Les symbioses xatrices dazote

Ccile Revellin
UMR Agrocologie, Inra/Universit de Bourgogne 17, rue Sully - BP 86510, 21065 Dijon Cedex

Rsum
Les plantes dites xatrices symbiotiques dazote , comme toutes les plantes, ont besoin dazote, mais ont la proprit remarquable de pouvoir puiser cet lment partir de latmosphre, tandis que les autres plantes cultives doivent recevoir des engrais azots. En fait, ce nest pas la plante elle-mme qui est capable de xer lazote de lair, mais des bactries spciques avec lesquelles elles vivent en association au niveau dorganes particuliers : les nodosits. Cest le cas de deux principaux groupes de plantes : les lgumineuses (ou fabaces) qui sassocient avec les Rhizobia et des plantes appartenant huit familles dangiospermes (dites actinorhiziennes) qui sassocient avec lactinomycte Frankia. La plante forme la nodosit qui abrite la bactrie et lui fournit lnergie ncessaire ; ces bactries rduisent lazote gazeux de lair en ammoniac et cdent lazote x la plante. Cette association bnces rciproques est appele symbiose. Les partenaires de ces symbioses ainsi que leur fonctionnement et leur importance cologique seront dcrits, puis seront prsentes et discutes leurs utilisations commerciales actuelles, les applications futures (fertilit des sols, revgtalisation de sols dgrads, et foresterie) ou les perspectives dutilisation pour dautres services cosystmiques (rduction du gaz effet de serre N2O, solubilisation des phosphates, dgradation des xnobiotiques)

La xation dazote
Les ressources en azote de la plante sont pratiquement illimites grce au rservoir atmosphrique (N2). Pourtant lazote est, aprs leau, le principal facteur limitant la croissance des vgtaux. En eet, pour tre utilisable par les vgtaux, lazote doit tre sous forme minrale (NH4+ et NO3-), ce qui peut se raliser par deux voies : la voie de la xation biologique et la voie industrielle de synthse des engrais azots. La xation biologique de N2 a reprsent, jusquau dbut du e sicle, la seule source dazote combin de notre plante et reprsente encore aujourdhui, lchelon mondial, un apport environ 1,5 fois suprieur celui des engrais. Elle est estime environ 195millions de tonnes dN par an (Smil, V. 2002). Cette xation biologique, dcouverte la n du XIXe sicle, est uniquement le fait de procaryotes1 (bactries ou cyanobactries), une centaine despces au plus, qui vivent ltat libre ou en association avec certaines plantes. Ces bactries sont capables de rduire lazote gazeux (N2) en ammoniac (NH3), qui est transform en ammonium (NH4+). Lion ammonium sera incorpor immdiatement dans divers types dacides amins. Cette raction - analogue celle mise en uvre industriellement dans la production dengrais azots- se fait, par contre, sous des conditions normales de temprature et de pression, grce la nitrognase, complexe enzymatique particulier et de nature comparable chez tous les organismes xateurs. Cependant, la rduction de lazote atmosphrique est un processus trs coteux en nergie. Les organismes xateurs dazote doivent donc trouver dans leur environnement de grandes quantits de carbone, quils se procurent : - directement via la plante dans le cas dassociations plantes-microorganismes, - indirectement via la matire organique du sol pour les organismes xateurs libres. Dans les sols, on constate en gnral que les bact-

Les procaryotes sont des organismes unicellulaires caractriss par labsence de noyau cest--dire que leur matriel gntique nest pas enclos dans un organite limit par une enveloppe. Ce taxon soppose aux eucaryotes, caractriss par la prsence dun noyau. Cette division du vivant en deux tant la plus simpliste en termes de classification des espces.
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ries xatrices libres ne jouent quun rle mineur. Par contre, dans le cas dune association avec un vgtal, la xation dazote bncie directement des photosynthtats de la plante et on obtient alors un systme trs performant. Cette association se traduit par la formation dorganes nouveaux, les nodosits, situes le plus souvent sur le systme racinaire, dans lesquelles les bactries se multiplient et rduisent lazote de lair. La plante hte fournit une niche protectrice et de lnergie aux bactries qui, en change, cdent lazote x la plante. On a donc bien une symbiose, cest--dire une association bnce rciproque.

