Anda di halaman 1dari 13

PENDAHULUAN

Latar belakang
Bioteknologi merupakan ilmu “tua” yang menjadi muda berkat sebuah
revolusi ilmu pengetahuan. Sudah sejak 8000 tahun yang lalu, bangsa Mesir kuno
menggunakan sejenis mikroba yeast Saccharomyces atau ragi untuk pembuatan roti
dan minuman anggur. Ragi itu merubah gula dalam cairan anggur menjadi alkohol.
Penggunaan mikroba lainnya dikenal dalam pembuatan keju seperti jenis Roquefort,
Gorgonzala, Brie dan yang mungkin lebih terkenal, jenis Camembert di pusat
pembuatan keju dunia yaitu Swiss. Lebih dekat kepada kita, nenek moyang bangsa
Indonesia telah menggunakan kapang yang lain yaitu Rhizopus untuk membuat
tempe dari kedelai. Semua ini adalah penggunaan mikroba atau mikroorganisme pada
tingkat sel untuk tujuan pangan. Ilmu tua bioteknologi adalah penggunaan jasad
renik atau makhluk hidup secara umum pada tingkat sel atau disebut seluler.
Bioteknologi adalah penggunaan organisme hidup dan komponennya dalam
bidang pertanian, pangan dan proses-proses industri lainnya. Penggunaan terpadu
biokimia, mikrobiology dan ilmu keteknikan untuk mewujudkan aplikasi teknologi
dari mikro-organisme, kultur jaringan dan bagian-bagian lainnya. produk yang
berguna.
Bioteknologi dalam perikanan yaitu dengan teknologi DNA, RNA, dan
protein diaplikasikan untuk melengkapi pegetahuan dasar tentang struktur DNA,
RNA, dan protein dan terapanya menggunakan teknik – teknik baru untuk
memproduksi substansi penting dalam sifat organisme. Salah satu basic bioteknologi
dalam perikanan adalah aqua genom.
Tujuan
Sebagai salah satu tugas terstruktur mata kuliah bioteknologi dan
meningkatkan pemahaman tentang DNA,RNA, dan protein serta penerapanya
dalam dunia perikanan salah satunya aqua genom.
POKOK PEMBAHASAN
Apa itu DNA, RNA dan Protein?
DNA (deoxyribonucleic acid) atau asam deoksiribosa nukleat (ADN)
merupakan tempat penyimpanan informasi genetic. Menurut Klug dan Cummings
1994, DNA adalah asam nukleat yang mengandung materi genetic dan berfungsi
sebagai pengatur perkembangan biologis seluruh bentuk kehidupan secara seluler.
DNA terdapat dalam nucleus, mitokondria dan kloroplas. DNA juga dapat diartikan
sebagai material khas kromosom yang tidak terdapat pada bagian lain atau pada
bagian lain yang tidak terdapat konsentarsi yang cukup untuk dapat memperlihatkan
warna (Robert Feulgen). DNA juga merupakan serangkaian molekul tersusun dari
basa purin (adenine dan guanine) dan pirimidin (timine dan cytosine) serta gula dan
phosphate sebagai bahan dasar penyusun gen.

Struktur DNA
Pada tahun 1953, Frances Crick dan James Watson menemukan model
molekul DNA sebagai suatu struktur heliks beruntai ganda atau yang lebih dikenal
dengan heliks ganda Watson – Crick. DNA merupakan makromolekul polinukleotida
yang tersusun atas polimer nukleotida yang berulang – ulang, tersusun rangkap,
membentuk DNA haliks ganda dan berpilin ke kanan. Setiap nukleotida terdiri atas
tiga gugus molekul yaitu:
1. Gula 5 karbon (2-deoksiribosa).
2. basa nitrogen yang terdiri golongan purin yaitu adenin (Adenin = A) dan
guanin (guanini = G), serta golongan pirimidin, yaitu sitosin (cytosine = C)
dan timin (thymine = T).
3. gugus fosfat.
Rantai gula fosfat
Basa-basa
berpasangan

