Anda di halaman 1dari 10

Genetik Marker

Penanda genetik, juga disebut dengan penanda, marker, marka, atau markah di berbagai kepustakaan, merupakan penciri individu yang terlihat oleh mata atau terdeteksi dengan alat tertentu yang menunjukkan genotipe suatu individu. Bentuknya dapat berupa penampilan fenotipe/morfologi tertentu, kandungan senyawa (protein atau produk biokimia tertentu), berkas (band) pada suatu lembar hasil elektroforesis gel atau kromatogram, atau hasil pembacaan sekuensing. Suatu penanda genetik dapat diketahui lokasinya pada kromosom maupun tidak. Penanda yang lokasinya dapat diketahui pada kromosom lebih disukai karena dapat memberikan informasi lebih jauh menuju karakterisasi suatu gen. Aplikasi penanda genetik sangat luas. Bidang-bidang kedokteran, pertanian, ilmu pangan, lingkungan, antropologi, sejarah, hukum menggunakannya sebagai alat analisis atau alat pembuktian. Beberapa penanda genetik sangat tepercaya karena bersifat lembam (tidak mudah berubah karena pengaruh lingkungan).

Prinsip Pemanfaatan Penanda Genetik Penanda genetik hanya berguna apabila ia polimorfik dan terpaut dengan sifat yang akan diamati atau dengan penanda genetik lain. Syarat polimorfik diperlukan karena penanda genetik harus bisa mengelompokkan individu-individu ke dalam sejumlah subpopulasi berdasarkan alel yang teramati. Penanda harus terpaut dengan gen atau faktor-faktor lain karena ia akan dipakai sebagai "tanda pengenal" yang harus melekat pada sifat yang diteliti. Penanda genetik mengikuti Hukum Pewarisan Mendel sehingga dapat digunakan dalam analisis genetik. Dalam kaitan dengan hal ini terdapat dua kelas penanda genetik:

Penanda bersifat kodominan, artinya dapat membedakan ketiga kelas genotipe pada generasi F2 (dua homozigot dan heterozigot);

Penanda bersifat dominan, yang tidak bisa memisahkan heterozigot dari salah satu kelas homozigot.

Terdapat bermacam-macam penanda genetik, yang masing-masing memiliki kelebihan dan kelemahan. a. Penanda morfologi Penanda ini mudah dilihat oleh mata dan telah banyak digunakan sejak masa awal genetika. Contohnya adalah warna, ukuran, atau bentuk organ tertentu. Walaupun mudah dan masih dipakai (biasanya digunakan untuk mengontrol berhasilnya suatu persilangan), penanda morfologi dapat termodifikasi oleh pengaruh lingkungan sehingga dianggap tidak stabil. Selain itu, penanda morfologi jumlahnya sangat terbatas dan untuk mengamatinya orang harus menunggu hingga sifat penanda itu muncul. b. Penanda biokimia

Penanda biokimiawi biasanya memerlukan alat atau metode khusus untuk mengamatinya. Kajian genetik hewan dan kedokteran di masa lalu banyak menggunakan penanda ini, misalnya untuk menentukan golongan darah atau kehadiran suatu penyakit dengan uji serologi). Kalangan genetika tumbuhan banyak menggunakan penanda biokimia sejak tahun 1960-an dengan

menggunakan isoenzim (isozim). Penanda isoenzim bersifat kodominan sehingga dapat dipakai pada populasi segregasi dengan individu heterozigot.