Formation des nodosits

Une caractristique remarquable de la symbiose Rhizobia - lgumineuse est son degr lev de spcicit. Ltablissement de cette symbiose est le fruit dun dialogue permanent entre le Rhizobia et sa plante hte, de nombreux signaux molculaires spciques sont changs entre les deux partenaires tout au long de la formation de la nodosit. Les avonodes librs par la plante constituent le premier signal molculaire et permettent lactivation chez la bactrie des gnes de nodulation responsables de la production des facteurs Nod. Ces facteurs Nod sont capables dinduire les tapes cls intervenant lors de la formation de la nodosit : 1) la xation du Rhizobia sur le poil absorbant ainsi que la courbure du poil, 2) les tapes du processus dinfection via un cordon dinfection, 3) la division cellulaire corticale, 4) le primordium nodulaire se dveloppe alors en nodosit pendant que les bactries pntrent dans les cellules vgtales et se direncient en bactrodes formant ainsi le symbiosome dans lequel la xation de N2 va se raliser (Djordjevic, 2004).

Les symbioses lgumineuses Rhizobia

La grande majorit des plantes connues pour former des nodosits xatrices dazote sont les lgumineuses (ou fabaces) qui sassocient avec les Rhizobia. Trois sous-familles sont distingues : les Cesalpinoidae, les Mimosoidae et les Papilionidae. Trs peu despces chez les Cesalpinoidae sont nodules, alors que la plupart des espces de Papilionidae dintrt agronomique le sont (soja, luzerne, pois, haricots, arachide) Depuis trs longtemps une spcicit dhte pour la formation des nodosits (infectivit) et la xation dazote (ecience) a t mise en vidence et a conduit la constitution de groupes dinoculation croise pour les lgumineuses et la dnition despces et de biovars pour les Rhizobia. Cette classication des Rhizobia base sur des critres de spcicit dhte a longtemps t utilise. Mais avec le dveloppement trs rapide des techniques de biologie molculaire, on a pu mettre en vidence que des Rhizobia de groupes dinoculation dirents pouvaient tre gntiquement trs proches, et quune mme lgumineuse pouvait tre nodule par des Rhizobia gnotypiquement distants. Au cours de ces dernires annes, la classication des Rhizobia a donc subi dimportantes modications et un dveloppement considrable (Willems, 2006). Ainsi, en septembre 2011, le site ZR Rhizobia2 recensait plus de 90 espces rparties en 12 genres (dont les 4 principaux sont Rhizobium, Ensifer - ex Sinorhizobium, Mesorhizobium et Bradyrhizobium).

Inoculation et comptition entre souches

Lorsque les Rhizobia spciques dune lgumineuse sont absents dun sol ou en faible nombre, pour quil y ait nodulation et xation symbiotique, les Rhizobia peuvent tre apports par inoculation. Cest ce qui est pratiqu en France pour le soja dans tous les sols, la luzerne dans les sols de pH infrieur 6,5 et le lupin dans les sols de pH suprieur 6 (Amarger, 1980). Linoculation est ralise au semis partir dun inoculant constitu le plus souvent dune culture de Rhizobia sur un support tourbe. Cet inoculant doit apporter un nombre susant de bactries par graine pour assurer une bonne nodulation de la plante. Les quantits minimales sont de 106 Rhizobia par graine du type soja ou lupin et de 5 x 103 par graine de luzerne. Des inoculants liquides ou granuls appliqus dans la raie de semis sont galement utiliss (Catroux et al., 2001). Des millions dhectares ont t et sont actuellement inoculs chaque anne travers le monde avec direntes espces de Rhizobia, dont environ 50 millions pour le soja (Lindstrm et al., 2010). Lorsque les Rhizobia dun groupe dinoculation donn sont prsents dans un sol, leur ecacit xer lazote avec certaines espces de ce groupe peut tre faible ou nulle. Dans ce cas, il peut tre dicile dimposer une souche plus xatrice, car elle va entrer en comp-

http://www.rhizobia.co.nz/taxonomy/rhizobia.html

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tition pour la formation des nodosits avec les souches indignes. Le succs de lintervention dpendra alors essentiellement des rapports de comptitivit et de nombre entre Rhizobia du sol et de linoculant, do la ncessit de chercher caractriser les populations naturelles pour pouvoir matriser le phnomne (Amarger, 1980 ; Lindstrm et al., 2010).

