Cours n2 Bactriologie Professeur Antoine Andremont Vendredi 3 octobre 8h30 Rono typeur : Diana Mouro Ba sa

Gntique bactrienne

P an du cours : Introduction I. Le gnome bactrien, plasticit et stabilit

A. La plasticit du gnome bactrien
1. Mise en vidence de la plasticit du gnome bactrien par la rsistance bactrienne aux antibiotiques 2. Le monde bactrien, une remarquable adaptation 3. La plasticit du gnome bactrien et ses mcanismes 4. Les divers types de bactries

B. Le gnome bactrien
1. u g!ne " la protine c#e$ les bactries

2. %omparaison sc#matique de la bactrie et de la cellule eucaryote 3. L&' ( bactrien

C. La stabilit des espces bactriennes

II. Les mcanismes de plasticit du gnome bactrien

A. Les mutations au sein dun gnome
1. )appel concernant le mcanisme des mutations 2. *xpriences dmontrant que les mutations surviennent de +a,on spontane 3. -n exemple . d&application / des mutations 4. La gravit des mutations en clinique

B. Le transfert de gnes entre les bactries

1. La trans+ormation

a0

+inition

b0 *xpriences c0 La trans+ormation avec des +ragments d&' ( et avec des plasmides

"

d0 'pplications et consquences de la trans+ormation

2. La transduction

a0

+inition

b0 )appel 1 le cycle de vie des bactriop#ages lytiques c0 La transduction gnralise d0 La transduction spcialise e0 -ne application de la transduction 1 les cosmides
3. La con2ugaison

a0 b0

+inition et proprits couverte de la con2ugaison

c0 Les tapes de la con2ugaison d0 Le contact cellulaire, r3le du pilus 4 e0 %on2ugaison c#e$ les streptocoques +0 )3le des plasmides de rsistance dans l&volution de la rsistance g0 Les plasmides et leur application en biotec#nologie C. Les lments gntiques mobiles lintrieur de la bactrie

%onclusion

Tout dabord ce qui est en italique correspond ce qui a t dit en cours : commentaires sur schmas, explications complmentaires au texte. Jai enlev certaines diapos dont le prof ne sest pas servi, en revanche jai jug utile den laisser certaines. onne anne tous.

Introduction 1 5ourquoi la gntique bactrienne est6elle importante pour la pratique mdicale 7

La rsistance des bactries aux antibiotiques Cest un problme de sant publique rencontr dans la pratique mdicale La virulence Du fait que certaines bactries sont responsables dinfections trs dramatiques qui ont influenc lvolution, on a lhabitude de voir les bactries comme tant nos ennemies . En fait la virulence est un moment dans lvolution des bactries qui explique que certaines maladies disparaissent mais aussi que dautres mer ent de fa!on r ulire. Les biotec#nologies " chaque fois quon utilise les produits des biotechnolo ies on fait appel sans le savoir # la ntique bactrienne. "ussi le pro rs des connaissances dans ce domaine permettent lessor des biotechnolo ies avec lapparition de nouveaux produits.

I. Le gnome bactrien, plasticit et stabilit

A. La plasticit du gnome bactrien
1. Mise en vidence de la plasticit du gnome bactrien par la rsistance bactrienne aux antibiotiques
#a rsistance bactrienne au$ antibioti%ues suit e d&e oppement des nou&e es mo cu es' ( y a peu $voire pas% d)e$emp es d)absence de rsistance * un antibioti%ue donn' +e %ui constitue un apparent parado$e car de nombreuses mo cu es sont disponib es' La rponse est la plasticit du gnome bactrien

Ces cinquante dernires annes on a observ un dveloppement considrable des antibiotiques, # chaque fois plus puissants et # spectres plus lar es. &ais finalement # chaque fois les bactries ont su dvelopper des mcanismes de rsistance. 'explication de ce phnomne est la plasticit du nome bactrien r(ce # laquelle ils ont une norme capacit # sadapter # lenvironnement qui les entoure.

Courbe reprsentant sur )* ans lvolution de la rsistance dE.Coli # lamoxicilline. Constat + cette rsistance a au ment de ), points en )* ans.

2. Le monde bactrien, une remarquable adaptation

- #)./e des bactries : 3'0 mi iards d)annes - #es premiers hommes : 3'0 mi ions d)annes 1Mi e fois moins on/temps2 - Bactries #autement adaptables 13 tous terrains 42 5 P asticit du /nome 1 ments mobi es2 5 6ombre 1des mi iers d)esp7ces2 5 #ieu$ 1e es sont prsentes partout * a surface du / obe2 '( e de la -erre est denviron . milliards dannes / les bactries a0ant un ( e de 1,, milliards dannes + elles sont apparues trs t2t. Elles se sont donc adaptes # tous les chan ements denvironnement quelles ont connu depuis 1,, milliards dannes, colonis toutes formes dexistence $dont les 3tres humains% et se sont rpandues partout # la surface de la -erre. Comment cela est4il possible 5 Encore une fois cette remarquable capacit dadaptation des bactries est due # la plasticit du nome bactrien. 6ne chose impressionnante + nous avons dans notre corps plus de bactries que de cellules eucar0otes.

