Princpios de Associao e Seleo Genmica Aplicados ao Melhoramento Gentico de Animais Domsticos

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Prof. Dr. Fernando Baldi UNESP-FCAV

Objetivos do curso
Adquirir conhecimentos e informaes sobre os mtodos para utilizar as informaes de dezenas de milhares de marcadores SNP no melhoramento gentico de animal, bem como conhecer os princpios de desequilbrio de ligao no genoma de animais, estudos de associao do genoma utilizando marcadores de alta densidade, e introduzir o conceito e princpios da seleo genmica.

Calendrio do curso
Data
6 de agosto 7 de agosto 8 de agosto 10 de agosto

Assunto
Seleo assistida por marcadores e desequilbrio de ligao Controle de qualidade e Associao Genmica Seleo Genmica Seleo Genmica

Horrio e Lugar
9:00-12:00 / 14:0015:30 9:00-12:00 / 14:0015:30 9:00-12:00 / 14:0015:30 9:00-12:00 / 14:0015:30

Programa do curso
Seleo assistida por Marcadores Medidas de desequilbrio de ligao Causas de desequilbrio de ligao em populaes de animais Controle de qualidade de dados genmicos Estudos de associao do genoma global Princpios da Seleo genmica Seleo genmica em populaes de animais domsticos. Mtodos de seleo genmica Matriz de parentesco com informaes genmicas Imputao de dados genmicos e painis de baixa densidade Estratgias de genotipagem para seleo genmica
4

Programa do dia
Conceitos bsicos Seleo assistida por marcadores Genotipagem com marcadores de alta densidade Desequilbrio de ligao (LD) Medidas utilizadas para medir o LD Fatores que afetam o LD da populao Desequilbrio de ligao em animais e plantas Persistncia do LD entre diferentes raas Estratgias para a inferncia dos hapltipos
5

Conceitos bsicos

Aonde esta localizada a informao gentica?

A informao gentica contida nos cromossomos Cromossomos: acido desoxirribonuclico (DNA) + protenas

O DNA uma grande molcula de dois fitas

Cada fita composta por aucares e radicais de fosfato Bases nitrogenadas ligam as pentoses
Adenina (A), Guanina (G), Citosina (C), Tiamina (T) A com T (2 pontes de nitrognio) C com G (3 pontes de nitrognio)

As fitas so conectadas atravs de pontes de hidrognio

7

Aonde esta localizada a informao gentica?

Aonde esta localizada a informao gentica?

Os cromossomos so arranjos lineares de DNA
ATTTGATCGCGCGTT

Par de cromossomos homlogos (indivduos diplides)

Bovinos 2n:60; Sunos 2n:38; Ovinos 2n:54

Loci (plural: locos): A posio de um gene ou de um marcador gentico em um cromossomo.

Alelos: formas alternativas de um gene

Hapltipos: Alelos em diferentes loci localizados de forma prxima em um cromossomo tendem a ser herdados conjuntamente (Ligao)
9 http://www.faunativa.com.br/downloads/pesquisa/glossario_biologico.pdf

 Meiose (I e II): um tipo especial de diviso celular que ocorre no

processo de formao das gametas, atravs do qual uma clula tem o seu nmero de cromossomos reduzido pela metade.
Separao das cromtides 2 [n] > 4 [n]

Separao de homlogos, [2n] > 2 [n]

Os cromossomos segregam de forma aleatria (Meiose I) Crossing-over ou recombinao: troca de segmentos cromossmicos entre homlogos durante a meiose (Meiose I)

10

Que crossing-over?

Uma forte correlao entre a frao de recombinao e a distncia em pares de bases O crossing-over ocorre quando existe troca de segmentos de cromossomos homlogos (ex, os cromossomos paternos e maternos)
11

A variao gentica devido a diferenas na seqncia de DNA

Os genes so uma sequncia de DNA (ex: AGTCTAGGGATTAGA) As diferenas genticas entre indivduos so devidas s diferenas na sequncia de DNA:
Animal 1 Animal 2 AGTCTAG AGTGTAG

As diferenas genticas so devido a variaes naturais na seqncia do DNA (polimorfismos) Nem sempre as diferenas a nvel gentica (DNA) determinam diferenas no fentipo
Depende se a variao estiver numa regio codificante Exon/Intron
12

Melhoramento gentico das caractersticas de interesse econmico

13

Antecedentes
Algumas caractersticas so controladas por poucos (um) genes
Cor da pelagem Algumas doenas genticas Dupla musculatura Presena de chifres

Fentipo= Musculatura dupla Gentipo=mm

Proc. Natl. Acad. Sci. USA.1997 94:1245712461

A maioria das caractersticas produtivas so controladas por vrios genes e por efeitos ambientais
- Muitos genes + efeito ambiental - Modelo infinitesimal (Fischer, 1918)
14

Melhoramento Gentico Tradicional

Pedigree

#Genes??

Mtodos estatsticos

- No sabemos que genes esto atuando - Estimamos o efeito acumulativo dos genes

Valor gentico aditivo (BLUP)

15

Impacto da seleo sobre as caractersticas produtivas

6 5 4 Peso vivo (kg) 3 2 1 0 0 10 20 30 40 Dias 50 60 70 80 90

Evoluo de peso de frangos de diferentes linhas e alimentados com diferentes dietas

Linha 2001 / Dieta 2001 Linha 2001 /Dieta 1957 Linha 1957 / Dieta 2001 Linha 1957 / Dieta 1957

Eficiencia de converso de frangos de diferentes linhas e alimentados mcom diferentes dietas

Linha 2001 / Dieta 2001

Linha 2001 / Dieta 1957 Lina 1957 / Dieta 2001 Linha 1957 / Dieta 1957

0 0 a 21 0 a 42 0 a 56 0 a 70 0 a 84

16

Mensagem I
A seleo depende da disponibilidade de registros fenotpicos Dependendo da herdabilidade da caracterstica pode fornecer uma idia ou no do valor gentico aditivo do animal As informaes de parentesco gentico aditivo so utilizadas para a estimao dos valores genticos
17

Limitaes da seleo tradicional

Seleo tradicional depende fortemente registros fenotpicos e resposta muito baixa para algumas caractersticas:
Caractersticas de difcil mensurao Caractersticas que so expressos tardiamente na vida do animal Caracteres limitados ao sexo Caractersticas de baixa herdabilidade
18

Resposta seleo
G: Progresso gentico anual i: intensidade de seleo r: acurcia de seleo a: desvio padro aditivo IG: intervalo entre geraes

19

Seleo assistida por marcadores

Este tipo de seleo utiliza a informao molecular obtida a partir dos marcadores em conjunto com os dados de produo fenotpicos e do pedigree para a seleo dos animais

Produo de leite

Valor Gentico

Anlise de DNA

20

Seleo assistida por marcadores (SAM)

Sem SAM

Com SAM

21 Dekkers and van der Werf, 2007

Deteco de genes de efeito maior (QTL)

Se temos informao sobre a localizao do QTL no genoma podemos:

Diminuir o intervalo entre geraes Aumentar a acurcia dos valores genticos Incrementar a resposta seleo Como encontrar os QTL?
1. -Mapeamento por ligao 2. -Abordagem de genes candidatos
22

Podemos observar diretamente os genes que afetam as caractersticas quantitativas?

