Anda di halaman 1dari 7

APLIKASI ASAM NUKLEAT Umar Putra Syahrudin 120624776 Departemen Teknik Kimia, Universitas Indonesia, Depok, Indonesia ____________________________________________________________________________

Abstrak Perkembangan ilmu pengetahuan terutama ilmu tentang pewarisan sifat (Ilmu Genetika) yang dipelopori oleh Gregor Mendell telah mendorong manusia untuk membuat kombinasi baru dari sifatsifat yang diinginkan. Upaya untuk mendapatkan kombinasi baru dari sifat yang diinginkan dilakukan dengan membuat persilangan-persilangan (breeding) antar berbagai tanaman maupun hewan. Persilangan tersebut menghasilkan organisme hibrid. Misalnya, jagung hibrida, kelapa hibrida, anggrek hibrida, dan hibrida-hibrida lainnya. Tanaman maupun hewan hibrida mempunyai genom yang berbeda dengan genom tetuanya. Jadi, persilangan (breeding) merupakan salah satu cara untuk merubah genom suatu organisme. Dengan telah ditemukannya DNA sebagai bahan gen, manusiapun berupaya untuk mendapatkan kombinasi sifat-sifat baru suatu mahluk hidup dengan cara melakukan perubahan langsung pada DNA genomnya. Usaha untuk mengubah DNA genom secara langsung ini disebut dengan istilah Rekayasa Genetika atau DNA Engineering Dalam upaya melakukan rekayasa genetika, manusia menggunakan teknologi DNA rekombinan. Materi Bahasan Analisis Short Tandem Repeat (STR) adalah metode biologi molekuler yang digunakan untuk membandingkan loci spesifik dalam DNA dari dua sampel atau lebih. Short Tandem Repeat adalah microsatellite yang terdiri dari dua hingga tiga belas unit nukleotida yang berulang hingga ratusan kali dalam seuntai DNA. Analisis STR mengukur jumlah pasti dari pengulangan nukleotida. Metode ini berbeda dengan RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism Analysis) karena analisis STR tidak memotong DNA dengan enzim. Penyelidikan dilaksanakan pada area DNA yang diinginkan dan PCR (Polymerase Chain Reaction) dilakukan untuk mencari panjang dari STR. A. Metode Analisis STR untuk Transplantasi Organ Hal-hal yang perlu anda persiapkan untuk transplantasi organ adalah pertama, anda harus melakukan tes darah dan jaringan yang akan digunakan untuk mencocokkan anda dengan donor. Hal ini karena sistem kekebalan tubuh anda dapat menganggap organ baru sebagai benda asing dan menolaknya. Semakin tinggi tingkat kecocokan yang anda miliki dengan donor, semakin baik kemungkinan tubuh anda akan menerima organ donor. Anda harus menjaga kesehatan anda. Lanjutkan minum obat yang diresepkan dan melakukan tes darah secara teratur. Ikuti petunjuk dokter anda dalam hal makan dan berolahraga. Anda juga mungkin ingin berbicara dengan psikiater, psikolog, atau konselor kesehatan tentang transplantasi anda. 1. Ekstraksi DNA DNA dapat diekstraksi dari hampir seluruh jaringan manusia. Sel Buccal dari dalam pipi manusia adalah yang paling sering digunakan untuk tes. Dalam kejadian criminal misalnya, sumber DNA bisa dari darah, sperma, folikel rambut, bahkan air liur. DNA yang diekstraksi akan dibandingkan dengan DNA sampel referensi. 2. Amplifikasi PCR DNA primer telah dioptimisasi untuk amplifikasi dari sejumlah loci STR di dalam satu campuran reaksi. Dengan mengatur jarak dari DNA primer dengan TRS ( Tetrameric Repeat

Sequence), hasil dari loci yang berbeda tidak akan saling tumpang tindih selama elektroforesis gel

