PROTENAS

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PRINCIPIOS ESTRUCTURALES DE PROTENAS Y SU PLEGAMIENTO

Las protenas son macromolculas formadas por repeticiones lineales de aminocidos. Un aminocido es una molcula orgnica que contiene un grupo amino y un grupo carboxilo. Los que constituyen los bloques estructurales de las protenas son los aminocidos alfa, ya que el grupo carboxilo y e grupo amino se hallan sobre el mismo tomo de carbono. En todos lo aminocidos estndar, menos en la glicina, e carbono alfa est unido a cuatro grupos diferentes: Grupo carboxilo COOGrupo amino NH3+ Cadena lateral R: de entre 20 posibles aa. tomo de H

A pH 7 el grupo amino y carboxilo estn ionizados. Un ejemplo de aminocido es la lisina (Lys). Sufre muchas modificaciones post-traduccionales. Es diana de muchas modificaciones, es muy reactivo. Por todo esto es muy importante.

Los aminocidos comunes se clasifica segn si sus cadenas laterales son: cidas, bsicas, no polares y polares no cargadas. Existe un nico aminocido que es cclico y se llama prolina. ste restringe la rotacin de los enlaces y nos permite saber muchas cosas de la estructura de la protena a partir de la estructura primaria. La prolina es una amina secundaria ya que tiene dos de los hidrgenos sustituidos por cadenas laterales. No sufre muchas modificaciones posttraduccionales. No tiene ningn grupo reactivo ni polar.

NO POLARES/HIDROFBICOS AMINOCIDOS CON CADENAS LATERLES ALIFTICOS Metionina: el S es muy reactivo qumicamente debido a su posicin, por lo que no sufre reacciones posttraduccionales. Cuanto mayor sea la cadena aliftica ms hidrofbico ser el aa. Las modificaciones suponen restricciones.

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AMINOCIDOS CON CADENAS LATERALES AROMTICAS Triptfano: se puede ver como sealizacin del estado nutricional de la clula. En otros casos juega un papel importante en la estructura terciaria. Aparece con poca frecuencia en as protenas. Tiene funcin importante en la estabilidad y estructura. Tirosina: es reactivo a pesar de ser hidrofbico el OH. Es un enlace covalente polar y reactivo quimicamete.

El grado de hidrofobicidad tiene un papel importante en la clula. Puede encontrarse en la superficie de la clula porque puede ser diana de reacciones. AMINOCIDOS CON CADENAS LATERALES SIN CARGA Cistena: reactividad qumica del enlace con S que es polar. Serina y Treonina: los grupos hidroxilos las hacen susceptibles a reacciones. Asparraguina y Glutamina: no son susceptibles a reacciones.

AMINOCIDOS BSICOS (CARGA POSITIVA) Lisina: el grupo amino puede estar sujeto a reacciones. Histidina: a pH 6 no tiene carga. Los cambios de pH pueden cambiar la carga del amino.

AMINOCIDOS CIDOS (CARGA NEGATIVA) Los grupos carboxilos estn unidos mediante enlaces de resonancia. No estn sujetos a muchas reacciones ya que no tienen carga formal.

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Existen dos aminocidos que fueron descubiertos mas tarde: Selenocistena: tiene una estructura similar a la cistena, pero contienen un tomo de selenio. Existe prefabricado como un aminocido ms de la clula. Algunos genes contienen UGA en contextos especiales que codifican selenocistena en algunas protenas en vez de STOP. Un ejemplo de selenoprotena es glutationa peroxidasa. Pirrolisina: es un aminocido natural codificado en el genoma, derivado de la lisina. Es empleado en algunas bacterias metangenas que utilizan el metano para el metabolismo. Se codifica por el codn UAG que normalmente es seal de STOP.

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1. CLASIFICACIN DE LOS AMINOCIDOS. Estos 20 aminocidos se pueden abreviar de dos formas: por medio de tres letras o con una sola letra. IMPORTANTE SABER CODIGO DE UNA LETRAS!!

2. INTERACCIONES NO COVALENTES Y REACTIVIDAD QUIMICA DE LOS AMINOCIDOS Las molculas orgnicas pueden interaccionar con otras molculas a travs de fuerzas no covalentes de alcance reducido. Una fuerza inferior a 20 veces la de un enlace covalente. Determian en gran medida la estructura tridimensional de las cadenas y el modo en el que interaccionan.

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Puentes de hidrgeno: normalmente participa a cadena principal, aunque tambin puede participar lateral. Uniones Van der Waals Interacciones electroestticas: interaccin electrnica entre una cadena lateral con carga positiva y otra con carga negativa. Resonancia. Interacciones hidrofbicas Enlaces disulfuro (covalente): es el nico enlace covalente que se forma entre dos cadenas laterales de cistena.

I.

PUENTES DE HIDROGENO.

Atraccin entre un tomo con alta electronegatividad y un tomo de hidrogeno que se encuentra unido covalentemente a un tomo muy electronegativo. Normalmente son tomos de O y N. El enlace es ms fuerte cuando se encuentras en una lnea. Las molculas que pueden formar puentes de H con otras tambin lo pueden formar con el agua. Debido a esta competencia los puentes de H formado entre dos molculas de agua son relativamente dbiles.

La electronegatividad de define como la afinidad de los tomos por los electrones. Interaccin entre dos cargas parciales opuestas, similar a una electroesttica perno no son opuestas. En los enlaces covalentes polares los electrones se encuentran ms prximos a los tomos mas electronegativos creando una nube electrnica negativa, dejando al tomo menos electronegativo con carga positiva. II. EL RADIO DE VAN DER WAALS A una distancia corta, dos tomos cualesquiera muestran una dbil interaccin de enlace debido a sus cargas elctricas fluctuantes. Esta fuerza recibe el nombre de atraccin de Van de Waals. Sin embargo dos tomos se repelen muy energticamente si se los acerca demasiado. Esta repulsin desempea un papel importante limitando las posibles conformaciones de una molcula. Es una fuerza similar a la de dos imanes. A partir de una cierta distancia empieza a haber una tendencia que hace que las 2 molculas se acerquen, pero slo hasta un cierto

