TEMA 1: INTRODUCCIN A LA BIOLOGA CELULAR Y LA QUMICA BIOLGICA BIOQUMICA CURSO 2013-2014

Qumica y biologa La vida se basa en reacciones qumicas La qumica permite intervenir sobre procesos biolgicos La biologa es una fuente de reactivos qumicos, puede aportar muchos recursos, como por ejemplo catalizadores, enzimas a la qumica.

Las viejas barreras que separaban las ciencias de la vida se estn desmoronando y la Bioqumica se est convirtiendo, cada vez ms, en su lenguaje comn rbol evolutivo Refleja los diferentes tipos de organismos existentes: animales, algas, bacterias, arqueobacterias, En el mismo pueden observarse tres grandes ramas (son los tres reinos): Eucariota: seres vivos: animales, plantas, humanos Bacterias (Eubacteria) Arqueobacterias (Archaea), las cuales se encuentran en aguas termales, geiseres.

Los seres humanos somos eucariotas y nos parecemos un poco ms a las arqueobacterias que a las bacterias sencillas. La explicacin de este rbol es que todos tenemos una raz comn. TODOS LOS ORGANISMOS DE LA TIERRA ESTAMOS EMPARENTADOS! Todos descendemos de un organismo hipottico llamado LUCA (Last Universal Common Ancestor), el cual dio lugar a todos los organismos actuales. Todos los seres vivos procedemos de algo anterior; las clulas se forman por divisin de clulas anteriores, ninguna se crea de nuevo. Aunque se est intentando desarrollar una biologa sinttica. Toda la bioqumica es comn a todos los seres vivos de la Tierra; el material gentico, los mecanismos de sntesis de protenas, los mecanismos de produccin de energa, y la manera de sintetizar componentes de nuestro organismo son los mismos para todos ya que toda la vida procede de LUCA. La vida que hay se cre de una nica vez a partir de LUCA ( los intentos paralelos fracasaron).

TEMA 1: INTRODUCCIN A LA BIOLOGA CELULAR Y LA QUMICA BIOLGICA BIOQUMICA CURSO 2013-2014 En el rbol, sus ramas reflejan el tiempo que hace que se separaron los diferentes grupos (separacin evolutiva). La biologa molecular tiene una manera de medirlo con bastante fiabilidad; dado que unos organismos proceden de otros eso significa que las secuencias de DNA proceden unas de otras. Por ello comparando las secuencias de protenas, de RNA o de DNA puede saberse cunto de emparentados estn dos organismos de dos especies distintas. Si cogemos una enzima importante de algn animal y por ejemplo de una bacteria, aunque hace un largo periodo de tiempo que divergieron entre s todava se encuentra una alta concordancia entre ellas. El estudio de la biologa molecular proporciona una visin directa y muy clara de la evolucin de las especies, adems de la proporcionada por la historia. Cmo se forman unas especies a partir de otras? Cmo ha sido la evolucin? Hemos ido evolucionando para adaptarnos al medio (Cada uno a su lugar en el medio, sitio geogrfico en el contexto de los recursos disponibles. Nicho ecolgico); esto se sabe desde hace ms de 100 aos, se acepta la teora de Darwin (teora de la evolucin por seleccin natural) en 1859, siendo su obra ms clebre El origen de las especies Los organismos hemos evolucionado por un mecanismo que implica: 1) Variacin al azar 2) Seleccin de aquellos cambios que mejor se adaptan al medio; aquellos que mejor contribuyen a la descendencia tanto a medio como a largo plazo. En la reproduccin, el material gentico se copia, pero siempre se produce algn cambio y eso es lo que da lugar a la variacin y que por lo tanto no todos los individuos sean iguales. La mayor parte de estas variaciones son irrelevantes, ya que son cambios pequeos que no afectan a nada. Imagnese la siguiente situacin: se dispone de una poblacin de mariposas de color gris, pero existen dos mutaciones las cuales modifican el color de dichas mariposas. La mutacin responsable del color blanco es desfavorable, ya que las mariposas blancas son ms visibles para los depredadores y por ello no sobrevivirn: no dan lugar a descendencia. Mientras que las mariposas ms oscuras es ms difcil verlas en un fondo oscuro, por tanto sern menos visibles para los depredadores y sobrevivirn; esta segunda mutacin es favorable para la continuidad de la especie y se ir trasladando a lo largo de las diferentes generaciones. Por ello 2