Uso de marcadores moleculares

Localizar os genes que tem grande efeito sobre o fentipo Identificar diferentes alelos destes genes Permitem seguir ou rastrear a herana dos genes (ao longo das geraes)
23

Informao Molecular
Utilizao de marcadores moleculares na busca de QTL ou genes de efeito maior

QTL: regio do ADN que afeta uma caracterstica quantitativa QTL: Quantitative trait loci

24

O que um marcador molecular?

Sequncias (fragmentos especficos) de nucleotdeos (bases, DNA) associados com um ou mais genes
Possuem herana mendeliana Permite identificar a presena ou a posio de um gene de interesse Conhecendo a sua localizao podemos identificar animais geneticamente superiores
Na descendncia, as caractersticas de interesse, seguiram normalmente ligadas a marcadores moleculares.

Portanto, os indivduos podem ser selecionados com base na informao molecular, uma vez que indica a presena da caracterstica 25 desejada.

Tipos de marcadores normalmente utilizados

Hibridao RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism) Minissatlites VNTR (Variable Number of Tandem Repeats) Abundncia no genoma Amplificao de polimorfismo DNA Grau de RAPD Facilidade (Random Amplified DNA) e custoPolymorphic de genotipagem SCAR (Sequence Characterized Amplified Regions) ou ASA (Amplified Specific Amplicon) Microssatlites SSR (Simple Sequence Repeats) AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism)
Todos estes marcadores detectam polimorfismos atravs de diferentes tcnicas 26

Busca de QTL
O que necessitamos?
Uma populao de animais com gentipos dos marcadores e os fentipos para caractersticas relevantes

Princpios chaves na busca

Encontrar marcadores associados com diferenas nos fentipos O marcador est ligado com um QTL que determina as diferenas de fentipo
27

Exemplo:
Prognie de touros testados agrupados por seu gentipo para um SNP particular

Gentipo do marcador AA AC CC

Produo mdia de protena 20 15 10

Diferenas fenotpicas devem ser causada por um QTL ligado ao marcador

28

Uso de marcadores moleculares

Duas alternativas 1- DIRETAMENTE identificaram o gene de interesse

Marcadores diretos

29

Aplicao: Anlise de Genes Candidatos

Genes de funo conhecida relacionados com o desenvolvimento de uma caracterstica Principal vantagem prtica: no h necessidade de construo de famlias segregantes, podendo o efeito do gene candidato ser avaliado em qualquer populao (marcador direto) Outras Vantagens: Alto poder estatstico Ampla aplicabilidade Baixo custo e simplicidade

Desvantagem: Difcil de encontrar

regies candidatas
30 Dekkers and van der Werf, 2007

Etapas: Estudo de genes candidatos

1. Escolher os genes candidatos
2. Obteno de primers para amplificar o gene

3. Busca de polimorfismos
4. Associaes entre o gene candidato e o fentipo 5. Aplicao em larga escala na populao
31

Uso de marcadores moleculares

Duas alternativas
IMPORTANTE: Distncia entre marcador e a mutao

2- INDIRETAMENTE identificao de marcadores que esto prximos ao gene ou QTL de interesse

Marcadores indiretos

32

Porque que a distncia importante?

Um marcador gentico indireto (variantes A e B) ligado a um gene principal (variantes crculo e tringulo):
Se organizamos o smen deste touro obtemos:

Smen
Gametas recombinantes

Gametas no recombinantes

A distncia proporcional ao nmero de recombinantes

33

Mapeamento por ligao para deteco de QTL

Regies do cromossomo (annimas?) so associadas com a variao fenotpica
Essas regies desconhecidos levam genes que so

Utilizar marcadores de DNA (neutros) e estudar a associao entre as variantes allicas dos marcadores e a variao fenotpica
34

Mapeamento por ligao: LD e LE

Marcadores em loci diferentes se encontram em associao ao acaso (independentes) so ditos em estado de equilbrio de ligao (LE) na populao. Marcadores em loci diferentes no esto em associao ao acaso (no independentes) so ditos em estado de desequilbrio de ligao (LD) na populao.
35

Equilbrio de ligao entre marcador e QTL

Equilbrio de ligao: somente considera que existe LD dentro de famlias (grande regies), mas que diminui em poucas geraes por causa da recombinao

Desequilbrio de ligao entre marcador e QTL

O marcador esta em LD com o QTL em toda a populao. A associao entre o marcador e o QTL deve persistir vrias geraes (marcador e QTL muito prximos!)

36

3 TIPOS DE MARCADORES GENTICOS Marcadores diretos

Mutaes funcionais - Genes conhecidos

Marcadores LD

LD entre o marcador e a mutao na populao inteira

A fase de ligao ~ consistente atravs da populao

Marcadores LE

LE entre o marcador e a mutao na populao inteira

Touro 2 Touro 3 Touro 4

A fase de ligao no consistente para todas as famlias

Touro 1

37

Delineamentos experimentais para deteco de QTL

1. Cruzamentos entre linhas (endogamicas) ou raas diferentes 2. Populaes comerciais existentes (dentro de famlias) 3. Populaes comercias (sem informao de familias)

38

Delineamentos experimentais para deteco de QTL

1. Cruzamentos entre linhas (endogmicas) ou raas diferentes
- Raas que diferem na frequncia allica do marcador e da mutao
- Marcadores parentais e QTL fixados nas populaes

- Objetivo: Marcadores e QTL devem segregar - Cruzamento (F1) cria nveis elevados de LD na populao cruzada - O LD permite a deteco de QTL que esto a certa distncia do marcador (acurcia limitada)
39

Q M

Q M

q m

q m

F1

Q M

q m

Q M

q m

Separao do marcador (M) e o QTL (Q)