Gambar 2 Struktur doubel helix DNA (Watson and Cricks, 1953)


DNA Sebagai Materi Genetik
DNA mempunyai peran penting dalam transformasi materi genetik, istilah
transformasi awalnya digunakan untuk menjelaskan kejadian perubahan genetik dari
sel bakteri akibat adanya benda asing yang masuk atau diambil oleh bakteri tersebut.
Namum dengan ditemukannya bahwa benda asing tersebut adalah DNA pengertian
transformasi disini adalah proses pengambilan DNA asing oleh suatu sel yang
mengambilnya melalui proses rekombinasi. Beberapa pembuktian yang menjelaskan
masalah tersebut adalah sebagai berikut :
1. F. Griffith (1928):
1. Noncapsulated pneumococci (non pathogen).
2. Capsulated pneumococci: pathogen, mematikan mencit.
3. Noncapsulated pneumococci (hidup) + capsulated pneumococci yang
telah mati mematikan mencit.
4. Ada transforming factor.
DNA merupakan Senyawa Khas Kromosom
Pembuktian pertama dilakukan dengan cara pewarnaan kromosom dalam
studi mikroskopik. Seorang ahli kimia dari Jerman Robert Feulgen, telah menunjukan
bahwa bila DNA dipanaskan dengan asam fuchsin akan timbul warna merah tua yang
mengikat. Percobaan tersebut dilaksanankan di dalam tabung reaksi dan sepuluh
tahun kemudian hasil penemuan Feulgen diterapkan pada sel hidup. Ternyata
perlakuan itu tidak merusak sel atau jaringan, kromosom muncul dengan warna yang
jelas dan bagian selnya tidak berwarna. Kekhasan DNA pada kromosom yang
sebelumnya telah diakui sebagai organel tempat gen, mendorong orang untukl
menyimpulkan bahwa DNA merupakan bahan dasr penyusun gen.
Replikasi DNA
Replikasi adalah peristiwa sintesis DNA.Saat suatu sel membelah secara
mitosis, tiap-tiap sel hasila pembelahan mengandung DNA penuh dan identik seperti
induknya.Dengan demikian, DNA harus secara tepat direplikasi sebelum pembelahan
dimulai.Replikasi DNA dapat terjadi dengan adanya sintesis rantai nukleotida baru
dari rantai nukleotida lama.Proses komplementasi pasangan basa menghasilkan suatu
molekul DNA baru yang sama dengan molekul DNA lama sebagai
cetakan.Kemungkinan terjadinya replikasi dapat melalui tiga model.
1. Model konservatif yaitu dua rantai DNA lama terpisah dan rantai yang
berfungsi sebagai cetakan untuk dua rantai DNA baru.
2. Model semikonservatif yaitu dua rantai DNA lama terpisah dan rantai baru
disintesis dengan prinsip komplementasi pada masing – masing rantai DNA
lama tersebut.
3. Model dispertif yaitu beberapa bagian dari kedua rantai DNA lama digunakan
sebagai cetakan untuk sintesis rantai DNA baru.

Berikut adalah gambaran replikasi yang terjadi terhadap DNA :