3. La plasticit du gnome bactrien et ses mcanismes

8 3 +)est )ima/ination des bactries pour trou&er des so utions * des pressions de s ection en&ironnementa es' 4 7l 0 a lobalement 8 mcanismes de plasticit du nome + les mutations et lacquisition de nou eau! gnes. - #es mutations : sur&enue constante9 simp icit et rapidit pour modifier une fonction mais syst7me simp e 1pas de so ution comp e$e29 transfert &ertica uni%uement - L&acquisition de . nouveaux / g!nes : sur&enue rare9 on/ pour 3 fabri%uer es premiers ments 49 mais permet des so utions comp e$es et mu tip es9 transfert &ertica et hori:onta ' "utations + chan ements sin uliers de paires de base. Effet immdiat mais au m3me temps ce sont des choses ponctuelles qui en endrent des rponses oui9non comme par exemple la perte dune fonction. Ce s0stme ne permet donc pas dadapter finement la rponse bactrienne # un chan ement subtil. 'a transmission verticale cest la transmission de matriel ntique entre une bactrie mre et une bactrie fille. :inalement le s0stme des mutations ne permet pas # lui seul dexpliquer lvolution car la vitesse et la rusticit de ce s0stme ne permettent pas de comprendre comment en un temps lon mais fini on a pu passer de bactries # des 3tres aussi complexes que les hommes. Acquisition de nou eau! gnes + 'es bactries en plusieurs millions dannes dans un cos0stme particulier finissent par fabriquer une fonction complexe avec tout un s0stme de r ulation comme par exemple le fait de sentir de fa!on trs prcise un compos de leur environnement et de ra ir en fonction de la concentration de celui4ci. 6ne fois que ce s0stme a t dvelopp par une bactrie dune niche colo ique spcifique ce s0stme va 3tre mis # la disposition du reste du monde par le mcanisme de transfert entre les bactries.

8 ;ransfert &ertica et hori:onta -ransfert vertical + les bactries mres transmettent linformation ntique aux bactries filles

-ransfert hori?ontal + linformation ntique est transmise entre bactries despces diffrentes. @0stme infiniment plus complexe et plus efficace de dissmination de linformation porte par un fra ment d"DA entre bactries despces diffrentes. Cela existe dans tous les t0pes de bactries et cest en quelque sorte une mondialisation de linformation invente par les bactries.

4. Les divers types de bactries

8( ya: - es bactries de l&environnement : es p us nombreuses9 es p us anciennes9 e es sont partout - es bactries commensales : aucun <tre &i&ant n)y chappe - es bactries pat#og!nes : en fait tr7s peu nombreuses' (ntr<t mdiocre pour es bactries9 peut=<tre sont=ce des impasses &o uti&es' 6n trs faible nombre despces bactriennes sont patho nes mais ce sont elles qui ont attir lattention pour ltude des bactries. ;ourquoi nest4ce pas trs intressant pour la bactrie d3tre patho ne 5 6ne bactrie patho ne cest une bactrie qui # un moment donn est capable de s0nthtiser une protine qui lorsquelle est en contact avec une cellule eucar0ote est capable de crer un d0sfonctionnement de celle4ci. Ce d0sfonctionnement va 3tre responsable des s0mpt2mes des maladies bactriennes $ex + inflammation des cellules de la vessie, mnin ite bactrienne%. 7ma e utilise par le prof + les tudiants sont une colonie dE.Coli, les murs de lamphi sont les parois du tube di estif. 6ne bactrie dune autre espce transfre une information aux E.Coli du tube di estif et celles4ci se mettent # produire une protine nfaste pour le tube di estif telle des roc<ets qui dtruisent les murs de lamphi. 'amphi scroule et la colonie dE.Coli dispara=t. ;as intressant pour bactrie car elle dispara=t au m3me temps que son h2te. "ussi il ne faut pas voir les bactries comme un pro>et visant # faire du mal # lhumanit + cest par hasard quelles acquirent des nes dont le produit va 3tre dltre pour notre or anisme. 8 Dans ce conte$te d)&o uti&it bactrienne>' - #a pression de s ection par es antibioti%ues n)est %u)un 3 a&atar 4 de p us> - #es so utions de rsistance taient d?* toutes trou&es ou pres%ue> $lorsquon a commenc # utiliser les antibiotiques% - #es bactries se sont faci ement 3 adaptes 4 - ( n)y a pas une bactrie de p us sur terre 1ni probab ement une de moins2 %u)a&ant )uti isation des antibioti%ues>' Mais e es sont sou&ent p us rsistantes' @

;ourquoi les solutions de rsistance taient d># toutes trouves 5 Ex + pnicilline dcouverte par :lemin , isol # partir dun champi non + le pnicillium. @i ce champi non produit un antibiotique il faut que celui4ci soit lui4m3me rsistant # la pnicilline. 'orsquil 0 a une pression de slection pesant sur les bactries il va 0 avoir une mobilisation de ces mcanismes qui vont 3tre dissmins par le transfert hori?ontal. "insi on comprend bien pourquoi les bactries se sont facilement adaptes.