No Recombinantes Recombinantes

F2

q m

q Q m M

q Q m M

Q Q M M

q Q M m
40

Q M

Ou retrocruzamento

Anlises com marcadores individuais:

Grupo MM = + (1-r) Grupo Mm = + r

Diferena = (1-2 x r)

O efeito do QTL e a distncia ao marcador esto confundidos

41

Interval Mapping por Anlise de Regresso (Hailey and Knott, 1992)

Modelo de Regresso: y=+a+d+ ...+ a = aditividade
M1 QTL

d = dominncia
M2

42

Conceito de probabilidade condicional [P(Q|MiMj)]

P(Q|marcadores)] = XQ
P(Q|MN)] = 1- (r1r2/1- r12) P(Q|Mn)] = (r2- r1r2)/r12 P(Q|mN)] = (r1- r1r2)/r12 P(Q|mn)] = r1r2/(1- r12)
r12 = r1 + r2 2 x (r1r2)

r 1r 2

r1 r2

Q
N

43

Marcadores genticos
Dois possibilidades de gentipos do Se Se QTL

Colocando eles juntos com e

Modelo de regresso

44

Regresso por mapeamento por intervalo Estima a posio do QTL e o efeito separadamente

Modelo de regresso retro-cruza

A posio com o QMR ou o maior valor de F fornece a melhor estimativa de c1 e bq=(a+d)

Valor de F

Ajusta modelos para vrias posies do QTL

45
Posio cM

Delineamentos experimentais para Delineamentos experimentais para deteco de QTL deteco de QTL
2. Nas populaes comerciais existentes (dentro de famlias)
- Na populao os marcadores e o QTL esto em LE, mas dentro de cada famlia esto em LD -Delineamento de Netas -Delineamento de filhas -A fase de ligao entre os marcador e o QTL pode ser diferente em vrias famlias (Famlias de touros) -O LD permite a deteco de QTL que esto a certa distncia do marcador (acurcia limitada)
46

Delineamento de Netas (Granddaugther Design)

Q M

? ?

Q M

q m

q m

? ?
47

Delineamento defilhas (Daughter Design)

Q M

? ?

Q M

q m

q m

? ?

48

Poder dos delineamentos para deteco de QTL por ligamento depende:

Frao de recombinao Nmero de animais informativos para o marcador

Herdabilidade da caracterstica
Tamanho do efeito do marcador

Frequncia dos alelos do QTL

Nvel de significncia estabelecido (erro tipo I)
49

Mapeamento de ligao em populaes comerciais sem informao de pedigree

Alelos do marcador devem estar suficiente prximo do suposto QTL para os marcadores ser validos para toda a populao (dentro e entre famlias).
Mais prximo menos chances de crossing-over

Na pratica, baixa a chance de encontrar marcadores (poucos marcadores) o suficientemente prximo do QTL. Recentemente que temos a tecnologia disponvel para genotipar animais com milhares de marcadores (SNPs) ao mesmo tempo
50

Abordagens para a deteco de QTL

Genes candidatos inconvenientes
Assume que o gene responsvel pela expresso fenotpica de uma caracterstica Procura da mutao Nmero de genes candidatos muito grande Muito difcil escolher candidatos Pode haver mais de uma mutao que causa o efeito desejado

Mapeamento por ligao inconvenientes

Com marcadores ligados, as informaes sobre a ligao entre o marcador e o alelo QTL famlia especfica Essa fase de ligao tem que ser determinada pela genotipagem, pelo menos duas geraes
51

Banco de dados de QTL de animais Animal Quantitative Trait Loci (QTL) database (AnimalQTLdb)
At o momento, existem 5.920 QTL no banco de dados de 331 publicaes representando 407 caracteres em bovinos
Nmero de QTLs por Ano em que foram publicados em Gado de corte
1400 1200 Nmero de QTLs 1000 800 600 400 200 0 1992 1994 1996 1998 2000 2002 2004 2006 2008 2010

52 http://www.animalgenome.org/cgi-bin/QTLdb/BT/summary

Exemplos de marcadores em animais domsticos

Gado de leite Gado de corte
Aves Sunos Ovinos

Defeitos congnitos

Apariencia
Qualidade Leite Qualidade Carne

Doenas

Exemplos de marcadores em animais domsticos

Dekkers, 2004

Reproduo

Crescimento e composio
Produo Leite

53

54

A pesquisa at agora.........
Muitas regies de interesse tem sido encontradas

Nmero limitados identificados

de

genes

tem

sido

Principalmente genes de efeito maior Muitos genes de efeito menor / difceis de detectar

55

Distribuio dos efeitos dos QTL

Distribuio dos efeitos dos QTL para 34 caractersticas a de qualidade da carne e de carcaa. Dados de mapeamento de trs cruzamentos em sunos F2 .
Distribuio exponencial (linha pontilhada) Distribuio normal de mistura (linha cheia)
Nmero de QTL Densidade Efeito aditivo do QTL (desvio padro fenotpico) Efeito aditivo do QTL (desvio padro fenotpico)
J. Bennewitz & T.H.E. Meuwissen. The distribution of QTL additive and dominance effects in porcine F2 crosses. J. Anim. Breed. Genet. 127 (2010) 171179

Existem alguns casos, um nico gene pode ter um grande efeito sobre uma caracterstica quantitativa (ex: gene DGAT1): DGAT1 explicam 50% da variao gentica em % de gordura, mas no todos os QTL tm um efeito to grande
56

A pesquisa at agora.........
Custo da genotipagem

Dificuldade para incorporar as informaes

moleculares nas avaliaes genticas

Intervalos de credibilidade para mapear os QTL

Efeitos marcadores/QTL no so consistentes

57

Genotipagem em larga escala com painis de alta densidade

58

Novas oportunidades!

59

Genotipagem em larga escala

A sequncia de DNA para bovinos foi recentemente publicada (2009). a seqncia de DNA da vaca raa Hereford Dominette:

L1 Dominette 01449

3 milhes de pares de bases de DNA

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/genome/guide/cow/portal.html http://www.ensembl.org/Bos_taurus/index.html, 60 http://genome.ucsc.edu/ http://bovinegenome.org/

Marcadores SNPs
A Single Nucleotide Polymorphism, ou SNP ("snip")
Variao numa base individual, ou seja, uma base substituda por outra base Polimorfismo de nucleotdeos de base nica Um SNP que uma das letras (A, T, G, C) diferente, por exemplo, um T no lugar A. SNPs muito frequente no genoma (> 3 milhes no genoma bovino)
61

Genotipagem em larga escala

Atravs do sequenciamento do genoma tem permitido a descoberta de milhares de polimorfismos de base nica (SNPs)

Os marcadores SNP tem como base as alteraes mais elementares da molcula de DNA

62

Marcadores SNPs
SNPs muito frequente ---> construo de mapas densos de marcadores Alguns SNPs funcionalmente relevantes ---> variaes para doenas ou fentipos complexos Os SNPs so mais estveis (menor taxa de mutao) Genotipagem de forma altamente automatizada (muita informao!!)