Intrts agronomique, environnementaux et conomiques

On estime que la moiti de la xation biologique de N2 est ralise par cette symbiose, avec un taux allant de 10 300 kg de N2 x par hectare et par an (Werner & Newton, 2005, Lindstrm et al., 2010), et produit 25 35 % des protines mondiales. Les lgumineuses sont principalement utilises dans lalimentation humaine et animale pour leur teneur leve en protines. Ces cultures reprsentent un march mondial denviron 2milliards de dollars par an3. On distingue les lgumineuses fourragres (tres, luzerne, lotier, pois fourrager, vesces, sainfoin...) et les lgumineuses graines (pois, fverole, lupin, soja pour le btail ; lentille, pois, haricot pour lalimentation humaine). Elles sont galement cultives pour leurs huiles alimentaires (soja, arachide) ou non (peinture avec huile de soja). Les lgumineuses ligneuses, telles quacacia, Leucaena, mimosas pouvant xer des quantits normes de N2 (jusqu 600 kg /hectare/an) sont utilises en agroforesterie (Sprent et Parsons, 2000). Dautres comme le lupin, la glycine, les Cytisus ou Genista peuvent tre utilises comme plantes ornementales.

Rhamnaceae et Rosaceae le sont. Ces espces vivaces sont distribues sur toutes les surfaces terrestres du globe, aussi bien en zones froides avec de fortes variations saisonnires quen zones tropicales sans dirence marque entre les saisons. Des exemples de genres bien connus incluent Alnus (aulne), Eleagnus, Hippophae et Casuarina. Comme pour les symbioses lgumineuse - Rhizobia, les nodosits induites par les Frankia sur les plantes actinorhiziennes sont essentiellement localises sur les racines. Mais la dirence des lgumineuses, ces nodosits sont toujours des racines dformes, constitues de lobes renfermant un faisceau vasculaire central entour dune zone corticale de cellules infectes (Franche et al., 2009). Si, depuis 1890, on sait isoler et cultiver au laboratoire les reprsentants du genre Rhizobium, ce nest que vers 1980 que la premire culture pure de Frankia a t obtenue. Depuis, de nombreuses cultures pures ont t isoles et des progrs trs sensibles dans la connaissance des microsymbiotes et du fonctionnement de la symbiose ont t obtenus. Des amliorations trs nettes de lecience de la xation sont maintenant possibles ; du reste, dans divers pays, des espces actinorhiziennes sont dj utilises sur une vaste chelle dans des domaines aussi varis que la protection contre lrosion ou la sylviculture, notamment pour la production de biomasse ou de bois de qualit et pour lamlioration de la productivit dautres ligneux forestiers (Douglas) ou prcieux (noyer, merisier) (Moiroud, 1996). En France, ces espces pourraient jouer un rle important pour lagroforesterie, la rhabilitation de zones dgrades, la valorisation des zones de dprise agricole

Les symbioses actinorhiziennes

Les plantes dites actinorhiziennes tablissent de la mme manire une symbiose xatrice dazote avec des bactries lamenteuses appartenant un genre particulier dactinomyctes, le genre Frankia. Ces plantes, toutes prennes et ligneuses, appartiennent environ 200 espces rparties dans 24 genres appartenant huit familles dangiospermes phylogntiquement trs diversies (Franche et al., 2009). La plupart des genres de Casuarinaceae, Coriariaceae, Eleagnaceae, Datiscaceae et Myricaceae sont noduls, alors que seulement quelques espces des genres Betulaceae,

Les symbioses avec cyanobactries

Il existe un autre type de symbiose qui prsente un intrt agronomique. Les Azolla sont de petites fougres aquatiques qui colonisent la surface des rizires en Asie ; grce leur association troite et spcique avec une cyanobactrie Anabaena, elles parviennent xer jusqu 200 kg dazote par hectare et par an, et sont utilises pour la fertilisation des rizires (Franche et al., 2009).

http://www.ildis.org/Leguminosae/

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Perspectives dapplication futures

