Sntesis de Pirimidinas

Diferencias

La sntesis de pirimidinas difiere en varios puntos importantes de la sntesis de purinas. Primero, la sntesis lleva directamente a la formacin inicial del anillo de pirimidina, como una base libre, el cido ortico. El PRPP es agregado posteriormente a la primera base completamente formada de pirimidina (cido ortico), formando el orotato monofosfato (OMP),
El OMP es posteriormente descarboxilado a UMP.

Segundo, no hay ramificacin terminal en la va de la sntesis de pirimidina.

El UMP es fosforilado dos veces para producir UTP (el ATP es el

donante de fosfato). La primera fosforilacin es catalizada por la uridilato cinasa y la segunda por la nuclesido difosfato cinasa que es ubcua. Finalmente el UTP es aminado por la accin de la CTP sintasa, generando CTP. Los nucletidos de timina son a su vez derivados por la sntesis de novo desde dUMP o mediante vas de salvamento a partir de la desoxiuridina o de la desoxitimidina.

Los nucletidos son sintetizados segn dos tipos de vas: las vas de novo y las vas de recuperacin. Cuando siguen las vas de novo, las bases pricas o pirimdicas son construidas a partir de precursores simples:
algunos aminocidos, como la glicina, el aspartato y la glutamina, que

aportan los elementos de base, el ion bicarbonate HCO3-, el ion amonio NH4+ y, finalmente los derivados activados del tetrahidrofolato.

En el caso de los ribonucletidos pirimdicos , la unidad osa-fosfato es incorporada a la base ya formada por un donador activado, la 5fosforibosil-1-pirofosfato (PRPP). Por el contrario, la sntesis de los ribonucletidos pricos se inicia (son sintetizados) directamente sobre la PRPP. En las vas de recuperacin o salvamento, las bases preformadas derivadas de la alimentacin o del catabolismo del organismo mismo, son recuperadas y unidas al PRPP.

Desoxiribonucletidos

En el caso del DNA, los desoxiribonucletidos son sintetizados por reduccin del tomo de carbono C-2 de los ribonucletidos, previamente sintetizados, por la accin de una Ribonucletido Reductasa. Adems, no se requiere la presencia del uracilo, sino de su derivado metilado, la timina La timina es obtenida, a partir del uracilo, por la actividad de la enzima timidilato sintasa De este modo, estas dos enzimas, la Ribonucletido Reductasa y la Timidilato Sintasa, han permitido a los seres vivos, durante la evolucin, pasar de un mundo de RNA a un mundo de DNA

Sntesis de novo de nucletidos de pirimidina

Orgenes de los tomos que forman el anillo

Se sintetiza primero una base (orotato) y despus se le une la ribosa y un fosfato para dar un nucletido monofosfato (OMP) OMP UMP UDP UTP CTP

Carbamil-fosfato Sintetasa II

El carbamil fosfato usado para la sntesis de los nucletidos de pirimidina se deriva de la glutamina y del bicarbonato y se realiza dentro del citosol. El carbamil fosfato del ciclo de la urea se deriva del amonaco y del bicarbonato y se realiza en la mitocondria. La reaccin del ciclo de la urea es catalizada por la carbamil fosfato sintetasa I (CPS-I), mientras que el carbamil fosfato precursor de los nucletidos de pirimidina es sintetizado por la CPS-II.

Carbamil fosfato sintetasa II

En una primer etapa, se forma carbamilfosfato a partir de bicarbonato y del amoniaco resultante de la hidrlisis de la glutamina durante una reaccin sumamente compleja catalizada por la carbamil fosfato sintetasa II citoslica Esta enzima es diferente de la carbamil fosfato sintetasa I mitocondrial que participa en la sntesis de la urea La carbamil fosfato sintetasa II est formada por dos cadenas peptdicas. La ms pequea contiene un sitio donde se realiza la hidrlisis de la glutamina que genera el amoniaco. La mayor de las dos cadenas posee dos dominios homlogos que catalizan por turno cada una de las dos etapas dependientes de ATP

Sntesis de Pirimidinas

El carbamil fosfato reacciona con aspartato para formar el intermediario carbamil-asprtico, en una reaccin catalizada por la Aspartato transcarbamilasa (ATCase). El carbamil-asprtico, que ya contiene todos los tomos necesarios para formar el anillo pirimdico, se cicliza por la actividad de la Dihidro-orotasa para formar dihidroorotato El cual en seguida es oxidado por la enzima Dihidroorotato deshidrogenasa para formar el orotato Ahora el orotato se acopla al PRPP para formar orotidilato. Esta reaccin es catalizada por la Pirimidina fosforibosiltransferasa. El orotidilato es descarboxilado a uridilato (UMP) por la Orotidilato descarboxilasa. El UMP es el precursor de todos los otros ribonucletidos pirimdicos.

Aspartato transcarbamilasa

La sntesis de pirimidinas comienza con la unin de carbamilfosfato a aspartato, con liberacin de fosfato inorgnico, para dar carbamilaspartato, molcula que tiene ya los 6 tomos necesarios para el anillo de las pirimidinas. Se trata del primer paso comprometido y limitante en la biosntesis de pirimidinas, y est catalizado por la enzima Aspartato transcarbamilasa (Carbamil fosfato: Laspartato carbamil transferasa, EC 2.1.3.2).

Aspartato transcarbamilasa

Esta enzima tiene un interesantsimo comportamiento regulatorio.

