Juana Cabanes

PRACTICAS DE BIOQUMICA ESTRUCTURAL Curso 2012-2013 PROTEINAS: CDIGOS DE PROTENAS

1AMK Que protena es? Triosa fosfato isomerasa Cuntas cadenas tiene? 1 cadena Tiene -hlices? Marcadas en rojo

Tiene lminas ? Son paralelas o antiparalelas? Marcadas en azul Son paralelas, ya que todas las laminas estn orientadas en la misma direccin.

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Cul es su grupo hetero? cido 2-fosfogliclico

Que tipo de plegado presenta? Marcar las principales caractersticas de este plegado Presenta un plegado Barril alfa/beta, en los que las laminas situadas paralelamente forman un cilindro y estn rodeadas por las hlices alfa en posicin paralela al eje del cilindro. Las hlices alfa salen hacia el exterior, estando acunadas en las laminas beta.

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Se une el ligando en algn sitio caracterstico del plegado? Marcarlo Se une a los loops perifricos de un lado del barril, marcados en rojo.

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1HET : Plegado de Rossman

Que protena es? Cadena E alcohol deshidrogenasa. Cuntas cadenas tiene? Dos cadenas. Tiene -hlices? Marcarlas Se sitan a los lados de las laminas beta, marcadas en rojo.

Tiene lminas ? Son paralelas o antiparalelas? Marcarlas Las laminas beta paralelas (en la misma direccin) se sitan formando una fuente, de forma que un ligando puede colocarse en la parte superior.

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Cul es su grupo hetero? Nicotinamida-adenina-dinucleotido. Que tipo de plegado presenta? Marcar las principales caractersticas de este plegado Presenta un Plegamiento de Rossman (Alfa/Beta abierto), en la que hay laminas beta situadas paralelamente formando un core, el cual est rodeado por hlices alfa situadas paralelamente a dichas laminas, estabilizadas al formar un core hidrofbico. Se une el ligando en algn sitio caracterstico del plegado? Marcarlo e indica entre que hebras se encuentra. Se une a la regin C-terminal de las hebras B paralelas del plegado de Rossman (rodeado en rojo)

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2BNH: Herradura con repeticiones de Leu Que protena es? Inhibidor de Ribonucleasa de Porcino. Cuntas cadenas tiene? Tiene una cadena. Tiene -hlices? Marcarlas

Tiene lminas ? Son paralelas o antiparalelas. Marcarlas Todas las lminas Beta son paralelas.

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Que tipo de plegado presenta? Presenta un plegamiento Alfa/Beta abierto Repeticiones ricas en Leu, con forma de herradura. Marcar los residuos de Leu como bolas y bastones y dibujarlos como Spacefill 50%Van der Waals. Donde aparecen las interacciones? Contribuyen a dar estabilidad al plegado? Por qu? Aparecen interacciones entre las laminas B y las Helices alfa situadas paralelamente, incluso entre unas helices alfa y otras. Forman un core hidrofbico que da una gran estabilidad al plegamiento, ya que aislan las Leu del disolvente.

Marcar los residuos de Cys. Tiene muchos o pocos? Por qu? Tiene muchos, ya que tiene enlaces disulfuro. Sirven para que cuando se rompan dichos enlaces, la actividad inhibidora de ribonucleasa se active.

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2PRN Que protena es? Porina de Rhodobacter blasticus Cuantas subunidades tiene? Est formado por tres subunidades. Que tipo de plegado presenta? Plegamiento de Barril Beta Up-and-down Qu se observa en el centro del barril? Mrcalo y copia un dibujo en el que se distinga bien. Se puede ver un loop en el interior.

Marca en el loop aminocidos caractersticos.

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1MWE : -Propeller Que protena es? Neuraminidasa del Virus Influenza Cuntas cadenas tiene? Est compuesto por cuatro monmeros de una sola cadena. Tiene -hlices? S, tiene tres, marcadas en rojo.

Tiene lminas ? Son paralelas o antiparalelas? Para poner cada lmina de un color. Lminas:(C278-I317) (C230-L268) (W178-T217) (P120-G177) (N359S404) Si, tiene 6, todas antiparalelas.

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2H13: -Propeller Que protena es? Es una Metil transferasa de Histona 3 Dibujarlo como arco iris

Dnde aparecen el extremo amino y carboxilo? Por qu? Aparecen en la misma lamina, dando as lugar a que se forme una lamina empezando por la hebra cercana al ncleo, siga hasta la ms externa y vuelva a empezar por la prxima al centro. Marcar W y D se repiten en algn sitio particular? Por qu? Se repite la secuencia, para as facilitar el giro de la cadena y permitir acoplar la cadena en la posicin 1 (cerca del centro) desde la posicin 4.

W: Amarillo D: Rojo
1

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1JTA: Hlice Que protena es? Pectato lyasa A Cuantas lminas se forman? Mrcalas Se forman tres lminas Beta principales, adems de dos pequeas laminas fuera de la estructura principal.

Son paralelas o antiparalelas? Son paralelas. Marca los residuos de N Dnde aparecen? Aparecen entre las laminas que forman un angulo de 90 grados.

Marca los residuos de S Dnde aparecen? En los extremos de las hebras B y en algunos loops.

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1KAP : Roll Cuantas lminas se forman? Mrcalas Se forman cinco laminas Beta, de las cuales dos est situadas de forma paralela y las otras tres dispersas por la proteina.

Son paralelas o antiparalelas? Son todas paralelas, a excepcin dos en las que sus ultimas hebras B son antiparalelas al resto de la lmina. Hay algn heterotomo? Mrcalo S, hay 8 iones de Ca+2 (en verde) y un ion de Zn(azul oscuro)

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Marca los residuos de D Dnde aparecen? Aparecen en los loops de unin entre las laminas beta, interaccionando con los iones de Calcio.

Marca los residuos de G Dnde aparecen? Aparecen los loops de unin entre las laminas beta, para facilitar el giro del loop al ser muy cerrado.

Ocupa el plegado toda la estructura? No, solo una parte, habiendo otros tipos de plegado dispersos por la protena.

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1LXA: Hlice . Left-Handed Cuantas lminas se forman? Mrcalas Se forman tres, marcadas en azul.

Son paralelas o antiparalelas? Son todas paralelas. Adoptan alguna disposicin particular en el espacio? Si, entre ellas forman un triangulo equiltero.

Marca una vuelta de hlice Cuntos residuos aparecen? Por Qu? Aparecen 18 residuos, ya que se producen repeticiones de hexapptidos, aunque con algunas variaciones en los loops.

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1PCQ GroEL-GroES Indica que estructura es GroES y cual es GroEL GroES en Azul, GroEL en Naranja.

Son iguales los dos anillos de GroEL? Por qu? No, uno de los anillos tiene sitios de unin a ATP (en rojo) y tiene forma cnica, mientras que el otro es un anillo plano.