Dari ketiga model replikasi tersebut, model semikonservatif merupakan model
yang tepat untuk proses replikasi DNA.Replikasi DNA semikonservatif ini berlaku
bagi organisme prokariot maupun eukariot.Perbedaan replikasi antara organisme
prokariot dengan eukariot adalah dalam hal jenis dan jumlah enzim yang terlibat,
serta kecepatan dan kompleksitas replkasi DNA.Pada organisme eukariot, peristiwa
replikasi terjadi sebelum pembelahan mitosis, tepatnya pada fase sintsis dalam siklus
pembelahan sel.
Isolasi DNA
DNA juga dapat diisolasi, baik pada manusia maupun pada tumbuhan. DNA
manusia dapat diisolasi melalui darah. Darah manusia terdiri atas plasma darah,
globulus lemak, substansi kimia (karbohidrat, protein dan hormon), dan gas (oksigen,
nitrogen dan karbon dioksida). Plasma darah terdiri atas eritrosit (sel darah merah),
leukosit (sel darah putih) dan trombosit (platelet). Komponen darah yang diisolasi
yaitu sel darah putih. Sel darah putih dijadikan pilihan karena memiliki nukleus, di
mana terdapat DNA di dalamnya. DNA pada tumbuhan juga dapat diisolasi,
contohnya pada tumbuhan bawang merah (Allium cepa) dan pada pisang (Musa sp.)
(Kimball 2005: 8; Kent & Carr 2001: 317)
Fungsi dan peranan DNA adalah untuk menentukan sifat – sifat organisme.
Timbul pertanyaan bagaimana caranya DNA dapat berperan dalam proses
kehidupan?. Dalam sel DNA berperan dengan cara mengandilkan proses
pembentukan rantai protein. Protein merupakan salah satu senyawa penting dalam
kehidupan organisme. Protein terdapat dalam berbagai bentuk seperti enzim, protein
pengangkut, protein cadangan, antibody, hormone dan sebagainya.
RNA
RNA ( ribonucleic acid ) atau asam ribonukleat merupakan makromolekul
yang berfungsi sebagai penyimpan dan penyalur informasi genetik.RNA sebagai
penyimpan informasi genetik misalnya pada materi genetik virus, terutama golongan
retrovirus.RNA sebagai penyalur informasi genetik misalnya pada proses translasi
untuk sintesis protein.RNA juga dapat berfungsi sebagai enzim ( ribozim ) yang dapat
mengkalis formasi RNA-nya sendiri atau molekul RNA lain.