La aspartato transcarbamilasa es un sistema tpico de retroalimentacin negativa. Desde los estudios de Gerhart y Pardee en los 950 se sabe que su actividad se inhibe por el nucletido CTP, que es uno de los productos finales de la biosntesis de pirimidinas. La aspartato transcarbamilasa es activada por ATP, producto final de la biosntesis de purinas. De esta forma, sntesis de purinas y pirimidinas quedan reguladas mutuamente. Por otra parte, la enzima muestra una cintica anmala respecto a sus dos substratos, carbamilfosfato y aspartato, dando lugar a una dependencia sigmoide de la velocidad respecto a la concentracin de substrato.

En las clulas de mamferos la ATCasa es una protena multifuncional. Es capaz de catalizar la formacin de carbamil fosfato, carbamil aspartato, y dihidroorotato. La actividad de la carbamil sintetasa de este complejo es llamada carbamil fosfato sintetasa II (CPS-II), para distinguirla de la CPS-I, que est involucrada en el ciclo de la urea. Este complejo est localizado en el citoplasma y, por lo tanto, las tres enzimas que lo constituyen son de localizacin citoplsmica, incluyendo la actividad de la CPS-II. La CPS-I del ciclo de la urea se localiza en la mitocondria y utiliza el amonaco. El dominio CPS-II de este complejo, es activado por ATP e inhibido por UDP, UTP, dUTP, y CTP.

El UMP puede ahora ser fosforilado para formar UDP y despus UTP. Este ltimo puede ser convertido a citidina trifosfato (CTP) mediante el remplazamiento de uno de sus grupos carbonilo por un grupo amino, donado por al aminocido glutamina La biosynthse des ribonuclotides pyrimidiques, est rgule par rtroinhibition. LATCase, lun des enzymes cl de la rgulation, est inhibe par le CTP, produit final de la voie de biosynthse des ribonuclotides pyrimidiques, et stimule par lATP, produit final de la voie de biosynthse des ribonuclotides puriques

Ribonucletido Reductasa (RNR)

Es una enzima dependiente de fierro Esencial para la sntesis de DNA. Est presente en todas las formas vivas conocidas La RNR desempea un punto crtico en la regulacin de la velocidad de sntesis de DNA de tal manera de que la razn DNA/masa celular se mantenga constante durante la divisin celular y la reparacin del DNA. El mecanismo de la enzima comprende la reduccin del carbn-2 de la ribosa-5-fosfato para formar el derivado 2-desoxi reducido de todos los 2-desoxiribonuclesido 5-difosfatos (dNDPs). Esta reduccin se inicia con la generacin de un radical libre. Enseguida la RNR requiere la donacin de electrones, los cuales obtiene de los grupos tioles de la protena Tioredoxina. La regeneracin de la Tioredoxina requiere la presencia de NADPH + H+ cuyos grupos hidrgeno son utilizados para reducir los grupos disulfuro de la Tioredoxina.

Regulacin de la Formacin de dNTP

La ribonucletido reductasa es la nica enzima usada en la generacin de todos los desoxirribonucletidos. Por lo tanto, su actividad y especificidad de substrato debe ser cuidadosamente regulada para asegurar el balance en la produccin de los cuatro dNTPs requeridos para la replicacin de DNA. Tal regulacin ocurre por la unin de efectores nucletidos trifosfato a sus sitios de actividad o a los sitios especificos de los complejos enzimticos. Los sitios de actividad se unen al ATP o al dATP con baja afinidad, mientras que los sitios de especificidad se unen al ATP, al dATP, al dGTP, o al dTTP con alta afinidad. El enlace de ATP en los sitios de actividad conduce a un incremento de la actividad enzimtica, mientras que el enlace de dATP inhibe la enzima. El enlace de nucletidos en los sitios de especificidad permite a la enzima detectar eficientemente la abundancia relativa de los cuatro dNTPs y ajustar su afinidad para los dNTPs menos abundantes, para alcanzar un equilibrio de la produccin.

RIBONUCLETIDO REDUCTASA

TIMIDILATO SINTETASA

Es la enzima utilizada en la generacin del timidilato monofosfato indispensable para la sntesis del DNA. La timidina monofosfato se genera por la metilacin reductiva de la desoxiuridina monofosfato (dUMP) catalizada por esta enzima El donador del grupo metilo de la timidina es el N5, N10metileno tetrahidrofolato, el cual es convertido a dihidrofolato. El metilen-tetrahidrofolato debe ser regenerado para que la sntesis de timina pueda proseguir, lo cual se realiza en dos pasos:
1 el dihidrofolato es convertido en tetrahidrofolato por la dihidrofolato reductasa y 2 el N5, N10-metileno tetrahidrofolato es regenerado por la actividad de la enzima serina hidroximetil transferasa

La etapa limitante en la biosntesis de pirimidinas es la formacin del Ncarbamilaspartato a partir de aspartato y carbamilfosfato, catalizada por la aspartato transcarbamilasa, que es una enzima de regulacin muy interesante El anillo de pirimidina se forma en la reaccin siguiente, en la que el carbamilaspartato se cicla, con prdida de agua, para formar el dihidroorotato. Por deshidrogenacin del dihidrorotato se forma orotato. Las primeras 3 enzimas de esta va (carbamil fosfato sintetasa II, aspartato transcarbamilasa y dihidroorotasa) en los eucariotes forman parte de una nica protena trifuncional, conocida con las siglas CAD. Una vez formado el orotato se le une la cadena lateral de ribosa-5-fosfato, proporcionada una vez ms por el PRPP, dando lugar al orodilato. El orodilato se descarboxila para dar uridilato (UMP) que se fosforila hasta UTP (fig). El CTP se forma a partir del UTP por accin de la citidilato sintetasa, mediante sustitucin del oxgeno carbonlico en posicin C-4 por un grupo amino. En los mamferos, el dador del amino es el grupo amida de la glutamina, mientras que en E. coli se utiliza NH4+ para esta reaccin, que es tambin dependiente de ATP: