Motif Motif atau struktur supersekunder protein adalah suatu kombinasi dari struktur sekunder protein yang terdiri

atas alfa helix dan struktur beta yang dihubungkan melalui suatu loop sehingga membentuk suatu tatanan geometri yang spesifik. Dikatakan supersekunder karena suatu motif memiliki lebih dari satu elemen struktur sekunder (Park, 2009). Loop yang menghubungkan struktur sekunder dalam motif merupakan suatu struktur sekunder protein yang terdiri atas 2 hingga 16 residu dan memiliki struktur yang irregular. Loop terdapat pada permukaan suatu molekul dan mengandung residu polar sehingga mungkin untuk berinteraksi hydrogen dengan solven atau dapat terlibat dalam pembentukan binding site dan active site suatu enzim. Struktur motif dapat berupa struktur yang sederhana misalnya alfa-alfa (dua alfa helix yang dihubungkan suatu loop), beta-beta (dua beta-strand yang dihubungkan suatu loop), betaalfa-beta (beta-strand dihubungkan pada alfa helix yang dihubungkan juga dengan neta-strand lainnya melalui loop, atau struktur yang lebih kompleks seperti motif Greek key atau beta barrel. Beberapa struktur motif sederhana dapat bergabung dan menjadi suatu struktur yang lebih kompleks (School of Biomedical Sciences, 2011). Beberapa contoh motif di antaranya :

a) Helix-loop-helix

Merupakan salah satu motif yang paling sederhana dan banyak ditemui. Berupa dua alfa helix yang dihubungkan oleh suatu loop pendek (Nemecz, 2004). b) Beta-alfa-beta unit Terdiri atas dua beta-strand parallel yang dihubungkan oleh dua loop pada suatu alfa helix di antara keduanya (Nemecz, 2004). c) Hairpin Terdiri atas dua beta-strand bersebelahan dalam posisi antiparalel yang terhubung oleh loop hairpin. Loop hairpin dapat terdiri atas 2 sampai 1 residu, tetapi 70 % loop beta hairpin memiliki kurang dari tujuh residu. Jenis motif ini terdapat misalnya pada bisa ular, erabutoxin (Nemecz, 2004).

Erabutoxin d) Greek key

Nama motif ini diambil dari suatu guci tanah liat Yunani yang bermotif serupa. Motif ini terdiri atas empat atau lebih beta-strand dalam posisi antiparalel yang terhubung satu sama lain oleh tiga buah loop di mana satu loop lebih panjang dan menghubungkan dua beta strand yang berada paling luar. Motif ini terdapat misalnya pada nuklease Staphylococcus (Nemecz, 2004).

Nuklease Staphylococcus

Struktur Kuartener Protein Suatu struktur kuartener protein adalah penggabungan dari dua atau lebih rantai protein atau peptida untuk membentuk suatu bentuk akhir yang spesifik. Rantai satu dengan yang lainnya dihubungkan melalui berbagai jenis ikatan seperti ikatan hidrogen, salt bridge, dan ikatan disulfida sehingga terbentuk geometri tertentu. Terdapat dua kategori utama dalam struktur protein kuartener, yaitu protein serat dan globular (Ophardt, 2003). a) Protein Serat (Fibrous Protein) Protein serat biasanya merupakan material struktural yang terdiri atas rantai polimer yang dihubungkan dalam lembaran-lembaran atau memilin dalam bentuk serat memanjang. Protein serat umumnya memiliki hanya struktur primer dan tersier sebagai penyusunnya. Salah satu ciri yang dimliki protein serat adalah memiliki pengulangan regular pada strukturnya. Sutera merupakan protein serat yang hanya terdiri atas -sheets dan satuan-satuan monomer utamanya adalah glisin dan alanin secara bergantian, dengan sedikit serin dan tirosin. Kolagen, merupakan penyusun jaringan pengikat di mana setiap asam amino ke tiganya adalah glisin dan kebanyakan dari sisanya adalah prolin (Voet & Voet, 1990).

Struktur kolagen

Struktur sutera

b) Protein Globular Protein globular, juga dikenal sebagai spheroproteins, adalah protein yang dibentuk oleh rantai asam amino yang dipadatkan, yang dilipat menjadi bentuk yang rumit yang sering kasar menyerupai bola. Protein globular memiliki struktur tersier dan kuartener yang kompleks. Perbedaan utama antara protein globular dan protein serat adalah bahwa jenis protein ini biasanya larut dalam air, dan oleh karena itu ada dalam plasma darah, sedangkan protein serat tidak (Rahman, 2013). Pada protein globular, gugus samping hidrokarbonnya cenderung menggerombol di daerah hidrofob, sementara gugus samping yang bermuatan dan bersifat polar tetap bersentuhan dengan air. Protein globular umumnya memiliki rantai lurus dari struktur sekunder yang bergabung dengan serangkaian polpeptida. Salah satu contoh protein globular adalah hemoglobin. Hemoglobin terdiri atas empat rantai polipeptida yang disebut globin, terdiri atas dua rantai alfa yang identik yang tersusun dari 141 asam amino dan dua rantai beta yang identik yang tersusun dari 146 asam amino (Voet & Voet, 1990).

Struktur hemoglobin

Pelipatan Polipeptida Saat polipeptida mulai disintesis dengan penambahan asam amino-asam amino (struktur primer), polipeptida mulai mengalami pelipatan dalam beberapa cara (Pearson Education, 1999).

Polipeptida digabungkan dalam beberapa cara. Tahap awal atau yang disebut dengan struktur primer terjadi melalui penambahan rantai asam amino. Rantai yang ditambahkan ini dapat berupa rantai panjang yang terdiri dari satu atau dua asam amino atau rantai panjang yang terdiri dari ratusan asam amino (Pearson Education, 1999). Saat penambahan rantai berlangsung, pelipatan terjadi dan mengubah struktur protein menjadi struktur sekunder, diikuti dengan pelipatan selanjutnya yang menghasilkan struktur tersier. Sementara struktur kuartener akan terbentuk melalui penggabungan beberapa rantai polipeptida yang mengalami pelipatan (Pearson Education, 1999).

Daftar Pustaka Nemecz, G. 2004. Proteins. Available online at http://web.campbell.edu/faculty/nemecz/323_lect/proteins/prot_chapter.html [diakses 1 Juli 2013]. Ophardt, C. 2003. Quartenary Protein Structure. Available online at http://www.elmhurst.edu/~chm/vchembook/567quatprotein.html [diakses 1 Juli 2013]. Park, S. 2009. Super Secondary Structure (Motif). Available online at http://www.acsu.buffalo.edu/~sjpark6/pednotes/Motifs.pdf [diakses 1 Juli 2013]. Pearson Education. 1999. Polypeptide Folding. Available online at http://www.phschool.com/science/biology_place/biocoach/bioprop/folding.html [diakses 1 Juli 2013]. Rahman, A. 2013. Jenis-jenis Protein. Available online at http://www.bilikbiologi.com/2012/02/jenis-jenis-protein.html [diakses 1 Juli 2013]. School of Biomedical Sciences. 2011. Protein Supersecondary Structure. Available online at http://biomedapps.curtin.edu.au/biochem/tutorials/prottute/supersecondindex.htm [diakses 1 Juli 2013]. Voet, D. & J. Voet. 1990. Biochemistry. John Wiley & Sons. New York.