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punto. Cuando invaden e radio aparecen unas fuerzas de repulsin. La distancia de Van der Waals indica donde la atraccin es mxima entre 2 molculas. Del balance de las fuerzas de atraccin y repulsin se establece un equilibrio que es el que alcanzaran espontneamente los dos tomos en ausencia de influencias exteriores. Cada tomo tiene un radio en el que las fuerzas estn equilibradas. Dos tomo se atraen hasta una distancia entre ellos iguale la suma de sus radios. A pesar de que sean fuerzas muy dbiles tienen un papel importante cuando dos superficies macromoleculares se adaptan una con la otra. En radio hace referencia a la distancia entre dos ncleos por lo que depende del tamao. III. INTERACCIONES ELECTROESTTICAS Tienen lugar entre grupos cargados e iones. Slo ocurre entre aa con carga formal en la cadena lateral. (K, R, E, D, H). IV. INTERACCIONES HIDROFBICAS Se agrupan para excluir al agua. Tendencia de la protena a esconder los grupos hidrofbicos en el centro de la protena. Pueden alinearse los grupos unos encima de otros dando cierta estabilidad en algunas regiones de las protenas. 3. INTERACCIONES COVALENTES Un enlace covalente se forma cuando dos tomos se acercan lo suficiente y comparte uno o mas electrones. En un enlace sencillo se comparte un electrn de cada uno de los tomos y en una doble dos e- de cada uno. Cada tomo forma un nmero determinado de enlaces covalentes, siguiendo una distribucin espacial definida. Un puente disulfuro es una interaccin covalente que se produce por el entrecruzamiento de polipeptidos por enlace de dos cistenas. Estn interacciones proporcionan mucha energa de estabilidad en las protenas que las tiene. Se produce mediante una reaccin de oxidacin-reduccin. Dentro de la clula el ambiente es reductor, por lo que no se pueden formar estos enlaces. En cambio fuera de la clula donde el ambiente no es reductor si se dan.

4. ESCALA DE HIDROFOBICIDAD DE AMINOCIDOS La polaridad relativa de cada aminocido ha sido determinada experimentalmente midiendo el cambio de energa libre al trasladar un residuo dado de un disolvente hidrfobo al agua. La energa libre de trasferencia vara desde muy exergnica para residuos cargdos o polares a muy endergnica para aminocidos con cadenas laterales aromticas o alifticas. Para

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estimar a hidrofobicidad total de una secuenciencia de aa, se suman las energa libres de transferencia para dichos residuos, obteniendo un ndice hidroptico para aquella regin. Sirve para la identificacin de regiones transmembrana y en regiones hidroflicas como antgenos.

Cuanto mas negativo ms hidroflico y cuanto ms positivo mas hidrofbico. 5. PROPIEDADES DE LOS AMINOCIDOS El estado ionizado de un aminocido vara con el pH. El punto isoelctrico es el pH en el que la carga neta es 0, esto no quiere decir que no haya carga, sino que el sumatorio de la carga positiva y la negativa es 0. El pI es caracterstico de cada protena en funcin del reparto de aminocidos. Depende principalmente de la carga neta de la protena. A pH fisiolgico es importante saber la carga neta de la protena. En el pI la solubilidad suele ser minima por lo que es importante conocerlo segn el trabajo que vayamos a realizar. Para aminocidos sin grupo ionizable, el pI se encuentra a pH 7.

Para aminocidos con grupo ionizable como la lisina ocurre que presenta varios pK.

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6. PPTIDOS Y PROTENAS: EL ENLACE PEPTIDICO El enlace peptdico es un enlace covalente de tipo amida, resultante de la condensacin del grupo carboxilo de un aminocido y el grupo amino de un segundo amiocido. Las protenas son largas cadenas de aminocidos unidos por enlaces peptdicos y siempre se escriben con el extremo N-terminal hacia la izquierda. En el enlace peptidico los 4 tomos de del recuedro en gris orman una unidad plana rgida. No existe la libertad de rotacin alrededor del enlace C-N. En el enlace peptidico se da resonancia por esa razn no hay rotacin. Es un enlace plano. IMPORTANTE PARA EXAMEN!!

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Un pptido tiene un nmero pequeo de aminocidos unidos por enlace covalente. Se puede sintetizar en el laboratorio o bien son naturales como algunas hormonas. Los pptidos son muy pequeas. Un polipptido o protena es de mayor tamao. Cuando hablamos de estructura cuaternaria solo hablamos de protena que es un conjunto de polipptidos. El enlace peptdico posee una serie de caracterstica. Es un enlace polar. Se encuentra estabilizado por resonancia, tienen carcter parcial de doble enlace por a resonancia de los electrones que viajan de manera indistinta. Hace que no haya rotacin y esto es importante en la estructura de la protena. La rotacin alrededor del enlace peptdico est restringida, por eso es plano.

El carcter parcial de doble enlace C-N determina la rigidez y planaridad del enlace peptdico. En cambio los enlaces C-C y N-C tiene rotacin. Cada aminocido segn la cadena lateral permite hasta un mximo de rotacin segn el tamao. La conformacin de tomos principales de una cadena proteica viene determinada por un par de ngulos psi y phi de cada aminocido.

Debido a las colisiones estricas la mayora de ngulos psi y phi no tiene lugar. Estas restricciones pueden observarse en el diagrama de Ramachandran, en las zonas sombreadas son las zonas permitidas. La glicina el aminocido con mas libertad conformacional, puede adaptarse a cualquier ngulo. Esto no ocurre con todos los aa. 7. NIVELES ESTRUCTURALES

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Las clulas estn formadas en gran parte por protenas. stas determinan la forma y a estructura de la clula y actan como principal instrumento de reconocimiento molecular y como catalizadores. Las protenas estn formadas por un conjunto de 20 aminocidos muy diferenciados, cada uno de los cuales presenta una personalidad qumica distinta, lo que hace posible explicar a versatilidad.

Estructura primaria

La forma de una molcula proteica est determinada por la secuencia de sus aminocidos que es lo que se denomina estructura primaria.

Estructura secundaria

La mayora de las cadenas polipeptdicas se pliegan adoptando una sola conformacin particular. Esto es debido a que los esqueletos de los diferentes aminocidos se asocian entre s y con el agua formando enlaces no covalentes. Uno de los factores mas importantes que condicionan el plegamiento de una protena es la distribucin de las cadenas laterales polares y no polares. Las cadenas hidrofbicas tienden a agruparse en el interior de la molcula evitando el contacto con el entorno acuoso. Las cadenas laterales polares se sita en la parte externa. Puesto que los enlaces peptdicos tambin son polares, tienen a interactuar entre s y

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con las cadenas laterales dando lugar a la formacin de puentes e hidrgeno. Estos desempean un papel importante para mantener unidas las regiones de la cadena polipeptdica de una molcula proteica plegada. Podramos definir estructura secundaria como estructura regular, repetida peridicamente a lo largo de la cadena polipeptdica mantenida por puentes de hidrgeno entre grupos amino y carbonilo de los enlaces peptdicos.