Gambar 2 Sruktur dari RNA

Struktur RNA
RNA merupakan rantai tungga polinukleotida.Setiap ribonukleotida terdiri
dari tiga gugus molekul, yaitu :
1. 5 karbon
2. basa nitrogen yang terdiri dari golongan purin (yang sama dengan DNA) dan
golongan pirimidin yang berbeda yaitu sitosin (C) dan Urasil (U)
3. gugus fosfat
Purin dan primidin yang berkaitan dengan ribose membentuk suatu molekul yang
dinamakan nukleosida atau ribonukleosida, yang merupakan precursor dasar untuk
sintesis DNA. Ribonukleosida yang berkaitan dengan gugus fosfat membentuk suatu
nukleosida . RNA merupakan hasil transkripsi dari suatu fragmen DNA, shingga
RNA merupakan polimer yang jauh lebih pendek dibandingkan DNA.
Tipe RNA
RNA terdiri dari tiga tipe, yaitu mRNA ( messenger RNA ) atau RNAd ( RNA
duta ), tRNA ( transfer RNA ) atau RNAt ( RNA transfer ), dan rRNA ( ribosomal
RNA ) atau RNAr ( RNA ribosomal ).
RNAd
RNAd merupakan RNA yang urutan basanya komplementer dengan salah satu
urutan basa rantai DNA.RNAd membawa pesan atau kode genetik (kodon) dari
kromosom (di dalam inti sel) ke ribosom (di sitoplasma).Kode genetik RNAd tersebut
kemudian menjadi cetakan utnuk menetukan spesifitas urutan asam amino pada rantai
polipeptida.RNAd berupa rantai tunggal yang relatif panjang.Berikut gambarnya :
RNAr
RNAr merupakan komponen struktural yang utama di dalam ribosom.Setiap
subunit ribosom terdiri dari 30 - 46% molekul RNAr dan 70 - 80% protein.
RNAt
RNAt merupakan RNA yang membawa asam amino satu per satu ke
ribosom.Pada salah satu ujung RNAt terdapat tiga rangkaian baa pendek ( disebut
antikodon ).Suatu asam amino akan melekat pada ujung RNAt yang berseberangan
dengan ujung antikodon.Pelekatan ini merupakan cara berfungsinya RNAt, yaitu
membawa asam amino spesifik yang nantinya berguna dalam sintesis protein yaitu
pengurutan asam amino sesuai urutan kodonnya pada RNAd.
Tranfer RNA
Transfer RNA mempunyai peranan yang sangat penting dalam sintesis
protein, menyediakan molekul adaptor yang menyempurnakan translasi dari setiap
molekul triplet kedalam asam amino. Transfer RNA (tRNA) adalah molekul RNA
yang membawa asam amino untuk membentuk polipeptida (to the growing
polypeptide). Transfer RNA (singkatan tRNA) adalah RNA gugus kecil (biasanya
sekitar 74-95 nucleotida) yang mentranfer asam amino spesifik untuk menyusun
rantai polipeptida pada ribosom site dari sintesis protein selama proses translasi.
Untuk tRNA yang berperan pada duplikasi yang mempunyai 3' 3' lokasi terminal
untuk penyusunan asam amino. Hubungan covalent ini dikatalisasi oleh satu
aminoacyl tRNA synthetase. Itu juga berisi tiga daerah dasar disebut anticodon bisa
berasarkan kesesuaian pasangan tiga daerah codon terhadap mRNA. Masing-masing
jenis dari molekul tRNA mungkin dihubungkan hanya satu jenis asam amino, tetapi
karena kode genetik berisi berbagai codon yang menetapkan asam amino sama,
molekul tRNA membawa anticodons yng berbeda boleh saja membawa asam amino
sama.Aksi terakhir dari tRNA pada sintesis protein, semua tRNA berada di P dan A
pada ribosome, dimana akhirnya mereka dapat berasosiasi dengan mRNA melalui
pemasangan kodon dan anticodon. Sementara di akhir lainnya polipetida sedang
ditransfer.Untuk sites P dan A menyambut semua tRNA. Pasangan terakhir harus
sesuai dengan bentuk dan ukuran umumnya. Setiap asam amino disusun atau
direpresentasikan oleh lebih dari satu tRNA. Multiple tRNA representing asam
amino yang sama disebut dengan isoaccepting tRNAs. Group dari isoaccepting
tRNAs harus berisi dengan aminoactyl-tRNA synthethase specific untuk asam
aminonya
Fungsi dan peranan RNA
RNA dapat berperan sebagai materi genetic seperti pada virus atau sebagai
penghubung DNA dengan protein pada semua organisme.

PEMANFAATAN KERAGAMAN GENETIK DALAM


PENGELOLAAN SUMBERDAYA HAYATI LAUT

PERANAN GENETIK DALAM PENGELOLAAN SUMBERDAYA LAUT

Indonesia sebagai salah satu pusat keanekaragaman hayati dunia yang memiliki
Indeks Keanekaragaman Hayati (Biodiversity Index) tinggi. Lingkungan laut Indonesia
dengan berbagai macam habitat yang ada di dalamnya tersebar luas di antara dua wilayah
laut, wilayah paparan dan wilayah laut dalam. Terdapatnya dua paparan luas di bagian barat
dan bagian timur Indonesia yang dipisahkan oleh laut yang dalam memberikan gambaran
akan terdapatnya berbagai ragam jenis biota dan habitat (Tabel 1). Pengelolaan sumberdaya
hayati laut telah didefinisikan sebagai penerapan IPTEK kelautan terhadap permasalahan
pemanfaatan sumberdaya untuk memperoleh hasil optimum dalam kegiatan perikanan
komersial. Untuk itu pengelolaan suatau sumberdaya hayati laut memerlukan pengetahuan
yang mendasari prinsip-prinsip biologi, ekologi dari sumberdaya tersebut. Selama ini
pengelolaan sumberdaya hayati laut pada umummnya hanya ditekankan pada pengertian
yang sempit yaitu berapa kelimpahan dan ukuran biota yang akan di panen. Akibat dari fokus
jangka pendek dan sempit tersebut, maka perspektif biologi dari pengelolaan sumberdaya
telah didominasi pengetahuan tentang dinamika populasi dan ekologi terhadap pemahaman
tentang pentingnya aspek genetika populasi. Akibat sempitnya pemahaman ini, mungkin
dalam jangka pendek belum dapat dilihat dampaknya, namun dalam waktu jangka panjang
akan menghadapi permasalahan yang sangat serius. Salah satu contoh kelimpahan dan ukuran
ikan dalam populasi tidak dapat dijamin kelestariannya (sustainability) hanya dengan
membuat keseimbangan antara rekruitmen dan panen (harvest), tetapi akan menyangkut
kemampuan reproduksi, kelangsungan hidup (survival) yang sarat akan muatan genetik.
Manajemen sumberdaya hayati laut yang berhasil tentunya akan pertimbangan aspek
genetika populasi.