Revgtalisation de terrains dgrads
Les sols dgrads - par une action humaine, plus ou moins intempestive ou indispensable la bonne conomie dun pays, ou par laction de phnomnes naturels (eau, ruptions volcaniques, glaces...) - se caractrisent essentiellement par la disparition des horizons de surface et la mise nu de la roche-mre. Les sols dgrads deviennent des sols striles pour lesquels la recolonisation vgtale spontane est trs alatoire, mme par des espces rputes trs frugales. Les exemples de sols dgrads, encore totalement dvgtaliss mme aprs un sicle, sont trs nombreux : terrils, dlaisses torrentielles, dos dlphant... Parfois cependant, en fonction de lenvironnement local, on constate quen quelques annes une nouvelle vgtation sinstalle. Nous avons pu suivre, la fois dans le temps et dans lespace, de tels phnomnes sur la moraine du glacier de Saint-Sorlin (74) ou dans un ancien lit torrentiel au Col dOrnon (38) (Danire et al. 1986). La littrature fournit aussi dautres exemples de mme type, notamment en Suisse (glacier dAletsch) et en Alaska (glacier Bay). Dans tous ces cas, on observe que les premiers vgtaux qui sinstallent sont soit des tres, soit des aulnes ou de largousier, donc tous associs des bactries xatrices dazote (Moiroud, 1996). Ces vgtaux sont en eet non seulement capables dune bonne croissance sur ces types de sols (nous avons mesur des gains de croissance annuelle suprieurs 60 cm pour de jeunes aulnes blancs Ornon), mais aussi, notamment grce un apport massif dune litire riche en azote et autres minraux, de modier susamment le sol pour permettre linstallation de nouvelles espces, des gramines principalement. Ainsi, Ornon, on est pass en 10 ans dun stade pionnier aulnes blancs clairsems, dune hauteur moyenne de 50 cm, un stade o les aulnes dpassaient 6 m de hauteur avec, au niveau du sol, une strate continue comptant plus de 52 espces (Danire et al. 1986). Des observations tout aussi spectaculaires avaient t faites sur la moraine du glacier Bay en Alaska o, aprs ltablissement rapide dun stade pionnier aulne crisp, le sol stait susamment enrichi pour permettre linstallation dune fort de Tsuga. Dans les sols dgrads, les bactries xatrices libres ne

jouent aucun rle. En revanche, grce leur symbiose, les vgtaux dits xateurs dazote sont particulirement bien arms pour coloniser ces sols, dautant quils sont aussi capables de sassocier avec des champignons pour former des mycorhizes (Moiroud, 1996). Le rle des mycorhizes - ecto ou endomycorhizes - nest plus dmontrer, notamment dans le domaine de la nutrition phosphate. Il est de toute premire importance pour les vgtaux xateurs poussant en sols pionniers car, dans ces sols, le phosphore, autre lment limitant fortement la croissance, est soit prsent en trs faible quantit soit, en sols calcaires, prsent sous formes totalement inassimilables. La littrature actuelle fournit de nombreux exemples attestant dune corrlation trs positive entre intensit de la xation symbiotique dazote et prsence de mycorhizes. Cependant, les cas de revgtalisation spontane de sols dgrads par les xateurs symbiotiques sont relativement rares. En fait, cela sexplique facilement car, pour quune telle symbiose puisse stablir, il faut : 1) des semenciers proximit et des conditions permettant la germination des semences, 2) que la trs jeune plante trouve dans le sol non seulement des bactries xatrices compatibles mais aussi des champignons mycorhiziens. La runion de toutes ces conditions a une faible probabilit de se raliser dans les sols soumis une rosion permanente. Ceci explique que bon nombre de sols ne se recolonisent pas spontanment, mme aprs des dcennies. Actuellement, on dispose de souches hautement performantes de symbiotes microbiens, aussi bien parmi les Rhizobia que parmi les Frankia, ainsi que de champignons ectomycorhiziens. Il est donc possible de construire des systmes xateurs trois partenaires, plantes, bactries xatrices, champignons mycorhiziens, et de les installer sur des terrains dgrads pour suivre, en vraie grandeur, leurs performances4.

Identication de nouvelles fonctions dintrt agro-cologique

De nombreuses recherches sont en cours pour identier et exploiter pleinement toutes les proprits des symbioses lgumineuses - Rhizobia (pour revue Vance, 1998). Elles peuvent tre utilises en phytoremdiation car elles ont la proprit de faciliter la dgradation de contaminants du sol, comme les pesticides, les herbicides. Elles peuvent aussi piger et accumuler des polluants. Les lgumineuses peuvent tre utilises

