BIOPOLMEROS

Macromolculas de Inters Biolgico

Macromolculas

Molculas orgnicas encontradas en Bioqumica

Molculas Pequeas

Macromolculas:

azucares, aminocidos, nucletidos, cidos, grasos y otros derivados de cidos carboxlicos simples la nterconversin de molculas pequeas puede ser utilizada para liberar o almacenar energa, lo cual constituye la base del metabolismo. Clases particulares de pequeas molculas se utilizan como subunidades (monmeros) para construir las macromolculas. protenas, formadas por cadenas de aminocidos cidos nucleicos, formados por cadenas de nucletidos polisacridos, formados por cadenas de azucares Lpidos complejos

Tipos principales

Las clulas contienen 4 tipos principales de macromolculas (polmeros):

Protenas Polisacridos cidos nucleicos Algunos lpidos. Estas

molculas nunca son tan grandes como las de los otros 3 grupos

Dalton

Terminologa: Una unidad que es conveniente aplicar en la bioqumica para describir el tamao de las macromolculas es el kiloDalton, kDa. Un Dalton=1 g mol-1, de modo que una protena tpica tendra entre 10 y 10,000 kDa o sea 104 a 107 gmol-1.

Componentes
En la estructura de las macromolculas de inters biolgico solo participan unas 60 molculas simples.

Las clulas contienen miles de diferentes polmeros llamados macromolculas Los polmeros son macromolcules formadas por una o varias (20 en el caso de las protenas) subunidades pequeas, monmeros, unidos entre s por uniones covalentes La mayora de las macromolculas biolgicas son polmeros lineales de sus unidades monomricas unas pocas son ramificadas, sobre todo los carbohidratos

Si todos los polmeros en una clula fueran hidrolizados (separados en sus componentes monomricos) esto es lo que se obtendra:

Monmeros Aminocidos cidos grasos Azcares y compuetos relacionados Nucletidos Otras molculas

Nmero de cada clase 20 10 10

Macromolculas que forman Protenas Lipidos de almacenamiento Membranas Polisacridos Glicoprotenas cidos Nucleicos cidos Nucleicos Contribuyen a formar todas

5 15

Formacin

En general la construccin de las macromolculas se hace por prdida de una molcula de agua (condensacin o deshidratacin) y requiere la intervencin de catalizadores biolgicos (enzimas) y gasto de cantidades considerables de energa (ATP)

Enlaces

Todas las diferentes categoras de enlaces que unen los monmeros en las macromolculas involucran la eliminacin de los elementos del H2O, proceso llamado condensacin.

Degradacin de Biopolmeros -HidrlisisLa mayora de las macromolculas pueden ser separadas en sus subunidades (monmeros) por la adicin de molculas de agua (hidrlisis). Cada ruptura de uno de los enlaces entre subunidades monomricas requiere una molcula de agua

Enlaces

La reaccin inversa a la condensacin es la ruptura del enlace por la incorporacin de H2O, lo cual restaura los compuestos originales. En el caso del enlace amdico se recuperan el cido carboxlico y el grupo amino originales rompindose el enlace. Este proceso se llama hidrlisis.

La Hidrlisis
La hidrlisis es un buen ejemplo de un ataque nucleoflico. La molcula de H2O usa al O como nuclefilo para atacar un enlace susceptible, tal como el enlace peptdico. El enlace es susceptible porque el tomo de C del grupo C=O es deficiente en electrones, puesto que los electrones son atrados hacia el tomo de O, muy electronegativo, del grupo C=O Puesto que el C es deficiente en electrones, puede acomodar el par electrnico del grupo hidroxilo. Esto da lugar a la formacin de un estado de transicin (se llama as una etapa semi-estable en el camino de la reaccin qumica) El estado de transicin alcanza un estado estable por la produccin de los productos que resultan del rompimiento del enlace CN. Esto sucede porque el tomo de N puede funcionar bien como un grupo que se libera reteniendo los electrones que quedan libres al romperse el enlace

HIDRLISIS, mecanismo

Hidrlisis de Polipptidos

El agua pura hidroliza el enlace peptdico con extrema lentitud, esto se debe a que el O: neutro es un nuclefilo dbil. Por esta razn la hidrlisis de pptidos y protenas debe hacerse en presencia de un catalizador: La hidrlisis cida se realiza en HCl 6 M a 110o y toma 24 a 72 horas lograr la hidrlisis completa de una cadena peptdica en sus aminocidos componentes La hidrlisis bsica se realiza en NaOH 4 M a 110o, y toma 16 horas para lograr la hidrlisis completa, pero algunos amino cidos son destruidos bajo estas condiciones. La hidrlisis puede tambin realizarse a temperatura ambiente utilizando enzimas digestivas llamadas proteasas, cuya funcin es precisamente hidrolizar enlaces peptdicos. Despus de la hidrlisis, los aminocidos liberados pueden ser identificados por cromatografa (de intercambio inico, de fase reversa, etc) o por otros medios.