PERBAIKAN STOK ALAMI MELALUI RESTOKING

Mempertahankan keragaman genetik suatu populasi tidak selalu mudah dengan


meningkatnya tekanan eksploitasi maupun dari pencemaran lingkungan. Salah satu contoh
yang terjadi di perairan wilayah laut kawasan timur Indonesia dengan tingkat penangkapan
yang tinggi di berbagai tempat dengan cara pengeboman ikan yang akibatnya akan merusak
ekosistem terumbu karang yang pada akhirnya akan terjadi penurunan tingkat keragaman
genetik yang cukup serius. Salah satu contoh yaitu ikan Napoleon (Cheilinus undulatus) yang
populasi di alam semakin sedikit. Maka perlu adanya monitoring genetik sumberdaya hayati
laut, sehingga tingkat kestabilan populasi akan diketahui. Jika kondisi seperti ini dibiarkan
tanpa dikontrol, bukan tidak mungkin di masa yang akan datang produksi ikan, udang,
kepiting, teripang dan moluska dari perairan wilayah Indonesia akan semakin menurun dan
bahkan suatu ketika akan terjadi kepunahan dari beberapa jenis. Salah satu contoh dari jenis
bulu babi Tripneustes gratilla (Gambar 1) dan jenis ikan bandeng Chanos sp. (Gambar 2).

Perbaikan kondisi menurunnya keragaman genetik suatu populasi dapat dilakukan


(preventive) dengan mengurangi tingkat eksploitasinya. Cara lain yang dapat dilakukan untuk
meningkatkan keragaman hayati suatu populasi dapat dengan introduksi individu-individu
baru yang memiliki keragaman genetik yang lebih tinggi kedalam populasi lokal.

Menurut TURNER dalam DEAN (1979) melakukan restoking adalah sebagai berikut :

1. Stok yang akan ditransfer harus memiliki komposisi genetik yang tidak jauh berbeda
dengan populasi lokal, sehingga tidak terjadi hibridisasi.

