Introducción

La Bioinformática es un campo de la ciencia en el cual confluyen varias disciplinas

tales como: biología, computación y tecnología de la información. Al comienzo de la
"revolución genómica", el concepto de bioinformática se refería sólo a la creación y
mantenimiento de base de datos donde se almacena información biológica, tales como
secuencias de nucleótidos y aminoácidos. El desarrollo de este tipo de base de datos no
solamente significaba el diseño de la misma sino también el desarrollo de interfaces
complejas donde los investigadores pudieran acceder a los datos existentes y suministrar o
revisar dichos datos.
En este informe se detallan algunas las formas de uso de la bioinformática, para
actividades tales como la traducción de una secuencia de nucleótidos, así como la
identificación del organismo al que corresponde cada secuencia.

Objetivos:

• Aprender a utilizar las bases de datos como un media de apoyo a la hora de

trabajar con secuencias nucleotídicas.
• Diferenciar los distintos tipos de programas bioinformáticos, así como
también saber la función de cada uno de estos.
 Resultados:

Identificación de una secuencia nucleotídica desconocida mediante programas

bioinformáticos.

La secuencia utilizada en fue:

>secuencia3
GGTGTGATGGAAGATACAAAACAACATGAGGAGATGGAGAATGATAAGCTATGTTTGAAGGAGGACACAA
ATCTATTTGAGGAGATGATGGAGTCGGCAAAAGATAGGATGATCCGTTCAGTGGAGGAACTCTTAGGAGG
AGAATTCCCTTATCTTGGATCTTACGAAAACATCCACACTTGGCTCAGTGGCGTTCTTACTAGCTACATC
ACATGTATCGACGAAATTGGTGACGGTGCCTATAAACGTCGGGTCGAGCCACAGCTTCAAGACCTCATTT
CTAAGGCAAAGGTAGCTTTGGCTCTTTTTATCTCCATTTCGCCGAGAGACAACACCGAACTTAACTCGGT
GGTTCCCAATAGCCCGTCTTGGTTATCTCATGTTGACAAGAAAGATCTATATCTCAATGCTGAGGCTCTA
AAAAAGATTGCCGATGTTGTGGTCGCGAAAGATGGGACCGGAAAGTACAACACAGTGAATGCGGCCATTG
CAGCAGCACCTCAACACAGCCACAAGAGATTCATCATCTATATAAAGACAGGCATTTATGATGAAATCGT
CGCCATTGAGAATACGAAACCCAATTTAACTCTTATAGGTGATGGTCAAGATTCAACCATCATCACGGGC
AATTTAAGCGCTAGCAATGTTAGAAGAACGTTCTACACTGCAACTTTTGCTTCTAATGGTAAAGGATTCA
TCGGAGTAGACATGTGCTTCCGAAACACGGTCGGGCCGGCAAAAGGACCAGCTGTTGCCCTCCGTGTGAG
TGGTGATATGTCCGTCATTTACAGATGTCGTGTCGAGGGATATCAGGATGCCTTGTATCCTCACATAGAC
CGCCAGTTTTATAGGGAGTGCTTTATTACCGGTACTGTAGATTTCATTTGTGGAAACGCAGCGGCGGTAT
TTCAATTCTGCCAGATTGTAGCAAGACAGCCTAATATGGGGCAAAGCAATTTCATAACCGCTCAATCACG
CGAGACTAAGGACGACAAATCGGGCTTCTCAATTCAAAACTGCAACATCACAGCAAGTTCGGATCTAGAT
ACAGCAACCGTAAAAACGTATCTTGGAAGGCCTTGGAGGATATTTTCAACAGTCGCGGTTCTGCAGTCTT
TCATCGGTGATTTAGTTGATCCCGCAGGCTGGACTCCTTGGGAAGGAGAAACTGGTCTGTCAACTCTCCA

Los programas que fueron utilizados para identificar la secuencia nucleotídica fueron los
siguientes:

• Blast: Compara la secuencia con una base de datos de secuencias.

• Blastx: Compara la secuencia con una base de datos de proteínas.
• Translate: Traduce la secuencia a proteínas.
• Blastp: Compara la secuencia de aminoácidos con una base de datos de proteínas.