Meskipun cukup diskriminatif dan tidak mudah terpengaruh lingkungan, penanda ini seringkali diekspresikan pada waktu dan organ tertentu saja. Jumlahnya tidak banyak dan analisisnya memakan waktu dan biaya. Semenjak ditemukannya enzim endonuklease restriksi, penanda biokimia mulai ditinggalkan penggunanya. Penanda biokimia hingga sekarang masih digunakan oleh industri benih gandum untuk menyeleksi galur-galur berdasarkan kandungan glutennya. c. Penanda molekul Yang dimaksud dengan penanda molekul adalah penanda yang

mengandalkan sifat-sifat aplikatif DNA atau cDNA. Jadi, penanda biokimia tidak termasuk di dalamnya meskipun sebenarnya juga merupakan molekul. Penanda molekul bersifat stabil karena DNA bersifat baka dan tidak terpengaruh lingkungan. Penanda ini mulai dipakai semenjak ditemukannya secara berturutturut enzim endonuklease restriksi, teknik Southern blot, dan PCR pada dasawarsa 1970-an. Teknik elektroforesis gel, yang juga menjadi prasyarat penggunaan penanda ini, telah dipakai bertahun-tahun sebelumnya. Dukungan dari bidang automasi, robotika, dan bioinformatika terhadap teknik sekuensing pada tahun 1990-an hingga awal abad ke-21 menjadikan penanda molekul menjadi hal yang relatif ekonomis untuk dikerjakan. Berikut ini adalah beberapa penanda molekul yang dipakai dalam berbagai analisis genetik:

RFLP minisatelit atau VNTR RAPD mikrosatelit (dikenal juga sebagai SSR atau STR)

inter-SSR AFLP STS SCAR SNP microarray SAGE

Penggunaan penanda genetik Penanda genetik digunakan untuk berbagai macam kepentingan yang biasanya bersifat diagnostik serta forensik. Selain itu, penanda genetik bisa dipakai sebagai alat bantu seleksi dan pengukur keanekaragaman genetik. Contoh-contoh aplikasi penanda genetik:

Sidik jari DNA pada pembuktian forensik. Uji serologi untuk mengetahui kehadiran penyakit tertentu. Pembuatan peta genetik. Seleksi berbantuan marker (marker-assisted selection, MAS). Deskripsi keanekaragaman genetik. Analisis hubungan kekerabatan etnis manusia. Analisis kekerabatan/taksonomi. Analisis kualitas lingkungan. Analisis kandungan bahan pangan/pakan.

Aplikasi Genetik Marker Untuk Budidaya Ikan Kakap merah Genetik marker merupakan alat bantu seleksi. Dengan adanya genetik marker, maka kita bisa menyeleksi induk ikan yang unggul, khususnya ikan Kakap merah. Ikan Kakap merah merupakan salah satu komoditas ekspor yang cukup penting. Oleh karena itu, kita memerlukan pengelolaan dan memanfaatkan kemajuan IPTEK agar mampu menghasilkan produksi ikan Kakap merah yang baik. Sebagai contoh, berikut ini aplikasi genetik marker untuk identifikasi ikan Kakap merah unggul: Aplikasi analisis RAPD Karena teknik RAPD yang sederhana dan biaya yang diperlukan lebih murah maka terdapat aplikasi yang sangat luas dari RAPD pada berbagai area biologi. Beberapa area tersebut antara lain: 1. Kemampuan RAPD mendeteksi variasi intra-specifik dapat digunakan untuk melakukan screening untuk tingkat inbreeding pada induk kerapu untuk mencegah peningkatan frekuensi alel resesif yang merugikan dalam populasi. 2. Marker species-specific digunakan dalam inter-specific gene flow dan identifikasi hybrid. Sama halnya dengan marker populationspecific akan bermanfaat dalam identifikasi populasi hibrid. Marker RAPD lebih cocok untuk organisme klonal dibandingkan organisme yang bereproduksi secara seksual. Karena bereproduksi secara aseksual, maka fragmen polimorfik antar individual dapat digunakan untuk menentukan identitas klonal.