La conformacin completa de cada protena es nica, en regiones diferentes de la macromolcula aparecen repetidos varios esquemas de plegamiento. Estos dos patrones se denominan -hlice y hoja plegada-. -hlice Plegamiento del esqueleto polipeptidico alrededor de un eje imaginario que corre longitudinalmente a travs de una hlice. Las cadenas laterales de los aminocidos emergen hacia el exterior de a hlice. Diferentes secuencias de aminocidos tienen diferente capacidad ara formar estructuras de alfahlice. Los aminocidos como Met, Ala, Leu, Glu y Lys (MALEK) tienen una elevada capacidad de formar esta estructura, mientras que Pro Y Gli tienen una capacidad baja. Algunas caractersticas que la -hlice: I. II. III. IV. V. Rotacin por residuo: 100 Residuos por vuelta: 3.6 Ascenso por residuo: 1.5 Ascenso por vuelta(paso de la hlice): 3.6*1.5 = 5.4 Sentido de giro de la hlice: dextrgiro

Existen otros tipos de hlice que pueden adoptar las cadenas polipeptdicas. Pero la ms comn es la estudiada. Hoja- El esqueleto polipeptidico se extiende en zigzag en lugar de en estructura helicoidal. Cada enlace peptdico est unido a otro de la otra cadena, a travs de puentes de

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hidrgeno. Los puentes de hidrgeno juegan un papel crucial en el mantenimiento de la estructura. Paralela Antiparalela

Retorcida

Hay dos tipos de giros en la Horquilla (3 aminocidos) Tipo I: podemos encontrar cualquier tipo de residuos con excepcin d la prolina en posicin 3. Tipo II: la glicina debe estar en posicin 2 y casi siempre aparece una prolina en posicin 3.

El tipo de giro es un giro completo de la cadena polipeptidica con tan solo dos residuos. El residuo 2 debe ser una prolina.

Las cadenas polipeptdicas poseen unas conformaciones preferidas. Existen restricciones conformacionales de los aminocidos y as estructuras secundarias. Los aminocidos en la estructura secundaria tienden ms a formar la estructura alfa-hlice.

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La conformacin de las cadenas laterales difiere en el nmero de grados de libertad conformacional. Algunos aminocidos no tienen ninguno como Ala y Gly. Pero otras cadenas laterales pueden adoptar distintos ngulos. Estructura terciaria

Llamamos estructura terciaria de una protena a la organizacin tridimensional de una cadena polipeptdica, es decir, al plegamiento de sus elementos estructurales secundarios y a la disposicin espacial de sus cadenas laterales. Esta organizacin est estabilizada por interacciones dbiles o covalentes entre las cadenas laterales de los residuos pertenecientes a la misma cadena polipeptdica, estas interacciones son: Interacciones electrostticas: se producen por la atraccin de los tomos(que suelen ser iones) y tambin se pueden llamar puentes salinos. Interacciones hidrofbicas: son caractersticas de las molculas que no pueden interaccionar con el agua, estas molculas se acercan porque el agua las deja aisladas. Uniones de van de Waals: son las interacciones ms dbiles entre las fuerzas dbiles, ya que se produce entre molculas o tomos prcticamente neutros. Enlaces por puentes de Hidrogeno: estn formados por un tomo electronegativo y el hidrgeno y dan carcter dipolar a la molcula. Puentes disulfuro: es un enlace covalente fuerte entre grupos tiol (-SH) de dos cistenas. Este enlace es muy importante en la estructura, plegamiento y funcin de las protenas.

EJEMPLO: MIOGLOBINA Es una protena compacta y globular, en la que la mayora de los aminocidos hidrofbicos se encuentran en el interior y muchos de los residuos polares expuestos en la superficie, como podemos ver en la figura se compone en su mayora por estructura secundaria de alfa hlice. Dentro de una cavidad hidrofbica de la protena se encuentra el grupo prosttico hemo(bolita roja). Esta unidad no polipeptdica se encuentra unida de manera no covalente a la mioglobina y es esencial para la actividad biolgica de unin de O2 de la protena. Cuando las protenas toman estructura terciaria podemos hacer una representacin de la superficie molecular de las molculas, estas representaciones de las protenas es importante para ver la localizacin de las cargas en las protenas. Estas representaciones se suelen hacer con los modelos de volumen de Van del Waals que muestras el espacio y volumen real aunque

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dificultan ver la estructura interior (tomos y enlaces), por ello en las bases de datos de protenas existen diferentes modelos de representacin. Estructura cuaternaria

La estructura cuaternaria se corresponde con el nivel de organizacin estructural que exhiben las protenas con ms de una cadena polipeptdica. Hace referencia al ordenamiento espacial de las subunidades y a la naturaleza de sus interacciones entre grupos pertenecientes a distintas cadenas polipeptidicas, estas interacciones son las mismas que se dan al formar la estructura terciaria tridimensional. Hay muchos tipos de estructuras cuaternarias como dmeros (constituidos por dos subunidades) cuando ambas subunidades son iguales se llaman homodmeros como es el caso de la protena Cro , otros pueden constar de muchas subunidades como la envoltura del rinovirus que consta de 60 copias de sus 4 subunidades. EJEMPLOS RUBISCO La RuBisCO es una protena oligmera formada por 16 polipptidos, que son de dos tipos, uno grande (subunidad L) y otro pequeo (subunidad S). Es una enzima cuyo nombre completo es ribulosa-1,5bisfosfato carboxilasa oxigenasa,cataliza dos procesos opuestos. Primero la fijacin del CO2 a una forma orgnica, lo que justifica su clasificacin como carboxilasa. Segundo, la fotorrespiracin, en la que acta como oxigenasa del mismo sustrato. La RuBisCO es la protenaenzima ms abundante en la biosfera.

HEMOGLOBINA La hemoglobina est formada por cuatro cadenas polipeptidicas 2 subunidades alpha y dos subunidades beta. La hemoglobina es una heteroprotena de la sangre, de masa molecular 64.000 g/mol (64 kDa), de color rojo caracterstico gracias a su grupo prosttico hemo que tambin es el encargado de transportar el oxgeno desde los rganos respiratorios hasta los tejidos, el dixido de carbono desde los tejidos hasta los pulmones

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8. MOTIVOS, MODULOS Y DOMINOS. SITIOS ACTIVOS
MOTIVOS Pueden ser de dos tipos: -

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De Secuencia: tambin se denominan sitios consenso, son tramos de secuencia primara que tienen una funcin particular, pueden ser sitios de unin o reactivos. Fosforilacin: estos sitios constan de una serina o una tirosina a la que le sigue una prolina(S/T-P) estos sitios son reconocidos por las MAP kinasas y fosforilados. Glicosilacin: en este caso constan de una asparganina seguida de un nucleotido cualquiera al que le sigue una setina o una treonina(N-X-S/T) Tambin hay otros sitios consenso como de acilacin y otros..

