Anda di halaman 1dari 2

Pengembangan metode real time PCR untuk mendeteksi mutasi katG kodon 315 pada Mycobacterium tuberculosis Mahasiswa

: Tina Kusumaningrum/10605004 Skripsi (2009), Program Studi Sarjana Mikrobiologi SITH Pembimbing :
1 2

Dr. Ernawati Giri Rachman1 dan Lidya M.Si2

SITH-ITB Integrated Management for Prevention and Control & Treatment of HIV/AIDS

(IMPACT)-UPK UNPAD Gelar : Sarjana Sains (S.Si), Wisuda Oktober 2009

Abstrak Tuberkulosis (TB) masih merupakan penyakit infeksi yang menyebabkan kematian dengan tingkat yang tinggi di dunia. Munculnya strain Mycobacterium tuberculosis yang resisten terhadap obat menjadi permasalahan yang serius dalam proses pengobatan. Resistensi terhadap Isoniazid (INH) merupakan kasus yang umum terjadi dan disebabkan oleh mutasi pada gen pengkode enzim katalase peroksidase (gen katG). Di antara kasus-kasus resistensi tersebut, sekitar 60-70% kasus berhubungan dengan mutasi pada katG kodon 315. Oleh karena itu, dibutuhkan metode deteksi cepat agar dapat segera dilakukan pengobatan yang tepat terhadap pasien. Tujuan dari penelitian ini adalah mengembangkan metode real time PCR untuk mendeteksi mutasi katG kodon 315. Metode ini diharapkan dapat diaplikasikan langsung pada sampel klinis. Metode ini dirancang dengan menggunakan dua jenis probe, masing-masing untuk mendeteksi strain wildtype dengan katG kodon 315 AGC dan strain mutan dengan katG kodon 315 ACC. Metode ini dikembangkan dengan prinsip multiplex PCR agar deteksi wildtype atau mutan dapat dilakukan pada satu tube PCR. Pada penelitian ini digunakan 40 sampel DNA M. tuberculosis dari pasien TB yang berasal dari Rumah Sakit Hasan Sadikin Bandung. Hasil optimasi real time PCR menunjukkan bahwa limit deteksi dan efisiensi dari metode ini adalah 10 fg (setara dengan 2 genom M. tuberculosis) dan 101.6% untuk strain wildtype serta 4 fg (setara dengan 1 genom M. tuberculosis) dan 90.4% untuk strain mutan. Selanjutnya dilakukan uji banding assay real time PCR dengan kultur, hasilnya adalah sebesar 64,28% hasil tes dengan metode ini terkonfirmasi sama. Uji banding juga dilakukan dengan assay real time PCR pada laboratorium referensi, hasilnya menunjukkan 94% hasil tes terkonfirmasi sama. Metode real time PCR ini dapat digunakan untuk mendeteksi mutasi katG kodon 315 secara cepat dan diharapkan dapat diaplikasikan langsung pada sampel klinis di laboratorium.

Kata kunci: Mycobacterium tuberculosis, MDR TB, Isoniazid, Real Time PCR

Assay development of real time PCR method for detection katG codon 315 mutation in Mycobacterium tuberculosis. Student : Tina Kusumaningrum/10605004 Final Project (2008), Degree Program In Microbiology, School of Life Science and Technology-ITB Advisors
1 2

Dr. Ernawati Giri Rachman1 and Lidya M.Si2

School of Life Science and Technology ITB

Integrated Management for Prevention and Control & Treatment of HIV/AIDS (IMPCT)-UPK UNPAD Degree : Degree Sains (S.Si), Conferred March 2008

Abstrack Tuberculosis remains one of the leading infectious causes of death worldwide. The emergence of drug resistant strains of Mycobacterium tuberculosis is a serious public health problem. Resistance to Isoniazid (INH) is the most prevalent form of resistance in M. tuberculosis and is mainly caused by mutations in the catalase peroxidase gene (katG). Among high-level INHresistant isolates, 60 - 70% are associated with a mutation at codon 315 of katG. There is a need to develop rapid diagnostic tests to permit appropriate antibiotic treatment and to improve clinical management. The aim of this study was to develop a real-time PCR assay for detection of INH resistance. This method is designed by using two types of probes, each for detecting wildtype strains with katG codon 315 AGC and mutant strains with katG codon 315 ACC. This method was developed with the principle of multiplex PCR for detection of wildtype or mutant can be done on a single PCR tube. In this study used 40 samples of DNA M. tuberculosis from TB patients who came from Hasan Sadikin Hospital in Bandung. Optimization results of realtime PCR showed that the limit of detection and efficiency of this method was 10 fg (equivalent to 2 genome M. tuberculosis) and 101.6% for wildtype strains and 4 fg (equivalent to 1 genome of M. tuberculosis) and 90.4% for mutant strains . Further tests carried out real-time comparative PCR assay with the culture, the result is 64.28% for the test results with this method confirmed the same. Test appeal was also made with real-time PCR assay in a reference laboratory, the results showed 94% of the tests confirmed the same. Real-time PCR method can be used to detect the katG codon 315 mutation rapidly and is expected to be applied directly on clinical samples in the laboratory. Keywords: Mycobacterium tuberculosis, MDR TB, Isoniazid, Real Time PCR