Walaupun metode RAPD relatif cepat, murah dan gampang dilaksanakan dibandingkan metode marker DNA lain, isu konsistensi/reproducibility menjadi perhatian sejak dipublikasikannya teknik ini. RAPD sangat sensitif terhadap perubahan kondisi reaksi PCR. Problem reproducibility/konsistensi biasanya terjadi pada band dengan intensitas yang rendah. Hal ini mungkin terjadi karena primer tidak cocok secara sempurna pada sekuen priming site, amplifikasi pada beberapa siklus mungkin tidak terjadi sehingga band tetap samar. Aplikasi analisis RFLP RFLP merupakan metode yang digunakan oleh molecular biologists mengikuti urutan tertentu DNA seperti yang disampaikan ke sel lain. RFLPs dapat digunakan dalam berbagai macam pengaturan yang berbeda untuk mencapai tujuan. RFLP, sebagai tanda molekular, adalah khusus untuk tunggal clone / pembatasan enzim kombinasi. RFLP tanda yang paling dominan (baik alleles dalam sampel heterozygous akan terdeteksi) dan sangat-tempat tertentu. RFLPs dapat digunakan menentukan status penyakit individu. RFLPs dapat digunakan untuk mengukur tingkat recombination yang dapat mengakibatkan genetik peta dengan jarak antara RFLP loci diukur centiMorgans. Perbedaan dalam ukuran fragmen batasan antara individu dapat dideteksi oleh Southern blotting dengan pemeriksaan khusus untuk wilayah DNA diketahui mengandung RFLP. Dan pemisahan yang meiotic recombination seperti DNA polymorphisms dapat diikuti seperti biasa genetik markers. RFLP analisis ikan dapat mendeteksi pemisahan yang RFLP yang dapat digunakan untuk menguji statistik signifikan untuk linkage ke allele untuk warisan penyakit ikan.

RFLP merupakan sebuah penyelidikan yang berlabel urutan DNA yang hybridizes dengan satu atau lebih dari fragmen dicerna sampel DNA setelah mereka dipisahkan oleh gel electrophoresis, sehingga menyatakan unik blotting pola karakteristik tertentu genotip di tempat tertentu. Pendek, satu atau rendah menyalin genomic DNA atau cDNA clones biasanya digunakan sebagai RFLP probes. RFLP probes yang sering digunakan dalam genome pemetaan dan analisis variasi (genotyping, forensics, hal tes, turun temurun diagnosa penyakit, dll). Dengan adanya RFLP, kita dapat mengetahui asal usul keturunan induk kerapu, karena dengan mengetahui asal usul keturunan induk kerapu, kita dapat mengetahui seberapa unggul kerapu tersebut. Aplikasi analisis mikrosatelit Sebagai penanda genetik, mikrosatelit sangat berlimpah. Suatugen dapat memiliki lebih dari dua mikrosatelit. Mikrosatelit bersifatkodominan dan dapat diketahui letak lokasi pada DNA. Dengan demikian, pada SSR sesuai berfungsi untuk mendeteksiheterozigos itas. Pemanfaatannya tidak memerlukan waktu lama (dua hari). Mikrosatelit merupakan penanda berbasisPCR, sehingga memerlukan primer. Karena kelebihan-kelebihan ini, mikrosatelit disukai sebagai penanda. Kelemahan mikrosatelit adalah pembuatan primernya memerlukan investasi yang besar karena ikan harus melakukansekuensing dan primer mikrosatelit bersifat spesifikspes ies (sukar dipertukarkan antarspesies). Bentuk pengulangan sekuen DNA sederhana yang berulang-ulang menjadikan marka mikrosatelit sering disebut simple sequence repeat (SSR), short tandem repeats (STRs) atau simple sequence length polymorphisms (SSLPs) yang sekarang menjadi salah satu marka paling banyak digunakan secara luas untuk

