Anda di halaman 1dari 56

Kita telah menjumpai nukleotida berulang-kali selama explorasi kita dalam biokimia.

Nukleotida bertindak sebagai pre kursor bagi asam nukleat, sebagai unsur-unsur yang sangat penting dalam metabolisme energi, sebagai pengangkut metabolit aktif untuk biosintesis (seperti gula nukleotida difosfat), sebagai pembentuk struktur koenzim, dan yang terakhir sebagai molekul penanda dan regulator metabolisme (terutama, siklis A !). "alam bab ini akan diuraikan jalur biosintesis dan degradasi nukleotida purin dan pirimidin, dan juga akan dipelajari regulasi dalam proses-proses itu # yang merupakan jalur penting ke arah replikasi "NA. $uga akan didiskusikan enzim-enzim yang berperan dalam biosintesis nukleotida sebagai target obat antimikroba dan anti kanker. %elain itu juga akan diuraikan hal-hal yang berkaitan dengan konsekuensi metabolisme akibat perubahan genetik tertentu pada metabolisme nukleotida. %ebelum memulai pembi&araan dalam bab ini, kita perlu berhati-hati tentang perbedaan pengertian antara nukleosida dan nukleotida. !ada hidrolisis sempurna, satu molekul nukleosida menghasilkan ' molekul gula dan satu molekul basa heterosiklis, sedangkan hidrolisis satu molekul nukleotida akan menghasilkan ' molekul gula, satu basa heterosiklis, dan sedikitnya satu fosfat anorganik. ononukleotida terdiri dari hanya ' molekul gula dan ' molekul basa, tetapi fosfatnya lebih dari satu. $ika memang terdiri lebih dari satu fosfat, misalnya tiga fosfat, maka disebut dengan nukleotida trifosfat. Deoksiribonukleotida, yang digunakan untuk sintesa "NA, terbentuk dari ribonukleotida (pembentuk (NA) pada suatu jalur yang akan didiskusikan kemudian dalam bab ini. A. Jalur Metabolisme Nukleotida
1. JALUR BIOSIN ! I" # JALUR DE NOVO $AN SALVAGE

)erbeda dengan kelas-kelas metabolit lain yang telah ditemui, baik nukleotida, basa dan nukleosida dari mana mereka terbentuk, tidak diperlukan untuk memenuhi kebutuhan gizi, terke&uali pada beberapa parasit protozoa. %ebagian besar organisme dapat mensintesis purin dan nukleotida pirimidin dari molekul

Semi QUE V-2004

*+

ke&il dalam jumlah yang dapat men&ukupi kebutuhan mereka. Jalur "e no,o ini memiliki kesamaan dalam seluruh dunia biologi (-ambar *. ').

%ambar &.1

etabolisme Nukleotida.

Akan tetapi sebagian besar organisme dapat juga melakukan sintesis nukleotida dari nukleosida atau basa yang berasal dari makanan yang dikonsumsi atau karena penguraian enzimatik asam nukleat. !roses ini disebut dengan jalur salvage (penyelamatan), sebab pada proses itu melibatkan pemanfaatan kembali &ampuran purin dan pirimidin yang akan hilang karena adanya biodegradasi, jika tidak dimanfaatkan kembali. %eperti yang akan kita bahas berikut ini, jalur salvage merupakan target penting dalam pengobatan penyakit mikrobial atau penyakit yang disebabkan parasit, juga merupakan lokasi penting untuk memanipulasi sistem biologi (misalnya dalam studi mutagenesis atau dalam pembuatan antibodi monoklonal), dan juga merupakan proses-proses biologi penting di mana perubahan genetik pada proses-proses itu akan menyebabkan konsek.ensi yang sangat luas dan parah.

Semi QUE V-2004

*/

$AN (!N IN%N)A (!N)!LAMA AN NU"L!O I$A 0leh karena penyelamatan, atau penggunaan kembali basa purin dan pirimidine, melibatkan pelepasan molekul akibat degradasi asam nukleat, berikut dengan singkat kita mulai membi&arakan proses ini (-ambar *.1). "egradasi dapat terjadi se&ara intrasellular (akibat degradasi m(NA yang tidak stabil atau saat terjadi perbaikan "NA), atau sebagai hasil dari kematian sel, atau, dalam he.an dan manusia, melalui pen&ernaan asam nukleat yang ada dalam makanan.

'. $!%RA$ASI ASAM NU"L!A

%ambar &.' Reutilisasi *(enggunaan kembali+ (urin , (-rimidin. "alam he.an dan manusia hidrolisis ekstrasellular dari asam nukleat yang di&ernakan merupakan jalur utama terbentuknya basa dan nukleosida. !rosesproses penguraian yang terjadi analog dengan yang terjadi pada pen&ernaan protein. !roses-proses degradasi dimulai pada ikatan internal # dalam hal ini, ikatan phosphodiester. Katalisis terjadi melalui endonuklease, seperti pada

Semi QUE V-2004

23

ribonuklease pankreas atau deoksiribonuklease, yang berfungsi untuk men&erna asam nukleat didalam usus halus. !eme&ahan endonu leolitik menghasilkan oligonukleotida, yang kemudian dibelah se&ara e.onukleolisis (pada ikatan fosfodiester di ujung molekul) dengan enzim nonspesifik yang disebut dengan phosphodiesterase. !roduk yang dihasilkan adalah mononukleotida # nukleotida 45- atau *5- monofosfats, tergantung pada kekhususan dari enzim yang dilibatkan. Nukleotida kemudian bisa dibelah se&ara hidrolisis, oleh suatu kelompok p!osp!omonoesterases yang disebut dengan nukleotidase, untuk menghasilkan ort!ofosfat dan nukleosida yang bersesuaian. 6alaupun pada hasil nukleosida terjadi penguraian se&ara hidrolisis, jalur penguraian basa yang paling umum melibatkan akti,itas dari suatu nukleotida phosphorylase. %eperti gly ogen p!osp!orylase, enzim nukleotida p!osp!orylase membelah suatu ikatan gly osidi dengan menambahkan unsur-unsur fosfat anorganik kedalamnya, untuk menghasilkan basa yang sesuai ditambah dengan ribose-'- fosfat (atau deoksiribose-'-fosfat jika substrate-nya adalah suatu deoksiribonukleotida)7

(eaksi ini dapat balik, artinya suatu nukleotida p!osp!orylase dapat juga mengkatalisasi tahap pertama dalam sintesa sal,age nukleotida dari nukleosida bebas. anakala hal itu terjadi, produk nukleosida dapat di-fosforilasi oleh A8! melalui akti,itas nukleotida kinase. 9nzim seperti ini tidak bersifat uni,ersal, artinya tidak aktif jika substratnya:nukleosidanya berbeda. %ebagai &ontoh, pada sel binatang ditemukan baik guanosine kinase maupun suatu uridine p!osp!orylase, .alaupun enzim ini juga ditemukan dalam organisme lain. $ika basa atau nukleotida tidak digunakan kembali untuk sintesa asam nukleat melalui jalur salvage, basa-basa purin dan pirimidin akan terdegradasi lebih lanjut, se&ara berturut-turut menjadi asam urat untuk purin dan # ureidopropionate untuk pirimidin, seperti yang ditunjukkan dalam -ambar *.1.

Semi QUE V-2004

2'

&. (R((# M! ABOLI ! (USA

$ALAM $! NO/O $AN JALUR

SALVAGE %ebuah alternatif jalur sal,age, juga ditunjukkan pada -ambar *.1, mensintesis nukleotida 45-fosfats se&ara langsung dari basa-basa tak terikat. $alur ini melibatkan suatu kelas enzim yang disebut dengan phosphoribosyltransferases dan sebuah fosfat gula aktif, 4-phospho-0-"- ribosyl-'- pyrofosfat (!(!!). ;at ini bertindak sebagai suatu intermediate dalam biosintesis histidine dan tryptophan. !(!! adalah suatu kun&i intermediate dalam sintesa de novo, baik bagi nukleotida purin maupun pirimidin. !(!! dibentuk melalui akti,itas !(!! synthetase, yang mengaktifkan &arbon no ' dari ribose-4-fosfat dengan memindahkan bagian pyrofosfat dari A8! kedalamnya7

Akti,itas p!osp!oribosyltransferase mengkatalis perpindahan yang dapat balik dari suatu basa bebas terhadap ribose !(!!, yang menghasilkan suatu nukleotida monofosfat dan pyrofosfat. Karena analog, deoksiribose dari !(!! transferase tidak terdapat dalam sebagian besar sel, enzim ini tidak dilibatkan se&ara langsung dalam metabolisme deoksiribonukleotida.

!ada prinsipnya reaksi seperti di atas dapat mengambil bagian dalam penguraian nukleotida. Namun, se&ara in ,i,o, pyrofosfat se&ara &epat dibelah oleh pyrofosfatase untuk mendapatkan fosfat anorganik. <al ini menunjukkan bah.a phosphoribosyltransferase 1aling umum beker2a ke arah biosintesis nukleotida.

Semi QUE V-2004

21

B. Biosintesis Nukleotida (urin se3ara $e no4o


1. S U$I A5AL A AS SIN !SA (URIN $! NO/O

(eaksi biosintesis purin nukleotida de no,o dikenali pada sekitar tahun '/43-an, di dalam laboratorium milik =ohanes )u&hanan dan (obert -reenberg. !enjelasan mengenai jalur ini dimulai dengan pembuktian bah.a burung-burung mengeluarkan sebagian besar kelebihan senya.a nitrogen mereka dalam .ujud asam urat, yaitu suatu purin yang teroksidasi. "engan demikian, peneliti bisa mengidentifikasi prekursor berat-molekul rendah dengan menyuntikkan &ampuran yang berlabel isotop ke merpati, mengkristalkan asam urat dari kotoran merpati, lalu dengan degradasi kimia yang selektif, mereka menentukan posisi mana yang telah terlabel oleh pre ursor-nya. !rosedur ini menghasilkan pola yang ditunjukkan pada -ambar *.*.

%ambar &.& Asal atom6atom 1en-usun basa 1urin. !ada .aktu itu, '3-formyltetra!ydrofolate belum dikenal, tetapi &ampuran seperti formate atau serine terlabel dalam hydroxymethyl karbon yang dalam asam urat diberi label sebagai >-1 dan >-+. )erikutnya, dua zat antibiotik yang berkaitan, a"aserine dan ?-diazo-4o#onorleu ine ("0N), dikenali sebagai penghambat kuat bagi sintesa nukleotida purin. engingat bah.a senya.a ini se&ara struktur analog dengan glutamin, makahal itumenyarankan suatu pembuktian bah.a azaserine dan ?-diazo-4oxonorleu&ine merupakan penghambat tidak dapat balik dari suatu kelas enzim yang disebut glutamine amidotransferase, yang mengkatalisis transfer A8! dari amido nitrogen glutamine kepada suatu akseptor (penerima) tertentu. 8iga reaksi di ba.ah ini terjadi pada sintesa nukleotida purin (dan satu dalam sintesa nukleotida pirimidin) (-ambar )

Semi QUE V-2004

2*

"i dalam eksperimen selanjutnya, suatu bakteri diberi perlakuan dengan obat sulfonamida, misalnya sulfanilamid. 8ernyata bakteri tersebut mengeluarkan sejumlah besar &ampuran merah yang dikenal sebagai produk oksidasi 4aminoimidazole-2-&arboxamide ribonukleotida (A@>A(), yang menyerupai suatu nukleotida purin yang tidak sempurna. <al ini menunjukkan bah.a A@>A( adalah suatu intermediate biosintetik yang penggunaannya, entah bagaimana, dihalangi oleh obat. Karena sulfonamide menghalangi sintesa koenzim folate, maka akumulasi A@>A( yang menunjukkan bah.a suatu &oenzyme folate terlibat dalam reaksi berikutnya. %elain itu, pengamatan ini juga menunjukkan bah.a jalur langsung menuju tingkatan nukleotida, atau dengan kata lain, bah.a &in&in purin tersusun selagi mereka telah terkait dengan bagian ribose-4-fosfat.
'. SIN !SA (URIN $ARI (R(( "! ASAM INOSINA

-ambar *.2 meringkas jalur yang berasal dari !(!!, intermediate pertama, ke arah purin nukleotida pertama yang terbentuk se&ara penuh, inosine 45-monofosfat (@ !), yang juga disebut asam inosinat.senya.a ini adalah 45-ribonukleotida dari purin berbasis hypoxanthine. !erhatikan bah.a ada dua reaksi glutamine amidotransferase dalam proses ini, reaksi ' dan 2. ereka berbeda se&ara mekanis karena pada !(!! amidotransferasi (reaksi ') tidak memerlukan A8! karena substrate telah diaktifkan oleh A8! dalam langkah yang sebelumnya. %uatu pembalikan konfigurasi terjadi dalam reaksi ', saat nitrogen amido mengganti bagian pyrofosfat. =ang disebut terakhir merupakan kelompok sisasisa sempurna, memberi suatu nukleotida sederhana (4-phosphoribosylamine), yang memba.a konfigurasi pada karbon ke-' gula, seperti halnya semua nukleotida umumnya.