B. Le gnome bactrien
1. u g!ne " la protine c#e$ les bactries 8procaryotes0

- #a machinerie /nra e %ui permet de passer du /7ne * a protine est / oba ement identi%ue * ce e des eucaryotes M'I9 - e matrie /nti%ue a des spcificits' 8 Apcificits /nti%ues des bactries != BAP#CDD(E Fne seu e copie 1a 7 e2 de cha%ue /7ne' E$pression faci e des mutations' "= ;EMPA de GE6ERA;(C6 +CFR; E$primentation faci e' 3= REPRCDF+;(C6 AAAEHFEE - Par di&ision ce u aire' - Cbtention faci e de c ones' Bemarque sur le temps de nration + C dans tube essai + ) E.Coli dans une bo=te, pass 8*min on en a 8, pass .*min on en a . et le lendemain on en a )million et ce sera visible # lDil nu. C dans la nature + attention les bactries ne se multiplient pas # cette vitesse E Exemple + lcos0stme intestinal. Dans le tube di estif on a )*)1 4)*). bactries. Fr on limine # peu prs ce m3me nombre tous les >ours par les matires fcales. Donc si les bactries se multipliaient toutes les 8* min le tube di estif se mettrait # onfler puis claterait. En fait pour maintenir un quilibre on ne peut pas produire plus de bactries que ce que lon excrte. Donc dans le tube di estif les bactries se multiplient une fois par >our. Conclusion # temps de gnration court dans le tube essai est utile pour le!primentation mais nest pas la p$%siologie normale des microorganismes.

2. %omparaison sc#matique de la bactrie et de la cellule eucaryote

'chelle nest pas bonne, il faut plut2t se reprsenter la taille des bactries comme celle des mitochondries de la cellule eucar0ote. En effet la mitochondrie est issue de bactries stabilises dans le c0toplasme des cellules eucar0otes et qui leur apporte un certain nombre de fonctions notamment respiratoires. 'enveloppe des bactries beaucoup plus ri ide que che? les cellules eucar0otes. @ur cette enveloppe on retrouve des molcules spcifiques des bactries, perdues che? les eucar0otes. Cest un ros avanta e pour les antibiotiques qui vont pouvoir cibler ces molcules spcifiques et ainsi avoir peu de toxicit pour les autres cellules. ;as de no0au che? la bactrie + il bai ne dans le c0toplasme. Che? les bactries on a une or anisation extr3mement simple, on dit des bactries quelles sont des sacs # en?0mes .

3. L&' ( bactrien
- %#romosome 8indispensable01 5Fni%ue 1e$ceptions2 5+ircu aire 5Gros - 5lasmides 8+acultati+s0 5 Mu tip es 1! * 30 copies2 5 +ircu aires 5 Petits - %onsquences 1 diffrents ni&eau$ d)e$pression Bemarque + il n0 a pas tou>ours de plasmides, le fait den avoir peut43tre trs utile pour la bactrie. @i un ne est utile # la bactrie et quil est sur un plasmide prsent en plusieurs copies !a va permettre # la bactrie davoir un rand niveau dexpression face # un stress environnemental. "insi cest un s0stme dadaptation formidable qui permet aux bactries davoir diffrents niveaux dexpression face # un stress environnemental. - #a tai e du chromosome tr7s &ariab e 5 @'!00 pb 1000 /7nes2 * !0J pb 1!0000 /7nes2 - Pas d)introns 1introns K s%uences d)AR6m d tes a&ant a traduction2 - AR6 po ycistroni%ues 1p usieurs po ypeptides peu&ent=<tre traduits * partir d)un m<me AR62 - Dbut de a traduction %uand a transcription est encore en cours' 'es nombres concernant la taille du chromosome ne sont pas # retenir, ils sont >uste donns # titre dinformation. 8

'a traduction che? les bactries est un s0stme continu. ;endant que la transcription a lieu, la traduction dbute # lautre bout de l"BA. Cest un s0stme beaucoup plus simple que che? les eucar0otes qui permet aux bactries de pouvoir s0nthtiser des protines de fa!on continue.

'es exprimentateurs ont fait sortir le chromosome dE.Coli. Ce chromosome est normalement enroul comme une pelote de laine # lintrieur de la bactrie. 7ci il est droul et on voit bien sa rande taille par rapport # la taille de la bactrie.