Estructurales tambin son llamadas estructuras supersecundarias pueden definirse como combinaciones de alfa-hlices y estructuras Beta conectadas a travs de asas o lazos, que forman patrones que estn presentes en muchas protenas diferentes. Estos plegamientos se estabilizan a travs de la misma clase de enlaces que mantiene a la estructura terciarias. Estas estructuras pueden ser relativamente simples, como: alfa-alfa (dos helices alfa unidas por una asa) Beta-Beta (dos Beta-hebras unidas por una asa) Beta-alfa-Beta (Beta-hebra unida por un asa a una alfa-helice que esta a su vez unida a otra Beta-hebra por otro lazo)

Estructuras mas complejas, como:

Llave Griega (Greek key), Barril Beta (beta-barrel). *ver diapos para ver las estructuras. DOMINIOS Estn formados por segmentos de una cadena peptidica que se pliegan de forma independiente, con una estructura y funcin distinguible de otras regiones de la protena y estabilizadas por las mismas fuerzas que la estructura terciaria. Las unidades estructurales bsicas del plegamiento suelen ser unidades funcionales y pueden contener uno o varios motivos estructurales. Las protenas pueden contener ms de uno de estos dominios. Se estima que existen unos 2000 dominios en la naturaleza, a dia de hoy existen unos 1200 dominios diferentes estudiados. La taxonoma estructural nos revela que aunque estas estructuras estn siendo conocidas y estudiadas ms rpido que nunca, poco a aparecen nuevos pliegues, lo que nos hace cuestionarnos si algn da podremos conocer todos estos dominos.

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EJEMPLO EF HAND(MANO EF) Es un dominio de unin al calcio, est compuesto por pares de motivos Helix-loop-helix, se encuentra en las protenas de unin al calcio. Consiste en dos alfa hlices colocadas perpendicularmente y unidas por un bucle de unos 12 aa que constituyen la parte de la protena a la cual se une el calcio. En la figura podemos ver la estructura y el lugar donde se une el calcio(bolitas amarillas), en el primer caso es una nica mano EF y en el segundo caso son dos, ambas pertenecen a las protenas CaM

I.

DOMINIO PH(PLECKSTRIN HOMOLOGY)

Se da en polipeptidos con secuencias primarias con muy divergentes pero que sus aa permiten un plegamiento comn y una funcin comn(mirar ejemplos de divergencia en diapositivas. La estructura consiste en un barril beta de dos hojas betas antiparalelas que se coloca perpendicularmente a una alpha-helice amfiptica C-terminal,
CARACTERISTICAS

Esta estructuctura abarca unos 120 aa. Existen unos 250 dominos PH codificados en el genoma humano Tienen especificdad para los fosfatos de los fosfatidilinositoles, esta afinidad va de microM a nanoM. Estos dominios los contienen protenas como PKB o IRS-1. Como podemos ver en la mayora de los casos se une a los fosfatos de las protenas transmembranales y actan en las rutas de seales de traduccin. DOMINIOS PTB (PHOSPHOTYROSINE-BINDING)

II.

Al igual que los dominos PH tienen secuencias primarias divergentes con un plegamiento comn pero en este caso las protenas tienen diferentes funciones, tambin tienen un plegamiento parecido al de los dominios PH que consiste en dos hojas beta antiparalelas perpendiculares a una alfa hlice que se encuentra tapando un extremo(tienden a encontrarse en el extremo C-terminal).
CARACTERISTICAS

Abarca dominios de 100-150 aa Se une a la fosfotirosina Se unen a la secuencia consenso NPXY (asparganina-prolina-cualquier aa-tyrosina)

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-

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En algunos casos la afinidad aumenta si la tirosina esta fosforilada como en las protenas Shc o IRS-1 EXAMEN!!!!!

III.

DOMINIOS SH2 (Src-homology 2)

En estos dominios las secuencias primarias tienen residuos conservados que son los encargados de reconocer e unir las pY(fosfotirosina) y tambin residuos variables que se encuentran en el ncleo hidrofbico despus de los residuos que reconocen la Py. La estructura es una hoja beta antiparalela central que se une con dos hlices alfa en la periferia.
CARACTERISTICAS -

Dominios de unos 100 aa Reconocen un pptido con una tyr fosforilada, este pptido se une de forma perpendicular a las hojas beta Las interacciones son especificas, es decir, cada dominio SH2 reconoce una secuencia especifica, como podemos ver en las imgenes de las diapositivas cada dominio reconoce un pptido diferente que no cabria en el ncleo de otra protena aunque tambin tenga dominio SH2. Los dominios SH2 son dominios donde la interaccin protena-protena dependen de una modificacin postraduccional de la protena con quien interacciona, lo que se llama interaccin inducible y contribuye en la transduccin de seales. En este caso solo se produce interaccin si la tyr est fosforilada

MODO DE ACCIN 1. Se reconoce una secuencia consenso por una protena kinasa y se fosforila la tirosina

2. Se crea un sitio de unin paraDE una protena con un dominio SH2 STAT EJEMPLO MODO DE ACCIN : PROTENA A. Encontramos el dmero que es una protena transmembranal con las tyrosinas que se van a reconocer y e n las proximidades dos JAK KINASAS B. Se une el ligando al dmero lo que provoca un cambio de conformacin que activa las kinasas que fosforilan a las tyr. C. Se crea un sitio de unin de alta especificidad con un domino SH2, llega la protena STAT que contiene un sitio SH2 y se une especficamente a las tyr. Al unirse STAT se acerca fsicamente a las JAK que la fosforilan en otra parte de su secuencia de aa. D. Al fosoforilarse cambia de conformacin y se desplaza al ncleo y acta como factor de transcripcin. Existen muchas protenas con este dominio y que reconocen secuencias especificas, ms ejemplos en diapositivas.

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SH2 VS PTB

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Diferencias: la principal diferencia es que en los dominos PTB la especificidad viene dada por los aa que estn aguas abajo de la tirosina mientras que en los dominos SH2 la especificidad viene dada por los aa que estn aguas debajo de la tirosina Semejanzas: ambos dominios tienen en comn que se unen a un pptido con una tirosina fosforilada IV. DOMINIOS WW

Su nombre se debe a dos residuos de W invariables, separados por 20- 22 aa. Su secuencia es variable pero existen aa muy conservados en este dominio y su estructura consta de una hoja beta con tres hebras.
CARACTERISTICAS

Los dominios abarcan de 38-40 aa Se une a secuencias ricas en prolinas(P) y tiene afinidad del orden microM Los dominos WW pueden reconocer sitios de unin de dominios SH3 ya que son ricas en prolina Este tipo de interaccin NO depende de la modificacin post-traduccional de la protena con quien interacciona, slo se necesita una cola rica en prolinas.