Semi QUE V-2004

22

"alam reaksi 1, satu molekul glisina ditransfer, dengan bantuan A8!, ke nitrogen p!osp!oribosylamine. <al ini diikuti oleh suatu reaksi transformylasi, di mana suatu kelompok formyl ditransfer dari '3-formyltetra!ydrofolate kedalam &in&in purin yang sedang terbentuk. %eperti yang telah kita teliti, reaksi 2 dikatalisis oleh suatu A8!-dependent amidotransferase. (eaksi 4 adalah suatu penutupan &in&in yang tergantung pada adanya A8! (A8! dependent), memberikan imidazole pada &in&in purin. (eaksi ? adalah suatu reaksi arbo#ylasi yang dapat balik. !enting untuk disebutkan di sini bah.a reaksi ini tidak memerlukan biotin. (eaksi A dan + menghasilkan perpindahan nitrogen dari aspartate, dengan suatu mekanisme yang serupa dengan pengkon,ersian &itrulline menjadi arginine dalam siklus urea. !ertama, semua molekul aspartate ditransfer ke kelompok &arboxyl yaitu 2&arboxy-4-aminoimidazole ribonu&leotida (reaksi A). %uatu reaksi eliminasi ,yang mengikuti (reaksi +), menghasilkan A@>A(, intermediate yang ditunjukkan untuk menghimpun bakteri yang diberi perlakuan obat sulfonamida, seperti dijelaskan sebelumnya. (eaksi / adalah salah satu reaksi transformilasi lainnya, dengan suatu kelompok &arbon tunggal yang ditransfer dari '3formyltetra!ydrofolate. 8erakhir, suatu reaksi kondensasi internal (reaksi '3) menghasilkan &in&in purin pertama kali dalam senya.a asam inosinat. Sel6sel he7an bertulang belakang dapat melakukan beberapa akti,itas diatas karena adanya en8im multifungsional. Bakta ini menjadi jelas ketika gen dari enzim ini yang telah diklon (diisolasi) lalu ditransfer ke dalam E$ oli, dan gen tunggal yang diklon ( loned) ditemukan untuk melengkapi (yaitu, untuk menggantikan fungsi dari) dua atau tiga gen bakteri berbeda. %ebagai &ontoh, &"NA klon tunggal mampu menopang pertumbuhan bakteri yang kehilangan * ma&am enzim (91, 9*, atau 94) yang diperlukan pada biosintesis purin. Analisa berikutnya menunjukkan bah.a "NA yang diklon dari he.an bertulang belakang itu menyandikan polypeptide tunggal (protein satu sub unit) yang mengkatalisasi ketiga reaksi di atas. !engamatan serupa menegaskan bah.a reaksi ? dan A dikatalisasi oleh enzim tunggal bifungsional. Kedua enzim transformylase, yang mengkatalisasi reaksi * dan /, tidak berperan sebagai enzim rantai tunggal bifungsional, tetapi sebagai kompleks multiprotein,

Semi QUE V-2004

24

dalam kaitannya dengan serine trans!ydro#ymet!ylase dan suatu enzim trifungsional, formylmethenyl # methylene # tetrahydrofolate synthetase (-ambar *.

%ambar &.9 Biosintesis de no4o nukleotida 1urin: dari (R(( hingga asam inosinat.

Semi QUE V-2004

2?

!rotein yang disebut belakangan menyelesaikan tiga akti,itas sintesa &oenzyme folate. Apakah aktifitas-aktifitas tersebut dilakukan dalam suatu enzim multifungsional atau suatu multienzyme kompleks, masih belum jelas, tetapi keuntungan yang didapat dari penyejajaran lokasi katalitis, telah sangat jelas, yaitu melindungi &oenzymes tetrahydrofolate yang labil, dan se&ara bersamasama mengatur akti,itas enzim se%uential &yang berurutan', dan C !annelingC intermediate-intermediate katalitis berikutnya). Kendali atas biosintesis asam inosinat diberikan melalui pengaturan umpan balik (feedba&k inhibition) pada tahap-tahap a.al dalam sintesa nu&leotida purin. !(!! %ynthetase dihambat oleh berbagai nukleotida purin -- terutama sekali A !, A"! dan -"! # dan !(!! amidotransferase (reaksi ' -ambar *.2) dihambat se&ara allosteris oleh A !, A"!, - !, dan -"!. "i E$ oli, ekspresi gen yang menyandikan enzim ini dikendalikan oleh suatu repressor protein, suatu produl gen pur(.. !rotein ini mengikat baik hypoxanthine maupun guanine, kemudian protein kompleks ini mengikatkannya ke suatu ujung "NA yang menyandikan beberapa gen enzim-enzim yang diperlukan untuk sintesa purin (dan pirimidin), dengan demikian transkripsi mereka dihambat. yang konsentrasinya rendah (yaitu dengan memudahkan perpindahan langsung dari satu lokasi katalitis menuju lokasi

* /

%ambar &.; Reaksi transformilase dalam sintesa nukleotida 1urin.

Semi QUE V-2004

2A

&. SIN !SA A ( $AN % ( $ARI ASAM INOSINA

Asam inosinat me.akili suatu titik &abang dalam sintesa nukleotida purin. -ambar *.? melukiskan kon,ersi senya.a ini baik ke adenosine 45-monofosfat dan maupun ke guanosine 45-monofosfat. Jalur ke guanine nukleotidaD dimulai dengan suatu NA"E - dependent hydroxylasi (hidroksilasi yang memerlukan NA"E) dari &in&in purin, menghasilkan suatu nukleotida xanthosine monofosfat (F !)D F ! berisi basa xanthine. Kemudian reaksi glutamine-dependent amidotransferase mengikutinya, menghasilkan - !. $alur menuju A ! melibatkan transfer nitrogen dari aspartate ke @ !, oleh suatu mekanisme yang serupa dengan reaksi A dan + dalam sintesa de no,o &in&in purin. !ertama terbentuknya sebuah intermediate su inylonukleotida, dan kemudian suatu reaksi eliminasi ,- menghasilkan A ! ditambah dengan fumarate. %esungguhnya, enzim yang sama mengkatalisasi kedua reaksi eliminasi. !erhatikan pada -ambar *.? bah.a energi yang menyebabkan reaksi perpindahan aspartat tidak datang dari A8! tetapi dari -8!. <al ini mungkin menunjukkan suatu &ara untuk mengendalikan proporsi @ ! yang menuju ke sintesis nukleotida adenina dan guanina. Akumulasi -8! akan &enderung untuk membuat suatu jalur ke arah nukleotida adenina. $uga, karena kon,ersi F ! ke - ! adalah bersifat A8!dependent, akumulasi A8! bisa menimbulkan terjadinya sintesa guanina nukleotida. Nukleotida aktif dalam metabolisme terutama ber.ujud nukleotida trifosfat. - ! dan A ! dikon,ersi ke bentuk trifosfatnya yang sesuai melalui dua reaksi phosphorylasi yang terjadi berurutan. Kon,ersi terhadap difosfat melibatkan suatu kinase kkhusus yang bersifat A8!-dependent. -uanylate kinase Adenylate kinase

- ! E A8! A ! E A8! Bosforilasi

-"! E A"! 1A"!

A"! ke A8! terjadi melalui metabolisme energi # oxidati,e

fosforilasi atau substrate - le,el substrate fosforilasi atau (dalam tumbuhan) fotofosforilasi. A8! dapat juga dibentuk dari A"! melalui akti,itas adenylate kinase, tetapi dengan arah yang berla.anan dari arah yang ditunjukkan di atas.
Semi QUE V-2004 2+

!ada sebagian besar organisme, biosintesis deoksiribonu&leotida digunakan untuk sintesa "NA dan dimulai pada tingkatan ribonukleotida difosfat, dengan reduksi bagian ribose menjadi 15 deoksiribose. !roses ini akan dibi&arakan se&ara rin&i kemudian. "alam metabolisme purin, fosforilasi oleh kinase nukleotida difosfat menghasilkan deoksiribonukleotida trifosfatD dA8! dan d-8!. ari kita dengan singkat meringkas poin-poin regulasi umpan balik (feedba k) dalam biosintesis purin de no,o. Kita telah menguraikan kendali sintesa @ !, terutama melalui regulasi umpan balik dari !(!! amidotransferase. "i luar titik tersebut, - ! mengendalikan sendiri biosintesis dengan menghambat kon,ersi @ ! menjadi F !, dan A ! mengendalikan pembentukannya sendiri dengan menghambat sintesa adenylosuksinat. Kendali tambahan digunakan pada tingkatan biosintesis deoksiribonukleotida, seperti yang akan kita diskusikan kemudian.

%ambar &.< Jalur6Jalur dari asam inosinat menu2u %M( dan AM(.

Semi QUE V-2004

2/

1. (!MAN=AA AN NU"L!O I$A A$!NIN! $I *$ALAM+ >O!N?)M!

BIOS)N @!SIS %uatu peran penting purin nukleotida berkenaan dengan metabolisme terjadi dalam sintesa &oenzymes, terutama yang mengandung bagian adenylate. <al ini meliputi nukleotida fla,in, ni&otinamide nukleotida, dan &oenzyme A. !. $egradasi (urin dan "eka3auan "linis dari Metabolisme (urin
1. (!MB!N U"AN ASAM URA

Katabolisme nukleotida purin menghasilkan asam urat, dengan jalur yang ditunjukkan dalam -ambar *.A. $alur-jalur spesifik berbeda-beda tergantung pada jenis organisme dan jenis jaringan dalam organisme tersebut. %ebagai &ontoh, A ! mengalami deaminasi untuk menghasilkan asam inosinat (@ !) atau mengalami hydrolisis untuk menghasilkan adenosine. "eaminasi terutama sekali aktif terjadi didalam otot, sedangkan hidrolisis mendominasi didalam hampir semua jaringan-jaringan binatang. "i dalam jalur-jalur degradasi, adenosine mengalami deaminasi oleh adenosine deaminase (A"A) untuk menghasilkan inosine. )aik inosine dan guanosine dapat terbentuk melalui hidrolisis dari nukleotida monofosfat, yang dilakukan oleh enzim purin nukleotida phosphorylase (!N!) untuk menghasilkan hypoxanthina dan guanina, se&ara berturut-turut. -uinina mengalami deaminasi menjadi xanthine oleh guanine deaminase, suatu enzim sangat banyak jumlahnya dalam hati dan otak mammalia. <ypoxanthine mengalami oksidasi dan kemudian menjadi xanthine, dan xanthine menjadi asam urat, oleh oxidase xanthine. 9nzim ini, yang mengoxidasi beberapa &ampuran nitrogen heterosiklis lain, terdiri dari BA" terikat pada molibdenum, dan besi nonheme. 9lektron yang diperoleh dari oksidasi substrate-substrate diteruskan ke masing-masing pemba.a, yang akhirnya mengurangi oksigen menjadi <131, yang dilakukan oleh katalase.