pemetaan genetik, analisis keragaman genetik, dan studi evolusi. Marka ini muncul sebagai marka yang sangat variatif dan mudah diulang, menjadikan sangat ideal untuk pemetaan genom. Mikrosatelit kloroplas (cpSSRs) sama dengan mikrosatelit di dalam inti sel, tetapi ulangan hanya bisa 1 pasang basa (misal (T)n). Setiap spesies biasanya memiliki ciri khas dalam pengulangan sekuen sederhana ini. Repetitive DNA atau segmen DNA yang berulang adalah salah satu aspek dari genome yang tidak dapat diuji secara mendetail. Salah satu tipe dari repetitive DNA adalah Tandemly Repeated DNA (TR DNA) yang sangat umum terdapat pada genome eukariotik dan terdapat pula pada genome prokariotik dengan frekuensi yang lebih sedikit. TR DNA disebut juga satelit DNA karena pada saat dilakukan fraksinasi genome DNA dengan uji gradien kerapatan, fragmenfragmen DNA yang banyak mengandung sekuen berulang secara berurut berada pada daerah pita satelit (daerah di luar pita utama). Minisatelit dan mikrosatelit adalah tipe lain dari TR DNA. Meskipun tidak tampak pada daerah pita satelit ketika dilakukan pengujian, namun minisateli dan mikrosatelit juga dimasukkan dalam DNA satelit. Kemungkinan yang menyebabkan tidak tampaknya minisatelit dan mikrosatelit pada pita satelit adalah jumlahrepeat DNA yang sedikit. Minisatelit mempunyai unit ulangan mencapai 25 pb sedangkan mikrosatelit berkisar 13 pb ke bawah. Oleh karena itu mikrosatelit disebut juga Short Tandem Repeat. Minisatelit mempunyai asosiasi yang penting pada struktur kromosom. Telomer DNA ikan mengandung minisatelit dengan motif 5-TTAGGG-3. Sedangkan contoh dari mikrosatelit ditemukan pada lokus reseptor sel-T ikan.

Mikrosatelit mempunyai tingkat keragaman yang rendah. Oleh karena itu, banyak yang menganggap minisatelit dan mikrosatelit tidak fungsional (junk DNA). Namun, hasil sekuen terbaru terhadap beberapa genome menunjukkan bahwa repeat-DNA tidak hanya terdapat pada daerah intron tapi ditemukan juga pada promoter dan daerah coding. Dari sini, timbul suatu analisis apabila repeat-DNA banyak pada daerah exons (>30%) memungkinkan terjadinya fenomene dimana variasi genetic antar organisme dapat dipengaruhi olehrepeat-DNA selain Single Nucleotide

Polymorphism (NSP) yang selama ini diketahui. Hal ini juga didukuing oleh suatu bukti bahwa tidak ada satu organisme pun yang mempunyai kandungan mikrosatelit yang sama dengan organisme yang lain. DNA Satelit ditemukan dalam sentromer dan juga di tempat lain dalam kromosom eukaryot. Sebuah genom dapat berisi beberapa tipe DNA Satelit yabg berbeda-beda, setiap Satelit dengan sebuah perbedaan unit yang berulang-ulang, unit tersebut berkisar antara 5-200 bp. Tiga kelompok Satelit dalam DNA manusia meliputi 4 perbedaan dari tipe berulang. Salah satu tipe DNA Satelit yang ditemukan dalam ikan adalah alphoid DNA yang berulang, terdapat di bagian sentromer dalam kromosom Jenis-jenis genetik marker tersebut memiliki keunggulan dan kelemahan masing-masing. Namun, tetap memiliki satu tujuan yang sama. Yaitu menghasilkan komoditas ikan Kakap merah yang unggul untuk memenuhi kualitas ekspor. Genetik marker diterapkan untuk mengetahui induk unggul ikan Kakap merah. Sebab, dengan mengetahui induk unggul ikan Kakap merah, maka

kita dapat menghasilkan benih-benih yang unggul pula. Benih unggul inilah yang akan dibudidayakan untuk memenuhi kualitas ekspor.

DAFTAR PUSTAKA
Sabillah. 2012. Sumber: http://id.scribd.com/doc/75645978/AplikasiBioteknologi-Akuakultur-Dengan-Menggunakan-Genetik-Marker, diakses pada 15 Oktober 2013. Semarang.