Protenas con mltiples dominios Como ya hemos dicho existen protenas con mltiples dominios, en estas protenas un nico mRNA codifica para un polipeptido y este polipeptido contiene diferentes estructuras que dan lugar a los diferentes dominios. Existe una cantidad importante de este tipo de protenas podemos ver mucho ejemplos en las diapositivas, si nos fijamos en las kinasas, por ejemplo, notamos que son protenas con muchos dominios ya que actan como moduladoras de la actividad de las protenas y por ello las interacciones protena-protena son muy importantes. CENTROS ACTIVOS El centro activo de una enzima es la regin que se une al sustrato y contiene los residuos que participan directamente en la unin al sustrato y la produccin y ruptura de enlaces gracias a los grupos catalticos que se encuentran en esta regin. Esta regin cuando la protena se pliega se queda como una hendidura dentro de la superficie de la molcula, esta hendidura tridimensional est formada por grupos que provienen de diferentes partes de la secuencia lineal de aminioacidos, en el caso de que la enzima este formada por varios polipeptidos el centro activo puede estar formado por las cadenas laterales de ambas cadenas polpipeptidicas. Los aminocidos que participan en el centro activo de la molcula no tienen por qu estar seguidos en la secuencia primaria de la protena sino que deben que despus del plegamiento deben situarse cerca tridimensionalmente dentro de la hendidura.

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CARACTERISTICA

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-El centro activo supone una porcin relativamente pequea del volumen total del enzima -E n los hoyos o hendiduras el agua queda normalmente excluida a no ser que esta sea un componente de la reaccin -El sustrato tiene complementariedad espacial con el centro activo -Los sustratos se unen a las enzimas por numerosas fuerzas dbiles( intercacciones electrostticas, hidrfobicas, van der Waals, puentes de H) -La especificidad del enlace depende de la disposicin exactamente definida de los tomos del centro activo MODELOS 1 .MODELO DE LA LLAVE Y CERRADURA Fue postulado por Emil Fischer en 1890 y dice que el centro activo de la enzima es complementario a la forma de sustrato Como podemos observar en la imagen el sustrato encaja a la perfeccin con el centro activo, como una llave a su cerradura. Sin embargo, este modelo explica la especificidad de las enzimas, pero falla al intentar explicar la estabilizacin del estado de transicin que logran adquirir las enzimas.

2. MODELO DE AJUSTE INDUCIDO Fue postulado por Koshland en 1958 y dice que el centro activo es complementario a la forma del sustrato solo despus de que el sustrato se una a el, esto se debe a que el centro activo sufre un cambio conformacional cuando se une el sustrato. Las enzimas son estructuras bastante flexibles y as el sitio activo podra cambiar su conformacin estructural por la interaccin con el sustrato. Como resultado de ello, la cadena aminoacdica que compone el sitio activo es moldeada en posiciones precisas, lo que permite a la enzima llevar a cabo su funcin cataltica.

TRIADA CATALITICA Es un motivo de los centros a activos que se caracteriza por que se compone de cualquier grupo de tres aa que:

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Funcionan en conjunto Participan directamente en la catlisis

Como ya hemos dicho las enzimas se pliegan para formar estructuras complejas en 3 dimensiones, los aa de la triada cataltica pueden estar muy separados en la estructura primaria pero se acercan en la estructura terciaria, quedando muy cerca tridimensionalmente. EJEMPLOS TRIADA PROTEASAS: est formada por serina, aspartato e histidina y son los aa responsables de la catlisis del enlace peptidicos

9. PRINCIPIOS DEL PLEGAMIENTO Y DESNAURALIZACIN DE LAS PROTENAS

PRINCIPIOS DEL PLEGAMIENTO DE PROTEINAS La informacin necesaria para especificar la estructura tridimensional biolgicamente activa de una protena se encuentra en su secuencia de aa(estructura primaria) El plegamiento viene determinado por consideraciones eergticas que permiten el mximo nmero de interacciones electrostticas, hidrfobicas, van der Waals y puentes de H, de esta manera cuando se pliega busca el mximo nmero de interacciones posibles dentro de la secuencia de aa determinada. El plegamiento espontaneo que se da en las protenas de pequeo tamao y est gobernado por la tendencia de aislar los residuos no compatibles con el ambiente, de esta manera y como es lgico no ocurrir lo mismo con las protenas solubles (colapso hidrfobico) que con las protenas de membrana, puesto que unas deben dejar sus residuos polares en la superficie (protenas solubles) y las otras dejen dejarlos ocultos en e l interior para poder integrarse en el ambiente lipidico de la membrana, por tanto los procesos de plegamiento instantneo deben ser diferentes. Las protenas grandes por el contrario se pliegan con la ayuda de las chaperonas. INTERACCIONES DETERMINANTES DE LA ESTRUCTURA Puentes disulfuro: son enlaces covalentes por ello se precisa mucha energa para romperlos (210 Kj/mol). Adems debemos saber que no se forman de manera aleatoria sino que a cada cistena le corresponde otra cistena especfica, si esto no se cumple el plegamiento de la protena no ser el adecuado. Interacciones no covalentes: son el resto de interacciones que ya hemos comentado si nos fijamos en la tabla de las diapositivas podemos ver como en comparacin con los enlaces covalentes son mucho menos energticas (4-40 KJ/mol), pero son ms numerosas de esta manera la suma energtica de todas ellas va a sumar una energa de estabilizacin muy grande necesitando por ello mucha energa para romper las protenas.

CONSIDERACIONES TERMODINMICAS

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Podemos decir que la conformacin nativa de una protena es la conformacin de ms baja energa libre de Gibbs. Si pensamos en el paso de la estructura primaria de las protenas a la estructura terciara pasa de un estado desordenado a un estado ordenado y por tanto la entropa va a ser negativa. Para estudiar las consideraciones termodinmicas del plegamiento de protenas vamos aestudiar cada uno de los puntos de la ecuacin fundamental de la termodinmica:

G =H -TS
H (Entalpia): refleja en nmero y el tipo de enlaces de las interacciones moleculares, al sumarse todas va a ser un nmero negativo muy grande S (Entropa) : refleja el desorden y va a ser negativa pues las molculas se ordenan, por tanto el termino TS de la ecuacin va a ser positivo G (Energa libre de Gibbs): Es el producto final y nos va a decir si una reaccin es espontanea o no, en el caso de que sea negativo lo ser sino no se producir espontneamente y necesitara un aporte energtico. En el caso de las protenas al ser H un nmero negativo grande gracias a las interacciones y el trmino TS positivo pero ms pequeo el resultado final ser negativo y podemos concluir que el plegamiento de protenas ser espontaneo. LA PARADOJA DE LEVINTHAL Cyrus Levinthak consider que una protena simplificada de 100 aa en la cual cada aa fuse capaz de adoptar tres conformaciones distintas, el nmero total de conformaciones posibles de la protena sera 3100(5.1047). Si consideramos que el tiempo que necesita una conformacin para transformase en otra es de 10-13s, el tiempo total de bsqueda al azar de la estructura de menor energa sera de 5.1047x10-13 = 1.6x1027 aos, cosa que no es posible ya que supera la supuesta edad del universo. Con esto podemos presuponer que las protenas no van probando a ver cul es la conformacin buena, es decir, que el plegamiento de las protenas no se realiza por la bsqueda al azar de la estructura nativa. En la imagen podemos ver la superficie que muestra todos los posibles estados desordenados en la que la energa es muy grande y equivalente en todos ellos, sin embargo hay una conformacin de mnima energa que es la estructura nativa que es el estado ordenado nico, el de menor enerda

MODELOS DE PLEGAMIENTO DE PROTENAS

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UNIDAD 1

Como podemos ver en el esquema, existen diferentes modelos para formacin de la conformacin nativa, ninguno de ellos es exacto y podemos decir que el verdadero modelo tendr caractersticas de cada uno de ellos, estas caractersticas dependern de la protena.