Semi QUE V-2004

43

%ambar &.A "atabolisme nukleotida 1urin dalam menghasilkan asam urat. Katabolisme purin dalam primata berakhir pada asam urat, yang dikeluarkan le.at pen&ernaan. Namun, sebagian besar binatang mengoksidasi &in&in purin lebih lanjut, menjadi allantoin dan kemudian menjadi asam allantoat, yang juga dikeluarkan (pada beberapa ikan) atau dikatabolisme lebih lanjut menjadi urea (pada sebagian besar ikan, beberapa kerang-kerangan, dan binatang ampibi) atau menjadi amonia (dalam beberapa he.an laut tak bertulang belakang). -ambar *.+ menunjukkan jalur dari asam urat sampai menjadi >31.
'. A"UMULASI ASAM URA

B!RL!BI@AN# %OU BR!MA I"C

Asam urat dan garam urat &ukup sulit dilarutkan. %ifat ini menguntungkan bagi binatang yang bertelur (egg-laying), karena menyediakan suatu jalur disposisi kelebihan nitrogen dalam suatu lingkungan tertutup7 se&ara sederhana, materi sisa ini akan mengendap di tempat asalnya. Namun, ketidak-larutan urat ini dapat memun&ulkan berbagai kesulitan didalam metabolisme mammalia. !ada manusia, sekitar * di antara '333 indi,idu menderita penyakit !yperuri emia # ketinggian kronis asam urat darah di luar batas normal. 6alaupun pertimbangan biokimia untuk terjadinya hyperuri&emia sangat beragam, kondisi ini disebut dengan nama klinis tunggal yaitu rematik. Akut dan berkepanjangannya kadar asam urat dalam darah menyebabkan pengendapannya, sebagai kristal sodium urate (Na-Grat) di dalam &airan persendian syno,ial. !engendapan ini menyebabkan radang, penyebab radang sendi (art!ritis) yang menyakitkan, yang jika tidak segera diobati, akan menyebabkan kerusakan persendian yang parah. akanan dan minuman yang

Semi QUE V-2004

4'

mengandung banyak purin &enderung merangsang serangan rematik akut terhadap indi,idu yang peka. Karena makanan seperti itu, termasuk materi Ckaya giziC seperti hati, daging, kelenjar perut anak sapi, sejenis ikan hering ke&il, dan anggur.

%ambar &.E >a&at enzimatik dalam tiga ma&am rematik . fberlebihan (ematik se&ara historis dihubungkan dengan suatu gaya hidup yang serba berlebihan (ematik disebabkan oleh produksi purin nukleotida yang berlebihan, atau dari sintesa asam urat yang juga berlebihan, atau dari &a&at ekskresi asam urat melalui ginjal. )eberapa &a&at enzimatik tertentu dapat menyebabkan terjadinya sintesa purin yang berlebihan, seperti yang ditunjukkan dalam -ambar *./. %alah satu bentuk rematik ditandai oleh tingginya akti,itas !(!! synthetase (defe&t '), yang dapat diakibatkan oleh ketidakpekaan terhadap hambatan umpan %ambar &.D $alur degradasi asam urat sampai menjadi >31. balik oleh purin nukleotida. Karena akti,itas !(!! amidotransferase mungkin sebagian dikendalikan oleh konsentrasi substrate, suatu peningkatan # posisi stabil &adangan !(!! meningkatkan fluks melalui reaksi amidotransferase, yang merupakan suatu titik kendali utama didalam biosintesis purin de no,o (lihat -ambar *.2).

Semi QUE V-2004

41

(ematik dapat juga diakibatkan oleh mutasi didalam !(!! amidotransferase yang membuatnya kurang sensitif terhadap hambatan umpan balik oleh purin nukleotida (defe&t 1 dalam -ambar *./). <ilangnya kendali ini juga meningkatkan fluks melalui langkah utama yang telah diatur sebelumnya. )entuk rematik lainnya diakibatkan oleh kekurangan enzim salvage hypoxanthineguanine phosphonribosyltransferaste (<-!(8) (defe&t *). <al ini merupakan salah satu jenis phosphoribosyltransferases dalam metabolisme purin binatangD sedangkan yang lain bersifat spesifik untuk adenine. Kita masih belum mengetahui se&ara persis mengapa suatu kekurangan <-!(8 dapat meningkatkan tingkat sintesa purin nukleotida. !enjelasan yang masuk akal adalah bah.a aktifitas <-!(8, pada saat aktif, akan mengkonsumsi !(!!. !enurunan fluks melalui reaksi ini, pada saat enzim tak men&ukupi, bisa menaikkan tingkat posisi stabil !(!!, dengan demikian menyebabkan peningkatan akti,itas intra&ellular !(!! amidotransferase melalui akti,itas massa (mass a tion) karena bertambahnya substrat. %eperti yang disebutkan lebih a.al, rematik juga diakibatkan oleh ekskresi asam urat yang rusak. !asien yang memiliki beberapa bentuk penyakit simpanan gly&ogen memiliki ke&enderungan rematik. =ang jelas, hypoglykemia (kadar gula darah yang rendah) yang berlarut-larut menyebabkan akumulasi asam organik (laktat dan sema&amnya), dan akumulasi ini mempengaruhi sekresi tubular asam urat dalam ginjal. "i samping itu (ematik bisa jugamerupakan suatu konsek.ensi dari kemoterapi terhadap kanker, sebagai hasil dari jumlah !urin yang banyak sekali hasil degradasi asam nukleat dari sel-sel tumor yang mati karena kemoterapi. )anyak kasus rematik yang dengan sukses diobati menggunakan antimetabolite allo1urinol, sebuah analog struktural *strukturn-a miri1+ h-1o.anthine sehingga mampu menghalangi oxidasi xanthine. <ambatan ini menyebabkan akumulasi hypoxanthine dan xanthine, yang kedua-duanya menjadi lebih mudah larut, dan karenanya, akan lebih siap di ekskresi dibanding dengan asam urat.

Semi QUE V-2004

4*

&. "ONS!"U!NSI $RAMA IS $ARI SUA U $!=ISI!NSI (ARA@

@%(R # a. Sindrom Les3h6N-han Analisa seksama terhadap pasien yang menderita rematik sederhana sebagai akibat defisiensi <-!(8 menunjukkan tingkat residual yang rendah namun penting terhadap enzim yang dipengaruhinya. $elaslah bah.a mutasi melibatkan perubahan akti,itas katalitis dari enzim tetapi tidak menghapus sepenuhnya. Konsekuensi yang lebih serius diakibatkan oleh Cnull mutations,C yang menyebabkan enzim tidak ada sama-sekali dalam sel itu. Kondisi ini untuk pertama kalinya dijelaskan pada tahun '/?2 oleh mahasis.a kedokteran )i !ael *es ! dan penasihat fakultasnya, +illiam ,y!an. %indrom Hes&h-Nyhan adalah suatu &iri se#-linked &berhubungan dengan jenis kelamin ', karena gen struktural untuk <-!(8 terletak pada &hromosome F. !asien dengan kondisi seperti ini menunjukkan suatu ke&enderungan radang sendi -ang 1arah, tetapi mereka juga mempunyai suatu malfungsi dalam sistem s-araf, ditunjukkan dalam kerusakan tingkah laku, kesulitan belajar, dan perilaku agresif atau bermusuhan, sering kali bersifat self-dire&ted (terhadap dirinya sendiri). "i dalam kasus yang paling ekstrim, para pasien menggigit ujung jarinya atau, jika di&egah, mereka akan menggigiti bibir mereka, yang dapat menyebabkan mutilasi6diri -ang 1arah. !andangan biokimia tentang pola tingkah laku yang aneh ini masih belum diketahui, tetapi kasus ini, sungguhpun jarang, telah menjadi sebuah daya tarik karena semua penyimpangan disebabkan terutama karena kekurangan suatu enzim tunggal yang mempengaruhi konsentrasi <-!(8. %ampai sekarang ini, belum ada pera.atan yang berhasil, dan indi,idu penderita radang sendi parah, jarang sekali dapat hidup sampai melebihi usia 13 tahun. Namun, kondisi ini dapat didiagnosa pada saat belum terjadinya kelahiran (prenatal) melalui amnio entesis, karena sel dari janin Hes&h-Nyhan tidaklah mampu menginkorporasi radiolabeled hypoxanthine ke dalam asam nukleat. b. "onsek7ensi ak erduga $ari "erusakan >atabolisme (urin# Immunodefi3ien3- B(enurunan "ekebalanC %uatu gambaran metabolisme purin manusia yang mengejutkan tampak pada tahun '/A1, melalui studi atas suatu kondisi turun temurun yang disebut dengan

Semi QUE V-2004

42

sindrom immunodefi ien y akut gabungan. !asien dengan kondisi seperti ini akan menjadi peka, dan se&ara fatal akan mudah terserang penyakit yang mudah menular. <al ini disebabkan oleh karena suatu ketidak-mampuan total untuk mengadakan suatu respon kekebalan terhadap rangsangan antigen. "alam kondisi seperti ini, baik limfosit ) dan 8 (sel-sel darah putih) telah terpengaruh: &a&at dalam mensintesis antibodi. "alam banyak kasus seperti ini, immunodefi ien y disebabkan karena tidak adanya enzim degradati,e7 adenosine deaminase *A$A+ yang terjadi se&ara turun temurun.

enghambat replikasi sel darah putih

Apa yang mendasari hubungan yang tak terduga iniI !ertama, adenosine deaminase selalu aktif mendegradasi deoksiadenosine hasil degradasi "NA. Kedua, sel darah putih mempunyai enzim sal,age yang melimpah, men&akup nukleotidaD jadi, adenosine dan deoksiadenosine yang berkumpul siap dikon,ersi kedalam sel darah putih menjadi masing-masing nukleotida-nya. Nukleotida-nukleotida ini meliputi d-./, -ang dikenal sebagai suatu 1enghambat kuat re1likasi $NA , karena dA8! menghalangi sintesa deoksiribonukleotida dari ribonukleotida. %el darah putih harus berkembang biak untuk terjadinya respon kekebalan. !ada gilirannya, perkembangbiakan memerlukan banyak sekali sintesa "NA dan juga pre&ursor-nya. ekanisme tambahan juga dilibatkan, karena dA8! telah berfungsi untuk membunuh sel darah putih bahkan ketika mereka tidak sedang berkembang biak. %alah satu mekanisme seperti ini mun&ul pada tahun '//A, pada saat dA8! disebutkan menjadi suatu agen pemberi isyarat yang membantu memi&u terjadinya metabolisme yang mengakibatkan apoptosis. Kekurangan adenosine deaminase (A"A) adalah kasus pertama yang pernah diobati dengan thera1- gen. !ada tahun '//4, dua anak perempuan dengan

Semi QUE V-2004

44

kondisi seperti diatas telah diobati dengan ,iral ,ektor kedalam mana gen untuk deaminase adenosine telah disambung dengan teknologi re ombinant D,-, dengan harapan bah.a engineered virus &virus !asil rekayasa gen' akan memasukkan dirinya sendiri dalam sel-sel inang (sel-sel pasien) untuk kemudian gen yang diba.anya akan menghasilkan &ukup enzim sehingga mampu mendegradasi &ampuran deoksiadenosine yang terkumpulkan. 8iga tahun setelah pera.atan yang bersifat per&obaan, kedua pasien dilaporkan menjadi sehat. %uatu immunodefi&ien&y yang tidak begitu akut dapat diakibatkan oleh kekurangan enzim purin degradati,e lainnya, seperti purin nukleotida phosphorylase (!N!). !enurunan akti,itas enzim ini menyebabkan suatu akumulasi terutama pada d-8!. Akumulasi ini juga mempengaruhi replikasi "NA, tetapi jauh lebih ringan jika dibandingkan dengan kelebihan dA8!. =ang menarik adalah bah.a defesiensi phosphorylase ini menghan&urkan hanya lympho&ytes (sel darah putih) jenis 8, tetapi lympho&yt ) tidak. =. M! ABOLISM! NU"L!O I$A (IRIMI$IN
1. BIOSIN !SIS >IN>IN (IRIMI$IN $! NO/O

%ekarang kita akan mengalihkan perhatian kita ke biosintesis nukleotida pirimidin, yang sangat lebih sederhana dibanding pembentukan purin nukleotida yang jauh lebih rumit. %eperti biosintesis purin, jalur ini serupa didalam hampir semua organisme yang telah dipelajari. %eperti yang diringkas dalam -ambar *.'3, namun, ada dua perbedaan utama dari 0alur purin. !ertama, &in&in pirimidin diran&ang sebagai basa bebas, dengan kon,ersi kepada nukleotida yang terjadi kemudian dalam jalur, pada saat basa asam oroti& dikon,ersi menjadi orotidine monofosfat, atau 0 !. Ke dua, jalur pirimidin tidak ber&abang. Gridine trifosfat, salah satu dari ribonudeoside trifosfats yang paling umum dan karenanya merupakan hasil akhir suatu jalur, adalah juga merupakan substrate untuk pembentukan &ytidine trifosfat yang merupakan hasil akhir yang lain.
'. "!N$ALI BIOSIN !SIS (IRIMI$IN $ALAM BA" !RI

%intesa pirimidin dimulai dengan pembentukan &arbarmoyl fosfat, suatu reaksi yang ditunjukkan dalam reaksi ' dalam -ambar *.'3. Namun, reaksi pertama

Semi QUE V-2004

4?

yang terjadi semata-mata untuk sintesa pirimidin adalah pembentukan &arbamoyl aspartate dari &arbamoyl fosfat dan aspartate, yang dikatalisasi oleh aspartate trans&arbamoylase, atau A8>ase (reaksi 1). "alam bakteri enterik, enzim ini menunjukkan suatu &ontoh kontrol feedba&k yang bagus sekali. !erlu diingat bah.a enzim dihambat oleh hasil akhir >8! dan diaktifkan oleh A8!, yang belakangan disebutkan mungkin menunjukkan suatu mekanisme untuk memelihara agar purin dan pirimidin biosynthesis seimbang. )akteri juga mengatur metabolisme pirimidin melalui kendali sintesa A8>ase dan enzim lainnya. 8ingkat suatu transkripsi dari suatu operon en oding &pengendali gen' dari kedua- subunit A8>ase sangatlah beragam yaitu sekitar 120-kali, tergantung pada konsentrasi intra&ellular dari G8!. %emakin tinggi konsentrasi G8!, semakin rendah tingkat transkripsi gen-gen ini.
&. !N?IM MUL I=UN%SIONAL $ALAM SIN !SA (IRIMI$IN

!U"ARIO Aspartate trans&arbamoylase (A8>ase) dalam eukariot sangatlah berbeda dari enzim sejenis di 9. &oli. <al ini diketahui melalui analisa penghalangan A8>ase oleh N-!hosphonoa&etyl-H-Aspartate (!AHA).