1 1985

10K 2000

50K 2003

500K 2005

1000K 2008

SNPs Ano

63

Descoberta dos SNPs

Vaca Dominette L1

64 Matukumalli, 2007

Descoberta dos SNPs

65 Matukumalli, 2007

Uma revoluo na tecnologia gentica molecular

66

Consrcios vem desenvolvendo painis de Genotipagem para vrias espcies

67

BovineHD BeadChip
O BovineHD beadchip possui mais de 777 mil SNPs espaados em todo o genoma bovino. A leitura do Beadchip realizada atravs do iScan.

69 http://www.illumina.com/products/bovinehd_whole-genome_genotyping_kits.ilmn

Variao do BovineHD Beadchip

SNPs informativos em muitas raas e cruzas

70
http://www.illumina.com/products/bovinehd_whole-genome_genotyping_kits.ilmn

Infinium II assay protocol

71 http://www.illumina.com/Documents/products/workflows/workflow_infinium_ii.pdf

Aplicao dos polimorfismos de base nica (SNPs)

Uso de painis de alta densidade de SNP para o melhoramento de animais e plantas:
Estrutura gentica de diferentes populaes Estimar o grau de diversidade e divergncia gentica entre e dentro de populaes Identificar e localizar regies no genoma sujeitas seleo Mapeamento do genoma amplo (estudo de associao) Estimar o valor gentico dos animais a partir de dados genmicos (seleo genmica)
72

Em definitiva ....
Maior proporo do genoma coberta:
Nmero suficiente de marcadores Maior desequilbrio de ligao entre os marcadores

Maiores chances de encontrar caractersticas produtivas.

QTL

associados

Maior proporo da varincia gentica explicada pelos marcadores SNPs O desequilbrio de ligao importante nos estudos de associao ampla e seleo genmica
73

Desequilbrio de ligao

74

Desequilbrio de ligao(Linkage Disequilibrium) (LD)

Definio: Ocorre quando dois genes esto suficientemente prximos no genoma que a recombinao durante a meiose entre eles rara, e os segmentos do cromossomo so conservados de uma gerao para a outra.
A B a B

X
X a b A b

75

Desequilbrio de ligao LD
um conceito estatstico
O desequilbrio de ligao a medida estatstica da associao entre alelos de diferentes locos

Descreve a associao no-aleatria de dois loci no mesmo cromossoma LD diminui na medida que a distncia entre os loci aumenta

Est distribudo de maneira heterognea pelo genoma

LD determinado pela historia da populao e pela densidade e tipo de marcadores
76

Desequilbrio de ligao
LD muito varivel +++ distncia curtas

(r2) Desequilbrio de ligao

Distncia entre 2 SNPs adjacentes

77

Exemplo: caso bi-allico

Loco 1 e loco 2, com alelos A, a, e B, b
1. 2. 3. 4. 5. AABB aaBb aabb AABb AABb

Portanto, as frequncias allicas so:

p(A)=0.6 p(a)=0.4 p(B)=0.5 p(b)=0.5
78

Exemplo: caso bi-allico

se independente, p(AB)=0.3 p(ab)=0.2 (HW) A proporo esperada :
B b Na realidade: B b A AB (0.4) Ab (0.1) a aB (0.2) ab (0.3)
79

A AB (0.3) Ab (0.3)

a aB (0.2) Ab (0.2)

Mais AB e ab do que o esperado

Definies de LD Por que precisamos de definir e medir LD?

Seleo genmica e mapeamento marcadores estejam em LD com QTL exigem que

Determinar o nmero de marcadores necessrios para mapeamento por LD e/ou seleo genmica

Parmetro determinante do poder de mapeamento para detectar QTL atravs de LD

Acurcia dos valores genmicos (GEBV)
80

Definies de LD Quantificar o LD:

D = freq(A1_B1)*freq(A2_B2) - freq(A1_B2)*freq(A2_B1)
Desvio das frequncias observadas em relao s esperadas Altamente dependentes de frequncias allicas ou a histria da populao No apropriado para comparar LD em locais diferentes

81 Hill (1981)

Definies de LD
Exemplo:

D = freq(A1_B1)*freq(A2_B2)-freq(A1_B2)*freq(A2_B1) D = 0.4 * 0.4 - 0.1 * 0.1 D = 0.15

82

Definies de LD
r2= D2 / [freq(A1)*freq(A2)*freq(B1)*freq(B2)]
r2 coeficiente de determinao Mais apropriado pelo fato de apresentar melhores propriedades estatsticas Facilidade de interpretao (varia de 0 a 1) O r2 entre um marcador (M) e um QTL (Q) a proporo da varincia de QTL que pode ser explicada pelo marcador se de varincia devido a um QTL 200kg2 e r2 entre marcador e QTL de 0,2, a variao observada no marcador 40kg2

83
Hill e Robertson (1968)

Definies de LD
Outra estatstica LD D' D ' =|D|/Dmax Onde
Dmax = min[freq(A1)*freq(B2),(1-freq(A2))(1-freq(B1))] se D>0, ou Dmax = min[freq(A1)(1-freq(B1),(1(freq(A2))*freq(B2)] se D<0.