La formacin de la estructura secundaria ayuda mucho a la estructuracin de la conformacin adecuada. Colapso hidrofobico es necesario que se produzca en protenas solubles pues los residuos hidrofobicos no se pueden quedar en la superficie. Nucleacin que consiste en la aparicin de un ncleo espontaneo y a partir de ah los residuos van interaccionando dando lugar al resto de la protena.

Esta es una visin ms realista de la superficie de energa de las protenas. Estado globular: est producido por un colapso hidrofbico y como podemos ver es un estado de energa baja. Los estados de las protenas plegadas errneamente se acercan al estado de menor energa pero no llegan a alcanzarlos La estructura nativa sigue siendo el estado de menor energa,donde se han formado ya todos los enlaces.

CONFORMACIN NATIVA: ESTABLE Y FLEXIBLE La estructura de una protena en el espacio en condiciones fisiolgicas es su conformaci nativa, los puentes disulfuro y las interacciones no covalentes estabilizan estn conformacin. Pero esta conformacin para muchas de las protenas aparte de ser estable energticamente debe ser flexible, el grado de flexibilidad depende de las protenas ya que por ejemplo las protenas estructurales necesitan un grado de flexibilidad mucho ms bajo que las enzimas que necesitan un cambio de conformacin en su sitio activo para su actividad cataltica cuando el sustrato se une. La flexibilidad y estabilidad de las protenas de las protenas depende de factores como el agua o la temperatura:

* Llega un momento en que mucha agua ya no ayuda a la actividad cataltica ya que colapsa la enzima, lo mismo ocurre con la temperatura que llega un momento en que si calentamos mucho la protena se desnaturaliza DESNATURALIZACION Y RENATURALIZACIN DE PROTENAS

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La prdida de la conformacin nativa de una protena se conoce como la desnaturalizacin y conlleva la prdida de funcin, en condiciones fisioloicas necesitamos las chaperonas para que vuelvan a plegarse. El estudio in vitro de la perdida de funcin es muy importante para el conociemiento de algunas enfermedades y de cmo actan las protenas a determinados tipos de estrs. Se sabe que el plegamiento de las protenas es un proceso reversible y cooperatvo y que in vitro depende de : Factores fsicos: Temperatura: ya que el calor rompe los puentes de H Presin

Factores qumicos: pH: el pH extremo altera la ionizacin de las cadenas laterales disolventes orgnicos y detergentes: afectan a las interacciones hidrofobicas as el SDS agentes caotrpicos como urea y cloruro de guanidinio que deshacen los puentes de H Agentes reductores como el mercaptoetanol que rompe los puentes disulfuro

Se ha visto en vitro que el efecto de los diferentes factores depende de la protenas y los enlaces que abunden en ella , por ejemplo el efecto de la temperatura para la ribonucleasa A es mayor que para a apomioglobina esto se debe a que esta ultima tiene ms enlaces covalentes y por tanto se necesita ms calor para un mismo un grado de desnaturalizacin. EXPERIMENTOS DE ANFINSEN (1961) Anfinsen se planteo los procesos de desnaturalizacin y renaturalizacin de protenas y se pregunto que era ms importante los puentes disulfuro o las interacciones no covalentes. El resultado lo podemos ver en la siguiente imagen y es que si no hay puentes de H los puentes disulfuro se forman a la azar y la estructura de la molcula no es la correcta, por tanto todas las interacciones sean covalentes o no son importantes para la estructura nativa de la protena.

10. PLEGAMIENTO ASISTIDO DE LAS PROTENAS

A pesar de que la estructura primaria de las protenas contiene la informacin necesaria para el correcto plegamiento de la misma muchas protenas necesitan la ayuda de otras protenas para lograr su conformacin nativa, y por tanto su conformacin funcionalmente activa, estas protenas son:

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Proteinas disulfuro isomerasas(PDI):

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Son enzimas que ayudan a las protenas a encontrar la combinacin de enlaces disulfuro que representa el estado de mnima energa libre y adems pueden solucionar un plegamiento incorrecto. Tienen una cys con un grupo sulfuro altamente reactivo asi se mete en medio del puente disulfuro que se ha formado errneamente y lo rompe, al salir da lugar a la formacin de los puentes disulfuro correctos. Es necesaria esta enzima para romper estas interacciones incorrectas ya que sino para solucionar estos errores se necesitara grandes cantidades de energa en forma de calor.

Peptidil prolil cis-trans isomerasas(PPi): Son enzimas que catalizan la intercoversin de los ismeros cis-trans de los enlaces pptidos de la prolina ya que esta no tiene libre rotacin sino que adopta una posicin u otra, son muy importantes ya que de una conformacin a otra el aa cambia mucho y cuando es necesario en una protena es necesario en una conformacin determinada. En el momento donde actan estas protenas es una etapa lenta del proceso de plegamiento de protenas que contienen algunos enlaces peptdicos dela prolina en conformacin cis. Existen muchos tipos de PPi una de ellas que adems tiene mltiples funciones es la Pin1, que adems tambin acta como fosfatasa. Este tipo de protenas son muy tiles, por ejemplo protenas como la PP2A (fosfatasa) solo reconoce pSer/Thr-Pro en trans, otras protenas de la F-box adaptador de una ubiquitina ligasa se une a pSer/Thr-Pro motivos solo en trans. CHAPERONAS MOLECULARES: Son protenas que facilitan el plegamiento de otras protenas segn el mecanismo hay dos tipos: Chaperonas: Evitan la agregacin de protenas recin sintetizadas o desnaturalizadas, estas protenas se dice que tienen un papel pasivo, porque no implica el gasto de ATP normalmente. Sus principales funciones son ayudar a que no se agreguen los aa hidrofobicos en varias ocasiones; como cuando salen de la traduccin de los ribosomas, que permiten que no se produzca el colapso hidrofbico hasta que no haya salido la protena completa, cuando una protena traspasa una membrana lpidica , ya que pierde su estructura en muchos de los casos o cuando una protena se desnaturaliza. Existen diferentes chaperonas y se agrupan por familias y dentro de estas familias cada una tiene diferentes isoformas dependiendo de donde se encuentren, por ejemplo, dentro de la familia de las Hsp70 estn la Hsc73 que la podemos encontrar en el citosol, la BiP que la

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encontramos en el retculo endoplasmtico, la mtHsp70 que la encontramos en la mitocondria,etc.. Papel de las chaperonas en la entrada del retculo endoplasmtico. Las chaperonas tiene un papel muy importante en el retculo endoplasmtico ya que aproximadamente el 30% de las protenas del cuerpo entra en el retculo endoplasmtico, estas protenas necesitan un correcto procesamiento y son bsicamente las protenas que van secretarse, las que residen en el RE, las protenas transmembranales y las que ms tarde van a parar a un lisosoma o una vacuola. Todas estas protenas dependen de las chaperonas para pasar por el retculo endoplasmtico ya que no pueden hacerlo as como as.Como podemos ver en el dibujo hay dos maneras de hacerlo, despus de la traduccin (postraduccional) o a la vez de la traduccin (cotraduccional).