&. La stabilit des espces bactriennes

Depuis le dbut on insiste sur la notion de plasticit du nome bactrien et on a dit que les bactries ont des mcanismes qui leur permettent dchan er des nes. @i on se limitait # cela les espces bactriennes seraient constamment entrain de chan er. Fr ce nest pas le cas + les espces bactriennes sont relativement stables. Aussi a stabi it des esp7ces bactriennes est assure par : != Rp ication chromosomi%ue "= ;ransfert au$ bactries fi es 3= Rparation des erreurs et concept d) 3 hypermutateurs 4 ,= En:ymes de restrictionLmodification 6n certain nombre des mcanismes vont permettre la stabilit de lensemble du monde bactrien. )4 "u cours de la rplication on a un certain nombre derreurs qui vont43tre limites par des mcanismes de rparation. 84 De plus la rplication est le mcanisme qui va permettre de transfert de linformation gntique des bactries mres ers les bactries filles / mcanisme qui reste quand4m3me le plus important dans la stabilit des espces bactriennes. 14 Concept d' $%permutateurs ( s rparation des erreurs + @i au cours de la rplication toutes les erreurs sont corri es, comment expliquer lvolution 5 Che? certaines bactries on observe des taux de mutation beaucoup plus lev que la normale. En fait il n0 a pas plus de mutations produites au cours de la rplication que che? les autres bactries. 'e taux de mutations apparemment plus lev est dG # une dfaillance des mcanismes de rparation. 'es chercheurs qui ont observ ce phnomne trouvaient que ce devait43tre une situation trs dfavorable pour ces bactries car les mutations sont en nral dltres et donc que les mutants devraient survivre moins bien. Dans ce cas pourquoi ce mcanisme a4t4il survcu au cours des milliards dannes dvolution des bactries 5 En fait !a peut43tre trs intressant pour la bactrie d3tre h0permutatrice. @i une bactrie a affaire # un chan ement brutal denvironnement, elle va avoir trs peu de temps $cad de nrations # sa disposition% pour que les mutants adquats # ce t0pe denvironnement lui permettent de survivre. @i dans cette condition elle est h0permutatrice, elle produit plus de mutants et trouvera donc plus facilement la solution au chan ement denvironnement. "insi on comprend bien lutilit de ce t0pe de mcanismes et donc leur persistance au cours de lvolution des bactries. .4 )n*%mes de restriction + En?0mes qui coupent l"DA sur des squences spcifiques. Elles reconnaissent les squences d"DA tran er, coupent cet "DA en morceaux qui va ensuite 3tre di r. J

II. Les mcanismes de plasticit du gnome bactrien

8 #es mcanismes de p asticit du /nome bactrien sont - Mutations au sein d)un /nome' - :rans+ert #ori$ontal de /7nes entre bactries: 5 +on?u/aison 5 ;ransduction 5 ;ransformation - *lments gntiques mobiles * )intrieur d)une bactrie' 5 ;ransposons 5 (nt/rons

A. Les mutations au sein dun gnome

1. )appel concernant le mcanisme des mutations
- +)est un p#nom!ne spontan 1F'V'2 ou pro&o%u 1a/ents chimi%ues2 - Le mcanisme est le suivant 1 5 une base chan/e peut entraMner un chan/ement d)acide amin 5 a mutation o s)e$prime si e nou&eau codon correspond * un nou&e aa et si e e touche e site actif $qui donnera la future protine% o sinon e e restera si encieuse 1 e p us fr%uent2 5 i y a possibi it de r&ersion $mutant revient vers forme sauva e%

2. *xpriences dmontrant que les mutations surviennent de +a,on spontane

#es mutations sur&iennent de faNon spontane9 c)est=* dire de faNon indpendante de )a/ent s ecteur 1antibioti%ue ou autre2' A + on a une culture dE.Coli sensible # la streptom0cine $un antibiotique%. Fn tale un prlvement de cette culture sur une bo=te de 8 E$prience! : ptri dans laquelle on a>oute de la streptom0cine. Fn incube. Bsultat + pas de pousse B + tou>ours la m3me culture de dpart. Cette fois on a>oute un peu de streptom0cine dans le flacon et on incube. Ensuite on effectue un prlvement et on tale sur une bo=te de ptri tou>ours avec lantibiotique. Fn incube. Bsultat + on a des bactries rsistantes qui ont pouss. %onclusion 1 en apparence, la prsence de l&antibiotique est suivie de l&apparition de mutants rsistants. +conclusion errone, !0

8 Pr=re%uis pour )e$prience ":

'es mutations surviennent au hasard. 'a mutation qui va confrer la rsistance aux antibiotiques peut avoir lieu # 8 moments diffrents. Culture. + la mutation survient lors de la )re nration, au final on aura la moiti des bactries qui seront rsistantes. Culture2 + la mutation survient # la 8me et 1me nration, au final on aura plus de bactries sensibles que de bactries rsistantes. %onclusion 1 5lus la mutation survient prcocement au cours de la culture, plus le nombre de mutants est important.