Valor estandardizado de D para o valor mximo que este pode atingir Superestima LD em baixas freqncias allicas e com tamanho da amostra reduzido
84 Leowontin (1964)

Desequilbrio de ligao

Estimativas de D e r2 para duas populaes de bovinos da raa Holandesa (Dutch Black and White Dairy )
85

Medidas multi-alelicas de LD
Medidas multi-alelicas de LD r2 til, fcil de calcular e muito utilizado
Existem estatsticas equivalentes para locos com alelos mltiplos (microsatellites) (Zhao et al., 2005)

Formula:

2 k m D 1 ij 2' (l 1) i 1 j 1 freq ( Ai ) freq ( B j )

and Dij freq ( Ai _ B j ) freq ( Ai ) freq ( B j ) , freq(Ai) a frequncia do alelo ith no marcador A, freq(Bj) a frequncia do alelo 2' 2 jth no marcador B, e l o nmero mnimo de alelos no marcador A e B. Para marcadores bi-allicos, r

86
Zhao, H., et al. 2005 Evaluation of linkage disequilibrium measures between multi-allelic markers as predictors of linkage disequilibrium between markers and QTL. Genet. Res. 86: 7787

Medidas de LD multi-locus
Um segmento do cromossomo ancestral conservado na populao atual

Segmento cromossmico homozigoto (CSH) = Probabilidade de dois segmentos de cromossomos extrados da populao ao acaso so derivados de um ancestral comum
87 Ben J. Hayes, Peter M. Visscher, Helen C. McPartlan, et al. Genome Res. 2003 13: 635-643

Definies de LD
A probabilidade de que os dois hapltipos sejam idnticos em estado (IBS) a homozigose do hapltipo (HH). Dois hapltipos podem ser de duas maneiras IBS: 1. Os dois segmentos so descendentes de um ancestral comum, sem intervir recombinao, por isso so idnticos por descendncia (IBD) 2. Os dois hapltipos idnticos por estado, mas no IBD. A probabilidade de (1) CSH. Para dois loci:
HH CSH (HomA CSH)(Hom B CSH) 1 CSH

Esta equao pode ser resolvida para CSH quando a HH e homozigose do marcador individual so observados a partir dos dados.
88 Ben J. Hayes, Peter M. Visscher, Helen C. McPartlan, et al. Genome Res. 2003 13: 635-643

Definies de LD

CSH e r2 estimados do conjunto de dados simulados. Os resultados so calculados sobre todas as regies do hapltipo de um determinado comprimento e mais de 200 repeties

Coeficiente de variao para r2 e CSH em uma populao simulada, sobre regies hapltipos do mesmo comprimento, atravs de 200 repeties. H um marcador a cada 0,01 M.

89 Ben J. Hayes, Peter M. Visscher, Helen C. McPartlan, et al. Genome Res. 2003 13: 635-643

LD continuamente alterada pela recombinao

c =taxa de recombinao

Meiose

Gametas

Gametas

frequncia

frequncia

90

Diminuio do LD por recombinao

Generao
91

LD continuamente alterada pela recombinao: como LD mudam com o tempo? Seja r0 = frequncia de hapltipos A1B1 na gerao 0, portanto D0 = r0 pA1pB1

Qual a frequncia de hapltipos A1B1 na gerao 1?

Assim, a frequncia de A1B1 gametas produzidos pela gerao 0 : r1 = r0(1-c) + pA pB c D1 = r1-pApB = r0(1-c)+pA pBc-pA pB = = r0(1-c)-pA pB(1-c) = (r0+ pA pB)(1-c) = D0(1-c) D2 =D1(1-c) ={D0(1-c)} (1-c) = = D0(1-c)2
Dt = D0(1-c) t D = 0

Queda LD por recombinao ocorre mais rapidamente quando loci esto mais afastados. Como, gerao:
D2 r p A q A PB qB
2

, LD medida pelo r2 ir declinar a uma taxa de (1-c) 2 por r2t = r20(1-c) 2t

92

Estimativa Ne histricos a partir da LD a uma determinada distncia

c= tamanho do segmento do cromossomo (Morgans) Ne=tamanho efetivo da populao t = 1/(2c)

0.35

Ne=100
(CSH) Linkage disequilibirum de ligao (CSH) Desequilbrio

0.3 0.25 0.2 0.15 0.1 0.05 0 0 1

Ne=1000

Onde t = 1/(2c) geraes atrs:

-por exemplo, marcadores separados a 0,1 M (10cM), reflete o tamanho da populao de 5 geraes atrs -Marcadores espaados a 0,001 (0,1 cM) de distncia refletem tamanho efetivo da populao 500 geraes atrs

2 3 4 Length of chromosome segment (cM) Tamanho do segmento cromossmico (M)

93
Hayes et al., 2003

Conservao de segmentos de cromossomos

Haplotipo

Tamanho dos segmentos conservados depende de quanto tempo atrs foi criado o LD: Maior nmero de geraes mais curtos os segmentos Segmentos ou hapltipos curtos mais antigos Segmentos ou hapltipos longos mais novos
94

Desequilbrio de Ligao e recombinao

A magnitude da LD depende da recombinao recente e daquela que aconteceu vrias geraes atrs Mudanas recentes e no passado do tamanho da populao afetam o LD:
- LD em distncias curtas reflete o tamanho efetivada populao muitas geraes atrais (No passado) - LD em distncias mais longas reflete a histria da recentemente (Hoje ou poucas geraes)
c= tamanho do segmento do cromossomo (Morgans) Ne=tamanho efetivo da populao t = 1/(2c)

populao

95

Efeito do nmero de geraes sobre o LD entre loci localizados a diferentes distncias

Geraes de recombinao

Distncia (cM)

96

Desequilbrio de ligao e tamanho da populao

CSH (LD) para diferentes comprimentos de cromossomos (dada a taxa de recombinao) para as populaes: A. aumento linear no tamanho da populao, a partir de N = 1000 N = 5000 em 100 geraes B. Decrscimo linear no tamanho da populao, a partir de N = 1000 N = 100 por 100 geraes.

97
Ben J. Hayes, Peter M. Visscher, Helen C. McPartlan, et al. Novel Multilocus Measure of Linkage Disequilibrium to Estimate Past Effective Population Size Genome Res. 2003 13: 635-643

Tamanho efetivo populacional ao longo da histria da populao, estimada a partir do r2 mdia a diferente distncias entre marcadores, para touros da raa Holstein preto e branco da Holanda (HF_NLD), Holstein vermelho e branco da Holanda(RW_NLD), Holstein da Australia(HF_AUS), Angus da Australia (ANG_AUS), Holstein da Nova Zelndia (HF_NZL), e Jersey da Nova Zelndia (JER_NZL). Os pontos de dados foram baseadas em pelo menos 400 pares marcador.
A. P. W. de Roos, B. J. Hayes, R. J. Spelman and M. E. Goddard. Linkage Disequilibrium and Persistence of Phase in HolsteinFriesian, Jersey and Angus Cattle. Genetics 179: 15031512, 2008.