Al utilizar el Programa Translate, se obtuvo la siguiente secuencia aminoacídica:

>secuencia3(frame 5’ a 3’)

GVMEDTKQHEEMENDKLCLKEDTNLFEEMMESAKDRMIRSVEELLGGEFPYLGSYENIHT
WLSGVLTSYITCIDEIGDGAYKRRVEPQLQDLISKAKVALALFISISPRDNTELNSVVPN
SPSWLSHVDKKDLYLNAEALKKIADVVVAKDGTGKYNTVNAAIAAAPQHSHKRFIIYIKT
GIYDEIVAIENTKPNLTLIGDGQDSTIITGNLSASNVRRTFYTATFASNGKGFIGVDMCF
RNTVGPAKGPAVALRVSGDMSVIYRCRVEGYQDALYPHIDRQFYRECFITGTVDFICGNA
AAVFQFCQIVARQPNMGQSNFITAQSRETKDDKSGFSIQNCNITASSDLDTATVKTYLGR
PWRIFSTVAVLQSFIGDLVDPAGWTPWEGETGLSTL
 Con los resultados obtenidos, la secuencia corresponde a al organismo Arabidopsis
Thaliana. Esto se pudo comprobar con los resultados de los 3 programas Blast, ya que los 3
dieron como resultado el mismo organismo..

Además también se pudo identificar la proteína que codifica esta secuencia, dentro de
las posibles alternativas de proteínas son:
• Pectinesterasa.
• Pectinmethylesterasa
Ambas alternativas presentaron un porcentaje de identificación del 100%.

Según los resultados, se pudo inferir que el porcentaje de la proteína completa que se tiene
es:

Si se procede a utilizar el programa Blast como el Blastx, se obtendrá un porcentaje de

cobertura de la secuencia, respecto de la base de datos es del 75%.

Al comparar todos los resultados obtenidos, se procedió a buscar el resultado con el mejor
porcentaje de acierto, una vez identificado, el resultado adecuado, tanto en el Blast como el
Blastx, se procedió a obtener el porcentaje de cobertura de la secuencia mediante una
simple ecuación:

L: Longitud de la secuencia en la base de datos.

l: longitud de la secuencia poseída.

L 100 ; reemplazando los valores: L= 1575, l: 1229

l x

x = (1229*100)/ 1575 => x= 75,4%

Si se utiliza el Blastp, se procede a buscar el resultado con el mayor porcentaje de acierto.

Según los resultados la proteína deducida es la Pectinesterasa, con un porcentaje de 75%

de la proteína completa.
 Identificación:

Número de Acceso: NM_116631.4

Organismo Perteneciente: Arabidopsis Thaliana.

Función: Catalizar la hidrólisis de grupos metilester encontrados en la cadena peptídica

Condiciones en las que se obtuvo:

Procesos en los que participa:

Análisis

Utilizando el programa protparam con la secuencia nucleotídica:

P. I: 5.04
Masa Molecular: 97873.3 g/mol

Utilizando la secuencia aminoacídica:

P. I: 5.23
Masa molecular 43801.5 g/mol

Localización subcelular:

• 0.450 en el citoplasma.
• 0.100 en el espacio mitocondrial.
• 0.100 en el lisosoma. (lumen)
• 0.091 en el peroxisoma.

Según estos datos, se puede inferir que la localización subcelular es el citoplasma.

Número de regiones transmembrana:

Utilizando el programa DAS se obtuvo las posibles regiones transmembrana:

Inicio Fin Tamaño ~ Cutoff

62 71 10 ~ 1.7
65 67 3 ~ 2.2
97 106 10 ~ 1.7
99 103 5 ~ 2.2
294 297 4 ~ 1.7
302 304 3 ~ 1.7
366 376 11 ~ 1.7
369 371 3 ~ 2.2
Comparación de secuencias

Para esta parte se utilizaron, además las secuencias 1 y 2, traducidas a secuencias

aminoacídicas.

