Apuntes Biomolculas

Bioqumica I

2012/2013

Las biomolculas estn constituidas principalmente por carbono, hidrgeno, nitrgeno y oxgeno, y en menor medida fsforo y sulfuro. Suelen incorporarse otros elementos, pero en menor frecuencia. Las biomolculas cuentan con estos elementos en sus estructuras ya que les permiten el equilibrio perfecto para la formacin de enlaces covalentes entre ellos mismos, tambin permite la formacin de esqueletos tridimensionales, la formacin de enlaces mltiples y la creacin de variados elementos. Tipos de elementos Se definen bioelementos como los elementos qumicos que forman parte de la materia viva. Segn su importancia y abundancia se clasifican en:

Elementos primarios: carbono, hidrgeno, oxgeno y nitrgeno. Representan algo ms del 96% del peso de cualquier organismo. Son elementos imprescindibles para la creacin de molculas orgnicas. Elementos secundarios: fsforo, azufre, sodio, potasio, calcio, magnesio y cloro. Constituyen el 3% en peso aproximadamente. Oligoelementos: Representan menos del 1%. No todos forman parte de los seres vivos. Cabe citar por ejemplo el hierro, cinc, bromo, yodo y silicio. Al contrario que en los seres inertes, donde el silicio es la base, en los seres vivos se utiliza la qumica del carbono por varias razones:

Al tener peso atmico bajo permite enlaces covalentes estables, pero no tanto para impedir las reacciones metablicas. La estructura del tomo de carbono permite conseguir largas cadenas ramificadas que pueden romperse con facilidad. Los tomos de carbono se unen con facilidad al nitrgeno, hidrgeno, oxgeno y azufre, facilitando as la unin de diferentes grupos funcionales. Funcin de los bioelementos primarios y secundarios

El carbono, hidrgeno y oxigeno (respiracin aerobia incorpora electrones) constituyen la estructura bsica de las molculas orgnicas. El nitrgeno participa en la construccin de protenas y cidos nucleicos. El fsforo forma parte de los cidos nucleicos y sus enlaces son utilizados en la obtencin de energa (ATP). El azufre constituye parte de la mayora de las protenas.

Apuntes Biomolculas Grupos funcionales

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Propiedades qumicas de los grupos funcionales Grupo Alcohol: Muy polar e hidrosoluble Grupo Aldehdo: Muy polar. Se encuentra en la mayora de los azcares. Grupo Cetona: Tambin muy polar. Se localiza en algunos azcares. Grupo cido: Tienen la caracterstica de que pueden donar un protn al medio para regular el pH. Hay que tener en cuenta que cuando lo hace se queda con una carga negativa (COO-) Grupo Amino: Su funcin biolgica es regular el pH del medio aceptando protones del mismo. Cuando lo hace, pasa de tener carga neta a carga positiva. Grupo Amida: Es polar, pero no acepta protones como el grupo anterior. Grupo Tiol: Se oxida muy fcilmente, formando de esta forma los llamados puentes disulfuros (S-S) Grupo Ester: Si se calientan los teres a presin con cido sulfrico diluido se transforman en alcoholes