Tamanho efetivo da populao estimada para residentes de Utah (A) e vrias regies da frica (B) . Para cada cromossomo e para cada par de SNP (0,001 espaamento cm), Ne foi estimada a partir da r2, usando E (r2) = 1 / (1+ 4Nec). O nmero de geraes no passado foi calculada como 1 / (2c), e foi truncada em 5000. O tamanho efetivo populacional aumentou dramaticamente nas ltimas geraes ~ 1000 98 (20.000 anos), a partir de um tamanho razoavelmente constante ancestral de ~ 2500 (Utah) e ~ 7000 (frica).
Albert Tenesa, Pau Navarro, Ben J. Hayes, et al. Recent human effective population size estimated from linkage disequilibrium Genome Res. 2007 17: 520-526

Mecanismos que geram LD

Fatores recorrentes - operam para criar LD cada gerao:
a. DERIVA - em pequenas populaes - por acaso ou por amostragem, os hapltipos transferidos para a prxima gerao no esto nas frequncias LE b. MIGRAO PERIDICA - Mistura de populaes nas quais ocorrem hapltipos em frequncias diferentes (por exemplo, Pr (A1B1) = 1 para o pop. 1 e 0 para o pop. 2) - Cruzamentos entre raas diferentes c. SELEO- determinados hapltipos podem ser selecionados, aumento na freqncia - Seleo tambm cria LD entre locos que so selecionados mediante
99 Goddard and Meuwissen (2005)

Mecanismos que geram LD

Fatores pontuais funcionam apenas esporadicamente ao longo do tempo para criar LD

a. Mutao - ocorre em um hapltipo especfico, que ento nico hapltipo que contm a mutao, resultando ser no LD com a mutao.
b. Mutao+Seleo (Natural ou Aritificial)

100 Goddard and Meuwissen (2005)

Processos que originam LD

Deriva aleatria/ populao pequena
M
M m m M Q q Q Q m M M Q

q m
q q

M m q

Q m q Q q

M
m

Q
q

M m

Amostragem de gametas

101

Processos que originam LD

Linha Consaguinea I
M M M Q Q Q M Q

Linha Consaguinea II

Cruzamento
m q m
m m m M m M m Q q m M q
102

M
M

Q
Q Q

X
Q q M Q

m m

q q

q
q q

F1

Delineamento F2
Linhas parentais

F1 F2

103

Processos que originam LD

Mutao e Seleo
m
M m m q q q M M m Q M

q m
q q

Q M Q q q

Seleo

m
m

q
q

M m Q

Alelo QTL perto do marcador (M) mutou de q para Q, e a seguir aumentou a frequencia por: Deriva aleatria Ou seleo para Q (Seleo por barrida Selection sweeped)=Bloco entorno de Q em LD
104

 Em populaes de animais, o tamanho da populao finita geralmente apontada como a principal causa da LD. Isso ocorre porque:
Tamanhos efetivos de populao de animais so relativamente pequenos, gerando quantidades relativamente grandes de LD
LD devido ao cruzamento (migrao) grande quando o cruzamento ocorre entre linhas puras, e desaparece depois de apenas um nmero limitado de geraes mutaes so susceptveis de ter ocorrido h muitas geraes enquanto a seleo provavelmente uma causa muito importante de LD, o seu efeito tende a ser localizada ao redor de genes especficos (assinaturas de seleo), T Tem um efeito relativamente pequeno sobre a quantidade de LD "mdia" sobre o genoma
105

Mutao+Seleo
Mutao Gerao 1

Gerao 2

Seleo

Gerao 3

Seleo

106

Mutao (q --- > Q) ocorreu em hapltipo marcador:

Muitas geraes
+ Seleo para Q

de recombinao

Seleo em Q --> Varredura seletiva= bloco LD em torno de Q

107

Caracterizao do desequilbrio de ligao do genoma de duas linhas de seleo divergente de vacas leiteiras

Average linkage disequilibrium (r2) between SNP loci situated within 1 million base (1 Mb) intervals, by chromosome number; CON = control, SEL = select line of cows.

108

Efeito localizado da seleo sobre determinadas regies do genoma

Assinaturas de seleo podem ser identificadas pela comparao de LD em torno de um alelo selecionado em relao ao alelo no-selecionado Em populaes de animais, a identificao de assinaturas de seleco no genoma devem ser associadas com caractersticas de produo (identificao de QTL)

Alelos selecionados devem aumentar a frequncia na populao em torno de um segmento do cromossomo

109 Voight et al. A Map of Recent Positive Selection in the Human Genome. PLoS Biol 4(3): e72, 2006

Efeito localizado da seleo sobre determinadas regies do genoma

Uma abordagem comparar o LD em torno do alelo selecionado para o alelo no-selecionados A seleo provoca um aumento rpido e incomum na frequncia de alelos em determinada regio Homozigose do Hapltipo (eHH): A maior homozigose do hapltipo na populao maior quantidade de animais compartem a mesma combinao de alelos. Comparar o eHH entre populao controle e selecionada.
110

Efeito localizado da seleo sobre determinadas regies do genoma

Ao comparar o grau de homozigose do hapltipo em hapltipos que possuem o alelo primitivo (ancestral) e o selecionado - a presena de uma diferena anormal na homozigose entre os dois alelos pode ser um indicador de seleo (assinatura de selo)

Magnitude de eHH em dados simulados para um alelo na freqncia 0,5

111 Voight et al. A Map of Recent Positive Selection in the Human Genome. PLoS Biol 4(3): e72, 2006

iHS
Escore de Integrao dos Haplitpos (iHS): para detectar assinaturas muito recentes de seleo, em favor dos alelos do SNP que ainda no atingiram a fixao iHH: Integral de eHH

A: alelo primitivo, D: alelo selecionado

If <<0: maior chance de encontrar uma assinatura de seleo (maior eHH) If >>0: menor chance de encontrar uma assinatura de seleo (menor eHH)

Standardized expectation and standard deviation are estimated from the genome-wide empirical distribution, so iHS signals from different SNPs are directly comparable regardless of the allele frequencies at those SNPs

112 Voight et al. A Map of Recent Positive Selection in the Human Genome. PLoS Biol 4(3): e72, 2006

Assinaturas de seleo de bovinos no cromossomo 6

Investigar as assinaturas seleo no cromossomo 6 de bovinos leiteiros da raa Vermelha Norueguesa 403 SNPs foram genotipadas no BTA6 em 18 famlias de meios-irmos paternos Escores do IHS foram calculados para os SNPs do BTA6 O maior cluster dos escores do IHS extremos foi no intervalo de 35 36.5Mb
10 9 8