>secuencia1
RRRNSGKWVCEVREPNKKTRIWLGTFQTAEMAARAHDVAALALRGRSACLNFADSAWRLR
IPESTCAKDIQKAAAEAALAFQDEMCDATTDHGFDMEETLVEAIYTAEQSENAFYMHDEA
MFEMPSLLANMAEGMLLPLPSVQWNHNHEVDGDDDDVSLWSY-

>secuencia2
PNLSHTKSKEEQWLPLCSLPLLWLPLRLRPLWSLLSTDLSPPLPSQPPARLTTTLLPSQA
TAEELTACRCGLRLERRSLRLSLTFLTLPIPNWLRKLTTLSATSGFLVLNSTRICVP-AR
-LTRIL-WTVLDNVEASLVRLHRLRSSVEGSGRVQEGVPQCLH-DHRIRQHPSSPVHQFH
CLQATKLHRLISLCFCVNLKTLSPIFDFIPCFSAFFFFLGF-FPDLTFVFRFA

Utilizando el programa ClustalW2 se obtuvo el siguiente resultado:

secuencia3 GVMEDTKQHEEMENDKLCLKEDTNLFEEMMESAKDRMIRSVEELLGGEFPYLGSYENIHT 60
secuencia1 -----------------------------------------------------RRRNSGK 7
secuencia2 ------------------------------------------------PNLSHTKSKEEQ 12
:

secuencia3 WLSGVLTSYITCIDEIGDGAYKRRVEPQLQDLISKAKVALALFISISPRDNTELNSVVPN 120

secuencia1 WVCEVRE----------------------------------------PNKKTRI------ 21
secuencia2 WLPLCSLP-----------------------------------LLWLPLRLRPL------ 31
*: * :

secuencia3 SPSWLSHVDKKDLYLNAEALKKIADVVVAKDGTGKYNTVNAAIAAAPQHSHKRFIIYIKT 180

secuencia1 ---WLGTFQTAEMAARAHDVAALA---------------LRGRSACLNFADSAWRLRIPE 63
secuencia2 ---WSLLSTDLSPPLPSQPPARLT------------TTLLPSQATAEELTACRCGLRLER 76
* . :. :: . ::. : : : :

secuencia3 GIYDEIVAIENTKPNLTLIGDGQDSTIITGNLSASNVRRTFYTATFASNGKGFIGVDMCF 240

secuencia1 STCAKDIQKAAAEAALAFQDEMCDATTDHGFDMEETLVEAIYTAEQSEN----------- 112
secuencia2 -RSLRLSLTFLTLPIPNWLRKLTTLSATSGFLVLNSTRICVP-AR-LTRIL--------- 124
. : . . : * .. . * .

secuencia3 RNTVGPAKGPAVALRVSGDMSVIYRCRVEGYQDALYPHIDRQFYRECFITGTVDFICGNA 300

secuencia1 ---------------------------------AFYMHDEAMFEMPSLLA---------- 129
secuencia2 --------------------------------WTVLDNVEASLVRLHRLRSSVE------ 146
:. : : : :

secuencia3 AAVFQFCQIVARQPNMGQSNFITAQSRETKDDKSGFSIQNCNITASSDLDTATVKTYLGR 360

secuencia1 --------------NMAEGMLLPLPS----------VQWNHNHEVDGDDDDVSLWSY--- 162
secuencia2 -----------GSGRVQEGVPQCLH-DHRIRQHPSSPVHQFHCLQATKLHRLISLCFCVN 194
.: :. : : . . :

secuencia3 PWRIFSTVAVLQSFIGDLVDPAGWTPWEGETGLSTL- 396

secuencia1 -------------------------------------
secuencia2 -LKTLSPIFDFIPCFSAFFFFLGF--FPDLTFVFRFA 228

Los aminoácidos mas conservados en las 3 secuencias son:

