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Pgina 1 Revisin El posicionamiento de nucleosomas: Cmo se determina, y por qu es importante?

. El posicionamiento de los nucleosomas sobre el ADN subyacente desempea un papel clave en la regulacin de estos procesos, como el nucleosoma ocluye secuencias de ADN subyacentes. En este artculo examinamos la literatura sobre las posiciones de nucleosomas mapeo en diversos organismos, y discutir cmo se establecen las posiciones de nucleosomas, qu efecto nucleosoma posicionamiento tiene en el control de la expresin gnica, y tocar en las correlaciones entre los envases de la cromatina, la secuencia de evolucin, y la evolucin de los programas de expresin gnica Molculas de ADN de los cromosomas eucariticos van desde 7,8 a 520 m de longitud para la levadura o 1.7 a 8.5 cm para los seres humanos. Teniendo en cuenta el El tamao de los ncleos de levadura (2-6 m de dimetro) o ncleos de clulas animales (20 - 50 micras de dimetro), los organismos eucariotas se enfrentan a una almacenamiento de informacin y solucin de envasado. Cualquiera que haya tenido que lidiar con una cuerda enredada o hilo puede apreciar la importancia de envasado cadenas largas de una forma manejable y accesible. ADN tiene que ser doblado en una forma que permite el acceso a una clave de subconjunto de ADN secuencias localizadas a lo largo de la molcula. As, en lugar de doblar en una gran bola como hilo o cuerda, ADN se enrolla alrededor miles de globular ncleos proteicos y termina parecindose a "cuentas de un collar" de electrones micrografas. La "perla" o nucleosoma es la unidad de envase ms pequea de la fibra de cromatina y que consta de ADN de 147 pb envuelto 1,65 gira alrededor de un octmero de histona ncleo, que consiste en dos H2A/H2B y Heterodmeros H3/H4 ( Luger et al., 1997 ). Los nucleosomas estn a continuacin, ms ensamblados en diversas estructuras de orden superior que puede potencialmente desenvolverse segn sea necesario (para una revisin ver Luger y Hansen (2005) ). Dcadas de estudios de un solo gen han confirmado la nocin intuitiva que, dependiendo de si se encuentran en el nucleosoma o en el ADN enlazador entre nucleosomas, secuencias de ADN pueden ser ms o menos accesible para la transcripcin, la reparacin del ADN o la recombinacin de ADN mquinas ( Boeger et al, 2008.; Durrin et al, 1992.; Verde y Almouzni, 2002; Kamakaka y Thomas, 1990; Roth y Roth, 2000 ). Adems de su papel en el empaquetamiento del ADN, la disposicin de los Por lo tanto, los nucleosomas a lo largo de una secuencia de ADN es tambin un regulador mecanismo que influye en la expresin de genes y la otra dependencia-ADN- abollar procesos. Desentraar las reglas y los factores que determinan la forma nucleosomas se colocan y cmo influyen en la actividad gentica y la evolucin es una de las cuestiones centrales en la biologa hoy en da. Con el implementacin de alto rendimiento escala genmica experimental tcnicas que estn empezando a definir los principios generales que guiar el posicionamiento de nucleosomas y las formas nucleosomal organizacin afecta a los procesos de ADN. El posicionamiento de nucleosomas sobre genes a travs de muchos diferentes organismos En los ltimos cinco aos, un nmero creciente de estudios han uso que se hace de las tecnologas genmicas para mapear los nucleosomas a travs de la genomas de organismos que van desde la levadura en ciernes para los seres

humanos ( Johnson et al, 2006;.. Mavrich et al, 2008a, b; Schones et al, 2008.; Valouev et al, 2008.; Whitehouse et al, 2007.; Yuan et al., 2005 ). Brevemente, la cromatina reticulado se digiere a mononucleosomes utilizando micrococcal nucleasa, que digiere preferentemente ADN enlazador y hojas de ADN nucleosomal intacta. ADN protegida es aislado, y nucleosomal fragmentos se ensayan ya sea por suelo de baldosas de microarrays o por ultra-secuenciacin de alto rendimiento. Estos estudios nos han proporcionado una imagen de la cromatina estructura en muchos organismos, ms ampliamente levadura. En primer lugar, y tal vez lo ms sorprendente que la mayora de los nucleosomas en la levadura son "Muy bien ubicado", lo que significa que los nucleosomas se coloca en el mismo lugar en todas las clulas en la poblacin. Variabilidad posicional es por supuesto, una caracterstica cuantitativa, pero en los autores de literatura a menudo consulte nucleosomas "bien localizadas" cuando la desviacin estndar en posicionamiento del centro de nucleosoma es del orden de 10-20 pb, que corresponde a la variabilidad en el grado de digestin MNase Biologa del Desarrollo 339 (2010) 258-266 Autor para correspondencia. E-mail: oliver.rando @ umassmed.edu (DO Rando). 0012-1606 / $ - see front matter 2009 Elsevier Inc. Todos los derechos reservados. doi: 10.1016/j.ydbio.2009.06.012 Listas de contenidos disponibles en ScienceDirect Biologa del Desarrollo portal de la revista: www.elsevier.com / developmentalbiology Pgina 2 de nucleosoma extremos. El posicionamiento de nucleosomas es globalmente ms variable en los organismos multicelulares, pero no obstante un subconjunto de sus nucleosomas est bien posicionada, y la ubicacin de estas bien- nucleosomas posicionados proporcionan pistas sobre los mecanismos que determinar el posicionamiento de nucleosomas (ver abajo). Cuanto ms alto observado la variabilidad de posicionamiento de nucleosomas en los organismos multicelulares no es slo debido a la diferencia de posicionamiento de nucleosomas en diferentes tipos de clulas, como el mismo nivel de variabilidad se ha observado en relativamente poblaciones de clulas homogneas, tales como clulas T CD4 +. Los estudios del genoma completo tambin proporcionan una vista del nucleosoma posiciones en un gen tpico ( La figura. 1 ). Las regiones promotoras son en general empobrecido de nucleosomas en relacin con las regiones transcritas. Llamado "regiones-nucleosoma libre" (NFR) se localizan justo aguas arriba del sitio de inicio de transcripcin (TSS). Este patrn se encuentra en la levadura ( Albert et al, 2007.; Kaplan et al, 2009.; Mavrich et al, 2008a.; Whitehouse et al., 2007; Yuan et al., 2005 ), gusanos ( Johnson et al, 2006.; Valouev et al., 2008 ), medaka ( Sasaki et al., 2009 ), Moscas ( Mavrich et al., 2008b ) y los seres humanos ( Ozsolak et al, 2007.; Schones et al., 2008 ). La primera nucleosoma abajo de la SAT (el 1 nucleosoma) es fuertemente localizados y nucleosomas en el extremo 5 'de un gen son generalmente mejoreslocalizada de nucleosomas en el medio de los genes. Un NFR en el 3 ' final de genes con un nucleosoma localizada inmediatamente aguas arriba de ella Tambin se ha identificado tanto en levaduras ( Mavrich et al, 2008a.; Shivaswamy et al., 2008 ) y moscas ( Mavrich et al., 2008b ). Inters- vez ms, la posicin de la 1 nucleosoma relativa a TSS parece variar en diferentes organismos y puede reflejar diferencias en la transcripcin mecanismos de regulacin, o en la maquinaria de transcripcin ncleo como TFIIB ( Jiang y Pugh, 2009; Li et al, 1994. ). El centro de la levadura 1 nucleosoma es located50-60 pb aguas abajo de la SAT, de manera que transcripcin comienza tpicamente alrededor de 10 bases en la primera nucleosoma ( Mavrich et al, 2008a.; Whitehouse et al, 2007.; Yuan et al., 2005 ). En Por el contrario, en Drosophila se encuentra el centro de la 1 nucleosoma 135 pb aguas abajo de la SAT, lo que significa que la frontera aguas arriba de nucleosoma est situado a unos 60 pb aguas abajo de la SAT ( Mavrich et al., 2008b ). Curiosamente, el 1 nucleosoma se desplaza 10 pb aguas abajo en los genes con