Standardized |iHS|

7 6 5 4 3 2 1 0 0 20 40 60 80 100 120

Este intervalo contm um QTL com grande efeito sobre o % de protena (Olsen et al. 2005)

Position (Mb)

Em populaes de animais altamente selecionados, a deteco de assinaturas de seleo pode revelar QTL para caractersticas produtivas
113 Hayes, B. et al. The origin of selection signatures on bovine chromosome 6. Animal Genetics, 39, 105111, 2008

Efeitos do MAF na magnitude da LD em milho

Estimativa mdia para LD para trs nveis de frequncia do alelo menor (MAF)

114
(Yan et al., 2009) Genetic Characterization and Linkage Disequilibrium Estimation of a Global Maize Collection Using SNP Markers. PLoS ONE 4(12): e8451. doi:10.1371/journal.pone.0008451

Tamanho da amostra sobre o LD estimado

- 632 linhas de milho - As estimativas mdias do LD so agrupadas em todos os cromossomos, e seis diferentes tamanhos de amostra usando SNPs com MAF superiores a 0,05.

Estimativa mdia de LD para diferentes distncias fsicas para seis diferentes tamanhos de amostra (25, 50, 100, 200, 400 e 632).
115
(Yan et al., 2009) Genetic Characterization and Linkage Disequilibrium Estimation of a Global Maize Collection Using SNP Markers. PLoS ONE 4(12): e8451. doi:10.1371/journal.pone.0008451

LD em populaes de plantas, animais e humanos

116

LD em plantas
- Illumina GoldenGate Ensaio com 1.536 SNPs em Milho -632 linhagens de milho de clima temperado, tropical e subtropical

LD em 10 cromossomos do milho medidos com 914 SNPs. S SNPs com uma freqncia do alelo menor (MAF) maior do que 0,05 so mostrados.

Estimativas mdias da LD em diferentes distncias fsicas para subgrupos tropicais e temperados de milho. As estimativas mdias do LD so agrupados em todos os cromossomos, e dois subgrupos (A = tropicais, temperadas= B).

117
(Yan et al., 2009) Genetic Characterization and Linkage Disequilibrium Estimation of a Global Maize Collection Using SNP Markers. PLoS ONE 4(12): e8451. doi:10.1371/journal.pone.0008451

Anlise de LD em vrias espcies de mamferos

A total of 1,546 Holstein Friesian bulls were genotyped for 15,036 SNPs. A subset of 1,000 bulls (called the reference sample) was selected for LD analysis based on minimizing their pedigree relationship with each other. Data on 2202 mice genotyped for 13,459 SNPs from the intercrossing of 8 inbred lines to create a population maintained for 50 generations of pseudo-random mating and referred to as heterogeneous stock mice.

Data on 537 participants genotyped for 408,000 SNPs. A sample of 1500 SNPs on one chromosome (HSA15) was selected for estimation of LD parameters and comparison to mouse and cattle.

Mean LD estimates at different physical distances in cattle, mouse and human

118

Desequilbrio de ligao do genoma em bovinos

Em sunos maiores nveis de LD (100kb r2=0,37)

Valores de desequilbrio de ligao (r2) mdios para cada raa.

119 (Mc Kay et al., 2007)

Average r2 values for inter-marker distances <1 kb for each breed and chromosome. Data are not presented for breed by chromosome combinations for which there were less than 5 informative locus pairs (BTA19)

120

Resultados de LD em Nelore com o BovineHD

BTA1
0,5

BTA2

BTA3

BTA4

BTA5

BTA6

BTA7

BTA8

BTA9

BTA10

BTA11

BTA12

BTA13

BTA14

0,4

0,3

Mean values of r2 per chromosome according to distance between markers

r2
0,2 0,1 0 0 to 0.99 1 to 1.99 2 to 2.99 3 to 3.99 4 to 4.99 5 to 9.99 10 to 19 20 to 29 30 to 39 40 to 49 50 to 59 60 to 69 70 to 79 80 to 89 90 to 100

Distance between markers (kb)

BTA16
0,5

BTA17

BTA18

BTA19

BTA20

BTA21

BTA22

BTA23

BTA24

BTA25

BTA26

BTA27

BTA28

BTA29

0,4

0,3

r2
0,2 0,1 0 0 to 0.99 1 to 1.99 2 to 2.99 3 to 3.99 4 to 4.99 5 to 9.99 10 to 19 20 to 29 30 to 39 40 to 49 50 to 59 60 to 69 70 to 79 80 to 89 90 to 100

Distance between markers(kb)

121

Desequilbrio de ligao e persistncia da fase em bovinos Holstein-Friesian, Jersey e Angus

Mdia de desequilbrio de ligao (r2) como funo da distncia entre os marcadores para touros da raa Holstein preto e branco da Holanda (HF_NLD), Holstein vermelho e branco da Holanda(RW_NLD), Holstein da Australia(HF_AUS), Angus da Australia (ANG_AUS), Holstein da Nova Zelndia (HF_NZL), e Jersey da Nova Zelndia (JER_NZL) para distncias entre 0 e 100 kb, e entre 100 e 1000 kb

122 De Roos et al. (Genetics 2009)

Persistncia do LD entre raas

Pode o mesmo marcador ser usado em diferentes raas?
Avaliao da consistncia do LD entre SNPs em vrias raas
Comparar r2 entre os mesmos pares de SNPs em diferentes raas

O LD (r2) entre dois alelos SNPs em raas diferentes pode ser o mesmo, mas a fase de ligao entre os marcadores e QTL ser diferentes
Utilizao da correlao (corr(r1,r2)) entre alelos do SNP ao invs dos quadrados de correlao (r2)
123

Persistncia de entre raas Persistence of LDLD across breeds

Trs Raas com diferente fase de ligao

A fase de ligao pode variar entre as raas Na raa A, o alelo G do SNP ser herdado, juntamente com o alelo '+' para a caracterstica e do alelo "T" com o alelo - para o carter . Na raa B esse padro invertido e na raa C o gene da caracterstica no polimrfico.

