Introduccin a Linux Bioinformatica. Grado de Biotecnologia.

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Introduccin a Linux
Objetivo: Familiarizars e como us uario de la lnea de comandos en Linux.

GUIs y CLIs
Un entorno de escritorio es un conjunto de s oftware creado para ofrecer al us uario de un ordenador un ambiente amigable y cmodo. Es una s olucin completa de interfaz grca de us uario o GUI, ofrece iconos , barras de herramientas , programas e integracin entre aplicaciones con habilidades como, arras trar y s oltar (drag& drop). Lnea de comandos , Terminal, Cons ola, Shell s u acrnimo en ingls CLI (Command line interface), es un programa informtico que acta como Interfaz de us uario para comunicar al us uario con el s is tema operativo mediante una ventana que es pera comandos textuales , los interpreta y los entrega al s is tema operativo para s u ejecucin. La res pues ta del s is tema operativo es mos trada al us uario en la mis ma ventana. A continuacin, la s hell queda es perando ms ins trucciones . Se interacta con la informacin de la manera ms s imple pos ible, s in grcas , s lo el texto crudo.

GUI verus CLI

Caracterstica CLI Sencillez Control Velocidad Recurs os Scripting Acces o remoto Hay que recordar los comandos Se tiene un control ms no de las opciones de los programas Todos los comandos es tn dis ponibles y no hay que ver mens Cons ume una cantidad mnima Permite automatizar las tareas Muy s encillo GUI Una vez familiarizado con una GUI, las otras s on s imilares Si no s e quiere hacer exactamente lo que el programador de la GUI tena en mente es ts muy limitado Bus car una opcin en los mens puede s er lento Neces ita grandes recurs os para cualquier tarea La automatizacin es muy limitada Complejo, no s iempre dis ponible y gran cons umo de red

Apagando el ordenador No apagar nunca el ordenador dndole al botn de apagar. Siempre hay que s eleccionarlo en el men. En KDE: K -> Log out -> Apagar. En Gnome: Sis tema -> Salir -> Apagar. Dnde es toy?.. Cuando un us uario entra en una lnea de comandos s e encuentra con un prompt que es pera una orden.
user@ordenador:~$

El ordenador es t indicando que es t dis pues to a ejecutar cualquier comando que s e introduzca a continuacin del s igno $. A partir de es te momento indicaremos el prompt s implemente con el s igno $. Se puede ejecutar el comando hola y obs ervar el res ultado.
$ hola

El res ultado s er es te:

bash: hola: command not found

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Cuando es tamos en la lnea de comandos s iempre es tamos dentro de un directorio. Es to s ignica que cualquier comando que s e ejecute leer y es cribir archivos en es e directorio a no s er que le indiquemos lo contrario. Si ejecutamos el comando ls (lis tar) obtendremos el nombre de los archivos y directorios que hay en el directorio actual.
$ ls

Si queremos obtener el lis tado de archivos de un directorio dis tinto al directorio en el que nos encontramos en es te momento hay que indicrs elo al comando.
$ ls /usr/

En Linux las mays culas y las mins culas importan. LS, Ls , lS y ls No s on lo mis mo. Detener un programa Si queremos detener un programa s e puede hacer con ctrl+C. Salir de la cons ola exit, logout o crtl+D.

Principales directorios

En un s is tema Linux todos los directorios cuelgan de / (ms o menos equivalente al c:del windows ).

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$ ls /

Cada us uario tiene permis o para es cribir dentro de s u directorio $HOME (algo parecido a /home/us uario/). Los us uarios no deben, y en la mayora de las ocas iones , no pueden es cribir en ningn directorio que no cuelgue de s u $HOME.

Rutas
Las rutas (path) indican como llegar a un archivo. Un ejemplo: /home/jos e/hola_caracola.txt Las rutas pueden s er abs olutas , s i comienzan por /, o relativas , s i no comienzan por /. Las rutas relativas s ealan la ubicacin de un archivo o directorio a partir de la pos icin actual en el s is tema de archivos . Por ejemplo, dir1/arc1.i es una ruta relativa que s eala al archivo arc1.i dentro del directorio dir1 en la ubicacin actual. Las rutas abs olutas s ealan la ubicacin de un archivo o directorio des de la raz del s is tema de archivos . Por ejemplo /home/dir1/arc1.i es una ruta abs oluta que s eala la ubicacin de arc1.i des de la raz del s is tema de archivos . En otros s is temas operativos las rutas (path) s e es criben utilizando el s igno en vez de /. El directorio $HOME s e puede s implicar es cribiendo ~ (altgr + 4).
$ ls ~

Comandos para directorios

Los directorios tambin s on conocidos como carpetas . Dentro de un directorio s e pueden guardar archivos y otros s ubdirectorios . Crear un directorio, mkdir.
$ mkdir directorio_ejemplo $ ls

Es muy recomendable no utilizar es pacios , acentos o ees en el nombre de los directorios y los archivos . Cambiar de directorio, cd.
$ cd directorio_ejemplo

Mos trar el directorio de trabajo actual pwd (print working directory)

$ pwd

A partir de es te momento es tamos dentro del directorio directorio_ejemplo. Si ejecutamos un programa bus car los archivos en es te nuevo directorio. Si el comando cd s e ejecuta s in parmetros nos llevar a nues tro $HOME.
$ cd

Movindonos al directorio s uperior en la jerarqua de directorios .