TEMA 1: INTRODUCCIN A LA BIOLOGA CELULAR Y LA QUMICA BIOLGICA BIOQUMICA CURSO 2013-2014 al cabo de unas cuantas generaciones todas o casi todas las mariposas sern oscuras; ya que estas son las que ms contribuyen a la descendencia. Hay otro tipo de cambios que de por si no son mejores, como por ejemplo los ojos azules. Todos los procesos biolgicos estn basados en reacciones qumicas, ms o menos complejas, las cuales pueden tener lugar perfectamente en ausencia de vida. Vitalismo Los procesos biolgicos estn basados en reacciones qumicas ms o menos complejas que podran tener lugar en ausencia de vida. Esta idea se afianz hace relativamente poco pues antes eran muy frecuentes las creencias de la teora vital . Pasteur defenda que la fermentacin del azcar para producir alcohol slo podra llevarse a cabo con levaduras vivas. Sin embargo, los hermanos Bchner demostraron que podan destruirse las levaduras y la fermentacin de azcar en alcohol poda llevarse a cabo empleando extractos celulares. Es decir tanto las levaduras vivas como los extractos celulares son capaces de convertir azcar en alcohol. Los seres vivos respetamos escrupulosamente todas las leyes de la termodinmica, y estamos constituidos por el mismo tipo de elementos que el resto del Universo. Cules son los componentes fundamentales de los seres vivos? Por qu la qumica biolgica es qumica del carbono? Los seres vivos estamos constituidos fundamentalmente: C, H, N y O. Por qu la vida se basa en estos cuatro tomos? Estos son los cuatro elementos ms ligeros que pueden formar uno, dos, tres y cuatro enlaces; podra emplearse Silicio en lugar de Carbono, pero sus qumicas son diferentes. Adems de estos elementos mayoritarios, tambin tienen cierta importancia (a nivel cuantitativo): P, S, Na y K. tambin hay oligoelementos como son : V, Cr, Mn, Fe, Cu, Zn, Mo, Mg, Se, I Qu necesitamos los seres vivos para mantenernos con vida? Necesitamos materia y energa. Una clasificacin de los organismos segn su manera de obtener la energa es la 3

TEMA 1: INTRODUCCIN A LA BIOLOGA CELULAR Y LA QUMICA BIOLGICA BIOQUMICA CURSO 2013-2014 siguiente; debe saberse que en ltimo trmino toda la energa que utilizamos procede del sol y que se introduce en el ciclo de la vida a travs de la fotosntesis , proceso en el cual se convierte H2O y CO2 en materia orgnica Clasificacin de los organismos atendiendo a las fuentes de energa y de carbono: 1- Fottrofos (algas verdes, plantas): energa del sol; utilizan la energa del sol para producir materia orgnica a) Auttrofos (Carbono de CO2): utilizan C proveniente del CO2. Ejemplos: cianobacterias y plantas b) Hetertrofos (Carbono de compuestos orgnicos): utilizan el C proveniente de compuestos orgnicos. Ejemplos: bacterias prpuras y bacterias verdes. 2- Quimitrofos: energa qumica (hetertrofos). stos utilizan la materia orgnica y la transforman en H2O y CO2. Toman el alimento de los organismos fottrofos directa e indirectamente. a) Littrofos (energa de compuestos inorgnicos): los que usan la energa proveniente de los compuestos inorgnicos. Ejemplos: bacterias del azufre y del hidrgeno. b) Organtrofos (energa de compuestos orgnicos): los que usan la energa proveniente de los compuestos orgnicos. Ejemplos: la mayora de los procariotas y todos los eucariotas no fottrofos.