Pada hasil yang ditunjukkan di atas, 3 STR D3S1358, vWA, dan FGA sedang dianalisis secara serentak. Panjang dari DNA yang telah diamplifikasi ditunjukkan pada skala 100 bp hingga 280 bp pada sisi atas gambar. Panel tengah dengan sejumlah puncak adalah referensi standar dengan alel yang telah diketahui untuk tiap lokus STR. Panel bawah menunjukkan alel seseorang bernama Norma, D3S1358, vWA, dan FGA. Alel Norma telah dibandingkan oleh computer pada standar referensi dan diberi label. Hasilnya adalah genotip Norma adalah 15, 15 pada lokus D3S15358, 14, 16 pada vWA, dan 24, 25 pada FGA. 3. Deteksi DNA setelah Amplifikasi PCR PCR primer dalam alat komersial yang digunakan untuk analisis STR memiliki molekul fluoresens yang secara kovalen tersambung dengan DNA primer. Untuk menambah jumlah loci yang berbeda yang bisa dianalisis dalam satu reaksi PCR,digunakan sejumlah DNA primer dengan warna yang berbeda (dengan label fluoresens). Setelah reaksi PCR, standar panjang DNA internal ditambahkan ke dalam campuran reaksi dan DNA akan terpisah berdasarkan panjangnya di dalam mesin Capillary Gel Electrophoresis. Seiring puncak DNA keluar dari gel, mereka terdeteksi dengan laser. Pada alat AmpFLSTRTM Profiler PlusTM PCR Amplification, 9 STR dianalisa dengan menggunakan tiga set DNA primer. Setiap set memiliki warna label fluoresens yang berbeda. Pada gambar di bawah, tiga set STR ditunjukkan oleh warna biru, hijau, dan kuning (ditebalkan dengan garis hitam). Puncak yang berwana merah adalah standar ukuran DNA. Software computer khusus digunakan untuk menampilkan warna yang berbeda pada panel yang berbeda dan akhirny abisa digunakan untuk menentukan panjang DNA. Penanda kesepuluh bernama AMEL digunakan untuk membedakan DNA pria XY dengan DNA wanita XX. Alat kedua, bernama Cofiler Plus digunakan pada reaksi PCR kedua untuk mengamplifikasi empat STR loci tambahan, dan juga mengulang beberapa dari loci dari alat Profiler. Hasil dari dua reaksi PCR adalah analisis secara menyeluruh CODIS set dari 13 STR, dengan tumpang tindih beberapa loci, dan tes untuk kromosom seks. Hasil yang didapatkan, alel digital, memiliki ciri-ciri masing-masing yang sudah dibandingkan dengan standar

B. Diagnosa Penyakit
Sebagai contoh, penyakit Influenza A (H1N1) yang sebelumnya disebut flu babi sempat mewabah beberapa waktu lalu, bahkan satu fase lagi dari fase pandemi. Penyakit berbahaya seperti ini memerlukan diagnosa yang cepat dan akurat. PCR merupakan teknik yang sering digunakan. Teknologi saat ini memungkinkan diagnosa dalam hitungan jam dengan hasil akurat. Disebut akurat karena analisis STR mengamplifikasi PCR daerah tertentu DNA yang merupakan ciri khas virus Influenza A (H1N1) yang tidak dimiliki oleh virus atau makhluk lainnya.

C. Forensik Pada kasus kriminal dengan kekerasan, darah atau jaringan lain yang tertinggal di tempat kejadian perkara (TKP) atau pada pakaian dan barang-barang lain miliki korban atau penyerangnya dapat digunakan untuk proses penyelidikan. Akan tetapi, karena terdapat banyak orang dalam populasi dengan jenis darah atau jaringan yang sama, pendekatan ini hanya dapat mengarah ke seseorang tersangka tanpa memberikan bukti kuat tentang pelakunya. Di pihak lain, pengujian DNA dapat mengidentifikasi pelaku denga derajat kepastian yang jauh lebih tinggi, karena urutan DNA setiap orang itu unik (kecuali untuk kembar identik). Pendeteksian kemiripan dan perbedaan sampel DNA, hanya membutuhkan darah atau jaringan lain dalam jumlah yang sangat sedikit. Misalnya, dalam kasus pembunuhan, bisa digunakan teknik PCR untuk membandingkan sampel DNA dari tersangka atau korban hanya butuh sedikit darah yang dijumpai di TKP. D. Kloning Pengertian cloning yaitu gen-gen yang direkombinasi dan dikembangkan. Kloning berasal dari kata clone yang diturunkan dari bahasa Yunani klon yang artinya potongan yang digunakan untuk memperbanyak tanaman. Kata ini digunakan dalam dua pengertian yaitu (1) klon sel adalah sekelompok sel yang identik sifat-sifat genetiknya, semua berasal dari satu sel. (2) klon gen atau molekuler adalah sekelompok salinan gen yang bersifat identil yang direplikasi dari satu gen yang dimasukkan ke dalam sel inang. Proses cloning manusia dapat digambarkan dan dijelaskan secara sederhana sebagai berikut : 1. Mempersiapkan sel stem : suatu sel awal yang akan tumbuh menjadi berbagai sel tubuh. Sel ini diambil dari manusia yang hendak dikloning.