Apuntes Biomolculas Propiedades moleculares relevantes

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Polaridad: Propiedad de las molculas que representa la separacin de las cargas elctricas de las mismas. El enlace es ms polar cuanto mayor sean las electronegatividades de los tomos que se enlazan. Para determinar si una molcula es polar o no, es necesario observar la geometra de las molcula y la polaridad de sus enlaces. Electronegatividad: Caracterstica que tiene un tomo para atraer hacia l los electrones cuando forma un enlace qumico en una molcula. Los tomos ms electronegativos son aquellos que necesitan un electrn para completar sus capas y tener configuracin de gas noble. Ej: Cloro, Bromo, Yodo y Flor (el ms electronegativo). cido/base: Propiedad por la cual, el compuesto es capaz de soltar o captar protones del medio, de tal forma que regula el pH del mismo. Cabe destacar que son pares cido/base. Si un cido es muy fuerte, su base ser muy dbil y viceversa. Aqu tambin se incluyen las reacciones redox. Son aquellas en las que un compuesto aceptor de protones (se queda en su forma oxidada, se comporta como una base) recibe estos de otro compuesto dador de protones (se queda en su forma reducida al comportarse como cido). Polarizabilidad: tendencia relativa de una distribucin de cargas por parte de la molcula. Nucleofilia: Es la fuerza como nuclefilo de una especie. Esto ocurre cuando la especie que reacciona cediendo un par de electrones libres a otra especie (electrfilo), combinndose y enlazndose covalentemente. Cuanto ms carga negativa, ms nuclefilo. Termodinmica AG sirve para saber el sentido de la reaccin. Una reaccin est en equilibrio cuando las molculas varan mas no hay ningn cambio de energa. Es un estado permanente de un sistema que no cambia a lo largo del tiempo. Para esto, AG debe ser igual a 0. Si no, no habr equilibrio. Reacciones acopladas Una reaccin acoplada se produce cuando hay un intermediario comn. Hay una transferencia de energa cuando las dos reacciones chocan. Entonces, AG ser aditiva, al igual que las constantes de equilibrio. Las reacciones acopladas son necesarias ya que para que comience una reaccin es imprescindible que est favorecida termodinmicamente con otra reaccin. Velocidad de reaccin La velocidad de reaccin es proporcional a la temperatura. Si esta aumenta, con ella lo har la energa cintica. La temperatura se mide a travs de un enjambre de molculas. Atracciones electrostticas Son de naturaleza electrosttica, es decir, de atraccin o repulsin de cargas elctricas. Hay que tener en cuenta el apantallamiento, efecto por el cual ambas cargas se atraen mas aquello que est situado en el medio hace que disminuya la intensidad de la energa con la que se atraen.

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Se define dipolo como una molcula que presenta carga neta, pero que las cargas tanto positivas como negativas estn distribuidas de forma homognea. A esto se le conoce como momento dipolar. No hay direccionalidad en las cargas menos en los dipolos. Si no estn bien alineados no se puede producir la atraccin. Hay que tener en cuenta que est la parte de atraccin y otra de repulsin. Las fuerzas de London se producen cuando hay dos dipolos electrneutros (sin carga). Las dos nubes se sincronizan y oscilan a la vez. Entonces se crea una fuerza de atraccin instantnea que forma el dipolo. Se diferencia en dipolo-dipolo inducido en que antes de esta interaccin no haba ningn dipolo, ambos se crean instantneamente. Es una fuerza muy dbil que depende de la distancia.

Puentes de hidrgeno Son atracciones dipolos-dipolos pero mucho ms fuertes. Son enlaces muy polarizados por la presencia del hidrgeno. El que aporta este tomo es el donador, mientras que el otro es el aceptor que deber tener un par de electrones sin enlaces. Se consideran enlaces selectivos. Este tipo de enlace tiene naturaleza electrosttica y tambin cierto carcter covalente. Fuerza de Van del Waals Son aquellas que producen una fuerte repulsin en distancias muy pequeas. Si estn suficientemente alejados se atraen. Por esto, este enlace tiene carcter electrosttico, ya que se atraen y se repelen las cargas instantneamente. La repulsin es debida a las nubes electrnicas, ya que estn muy juntas y se repelen fuertemente por la carga negativa. Hay un mnimo de energa, que es aquella en la que la distancia mnima a la que se pueden disponer dos tomos es igual a la suma de los radios de Van del Waals. Son las fuerzas ms dbiles. 4

Apuntes Biomolculas Interacciones hidrofbicas

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Se forman en molculas de carcter hidrofbico. Estas molculas al estar en un medio al que no son afines, tienden a juntase entre ellas, creando este tipo de enlace. Mientras tanto, las molculas de agua se dispondrn alrededor de las molculas hidrofbicas, creando una especie de jaula. Las molculas de agua no pueden disponerse en los enlaces de las otras molculas, solo a su alrededor. Dependen de la cantidad de desorden (entropa) que presenta el agua.