8 E$prience " :

&monstration de la pr-e!istance de mutations # on prend une culture dE.Coli )4 )re manip Fn divise cette culture en ,* petits tubes de *,8m' chacun. Fn les met en culture pendant )Hheures. Donc dans ces tubes la mutation confrant la rsistance # la streptom0cine va appara=tre # des moments diffrents. "prs )Hheures le nombre de bactries rsistantes sera diffrent dun tube # lautre. @i on compte dans chacun de ces tubes le nombre de bactries rsistantes on observe une rande variation dun tube # lautre. 84 8me manip Cette fois on a les )*m' mais on va les mettre en culture dans un seul tube pendant )Hheures. 'a mutation se produit # un moment quelconque mais toute la population va 3tre affecte de la m3me !!

fa!on. @i au bout de )H heures on divise la culture en ,* tubes et on les tale sur ,* bo=tes on va mettre environ le m3me nombre de bactries rsistantes sur chacune des bo=tes. 'insi on observe de +aibles variations car la sparation s&est +aite apr!s le dveloppement de mutants rsistants contrairement " la 1!re manip. ;ab eau consi/nant es rsu tats d)une e$prience simi aire * ce e dcrite ci=dessus : 7ci exp)I sparation aprs et exp8I sparation avant. Ce nest pas lantibiotique qui induit la prsence de mutants # la prsence de lantibiotique r le la prsence de mutants. 7mportant pour la pratique mdicale + ce nest pas parce que le mdecin prescrit un antibiotique quil va induire la prsence de mutants rsistants.

3. -n exemple . d&application / des mutations

8 #es mutations peu&ent=<tre uti ises pour c asser e &i&ant : #a fr%uence constante des mutations permet de c asser es or/anismes es uns par rapport au$ autres en comparant es s%uences d)un /7ne prsent che: tout e monde' #e /7ne uti is est e /7ne de )AR6 ribosoma !@A' != Ooese a prpar e /7ne de )AR6r !@A de cha%ue microor/anisme * tudier K le squen!a e "= Ensuite i a compar a s%uence nuc otidi%ue de chacun des microor/anismes tudis en identifiant es parties communes et es parties diffrentes' 3= Ensuite es s%uences sont ordonnes des parties es p us communes &ers es moins communes

,= Puis es i/nes sont spares et on obtient un arbre phy o/nti%ue

!"

Bemarques + = 'e prof a dit quil ne faut pas retenir que cest le ne de l"DA ribosomal )J@ qui a t utilis par Koese pour dterminer si 8 bactries appartenaient # la m3me espce. En revanche il faut savoir que cest un ne commun # toutes les bactries et spcifique de celles4ci. = ;lus les li nes sont loi nes plus les cousins sont loi ns et donc par rapport # la squence du ne )J@ + la bactrie " est plus proche de la bactrie L quelle ne lest de la bactrie C ou D ect. Et comme on conna=t la vitesse dapparition des mutations si on calcule la distance ntique quil faut par exemple pour passer de " # M on peut alors dterminer depuis combien de temps les bactries " et M ont diver . 'a notion prcdente est trs intressante dun point de vue thorique mais aussi en mdecine + les bactries patho nes ont diver de bactries qui ne ltaient pas du tout depuis trs peu de temps. Certaines ne sont diffrencies que depuis )* *** # 1* *** ans ce qui est trs court # lchelle de lvolution. Cest une des raisons qui supporte lide d># nonce que les bactries patho nes et donc les maladies quelles entra=nent mer ent de fa!on r ulire.

4. La gravit des mutations en clinique $non trait en cours%

8 #a /ra&it des mutations en c ini%ue: )e$emp e de a tubercu ose - #a streptomycine9 mdicament mirac e de a mnin/ite tubercu euse' - Mais administration en monothrapie' - Aur&enue de rechute * mutants rsistants' - Par a suite tou?ours mu ti=thrapie d7s %ue des autres antitubercu eu$ ont t dcou&erts'

B. Lacquisition de nou eau! gnes par le transfert de gnes entre les bactries
8 #)ac%uisition de nou&eau$ /7nes sont - Mcanismes nature s comp e$es9 - Dcou&erts par hasard - Mais %ui ont une importance ma?eure : 5 Dans )&o ution en /nra 5 Dans )&o ution de a rsistance bactrienne en particu ier 5 Dans es biotechno o/ies'

!3

8 Mcanismes de transfert d)AD6 entre bactries @eulement 1 mcanismes sont connus + -;ransformation -;ransduction -+on?u/aison

1. La trans+ormation

a0

+inition

8 :)'(94;)M':I;( K ;RA6APER; BCR(QC6;A# D)AD6 #(BRE

b0 *xpriences
A )ori/ine de a dmonstration %ue )AD6 est e support des /7nes' En !J"89 PredericR Griffith dmontre %u)i e$iste che: @. pneumoniae un 3 principe transformant 4 %ui modifie a patho/nicit des pneumoco%ues' #)e$prience est a sui&ante : )4 7n>ection pneumocoque $encapsul% # la souris la souris meurt 84 Fn chauffe le pneumocoque, le pneumocoque est donc mort, et on lin>ecte # la souris la souris survit 14 Lactrie sans capsule in>ecte la souris survit Conclusion # cest le fait da oir une capsule qui fait que la souris meurt. .4 Lactrie sans capsule N pneumocoque chauff / on in>ecte le mlan e # la souris la souris meurt *xplication 1 Les g!nes codant pour la synt#!se de la capsule 8responsables de la virulence0 rsistent " la c#aleur. <=Ils trans+orment la bactrie non capsule vivante.