• W
• P
• A
 Discusión

La pectinesterasa parte en la célula vegetal siendo solo pectina la cual ocupa un 35% del
peso de la pared primaria de la célula en sí. La pectina es un HGA con una ariable cantidad
de metilester en el carbono 6, estas pectinas son secretadas a la pared celular estando
altamente metilesterificadas, donde luego la pectin-metilesterasa la degrada luego esto
provoca una desmetilesterificacion la cual hace que el pH y la carga de la pared celular
cambie permitiendo que se unan poliurinidos en la estructura del gel de la pared,
incrementando su firmeza (1).
Se ha visto que la pectinmetilesterasa proviene del gen llamado QRT1 (2) en las arabidopsis
talhiana esto se comprobó al ver que el gen QRT es importante a la hora de la separación
del polen dentro de un desarrollo normal en una flor, por lo que esta enzima no solo sirve
para dar firmeza a la pared celular, sino que también se utiliza para separar el polen para así
poder continuar con su ciclo vital normal. Sin embargo este gen no solo codifica para esta
enzima sino que también para algunos tejidos de la planta, así como de células guardianas y
néctares florales.
También se ha observado que la PME no solo ayuda a regular la rigidez de la pared celular,
sino que esta rigidez puede ser selectiva, es decir, puede hacer mas rígida cierta parte de la
pared celular, esto provoca que la planta pueda crecer hacia arriba y de una forma
“tubular”, ya que estas enzimas actúan de forma que desarrollan una pared más rígida en las
zonas laterales de las células(3), mientras que en las formas apicales son mas expandibles y
flexibles, lo que ayuda al crecimiento geotrópico negativo de la planta.

Gracias a la metodología informática utilizada y los programas correctamente utilizados se

puede decir que los datos son certeros a la hora de una comparación de resultados, ya que
estos coinciden cerradamente con lo encontrado, lo que corresponde a una proteína
existente en una especie vegetal y de mucha importancia para esta. Sin embargo estos
modelos informáticos arrojan mucha información, por lo cual se centro en la pauta
entregada para resumir lo más posible estos datos y sacar lo más relevante de cada caso
para hacer un informe conciso y preciso sobre la proteína encontrada gracias a estos
programas.

En conclusión se puede decir que la bioinformática es una herramienta útil para los
biólogos que necesitan de una información rápida y certera para realizar estudios de forma
mas rápida y expedita, todo esto gracias a la colaboración de la comunidad científica que
esa dispuesta a compartir los resultados ya encontrados por ellos, para así compartirlos con
el investigador y para que este pueda hacer una comparación precisa de sus investigaciones
con los datos ya publicados y así no perder el tiempo, en si por ejemplo, su investigación ya
habría sido hecha, o incluso refutada, gracias a una nueva investigación. Entonces se puede
decir que la bioinformática no es solo una herramienta para ordenar, encontrar, y disponer
de datos ya estudiados, sino que también es posible utilizarla para analizar estos datos,
realizar una investigación, comprobar que es correcta y viable, y finalmente publicarla para
compartirla con la comunidad científica y así agregarse a la base de datos para que una
próxima investigación tenga como base estos resultados.
 Referencias

Digital (páginas Web)

• http://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/jf60173a020
• http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
• http://ca.expasy.org/cgi-bin/protparam
• http://www.sbc.su.se/~miklos/DAS/tmdas.cgi
• http://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/jf60173a020
papers

1. Overexpression of Pectin Methylesterase Inhibitors

in Arabidopsis Restricts Fungal Infection by Botrytis cinérea (Plant Physiol. Vol.
143, 2007), Vincenzo Lionetti2, Alessandro Raiola2, Laura Camardella, Alfonso
Giovane, Nicolai Obel,
Markus Pauly, Francesco Favaron, Felice Cervone, and Daniela Bellincampi

2. Separation of Arabidopsis Pollen Tetrads Is Regulated

by QUARTET1, a Pectin Methylesterase Gene (Plant Physiology, November 2006,
Vol. 142, pp. 1004–1013, www.plantphysiol.org _ 2006 American Society of Plant
Biologists), Kirk E. Francis, Sandy Y. Lam, and Gregory P. Copenhaver

3. Elaborate spatial patterning of cell-wall PME and PMEI at thepollen tube tip
involves PMEI endocytosis, and reflects thedistribution of esterified and de-
esterified pectins.( Journal compilation ª 2007 Blackwell Publishing Ltd,
The Plant Journal, (2008), 53, 133–143), Nina Ro¨ ckel†, Sebastian Wolf†,
Benedikt Kost‡, Thomas Rausch and Steffen Greiner
Universidad Andrés Bello
Facultad de Ecología y Recursos Naturales
Laboratorio de Bioquímica

Bioinformática
Determinación de una secuencia
nucleotídica

Docente: Nelson Caro

Integrantes: Ernesto Langhaus

Alonso Pino

Carrera: Ingeniería En Biotecnología

Curso: Bio267

Sección: 5