%enya.a ini, disintesiskan sebagai suatu analog untuk transisi putatif kompleks antara kedua substrate, menghalangi sintesa pirimidin di dalam sel mammalia. Namun, sel juga sekaligus mengembangkan perla.anan terhadapnya, sebab tingkatan A8>ase dalam sel ini naik diluar kapasitas !AHA untuk menghalangi semua akti,itas yang ada. 8api anehnya, sel resistan ini berisi turunan tingkat &arbamoyl fosfat synthetase (lihat reaksi ' dalam -ambar *. '3) dan dihydroorotase (reaksi *).

Semi QUE V-2004

4A

'

&

< E

%ambar &.1F %intesa "e No,o pada nukleotida pirimidin. !enjelasan terhadap pengamatan ini mun&ul bersamaan dengan penemuan dari suatu protein yang berisi tiga rantai polypeptide yang identik, masing-masing dengan
r

sekitar 1*3,333, yang mengkatalisasi ketiga reaksi tersebut. -eorge

%tark telah memberi istilah untuk enzim trifun&tional dengan singkatan >A" (dari huruf permulaan masing-masing enzim). @a menunjukkan bah.a protein berkumpul dalam sel !AHA-resistant sebab gen yang menyandikan protein itu menjadi meningkat sebagai konsek.ensi dari tekanan yang selektif yang diberikan oleh !AHAD sel resistan juga mempunyai lebih banyak kopi gen

Semi QUE V-2004

4+

dibandingkan komplemen normal dua kopi dari setiap diploid sel. Benomena pembesaran gen ini sekarang telah sering diamati dalam sel eukaryot yang dipapar dengan suatu tekanan:stress tertentu. "i dalam sel mammalia, reaksi 4 dan ? dalam -ambar *.'3 juga dikatalisis oleh protein tunggal, yang disebut dengan U)/ synt!ase$ Kita belum mengetahui banyak tentang bagaimana hal ini mempengaruhi regulasi biosintesis pirimidin, namun penyejajaran sisi aktif dapat menyebabkan J !annelingK, seperti yang disebutkan untuk protein multifungsional dalam sintesa purin. Kita masih harus mempelajari lebih banyak tentang bagaimana, atau apakah, intermediate biosintetik pirimidin di- !annel-kan, sebab dihydroorotate dehydrogenase (lihat reaksi 2 dalam -ambar *. '3) ditempatkan dalam membran mito&hondrial luar, sedangkan enzim-enzim bifungsional dan trifun&tional ada di dalam sitoplasma. "engan mengetahui bah.a intermediate harus bergerak kedalam dan kemudian ke luar dari mito&hondria, keuntungan kinetik yang didapatkan dengan &hanneling dari langkah-langkah pertama dan terakhir sepertinya menjadi ditiadakan. Hogika dari metabolisme 3hanneling tidak sem1urna ini belum dapat dipahami. Hokasi lain untuk mengendalikan sintesa nukleotida pirimidin adalah amidotransferase, >8! synthetase, di mana enzim ini mengkon,ersi G8! menjadi >8! (reaksi /). 9nzim ini terhambat se&ara allosteris oleh produknya sendiri yaitu >8! dan diaktifkan oleh -8!.
9. SIN !SA SAL/A%! B(!N)!LAMA ANC $AN "A ABOLISM!

(IRIMI$IN Nukleotida pirimidin juga disintesakan oleh jalur sal,age yang melibatkan phosphorylase dan kinase, yang dapat dibandingkan dengan apa yang telah dibahas untuk !urin. $alur-jalur katabolis untuk !irimidin yang diringkas dalam -ambar *.'', lebih sederhana dibanding jalur-jalur untuk !urin. Karena intermediate-nya se&ara relatif dapat larut, maka diketahui hanya ada sedikit gangguan penguraian pirimidin. %alah satu produk degradasinya adalah alanine, yang digunakan dalam biosintesis &oenzyme A.

Semi QUE V-2004

4/

%ambar &.11 $alur katabolis untuk metabolisme nukleotida !irimidin %. BIOSIN !SIS $AN M! ABOLISM! $!O"SIRIBONU"L!O I$A %ebagian besar sel mengandung 4 sampai '3 kali (NA lebih banyak dibanding "NA. %elain itu, seperti yang telah kita saksikan, ribonukleotida mempunyai berbagai peran dalam metabolisme, sementara deoksinbonukleotida berperan hanya sebagai konstituen pembentukan "NA. 0leh karena itu, sebagian besar karbon yang mengalir sepanjang jalur nukleotida sintetik memasuki ribonukleotida trifosfat (rN8!). Namun, fraksi-fraksi yang relatif berukuran ke&il yang dialihkan kedalam sintesa deoksiribonukleotida trifosfats (dN8!s) menjadi sangat penting dalam hidup sel..
Semi QUE V-2004 ?3

%elanjutnya, terdapat hubungan regulatori antara sintesa "NA dan metabolisme dN8! # kurang lebih seperti ini juga hubungan antara biosynthesis ma&romole&ular lain dan jalur yang menyediakan pre&ursornya. Keseluruhan jalur biosintesis dN8! ditunjukkan dalam -ambar *.'1.

Semi QUE V-2004

?'

%ambar &.1' Biosinthesis deoksiribonukleotida trifosfat *dN (+. !erlu diingat bah.a "NA berbeda se&ara kimia.i dari (NA dalam .ujud gulanya dan dalam identitas basa pirimidin-nya. Kita dapat memusatkan pembahasan kita tentang biosintesis deoksiribonukleotida pada dua proses spesifik # yaitu kon,ersi ribose menjadi deoksiribose, dan kon,ersi ura&il menjadi thymine. Kedua proses ini terjadi pada tingkat nukleotida. %elain itu kedua proses se&ara mekanis sangatlah menarik untuk dijadikan lokasi target pada kemoterapi kanker ataupun penyakit menular dan juga menarik dari sudut pandang regulasinya. %elanjutnya kedua proses akan diuraikan se&ara lebih detil.
1. R!$U"SI

RIBONU"L!O I$A

M!NJA$I

$!O"SIRIBO

NU"L!O I$A %e&ara mekanis, reduksi ribose menjadi deoksiribose melibatkan penggantian hidroksil pada >-1 oleh, suatu ion hidrida, dengan penyimpanan konfigurasinya. !eter (ei&hard menunjukkan bah.a reaksi sulit ini terjadi di tingkatan nukleotida, dan reaksi ini pulalah yang mendorong ke arah penemuan enzim penting ribonukleotida reduktase olehnya.

Semi QUE V-2004

?1

"alam semua organisme yang telah dipelajari sampai sekarang, enzim tunggal mengurangi ke-empat substrates ribonukleotida menjadi 15-deoksiribonukleotida yang bersesuaian. %uatu mekanisme radikal bebas terlibat dalam reaksi ini. 6alaupun e,olusi(I) telah men&iptakan tiga mekanisme berbeda untuk menghasilkan suatu mekanisme radikal bebas fungsional, ketiga kelas ribonukleotida redu&tase dengan jelas menggunakan ilmu kimia dasar yang sama untuk mengurangi substrates. )entuk enzim yang didistribusikan se&ara luas disebut kelas I ribonukleotida redu3tase, bertindak sesuai dengan substrates ribonukleotida difosfat, menyebabkan dia disebut dengan rN$( redu3tase. 9nzim ini menghasilkan radikal-nya pada suatu tyrosine residu spesifik, dengan bantuan dari suatu jembatan oksigen diferri& (dua atom besi). !n8im kelas II, ditemukan dalam &yanoba&teria, beberapa bakteri, dan Euglena, bertindak sesuai dengan substrat ribonukleotida trifosfat dan menggunakan adenosyl&obalamin, &oenzyme a )'1, untuk menghasilkan radikal bebas. !n8im 2enis III, ditemukan hanya dalam mikroba anaerobes fakultatif dan obligatif, juga bertindak sesuai dengan substratnya yaitu ribonukleotida trifosfat. 9nzim-enzim ini menggunakan S-Adenosylmethionine dan sebuah pusat atom besi-belerang untuk menghasilkan radikal penting se&ara katalitis pada suatu residu gly&ine. (embi3aran kita akan berfokus 1ada kelas 1, format yang paling tersebar luas, yang akti,itasnya ditunjukkan pada -ambar *.'*.
'. S RU" UR RN$( R!$U> AS!

%eperti yang ditemukan dalam 9. &oli dan sel-sel mammalia, kelas @ rN"! redu&tase adalah suatu tetramer 3141. 9nzim 9. &oli terdiri dari dua protein - (', dengan dua rantai L polypeptide serupa dengan masing-masing
r

+A,333, dan (1, terdiri dari

dua 2*,333 dalton rantai 4. %truktur dari enzim ini digambarkan dalam -ambar *.'*. Hokasi katalitis berada dalam protein yang besar (('). "i dalam lokasi ini terdapat tiga residu &ysteine, yang dihemat diantara redu&tases rN"! berbeda. "ua dari &ysteine thiols adalah redox-a&ti,e, disebnut demikian sebab mereka mengalami reduksi dan oksidasi siklis sepanjang terjadinya reaksi. >ysteine ketiga dengan jelas berfungsi sebagai bagian dari suatu mekanisme radikal bebas, seperti yang diuraikan dalam bagian berikut ini.

Semi QUE V-2004

?*

(1 dimer berisi suatu tyrosine radikal bebas khusus yang terlibat dalam reaksi dan suatu atom oksigen yang menghubungkan dua ion ferri. >enter dinu&lear besi ini menstabilkan radikal bebas. !rotein (@ berisi dua kelas lokasi regulator, yang akan segera kita diskusikan. Akhirnya, protein (' berisi suatu tambahan pasangan kelompok redox-a&ti,e thiol, yang saling berhubungan dengan suatu &ofa&tor redu&tif eksternal. 9nzim sejenis dari mammalia memiliki keserupaan dalam hal strukturnya.

%ambar &.1& %truktur 9. &oli ribonukleotida difosfat redu&tase &. M!"ANISM! R!$U"SI RIBONU"L!O I$A 6alaupun kita belum mengetahui mekanisme reaksi rN"! redu&tase se&ara lengkap, kita dapat merumuskan suatu mekanisme yang masuk akal berdasarkan pada pengamatan berikut ini. (') studi (adiolabeling menunjukkan perpe&ahan ikatan ribose >-*5 # < terjadi pada saat reaksi terjadi. (1) (eaksi ini terus terjadi dengan tetap menyimpan konfigurasi pada >-15, yang mengesampingkan pergantian kelompok hidroksit oleh suatu ion hydride dalam suatu reaksi % N1. (*) Kelompok thiol mengalami oksidasi selama reaksi. (2) (adikal bebas tyrosine berperan dalam reaksi tersebut. <al ini pertama kali ditunjukkan oleh fakta bah.a

Semi QUE V-2004

?2

hydroxyurea, suatu penghambat redu&tase rN"!, menghan&urkan radikal bebas. %uatu demonstrasi yang bagus ditunjukkan pada -ambar *.'2.