Pour les lgumineuses : Colutea arborescens, Coronilla minima, emerus ou glauca, Bonjania hirsuta, Genista cinerea, Cytissus sessifolius, Coronilla, Ononis fructicosa, Caragana arborescens, et pour les actinorhizes : Alnus incana ou cordata, Hippophae rhamnoides, Eleagnus umbellata, ou angustilolia.
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directement grce aux proprits de leurs exsudats et de la microore rhizosphrique associe, mais aussi par ingnierie cologique en slectionnant des souches de Rhizobia capables naturellement de rendre des services cosystmiques (dgrader des composs xnobiotiques, solubiliser les phosphates...) Ainsi, nous avons dvelopp un projet pour valuer lutilisation des Rhizobia en symbiose avec les lgumineuses pour favoriser la rduction du gaz eet de serre, N2O, dans les sols. Les sols cultivs sont la principale source dmission de protoxyde dazote (N2O), puissant gaz eet de serre (GES) puisque son pouvoir de rchauement global (PRG) est denviron 300 fois suprieur celui du dioxyde de carbone (CO2). Certains Rhizobia possdent la capacit de rduire N2O en N2. Nous avons ralis des exprimentations en serre o nous avons pu rduire les missions de N2O en cultivant sur ce sol du soja inocul avec la souche Bradyrhizobium japonicum G49, possdant la capacit de rduire N2O en N2. Nous avons galement mis en vidence cette proprit chez la souche Sinorhizobium meliloti 2011 en symbiose avec de la luzerne. Nous proposons donc une technique dingnierie cologique, consistant en lutilisation de couples symbiotiques plantes - microorganismes spciques, dans les sols pour diminuer les missions de GES par lagriculture (Hnault & Revellin, 2011). Actuellement, nous poursuivons ces tudes an : 1) de dmontrer la faisabilit du procd en grande culture, et 2) de slectionner, parmi limportante collection de lUMR Agrocologie, des symbiotes de plantes qui ne sont actuellement pas inocules en France (pois, haricot, fverole, tre) et qui pourraient ltre lavenir avec lobjectif environnemental de rduire des missions de GES.

Bibliographie
Amarger, N. (1980). Aspect microbiologique de la culture des lgumineuses. Le Slectionneur franais. 28: 61-66. Catroux, G., A. Hartmann, C. Revellin (2001). Trends in rhizobial inoculant production and use. Plant and Soil 230(1): 21-30. Danire, C., A. Capellano, A. Moiroud (1986). Dynamique de lazote dans un peuplement naturel dAlnus incana (L.) moench. Acta Oecologica 7: 165-175. Djordjevic, M. A. (2004). Sinorhizobium meliloti metabolism in the root nodule : A proteomic perspective. Proteomics 4(7): 1859-1872. Franche, C., K. Lindstrom, C. Elmerich (2009). Nitrogen- xing bacteria associated with leguminous and non-leguminous plants. Plant and Soil 321(1-2): 35-59. Henault, C. and C. Revellin (2011). Inoculants of leguminous crops for mitigating soil emissions of the greenhouse gas nitrous oxide. Plant and Soil 346(1-2): 289-296. Lindstrom, K., M. Murwira, A. Willems, N. Altier (2010). The biodiversity of benecial microbehost mutualism: the case of rhizobia. Research in Microbiology 161(6): 453-463. Moiroud, A. (1996). Diversity and ecology of actinorhizal plants. Acta Botanica Gallica 143(7): 651-661. Smil, V. (2002). Bio xation and nitrogen in the biosphere and in global food production. In : Nitrogen xation: global perspectives. T.M. Brogan et al. ed., CAB International, New York, 7-9. Sprent, J. I. and R. Parsons (2000). Nitrogen xation in legume and non-legume trees. Field Crops Research 65(2-3): 183-196.

Conclusion
La xation symbiotique de N2 est un processus qui se compare trs favorablement la synthse industrielle des engrais, ceci dautant plus quelle utilise de lnergie solaire via la photosynthse. Or, bien que ces symbioses xatrices dazote prsentent des enjeux agronomiques mais aussi environnementaux considrables et incontestables, leur utilisation actuelle en Europe est bien en dessous de ce quelle pourrait tre. Les services agrocologiques oerts par les symbioses xatrices aussi bien Rhizobia qu Frankia devraient nous inciter reconsidrer la place quelles pourraient tenir dans une agriculture, une agroforesterie ou une gestion des territoires durables.

Vance, C. P. (1998). Legume symbiotic nitrogen xation: agronomic aspects. In: The Rhizobiaceae Molecular biology of model plant associated bacteria. H. P. Spaink, A. Kondorosi and P. J. J. Hooykaas (Eds). Dordrecht/ Boston/ London, Kluwer Academic publishers: 509-530. Werner, D., Newton W. E. (2005). Nitrogen xation in agriculture, forestry, ecology and the environment. Dordrecht, Pays Bas, Springer. Willems, A. (2006). The taxonomy of rhizobia: an overview. Plant and Soil 287(1/2): 3-14.

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