Anda di halaman 1dari 17

ParafAsisten

LAPORAN PRAKTIKUM KIMIA ORGANIK Judul : PENGGUNAAN SOFTWARE KIMIA DALAM

PENGGAMBARAN STRUKTUR MOLEKUL TujuanPercobaan : Mempelajari dan mengaplikasikan pengetahuan dan keterampilan

menggambar struktur molekul senyawa kimia menggunakan software Chemsketch. Pendahuluan Ilmu kimia dalam pembelajarannya seringkali membutuhkan metode yang lebih bersifat eksperimental daripada hanya sekedar pengajaran lisan. Tetapi praktek-praktek di laboratorium kimia saat ini menghadapi kendala ketersediaan bahan kimia yang relatif mahal. Berdasarkan kendala itulah maka digunakan perangkat komputer untuk keperluan praktek dalam memahami konsep ilmu kimia. Dengan menggunakan komputer, telah dikembangkan software-software pemodelan struktur kimia untuk membantu mahasiswa dalam mempelajari dan memahami ilmu kimia secara lebih intensif (Tahir, 2003). Beberapa konsep ilmu kimia khususnya pada skala molekuler dapat dipelajari dengan menggunakan model molekuler. Kajian ini diantaranya ditujukan pada pembelajaran ukuran atom dan perioditas, bentuk geometri dari struktur molekul, stereokimia, dan lain-lain. model molekul pada mulanya diajarkan dengan model tiga dimensi dengan menggunakan alat peraga berbentuk bola-bola dari bahan plastik atau kayu. Dengan adanya perkembangan teknologi komputer baik dari segi perangkat keras maupun perangkat lunak memungkinkan untuk pemodelan molekul dengan menggunakan komputer (Penyusun, 2014). Saat ini banyak sekali software-software yang dapat digunakan untuk aplikasi visualisasi struktur molekul, baik software yang bersifat komersial maupun yang bersifat freeware (gratis) atau shareware (gartis untuk sementara waktu atau gratis untuk software versi terbatas). Salah satu software yang banyak digunakan yaitu ACD ChemSketch. ChemSketch adalah penampil struktur molekul yang bersifat freeware (gratis download, gratis pakai). Aplikasi ini sangat membantu untuk menggambar struktur molekul suatu senyawa dalam bentuk tiga dimensi. Aplikasi ChemSketch ini dapat didownload di website

http://www.acdlabs.com/download/chemsk.html (Anonim, 2014).

Aplikasi ACD ChemSketch (ACD = Advanced Chemistry Development) merupakan salah satu aplikasi kimia yang tersedia free sebagai open source software. Program ini berguna dalam penggambaran rumus kimia dan pemanfaatan grafik dari ACD.Lab yang dibuat untuk menggambar struktur molekul, reaksi, dan diagram dengan mudah dan cepat. Selain itu juga dapat digunakan untuk menghitung unsur kimia serta mendesain presentasi dan laporan secara profesional (Penyusun, 2014). Mahasiswa dan pengajar yang akan sering menggunakan aplikasi ChemSketch, sebaiknya membuat shortcut keyboard untuk membuka ChemSketch atau membuat shortcut pada taskbar (deretan bawah dari layar komputer) sehingga kita bisa membukanya dengan sekali klik. Untuk membuka ChemSketch juga bisa menggunakan keyboard pada komputer, berikut daftar shortcut yang penting dan sering digunakan: 1. Shortcut umum pada berbagai aplikasi bisa digunakan pada ChemSketch, seperti Ctrl+O, Ctrl+N, Ctrl+S, dan lain-lain yang ada pada sub menu file. 2. Shortcut umum lain untuk pengeditan, seperti Ctrl+C (menyalin), Ctrl+V (menempelkan salinan atau potongan), Ctrl+A (seleksi semua obyek), Del (menghapus yang terseleksi). 3. Shortcut pada menu Tools: Alt+Shift+S (melihat properti struktur), Ctrl+Al+3 (melakukan optimasi 3D dari struktur), Ctrl+Shift+Y (membentangkan struktur molekul). 4. Shortcut khusus: tombol f5 (melihat semua template yang tersedia mulai dari template struktur molekul yang sudah jadi, dot Lewis hingga berbagai gambar perangkat lab). 5. Shortcut pada menu Acd/Labs yang sering diperlukan adalah Alt+A+1 untuk membuka 3D Viewer (melihat bentuk molekul secara tiga dimensi). 6. Dan Alt+1 untuk kembali ke mode struktur 2D, Alt+2 untuk mengkopi struktur 2D ke mode struktur 3D serta Alt+X untuk menutup aplikasi ChemSketch. (Anonim, 2014). Chemsketch digunakan untuk menggambar struktur molekul dengan visualisasi tiga dimensi ini bisa menyimpan molekul dalam berbagai format. Dibawah ini akan dipelajari cara menyimpan molekul 3 dimensi. Extension s3D otomatis diberikan oleh Chemsketch ketika menyimpan file. Tetapi, file yang disimpan dengan extension s3D ini seringkali tidak dapat dibuka oleh program-program yang lain. Apabila mahasiswa ingin menampilkan molekul yang sudah dibuat di web, maka simpan file tersebut dalam format yang lain juga, yaitu 1. Simpan molekul 3 dimensi ini, dengan melakukan perintah menu ChemSketch: File > Save, lalu beri nama dan klik Save. 2. Simpan pula molekul yang sama dalam format yang lain, dalam hal ini formaat MDL

