. 3.- PORQUE EL ATP Y EL ADP Y NO EL AMP, APORTAN UN DELTA G NEGATIVO A PARTIR DE SU HIDRLISIS. Dado a que el ATP tiene 3 fosfatos unidos por 2 enlaces anhdridos que son estructuras resonantes y el ADP tiene 2 grupos fosfatos unidos por enlace anhdrido tambin. Este enlace presenta espontaneidad a romperse, es decir, G < 0 en ambos. En cambio, el AMP tiene 1 grupo fosfato unido por un enlace fosfoster que es bastante estable. Esto significa que se requiere de energa para romperlo, es decir, G > 0 no espontneo. 4.- DISCUTIR EL CONCEPTO DE LAS REACCIONES ACOPLADAS UTILIZANDO COMO MODELO LA SINTESIS DE LA SACAROSA. En el metabolismo intermediario vemos que ocurre una transformacin de combustible energtico por procesos redox, es decir, ocurre transferencia de electrones.

5.- INTERACCION SUSTRATO-ENZIMA. DISCUTIR LAS PRINCIPALES CARACTERSTICAS DEL SITIO ACTIVO. TIPOS DE RESIDUOS DE AMINOACIDOS QUE INTERVIENEN. Dentro del dominio estructural de la enzima, existe un sitio activo donde se unen los sustratos para transformarse en productos. Este sitio activa que caracteriza a toda enzima y reconoce a un sustrato a travs de los residuos de aa de contacto, los cuales permiten el cambio conformacional del sitio activo. Tambin existen los aa auxiliares que no participan en el sitio activo, pero le dan la dimensin y caracterstica al sitio activo determinando a que sustrato reconocer. Estos dos tipos de aa le confieren Especificidad (sustrato especfico) y selectividad (grupo especfico de sustrato) al sitio activo. 6.- DEFINIR EL SIGNIFICADO DE LOS EFECTOS DE ORIENTACIN Y DE APROXIMACIN EN LA CATLISIS ENZIMATICA. Las enzimas toman a los sustratos orientndolos y aproximndolos para que pueda ocurrir la reaccin entre ellos en su sitio activo. Aproximacin: hace que efectivamente el choque ocurra entre sustrato y enzima. Acerca y aproxima para que ocurra la catlisis enzimtica. Orientacin: hace que enzima y sustrato se topen de frente y se encuentren efectivamente. 7.- QUE PARMETROS BIOENERGTICOS SON MODIFICADOS EN UNA REACCION ENZIMATICA POR LA PRESENCIA DE LA ENZIMA Y CUALES NO. RAZONES EN AMBOS CASOS. Una enzima no convierte de endergnicas a exergnicas las reacciones, por lo que no modifica G ni Keq. Lo que si modifica una enzima es la energa de activacin de una reaccin, logra que sta disminuya dado los principios de aproximacin y orientacin. 8.- SIGNIFICADO DE LA FORMACIN DEL COMPLEJO ENZIMA SUSTRATO Y SU RELACION CON LA FORMACION DE UN PRODUCTO. DIFERENTES ESTADOS CONFORMACIONALES DE LA ENZIMA DURANTE LA FORMACION DE LOS COMPLEJOS E-S Y E-P. Cada complejo E S y E P tienen distintos cambios conformacionales cuando est o no con producto o sustrato o cuando est sola. El complejo E S va aumentando a medida que disminuye la cantidad de sustrato hasta que se sature la enzima. En ese momento comienza a aumentar la concentracin de producto a travs del complejo E P que luego libera a ste ltimo, sin modificar a la enzima de su estado original. 9.- PRINCIPALES CONCEPTOS DE LA ECUACIN DE MICHAELIS-MENTEN. SIGNIFICADO DE V inicial, Km Y Vmax. Ecuacin de Michaelis Menten: Km: Es una medida de afinidad de la enzima por el sustrato, a menos Km, mayor afinidad E S. Es la cantidad de sustrato necesario para alcanzar la mitad de Vmx de la reaccin (50% saturacin enzima)

Vmx: Velocidad mxima que llega la reaccin dado a que es donde la enzima se encuentra saturada en su mxima concentracin E S V inicial: Directamente proporcional a Vmx e inversamente proporcional a la constante. 10.- SIGNIFICADO DE Km E IMPORTANCIA EN LA DEFINICION DE CIRCUITOS METABOLICOS. Como la Km corresponde a la cantidad de sustrato necesaria para llegar a Vmx/2, en sistemas metablicos donde participan varias enzimas, permite determinar el camino preferencial de la va metablica. Por lo tanto, la preferencial y de mayor velocidad de ocurrencia tendr menor Km y la de mayor Km ocurre a menor velocidad y no es la ruta preferencial. 11.- DEDUCCIN DE LA ECUACIN RECIPROCA DE LINEWEAVER Y BURKE Y SIGNIFICADO DE CADA VARIABLE.