124

Persistncia de LD entre raas

Raa 1
Marcador A
Marcador B
Frequencia

Frequencia

Raa 2
Marcador A Marcador B
Frequencia

Frequencia

Raa 3
Marcador B

Marcador A
Frequencia

Frequencia

125

Correlao entre o Desequilbrio de ligao em bovinos HolsteinFriesian, Jersey e Angus

Correlao (r1,r2)

Distncia entre os marcadores

Correlaes entre de LD diminui com a distncia ---->maior recombinao Correlao r entre as populaes em funo da distncia genmica, para

Uma alta correlao significa que espera-se que os efeitos dos SNP persistem atravs das raas
126 De Roos et al. (Genetics 2009)

touros Holstein-Friesian Holands (preto HF_NLD), para touros Holstein-Friesian Holands (vermelho RW_NLD), touros Holstein-Friesian australiano (HF_AUS), touros Angus australiano (ANG_AUS), vacas Holstein-Friesian da Nova Zelndia (HF_NZL), Jersey da Nova Zelndia (JER_NZL).

Genome-Wide Survey of SNP Variation Uncovers the Genetic Structure of Cattle Breeds. The Bovine HapMap Consortium. Science 324, 528 (2009)

Correlao entre os valores de r entre as raas (entre pares de SNPs ANG = Angus, RGU = Red Angus, HOL = Holandesa, Vermelho = NRC 127 norueguesa, JER = Jersey, Guernsey GNS = DH = CHL, Hereford = Charols, Limousin LMS = = BSW Pardo Suo, PMT = piemonts RMG, = Romagnola , BMA NDA = N'Dama, Beefmaster = = BET Santa Gertrudis, BRM SHK = sheko, Brahman = NEL, = Nelore, Gir = Gir

Correlao entre os valores de r em duas linhas de seleo divergente de vacas leiteiras

Correlation of linkage disequilibrium (r2) calculated between the control and select lines of cows by distance (million bases, Mb) between SNP pairs (solid line); dotted line represents overall LD correlation between the 2 lines.
128

Para diversas finalidades, importante saber persistncia da fase de LD atravs das populaes

A falta de persistncia da fase entre duas populaes pode explicar porque os marcadores que foram descobertos em uma populao no pdem ser confirmados em uma segunda populao Predizer a densidade de marcadores necessrios para mapeamento de preciso, para um estudo de associao de genoma amplo, ou seleo genmica Na seleo genmica utilizar a mesma equao de predio para as duas populaes

y b1 x1 b2 x2 .......bn xn

129

Persistncia de LD entre raas

As correlaes entre LD esta relacionado com o nmero de geraes na qual as linhas/raas foram separadas
mais geraes de separao maior diminuio da LD por recombinao LD menos consistente

Raas que divergiram recentemente tm boas perspectivas de um marcador encontrado em uma raa ser utilizado na outra raa. Raas mais distantes, sero necessrios mapas de marcadores muito mais densos para encontrar marcadores que podem ser utilizados atravs das raas (Bovine HD??). Importante em populaes multi-raciais
130

Estratgias para a inferncia dos hapltipos

131

Estratgias para a inferencia dos haplotipos

O genoma composto por regies de alto LD intercaladas com regies de baixa LD; reas com alta LD apresentam altos ndices de conservao. Estas regies objeto de estudos na busca por SNPs;

132

Estratgias para a inferncia dos haplotipos

Definio: Um conjunto de marcadores genticos ligados
intimamente presentes em um cromossomo, que tendem a ser herdados juntos (no so facilmente separveis por recombinao).
Animal 1 tem o hapltipo gc ca Animal 2 tem o hapltipo cc ga
Animal 1 Chromosome 1 Animal 1 Chromosome 2 Animal 2 Chromosome 1 Animal 2 Chromosome 2

ataagtcgatactgatgcatagctagctgactgacgcgat ataagtccatactgatgcatagctagctgactgaagcgat ataagtccatactgatgcatagctagctgactgacgcgat ataagtcgatactgatgcatagctagctgactgaagcgat

Estatisticamente, os hapltipos so um conjunto de alelos de locos vizinhos e tm significado biolgico

133

Exemplo: um indivduo com gentipo A1A2 e B1B2 nos loci A e B, pode ter as seguintes combinaes de pares de hapltipos (separados por /): A1B1 / A2B2 : alelos A1 e B1 recebeu de um dos pais e A2 e B2 do outro pai A1B2 / A2B1 : alelos A2 e B1 recebeu de um dos pais e A2 e B1 do outro pai

A relao entre as frequncias de hapltipos e as frequncias dos alelos que compem cada hapltipo depende se os alelos nos dois locos so dependentes ou independentes

134

Principais vantagens e problemas do uso de hapltipos

Aumento do poder do teste em comparao com a anlise de um nico locus
Densidade dos marcadores

Imputao de gentipos faltantes Inferncia dos haplotipos

Mtodo para inferncia dos haplotipos Incerteza na estimao dos Hapltipos
Algoritmos para estimao dos hapltipos esto sempre sujeitos a erros

Minimizar falsas construes de hapltipos

Maior nmero de efeitos a serem estimados

Exemplo 2 marcadores bi-allicos 1_1 ; 2_2; 1_2; 2_1 Haplotipos em baixa frequencia ou raros
135

Estratgias para inferir os haplotipos

Em famlias de meio-irmos
Quais dos alelos recebidos do pai ocorrem com maior frequncia na prognie Hapltipo da me obtido subtraindo o hapltipo do pai na prognie

Pedigrees complexos
No todos os indivduos so genotipados Muito trabalhoso, menos informao por pai, marcadores perdidos, consanguinidade, etc. Um grfico de ascendncia gentica especifica os caminhos de fluxo gnico SimWalk
136

Estratgias para inferir os haplotipos

Amostra aleatria de indivduos de uma populao
Inferir os haplotipos a partir dos dados utilizando o LD e a frequncia allica
PHASE (Stephens et al., 2001)
Utiliza as informaes a priori das frequncias allicas, frequncias dos hapltipos e LD O mtodo de reconstruo dos hapltipos considera que os hapltipos so variveis aleatrias e visa obter a distribuio condicional de probabilidade de cada hapltipo, tendo em considerao os dados do gentipo. Uma caracterstica interessante do algoritmo que uma probabilidade aproximada de cada hapltipo ser correto para cada animal pode ser obtida a partir da distribuio posterior das estimativas. Estas probabilidades podem potencialmente ser usadas no processo de mapeamento de QTL
137

Consideraes finais
A utilizao das informaes moleculares atravs da genotipagem em larga escala, utilizando painis de marcadores (SNPs) de alta densidade, para o melhoramento gentico de espcies de animais domsticos uma realidade em muitos pases

O atual nvel desequilbrio de ligao na populao consequncia de vrios fatores que atuaram sobre a populao ao longo das geraes O desequilbrio de ligao entre os marcadores fundamental nos estudos de associao ampla e seleo genmica
138