Molfies (*.mol), dengan melakukan perintah: File > Save as, lalu pada bagian Save As type, pilih MDL Molfies (*.mol), beri nama lalu klik Save. (Martoprawiro, 2008). Prinsip Kerja Menggambar struktur molekul suatu senyawa kimia dengan menggunakan software ChemSketch. Alat - Laptop atau PC - Aplikasi ACD ChemSketch Bahan Prosedur Kerja Aplikasi ChemSketch dibuka dari menu windows, kemudian digambar suatu molekul (contoh alanin). Setelah selesai digambar, molekul tersebut diatur dalam bentuk tiga dimensi atau dua dimensi sesuai yang diingikan. Kemudian disimpan dalam bentuk format yang diingikan. Waktu yang dibutuhkan :
No 1. 2. Kegiatan Membuka aplikasi ChemSketch Membuat molekul suatu senyawa (misal alanin) dalam bentuk dua dimensi atau tiga dimensi 3. Menyimpan file Total 5 menit 40-70 menit Waktu 5 menit 30-60 menit

Data dan Perhitungan -

Hasil TARGET PRAKTIKUM CHEMSKETCH 1. Menggambar struktur sederhana


H3C 3 CH3 CH3

a.

F
F H3C CH3 F
menjadi

F (CH 2)3Ph

b.
H3C

CH2 N N

CH3 N N

H2C

CH3 c. 2. Menggambar struktur yang lebih kompleks

O OH HO O HO O HO O OH O

3. Memberi muatan
H3C NH2
+

CH3

4. Stereodescriptor
Z CH3 S CH3 Cl

5. Membuat ikatan terkoordinasi


O O Li O CH3 CH3

6. Ikatan dan muatan terdelokalisasi


Br H3C
+

CH3 CH3

CH3

7. Markus bond
CH3

Br

8. Menggambar peptida siklik: Tyr-Ala-Trp


HO O NH O H3C N H O N H NH

Pembahasan Hasil Untuk menggambar molekul nomer 1b, praktikan bisa menggunakan draw normal tool yang berfungsi menggambar ikatan kimia dalam mode normal. Cara menggunakan mode ini adalah klik draw normal tool pada struktur toolbar kemudian klik C pada atom toolbar, selanjutnya arahkan kursor pada workspace dan klik satu kali hingga muncul tulisan CH4, kemudian klik satu kali pada atom C sehingga dihasilkan struktur CH3-CH3, kemudian klik sebanyak dua

H3C CH3

kali pada atom C disebelah kiri sehingga dihasilkan struktur H3C


H3C CH3 CH3 H3C

. Selanjutnya klik

set bond vertically pada structure toolbar dan klik ikatan kimia yang menghadap kebawah,

struktur yang dihasilkan adalah

. Arahkan kursor pada atom C di ujung kanan


CH3

sehingga menghasilkan struktur

CH3

, ulangi lagi dengan mengklik atom C yang


H3C CH3 CH3

berada diujung kanan sampai dihasilkan molekul

Selanjutnya ditambahkan struktur polimer dengan mengklik polymers pada structure toolbar kemudian diubah setting (index yang sebelumnya bertuliskan n) dengan 3. Gambar setting

yang akan muncul seperti

. Selanjutnya arahkan

mouse pada struktur yang telah dibuat sebelumnya dan diklik pada rantai karbon yang ingin diberi polimer. Jangan lepas mouse yang telah diklik dan seret mouse sampai pada area yang ingin
H3C 3 CH3

diberi

tanda
CH3

polimer

sehingga

menghasilkan

struktur

. Cara membuat sruktur 2b adalah pertama klik draw

chain, draw chain ini berfungsi sama seperti draw normal tool yaitu untuk membuat ikatan kimia. Perbedaannya adalah draw chain lebih cepat membuat ikatan kimia dengan struktur senyawa tunggal yang makin banyak memiliki atom C. Dengan draw chain, praktikan tidak membuat ikatan tunggal satu-satu tapi mouse cukup diletakkan di workspace dan kemudian mouse diseret sampai muncul ikatan dengan jumlah atom C yang dikehendaki sehingga