12.- EXPRESIN DE UNA CINTICA ENZIMATICA SEGN MICHAELIS MENTEN Y SEGN LINEWEAVER Y BURKE. COMO SE IDENTIFICA Km, Y Vmax. Segn Michaleis Menten: Lineweaver- Burke:

Segn Lineweaver y Burke:

SEMINARIO 3 BIOQUIMICA
1. DISCUTIR LA RELACION ENTRE LA CONSTANTE DE EQUILIBRIO DE UNA REACCION Y LA ESPONTANIEDAD DE ESTA. COMO SE OBTIENE EL DELTA G La constante de equilibrio es un nmero igual a la relacin de las concentraciones de equilibrio de los productos entre las contracciones de equilibrio de los reactivos, cada una elevada a una potencia igual a su coeficiente etequiomtrico. La segunda ley de la termodinmica, aunque no considera el factor tiempo, constituye la mejor aproximacin para interpretar los procesos de generacin e intercambio de energa en los sistemas biolgicos. Con la Keq puedo encontrar valores de entropa y entalpia, adems, juntos con la G, me permite determinar la espontaneidad e incluso la naturaleza de la reaccin. La segunda ley de la termodinmica es una aproximacin cuantitativa de los cambios a nivel de energa. Al conocerla se puede descubrir G por medio de la frmula: G = -2,3 * T * R * LogKeq

El G tambin se puede obtener restndole la entropa ( la temperatura (Kelvin), a la entalpia ( H). G= H- T S

S) por

Si K > 1 Si K < 1

G<0 G> 0

reaccin exergonica y espontanea reaccin endergonica y no espontanea

2. POR QUE MOTIVO EL ATP Y EL ADP Y NO EL AMP, APORTAN UN DELTA G NEGATIVO A PARTIR DE SU HIDRLISIS. El ATP y el ADP tienen menos estructuras resonantes que el AMP (a mas estructuras resonantes, mayor es la estabilidad de la molcula), lo que las hace ms inestables y propensos a reaccionar liberando energa espontneamente. El AMP es muy estable, al hidrolizarlo su G es positivo, indicando una reaccin endergonica (se necesita energa para llevarla a cabo), al contrario del ATP y ADP, que son exergnicas.

Los grupos fosfatos se repele entre s en el ATP y ADP, tendiendo a liberarse. El del AMP, al ser solo 1, no es rechazado.

3. DISCUTIR EL CONCEPTO DE LAS REACCIONES ACOPLADAS UTILIZANDO COMO MODELO LA SNTESIS DE LA SACAROSA. Las reacciones acopladas permiten convertir reacciones endergnicas en reacciones exergnicas o aprovechar la energa liberada por una reaccin exergnica para lograr una sntesis endergnica. Permite que la clula utilice molculas muy inestables para producir energa. Las reacciones acopladas consisten en la unin de dos reacciones, usando dos sustratos que reaccionan con un mismo sustrato o sus productos, formando una sola reaccin que entregar mas productos. Este mecanismo permite a la clula realizar procesos endergnicos con excedente de energa.

Ej:

PEP + H2O ADP + P PEP + ADP

PIR + P ATP + H2O PIR + ATP

G = - 14,8 Kcal/mol G= + 7,3 Kcal/mol G = - 7, 5 Kcal/mol

4. INTERACCION SUSTRATO-ENZIMA. DISCUTIR LAS PRINCIPALES CARACTERISTICAS DEL SITIO ACTIVO. TIPOS DE RESIDUOS DE AMINOACIDOS QUE INTERVIENEN. Interaccin sustrato-enzima, segn la hiptesis del encaje inducido: el sustrato se una a la enzima en el sitio activo o cataltico con ayuda de los aminocidos de contacto (en el sitio activo), y aminocidos auxiliares (en la enzima, solo cistena). El sitio activo es donde entra el sustrato, unindose a la enzima por contacto qumico con los aminocidos de contacto, y se cambia a producto. No es una estructura preformada, su formacin es inducida por la presencia del sustrato. Los aminocidos auxiliares modifican su forma por enlaces disulfuros entre las cistenas. No tienen contacto con el sustrato.

5. DEFINIR EL SIGNIFICADO DE LOS EFECTOS DE ORIENTACION Y DE APROXIMACION EN LA CATALISIS ENZIMATICA. La enzima ayuda a que se necesite la energa minima para llevar a cabo la reaccin, gracias a efectos de ORIENTACION (los pone en la direccin adecuada para que se junten y se encuentren las partes que interactan) y APROXIMACION (los acerca si es necesario; adecua la velocidad de choques). CATALISIS.

6.

QUE PARAMETROS BIOENERGETICOS SON MODIFICADOS EN UNA REACCION ENZIMATICA POR LA PRESENCIA DE LA ENZIMA, Y CUALES NO. RAZONES.

La enzima SOLO reduce la energa de activacin necesaria para llevar a cabo una reaccin exergnica, a travs de la orientacin y aproximacin.

7. PRINCIPALES CONCEPTOS DE LA ECUACION DE MICHAELIS-MENTEN. SIGNIFICADO DE V INICIAL, Km Y V mx. V inicial: velocidad inicial de la reaccin, a la que ocurre la reaccin normalmente sin ser catalizada. V mx.: velocidad mxima que puede alcanzar la reaccin, es cuando la enzima esta 100% saturada, existiendo la mayor concentracin de complejo enzima-sustrato. Da lo mismo si es que aumento el sustrato, como esta saturada la enzima no aumenta la velocidad. Km (constante de Michaelis): concentracin de sustrato necesaria para alcanzar la mitad de la velocidad mxima de la reaccin, cuando la enzima esta saturada en un 50%. A menos Km, mayor afinidad de la enzima por sustrato. En sistemas metablicos donde participan varias enzimas, permite determinar el camino preferencial.