una pausa de RNA polimerasa. Una relacionada fenmeno tambin se ha observado en clulas T humanas, donde el 5 ' final de la 1 nucleosoma se ubica en 40 pb de la SAT en los genes con alargamiento de ARN Pol II y en 10 pb en los genes inactivos con estancado ARN Pol II, lo que sugiere un papel para la ARN polimerasa en la conformacin de la paisaje de la cromatina (ver determinantes trans de nucleosoma posicin- ing ) ( Schones et al., 2008 ). Esta estructura de la cromatina promotor cannica (-1 nucleosoma / NFR / 1 nucleosoma) se encuentra en los genes de "mantenimiento", como las gluclisis codificacin ribosomal y protenas, y anchura NFR correlatos un tanto con los niveles de transcripcin en la levadura. A la inversa, el estrsgenes de respuesta, cuyos promotores son enriquecidos para cajas TATA y estn regulados por el complejo SAGA ( Basehoar et al, 2004.; Huisinga y Pugh, 2004 ), Son ms propensos a tener un promotor no cannica estructura de la cromatina con una NFR disminuida, a menudo debido a deslocalizada nucleosomas que cubren parcialmente el promotor ( Albert et al, 2007.; Choi y Kim, 2009; Field et al, 2008.; Tirosh y Barkai, 2008b ). La no- estructura de la cromatina cannica de estos promotores probablemente no se debe para la transcripcin inactividad sino que es secundaria a la falta de nucleosoma-con exclusin de secuencias tales como poli (dA / dt) (ver ms abajo), y tambin puede estar relacionado con los mecanismos de regulacin distintos en el trabajo en estos genes. Curiosamente, TATA genes que contiene la cajaDrosophila 's tambin muestran una organizacin nucleosoma no cannica ( Mavrich et al., 2008b ), lo que sugiere que la divisin de los genes en dos clases con estructuras de la cromatina distinta del promotor - genes de limpieza y genes de respuesta al medio ambiente puede ser una evolutivamente- funcin conservada. determinantes cis de posicionamiento de nucleosomas La organizacin nucleosomal notablemente uniforme y conservado de promotores de genes plantea la pregunta: qu determina nucleosoma posiciones en todo el genoma? Son posiciones de nucleosomas Primar- ily "codificado" en la secuencia de ADN (factores cis) o son una consecuencia de la actividad reguladora de los remodeladores de la cromatina, factores de transcripcin y la maquinaria de transcripcin (factores trans)? Como corresponde a un factor de envases en general, del octmero de histonas tiene poco secuencia de preferencia en el sentido clsico de tener un motivo de unin. Sin embargo, la restriccin de tener que envolver ADN casi dos veces alrededor de un pequea octmero de protenas (el dimetro de la nucleosoma es mucho ms corto de the50 longitud de persistencia nm de ADN libre en solucin) medios que la energa requerida para doblar una secuencia genmica dada hace influir en la afinidad de unin del octmero de histona ( Thastrom et al., 1999 ). Dado que las propiedades estructurales de ADN, tales como la capacidad de flexin local de, depende de la secuencia de ADN, se podra esperar que la secuencia de ADN se a menos contribuyen en parte al posicionamiento de nucleosomas. La estructura de secuencias poly-dA/dT difiere de la doble hlice cannica ( Nelson et al., 1987 ) y se presume que es resistente a las distorsiones necesario para envolver alrededor de los nucleosomas ( Iyer y Struhl, 1995; Kunkel y Martinson, 1981; Segal y Widom, 2009; Sekinger et al., 2005 ). A la inversa, las secuencias con AA / dinucletidos TT / TA espaciados a Intervalos de 10 pb son intrnsecamente flexible y por lo tanto son vinculantes para el octmero con mayor afinidad que la secuencia aleatoria ( Anselmi et al, 1999.

Pgina 1 Revisin El posicionamiento de nucleosomas: Cmo se determina, y por qu es importante? Marta Radman-Livaja, Oliver J. Rando Departamento de Bioqumica y Farmacologa Molecular de la Universidad de Massachusetts Medical School, 364 Plantacin de la calle #

903, Worcester, MA 01605, EE.UU. abstracto articleinfo Historia del artculo: Recibido para su publicacin el 17 abril 2009 Revisado 05 de junio 2009 Aceptado 08 de junio 2009 Disponible en lnea 13 de junio 2009 Palabras clave: Cromatina Nucleosome Epigentica Transcripcin Genmica Embalaje de los genomas eucariotas en la cromatina afecta a cada proceso que se produce en el ADN. El posicionamiento de los nucleosomas sobre el ADN subyacente desempea un papel clave en la regulacin de estos procesos, como el nucleosoma ocluye secuencias de ADN subyacentes. En este artculo examinamos la literatura sobre las posiciones de nucleosomas mapeo en diversos organismos, y discutir cmo se establecen las posiciones de nucleosomas, qu efecto nucleosoma posicionamiento tiene en el control de la expresin gnica, y tocar en las correlaciones entre los envases de la cromatina, la secuencia de evolucin, y la evolucin de los programas de expresin gnica. 2009 Elsevier Inc. Todos los derechos reservados. Introduccin Molculas de ADN de los cromosomas eucariticos van desde 7,8 a 520 m de longitud para la levadura o 1.7 a 8.5 cm para los seres humanos. Teniendo en cuenta el El tamao de los ncleos de levadura (2-6 m de dimetro) o ncleos de clulas animales (20 - 50 micras de dimetro), los organismos eucariotas se enfrentan a una almacenamiento de informacin y solucin de envasado. Cualquiera que haya tenido que lidiar con una cuerda enredada o hilo puede apreciar la importancia de envasado cadenas largas de una forma manejable y accesible. ADN tiene que ser doblado en una forma que permite el acceso a una clave de subconjunto de ADN secuencias localizadas a lo largo de la molcula. As, en lugar de doblar en una gran bola como hilo o cuerda, ADN se enrolla alrededor miles de globular ncleos proteicos y termina parecindose a "cuentas de un collar" de electrones micrografas. La "perla" o nucleosoma es la unidad de envase ms pequea de la fibra de cromatina y que consta de ADN de 147 pb envuelto 1,65 gira alrededor de un octmero de histona ncleo, que consiste en dos H2A/H2B y Heterodmeros H3/H4 ( Luger et al., 1997 ). Los nucleosomas estn a continuacin, ms ensamblados en diversas estructuras de orden superior que puede potencialmente desenvolverse segn sea necesario (para una revisin ver Luger y Hansen (2005) ). Dcadas de estudios de un solo gen han confirmado la nocin intuitiva que, dependiendo de si se encuentran en el nucleosoma o en el ADN enlazador entre nucleosomas, secuencias de ADN pueden ser ms o menos accesible para la transcripcin, la reparacin del ADN o la recombinacin de ADN mquinas ( Boeger et al, 2008.; Durrin et al, 1992.; Verde y Almouzni, 2002; Kamakaka y Thomas, 1990; Roth y Roth, 2000 ). Adems de su papel en el empaquetamiento del ADN, la disposicin de los Por lo tanto, los nucleosomas a lo largo de una secuencia de ADN es tambin un regulador mecanismo que influye en la expresin de genes y la otra dependencia-ADN- abollar procesos. Desentraar las reglas y los factores que determinan la forma nucleosomas se colocan y cmo influyen en la actividad gentica y la evolucin es una de las cuestiones centrales en la biologa hoy en da. Con el implementacin de alto rendimiento escala genmica experimental tcnicas que estn empezando a definir los principios generales que guiar el posicionamiento de nucleosomas y las formas nucleosomal organizacin afecta a los procesos de ADN. El posicionamiento de nucleosomas sobre genes a travs de muchos diferentes organismos En los ltimos cinco aos, un nmero creciente de estudios han uso que se hace de las tecnologas genmicas para mapear los nucleosomas a travs de la genomas de organismos que van desde la levadura en ciernes para los seres humanos ( Johnson et al, 2006;.. Mavrich et al, 2008a, b; Schones et al, 2008.; Valouev et al, 2008.; Whitehouse et al, 2007.; Yuan et al., 2005 ). Brevemente, la cromatina reticulado se digiere a mononucleosomes utilizando micrococcal nucleasa, que digiere preferentemente ADN enlazador y hojas de ADN nucleosomal intacta. ADN protegida es aislado, y nucleosomal fragmentos se ensayan ya sea por suelo de baldosas de microarrays o por ultra-secuenciacin de alto rendimiento. Estos estudios nos han proporcionado una