%ambar &.19 )ukti bah.a tyrosine '11 dalam protein 9 oli (1 mengandung radikal bebas (adikal bebas menunjukkan suatu karakteristik spektrum resonansi paramagnetik elektron ((esonansi /aramagnetik Elektron). 8yrosine '*, residu yang dianggap menghasilkan radikal dalam enzim 9. &oli, diubah menjadi phenylalanine oleh site-dire ted mutagenesis gen yang di-klone untuk (1. !rotein yang telah dirubah ternyata tidak aktif dan tidak menunjukkan spe&trum (esonansi /aramagnetik Elektron - karenanya, tidak ada bukti keberadaan dari suatu radikal bebas.

Semi QUE V-2004

?4

%ambar &.1; (eduksi ribonukleotida difosfat oleh reduktasi rN"! )agaimanapun juga, karena radikal terletak jauh dari lokasi katalitis, seperti yang ditunjukkan oleh kristalografi (lihat -ambar *.'*), seseorang harus merumuskan beberapa ma&am proses panjang dengan mana elektron yang tidak dipasangkan dalam radikal tyrosine menarik suatu elektron dari suatu lokasi residu aktif. )ukti-bukti menunjukkan bah.a (') residu ini adalah &ysteine 2*/ dalam enzim 9.>oli dan (1) suatu satuan residu asam amino spesifik pada (' dan (1 berperan dalam proses pengangkutan elektron yang panjang. %uatu mekanisme masuk akal bagi rN"! redu&tase, berdasar pada pengamatan diatas, ditunjukkan pada -ambar *.'4. !ertama, &ysteine 2*/ yang berada di lokasi yang aktif dikon,ersi menjadi radikal thiyl bebas, dengan hilangnya suatu elektron, dalam suatu rangkaian pengangkutan elektron yang mengakibatkan reduksi tyrosine '11 (langkah '). )erikutnya, radikal thiol berperan dalam perolehan atom hidrogen dari >-*5 dari substrate (langkah 1). <al ini diikuti oleh hilangnya suatu ion hidroksida dari >-15, menghasilkan suatu ion &arbonium radikal yang resonan e-stabili"ed (langkah 1 dan *). 9nzim memindahkan suatu pasangan elektron dari &ysteine thiols yang redo#-a tive dan sebuah atom hidrogen dari &ysteine 2*/ (langkah 2), agar nukleotida menghasilkan produknya. (esultan residu &ystine kini dikurangi oleh pertukaran disulfide dengan pasangan redox-a&ti,e thiols lainnya dalam subunit ('D hal ini tidak ditunjukkan dalam gambar. "isulfide yang dihasilkan dikurangi oleh suatu kofaktor eksternal (dinyatakan dengan -rx - lihat bagian yang berikutnya), mengembalikan bentuk aktif enzim tersebut. ekanisme yang ditunjukkan dalam -ambar *.'4 belumlah sempurna, karena masih terdapat beberapa pertanyaan penting yang belum terja.ab. !ertama, kita tidak mengetahui peran dari &enter besi dalam pembentukan radikal bebas. %alah

Semi QUE V-2004

??

satu mekanisme yang mungkin, mengingatkan kepada pengaktifan >yto&hrome !243, ditunjukkan di bagian margin. $uga, seperti yang dibahas dalam bagian berikutnya, tidaklah jelas bagaimana kekuatan reduksi eksternal ditransfer melalui satu pasang thiols di lokasi redox pada (', kepada pasangan lain dalam lokasi katalitik.
9. SUMB!R !L!" RON UN U" R!$U"SI rN$(

9lektron untuk reduksi ribonukleotida berasal terutama dari NA"!<, tetapi mereka dikirimkan ke rN"! redu&tase oleh suatu &oenzyme khusus karena mereka sendiri merupakan suatu protein (-ambar *.'?). Anggota pertama yang dikenal dalam kelas protein redoxa&ti,e ini adalah thioredoxin, suatu protein ke&il (
r

M '1,333) dengan dua kelompok thiol dalam urutan >ys--ly-!ro->ys. 8hiol-

thiol mengalami oksidasi yang dapat dibalik menjadi disulfide, dengan demikian mengurangi belerang disisi aktif dari redu&tase rN"!. 8hioredoxin yang teroksidasi dikurangi oleh NA"!< melalui aktifikas dari suatu enzim fla,oprotein, yaitu redu&tase thioredoxin. %ejak penemuannya, thioredoxin telah ditemukan mempunyai banyak akti,itas se&ara in vitro, yang menunjukkan fungsi biologis yang mengejutkan. )eberapa diantaranya di&antumkan dalam 8abel *.'. Apakah thioredoxin benar-benar merupakan &ofa&tor intra&ellular untuk reduksi ribonukleotida dipertanyakan dengan &ara melakukan isolasi mutan 9.>oli yang memiliki kekurangan atas protein ini. Karena mutant ini mampu mereplikasi "NA, para peneliti men&ari protein redox lain didalam sel yang bisa berinteraksi dengan redu&tase rN"!. !rotein seperti ini ditemukan dan dinamai glutaredoxin, oleh karena kemampuannya bisa dikurangi oleh glutathione. %el mutan yang kekurangan baik thioredoxin dan glutaredoxin dapat terus hidup, tetapi mereka memerlukan &ysteine untuk pertumbuhan. !enemuan ini memastikan suatu peran untuk thioredoxin dalam pemanfaatan sulfate, dan hal tersebut menyatakan keberadaan dari pengangkut elektron ketiga. %esungguhnya, spesies tambahan glutaredoxin telah ditemukan. Apapun pengangkutnya dalam &ofa&tor utama untuk redu&tase rN"!, sumber elektron utamanya adalah NA"!<.

Semi QUE V-2004

?A

%ambar &.1< Grutan 8ransport 9lektron reduktif pd terjadinya rN"! reduktase abel &.1 Aktifitas )iologis pada thioredoxin

;. R!%ULASI A" I/I AS RIBONU"L!O I$A R!$U> AS!

Karena deoksiribonukleotida digunakan hanya untuk sintesa "NA, dan karena satu sistem enzim digunakan untuk reduksi keempat substrates ribonukleotida, regulasi baik untuk aktivitas (a&ti,ity) dan kek!ususan (spe&ifi&ity) redu&tase ribonukleotida adalah penting untuk mempertahankan keseimbangan &adangan pre ursor "NA. (egulasi ini di&apai melalui pengikatan effe&tors nukleotida trifosfat kepada dua sisi aktif pada subunit (' (sebanyak dua masing-masing lokasi setiap molekul dalam enzim 9. &oli - lihat -ambar *.'*). %isi aktif mengikat baik A8! maupun dA8!, dengan gaya ikat yang rendah, sedangkan sisi

Semi QUE V-2004

?+

spesisfik mengikat A8!, dA8!, d-8!, atau d88!, semua dengan gaya ikat yang tinggi. !engikatan A8! di sisi aktif &enderung untuk meningkatkan efisiensi katalitis rN"! redu&tase untuk semua substrates, sedangkan dA8! bertindak sebagai suatu penghambat umum dari ke-empat reaksi. !engikatan nukleotida di sisi spesifik mengatur akti,itas enzim ke arah substrates yang berbeda, yang bertujuan untuk menjaga tingkat keseimbangan produksi ke-empat dN8!s. %ebagai &ontoh, pengikatan d88! (dengan A8! terikat di sisi aktif) mengaktifkan enzim untuk reduksi -"! tetapi mengurangi kemampuannya untuk mereduksi baik G"! maupun >"!. 8abel *.1 meringkas prinsip efek pengatur. abel &.' (egulasi pada saat aktifitas reduktase ribonukleotida terhadap mamalia

9fek ini terlihat se&ara in ,itro dengan enzim yang dimurnikan. Ada banyak alasan untuk menyimpulkan bah.a efek regulatori serupa-lah yang juga beroperasi dalam sel utuh. >ontohnya, baik deoksiadenosine maupun thymidine akan menghalangi sintesa "NA manakala dimasukkan kedalam sel utuh. !engukuran pool intra&ellular dN8!s menunjukkan bah.a pada sel yang diberi perlakukan dengan menggunakan deoksiadenosine pool dA8! akan berkembang(seperti yang diharapkan dari efek sal,age jalurs), sedangkan pools d88!. d-8!, dan d>8! menyusut. Karena inilah mengapa sel darah putih tidak bisa berkembang biak seperti yang dibutuhkan dalam kondisi immunodefi&ien&y dalam hubungannya dengan kekurangan adenosine deaminase (A"A) akumulasi dA8! dalam sel ini menghalangi sintesa deoksiribonukleotida dan, karenanya, juga akan menghalangi "NA repli&ation. >ontoh lain datang dari biologi sel. !ara peneliti sering mensinkronkan kultur sel, yaitu memanipulasi sel sedemikian rupa sehingga semua berada pada siklus sel yang sama. Syn hrony dapat di&apai oleh blokade thymidine, di mana

Semi QUE V-2004

?/

thymidine ditambahkan kepada sel untuk menghalangi sintesa "NA. <al ini men&egah adanya alur sel dari -' menuju tahap % dari siklus sel, dan kemudian sel akan berkumpul di posisi ini, seperti lalu lintas yang berhenti pada lampu merah. emindahkan sel ke medium yang tidak berisi thymidine adalah seperti lampu hijau, membalikkan penghambat dan membiarkan sel untuk memulai replikasi "NA se&ara sinkron. !engukuran pool dN8! dalam sel yang diblokade thymidine menunjukkan bah.a d88! berkumpul, seperti yang diharapkan dari sintesa sal,age, selagi ada suatu konsumsi spesifik suatu d>8!, seperti yang diharapkan dari efek d88! pada akti,itas ribonukleotida redu&tase. 8entu saja, penambahan deoksi&ytidine mengembalikan pool d>8! ke tingkat normal (dengan sintesa sal,age) dan membuka blokade thymidine. "ukungan lebih lanjut bagi kendali akti,itas redu&tase rN"! se&ara in vivo berasal dari isolasi keturunan sel mammalia mutan yang pertumbuhannya tidak dihalangi oleh deoksiribonudeosida. rN"! (edu&tase dari sel mutan ini menunjukkan modifikasi baik dalam sisi spesifik atau sisi aktifitas enzim, yang memnunjukkan bah.a enzim ini tidak terlalu peka terhadap halangan oleh effe tors dN8!. )eberapa dari bentuk sel ini menunjukkan ketidaknormalan pool dN8! dan fenotipe. =aitu bah.a, mereka menunjukkan tingkat mutasi yang naik se&ara spontan pada semua lokus gen yang diuji. !engamatan lainnya juga telah dilakukan sel mutan baik yang dimutasi pada gen >8! synthetase maupun pada gen deox&ytimidylate deaminase. !enemuan ini menunjukkan bah.a manakala konsentrasi dN8! diubah pada lokasi replikasi "NA, kemungkinan kesalahan replikasi menjadi meningkat, yang mendorong terjadinya mutasi. "asar pemikiran yang berkenaan dengan metabolisme untuk semua efek yang ditunjukkan dalam 8abel *.1 tidaklah sejelas seperti yang terlihat. %ebagai &ontoh, mengapa dA8! yang berada di sisi spesifik mengaktifkan pengurangan >"! dan G"!I )agian dari ja.abannya adalah bah.a reduksi G"! merupakan suatu jalur minor. %ebagian besar d88! berasal dari deoksi&ytidine nukleotida, melalui d> ! pada reaksi deaminase.
<. BIOSIN !SIS

@)MIN! $!O"SIRIBONU"L!O I$A

)agian sebelumnya membahas tentang reaksi metabolik pertama yang berkaitan dengan sintesis "NA # pembentukan deoksiribonudeoside difosfats melalui