La Tierra tiene aproximadamente 4500 millones de aos, mientras que la vida se sita entre 3500 y 4000 millones de aos; en este periodo aparecin LUCA. Hace unos 3500 millones de aos aparecieron las primeras cianobacterias. Las cianobacterias son productores de O2 y dieron lugar a la transformacin de una atmsfera reductora en una atmsfera oxidante (rica en oxgeno); lo cual permiti la existencia de organismos aerbicos. (Las cianobacterias a partir de la fotosntesis dieron lugar a la formacin de oxgeno y con ello a los organismos aerbicos). Posteriormente surgieron los eucariotas que mediante endosimbiosis dieron lugar a los primeros eucariotas pluricelulares. Los primeros eucariotas aparecieron hace 1500 millones de aos y mediante la endosimbiosis dieron lugar a las primeras mitocondrias y cloroplastos. 4

TEMA 1: INTRODUCCIN A LA BIOLOGA CELULAR Y LA QUMICA BIOLGICA BIOQUMICA CURSO 2013-2014 REPASO BIOLOGCA CELULAR La unidad biolgica fundamental es la clula (unidad funcional y estructural de los seres vivos); una clula puede aislarse, puede cultivarse para que d lugar a muchas clulas diferentes (las clulas son seres vivos que pueden vivir independientemente del resto). Cada clula puede vivir independientemente del resto Omnis cellula e cellula Toda clula procede de otra clula; se cumple LUCA. Los seres humanos tenemos 1014 clulas; y el tamao de las mismas est comprendida entre 1-2 m en las bacterias y entre 5-100 m en las clulas animales y vegetales. En una clula hay que distinguir varias partes: 1) Membrana plasmtica Es el elemento esencial para la existencia de la vida; la formacin de la membrana celular indica la capacidad de individualizar una parte del Universo, en este caso, la clula. Estas membranas son bicapas lipdicas, con parte hidrofbica e hidroflica. En general todas las membranas se parecen (el esquema general es igual en todos los seres vivos), aunque tambin presentan algunas diferencias entre unas y otras. Es una bicapa lipdica dura y flexible; la cual es selectivamente permeable a sustancias polares. Incluye protenas de membrana que participan en el transporte, en la recepcin de la seal y como enzimas. 2) Citoplasma. Es la parte interna de las clulas, y est compuesto de citosol (parte soluble del mismo) y orgnulos. Es el contenido acuoso de la clula y tiene orgnulos en suspensin. Si se centrifuga, se obtiene que el sobrenadante es el citosol el cual est constituido por una solucin concentrada de RNA, subunidades monomricas, metabolitos e iones inorgnicos. Mientras que en el fondo se encuentran partculas de pellets y orgnulos: ribosomas, grnulos de reserva, mitocondrias, cloroplastos, retculo endoplasmtico. 3) Ncleo (eucariotas) y nucleoide (procariotas). Contiene el material gentico (DNA) y las protenas asociadas. El ncleo est delimitado por una mebrana. Las clulas procariotas no tienen ncleo, estando el material gentico desnudo en forma de nucleoide. Mientras que en las clulas eucariotas la parte ms interna de la clula es el ncleo, y es en esta parte de las mismas donde se encuentra el material gentico.

TEMA 1: INTRODUCCIN A LA BIOLOGA CELULAR Y LA QUMICA BIOLGICA BIOQUMICA CURSO 2013-2014 Las clulas procariotas son simples; slo tienen membrana celular externa la cual suele estar recubierta por una pared rgida (constituida por carbohidratos) que la protege; esta envoltura de la clula vara segn el tipo de bacteria. Este tipo de clulas no tiene orgnulos en el citoplasma, y el material gentico est desnudo formando el nucleoide [el cual contiene una nica y sencilla molcula de DNA bicatenario (2 hebras) circular (molcula cerrada covalentemente; sin extremos)]. Tendr muchos pliegues (nuestros cromosomas son lineales). Dentro del citoplasma, aunque no hay orgnulos grandes s que hay partculas pequeas como son los ribosomas. Los ribosomas son las estructuras moleculares encargadas de sintetizar las protenas a partir de un mensaje de RNA; los ribosomas de las bacterias son ms pequeos que los de las clulas eucariotas. Las clulas procariotas pueden tener: Flagelos; se encargan de propulsar las clulas a travs de su entorno. Cilios: parecidos a los flagelos pero ms pequeos. Pili; proporcionan puntos de adhesin a la superficie de otras clulas. Sirven para transferir material gentico de unas clulas a otras.