imagen de la cromatina estructura en muchos organismos, ms ampliamente levadura. En primer lugar, y tal vez lo ms sorprendente que la mayora de los nucleosomas en la levadura son "Muy bien ubicado", lo que significa que los nucleosomas se coloca en el mismo lugar en todas las clulas en la poblacin. Variabilidad posicional es por supuesto, una caracterstica cuantitativa, pero en los autores de literatura a menudo consulte nucleosomas "bien localizadas" cuando la desviacin estndar en posicionamiento del centro de nucleosoma es del orden de 10-20 pb, que corresponde a la variabilidad en el grado de digestin MNase Biologa del Desarrollo 339 (2010) 258-266 Autor para correspondencia. E-mail: oliver.rando @ umassmed.edu (DO Rando). 0012-1606 / $ - see front matter 2009 Elsevier Inc. Todos los derechos reservados. doi: 10.1016/j.ydbio.2009.06.012 Listas de contenidos disponibles en ScienceDirect Biologa del Desarrollo portal de la revista: www.elsevier.com / developmentalbiology Pgina 2 de nucleosoma extremos. El posicionamiento de nucleosomas es globalmente ms variable en los organismos multicelulares, pero no obstante un subconjunto de sus nucleosomas est bien posicionada, y la ubicacin de estas bien- nucleosomas posicionados proporcionan pistas sobre los mecanismos que determinar el posicionamiento de nucleosomas (ver abajo). Cuanto ms alto observado la variabilidad de posicionamiento de nucleosomas en los organismos multicelulares no es slo debido a la diferencia de posicionamiento de nucleosomas en diferentes tipos de clulas, como el mismo nivel de variabilidad se ha observado en relativamente poblaciones de clulas homogneas, tales como clulas T CD4 +. Los estudios del genoma completo tambin proporcionan una vista del nucleosoma posiciones en un gen tpico ( La figura. 1 ). Las regiones promotoras son en general empobrecido de nucleosomas en relacin con las regiones transcritas. Llamado "regiones-nucleosoma libre" (NFR) se localizan justo aguas arriba del sitio de inicio de transcripcin (TSS). Este patrn se encuentra en la levadura ( Albert et al, 2007.; Kaplan et al, 2009.; Mavrich et al, 2008a.; Whitehouse et al., 2007; Yuan et al., 2005 ), gusanos ( Johnson et al, 2006.; Valouev et al., 2008 ), medaka ( Sasaki et al., 2009 ), Moscas ( Mavrich et al., 2008b ) y los seres humanos ( Ozsolak et al, 2007.; Schones et al., 2008 ). La primera nucleosoma abajo de la SAT (el 1 nucleosoma) es fuertemente localizados y nucleosomas en el extremo 5 'de un gen son generalmente mejoreslocalizada de nucleosomas en el medio de los genes. Un NFR en el 3 ' final de genes con un nucleosoma localizada inmediatamente aguas arriba de ella Tambin se ha identificado tanto en levaduras ( Mavrich et al, 2008a.; Shivaswamy et al., 2008 ) y moscas ( Mavrich et al., 2008b ). Inters- vez ms, la posicin de la 1 nucleosoma relativa a TSS parece variar en diferentes organismos y puede reflejar diferencias en la transcripcin mecanismos de regulacin, o en la maquinaria de transcripcin ncleo como TFIIB ( Jiang y Pugh, 2009; Li et al, 1994. ). El centro de la levadura 1 nucleosoma es located50-60 pb aguas abajo de la SAT, de manera que transcripcin comienza tpicamente alrededor de 10 bases en la primera nucleosoma ( Mavrich et al, 2008a.; Whitehouse et al, 2007.; Yuan et al., 2005 ). En Por el contrario, en Drosophila se encuentra el centro de la 1 nucleosoma 135 pb aguas abajo de la SAT, lo que significa que la frontera aguas arriba de nucleosoma est situado a unos 60 pb aguas abajo de la SAT ( Mavrich et al., 2008b ). Curiosamente, el 1 nucleosoma se desplaza 10 pb aguas abajo en los genes con una pausa de RNA polimerasa. Una relacionada fenmeno tambin se ha observado en clulas T humanas, donde el 5 ' final de la 1 nucleosoma se ubica en 40 pb de la SAT en los genes con alargamiento de ARN Pol II y en 10 pb en los genes inactivos con estancado ARN Pol II, lo que sugiere un papel para la ARN polimerasa en la conformacin de la paisaje de la cromatina (ver determinantes trans de nucleosoma posicin- ing ) ( Schones et al., 2008 ). Esta estructura de

la cromatina promotor cannica (-1 nucleosoma / NFR / 1 nucleosoma) se encuentra en los genes de "mantenimiento", como las gluclisis codificacin ribosomal y protenas, y anchura NFR correlatos un tanto con los niveles de transcripcin en la levadura. A la inversa, el estrsgenes de respuesta, cuyos promotores son enriquecidos para cajas TATA y estn regulados por el complejo SAGA ( Basehoar et al, 2004.; Huisinga y Pugh, 2004 ), Son ms propensos a tener un promotor no cannica estructura de la cromatina con una NFR disminuida, a menudo debido a deslocalizada nucleosomas que cubren parcialmente el promotor ( Albert et al, 2007.; Choi y Kim, 2009; Field et al, 2008.; Tirosh y Barkai, 2008b ). La no- estructura de la cromatina cannica de estos promotores probablemente no se debe para la transcripcin inactividad sino que es secundaria a la falta de nucleosoma-con exclusin de secuencias tales como poli (dA / dt) (ver ms abajo), y tambin puede estar relacionado con los mecanismos de regulacin distintos en el trabajo en estos genes. Curiosamente, TATA genes que contiene la cajaDrosophila 's tambin muestran una organizacin nucleosoma no cannica ( Mavrich et al., 2008b ), lo que sugiere que la divisin de los genes en dos clases con estructuras de la cromatina distinta del promotor - genes de limpieza y genes de respuesta al medio ambiente puede ser una evolutivamente- funcin conservada. determinantes cis de posicionamiento de nucleosomas La organizacin nucleosomal notablemente uniforme y conservado de promotores de genes plantea la pregunta: qu determina nucleosoma posiciones en todo el genoma? Son posiciones de nucleosomas Primar- ily "codificado" en la secuencia de ADN (factores cis) o son una consecuencia de la actividad reguladora de los remodeladores de la cromatina, factores de transcripcin y la maquinaria de transcripcin (factores trans)? Como corresponde a un factor de envases en general, del octmero de histonas tiene poco secuencia de preferencia en el sentido clsico de tener un motivo de unin. Sin embargo, la restriccin de tener que envolver ADN casi dos veces alrededor de un pequea octmero de protenas (el dimetro de la nucleosoma es mucho ms corto de the50 longitud de persistencia nm de ADN libre en solucin) medios que la energa requerida para doblar una secuencia genmica dada hace influir en la afinidad de unin del octmero de histona ( Thastrom et al., 1999 ). Dado que las propiedades estructurales de ADN, tales como la capacidad de flexin local de, depende de la secuencia de ADN, se podra esperar que la secuencia de ADN se a menos contribuyen en parte al posicionamiento de nucleosomas. La estructura de secuencias poly-dA/dT difiere de la doble hlice cannica ( Nelson et al., 1987 ) y se presume que es resistente a las distorsiones necesario para envolver alrededor de los nucleosomas ( Iyer y Struhl, 1995; Kunkel y Martinson, 1981; Segal y Widom, 2009; Sekinger et al., 2005 ). A la inversa, las secuencias con AA / dinucletidos TT / TA espaciados a Intervalos de 10 pb son intrnsecamente flexible y por lo tanto son vinculantes para el octmero con mayor afinidad que la secuencia aleatoria ( Anselmi et al, 1999.; La figura. 1. Posicionamiento de nucleosomas en un gen tpico. Nucleosomas rojas y grises son fuertemente y dbilmente posicionados, respectivamente. Nucleosomas magenta estn posicionados de vez en cuando por Secuencia de ADN. 259 M. Radman-Livaja, DO Rando / Biologa del Desarrollo 339 (2010) 258 - 266 Pgina 3 Thastrom et al, 1999.; Trifonov, 1980 ). Una demostracin influyente de el papel de la secuencia en el dictado de estructura de la cromatina fue el informe del grupo Struhl que la reconstitucin in vitro de el promotor de HIS3 en la cromatina recapitula algunos aspectos de ese promotor in vivo estructura de la cromatina ( Sekinger et al., 2005 ). Recientemente, varios grupos han abordado la cuestin de la secuencia impulsada por el posicionamiento de nucleosomas computacionalmente tratando para extraer nucleosoma-favorecer y ADN nucleosoma-excluyendo motivos de secuencias de in vivo posiciones nucleosomas ( Ioshikhes