Semi QUE V-2004

A3

aktifitas redu&tase rN"!. %ekali terbentuk, tiga dari difosfats # dA"!, d-"!, dan d>"! #dikon,ersi menjadi trifosfats oleh nukleotida difosfat kinase. )iosintesisdeoksithymidine trifosfat terjadi sebagian dari dG"! yang diproduksi melalui redu&tase dan sebagian dari deoksi&ytidine nukleotidaD perbandingannya ber,ariasi menurut jenis organisme dan selnya.!erlu diingat bah.a kita menggunakan istilah thymidine dan deoksithymidine dengan fleksibel. <al ini karena thymine dan ribonukleotida bukan merupakan metabolites yang normal, jadi nukleotida yang berisi thymine dan deoksiribose tidak perlu se&ara rin&i dikenali sebagai deoksiribonukleotida karena ribonukleotida yang mengandung timin mesti deoksi timidina. $alur yang diringkas ada dalam -ambar *.'1 dan *.'A. $alur de no,o yang menunjukkan deoksiuridine monofosfat (dG !) sebagai substrate untuk sintesa thymine nukleotida7 (') dG"! difosforilasi menjadi dG8!, yang kemudian dibelah oleh suatu diphosphohydrolase yang sangat aktif, dG8!ase. (1) d>"! didefosforilasi menjadi d> !, yang kemudian mengalami deaminasi menjadi dG ! oleh suatu aminohydrolase yang disebut d> ! deaminase. (eaksi yang terakhir disebutkan, menunjukkan suatu titik &abang untuk sintesa pirimidin dN8!D enzimnya memerlukan d>8! sebagai suatu penggerak allosteri& dan dihalangi oleh d88!. "i 9. &oli dan beberapa bakteri lain menggunakan suatu jalur berbeda ke dG !. "eaminasi terjadi pada tingkatan trifosfat oleh deaminase d>8!, dan hasil dG8! kemudian dibelah oleh dG8!ase menjadi dG ! dan !!i. 8anpa menghiraukan &ara pembentukannya, dG ! akan bertindak sebagai substrate untuk pembentukan thymidine monofosfat (d8 !), yang akan dikatalisis oleh thymidylate synthase. 9nzim ini memindahkan suatu unit satu&arbon, di tingkat oksidasi methylene, dan menguranginya menjadi tingkat metil. "onor satu-&arbon adalah 4,'3-methylenetetrahydrofolate, yang didalam reaksi yang tidak biasa ini juga bertindak sebagai suatu redox &ofa&tor, yaitu untuk menghasilkan dihydrofolate sebagai produk lain (-ambar *.'+). Kemudian, kofaktor harus dikurangi, dengan redu&tase dihydrofolate, dan hal ini harus memperoleh kelompok methylene yang lain, paling umum melalui serine transhydroxymethylase. -angguan terhadap salah satu dari langkah-langkah ini

Semi QUE V-2004

A'

akan mempengaruhi pembentukan thymine nukleotida. sekali terbentuk, d8 ! akan dikon,ersi menjadi d88! oleh dua fosforilasi yang terjadi berurutan.

%ambar &.1A $alur sintetik salvage 5 de novo pada nukleotida thymine


A. M! ABOLISM! $!O"SIURI$IN! NU"L!O I$A

%ebagai tambahan fungsi biosintetik dG8!ase dalam pembentukan dG ! untuk formasi thymine nukleotida, enzim memainkan suatu peran penting dalam mengeluarkan ura&il dari "NA. !ada saat dG8! tidak dengan &epat diturunkan, dG8! bisa bertindak sebagai suatu substrate yang bagus untuk "NA enzim polymerase. %esungguhnya, seperti yang telah dibahas dalam bab sebelumnya, sel-sel memiliki suatu mekanisme yang rumit untuk memastikan bah.a residu dG ! manapun yang masuk ke dalam "NA se&ara efisien dihilangkan. Karena

Semi QUE V-2004

A1

se&ara ,isual ura&il hampir serupa dengan thymine dalam hal sifat pemasangan basa-nya, menga1a sedemikian 1enting bagi sel untuk han-a membiarkan th-mine sa2a untuk se3ara stabil diinkor1orasikan kedalam $NAG $a.abannya mungkin berada dalam fakta bah.a residu dG ! dapat mun&ul dalam "NA yang tidak hanya disebabkan oleh inkorporasi dG8! tetapi juga oleh deaminasi spontan residu d> !. !roses yang terakhir disebut, yang terjadi pada suatu tingkat yang dapat dinilai, akan mengubah pemikiran suatu pesan genetik, maka hal ini tampak menguntungkan bagi sel untuk tetap mempertahankan stabilitas genetik dengan memiliki suatu sistem penga.asan yang menghilangkan residu dG ! tanpa memperdulikan asal residu tersebut. Menga1a th-midine di1ilih terlebih dahulu dan bukann-a ura3il sebagai basa $NA adalah 2uga meru1akan 1ertan-aan -ang berkaitan. %tudi thermodynamik menunjukkan bah.a kelompok metil thymidine mendukung interaksi hydrophobik yang menstabilkan heliks ganda "NA se&ara signifikan. 9nzim dG8!ase memiliki suatu struktur yang khusus (-ambar *.'/). 9nzim dG8!ase 9. &oli adalah merupakan suatu homotrimer, dengan masing-masing ketiga sisi aktif yang berisikan residu asam amino dari dua polypeptide subunit yang bersebelahan.
D. JALUR SAL/A%! "! ARA@ SIN !SIS $!O"SIRIBO

NU"L!O I$A %eperti yang telah di&atat sebelumnya, salvage purin pada umumnya melibatkan reaksi-reaksi phosphoribosyltransferase, yang menghasilkan ribonukleotida monofosfat dari basa purin dan !(!!. %etelah fosforilasi sampai tingkatan difosfat, seny.a-senya.a ini memasuki metabolisme deoksiribonukleotida melalui aktifitas ribonukleotida redu&tase. Namun, deoksiribonukleotida kinases, yang langsung menuju deoksiribonukleotida monofosfat, se&ara luas dibagi, dan melibatkan baik !urin maupun !irimidin. Kandungan ribo # dan deoksiribonudeoside kinases dalam tiap sel dan tiap organisme sangatlah beragam. %el manusia berisi empat deoksiribonukleotida kinases berbeda - (') thymidine kinase, yang terletak di &ytosolD (1) deoksi&ytidine kinase, yang juga merupakan suatu enzim &ytosoli&, yang mem-phosphorylasi deoksiadenosine dan

Semi QUE V-2004

A*

deoksiguanosine seperti halnya deoksi&ytidine, tetapi hanya pada konsentrasi yang lebih tinggi sajaD (*) deoksiguanosine kinase, yang asalnya dari mito&hondrialD dan (2) suatu isoform mito&hondrial thymidine kinase, yang mempunyai suatu kekhususan substrate lebih luas dibanding enzim &ytosolik, yang juga bertindak atas deoksi&ytidine dan deoksiuridine. %eperti yang akan didiskusikan dalam bab ini, beberapa analog nukleotida sedang digunakan atau diuji dalam mengobati kanker dan beberapa penyakit yang disebabkan ,irus. 0bat ini harus dikon,ersi menjadi deoksiribonukleotida agar bisa menjadi efektif dan hal ini telah membuat terpusatnya perhatian terhadap deoksiribonukleotida kinases. %ebagai &ontoh, efek sam1ing dari *5-azido-15,*5dideoksithymidine (A? ), obat pertama yang disetujui untuk mengobati infeksi ,irus immunodefi&ien&y pada manusia (@I/), adalah 3ardioto.i3it- -kerusakan pada otot jantung. $alur utama pemanfaatan azidothymidine melibatkan isoform mito&hondrial thymidine kinase, juga disebut dengan 8K1. )ukti-bukti yang ada menunjukkan bah.a deoksiribonukleotida a8idoth-midine bertentangan dengan fungsi mito3hondrial, yaitu mungkin dengan &ara menghambat replikasi atau transkripsi "NA mito&hondrial, dan mungkin hal ini adalah dasar dari mengapa sampai terjadi &ardiotoxi&ity. 0leh karena itu, riset-riset yang sekarang dilakukan mengarah pada pengembangan analog yang pengaktifan metabolismenya tidak terjadi didalam mito&hondria. "ari ke-empat deoksiribonukleotida kinases, tiga diantaranya disintesiskan dan diproduksi pada suatu tingkat yang tidak berubah sepanjang siklus sel. !erke&ualiannya adalah thymidine &ytosoli& kinase (8K@), suatu konsentrasi paling tinggi manakala sedang replikasi "NAD dalam kaitannya dengan hal ini, 8K@ menyerupai enzim sintesa deoksiribonu-&leotide de no,o, seperti ribonukleotida redu&tase. Gntuk alasan-alasan yang belum dimengerti, 8K@ menyelamatkan (sal,age) thymidine exogenous dengan sangat efisien. !er&obaan dengan pre&ursor-radiolabeled menunjukkan bah.a d88! yang didapatkan dari sintesa sal,age pada umumnya diinkorporasikan ke dalam "NA dalam preferensinya terhadap thymidine nukleotida yang dihasilkan oleh sintesa de no,o. <al ini merupakan dasar dalam teknik interpretasi tingkat replikasi "NA,

Semi QUE V-2004

A2

dengan mengukur tingkat inkorporasi thymidine yang di-radiolabeled ke dalam "NA. Namun, suatu pengukuran yang akurat terhadap tingkat sintesa "NA dari data inkorporasi thymidine memerlukan pengukuran radioaktifitas spesifik dari pool d88! yang diberi label. eskipun demikian, karena tingkat efisiensi tinggi yang dengannya thymidine digunakan dalam sebagian besar sel, pengukuran inkorporasi thymidine se&ara sederhana sering menghasilkan perkiraan akurat tentang tingkat replikasi "NA. @. @)MI$)LA ! S)N @AS!# !N?IM AR%! UN U" "!MO !RA(I 8ujuan kemoterapi # pengobatan penyakit dengan menggunakan reagen kimia # adalah untuk memanfaatkan suatu perbedaan biokimia antara proses penyakit dan jaringan sel inang untuk se&ara selektif mela.an proses penyakit. )anyak agen !emot!erapeuti yang pada a.alnya ditemukan hanya se&ara kebetulan, melalui uji &oba analog untuk metabolites normal. %ebagian besar agen ini terbatas keefektifannya karena efek samping yang tidak diperhitungkan sebelumnya, karena selektifitas yang tidak sempurna, dan karena perkembangan perla.anan: akti,itas sistem kekebalan terhadap agen tersebut. %alah satu bagian yang paling menggairahkan dalam ilmu farmasi biokimia modern adalah arsitektur (peran&angan) obat # yaitu peran&angan penghambat spesifik berdasar pada pengetahuan tentang struktur mole&ular di lokasi mana penghambat akan diikatkan, dan berdasarkan mekanisme akti,itas dari molekul target. Gntuk obat yang targetnya adalah enzim, sangatlah diperlukan untuk mengetahui struktur tiga-dimensi dari enzim dan mekanisme akti,itasnya. Gntuk memperoleh informasi ini diperlukan sinkronikasi antara kristalografi sinar x, ilmu kimia bioorganik klasik, site-dire&ted mutagenesis, dan molekular grafik dengan bantuan &omputer. Gpaya penghambatan terhadap enzim 8hymidylate %ynthase merupakan suatu &ontoh sempurna tentang pendekatan dengan metode ini. %eperti telah diuraikan, tujuan kemoterapi adalah untuk menyerang se&ara selektif suatu proses metabolisme yang berhubungan dengan kondisi patologis. Karena thymidylate synthase berperan didalam sintesa dari suatu deoksiribonukleotida, penyakit apapun yang terlibat dalam perkembangbiakan sel yang tak terkendalikan pada prinsipnya dapat diperlakukan dengan penghambat

Semi QUE V-2004

A4

thymidylate synthase7 !enghalangan produksi dari suatu pre&ursor "NA seharusnya dapat menghalangi replikasi "NA dengan efek minimal atas prosesproses lainnya. %el yang tidak mengalami perkembang biakan &epat seharusnya se&ara relatif kebal terhadap agen seperti ini. "engan demikian, kanker dan banyak penyakit menular harus bersedia menerima perlakuan dengan menggunakan pendekatan ini. 8idak satupun dari yang dikemukakan diatas, dikenali pada pertengahan tahun '/43-an, karena synthase thymidylate belum ditemukan. Namun, telah diketahui bah.a sel tumor tertentu mengambil dan me-metabolisme ura&il jauh lebih &epat dibanding dengan sel biasa. 8anpa mengetahui NnasibO metabolisme ura&il se&ara detil, >harles <eidelberger berharap dapat membunuh sel tumor dengan selektif dengan suatu perlakuan menggunakan Nzat analogO yang akan menghalangi metabolisme ura&il dalam sel tumor. Gntuk men&apainya, ia mensintesa bahan kimia ;6fluoroura3il *=Ura+ dan sekaligus deoksiribonukleotida-nya, ;6 fluorodeoksiuridine *=durd+. Kedua &ampuran ditemukan untuk menjadi penghambat yang kuat bagi sintesa "NA. Akti,itas &ampuran tersebut sebagai penghambat
&

melibatkan

kon,ersi

'

intra&ellular

mereka

menjadi

;6

fluorodeoksiuridine monofosfat *=dUM(+, yaitu suatu analog dG ! yang bertindak sebagai suatu penghambat yang tidak dapat dibalik bagi synthase thymidylate
9

< Semi QUE V-2004 A?