Las clulas eucariotas son ms complejas que las procariotas. Su estructura celular contiene ms cosas, y en este tipo de clulas es preciso distinguir entre animales y vegetales ( las clulas vegetales contienen pared vegetal, vacuolas y cloroplastos). La siguiente imagen es una comparacin de una clula animal (arriba) y otra vegetal (abajo); comentar que las clulas animales carecen de vacuola y de cloroplastos. La membrana plasmtica en este tipo de clulas est compuesta por: Bicapa lipdica con muchas caractersticas donde la ms importante de todas ellas es la permeabilidad selectiva. Protenas a)Transportadores b)Receptores

En las plantas: pared celular (externa) de celulosa. Rgida, porosa.

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La caracterstica ms importante de la bicapa lipda es la permeabilidad selectiva; no es una barrera totalmente permeable ni impermeable, sino que tiene una permeabilidad selectiva la cual se puede regular. Esta permeabilidad selectiva es fundamental para la vida; de ella depende nuestra principal manera de obtener energa (los gradientes de concentracin son los principales responsables de la obtencin de energa) Normalmente nos imaginamos una membrana plasmtica como una capa de dos lpidos y, de vez en cuando, alguna que otra protena. Esto es una idea equivocada .Las protenas pueden constituir el 30, 40 o 50 % de esa membrana (el porcentaje de membrana constituido por protenas vara mucho de un tipo de membranas a otras). No es igual la membrana de una bacteria que vive a 10 C que la de una bacteria que vive en un giser a 80, 90 o 100 C. Muchas de estas protenas actan como transportadores, pudiendo ser el transporte hacia afuera o hacia adentro. Las protenas actan como transportadores activos o pasivos (con gasto o no de energa). Si el transporte es a favor de gradiente involucra el uso de una protena canal para facilitar el paso de molculas a travs de la membrana , mientras que si se trabaja en contra de gradiente, se consume energa. Adems de como transportadores las protenas pueden actuar como receptores especficos; por ejemplo de hormonas: la insulina se une a protenas especficas. Dentro de la clula (clulas eucariotas) hay muchos sistemas membranosos intracelulares. Todos ellos se encuentran interconectados, es decir, no estn aislados unos de otros. El ncleo se encuentra recubierto por dos bicapas lipdicas las cuales guardan continuidad con el retculo endoplsmico rugoso, el cual est conectado a su vez con el retculo endoplsmico liso; este a su vez con el aparato de Golgi. El aparato de Golgi produce grnulos de secrecin que se envan a la membrana plasmtica. 7

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Retculo endoplsmico (RE)

Es un sistema reticular de membranas intracelulares, que encierran un compartimento separado del citoplasma (lumen). Hay dos tipos: Retculo endoplsmico rugoso (RER); sus rugosidades son los ribosomas, los cuales se encuentran unidos a la cara externa. Estos ribosomas sintetizan todas las protenas que vayan a ser secretadas al medio extracelular (estas protenas pasan del lumen del RE al lumen del aparato de Golgi, mediante vesculas fusionadas; de aqu van al medio celular cuando las vesculas se unen. Sntesis de protenas de secrecin, de membrana, lisosomales, etc. Protenas citoslicas: sntesis en ribosomas libres. Retculo endoplsmico liso (REL). Son las partes del REL que no contienen ribosomas. Se encarga de sintetizar lpidos y de metabolizar compuestos txicos. Aparato de Golgi (AG)

Sistema de cisternas membranosas intracelulares, apiladas. Asimtrico: Cara cis: mira hacia el RE y el ncleo Cara trans: mira hacia la membrana plasmtica.

Exocitosis: liberan al exterior. Endocitosis: la clula capta cosas del medio extracelular. Recubre las cosas con membranas y las incorpora a su interior. (Exocitosis = expulsar); (endoctosis = introducir) Protenas secretadas: RER Vesculas Golgi Grnulos de secrecin Fusin con la membrana plasmtica, exocitosis.

TEMA 1: INTRODUCCIN A LA BIOLOGA CELULAR Y LA QUMICA BIOLGICA BIOQUMICA CURSO 2013-2014 Golgi: Modificaciones postraduccionales de protenas, direccionamiento de vesculas. Tienen lugar modificaciones postraduccionales, siendo la transduccin la adicin de cosas a las protenas, una vez que stas han sido sintetizadas por los ribosomas.