!,

8!@ ans p us tard >' - A&ery et co ' Montrent %ue e 3 principe transformant 4 est )AD6 et non des protines ni des carbohydrates'

'a capsule tant constitue de sucres et de protines on aurait pu penser que ctaient les composants du principe transformant de Oriffith. "insi "ver0 a pris ce principe transformant $bactries virulentes # capsule mortes% et il a spar la partie protique, sucre, acide nuclique de celui4ci. " chaque fois ces diffrents composants on t mlan s avec la bactrie vivante non capsule et le tout in>ect # la souris. 'a souris qui meurt est celle # qui on a in>ect bactrie non virulenteNacide nuclique. lA&/ est le support des gnes Ce qui est confirm par la dernire exprience oP la souris ne meurt pas puisque l"DA a t dtruit par les nuclases. Bemarque + cest comme !a que la ntique a commenc.

c0 La trans+ormation avec des +ragments d&' ( et avec des plasmides

0ransformation a ec des fragments dA&/ )4 de temps en temps un fra ment va sint rer au chromosome, la transformation russie. 84 @inon les fra ments d"DA vont 3tre dcoups par les en?0mes de restriction et la transformation sera alors inefficace. 0ransformation a ec les plasmides &canisme trs exploit en biotechnolo ie. Fn insre un ne dintr3t dans un plasmide. Ce plasmide on le fait rentrer dans un E.Coli. De temps en temps ce plasmide va persister dans la bactrie. "insi la bactrie va se mettre # produire une molcule dintr3t. !0

d0 'pplications et consquences de la trans+ormation

8 ;RA6APCRMA;(C6 5 Fne cons%uence 3ma fi%ue 4 Rsistance PE6( che: A' P6EFMC6(AE A PAR;(R DE P#P D)AF;REA BA+;ER(EA 5 Fne app ication 3 bnfi%ue 4 6ombreuses uti isations en biotechno o/ies' En outre de lapplication positive dont on a parl pour la production de molcules dintr3t il faut savoir que la transformation peu avoir des effets n atifs. Fn peut prendre lexemple de fra ments d"DA qui passent dune bactrie # une autre codant pour des s0stmes de rsistance aux antibiotiques. "insi un pneumocoque virulent $il a une capsule% peut en plus rcuprer des nes qui codent pour des protines confrant la rsistance # la pnicilline.

Decreased suceptibility of Streptococcus pneumoniae to penicillin in Europe (EARSS, 2002)

CCe phnomne est extr3mement frquent dans les diffrents pa0s dEurope. Qa peut aller de trs peu dans certains pa0s du Aord de lEurope >usqu# des taux de prvalence de rsistance des pneumocoques trs levs / cest le cas en :rance oP la prvalence du pneumocoque rsistant # la pnicilline est suprieur # ,*R. @i en :rance on observe autant de rsistance cest parce que la :rance est aussi un des pa0s qui consomme le plus dantibiotiques. COraphique reprsentant la consommation dantibiotiques par habitant dans diffrents pa0s dEurope. 'a consommation en Mollande est 1 fois plus faible quen :rance. Fr en Mollande les infections bactriennes ne sont pas une cause plus importante de mortalit que dans les autres pa0s. 6n certain nombre de mesures sanitaires expliquent en partie cette diffrence. 'orsque cette courbe a t publie elle a t # lori ine de la campa ne + les antibiotiques cest pas automatique . !@

Penicillin

8 Fti isation de a transformation en biotechno o/iesK #)uti isation dans e c ona/e

2. La transduction

a0
;RA6ADF+;(C6K

+inition

;RA6APER; de GE6E par )(6;ERMED(A(RE d)F6 PBAGE 1Virus spcifi%ue des bactries2'

b0 )appel 1 le cycle de vie des bactriop#ages lytiques

C0cle de vie des bactriopha es l0tiques Lactriopha e insre son acide nuclique dans le c0toplasme de la bactrie. 7l va 0 avoir transcription de l"DA pha ique et ainsi production de protines pha iques qui vont ensuite 3tre assembles pour former de nouveaux pha es. " un certain moment il 0 en aura tellement que la bactrie va clater, les pha es se retrouvent # lextrieur et le c0cle recommence.