2. Sel stem diambil inti selnya yang mengandung informasi genetic kemudian dipisahkan dari sel. 3. Mempersiapkan sel telur : suatu sel yang diambil dari sukarelawan perempuan kemudian intinya dipisahkan. 4. Inti sel dari sel stem diimplantasikan ke sel telur 5. Sel telur dipicu supaya terjadi pembelahan dan pertumbuhan. Setelah membelah (hari kedua) menjadi sel embrio. 6. Sel embrio yang terus membelah (blastosis) mulai memisahkan diri (hari ke lima) dan siap diimplantasikan ke dalam Rahim. 7. Embrio tumbuh dalam Rahim menjadi bayi dengan kode genetik sama persis dengan sel stem donor. E. Ribozim Ribozim (Ribonucleic acid enzyme) adalah molekul RNA yang mampu mengkatalis reaksi biokimia spesifik, sama seperti aktivitas enzim protein. Pada tahun 1981, penemuan ribozim juga menunjukkan bahwa RNA bisa hadir sebagai material genetik (seperti DNA) dan katalis biologis (seperti enzim protein) sehingga kehadiran RNA bisa disimpulkan sangat penting dalam evolusi sistem self-replicating prebiotic. Fungsi ribozim dalam ribosom (sejumlah besar ribozim terdapat pada ribosom) adalah menyambungkan asam amino selama sintesa protein dan sejumlah proses reaksi RNA seperti pemotongan RNA, replikasi viral, dan biosintesis transfer RNA. Contoh dari ribozim adalah ribozim hammerhead, ribozim VS, dan ribozim hairpin. F. Sertifikasi Makanan Makanan jadi seperti bakso sangat rawan tercampur dengan daging babi. Hal ini akan membabayakan umat Islam yang memang dilarang mengkonsumsi daging babi. Upaya awal untuk mendeteksi daging babi dalam bakso dengan menggunakan teknik PCR dilakukan dalam skala laboratorium. Penelitian yang bertujuan untuk mendeteksi adanya daging babi dalam makanan jadi menggunakan teknik Polymerase Chain Reaction (PCR) ini dilakukan diLaboratorium Bioteknologi Hewan dan Biomedis Pusat Antar Universitas Bioteknologi Institut Pertanian Bogor di Kampus IPB Darmaga dan Laboratorium Biak Sel dan Jaringan Hewan Pusat Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi , LIPI Cibinong pada bulan Maret sampai Juli 1999. G. Pertanian Aplikasi teknologi DNA rekombinan di bidang pertanian berkembang pesat dengan dimungkinkannya transfer gen asing ke dalam tanaman dengan bantuan bakteri Agrobacterium tumefaciens (lihat Bab XI). Melalui cara ini telah berhasil diperoleh sejumlah tanaman transgenik seperti tomat dan tembakau dengan sifat-sifat yang diinginkan, misalnya perlambatan kematangan buah dan resistensi terhadap hama dan penyakit tertentu. Di bidang peternakan hampir seluruh faktor produksi telah tersentuh oleh teknologi DNA rekombinan, misalnya penurunan morbiditas penyakit ternak serta perbaikan kualitas pakan dan bibit. Vaksin-vaksin untuk penyakit mulut dan kuku pada sapi, rabies pada anjing, blue tongue pada domba, white-diarrhea pada babi, dan fish-fibrosis pada ikan telah diproduksi menggunakan teknologi DNA rekombinan. Di samping itu, juga telah dihasilkan hormon pertumbuhan untuk sapi ( recombinant bovine somatotropine atau rBST), babi (recombinant porcine somatotropine atau rPST), dan ayam (chicken growth hormone). Penemuan ternak transgenik yang paling ramai diperbincangkan adalah ketika keberhasilan kloning domba Dolly diumumkan pada tanggal 23 Februari 1997.