et al., 2006; Peckham et al, 2007.; Segal et al, 2006.; Yuan y Liu, 2008 ). La estrategia general utilizada en estos estudios era identificar ADN secuencias que se han posicionado fuertemente nucleosomas in vivo y a continuacin, utilizar estas secuencias como un conjunto de entrenamiento para calcular ADN comn patrones de secuencia en los segmentos de ADN nucleosomal. El identificado nucleosomal motivos de secuencia de ADN se utilizaron luego para predecir posiciones de nucleosomas en otras partes del genoma y las predicciones se compararon con los mapas de posicin de nucleosomas disponibles. Ioshikhes et al. (1996, 2006) utilizaron un entrenamiento conjunto de 200 secuencias de nucleosomas en ciernes de levadura. Obtuvieron un nucleosoma secuencia de posicionamiento (NPS) de AA y TT dinucleotides se producen en 10 frecuencias pb, reflejando unos a otros con un gradiente del 5 'a "fin del nucleosoma para AA y (por supuesto) de 3 '3 a 5' de TT dinucletidos. Luego buscaron correlaciones a este perfil NPS a travs del genoma de la levadura ( Ioshikhes et al., 2006 ). Distribucin de fuentes de energa nuclear en TATA-menos genes es bastante uniforme, que muestra la correlacin ms alta con 1 y -1 nucleosomas y poca o ninguna correlacin ms all de la 3 y -2 nucleosomas. In vivo regiones-nucleosoma libre tuvieron la anticorrelacin fuerte con ocurrencia NPS. Por otra parte, TATA-que contienen promotores agrupados en tres grupos distinguidos por la posicin del motivo NPS / antiNPS / NPS en relacin con TSS. SAGA- genes regulados tienden a tener la caja TATA en un predicho nucleosoma, lo que sugiere que el reposicionamiento nucleosoma es probable que desempear un papel en la regulacin de estos genes (ver ms abajo). Segal et al. (2006) utilizaron un conjunto de entrenamiento diferente de Ioshikhes et al., a partir de 199 S. bien posicionada nucleosomas cerevisiae. Aqu tambin, anlisis de distribucin de dinucletido revel una periodicidad de 10 pb Dinucletidos AA / TT / TA, con una abundancia de AA / TT / TA encontraron hacia el nucleosoma bordes, lejos de dada del nucleosoma eje. Periodicidad similar tambin se observ en 177 pollos naturales nucleosomas y en secuencias aisladas de nucleosomas reconstitucin- tuido a partir de ADN al azar sintetizado in vitro. Un modelo probabilstico dinucleotide frecuencias que incorporan, se ha generado, y se utilizan para escanear el genoma de la levadura. En consonancia con las conclusiones de Ioshikhes et al, los autores predijeron que el 1 nucleosoma era ms probable que otros nucleosomas a ser colocados por secuencia pronucleosomal seales. Sin embargo, a diferencia de otros modelos, este modelo no predijo ningn contribucin de las secuencias de nucleosomas-excluyendo a la formacin de NFR. Curiosamente, la frecuencia de AA / TT / TA fue el 10 y 20 pb ms alto de la diada en nucleosomas sintticos, en contraste con los nucleosomas naturales donde la frecuencia ms alta fue en los extremos de la nucleosoma (ver, Por ejemplo Mavrich et al. (2008a) ). La discrepancia entre la in vitro e in vivo nucleosomas sugiere que las histonas en vivo no "eligen" la secuencia ms favorable, es decir, en vivo nucleosomas no siempre ocupar los lugares ms estables. En general, Segal et al. informado de que sus predicciones de nucleosoma posiciones, que incluan nucleosomas predecir a partir de pronucleo- secuencias Somal as como nucleosomas posicionados por in silico embalaje del genoma restante con nucleosomas, eran precisas para dentro de 35 pb for45% de in vivo nucleosomas. Es importante estar consciente, sin embargo, que las predicciones aleatorias capturan N30% de ncleo- algunas posiciones dentro de esta distancia. Por lo tanto, es mucho ms precisa decir que las secuencias "pronucleosomal" representan significativamente menos de 15% (menos porque muchos en posiciones in vivo capturado por el Modelo fue nucleosomas posicionados correctamente en funcin de su proximidad a un nucleosoma secuencia dirigida) de nucleosoma posiciones observadas in vivo. En contraste con el anlisis de frecuencia de dinucletido de los dos estudios ms arriba, Peckham et al. (2007) busc distribuciones k-mer (k = 1 a 6) en 1000 ms goleador y 1000 ms nucleosomas mayor puntuacin de la Yuan et al.

(2005) conjunto de datos. Encontraron que AT o GC rica k-dores volvieron ser en la inhibicin de nucleosoma o secuencias de nucleosomas-favoreciendo, respectivamente. Sin embargo, slo un subconjunto de posiciones de nucleosomas podra ser predicho mediante la puntuacin de distribucin k-mer. Por los autores estiman, slo el 22% -25% de posiciones de nucleosomas se debieron a una secuencia de ADN seal. Finalmente, Yuan y Liu (2008) calcularon la incidencia de seales peridicas en dinucletidos nucleosomales y enlazador secuencias y se utiliza la puntuacin obtenida para predecir las posiciones de nucleosomas. Peckham et al. y Yuan y mtodos de Liu para nucleosomal puntuacin secuencias, aunque diferentes, tuvieron una tasa de xito similar y prediccin eran tanto mejor que Segal et al. y Ioshikhes et al, probablemente porque Peckham y Yuan incluyen secuencias de enlace en su anlisis. Consistente con esto, un modelo ms reciente de Segal y colegas ( Field et al., 2008 ) incluye secuencias antinucleosomal, y lleva a cabo mucho mejor sobre las regiones de nucleosomas-empobrecido (vase ms adelante). A pesar de que ninguno de estos mtodos podra predecir a nivel mundial posiciones de nucleosomas, dos temas en comn son evidentes: (1) nucleosomas claramente tienen alguna preferencia secuencia in vitro. in vivo Sin embargo, la secuencia de ADN es, probablemente, el elemento de posicionamiento dominante slo un pequeo subconjunto de los nucleosomas en el genoma; ms comnmente los 1 y -1 nucleosomas alrededor DST; (2) secuencias ricas en AT son buenos predictores de las regiones de nucleosomas-agotado, que son especial- larlyenriched para tiradas homopolimricas de A o T ( Field et al, 2008;. Yuan et al., 2005 ). La mayora de los mtodos eran mejores para predecir regiones nucleosomas empobrecido que en la prediccin de la localizacin de nucleosomas, lo que sugiere que la secuencia de ADN se utiliza ms comnmente excluir nucleosomas de regiones especficas (por ejemplo, los promotores) en lugar de nucleosomas de posicin en las regiones ricas de nucleosomas. Recientemente, la idea de que la secuencia genmica dirige en la cromatina in vivo estructura ha sido probado de forma explcita en todo el genoma de la levadura a travs de in vitro la reconstitucin de ADN genmico en octmeros histonas. Despus de recon- Constitucin de los nucleosomas en la levadura purificada de ADN genmico, nucleosomas se han aislado y caracterizado mediante secuenciacin de profundidad, y esto in vitro mapa nucleosomal se compar con el mapa in vivo ( Kaplan et al., 2009 ). La correlacin global entre los dos mapas fue de 0,74, lo que indica que gran parte de la organizacin nucleosomal en la levadura genoma es de hecho debido a factores cis. in vivo e in vitro 3 'perfiles NFR son prcticamente superponibles, pero en vivo 5 'NFR muestran una mayor grado de agotamiento del nucleosoma que los in vitro, lo que sugiere una an ms el papel de las protenas en el agotamiento del nucleosoma promotor. Motivos se encontr que diferan en su in vitro e in vivo de ocupacin los niveles, incluidos los motivos para Abf1, Reb1 y Rap1, que son protenas unidades de enlace cuya nucleosoma desalojo de un subconjunto de 5 'NFR (Ver determinantes trans de posicionamiento de nucleosomas ). Mientras que la correlacin entre la in vitro e in vivo en mapas es bastante alta, la mayora de esta correspondencia parece ser debido a exclusin nucleosoma in vitro a 5 'y 3' de los genes causadas por poli (dA antinucleosomal / dT) secuencias - un anlisis importante de contribuciones pronucleosomal sera calcular la correlacin coeficiente entre in vitro e in vivo de los mapas de slo sobre los cuerpos de genes, descontando el papel dominante de poli (dA / dT) en estos mapas. De hecho, fuerte evidencia en contra de un papel dominante para pronucleosomal secuencias proviene de la observacin de que los promedios de TSS alineaperfiles de la cromatina in vivo revelan un fuerte posicionamiento de nucleosomas 1 aguas abajo de la NFR ( Field et al, 2008;. Kaplan et al, 2009;. Mavrich . et al, 2008a, b; Yuan et al., 2005 ), mientras que el correspondiente en vitro promedio demuestra un NFR fuerte pero sin posicionado 1 nucleosoma (Kaplan et al.,. Fig. 4a). As, mientras que hay claramente algunos

estadsticos enriquecimiento de ADN intrnsecamente flexible que se correlaciona con in vivo posiciones de nucleosomas, en vivo este parece jugar un papel muy pequeo en posicionamiento de traslacin de los nucleosomas. En cambio, ha sido sugerido ( Jiang y Pugh, 2009;. Mavrich et al, 2008a ) que la periodicidad dinucletido detectado en varios estudios computacionales contribuye a la colocacin rotacional de nucleosomas, y que en lugar de la secuencia, los factores trans juegan el papel ms importante en la colocacin del centro del nucleosoma a pb within5. La direccin de curvatura intrnseca sera entonces dictar el (1 pb) Posicin nucleosomal precisa y correspondiente importante exposicin hlice ranura. Anlisis de secuencias de mapas de la cromatina de otros organismos de retorno resultados ampliamente similares en trminos de firmas periodicidad dinucletidos, pero sugieren que las regionesnucleosoma libre de programacin a travs de nucleosoma exclusin probable es que slo se produce en un subconjunto de organismos. Por ejemplo, anlisis de 4-dores agotados de nucleosomas aislados de C. elegans AAAA revelado, entre otras 4-dores ( Valouev et al., 2008 ). De hecho, anlisis de los datos in vivo C. elegans utilizando los datos de reconstitucin in vitro de ADN genmico de levadura mostr una correlacin de 0,6 entre 5-mer los niveles de ocupacin de nucleosomas in vitro y la ocupacin nucleosoma en in vivo ( Kaplan et al., 2009 ), Y, como se seal anteriormente, esta correlacin es impulsado en gran medida por la exclusin nucleosoma poliA-dependiente. A la inversa, una variedad de los motivos de nucleosomas ocupadas y secuenciar nucleosoma empobrecido fueron descritos por Pugh y colegas en D. melanogaster ( Mavrich et al., 2008b ), Pero mientras que muchos de los motivos de nucleosomas-empobrecido contena carreras de A (como el motivo jorobado), poli per se no era identificado. En los seres humanos, las regiones de nucleosomas-empobrecido se producen aguas arriba de genes transcritos ( Ozsolak et al, 2007;. Schones et al, 2008. ), Pero son poco comn en los genes inducidos, all en vez se correlacionan con el presencia de la maquinaria transcripcional en el promotor. Estos datos sugieren que, regiones o constitutivos, "programado"-nucleosoma libre puede desempear un papel menos importante en la cromatina de los mamferos que lo hacen en "inferior" organismos. De hecho, el anlisis de la presencia o ausencia de desfavorable Secuencias (definidas a partir de datos de la levadura) 5mer como AAAAA en nucleosomas secuenciados de muchos organismos indica un papel importante para secuencias antinucleosomal en levaduras y gusanos, pero demuestra que estas secuencias desempean un papel mucho menos importante en el pollo, volar, y la cromatina humana (vase Field et al., (2008) ,. Fig. 5, columna 2). En total, se concluye que la exclusin de nucleosomas por poli (dA / dT) secuencias de promotores y sitios de terminacin de la transcripcin acta como una fuerza importante la configuracin del paisaje de la cromatina en la levadura y los gusanos. Ms all de la exclusin nucleosoma, hay algo de papel para intrnsecamente secuencias que se pueden doblar con 10 pb AA / AT / TT periodicidad en posicionamiento nucleosomas (aunque en los mamferos y las moscas CG / CG / CC / GG peridica- la ciudad parece estar correlacionado mejor con nucleosomas in vivo posicionamiento ( Kogan et al, 2006.; Mavrich et al., 2008b )). Para el caso mejor estudiado en la levadura, creemos que los resultados favorecen la interpretacin cin que las periodicidades observadas dinucletidos operan ms en el nivel de establecimiento de posicionamiento de rotacin en lugar de traslacional posicionamiento. Sin embargo, la mayora de los nucleosomas in vivo en la levadura son bien- posicionado, planteando la cuestin de lo que posiciona a la mayora de los nucleosomas que no est situado por secuencias flexibles de unin fuerte. Los primeros anlisis de deslocalizado o nucleosomas "difusos", revel que stos se enriquecen en sitios distantes de los promotores ( Yuan et al., 2005 ), Y, de hecho, la variabilidad en los