%ambar &.'F Kompleks antara 9nzyme-terikat BdG ! dan 4,'3-methylene8<B. )aik fluoroura&il dan fluorodeoksiuridine digunakan dalam pera.atan kanker. )agaimanapun juga, !irimidin yang ter-fluorinasi tidaklah terlalu selektif dalam efek yang dihasilkannya. %ebagai &ontoh, fluoroura&il dapat diinkorporasikan ke dalam (NA oleh jalur sal,age yang biasa digunakan untuk ura&il, oleh karenanya bertentangan dengan fungsi pemba.a pesan (NA didalam sel normal dan sel kanker. =ang jelas, suatu pemahaman terperin&i menyangkut sisi aktif thymidylate synthase bisa mendorong kearah peran&angan penghambat: inhibitor enzim yang sangat spesifik. Analisa tentang pengikatan 2-fluorodeoksiuridine monofosfat ke thymidylate synthase telah membuka pintu pemahaman tentang mekanisme reaksi enzim dan struktur dari sisi aktif enzim. BdG ! merupakan penghambat berbasis mekanisme sejati, pengikatan yang tidak dapat dibalik tersebut terjadi hanya saat ada 4,'3-methylenetetrahydrofolate. Kiranya, pengikatan &oenzyme mempengaruhi perubahan konformasi pada sisi aktif enzim yang mengkopi tahap-

Semi QUE V-2004

AA

tahap a.al dalam reaksi katalitis sehingga menyebabkan pengikatan BdG ! yang tidak dapat dibalik. Aktifitas proteolitik dari kompleks terner (tiga komponen) yang berisi 6dU)/, enzim, dan met!ylenetetra!ydrofolate membimbing para peneliti dalam laboratorium >harles <eidelberger dan "aniel %anti untuk mengisolasi suatu fragmen peptida dari suatu enzim yang berisi baik inhibitor maupun &oenzyme. "itunjukkan juga bah.a BdG ! dihubungkan ke karbon methylene dari &oenzyme melalui >-4 &in&in pirimidin, dan dihubungkasn ke enzim melalui suatu atom belerangnya sistein yang se&ara ko,alen terikat ke >-? pirimidin. %truktur dari kompleks menunjukkan bah.a reaksi enzymatik dimulai dengan serangan nu&leophilik oleh gugus thiol sistein terhadap >-? dari substrate dG !. %truktur dari kompleks antara 9nzyme-terikat BdG ! dan 4,'3-methylene-8<B menunjukkan suatu mekanisme yang digambarkan pada -ambar *.13. %eperti yang disebutkan sebelumnya, suatu ion &ysteine thiolate pada enzim memi&u suatu serangan nu&leophilik atas >-? dG ! (langkah '). <al ini menghasilkan suatu anion enolat yang yang distabilkan ole! resonansi elektronD sekarang >-4 menjadi suatu nukleofil, yang menyerang methylene karbon dari &oenzyme (langkah 1). <ilangnya proton dari >-4 (langkah *) yang memi&u suatu pergeseran elektron sehingga menyebabkan transfer hidrogen >-? dari kofaktor kepada pirimidin (langkah 2), konsisten dengan pengamatan bah.a hidrogen ini di-inkorporasikan se&ara kuantitatif ke dalam gugus metil thyrmidylate. 8ransfer hidrogen ini mengoksidasi kofaktor menjadi hydrofolat, yang terpisah pada langkah 4.!ada langkah ? ikatan &o,alen enzyme-substrate terlepas, dengan pembentukan kembali ikatan ganda antara >-4 dan >-? pada &in&in pirimidin. <ambatan oleh BdG ! diakibatkan oleh elektronegati,as fluorine, yang menghasilkan suatu ikatan >-B pada >-4 yang tidak bisa pe&ah. "engan begitu, reaksi tidak bisa berlanjut ke langkah *. Kepastian mekanisme ini datang bersamaan dengan bukti bah.a substrate7 dG !, membentuk suatu ikatan ko,alen dengan &oenzyme selama katalisis normal. )ukti penting lainnya datang dari diketahuinya model tiga dimensi en"im thymidylate synthase. !ada tahun '/+A, (obert %troud, "aniel %anti, dan para rekan kerja mereka memperkenalkan suatu model enzim tersebut yang berasal

Semi QUE V-2004

A+

dari *a toba illus

asei (-ambar *.1'). 8hymidylate %ynthase dikonser,asi

(&onser,edPhomologP sama urutan asam aminonya) se&ara e,olusioner (I), dengan sekitar 13Q dari residunya adalah suatu invarian diantara mammalia, bakteri, ,irus, jamur, dan protozoa. %truktur kristal menunjukkan persentase yang tinggi dari residu yang &onser,ed tersebut dalam suatu subunit enzim diprediksi me.akili sisi aktif. !rotein ini merupakan suatu homodimer (terdiri dari dua sub unit yang sama), dan residu &onser,ed dari kedua garis subunit yang berada pada suatu bagian dan dianggap berperan bagi katalisis. >ysteine '/+, residu yang dihubungkan dengan BdG !, berada didalam subunit ini, berdekatan dengan residu &onser,ed lainnya, Arg 1'+, yang dapat menurunkan p 7a dari gugus thiol (-%) &ysteine dan menghasilkan ion thiolate yang reaktif. )eberapa residu lysine yang &onser,ed berada berdekatan dan dianggap me.akili sisi pengikatan untuk ekor polyglutamate pada folate &oenzyme (thymidylate synthase mengikat folate polyglutamates sekitar '33 kali lipat lebih kuat dibanding monoglutamate).

%ambar &.'' Komplek penyesuaian substrate dan kofaktor yang terikat di sisi aktif.

8idak lama sesudah model enzim diperkenalkan, dua laboratorium berhasil mengkristalkan thymidylate synthase dari 9. &oli sebagai suatu kompleks dengan dG ! dan suatu analog untuk 4,'3-methylenetetrahydrofolate. Analisa tentang komplek-komplek ini memastikan penyesuaian substrate dan kofaktor yang terikat di sisi aktif (-ambar *.11) dan identifikasi terhadap residu sisi aktif dalam hubungan dengan ligands ini. Analisa tentang interaksi ikatan yang terlibat telah menghasilkan disain dan sintesa analog kofaktor yang tidak memiliki hubungan jelas dengan 4,'3-methylenetetrahydrofolate, tetapi bersaing dengan 4,'3-

Semi QUE V-2004

A/

methylenetetrahydrofolate untuk se&ara efektif mengikatkan diri ke 8% (7i nilainya serendah *3 n ). %atu penghambat seperti .!ymita%, ditunjukkan di sini. !ada tahun '//' kristalisasi dari jenis enzim ini yang berasal dari manusia telah dilaporkan, dan enzim tersebut kemudian menjadi fokus pengembangan obat lebih lanjut. Gpaya ini, ditambah dengan studi mekanistis terhadap enzim-enzim yang diproduksi oleh site-dire ted mutagenesis dan analisis struktural thymidylate synthase dari jenis lainnya, harus dapat menyiapkan jalan bagi pengembangan suatu inhibitor yang effektif terhadap enzim tersebut, yang mungkin akan dapat bertindak sebagai obat anti kanker yang berharga. !endekatan yang sama juga sedang dilakukan dibeberapa lusin laboratorium, berfokus pada reseptor obat yang melibatkan7 protein yang terikat pada membran sel atau protein reseptor intra&ellular dan juga asam nukleat, disamping enzim yang dibi&arakan tadi. !engembangan suatu inhibitor terhadap protease spesifik <@R sebagai obat antiA@"% merupakan &ontoh yang men&engangkan dari keberhasilan pendekatan ini. %elain kanker, target lain juga dapat dihambat kalau diberi perlakuan menggunakan penghambat inhibitor thymidylate synthase. >ontohnya, seperti parasit protozoa (plasmodium yang menyebabkan malaria), yang mensintesis suatu bentuk khusus suatu enzim bifungsional dari thymidylate synthase, yang mempunyai baik akti,itas thymidylate synthase maupun aktifitas dihydrofolate redu&tase. "engan mengetahui bah.a struktur khusus dari sisi aktif enzim ini berbeda dari thymidylate synthase pada !ost manusia atau binatang, maka dapat dikembangkan suatu inhibitor spesifik yang hanya menghambat enzim pada protozoa, tetapi tidak menghambat enzim sejenis di sel manusia atau he.an inangnya. I. (!N%UBA@AN OL!@ /IRUS (A$A M! ABOLISM! N!"LEO#$DA )ah.a ,irus-,irus dapat mengubah metabolisme sel-sel asalnya pertama kali dikenal pada tahun '/4A melalui studi mengenai biosynt!esis nukleotida pada bakteri E$ oli yang terinfeksi oleh ba teriop!ages seri 8-81, 82, dan 8?. -.(. 6yatt dan %eymour >ohen pada tahun '/41 memperlihatkan bah.a dalam "NA ,irus-,irus tersebut tidak terdapat ytosine8 tetapi 4-!ydro#ymet!yl ytosine, dimana sebagian besar kelompok !ydro#ymet!yl telah dimodifikasi lebih lanjut dengan masuk pada ikatan gly osidi dengan sebagian glukosa.

Semi QUE V-2004

+3

!enelitian yang berkelanjutan menunjukkan bah.a infeksi ,irus menyebabkan sintesa enzim-enzim yang berasala dari ,irus (dikode oleh gen ,irus), menghasilkan modifikasi-modifikasi tersebut (-ambar *.1*). 9nzim utama pada bakteri yang terinfeksi p!age &faga' seri 8 termasuk d>8!ase, yang membelah d>8! menjadi d>! D suatu !ydro#ymet!yl d> !, yang mentransfer sekelompok karbon-satu ke d> ! pada tingkat oksidasi !ydro#ymet!ylD dan suatu kinase deoksiribonukleotida monofosfat, yang dapat mem-phosphorylasi hasil 4!ydro#ymet!yl-d> !. Bosforilasi 4- !ydro#ymet!yl-d> ! menjadi trifosfat dikatalisasis oleh kinase difosfat dari sel inang atau sel inti. (eaksi glukosilasi terjadi setelah asam nukleat yang termodifikasi disatukan (direkombinasikan) kedalam "NA. !ada bakteri yang terinfeksi phage 82 terjadi dua reaksi glu osyltransferasi (pentransferan glukosa), salah satunya mentransfer glukosa dengan konfigurasi 3 dan satunya dengan konfigurasi 4. %ebagai tambahan, genom ,iral mengekspresikan beberapa enzim deoksiribonuklease, khususnya sebagai pembelah "NA yang berisi &ytosine. !roses ini membantu ,irus untuk menghapuskan ekspresi dari gen-gen sel inti, dan juga memberikan suatu sumber utama bagi sintesa "NA ,irus yang baru. eskipun penggantian basa dalam "NA agak tidak biasa, sekitar selusin &ontoh saat ini telah berhasil, dimana satu dari empat deoksiribonukleotida umum diganti, se&ara keseluruhan atau sebagian, dengan zat kimia turunan yang menahan pasangan basa yang khusus dari nukleotida yang digantikan. %ebagai &ontohnya, phage 9a illus subtilis, menggantikan ura&il bagi thymine dalam "NA.faga 9a illus subtilis lainnya memerlukan 4-hydroxymethyllura&il untuk menggantikan thymine. !hage :ant!omonas ory"ae menggantikan 4hydroxymethyllura&il untuk setiap residu "NA &ytosine-nya. "alam setiap kasus yang diteliti, ,irus mengatur modifikasi nukleus melalui sintesa dari enzim-enzim yang dikodekan ,irus, sehingga men&iptakan &ara metabolis yang baru dalam sel yang terinfeksi. !ada ,irus-,irus tanaman dan he.an tidak terdapat bentuk modifikasi dasar asam nukleat seperti yang ditemukan dalam ba&teriophage. (Kebanyakan organisme mengandung dasar asam nukleat yang dimethylasi dengan proporsi yang &ukup signifikan, tetapi modifikasi tersebut terjadi setelah polymerisasi). Namun, enzimenzim yang dikode ,irus jarang sekali diproduksi untuk membantu sel yang terinfeksi untuk memperbanyak sintesa asam nukleat yang sebelumnya. !ada

Semi QUE V-2004

+'

beberapa kasus, enzim-enzim suatu ,irus &ukup berbeda dengan enzim sejenis pada sel inangnya di mana para peneliti dapat mendesain inhibitor enzim tertentu dan kemudian dengan sukses akan men&apai kemoterapi tertentu untuk mela.an sel yang terinfeksi ,irus.