!I

c0 La transduction gnralise
0ransduction gnralise. De temps en temps au moment oP la particule pha ique va se reconstituer dans la bactrie elle va par hasard et par erreur en lober un peu d"DA de la bactrie. Fn appelle ce mcanisme la transduction nralise car cest nimporte quel fra ment d"DA bactrien qui va 3tre emport. "u prochain c0cle le pha e va aller infecter une autre bactrie et il emmne avec lui un peu de l"DA de la bactrie prcdente. 'a transduction est un formidable outil pour lvolution + le pha e est capable dapporter l"DA dune espce bactrienne beaucoup plus lointaine alors que dans la transformation les bactries doivent43tre trs proches.

d0 La transduction spcialise
0ransduction spcialise. De temps en temps, au lieu de se multiplier immdiatement l"DA pha ique va sint rer dans le chromosome de la bactrie et 0 rester un certain temps I la latence virale. ;endant cette priode la cellule h2te ne souffre pas de la prsence pha ique et produit un petit nombre de pha es. 'a prsence de ce pha e peut m3me confrer # lh2te une proprit particulire comme la production dune toxine par exemple. $ex + Sibrio Cholerae lorsquelle rcupre ne dautres bactries elle s0nthtise protine qui va faire que les entroc0tes excrtent leau au lieu de labsorber et les cholriques meurent ainsi en quelques heures dune diarrhe profuse% De temps en temps pour des raisons que lon conna=t mal, le c0cle l0tique reprend. Excision "DA pha ique et parfois excision un peu fra ment ad>acent de l"DA de lh2te. 'e pha e va donc emmener un peu de l"DA bactrien. Cette fois le fra ment emport dpend du site dinsertion de l"DA pha ique dans le chromosome bactrien. ;arfois ce quil emmne peut43tre trs intressant $ex + s0stme de r ulation%. Dune fonction simple au dpart on passe # un s0stme plus complexe. Fn comprend comment au cours de lvolution des s0stmes complexes se sont construits. !8

e0 -ne application de la transduction 1 les cosmides

En fait cest une application des pha es et des plasmides, >uste cit en cours et normalement aprs la con>u aison, >ai >u utile de le placer ici.

3. La con2ugaison

a0

+inition et proprits

- Dfinition : ;ransfert de /7nes par contact ce u aire - Proprits 5 Permet e transfert de /7nes chromosomi%ues ou p asmidi%ues 5 E$iste che: es bactries * Gram positif et * Gram n/atif 5 (mportance ma?eure dans a dissmination des /7nes de rsistance'

b0

couverte de la con2ugaison

- En !J,@9 #ederber/ dmontre a possibi it de recombinaison entre deu$ popu ations bactriennes au$otrophes 1bactries ne poussant pas sur mi ieu$ minimum carbon mais ayant besoin de )apport e$trieur d)un acide amin prform2'

!J

Exprience de 'ederber pour montrer que 8 bactries peuvent chan er de linformation par contact. o 7l dispose de bactries A1B1C-&- + elles nont pas besoin de " et L pour pousser mais elles ont besoin de C et D / et de bactries A-B-C1&1. o 'orsque lon met ces bactries sur un milieu minimal $"4L4 C4D4% aucune ne pousse. )4revanche bactrie de auche que I bactrie de nes o En il observe sil les donatrice met en contact pendant $bactrie m(le%, elle possde un facteur : $elle est :N% un certain temps et quil met ce mlan e sur ce m3me milieu minimal, des bactries poussent. 4 bactrie de droite I bactrie rceptrice, elle est dpourvue facteur :e $elle est :4% decela prou bien quelles se sont c$ang des gnes 4 le facteur : contient autres des i nes codant pour o De plus il fallait que les entre bactries soient antes sinon !a la s0nthse des pili sexuels $bactrie m(le contient pilus ne marchait pas. sexuel% o @il mettait une membrane poreuse entre les 8 colonies les 84 les bactries se mettent en contact emp3chant de passer !a ne marchait pas non plus, le 4 fusion des membranes contact est donc indispensable. 4 l"DA est entre temps prpar au transfert IT 'ederber vient de mettre en vidence une autre mthode 14 un brin unique d"DA est transfr et le brin de transfert hori?ontal des nes entre les bactries. complmentaire est s0nthtis que ce soit dans la bactrie donatrice $qui reste :N% et la bactrie rceptrice $qui :N% c0 Les tapes de la devient con2ugaison .4 les cellules se sparent # la fin du transfert. 8Physio o/ie de a con?u/aison che: es bactries * /ram n/atif : , tapes " la fin on aura 8 bactries m(le IT dmultiplication du !' +ontact ce u aire phnomne. "' Prparation du D6A 1mobi isation2 3' ;ransfert d)un brin uni%ue d)AD6 #a con?u/aison est conser&atrice' #a cinti%ue de transfert est ,' Reconstitution du brin man%uant * a fois dans a ce u e donatrice et dans a rceptrice : e oriente $oriente car elle va tou>ours des bactries :N vers transfert est conser&atif' les :4%9 cinti%ue $!a veut dire que !a prend du temps%9 inaire' Ai p asmide : processus rapide Ai chromosome : processus on/ dbutant tou?ours au m<me endroit 1peut <tre interrompu et donc9 si on Bemarque + le prof tant all vite sur cette partie >ai re ard obser&e ce %ui est transfr pour un temps donn on peut dessiner une carte physi%ue du chromosome ceci + http+99UUU.bacteriolo ie.net9 enerale9con>u aison.html 1uti is a&ant e s%uenNa/e2 ;hoto microscope lectronique + ;ilus extr3mement lon , constitu de protines enroules comme sur une spirale et au moment oP le pilus touche rcepteur spcifique de la bactrie rceptrice, les protines qui le composent vont se fluidifier dans la membrane de la cellule rceptrice et au fur et # mesure le pilus se raccoursit et 8 bactries se rapprochent V comme un mcanisme de capture. 8 4ormation agrgats de 2 " 2> cellules - +ontact entre )e$trmit du Pi us et un rcepteur spcifi%ue de a membrane e$terne - Rtraction - Pormation d)un pore par fusion des deu$ "0 membranes pour e passa/e du brun d)AD6