aumentos de posicionamiento de nucleosomas con incrementarse la distancia de NFR ( Mavrich et al., 2008a ). Estos hallazgos son coherentes con el modelo de barrera para el posicionamiento estadstica de nucleosomas, primero propuesto por Kornberg y Stryer (1988) . Conforme para este modelo, las barreras situadas a lo largo del cromosoma prevenir vinculante nucleosoma y nucleosomas estn envasados entre estos barreras en algn espacio promedio que vara entre los organismos y entre tipos de clulas ( Van Holde, 1989 ). Dado que slo hay tantos maneras cinco nucleosomas se pueden colocar en 850 pares de bases del genoma (por ejemplo), aparecern relativamente bien posicionados los cinco nucleosomas a pesar de no marcadas preferencias de secuencia para cualquiera de los 850 pb. Otro implicacin de esta idea es que los nucleosomas aguas arriba y abajo- corriente de la barrera de ser cada vez menos bien posicionado el ms lejos de la barrera que reciben, que de hecho es observado in vivo. Las barreras podran ser-nucleosoma excluyendo secuencias como ATricos NFR, nucleosomas fuertemente secuencia ubicado, o de unin al ADN protenas (tales como factores de transcripcin) unido a secuencias especficas. El modelo predice que la barrera en los genomas con distancias cortas entre las barreras, tales como levaduras, slo un subconjunto de posiciones de nucleosomas (O regiones de barrera) necesita ser codificada en la secuencia de ADN, y nucleosomas que rodean estos lugares "ancla" aparecern bien localizada debido a la posicin estadstica. De esta manera, aunque la mayora nucleosomas en el genoma estn bien posicionadas, slo unos pocos de los posiciones se pueden predecir a partir de anlisis de secuencia de ADN, como se ve en la gran cantidad de estudios sobre este tema se ha descrito anteriormente. En consonancia con estos las ideas, el 60% de los nucleosomas levadura estn bien posicionados. Por el contrario, muchos menos nucleosomas estn bien posicionadas en las clulas humanas ( Schones et al., 2008 ), donde el tamao masiva de genes resultados en mucho ms espacio entre los posibles obstculos situados en los promotores, potenciadores, aisladores y otras regiones reguladoras. Al igual que en la levadura, bien posicionada nucleosomas ocurren cerca de elementos reguladores en las clulas humanas ( Fu et al., 2008; Schones et al., 2008 ), y el posicionamiento decae con el aumento de distancia de estas barreras putativos ( Fu et al., 2008 ). A pesar de esta masa de informacin experimental consistente en modelos in silico que incorporar expresamente embalaje ( Field et al, 2008.; Segal et al., 2006 ) todava no predecir correctamente la mayor parte de las posiciones de nucleosomas ( Kaplan et al., 2009 ), lo que sugiere o bien que los modelos de embalaje que deben ser perfiladas, o por el contrario que los factores de posicionamiento trans dominan posicin global ing. Como dato interesante, puesto que la longitud de repeticin vara entre organismos e incluso entre tipos de clulas (y se ve afectada por la cromatina factores de montaje), es fcil ver cmo la misma secuencia de ADN podra ser envasados de manera diferente en diferentes tipos de clulas en funcin de su distancia de una barrera y la longitud de repeticin local en el tipo de clula en cuestin. En resumen, es evidente que el establecimiento de nucleosoma libre regiones por tieso, antinucleosomal polyA se extiende es un importante motor de la arquitectura de la cromatina en levadura y probablemente gusanos. Los nucleosomas colocado por secuencias pronucleosomal, intrnsecamente flexibles tambin ocurrir en genomas eucariotas, y desempear algn papel en la colocacin de una pequea subconjunto de los nucleosomas. Por ltimo, los estudios de cartografa de todo el genoma son bastante consistente con las predicciones de posicionamiento estadstica, aunque pruebas definitivas de esta idea an no se han llevado a cabo. determinantes trans de posicionamiento de nucleosomas El xito modesto de posicionamiento nucleosoma secuencia impulsada algoritmos puntos a la participacin de los factores de trans en la posicionamiento de una fraccin significativa de los nucleosomas. Un claro ejemplo de esto es la observacin de que en la reconstitucin in vitro de la PHO5

promotor utilizando slo las histonas y el ADN no recapitular el en el posicionamiento de nucleosomas in vivo, mientras que una actividad dependiente de ATP en extracto de levadura estaba obligado a recrear el estado de la cromatina en vivo, demostrando un papel clave para factores celulares en el posicionamiento in vivo de los nucleosomas en esta plantilla ( Korber y Horz, 2004 ). En trminos generales, tres clases principales de factores trans han sido implicados en el posicionamiento de nucleosomas / ocupacin: (1) factores de transcripcin ( Shim et al, 1998.; Taylor et al, 1991.; Varga-Weisz y Becker, 1995; Vettese- Dadey et al., 1994 ), especialmente los abundantes reguladores multifuncionales conocida como "factores generales reguladoras" (GRFS), como Abf1 y Rap1 en S. cerevisiae; ( Yarragudi et al., 2004 ), (2) los remodeladores de cromatina (por resea ver Cairns (2005) ) y (3) la ARN polimerasa ( Field et al, 2008.; . Mavrich et al, 2008b; Schones et al, 2008.; Yuan et al., 2005 ). En la reconstitucin in vitro de genoma de la levadura en nucleosomas revelaron que los sitios mientras que el factor de transcripcin de unin son ms intrnsecamente agotados de nucleosomas, varios motivos incluyendo sitios para Reb1 y Abf1 son ms nucleosoma con deplecin in vivo que in vitro ( Kaplan et al., 2009 ). Por tanto, estos factores estn implicados en la formacin de NFR en sus sitios de unin in vivo. De hecho, cuando mutantes sensibles a la temperatura Abf1 o Reb1 se desplazan a la no- temperatura permisiva nucleosomas incrementos de ocupacin en los NFR de los promotores con sitios de unin para Abf1 y Reb1 ( Badis et al, 2008.; Hartley y Madhani, 2009 ). El mecanismo de Abf1-y-Reb1 agotamiento nucleosoma mediada no est claro. La protena acta como un Abf1 barrera que determina las posiciones de nucleosomas aguas arriba y abajo- corriente de su sitio de unin en el promotor RPS28A, pero esto puede ocurrir en Pgina 5 la ausencia de formacin de NFR - la regin rica en T aguas abajo de la Abf1 sitio de unin es la regin necesaria para la formacin de la NFR en este promotor ( Lascaris et al., 2000 ). Por otro lado, Abf1 lata de unin conducir la eliminacin de un nucleosoma bien posicionada en un episomal sustrato artificial in vitro ( Yarragudi et al., 2004 ). Desde Abf1 no hace tiene un dominio ATPasa, es poco probable que se pueda eliminar de forma activa o deslice nucleosomas lejos de su lugar de unin. En su lugar, puede tomar ventaja de alguna forma de nucleosoma desenvolver para exponer su sitio; ya sea el volumen de negocios ( Ahmad y Henikoff, 2002a, b;. Dion et al, 2007; Mito et al., 2007 ) o desenvolver nucleosoma o "respiracin" ( Anderson et al, 2002.; Anderson y Widom, 2000; Anderson y Widom, 2001; Poirier et al., 2008 ) Es un candidato atractivo. La distincin entre Abf1 y la mayora de los otros factores de transcripcin pueden continuacin, se encuentran en su abundancia relativamente alta ( Choi y Kim, 2008;. Newman et al, 2006 ), o tal vez una alta afinidad por (o una velocidad de disociacin lenta de) sus sitios de unin. Otros factores de transcripcin abundantes que han sido implicados en remodelacin de la cromatina, como Rap1 y Reb1, puede utilizar un parecido mecanismo para agotar los promotores de los nucleosomas y por lo tanto facilitar la unin de otros factores de transcripcin necesarios para el gen activacin ( Pal et al, 2004;.. Yarragudi et al, 2004 ). Alternativamente, era recientemente demostrado que la NFR donde los aumentos de ocupacin nucleosoma en mutantes condicionales de Reb1 o ABF1 son un subconjunto de los NFR donde ganancia nucleosoma se ve en mutantes condicionales de la RSC ATP- remodelador de cromatina dependiente ( Hartley y Madhani, 2009 ), lo que sugiere que tal vez Reb1 y Abf1 actan para desalojar a los nucleosomas en vivo a travs de la contratacin del complejo RSC. A diferencia GRFs, remodeladores de cromatina tiene un dominio ATPasa y el uso la energa de hidrlisis de ATP para deslizar lateralmente nucleosomas ( Fazzio y Tsukiyama, 2003; Lomvardas y Thanos, 2001 ) o expulsarlos del ADN (