1. Cotraduccional: la protena empieza a traducirse y al principio de su secuencia tiene una seal que es reconocida por una protena SRP (protena encargada de reconocer secuencias) esta protena hace que el ribosoma se asocie a las chaperonas que se encuentran en la membrana del RE. Cuando la protena va entrando por la chaperona pueden pasar dos cosas que vaya pasando por varias chaperonas que ayuden a su correcto plegamiento y se quede inserta en la membrana plasmtica o que cerca de la chaperona se encuentre un translocador que ayuda a que cuando los ribosomas se separen y la protena se haya plegado correctamente esta salga del retculo. 2. Postraduccional: en este caso la protena est traducida completamente y se une a la chaperona que favorece su correcto plegamiento y de la misma manera que antes pueden o insertarse en la membrana o salir gracias a un translocador. Chaperoninas: son elaborados complejos proteicos con estructura cuaternaria necesarios para el plegamiento de muchas protenas celulares que no se pliegan espontneamente, estas tienen una papel activo porque su funcionamiento conlleva un gasto de ATP. Al igual que las chaperonas se agrupan en familias donde hay diferentes isoformas siendo la familia de las Hsp 60 la que mejor se conoce y la GroEl bacteriana la que mejor se conoce el funcionamiento:

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Siguiendo los puntos del dibujo: 1. La protena se une a una bolsa de GroEl que no esta bloqueada por GroEs 2. Entran 7 ATP que se unen a cada una de las subunidades de GroEl, este ATP se consume y produce un cambio conformacional que provoca la unin de la protena desplegada. 3. Se liberan 14 ADP y GroEs debido a la hidrlisis 4. Entran 7ATPs y GroEs que se unen a la bolsa GroEl que est llena, este aporte de energa da lugar a cambios de conformacin que ayudan a la protena que est dentro a encontrar su estructura nativa 5. Entran 7 ATPs ms y la protena se pliega encontrando su conformacin. 6. Salen 7 ADP y Gro Es, se libera la protena que se encuentra en un plegamiento que es su estructura nativa o en un estado de plegamiento muy comprometido que le ayuda mucho a encontrarla.

11. CAMBIOS CONFORMACIONALES : COOPERATIVIDAD Y ALOSTERISMO

INTERACCIONES PROTENA-LIGANDO Cuando una protena se une de manera especfica a una molcula esta molcula se denomina ligando, este ligando puede ser cualquier tipo de molcula incluido otra protena. Estas

Como podemos ver hay una gran similitud entre estas

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uniones son muy importantes para el funcionamiento de la clula y por tanto del organismo, ya que la actuacin de muchas protenas en los procesos biolgicos implica la unin especfica con ligandos.

La actividad biolgica de las protenas depende de la cantidad de ligando unido, expresada por la FUNCIN DE SATURACIN

La funcin de saturacin para una protena con un nico sitio de unin es HIPERBLICA

Kd: es la constante de disociacin que coincide numricamente con la [L] a la que se da la mitad de la saturacin mxima, adems es una medida de afinidad puesto que cuanto mas baja sea Kd ms afn ser la protena al ligando. Por ejemplo: si una protena tiene una Kd de 5 nanoM para una molecula1 y otra de 5mM para una molcula2, ser mucho ms afn a la molcula1 puesto que se necesita mucha menos cantidad para llegar a la mitad de la saturacin. En algunas protenas con ms de un sitio de unin a ligandos, un cambio conformacional debido a la unin e un ligando afecta a la unin de otros ligandos, dependiendo si estos efectos se producen por ligando equivalentes o no equivalentes hay dos tipos de interacciones. COOPERATIVIDAD Se da en protenas que contienen mltiples sitios de unin equivalentes donde la afinidad de un sitio de unin por un ligando depende del estado de ocupacin del resto de sitios de unin. Esto se debe a que se produce un cambio conformacional y produce un cambio de afinidad en el otro sitio de unin.

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Debido a los cambios conformacionales las curvas de asociacin protena-ligando para protena cooperativas son SIGMOIDEAS y no hiperblicas, en este tipo de curvas al principio el ligando tiene problemas para encontrar su sitio y luego la dificultad disminuye. Cooperatividad positiva: La ocupacin de una subunidad por el ligando provoca un aumento de la afinidad en los otros sitios desocupados, normalmente este es el proceso que se suele dar en las relaciones biolgicas. Cooperatividad negativa: La unin de una molcula de ligando hace disminuir la afinidad en los otros sitios, esto es poco comn, de hecho, se conocen muy pocos casos. Modelo estructural Para explicar la cooperatividad la unin de la primera molcula del sustrato aumenta la afinidad del enzima por el sustrato porque los contactos que se crea entre la protena y el ligando estabilizan ciertas regiones de la protena mejorando la afinidad del segundo sitio de unin. Si observamos el dibujo cuando se unen los ligandos los sitios inestables desaparecen y hacen ms fcil la unin.

ALOSTERISMO Este tipo de se dan en interacciones protenas que contienen mltiples sitios de unin no equivalentes y no independientes que presentan sitios de unin para diversos

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ligandos, este tipo de interaccin tambin presenta curvas sigmoideas. Este tipo de protenas son enzimas en las que uno de los ligando es el sustrato y donde los otros ligando son se unen donde se une el sustrato. Estos ligandos se denominan activadores e inhibidores dependiendo si su unin provoca que el sitio activo sea ms accesible o si el cambio de conformacin provoca que el centro activo sea menos complementario al sustrato.

CARACTERSTICAS de las enzimas y regulacin alostrica: -Suelen presentar varias subunidades, es decir, varios sitios activos. -Muestran cooperatividad en la unin de sustrato: tienen una cintica sigmoidea que permite regular la concentracin de sustrato para mantener valores ms o menos constantes -Regulacin de su actividad por efectos alostricos positivos (activadores) y negativos (inhibidores) DIFERENCIAS ENTRE CINTICAS ENZIMTICAS HIPERBLICAS Y SIGMOIDEAS. Las enzimas que contienen distintos sitios de unin a diferentes molculas (sustratos y efectores alostricos) presentan curvas cinticas SIGMOIDEAS,en estas cinticas a bajas [S], menores que [S]c la enzima es prcticamente inactiva y por encima [S]c es muy activa. El sustrato puede acumularse con facilidad hasta una concentracin [S]c, pero a concentraciones superiores se unira y se procesar con gran rapidez. La velocidad de la reaccin aumenta mucho con pequeos cambios de concentracin de sustrato.