Perkebunan kelapa sawit transgenik dengan minyak sawit yang kadar karotennya lebih tinggi saat ini mulai dirintis pengembangannya. Begitu pula, telah dikembangkan perkebunan karet transgenik dengan kadar protein lateks yang lebih tinggi dan perkebunan kapas transgenik yang mampu menghasilkan serat kapas berwarna yang lebih kuat. Di bidang kehutanan telah dikembangkan tanaman jati transgenik, yang memiliki struktur kayu lebih baik. Sementara itu, di bidang florikultur antara lain telah diperoleh tanaman anggrek transgenik dengan masa kesegaran bunga yang lama. Demikian pula, telah dapat dihasilkan beberapa jenis tanaman bunga transgenik lainnya dengan warna bunga yang diinginkan dan masa kesegaran bunga yang lebih panjang. Sentuhan teknologi DNA rekombinan pada florikultur antara lain dilakukan dengan mengisolasi dan memanipulasi gen biru dan gen etilen biru sesuai dengan tujuan yang dikehendaki. Di Amerika Serikat dan Eropa bibit violet carnation akan diproduksi melalui teknik rekayasa genetika. Bibit violet carnation transgenik ini disebut dengan moonshadow. Bunga moonshadow memiliki sangat sedikit benang sari, dan bahkan sesudah dipotong bunga tidak mempunyai benang sari lagi sehingga kemungkinan perpindahan gen ke tanaman lain dapat dicegah. H. Insulin Buatan Kemajuan di bidang bioteknologi yang lain diantaranya adalah sintesis insulin dengan bantuan bakteri yang biasa terdapat di usus besar, namanya Escherichia coli. Teknologi dasar proses ini disebut dengan teknologi plasmid. Insulin adalah hormon yang mengubah glukosa menjadi glikogen, dan berfungsi mengatur kadar gula darah bersama hormon glukagon. Kekurangan insulin karena cacat genetik pada pankreas, menyebabkan seseorang menderita diabetes melitus (kencing manis) yang berdampak sangat luas terhadap kesehatan, mulai kebutaan hingga impotensi. Sebelum ditemukan teknik sintesis insulin, hormon ini hanya bisa diperoleh dari ekstraksi pankreas babi atau sapi, dan sangat sedikit insulin bisa diperoleh. Setelah ditemukan teknik sintesis insulin di bidang bioteknologi inilah, harga insulin bisa ditekan dengan sangat drastis sehingga bisa membantu para penderita diabetes melitus. 1. Pada proses pembuatan insulin ini, langkah pertama adalah mengisolasi plasmid dari E. coli. Plasmid adalah salah satu bahan genetik bakteri yang berupa untaian DNA berbentuk lingkaran kecil. Selain plasmid, bakteri juga memiliki kromosom. Keunikan plasmid ini adalah: ia bisa keluar-masuk tubuh bakteri, dan bahkan sering dipertukarkan antar bakteri. 2. Pada langkah kedua ini plasmid yang telah diisolir dipotong pada segmen tertentu menggunakan enzim restriksi endonuklease. Sementara itu DNA yang di isolasi dari sel pankreas dipotong pada suatu segmen untuk mengambil segmen pengkode insulin. Pemotongan dilakukan dengan enzim yang sama. 3. DNA kode insulin tersebut disambungkan pada plasmid menggunakan bantuan enzim DNA ligase. Hasilnya adalah kombinasi DNA kode insulin dengan plasmid bakteri yang disebut DNA rekombinan. 4. DNA rekombinan yang terbentuk disisipkan kembali ke sel bakteri. 5. Bila bakteri E. coli berbiak, maka akan dihasilkan koloni bakteri yang memiliki DNA rekombinan.

Setelah tumbuh membentuk koloni, bakteri yang mengandung DNA rekombinan diidentifikasi menggunakan probe. Probe adalah rantai RNA atau rantai tunggal DNA yang diberi label bahan radioaktif atau bahan fluorescent dan dapat berpasangan dengan basa nitrogen tertentu dari DNA rekombinan. Pada langkah pembuatan insulin ini probe yang digunakan adalah ARNd dari gen pengkode insulin pankreas manusia. Untuk memilih koloni bakteri mana yang mengandung DNA rekombinan, caranya adalah menempatkan bakteri pada kertas filter lalu disinari dengan ultraviolet. Bakteri yang memiliki DNA rekombinan dan telah diberi probe akan tampak bersinar. Nah, bakteri yang bersinar inilah yang kemudian diisolasi untuk membuat strain murni DNA rekombinan. Dalam metabolismenya, bakteri ini akan memproduksi hormon insulin.

Summary Berdasarkan contoh di atas, aplikasi bioteknologi asam nukleat baik DNA maupun RNA sangat berguna bagi kehidupan. Teknologi-teknologi tersebut sudah tidak bisa terlepas dari aktivitas sehari. Besar pula kemungkinannya di masa depan, teknologi-teknologi tersebut telah jauh berkembang dan bisa semakin mempermudah kehidupan manusia. Sumber 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. http://web.ipb.ac.id/~tpb/files/materi/genetika/dnarekombinan/dnarekombinan.htm Campbell & Mitchell. 2002. Biologi. Jakarta: Erlangga. learn.genetics.utah.edu sciencebiotech.net http://repository.ipb.ac.id/handle/123456789/26007 Arbianto, Purwo. 1994. Biokimia Konsep-Konsep Dasar. Bandung : ITB. Campbel dan Reece-Mitchell. Biologi Edisi Kelima Jilid 1. Jakarta : Erlangga. D. Watson James, dkk. 1983. DNA Rekombinan Suatu Pelajaran Singkat. Jakarta: Erlangga. 9. Henyhili, Victoria dan Suratsih. 2003. Common TextBook Genetika. Yogyakarta : UNY. 10. Ketut Sarna, dkk. 2001. Buku Ajar Genetika. Singaraja : IKIP N Singaraja. 11. Sindumarta, Muliawati dan Dessy Natalia. 1983. Biokimia II: Metabolisme dan Informasi Genetika. Bandung : ITB.

Anda mungkin juga menyukai