Boeger et al, 2004;. Cairns, 2005 ), entre otras actividades. Hay varias clases de remodeladores de la cromatina, incluyendo SWI / SNF (BAF), interruptor de imitacin (ISWI), INO80, SWR1 y Mi-2/CHD. En una fascinante en el estudio in vitro, remodeladores de la cromatina se movieron nucleosomas a uno de los cuatro puestos disponibles en la plantilla, pero la ubicacin especfica elegida fue diferente para cada tipo diferente de remodelador ( Rippe et al., 2007 ). Uno por lo tanto, se puede imaginar que slo un subconjunto de potencialmente nucleosoma- que favorecen las secuencias en el genoma sern ocupados por los nucleosomas en cualquier momento dado, y la distribucin de los sitios de nucleosomas ocupadas se depender thelocal accin de los remodeladores de la cromatina. Anygivenpromoter en consecuencia, podran adoptar, a travs de la accin de los diferentes cromatina remodeladores, varias arquitecturas nucleosomales que dejaran al descubierto o ocluir diferentes sitios Biding factor de transcripcin de genes y afectar expresin de diferentes maneras. RSC es un complejo de remodelacin de la cromatina de levadura que pertenece a la Clase SWI / SNF de remodeladores y est implicado en la transcripcin regulacin de una amplia variedad de genes. RSC une objetivos to700 en el genoma de la levadura, los genes predominantemente sobre pol III ( Damelin et al., 2002; Ng et al., 2002 sobre un subconjunto de Pol) y II promotores, muchos de los que llevan un motivo de secuencia especfica para la subunidad RSC3 ( Badis et al., 2008; Damelin et al, 2002.; Ng et al., 2002 ). En los mutantes condicionales de la RSC subunidad Sth1, los aumentos de ocupacin nucleosoma ms de Pol III genes y cesa la transcripcin ( Parnell et al., 2008 ). En cuanto a los genes pol II, RSC (al igual que otros remodeladores de cromatina) tiende a regular el subconjunto de genes de levadura con cajas TATA, como la ocurrencia comn de la TATA caja en el -1 nucleosoma exige la regulacin por la cromatina remodeladores para la exposicin TATA ( Basehoar et al., 2004 ). Nucleosome cambios de posicionamiento sobre el agotamiento de la RSC de Pol II promotores son ms promotores sutiles que los de los promotores de Pol III, pero ocupados-RSC y NFR Qu ganan nucleosoma ocupacin en caso de prdida de RSC ms que los promotores no RSC ( Badis et al, 2008;. Parnell et al, 2008. ). La mecanismo para el aumento de la ocupacin nucleosoma parece variar entre los promotores y se compone de una combinacin de nucleosoma deslizamiento, as como vinculante por nuevos nucleosomas. Fundamentalmente, algunos remodeladores de cromatina funcionan moviendo ncleo- somas de su secuencia de "preferido" para una menos favorable. Isw2 es un remodelador de la cromatina levadura cuya principal funcin reguladora es como un represor. Trabajo elegante del laboratorio Tsukiyama mostr que en el POT1 funciones promotor Isw2 para mover un nucleosoma de susecuencia dirigida sitio a un sitio menos favorecida hacia la NFR ( Whitehouse y Tsukiyama, 2006 ). Este estudio de un solo gen era luego se extendi a todo el genoma, en donde la cartografa de Isw2 mostr se asocia con genes de ARNt como as AS20% de los genes de ARN Pol II ( Whitehouse et al., 2007 ). Comparacin de los nucleosomas en todo el genoma mapas de posicionamiento entre la naturaleza y tipo isw2 clulas mutantes revelaronthat35% de los objetivos con destino a Isw2 (400 genes) fueron objeto de detectables remodelacin de la cromatina mediada por Isw2. 1 nucleosomas se desplazaron hasta el 70 pb (15 pb promedio) de distancia de la regin de NFR en clulas mutantes, lo que sugiere que en las clulas de tipo salvaje inhibe Isw2 transcripcin posicionando nucleosomas sobre la SST y la NFR, donde se encuentran la mayora de los sitios de unin del factor de transcripcin. Lo mismo tendencia tambin se observ en el extremo 3 'de los genes, con nucleosomas alejndose de la regin intergnica hacia el extremo 3 'de la meta genes en isw2 clulas . Esto a menudo se produjo en los genes en tndem orientadas(A diferencia de forma convergente), lo que sugiere un papel potencial para esta reposicionamiento en el control transcripcional antisentido. De hecho, sor- vez ms, reposicionamiento mediada Isw2 de nucleosomas result reprimir la

transcripcin antisentido no codificante mediante la colocacin de ncleo- somas ms de los sitios de inicio de transcripcin crptico en estas regiones intergnicas. Hemos tratado hasta ahora con trans factores que operan aguas arriba detranscripcin modulando el posicionamiento de nucleosomas y la ocupacin. Sin embargo, como se mencion anteriormente, el proceso de la transcripcin por ARN polimerasas es una fuerza importante para la formacin de la estructura de la cromatina ( Mavrich et al, 2008b.; Parnell et al, 2008.; Schones et al., 2008 ). Generalmente hablando, ancho NFR se correlaciona con el nivel de la transcripcin, y esto parece en gran parte a ser el resultado de la expulsin de los nucleosomas -1 en forma activa- genes transcritos, mientras que los nucleosomas ms de las regiones de codificacin son ms deslocalizado a tasas ms altas de transcripcin. En los pocos estudios en los que nucleosomas se han mapeado en un organismo antes y despus de algn estmulo que cambia la transcripcin se aplica, se ha observado que los cambios en la ocupacin nucleosoma predominan sobre los cambios en la posiciones de nucleosomas ( Schones et al, 2008.; Shivaswamy et al., 2008 ).En los organismos multicelulares, diferentes tipos de clulas se caracterizan por variando ampliamente la actividad transcripcional, que se refleja en variada perfiles de posicionamiento de nucleosomas. Tal vez esto es ms claramente observado en un estudio heroica de Zhao y sus colegas, en los que nucleosoma posiciones fueron asignadas por secuenciacin profunda en las clulas T CD4 + antes y despus de la estimulacin con anticuerpos anti CD28 y anti-CD3 ( Schones et al., 2008 ). El 1 de nucleosomas expresadas conalargamiento Pol II se encuentra en 40 pb aguas abajo de la SAT, mientras que los genes con estancado Pol II tuvieron su 1 nucleosoma 10 pb aguas abajo de TSS. Curiosamente, los genes inactivos sin Pol II no lo hicieron tener nucleosomas bien posicionadas, aunque esto podra ser potencialmente un artefacto de insolubilidad, durante los procedimientos de aislamiento de nucleosomas, de nucleosomas asociados con genes reprimidos en los mamferos. Examina- cin de los cientos de genes que cambian de expresin durante las clulas T estimulacin revel que el principal cambio en la estructura de la cromatina en el mayor nivel de expresin fue, curiosamente, un aumento en la ocupacin de la1 nucleosoma. Esperamos ansiosamente la reconciliacin de este resultado con la ocupacin nucleosoma disminucin observada durante altamente genes transcritos en la levadura ( Shivaswamy et al., 2008 ).Reorganizacin Nucleosoma en respuesta a estmulos no es slo restringida a regiones promotoras. Por ejemplo, la totalidad de Drosophila De Hsp70 locus muestra una rpida prdida de nucleosomas sobre choque trmico quees, sorprendentemente, independiente de la Hsp70 de transcripcin ( Petesch y Lis, 2008 ). La regin de agotamiento del nucleosoma se extiende por varias kilobases, y est limitada por scs y elementos aislantes de SCS. Esta inicial extensa prdida de nucleosoma es necesaria para la activacin completa de los De Hsp70 y depende de factores de transcripcin HSF y GAF, y poli(ADP) ribosa polimerasa (PARP), que interacta con el ADN y nucleosomas ( Petesch y Lis, 2008 ).Aunque hasta la fecha la mayor parte de lo que sabemos sobre el papel del RNA polimerasa en la estructura de la cromatina in vivo proviene de estudios en los que la Pgina 6 transcripcional de salida de una clula se reprograma por algn estmulo, que es importante tener en cuenta que la observacin de cambio de la cromatina secundaria a cambio de la transcripcin, no significa necesariamente que el ARN la polimerasa en s (en oposicin a remodeladores, etc) es responsable de los cambios en la estructura de la cromatina. Anticipamos que los estudios futuros en vivo en la estructura de la cromatina comenzar a desentraar la contribucinde la ARN polimerasa per se de las contribuciones de los muchosfactores polimerasa asociada. El posicionamiento de nucleosomas y la regulacin de