H3C

terbentuk struktur

CH3. Kemudian klik draw normal tool

untuk membuat cabang (-CH3) pada atom C2 dan C9, cukup diklik satu kali pada atom C2
CH3 H3C CH3 CH3

dan juga atom C9 sehingga dihasilkan struktur

Selanjutnya atom CH3 pada atom C1, C10, dan cabang atom C9 diganti dengan atom F dengan cara mouse diarahkan ke atom toolbar, diklik atom F, dan mouse diarahkan ke atom
F F F CH3

C1, C9, dan C10 sehingga dihasilkan struktur

. Pada hasil

pembahasan diatas, struktur yang dihasilkan salah, pada struktur lurusnya gugus CH3 pada C10 tidak diganti dengan atom F. Kemudian struktur tersebut diubah menjadi bentuk siklik dengan cara diklik normal tool, mouse diarahkan ke atom gugus CH3 pada cabang C1 dan
F F F

diseret sampai ke atom C9 sehingga dihasilkan struktur

. Selanjutnya diklik

atom label abc untuk mengganti atom F dengan (CH2)3Ph. Selanjutnya mouse diarahkan ke atom F yang mau diganti dan diklik, akan muncul perintah untuk memasukkan struktur yang diinginkan. Struktur diklik (CH2)3Ph kemudian diklik insert sehingga dihasilkan struktur
F F (CH 2)3Ph

. Selanjutnya cara menulis struktur 1c adalah pertama cincin anggota enam atau yang biasa dikenal dengan sikloheksana diklik pada reference toolbar kemudian mouse diarahkan ke workspace dan diklik workspacenya sehingga diperoleh struktur cincin anggota enam. Kemudian diklik cincin anggota lima pada reference toolbar juga, mouse diarahkan ke workplace dan cincin anggota lima dibuat berdempetan dengan cincin anggota enam dengan diklik pada sisi cincin anggota enam yang diinginkan sehingga terbentuklah

struktur

. Selanjutnya, dibuat ikatan rangkap pada cincin tersebut dengan cara

diklik ikatan yang diinginkan untuk berikatan rangkap sehingga dihasilkan struktur

. Untuk membuat percabangan pada cincin diklik draw normal tool yang berfungsi untuk membuat ikatan, atom C yang dikehendaki untuk mempunyai cabang diklik
CH3 H3C CH3

H3C

sehingga menghasilkan struktur


CH2 H3C

CH3

. Kemudian untuk membuat ikatan

rangkap pada percabangan, diklik ikatan pada cabang sehingga terbentuk struktur
CH3

H2C CH3

. Cara terakhir adalah atom C tertentu diganti dengan atom N seperti

pada struktur target. Pertama diklik atom N pada atom toolbar, mouse diarahkan ke letak atom C yang mau diganti dengan atom N dan diklik sekali. Cara ini diulangi untuk
CH2 H3C N N CH3 CH3 N N

H2C

menghasilkan struktur

. Menggambar struktur nomer dua yaitu cincin

anggota enam diklik pada reference toolbar, mouse diarahkan ke workspace kemudian diklik sau kali sehingga muncul struktur cincin anggota enam. Selanjutnya cincin anggota lima diklik juga dan muose diarahkan ke workspace dan diusahakan cincin anggota lima berdempetan ditempat yang diinginkan kemudian diulangi lagi diklik ditempat yang

dikehendaki sehingga diperoleh struktur

. Diklik lagi cincin anggota enam

pada reference toolbar dan mouse diarahkan ke workspace kemudian diklik sehingga

menghasilkan struktur

. Kemudian dibuat gugus karboksil (COOH)

dengan cara diklik pada reference toolbar tulisan COOH, mouse diarahkan ke workspace dan diklik pada tempat
O OH HO O HO O HO O HO O OH O