Lisosomas Vesculas esfricas, rodeadas de membrana. Aproximadamente 1 m. Tienen un tamao muy variable. Su funcin es degradativa, de reciclado. Las molculas/estructuras que no necesitamos son destruidas para producir monmeros que se reutilizan para sintetizar nuevas macromolculas o para producir energa. Endocitosis: fagososomas fusin con lisosomas degradacin liberacin de productos al citosol. En la endocitosis los fagosomas se fusionan con los lisosomas para producir la degradacin donde se liberan productos al citosol El pH de los lisosomas es aproximadamente 5, mientras que el pH del citosol es de 7. Este hecho (pH lisosomas mucho ms bajo que el del citosol) permite que los enzimas lisosomales slo funcionen dentro del lisosoma; es decir en el citosol no causan ningn cambio (ya que no se dispone del pH necesario). Si los lisosomas funcionasen al pH normal de la clula se destruira la clula. Plantas. Vacuolas, muy grandes, hasta 90 % del tamao total de la clula vegetal. Mantenimiento de la turgencia de las clulas vegetales. La presin de la vacuola es lo que hace que la mayor parte de los orgnulos vegetales estn en la periferia de la clula.

Ncleo

Est compuesto de envuelta nuclear, nucleoplasma, cromatina y nuclolo. Envuelta nuclear: - Doble membrana que forma parte del retculo endoplsmico rugoso, la cual contribuye a mantener la especificidad del ncleo. Por el interior est recubierto por una estructura que contribuye a mantener la forma y la funcin del ncleo y que permite diferencian las diferentes partes de la cromatina correctamente. - Lmina nuclear - Poros nucleares: transporte ncleo-citoplastma est muy regulado. El ncleo tiene muchos poros en esta doble membrana que permiten el transporte de diversas molculas; el RNA que se produce en el ncleo se transporta al citoplasma, que es donde se sintetizan 9

TEMA 1: INTRODUCCIN A LA BIOLOGA CELULAR Y LA QUMICA BIOLGICA BIOQUMICA CURSO 2013-2014 las protenas. De fuera a dentro van la mayor parte de metabolitos : ATP, nucletidos, aminocidos, protenas,. Esto no es un colador por el que pueda pasar cualquier cosa. Hay estructuras que permiten que este transporte est regulado. Todo este trnsito va a estar muy regulado y va a conllevar un consumo de energa. Dentro del ncleo (nucleoplasma), el componente ms importante es la cromatina (el material gentico; es DNA. Por cada gramo de DNA hay 1-2 gramos de protenas asociadas). La cromatina est constituida por DNA y protenas. El nuclolo es la regin del ncleo en la cual tiene lugar la sntesis de RNAs ribosomales. Esta parte del ncleo es ms densa que el resto y en el mismo se encuentra la porcin de cromatina que contiene los genes codificantes de los RNA ribosomales. Tenemos dos imgenes de microscopa electrnica: 1 imagen: microscopa electrnica de transmisin. Corte ultrafino de menos de una micra. Se fijan las clulas con una resina muy resistente. Se puede observar la doble membrana, poros 2 imagen: microscopa electrnica de barrido: criofractura (congelacin muestras biolgicas con nitrgeno lquido). Visin superficial de la muestra. Podemos observar poros nucleares, estructuras supramoleculares. CROMOSOMAS Interfase: cromatina dispersa en el ncleo Divisin celular: mitosis(divisin del ncleo); citoquinesis (divisin celular) Mitosis. Condensacin de la cromatina cromosomas.

El material gentico en los humanos (Homo sapiens) consiste en 23 pares de cromosomas (homlogos); siendo cada cromosoma una molcula de DNA muy larga. En el ncleo de una clula humana hay 46 molculas de DNA, aunque no siempre. 22 pares de autosomas + XY (hombres) XX (mujeres). Organismos: Haploides: n cromosomas Diploides: 2n cromosomas Tetraploides: 4n cromosomas.