genes Claramente, un nmero de factores, que van desde la secuencia de ADN a la protena complejos, afectan embalaje nucleosoma en todo el genoma. De Por supuesto, con el fin de entender el papel de la cromatina en la biologa debemos Tambin hacer la pregunta inversa: cmo funciona el posicionamiento de nucleosomas afectar los procesos celulares como la transcripcin? Los nucleosomas clsicamente se han pensado para evitar transcripcin factor de unin a cin motivos situados dentro del nucleosoma, y para la mayora de los factores de transcripcin esto parece ser cierto. In vivo , la mayoramotivos de unin del factor de transcripcin funcional estn en nucleosoma libre (regiones Yuan et al., 2005 ), y motivos que se producen en el -1nucleosoma parece ser enriquecido en lugares donde la mayor ranura mira hacia fuera del octmero ( Albert et al., 2007 ). Sin embargo, excepciones a estos principios generales tienden a tener interesantes consecuencias para la regulacin de genes. En primer lugar, como se describi anteriormente, algunos factores de transcripcin son capaces de remodelacin de nucleosomas en ausencia de cualquier factor adicional. Elegante in vitro estudios del laboratorio Widom muestran que el ADNubicado cerca del punto del nucleosoma entrada / salida transitoria disocia del octmero, exponiendo cualquier sitio de unin subyacentes ( Anderson y Widom, 2000 ). Adems, la unin de una transcripcinfactor a un sitio cerca del borde de la nucleosoma Tambin se demostr que mejorar la accesibilidad de otros sitios hacia el centro de la nucleosoma ( Polach y Widom, 1996; Vashee et al., 1998 ). Es particularmente interesantes, como ocupacin nucleosoma ms de dos motivos puede por lo tanto, hacer que la unin dependiente de un factor en la unin de la otra, incluso en ausencia de cualquier interaccin directa entre la factores en el ADN desnudo. Un estudio reciente en las clulas humanas se apoya sobre esta idea - Aqu, un subconjunto de promotores de NF-kappa B-dependientes se demostr que era regulado normalmente por la subunidad p65 incluso sin su activacin dominio ( van Essen et al., 2009 ). En lugar de activar directamente el gen, el dominio de unin al ADN de p65 fue requerido para otra transcripcin factores para obtener acceso al promotor, creando as un promotor que era NF-kB dependiente a pesar de no participar directamente en el dominio de activacin. Aunque no se muestra el mecanismo para que esto implicara nucleosoma desalojo o desenvolver, y podra en ningn caso ser explicada por una compleja remodelacin reclutado, la cooperatividad inherente a tener dos motivos TF dentro de la misma nucleosoma proporciona un atractivo hiptesis para el mecanismo subyacente en este caso. Otro caso elegante de posicionamiento de nucleosomas que afecta a la entrada la funcin de un gen proviene del promotor de interfern humano. Aqu, un nucleosoma colocado sobre la caja TATA se desliza aguas abajo Tras la activacin de tres factores de transcripcin diferentes - de activacin de un solo factor es insuficiente para activar este gen, como cada uno de los tres juega un papel en el reclutamiento de un factor diferente se requiere para movimiento nucleosoma ( Lomvardas y Thanos, 2002 ). Lomvardas y Thanos (2002) cre un promotor modificado con una fuerte unin secuencia pronucleosomal en la posicin donde el nucleosoma normalmente se desliza tras la activacin. Esto "se desliz" promotor, como un desnudo promotor, era sensible a uno cualquiera de los tres transcripcin relevante factores de entrada cin. Por lo tanto, en este caso, el posicionamiento de los nucleosomas en el promotor cambia la lgica reguladora de promotor de un OR puerta de entrada a una puerta Y por tres factores ( Lomvardas y Thanos, 2002 ).La idea general de que los factores de transcripcin y nucleosomas competir por la unin a la misma de ADN tiene implicaciones globales para regulacin de la actividad gnica. Como se mencion anteriormente, en la levadura y las moscas Genes TATA TATA y no se empaquetan de manera diferente, con los promotores de Los genes que contienen TATAsiendo generalmente ms ocupados por ncleo- somas. TATA-que contienen los genes en la levadura se enriquecen de una variedad de caractersticas relativas a los genes no-TATA - 1)

que tienen ms probabilidades de ser sensible a la mutacin de los reguladores de la cromatina ( Choi y Kim, 2008; Tirosh y Barkai, 2008b ), 2) son generalmente el estrs-sensible en lugar de "limpieza" ( Basehoar et al., 2004 ), 3) se muestran aumento de la plasticidad de la transcripcin y sus patrones de expresin divergir ms rpidamente durante la evolucin ( Landry et al, 2007;. Tirosh et al., 2006 ), 4) que contiene ms del factor de transcripcin vinculante motivos ( Landry et al, 2007.; Tirosh et al., 2006 ), Y 5) su expresin es ms variable de clula a clula dentro de una poblacin ( Newman et al., 2006 ) Debido a rfagas de la transcripcin en lugar de la continua la transcripcin se observa en los genes del hogar ( BarIncluso et al., 2006; Zenklusen et al., 2008 ). Varias de estas caractersticas puede resultar del aumento de la ocupacin nucleosoma observado en estos promotores. Ms claramente, la oclusin de la caja TATA por un nucleosoma se piensa que es responsable de la exigencia de que muchos de estos genes muestran para la actividad de remodelacin de la cromatina. Ms sutilmente, la presencia de un nucleosoma sobre los sitios de unin del factor de transcripcin es propuesto para dar lugar a la competencia entre los dos tipos de protenas, con apertura transitoria o disociacin de los nucleosomas ( Anderson y Widom, 2000; Dion et al., 2007 ) A un promotor que permite la unin de factores de transcripcin y las rfagas de la transcripcin ( Choi y Kim, 2009; Field et al, 2008.; Tirosh y Barkai, 2008b ). La velocidad de disociacin rpida para la mayora factores de transcripcin ( Hager et al, 2006.; Voss y Hager, 2008 ) Sera luego permitir reensamblaje nucleosoma, introducir un retardo entre rfagas de transcripcin. De acuerdo con esta idea, los estudios de clula-a-clula la variabilidad en el PHO5 promotor implican la dinmica de nucleosomas comolos principales contribuyentes a la variabilidad ( Boeger et al, 2008.; Raser y O'Shea, 2004 ). Es importante observar aqu, sin embargo, que las cajas TATA no lo hacen ellos mismos causan aumento de ocupacin nucleosoma promotor. Mientras bien es cierto que los promotores con un nucleosoma inmediatamente aguas arriba de TSS poseen las caractersticas de ruido descritos anteriormente, slo la mitad de tales promotores contienen una caja TATA ( Tirosh y Barkai, 2008b ).Por lo tanto, la caja TATA y el aumento de la ocupacin nucleosoma promotor tienden fuertemente a co-ocurrir, pero esto no es absoluta, y ser interesante para comprender las limitaciones que llevaron a la evolucin co-ocurrencia de estas dos caractersticas. Por supuesto, no todos oclusin nucleosoma est sujeto a la transcripcin invasin de factores, como sitios de unin enterrado profundamente en un nucleosoma son rara vez expuestas al respirar. Bajo estas circunstancias, la unin sitios que se encuentran en los nucleosomas slo estarn expuestos al nucleosoma desalojo. Un caso muy interesante de esto se ve en la PHO5 promotor,que se desarrollan varios sitios de unin para el factor de transcripcin Pho4 en ubicaciones tanto nucleosomal y enlazador ( Venter et al., 1994 ). Un eleganteestudio del grupo O'Shea mostr que la fuerza de Pho4 sitios de unin en el enlazador regin establecen el umbral de fosfatoinanicin (y niveles Pho4) requerida para la activacin del promotor. Por otro lado, el total de nmero y fuerza de unin Pho4sitios, entre ellos los ocluida por nucleosomas, contribuyeron a la nivel general de PHO5 de la transcripcin una vez que el umbral para la activacinse alcanz ( Lam et al., 2008 ). En este caso, la exposicin de enterradositios de unin no se cree que es una consecuencia directa de la transcripcin invasin del factor en el nucleosoma bordes, sino que es secundaria a la contratacin de un factor de remodelacin ATP-dependiente de desalojar al nucleosomas en cuestin. Pero el punto interesante en este caso es que sitios de unin incluso crpticas nucleosomas ocluido puede, no obstante, contribuir a la regulacin del gen aguas abajo. Para que no nos dejemos llevar con la idea de que los nucleosomas simplemente servir para ocultar condicionalmente factor de unin, tambin observamos que nucleosomas a veces se cree que activar la transcripcin, tambin. Tal vez mejor estudiado es el promotor U6 snRNA humana ( Stnkel et al., 1997 ), donde la presencia de un nucleosoma entre dos transcripcin factor de