yang

diinginkan

sehingga

diperoleh

struktur

. Cara membuat struktur yang mempunyai muatan

adalah diklik atom C pada atom toolbar dan diusahakan draw normal tool aktif, diklik sekali pada workspace sehingga muncul CH4, diklik change position dan mouse diarahkan pada CH4 kemudian diklik satu kali, change position berfungsi untuk merubah posisi CH4 menjadi H4C. Selanjutnya draw normal tool diaktifkan, diklik dua kali atom C pada titik yang sama
H3C

sehingga dihasilkan struktur


H3C

CH3 . Kemudian diklik ujung bawah atom C satu kali

sehingga menghasilkan struktur


H3C HN CH3

CH3

. Diklik atom N pada atom toolbar, lalu diklik

karbon yang dikehendaki untuk mengganti atom C dengan atom N sehingga dihasilkan

struktur

. Pada atom toolbar, diklik increment (+) charge untuk membubuhi


H3C H2N
+

muatan positif pada struktur sehingga dihasilkan

CH3

. Membuat struktur Z dan S

dengan menggunakan stereo descriptor pada structure toolbar yaitu pertama menggamabr struktur dengan diaktifkan struktur sikloheksana pada reference toolbar dan diklik pada

workspace sehingga menghasilkan struktur

. Diaktifkan draw normal tool untuk

membuat ikatan percabangan dan diklik pada atom C sikloheksana yang diinginkan sehingga

CH3

dihasilkan struktur
CH3 CH3

. Selanjutnya dihapus tiga ikatan yang menyusun cincin

dengan menggunakan delete pada general toolbar sehingga menghasilkan struktur

. Kemudian diaktifkan down stereo bond pada structur toolbar untuk membuat

ikatan stereo yang mengarah ke bawah, diklik pada atom C pertengahan struktur dan gugus CH3 yang berada pada ikatan stereo diganti dengan Cl dengan mengaktifkan Cl pada atom
CH3

toolbar dan diklik pada atom c yang mau diganti sehingga dihasilkan CH3
CH3

Cl

Selanjutnya diaktifkan draw normal tool untuk membuat ikatan rangkap dan diklik ke

struktur sehingga dihasilkan CH3

Cl

. Untuk membuat konfigurasi Z dan S caranya

adalah struktur diblok dengan diaktifkan select/move. Diklik menu tools, generate, dan stereo
Z S Cl CH3

descriptor sehingga dihasilkan struktur CH3

. Z dan S dari struktur tersebut diatur

dengan diklik hurufnya dan digeser ke tempat yang diinginkan sehingga dihasilkan struktur
Z CH3 S Cl CH3

. Selanjutnya membuat suatu struktur dengan ikatan koordinasi, caranya

adalah pertama diaktifkan struktur benzena pada reference toolbar, mouse diarahkan ke

workspace dan diklik satu kali sehingga menghasilkan struktur benzena,

. Kemudian

diklik set bond horizontally pada structure toolbar, mouse diarahkan pada ikatan struktur yang akan di putar secara horisontal dan diklik satu kali sehingga menghasilkan struktur

. Draw normal tool diaktifkan, mouse diarahkan ke struktur pada workspace dan diklik atom C yang terletak paling kiri dari rantai sehingga menghasilkan struktur

H3C

. Diklik periodic table pada atom toolbar sehingga muncul tabel periodik, atom Li diklik, dan diklik ok. Kemudian mouse diarahkan ke rantai cincin benzena dan diklik satu kali untuk mengganti gugus CH3 dengan atom Li, struktur yang dihasilkan yaitu
Li

. Selanjutnya diklik atom C pada atom toolbar, diklik draw chains, mouse diarahkan ke workspace yang kosong, dan diklik untuk membuat cabang dengan sembilan
CH3

Li

atom C, struktur yang dihasilkan adalah CH3

. Diaktifkan draw normal tool

pada structure toolbar, diklik atom O pada atom toolbar, mouse diarahkan ke atom C2, 5, dan 8 pada rantai karbon untuk mengganti atom C dengan O, dan diklik satu kali pada C2, 5, 8
CH3 O Li O

sehingga menghasilkan struktur

CH3

. Kemudian diklik coordinating bond

pada stucture toolbar dan dipilih coordinating bond (dashed arrow) dan ditarik masing-