Espermatozoides y vulos: haploides. 10

TEMA 1: INTRODUCCIN A LA BIOLOGA CELULAR Y LA QUMICA BIOLGICA BIOQUMICA CURSO 2013-2014 Cuando la clula se divide hace 2 copias del material gentico (somos organismos diploides). La clula antes de dividirse ser tetraploide y despus de dividirse haploide (vulos y espermatozoides). Las copias de una clula son iguales excepto mutacin Clulas diploides. Cuando la clula est a punto de dividirse para dar lugar a dos clulas; de cada uno de los cromosomas 1 tendremos dos copias; en ese momento (antes de la divisin) la clula ser tetraploide (con 4n cromosomas). Y los gametos sern biploides. En una clula que no est dividindose toda la cromatina est dispersa en el ncleo; los cromosomas se forman cuando todo el DNA se ha replicado y est a punto de dividirse para dar lugar a dos clulas hijas. Una clula tetraploide tiene dos cromtidas hermanas, las cuales son idnticas salvo que se haya producido algn tipo de mutacin. La cromatina slo se condensa en la mitosis, durante la cual se produce el reparto del material gentico entre las dos clulas hijas. En una clula que no se est dividiendo, la cromatina va a estar dispersa en el ncleo. Cuando una clula est a punto de dividirse para dar lugar a sus dos clulas hijas, la cromatina se condensa para dar lugar al proceso de mitosis.

Mitocondrias

Son las centrales energticas de las clulas eucariotas. Son orgnulos intracelulares de forma y tamao variables, con un dimetro de aproximadamente 1 nm. Lo normal es que estn conectadas unas con otras, fusionadas y divididas. Tienen una doble membrana (diferente a las vistas hasta el momento). En la membrana interna se tienen crestas: crestas mitocondriales (en las cuales tiene lugar la fosforilacin oxidativa y el intercambio de electrones). Adems estn constituidas por una matriz mitocondrial. Su funcin principal es la oxidacin de nutrientes por oxgeno para producir ATP. Tienen su propio genoma; en los humanos, se tiene una molcula de DNA circular bastante pequea (13 genes). Tambin tienen ribosomas propios. Cdigo gentico distinto. Tienen ribosomas y maquinaria de sntesis de protenas propia; es diferente a la del resto de la molcula. Toda mitocondria procede de otra mitocondria anterior! Se forman por divisin de mitocondrias preexistentes; se heredan por va materna (pueden establecerse linajes mitocondriales, lo cual es til para hacer estudios evolutivos). Eva mitocondrial

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Cloroplastos

Son centrales de energa solar. Se parecen a las mitocondrias, ya que ambos tienen membrana interna con muchos pliegues. Tambin tienen su genoma propio (ms grande que en el caso de las mitocondrias), y su genoma y ribosomas propios. Son orgnulos intracelulares, de forma y tamao variables, aproximadamente 5 m. Disponen de doble membrana, de un sistema interno de membranas: tilacoides, grana. Estroma. Los cloroplastos solo estn en las clulas vegetales y son fundamentales pues en ellos tiene lugar la fotosntesis. La fotosntesis no es ms que una reaccin qumica en la que las plantas transforman el CO2 con ayuda de agua, en glucosa y oxgeno. Una bacteria aerbica le da a una anaerbica la capacidad de modificar los compuestos orgnicos. Se forman a partir de cloroplastos ya existentes. Por qu los cloroplastos tiene su propio material gentico? Esto se explica conociendo su origen endosimbitico, segn el cual se producen fusiones de diferentes tipos de bacterias. La teora endosimbitica del origen de mitocondrias y cloroplastos:

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TEMA 1: INTRODUCCIN A LA BIOLOGA CELULAR Y LA QUMICA BIOLGICA BIOQUMICA CURSO 2013-2014 Proporcionan la capacidad de oxidar ms eficazmente los compuestos orgnicos. Con cianobacterias proporciona la capacidad de utilizar la energa del sol y llevar a cabo la fotosntesis. Cuestiones: Elaborar una tabla con diferencias entre clulas procariotas y eucariotas Elaborar una tabla con diferencias entre clulas animales y vegetales Qu evidencias directas o indirectas apoyan el origen simbitico de mitocondrias y cloroplastos?

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