La Secuencia lineal

La Secuencia lineal, o configuracin, de un biopolmero puede tener importantes funciones celulares. En todos los biopolmeros existe un sentido direccional durante su sntesis y en el establecimiento de su funcin.

El DNA se sintetiza del extremo 5 al extremo 3 Las protenas son sintetizadas del extremo amino al extremo carboxi. Los Polisacridos se sintetizan tpicamente de la posicin 1 a la posicin 4.

El principio de construccin polimrica de la estructura macromolecular (1)

Las Protenas estn formadas por cadenas de aminocidos unidos covalentemente.

etc. aminocido aminocido aminocido etc.

Enlaces peptdico (amidas) unen los aminocidos entre si para formar la cadena

Una protena de 100 aminocidos pesara ~ 11 kDa. Cada protena estara constituida por una secuencia diferente y especifica de aminocidos y tendra, por lo tanto, un tamao y una estructura tridimensional caracterstica.

La estructura primaria de una protena esta dada por la secuencia lineal de los aminocidos que la forman y por la localizacin de los puentes disulfuro (-S-S-). Ntese la indicacin de los extremos de la cadena peptdica, a la izquierda el extremo amino-terminal y a la derecha el extremo carboxi-terminal

Enlace Peptdico

Midiendo cuidadosamente la longitud del enlace peptdico, Pauling lleg a la conclusin de que este tipo de enlaces se comportaba como un enlace doble, obedeciendo fundamentalmente a la contribucin de la forma de segunda resonancia de la amida. A partir de esta conclusin debe aceptarse que el enlace peptdico es un enlace rgido e incapaz de rotar libremente, Y, por lo tanto, solo puede adquirir dos formas geomtricas distintas: cis y trans. En las protenas, los enlaces peptdicos son casi invariablemente de forma trans como se muestra en la figura siguiente. La Rotacin en el enlace peptdico solo se permite sobre los enlaces del carbono .

Enlace Peptdico
Longitud del enlace sencillo C-N Longitud del enlace C-N en el enlace peptdico = 1.32 . Longitud del enlace dobleC=N

Estas determinaciones sugirieron a Pauling que el enlace peptdico debe considerarse ms como un enlace doble que como un enlace C-N sencillo.

Niveles de Estructura Proteica

Primaria

Secundaria

Terciaria

Cuaternaria

El principio de construccin polimrica de la estructura macromolecular (2)

Los Polisacridos estn formados por cadenas de azucares unidos covalentemente.

etc. azcar azcar azcar etc.

Enlaces glicosdicos unen los azucares entre si para formar la cadena

La mayor parte de los polisacridos (por ejemplo, almidn, celulosa, glucgeno) no poseen tamaos definidos y estn formados por secuencias repetitivas simples de uno o dos azucares, La diferencia es que los polisacridos habitualmente tienen ramificaciones.

Enlaces Glucosdicos 1
Hay dos tipos de enlaces entre un monosacrido y otras molculas
El hidroxilo anomrico puede reaccionar con un grupo hidroxilo de otro azcar, o de cualquier otro compuesto, uniendo las dos molculas y liberando agua, el enlace formado recibe el nombre de enlace O-

glucosdico:
H OH

R-OH + HO-R' R-O-R' + H2O

H OH H O HO HO H H H OH OH
metanol methanol

H2O

H O HO HO H H H OH OCH3

CH3-OH

-D-glucopiranosa -D-glucopyranose

metil-D-glucopiranosa methyl-D-glucopyranose

Enlaces Glucosdicos 2
enlace O-Glucosdico tambien puede realizarse entre dos -OH de dos carbohidratos, lo cual dar como resultado la formacin de un disacrido, o aumentar el nmero de monmeros que forman ya un oligo- o un poli-sacrido. El enlace ser -Glucosdico si el monosacrido que participa con su carbn anomrico es y ser Glucosdico si dicho monosacrido es .
El

Enlaces Glucosdicos 3
El hidroxilo anomrico puede reaccionar con un grupo amino de cualquier otro compuesto, uniendo las dos molculas. El enlace formado recibe el nombre de enlace N-

glucosdico.

El enlace N-Glucosdico se puede realizar tambin entre un grupo OH de un azcar y un compuesto aminado, originando aminoazcares

Enlace O-glicosdico
NANA = cido N-acetil-Neuramnico Gal = Galactosa GalNac = N-acetil-galactosamina

Forma protenas conjugadas con azcares, llamadas glicoprotenas

Serina (Ser) S

El principio de construccin polimrica de la estructura macromolecular (3)

Enlaces glicosdicos unen las bases a los azucares Base etc. azcar fosfato Base azcar fosfato Base azcar etc. etc.