d0 Le contact cellulaire, r3le du pilus 4 $non trait en cours%

-Appendice se$ue : ! * 3 Lbactrie -P e$ib e -Pait de pi ine 1!!000d2 -Atructure : +y indri%ue : e$trieur 80 A9 intrieur "0 A B icoSda e : , h ices de pas !"8 A

e0 %on2ugaison c#e$ les streptocoques $non trait en cours%

- Mcanisme diffrent : pas de pi i - Acrtion de petites mo cu es diffusib es par es ce u es rceptrices' - A/r/ation des donatrices et des rceptrices - ;ransfert d)AD6 "!

+0 )3le des plasmides de rsistance dans l&volution de la rsistance

- 6ombreu$ /7nes de rsistance accrochs derri7re une ori/ine de transfert commune 1ima/e du train derri7re a ocomoti&e2 - Mu tirsistance : 5 +roise : au sein d)une m<me fami e 5 Associe : fami es diffrentes' - +o=transfert et co=s ection Ce s0stme de transfert par con>u aison a une importance ma>eure dans la rsistance des bactries aux antibiotiques car ils permettent de transfrer des plasmides. Ces plasmides ont un certain nombre de nes et de temps en temps ils ont des nes qui confrent la rsistance aux antibiotiques $ex + ne de la W4lactamate que lon retrouve souvent dans les plasmides%. 'a W4lactamate h0drol0se un antibiotique, lamoxicilline. 'a con>u aison est un mo0en de transfrer ce ne de fa!on hori?ontale entre les bactries. Cela marche tellement bien que lon retrouve ce ne lar ement dissmin # la surface da la -erre. De temps en temps # c2t de ce ne on va avoir un autre ne confrant la rsistance # un autre antibiotique $ex + entamicine%. Ces 8 nes sont associs comme les Ua ons dun train sur le plasmide. @i phnomne de con>u aison, ils vont43tre transfrs en bloc et la cellule rceptrice va donc acqurir la rsistance aux 8 antibiotiques. Cette association entre les 8 nes est permise par certains lments ntiques mobiles que lon appelle des int rons qui mettent dans le plasmide >usqu# une di?aine de Ua ons diffrents. Cest un des mcanismes qui expliquent les phnomnes de multirsistance. Co4slectionI avec un seul antibiotique on slectionne une bactrie rsistante # de multiples antibiotiques.

g0 Les plasmides et leur application en biotec#nologie

8 -ne combinaison des p#ages et des plasmides pour les biotec#nologies 1 Les cosmides $d># cit%

""

C. Les lments gntiques mobiles lintrieur de la bactrie

8 Mcanismes de mobi it des /7nes au sein d)une ce u e - ;ransposons : permet * un /7ne de 3 sauter 4 s)une position chromosomi%ue * une position p asmidi%ue' - (nt/rons : permet * p usieurs /7nes de 3 s)associer 4 pour <tre mobi iss ensemb e

8 #a prsence d)un int/ron au sein d)un transposon est un mcanisme fr%uent particu i7rement efficace pour acc rer )&o ution $le prof na pas insist sur ces mcanismes, >e les laisse car il les cite quand4m3me concernant les nes de rsistance accrochs entre eux dans un plasmide% +es mcanismes e$p i%uent a prsence de bactries super rsistantes au$ antibioti%ues' Ainsi %ue )e$traordinaire essor des biotechno o/ies T

%onclusion
- #a formidab e di&ersit des mcanismes d)adaptation du /nome : 5 E$p i%ue )adaptabi it des bactries et eur &o ution 5 Rend peu probab e a dcou&erte d)un antibioti%ue 3 sans rsistance 4 5 Permet de mu tip es app ications en biotechno o/ie

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