$ cd ..

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* Movindonos a un directorio concreto.

$ cd /usr/local/

Movindonos al ltimo directorio vis itado.

$ cd -

.. repres enta s iempre el directorio s uperior en la jerarqua de directorios . Si nues tro directorio de trabajo actual es /home/us uario/ .. repres enta al directorio /home/ y ../../ al directorio /. Borrar un directorio.
$ rm -r directorio_ejemplo

rm (remove) es un comando que s e utiliza para borrar directorios y archivos . -r es un parmetro del comando que modica s u comportamiento. En es te cas o s ignica que ha de borrar el directorio indicado y recurs ivamente todo lo que haya dentro.

Obteniendo ayuda
Para conocer el comportamiento exacto de un comando y todos s us parmetros hay que ejecutar man (manual).
$ man ls

Una vez ejecutamos el comando man el prompt des aparece y la pantalla es s us tituida por el programa lector de manuales . Dentro del lector de manuales podemos s ubir y bajar utilizando las echas , el es pacio y repag y avpag. Del lector de manuales s e s ale pres ionando la q. man intro nos mos trar una introduccin a Linux.
$ man intro

Comandos y parmetros
Cas i todos los comandos en Linux s uelen tener numeros os parmetros que modican s u comportamiento. Cas i s iempre es tos parmetros s e componen de un guin y una letra, vers in corta (ls -a), o de dos guiones y una palabra, vers in larga (ls all).
$ ls -a $ ls --all

Listados
El comando ls (lis ta) los contenidos de un directorio. Mos trar todos los archivos y directorios , incluidos los ocultos .
$ ls -a

Todos los archivos y directorios que cuyo nombre comienza por . s on cons iderados ocultos . En el directorio $HOME s uele haber numeros os archivos ocultos que es mejor no tocar, a no s er que s e s epa que s e es t

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haciendo. Lis tado largo, con ms detalles .
$ ls -l

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Lis tado largo, con tamaos de los archivos en unidades entendibles para un humano.
$ ls -lh

Permisos
En Linux cada archivo tiene un dueo, normalmente quin lo cre y unos permis os as ociados . Es tos permis os determinan s i podemos leer o modicar el archivo. Adems cada us uario pertenece a uno o varios grupos y puede tener permis os as ociados a es os grupos . Por ejemplo en una empres a el us uario rafael puede pertenecer a grupo de control de calidad. Podra cons eguirs e que rafael pueda leer y modicar s us archivos , que pueda leer, pero no modicar, todos los archivos de los otros miembros del grupo calidad y que nadie ms pueda ni tan s iquiera leer es tos archivos . Cuando s e hace un lis tado largo s e obtienen los dueos y los permis os as ociados a cada archivo.
-rw------- 1 root root 1.0K 2007-09-05 10:05 .rnd drwx------ 2 jose users 4.0K 2007-08-28 12:53 .ssh drwxr-xr-x 3 jose users 4.0K 2007-08-27 12:33 .subversion

En el ejemplo anterior el archivo .rnd pertenece al us uario root y al grupo root, mientras que .s s h y .s ubvers ion pertenecen al us uario jos e y al grupo us ers . Los primeros 10 caracteres de cada lnea indican el tipo de archivo y los permis os as ociados al us uario, grupo y a todo el res to de los us uarios . En el cas o anterior .rnd es un archivo y .s s h y .s ubvers ion s on directorios (por tener una d en el primer carcter). .rnd puede s er ledo (r) y es crito (w) s olamente por el us uario root. .s s h puede s er ledo (r), es crito (w) y ejecutado (x) por el us uario jos e y por nadie ms . En el cas o de los directorios ejecutar s ignica poder entrar en el directorio y lis tar s us contenidos . El directorio .s ubvers ion puede s er ledo (r), es crito (w) y ejecutado (x) por jos e y puede s er ledo y ejecutado por cualquier otro us uario. Para cambiar los permis os s e utiliza el comando chmod. Para obs ervar que error s e obtiene al intentar es cribir en un directorio en el que no tenemos permis o s e puede ejecutar:
$ touch /hola.txt Respuesta: touch: cannot touch `/hola.txt': Permission denied

Manipulando archivos y directorios

Copiar un archivo, cp (CoPy).
$ cd $ touch hola.txt

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$ cp hola.txt adios.txt

Copiar un directorio, cp recurs ivo.

$ mkdir directorio $ cp -r directorio otro_directorio

Mover un archivo o directorio, mv (MoVe). Cambia de nombre el archivo.

$ mv directorio otro_directorio_mas

Borrar un archivo, rm (ReMove) :: $ rm hola.txt Borrar un directorio recurs ivamente, rm.

$ rm -r otro_directorio

Wildcards
Hay caracteres es peciales que s irven para referirnos a grupos de archivos . * s e refriere a cualquier carcter cualquier nmero de veces . Sirve, por ejemplo, para borrar todos los archivos que terminan con .txt.
$ rm *.txt

? s e reere a cualquier carcter una s ola vez. Para borrar archivos del tipo 1.txt, 2.txt, c.txt, pero no 12.txt.
$ rm ?.txt

Descargar un archivo
Para des cargar un archivo s e puede utilizar el comando wget.
$ wget http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Class/BLAST/blast_course.short.html

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