CH3 O Li O

masing atom O ke Li, sehingga struktur yang dihasilkan adalah


CH3

CH3

Selanjutnya diklik clean structure untuk menstandarkan semua panjang dan sudut ikatan,
O O Li O CH3

dihasilkan struktur

. Berikutnya menggambar struktur dengan ikatan dan

muatan terdelokalisasi, untuk menggambar struktur ini yang digunakan adalah draw reaction intermediet, delocalized charges, dan organometallic structure dangan multicentral coordination. Pertama dipilih sikloheksana pada reference toolbar dan diklik pada workspace

sehingga dihasilkan struktu sikloheksana,


CH3 H3C CH3

. Kemudian diklik atom C pada atom

toolbar, diaktifkan draw normal tool, diklik pada struktur sikliheksana pada C1, C3, C5, dan
CH3

C6 sehingga dihasilkan struktur

CH3

. Selanjutnya diblok struktur tersebut,


H3C H3C CH3 CH3

diklik clean structure dan dihasilkan struktur

CH3

. Dipilih atom Br pada

atom toolbar dan diklik pada salah satu gugus CH3 yang berada paling atas cincin, dihasilkan

Br CH3 H3C CH3

struktur

CH3

. Diaktifkan select/move, diklik shift dan diklik satu persatu ke

lima atom C. Kemudian diklik solid delocalization bond pada structure toolbar sehingga
Br CH3 H3C CH3

dihasilkan

CH3

. Diklik increment charge pada atom toolbar, diarahkan pada


Br CH3 H3C
+

CH3

titik yang ditengah dan diklik sehingga dihasilkan struktur

CH3

. Selanjutnya

menggambar struktur dengan ikatan markus, pertama diklik cincin benzena pada reference

toolbar, mouse diarahkan ke workspace dan diklik sehingga menghasilkan struktur


CH3

kemudian diklik atom C dan draw normal tool, diarahkan mouse ke atom C paling atas dari

cincin benzena sehingga dihasilkan struktur

. Selanjutnya diklik select/move,


CH3

ditekan shift, diklik lima atom C pada cincin yang tidak mengandung cabang, dan dipilih

CH3

markus bond with shadow pada struktur toolbar sehingga dihasilkan struktur

CH3 yang terletak ditengah bundaran cincin diganti dengan Br dengan cara diaktifkan atom Br pada atom toolbar, diarahkan mouse ke CH3 dan diklik, struktur yang dihasilkan adalah

CH3

Br

. Untuk membuat struktur peptida siklik hal yang pertama dilakukan adalah diklik template window, diklik template window, diklik asam amino. Dari bermacam-macam asam amino diklik tirosin, mouse diarahkan ke workspace dan diklik pada tempat yang kosong
O OH

sehingga menghasilkan struktur HO


O

NH2

. Kemudian dipilih alanin dari

tabel radicals pada reference toolbar, diklik gugus NH2 pada struktur tirosin sehingga struktur

OH HN HO O

yang dihasilkan adalah


O OH HN HO H3C O NH2 NH O

H3C

NH2. Selanjutnya dipilih triptofan dari tabel

radicals pada reference toolbar, diklik gugus NH2 pada struktur sehingga dihasilkan struktur

N H

. Diklik select/move kemudian gugus OH sehingga dihasilkan struktur

NH2

diseret

ke

gugus

O NH HN HO H3C O N H
HO O NH O H3C N H O N H NH

NH

. Terakhir diklik clean structure dan

dihasilkan struktur Kesimpulan Lampiran a. Target Praktikum KO 1. Menggambar struktur sederhana


H3C 3 CH3 CH3

F F F CH3
CH2 H3C N N CH3 CH3 N N

(CH 2)3Ph

menjadi

H2C

2. Menggambar struktur yang lebih kompleks


O OH HO O HO O HO O OH O

3. Memberi muatan
H3C H2N
+

CH3

4. Stereodescriptor
Z CH3 S Cl CH3

5. Membuat ikatan terkoordinasi


O O Li O CH3 CH3

6. Ikatan dan muatan terdelokalisasi


Br H3C
+

CH3 CH3

CH3

7. Markus bond
CH3

Br

8. Menggambar peptida siklik: Tyr-Ala-Trp

HO O NH O H3C N H O N H NH

b. Struktur Senyawa Kimia Untuk Percobaan 2 - 1-propanol - 2-butanol - Asetofenon - Aseton - Br2 (Br Br) - Bensaldehida - Butiraldehida - Etanol - Fenol - Heksena - Klorobensen - Metanol - n-oktanol - Sikloheksena - toluena c. Gambar Peralatan Percobaan 2 Referensi Saran Nama Praktikan Wardatul Baedho (101810301045)