Los cidos nucleicos son un poco may complejos.

Enlaces fosfodister unen los fosfatos a los azucares para formar la cadena La cadena fosfo-glucdica (columna vertebral) es sumamente simple y repetitiva, pero a cada azcar se une una de cuatro bases diferentes dando a los cidos nucleicos secuencias muy especificas que constituyen el fundamento de la biologa molecular.

Los cidos Nucleicos Com posicin

Los cidos nucleicos son biopolmeros formados por unidades monomricas llamadas nucletidos.
Los nucletidos estn formados por la unin de:
A) Una base nitrogenada, que puede ser:

- Pirimidnica: Timina (T), Citosina (C) o Uracilo (U)

- Prica: Guanina (G) o Adenina (A)

B) Una pentosa, que puede ser la D-ribosa en el RNA; o la D-2desoxirribosa en el DNA C) cido fosfrico, que cuando participa en la formacin de la cadena de cido nucleico une las pentosas de dos nuclesidos consecutivos a travs de una unin fosfodister. Esta unin se hace entre el C-3de una pentosa, con el C-5de la pentosa siguiente.

cidos Nucleicos

Estos cidos nucleicos son molculas muy grandes que estn constituidas por dos partes principales: Una columna vertebral, formada por enlaces fosfodister entre las pentosas de los nucletidos, que sostiene y estructura y ordena toda la molcula Una estructura central, basada en la formacin de puentes de hidrgeno entre las bases, donde reside el mecanismo de conservacin y/o de transferencia de la informacin contenida en el cido nucleico.

cidos Nucleicos

La columna vertebral est formada por la unin covalente de molculas de azcar y de fosfato que se alternan en una larga cadena de forma helicoidal, tal como est representada esquemticamente abajo: Base Base

cido Desoxirribonucleico
El cido desoxirribonucleico, conocido en general como DNA, es el material gentico de todos los organismos. Constituye la base qumica por medio de la cual los caracteres hereditarios son pasados de una generacin a la siguiente. El DNA fue descrito por primera vez en 1869 por Federico Miescher mientras estudiaba la sustancia conocida como nuclena. Sin embargo, no fue sino hasta mediados del siglo XX cuando el DNA fue aceptado universalmente como el reservorio de la informacin gentica de las clulas.

Polaridad del DNA

Las

dos columnas de pentosa-fosfato que se unen para formar la estructura de doble hlice del DNA estn orientadas con su polaridad invertida. Esta relacin llamada antiparalela se produce porque el extremo 5 de una de las cadenas se aparea con el extremo 3 de la otra (ver figura).

Componentes del Genoma humano

El genoma humano esta formado por 3.2 x 109 pares de bases del DNA Aproximadamente el 3% codifica para la sntesis de protenas Un 40 a 50% es repetitivo, sintetizado por (retro) transposicin Cual es la funcin del 50% restante?

Genoma Humano

22 pares autosmicos + 2 cromosomas sexuales 3 x 109 pares de bases en el genoma haploide Donde estn y cuales son los 30,000 a 40,000 genes necesarios para la funcin adecuada? Que ms tiene el genoma que sea interesante o importante?

La Revolucin de la Genmica

Se conocen (casi) todos los genes en el genoma, y las secuencias de las protenas que codifican. LA BIOLOGA SE EST VOLVIENDO UNA CIENCIA FINITA Y EXACTA
Las Hiptesis deben ahora apegarse a lo que sabemos que pasa, no a lo que se puede imaginar que puede pasar. Pensemos en el genoma completo o en sistemas de genes

No se debe ya pensar en genes individuales

Lipoprotenas

Las lipoprotenas son complejos macromoleculares compuestos por protenas y lpidos que transportan masivamente las grasas por todo el organismo. Son esfricas, hidrosolubles, formados por un ncleo de lpidos apolares (colesterol esterificado y triglicridos) cubiertos con una capa externa polar de 2 nm formada por apoprotenas, fosfolpidos y colesterol libre. Muchas enzimas, antgenos y toxinas son lipoprotenas. Tienen, entre otras funciones, la estabilizacin de las molculas de lpidos, como triglicridos, fosfolpidos, colesterol, en un entorno acuoso como es la sangre. Actan como una especie de detergente y tambin sirven como indicadores del tipo de lipoprotena de que se trata. Los receptores de lipoprotenas de la clula pueden as identificar a los diferentes tipos de lipoprotenas y dirigir y controlar su metabolismo.

Lipoprotenas, su papel en la interaccin y fijacin de las molculas proteicas a las membranas celulares