cin sitios para OCT1 y SNAPc unin trae los sitios de unin en la proximidad fsica al envolver el ADN intermedio. Pgina 7 facilita una interaccin fsica entre los dos factores de transcripcin que es necesaria para la iniciacin de la transcripcin ( Zhao et al., 2001 ).A pesar de la observacin de que cientos de genes son downregulated en levadura en el agotamiento de las histonas ( Wyrick et al., 1999 ), lo que sugiere unapapel ms amplio para los nucleosomas en la activacin de genes, la base mecnica para la activacin de genes por nucleosomas ha sido poco estudiado hasta la fecha. Relacin entre el posicionamiento de nucleosomas, la expresin gnica evolucin de la secuencia de variacin, y el ADN La diversidad fenotpica en especies relacionadas surge a partir de ADN de codificacin variacin de la secuencia y la divergencia de la expresin gnica (ED). Curiosamente, Variacin de la secuencia de ADN en las regiones de codificacin de los genes no se correlaciona con la expresin de genes divergencia ( Tirosh y Barkai, 2008a ), Lo que sugiere ing que las propiedades estructurales y funcionales de las protenas, y sus patrones de expresin, evolucionan bajo diferentes restricciones selectivas. ED puede resultar de promotor secuencia de divergencia ( cis efectos) o variacinen reguladores de la transcripcin ( trans efectos). De acuerdo con un enlaceestudio de anlisis de segregantes de un cruce entre dos S. cerevisiae cepas ( Brem et al., 2002 ), secuencia del promotor de divergencia representa30% de la variabilidad observada en la expresin gnica ( Choi y Kim, 2008 ). El 70% restante se debe a trans efectos, la mayora de los cuales involucrar modificadores de la cromatina, gracias a sus efectos altamente pleiotrpicos en la expresin gnica ( Choi y Kim, 2008;. Lee et al, 2006 ). Mientras que en el ejemplo de arriba divergencia promotor afecta a un minora de expresin cambia entre dos cepas de la misma especies, lo contrario parece ser cierto entre las especies ( Tirosh et al., 2009 ). Por ejemplo, el anlisis de la respuesta transcripcional a apareamiento feromona en S. cerevisiae , S. paradoxus y S. mikatae revel quela mayor parte de la expresin diferencial de genes se correlaciona con la prdida de sitios de unin a factor de transcripcin en los promotores de genes ortlogos ( Tirosh et al., 2008 ). Sin embargo, an haba un nmero significativo de genes que muestran la variacin de la expresin gnica, a pesar de la transcripcin factor de unin conservacin del sitio. Curiosamente, en estos genes, que era la secuencia en los sitios que flanquean motivos de unin a factor de transcripcin que se haban separado en las tres especies, y esta secuencia de divergencia correlacionados con los cambios en la ocupacin nucleosoma predicho. En otra Es decir, las diferencias en las secuencias de acompaamiento se han convertido a la regin de factor de transcripcin en una secuencia "pronucleosomal", por lo que aumentando la probabilidad de nucleosoma de unin y la inhibicin de TF la unin a estos promotores ( Borneman et al., 2007 ). La expresin gnica variabilidad en general (incluida la variacin estocstica en la celda poblacin ciones, la variacin en respuesta a seales ambientales y entre especies / interstrain variacin) se correlaciona con la presencia de "pronucleoso- secuencias normales "en la regin aguas arriba de la SAT ( Choi y Kim, 2009 ). Por tanto, parece que hay dos formas generalizadas de variacin de la secuencia promotora para afectar la expresin del gen de divergencia: (1) a travs de cambios en motivos de unin del factor de transcripcin y (2) a travs de cambios en nucleosoma favorecimiento y / o nucleosoma-excluyendo ing secuencias. Los cambios en la arquitectura de nucleosomas en los promotores de genes ya sea a travs de trans cambios en la actividad de remodeladores de la cromatina( Choi y Kim, 2008; Lee et al, 2006. ) o cis cambios en nucleosoma-excluyendo / favoreciendo secuencias ( Tirosh et al., 2008 ) Son por lo tanto claramente un factor importante en la evolucin de los perfiles de expresin gnica. Los nucleosomas tambin

podran afectar a la evolucin de la secuencia de ADN, como se la maquinaria de reparacin del ADN parece tener un acceso preferencial al enlazador ADN sobre el ADN nucleosomal ( Shim et al, 2007.; Suter et al., 1997 ).De hecho, estudios recientes de la evolucin de la secuencia en mltiples organismos han descubierto un papel fascinante para los nucleosomas en secuencia variacin. Especficamente, el patrn de variacin de la secuencia, cuando superpuesta en el patrn de los nucleosomas en vivo , muestra uncorrelacin con el posicionamiento de nucleosomas en la levadura ( Warnecke et al., 2008; Washietl et al., 2008 ). Las frecuencias de los polimorfismos de secuencia son ms altas cerca del eje dada, y caen continuamente hacia los extremos del nucleosoma, alcanzando un mnimo en secuencia conectora. Este efecto tambin se observ en los peces medaka ( Sasaki et al., 2009 ), y los autores aqu sealaron adems que las inserciones y deleciones cortas eran ms comunes en el ADN enlazador. Curiosamente, un estudio reciente de los derechos humanos polimorfismo de datos identificados de inclinacin en la utilizacin de codn para ms o menos 80 pares de bases a cada lado de SNPs ( Hodgkinson et al., 2009 ). Mientras los autores no sugieren la cromatina como un contribuyente potencial a la este patrn, es interesante observar que 80 pb es aproximadamente la mitad nucleosoma. Mapas de nucleosomas detalladas, tales como las previstas en el clulas T humanas ( Schones et al., 2008 ), tendr que ser determinado paralas clulas germinales en los seres humanos para que esta hiptesis a comprobar directamente. Cmo se explica esta secuencia de "sombra" de los nucleosomas? Ms probablemente, el limitado acceso de nucleosomal DNA a las protenas de reparacin del ADN es la causa del aumento de la tasa de mutacin dentro de nucleosomas relativos a enlazadores. Otra posibilidad es que la tasa de mutacin es la misma en nucleosomal DNA y el enlazador, pero la depuracin de seleccin opera a mantener codones nucleosomasdesfavoreciendo en regiones conectoras. Evidencia para el primero es abundante, mientras que un estudio reciente sugiere algunas evidencia de este ltimo en la levadura ( Warnecke y col., 2008 ). Desde nucleosomas pueden mover o cambiar de ocupacin, cuando el medio ambiente las condiciones cambian, la sombra nucleosomal en secuencia genmica evolucin concebiblemente podra ser modulada por el crecimiento a largo plazo en diferentes condiciones. Tal vez con el tiempo esta idea se pondr a prueba a travs de la secuenciacin del genoma de muchos miembros de la misma especie que ocupar diferentes nichos ecolgicos, o las poblaciones sometidas a largo evolucin laboratorio trmino en diferentes condiciones de crecimiento. Conclusin El empaque de los genomas eucariotas en nucleosomas tiene un profundo impacto en todos los procesos a base de ADN estudiadas. La reciente uso de las tecnologas genmicas para el estudio de la cromatina ha permitido los investigadores a explorar ms profundamente las ideas de larga data acerca de la relacin entre la secuencia, estructura de la cromatina y la regulacin de procesos celulares. Secuencia de ADN juega un papel importante en el establecimiento regiones-nucleosoma libre en la levadura, pero los modelos basados en la secuencia tienen modesto xito en la prediccin de las posiciones de los nucleosomas fuera de NFR. Una gran cantidad de factores que actan en trans tambin modulan nucleosoma posicionamiento y la ocupacin, y anlisis globales de las discrepancias entre in vitro e in vivo Mapas de nucleosomas estn proporcionando una rpidamedios de identificacin de estos factores. Encuadernacin oclusin sitio por ncleosomas tiene una amplia gama de efectos sobre la lgica de regulacin de promotores, que van desde el cambio de las funciones de entrada de Boole para los promotores, a efectos sobre la variabilidad de clula a clula, para sintonizar la respuesta de sealizacin los umbrales de diferentes genes. Adems de la regulacin de genes, la arquitectura de la cromatina es un importante contribuyente a la fenotpica la diversidad a travs de sus efectos sobre la variacin de la expresin de genes y el ADN evolucin de la secuencia. Estudios en muchos

frentes en el campo de la cromatina se seguir ampliando nuestra comprensin del control de la transcripcin, la biologa de sistemas, y la evolucin.