REGULACIN ALOSTRICA DE RUTAS METABLICAS

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La primera enzima irreversible de una ruta metablica suele estar inhibida alostricamente por el producto final de la ruta, que es una molcula no relacionada con su sustrato. Como podemos ver Ile se une alostericamente a la enzima1, al otro sitio de la enzima 1 se unir Thr, este ser el sitio activo. Cuando se une la Ile se produce un cambio de conformacin., se produce una inhibicin y disminuye afinidad del centro activo por Thr. A esto los llamamos REGULACIN POR FEEDBACK NEGATIVO. Esta regulacin permite frenar el principio de la ruta sin necesidad de que se acumulen progresivamente los productos de todas las reacciones de la misma. EJEMPLO: FOSFOFRUCTOQUINASA La fosfofructoquinasa es la principal reguladora de la gluclisis, es una enzima alostrica compuesta de cuatro subunidades y controlada por varios activadores e inhibidores. PFK-1 cataliza la fosforilacin de la fructosa-6-fosfato con gasto de una molcula de ATP para formar fructosa 1,6-bisfosfato y ADP. En esta reaccin el ATP forma parte del sustrato pero tambin es una molcula que regula alostericamente, esto se debe a que hay un sitio para el ATP en el sitio activo y adems se une a un sitio alostrico, de esta manera a poca [ATP] se une al sitio activo pero a altas [ATP] se une como inhibidor al sitio alostrico. Podemos ver como con altas [ATP] la curva es sigmoidea puesto que este acta como inhibidor

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Como podemos ver la PFK-1 es sensible a la concentracin celular de molculas como ATP (efecto negativo sobre el enzima) y por niveles elevados del citrato (efecto negativo). Se activa alostricamente cuando hay mucho AMP (efecto positivo), la fructosa-2,6-bisfosfato (activador positivo), se fabrica a partir de fructosa-1,6-bisfosfato, provoca que cuando hay poco, se active la PFK-1.

12 ENFERMEDADES ASOCIADAS A DEFECTOS EN EL PLEGAMIENTO DE LAS PROTENAS

Existen numerosas efermedades que estn producidas por un mal plegamiento de las protenas en el cuadro de las diapositivas podemos ver algunas de las ms importantes.

Cuando una protena se pliega errneamente y este plegamiento no puede ser solucionado por las chaperonas o chaperoninas, se manda a ubiquitinar, esto acta como una seal para enviar a dicha protena al proteosoma y que este la degrade, pero cuando este mecanismo no ocurre correctamente las protenas mal plegadas forman agregados fibrilares muy estables que dan lugar a diversas enfermedades.

SUSTITUCIN DE AA PROVOCAN PLEGAMIENTOS ERRONEOS En ocasiones las mutaciones en la secuencia nucleotdica provoca la sustitucin de un aa por otro, lo que ms tarde da lugar a plegamientos errneos EJEMPLOS ANEMIA FALCIFORME: La mutacin Glu6 Val en la subunidad cambia las propiedades de solubilidad de la hemoglobina, causando agregacin y cambios en la forma de los eritrocitos, esto . El mutante Val 62 encaja perfectamente en el bolsillo hidrofbico formado por la Phe 85 y la Leu 88 de una subunidad 1 adyacente. De esta manera se forman agregados fibrilares muy estables.

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Arriba podemos ver como la Deoxy-hemoglobina A tiene un sitio hidorfobico que encaja perfectamente con Val6 del mutante y abajo podemos ver como se estn formando los agregados fibrilares.

En los eritrocitos enfermos al soltar el oxigeno se pierde la forma bicncava dando lugar a una forma falciforme que va a tener poca afinidad por el oxigeno ya que la hemoglobina se est agregando entre s y no tiene flexibilidad para unir el oxigeno. Adems estas formas falciformes impiden la buena circulacin sistmatica y la buena liberacin de oxigeno. ENFISEMA Y COPD(CHRONIC OBSTRUCTIVE PULMONARY DISEASE): La antripisina 1 regula la actividad de la elastasa en los pulmones; demasiado actividad elastasa puede causar destruccin del tejido pulmonar. Mutaciones en el antripisina 1 causa plegamientos defectuosos durante su sntesis en el hgado, lo que provoca que su exportacin desde el hgado sea defectuosa y por tanto pierda su funcin en los pulmones ALZHEIMER: Mutaciones en el producto del gen llamado APP o en las enzimas que procesas APP, puede causar un acumulo de un pptido(conocido como pptido beta) producto de sus degradacin, es decir, trocitos de APP , que puede agregar formando fibras amiloides, que pueden formar depsitos o placas que se acumulan en el cerebro con el tiempo matando neuronas. FORMACION DE AGREGADOS FIBRILARES (AMILOIDES) Existen diferentes protenas que por algn motivo forman agregados fibrilares, en las diapositivas podemos ver diferentes ejemplos y diferentes esquemas de formacin de estos agregados. Existen diferentes posibles mecanismos que inducen la patognesis por agregados fibrilares: 1. Puede ser que se unan o bloquen receptores de membrana provocando la activacin de seales, lo que puede provocar por ejemplo la apoptosis neuronal. 2. Pueden dar lugar a un extres oxidativo que provoque la oxidacin de lpidos y protenas dejndoles inutilizados en el organismo. 3. Pueden recluir factores celulares necesarios para los mecanismo que se llevan a cabo en los tejidos 4. Las hojas se pueden introducir dentro de la membrana lpidica formando barriles con un canal en medio que pueden actuar como canales ionicos que desestabilizan el medio ionico celular.

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CASO DEL ALZHEIMER Vamos a ver la formacin de agregados fibrilares en el caso del APP( Protena precursora de Amiloide) Como vemos cuando acta la -sercretasa el proceamiento del APP es correcto y no se produce la formacin de placas pero si acta primero la secretasa si se da lugar a la formacin de placas. Esta accin de la -secretasa puede deberse a que el APP tiene una mutacin en el sitio de reconocimiento de la -secretasa (por ellos se dice que la enfermedad es hereditaria) o porque hay mas expresin del gen que codifica la -secretasa.

La formacin de las placas se da por la agregacin de los pptidos de A que como hemos dicho se forman al cortar primero con y luego con secretasa. ESTUDIO DE BIOMARCADORES Como podemos ver en las diapositivas el descenso de la integridad neuronal coincide con el aumento de las placas, tambin podemos ver que tambin se forma otras fibras de protenas pero dentro de las clulas, estas fibras se denominan tangles.