2. Jangan sampai terjadi kompetisi dengan jenis lokal.

3. Populasi yang direstoking harus bebas dari penyakit.

4. Populasi yang direstoking harus dapat hidup dan bereproduksi.

MANFAAT KERAGAMAN GENETIK DALAM MARIKULTUR

Konsep pemanfaatan keragaman genetik dalam marikultur sedikit agak berbeda dengan
pemanfaatannya dalam pengelolaan sumberdaya hayati laut. Dalam pengembangan
marikultur, keragaman genetik dipandang sebagai sumber gen. Dari sumber gen yang
beragam, memungkinkan untuk mencari gengen unggul yang kemudian melalui proses
seleksi, hibridisasi maupun transfer gen sehingga dapat dihasilkan suatu individuindividu
yang memiliki keunggulan baik dari segi pertumbuhan, tahan terhadap penyakit maupun
kemampuan adaptasi yang tinggi. Setelah didapatkan individu-individu unggul, maka tujuan
marikultur adalah bagaimana memproduksi secara massal dan seragam. Pemanfaatan
keragaman genetik sumberdaya hayati laut dalam marikultur, relatif belum banyak dilakukan
di Indonesia, namun yang telah dilakukan umumnya adalah dari jenis ikan tawar, sedangkan
untuk jenis ikan laut yang telah banyak dilakukan oleh negara lain adalah jenis ikan salmon.
Dimana telah dilakukan seleksi induk secara intensif terhadap gen-gen spesifik dan sudah
menghasilkan dalam keberhasilan produksi. Pada umumnya hasil seleksi telah mampu
menghasilkan perubahan dalam metabolisme dan khususnya efisiensi pertumbuhannya.
Negara Taiwan dan Hawai telah berhasil dalam melakukan seleksi untuk jenis ikan bandeng
(Chanos chanos), dari benih yang diimpor ke Indonesia menunjukkan memiliki keunggulan
yang lebih khususnya dalam keseragaman ukuran dan kecepatan pertumbuhannya. Secara
umum, pemanfaatan keragaman genetik sumberdaya hayati laut di Indonesia masih sangat
kurang. Salah satu contoh dalam usaha persilangan induk udang windu (Penaeus monodon)
telah dicoba dari beberapa populasi asal Aceh, Cilacap danSumbawa untuk memdapatkan
benih yang tahan terhadap penyakit, namun hasilnya masih kurang memuaskan (SUGAMA
et al., 1996).

PEMANFAATAN KERAGAMAN GENETIK LEWAT PROSES SELEKSI

Proses seleksi dengan pemanfaatan keragaman genetik adalah untuk mendapatkan karakter
unggul yang terdapat dalam suatu individu populasi. Dengan mendapatkan karakter unggul
yang diharapkan misalnya : bentuk ukuran tubuh, bentuk warna ataupun bentuk lainnya,
maka perlu dari populasi tersebut dicari individu-individu yang mempunyai dan memiliki
karakter yang diinginkan. Selanjutnya dilakukan seleksi lewat suatu proses persilangan
sampai mendapatkan individu yang murni. Dari karakter genetik yang murni ini seterusnya
dilakukan persilangan sampai mendapatkan individu yang unggul. Individu-individu murni
biasanya disebut “parent stock”. Proses seleksi ini dapat dilakukan secara alami ataupun
buatan. Proses seleksi buatan lewat Ginogenesis dilakukan dengan pemurnian melalui
segregasi, dalam proses ini pembuahan dilakukan di luar tubuh. Sedangkan melalui seleksi
alami, hasil tersebut baru dapat diperoleh setelah lebih dari 3 generasi bahkan sampai tujuh
generasi.

MATA KULIAH BIOTEKNOLOGI

TUGAS MATA KULIAH


BIOTEKNOLOGI
O LEH:
CARLES SUGARA
NIM. 0810810032

PROGRAM STUDI MANAJEMEN SUMBERDAYA PERAIRAN


FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN
UNIVERSITAS BRAWIJAYA
MALANG
2007
KATA PENGANTAR

Puji syukur kehadirat Tuhan Yang Maha Esa yang telah memberikan
rahhmatnya, sehingga tugas paper mata kuliah Bioteknologi dapat selesai tepat pada
waktunya. Judul tulisan yang dijadikan topik adalah Pengetahuan Tentang
Bioteknologi khususnya mengenai DNA sebagai material genetik.
Penulis mengucapkan terimah kasih yang sedalam-dalamnya kepada Ibu Uun
Yahunar S.Pi,Msi. sebagai dosen mata kuliah Bioteknologi yang telah memberikan
arahan dan bimbingannya. Penulis juga mengucapkan terimah kasih kepada teman-
teman dan semua pihak yang telah membantu dalam penyelesain paper ini.
Kami menyadari tulisan ini masih banyak kekurangan. Untuk itu saran
perbaikan dari pembaca sangat kami harapkan. Semoga tulisan ini dapat bermanfaat
bagi para pembaca.

Malang, Maret 2009