%ambar &.'&

@nfeksi menyebabkan enzim-enzim yang dikode oleh gen ,irus mengalami modifikasi.

>ontoh terbaru yang terbaik adalah penggunaan a&y&lo,ir dan turunannya, gan&i&lo,ir, untuk mela.an infeksi ,irus herpes. Rirus herpes adalah ,irus "NA yang besar, di mana genome-nya mengkodekan beberapa enzim, termasuk deoksipirimidin kinase. Aslinya enzim ini ditemukan sebagai suatu thymidine kinase, enzim tersebut juga mem-phosphorylasi-kan d8 !. Namun yang lebih penting lagi adalah penentuan dasar se&ara ekstrim dari aktifitas enzim kinase tersebut. Analog 4-iododeoksiuridine thymidine, yang digunakan untuk mengobati simplex herpes pada infeksi mata, telah di- p!osp!orylasi oleh
Semi QUE V-2004 +1

deoxypirimidin kinase dan digabungkan ke thymidylate pada "NA. Akhir-akhir ini, a&y&lo,ir (juga dinamakan a&y&loguanosine) dan anggota gan&i&lo,ir, ternyata juga terbukti telah di-p!osp!orylasi oleh kinase-kinase ,irus deoksipirimidin, meskipun kinase-kinase tersebut adalah analog dari suatu purin nukleotida, yaitu deoksiguanosin. A&y&lo,ir dan gan&i&lo,ir keduanya saat ini digunakan untuk pengobatan optikal dan sistematis bagi infeksi ,iral herpes. Ketiga analog tersebut pada akhirnya diubah menjadi 4O-triphospate, yang akan ber&ampur dengan tiruan atau replikasi "NA. %el-sel yang tidak terinfeksi tidak akan ter- p!osp!orylsi-kan a&y&lo,ir dan gan&y&lo,ir se&ara efektif dan akan mem- p!osp!orylasi-kan dengan lemah iododeoksiuridine, sehingga replikasi atau tiruan "NA dan pertumbuhan ,irus se&ara selektif akan terhalangi pada sel-sel yang terinfeksi. J. (!N IN%N)A ANALO%6ANALO% NU"L!O I$A )AN% LAIN BA%I BI$AN% BIOLO%I $AN "!$O" !RAN >ontoh terdahulu yang disampaikan telah memperjelas kegunaan analog-analog nukleotida dan nukleotida, terutama sebagai obat-obatan. !ada bagian ini kita akan membahas analog tambahan dari pentingnya bidang medis, sebagaimana seperti yang digunakan pada penelitian reaksi. Nukleotida kurang baik untuk dipindahkan ke dalam sel karena muatan fosfat negatifnya sehingga kebanyakan senya.a akan dimasukkan ke dalam sel sebagai nukleotida atau turunan nukleotida, dimana nukleon-nukleon tersebut sebelumnya bereaksi sebagai nukleotida kinase %etelah se&ara &epat berubah menjadi nu&leutida-ni&leotida, senya.a-senya.a tersebut mengganggu metabolisme dengan berbagai &ara. !ada bagian ini kita akan menggunakan istilah analog-analog nukleotida dan analoganalog nukleotida se&ara berbalik. 1. Analog6analog Nukleotida sebagai agen6agen "emotera1i 9nzim-enzim pada sintesa nukleotida se&ara luas telah dipelajari sebagai tujuan bagi aktifikas anti,iral atau obat-obatan anti mikrobial. %ebagaimana telah dibahas terdahulu, tujuannnya adalah untuk mengenali perbedaan biokimia antara

Semi QUE V-2004

+*

proses-proses yang dapat dibedakan dari sel inang yang tidak terinfeksi dan yang terinfeksi. a. Analog6Analog Nukleosida sebagai anti 4irus %alah satu dari obat-obatan anti,iral lama yang disetujui penggunaannnya terhadap manusia adalah arabinos-ladenine *araA+. !ada saat ini digunakan untuk mengobati radang otak (en ep!alitis), suatu penyakit neurologi&al yang disebabkan oleh anggota dari keluarga herpes,irus. 8idak seperti a&y&loguanosine, araA di- p!osp!orylasi-kan ke tingkat triphospate oleh kinasekinase selular. 8riphospate, araA8!, adalah suatu inhibitor "NA polymerase yang selektif, yaitu hanya aktif pada enzim yang dikodekan dengan ,irus-,irus herpes. $adi araA se&ara selektif akan ber&ampur dengan replikasi ,iral "NA, meskipun semua sel baik yang terinfeksi maupun yang tidak, membentuk triphospate. Karena araA rentan terhadap penurunan oleh enzim adenosine deaminase, keefektifannya dapat ditingkatkan jika diatur dengan inhibitor enzim yang terakhir. Analog arabinose deoksi&ytidine, yaitu arabinosyl&ytosine (ara>), digunakan pada kemoterapi kanker. ara>8! juga ber&ampur dengan replikasi "NA setelah kon,ersi menjadi triphospate. Analog-analog lain yang mendapatkan perhatian yang sungguh-sungguh adalah analog-analog yang digunakan untuk memerangi a&Suired immune defi&ien&y syndrome (A@"%) yang disebabkan oleh <@R. %alah satu analog tersebut, *Oazido-1O, *O-dideoksithymidine (A;8) dianabolisasikan menjadi 4Otriphospate yang bersangkutan, yang merupakan inhibitor bagi enzim ,irus yaitu re,erse trans&riptase (enzim yang membuat kopi "NA dari (NA ,irus). Analog-analog nukleotida lainnya-1O,*O-dideoksi&ytidine (dd>), 1O, *O-dideoksiinosine (dd@), *Othia&ytidine (*8>), dan 1O, *O-didehydro-*O-deoksithymidine (d28)- bertindak sebagai pembalik bagi triphospate yang berhubungan, yang akan bergabung ke dalam "NA yang selanjutnya akan menghalangi sintesis pemanjangan rantai lebih lanjut karena tidak adanya suatu ujung akhir *O hydroxyl. Keempat analog tersebut telah disetujui penggunaannya untuk mengobati infeksi <@R pada manusia dan baik A;8 maupun *8> merupakan komponen dari tiga-obat JkoktailK yang baru-baru ini diper&aya sebagai pengurang infeksi jangka panjang, sepanjang dengan inhibitor protease <@R.
Semi QUE V-2004 +2

!ada akhir tahun '//2, dua laboraturium melaporkan efek sinergistik dari dd@ dan hydroxyurea terhadap infeksi <@R, dianggap sebagai sel yang hampir mati dari dN8! untuk transkripsi balik (lihat -ambar *.24). b. Sal4age (urin Sebagai arget %uatu anomali biokimia penting ditemukan dalam protozoa-protozoa parasit seperti /lasmodium, yang menyebabkan malaria dan *eis!mania, yang menyebabkan penyakit yang menginfeksi kulit dan organ-organ dalam, sehingga melemahkan, meskipun biasanya tidak fatal. !rotozoa-protozoa parasit mengurangi kapasitas dari sintesa de no,o purin dan sangat tergantung pada nukleotida-nukleotida yang dapat disal,age pada tempat-tempat yang disediakan oleh sel ianangnya. %enya.a seperti allopurinol dan formy&in ) menghalangi pertumbuhan organisme, sebagian melalui akti,itas inhibitor enzim-enzim yang bertahan dan sebagian lagi melalui kemampuan enzim yang bertahan untuk menganabolisi analog, atau melalui kurangnya kemampuan dalam rumah emzim yang berkaitan. %ebagai &ontoh, allopurinol dirubah menjadi analog asam inosinat dan selanjutnya menjadi suatu analog A ! dan akhirnya bergabung kedalam (NA, dimana allopurinol tersebut mengganggu pengantar pengkodean (NA (t(NA) dalam sintesa protein. !enghalang nukleotida yang bertahan dapat lebih efektif jika analog dilakukan bersama penghalang perpindahan nukleotida. !ada sel binatang protein tunggal, pemindah nukleotida, bertanggung ja.ab terhadap per&epatan berbagai ma&am nukleotida. Bungsi protein ini dihalangi oleh dipyridamole, yang menghalangi perbanyakan nukleotida. 3. =olate Antagonis !ada bab terdahulu kita mengetahui bah.a suatu asam folat analog yaitu methotre.ate sudah ditemukan beberapa .aktu lalu untuk meningkatkan remisi (penyembuhan) pada leukimia akut tertentu. Apakah dasar dari pemilihan iniI "engan adanya kofaktor folate yang memerankan peranan yang penting dalam menyatukan "NA, (NA, protein, dan phospholipid, kita mengharapkan penghalangan untuk sintesa tetrahydrofolate untuk menjadi ra&un (toxi&) bagi semua sel. Namun terdapat alasan bagi ra&un folate antagonis tertentu terhadap

Semi QUE V-2004

+4

perkembangbiakan sel-sel. @ngat bah.a reaksi sintesa thymidylate megoksidasi methylenetetrahydrofolate menjadi hydrofolateD ini adalah satu-satunya reaksi yang membutuhkan tetrahydrofolate yang tidak menimbulkan tetrahydrofolate. "ari reaksi yang ditunjukkkan pada -ambar *.'+, dapat diprediksi bah.a penghambat penurunan hydrofolate menghalangi perputaran hydrofolate kembali menjadi tetrahydrofolate. "alam proses tersebut, tingkatan dimana seluruh intrasel yang mereduksi folate menjadi dioksidasi se&ara langsung duhubungkan dengan aktifitas intrasel dari thymidylate sintase, dimana selanjutnya diselaraskan dengan tingkatan sintesa "NA. $adi, sel-sel yang berkembangbiak, dengan tingkatan replikasi "NA yang &epat, akan menghabiskan penyimpanan tetrahydrofolate-nya berkembangbiak. eskipun antimetabolis seperti flouroura&il atau methotrexate menyerang jaringan yang berkembangbiak se&ara selektif, antimetabolis tersebut juga merupakan ra&un bagi sel-sel yang normal. 9fek yang merusak terlihat pada jaringan yang berkembangbiak sebagai bagian dari fungsi normalnyaD jaringanjaringan tertentu tersebut termasuk intestinal mu osa, sel-sel rambut, dan komponen-komponen sistem kekebalan. <al yang juga dianggap serius adalah pengembangan sel-sel yang berbeda yang bersifat mela.an obat. !ada kasus tertentu, tingkatan enzim target meningkat melebihi tahapan yang dapat dikontrol dengan inhibitor. (obert %&himke beserta rekan meneliti mekanisme peningkatan enzim, yang menyebabkan penurunan dihydrofolate, yang bisa men&apai beratusratus kali dalam garis sel yang mela.an methotrexate. ereka menemukan bah.a inkubasi sel yang diperpanjang pada media yang mengandung methotrexate sering kali menyebabkan penguatan pada gen tertentu yang dikodekan, sehingga dihydrofolate menurunD jumlah dari tiruan atau &opy "NA dari gen ini meningkat berkali-kali, dengan akumulasi atau penimbunan yang sesuai dari produk gen, menyebabkan dihydrofolate menurun. utasi penahan lainnya melibatkan mekanisme yang lebih kon,ensional, seperti perubahan perpindahan dari obat di dalam sel atau perubahan enzim target, untuk membuat perla.anan pada antimetabolite. dengan lebih &epat daripada sel-sel yang tidak

Semi QUE V-2004

+?

8ingkatan penghalang penurunan dihydrofolate lainnya ditunjukkan oleh trimetho1rim. %enya.a ini merupakan penghalang penurunan dihydrofolate tertentu dari sumber prokaryot. 8rimethoprim dan kerabatnya se&ara luas digunakan untuk mengobati infeksi yang disebabkan bakteri dan beberapa jenis malaria. Keberhasilan obat ini diperoleh dari akti,itanya sebagai penghalang yang sangat lemah dari penurunan hydrofolate ,ertebrata. 8rimethoprim sering kali digunakan sebagai tambahan bagi obat sulfonamide untuk menghambat synthesis folate dan untuk menghalangi langkah berurutan berikutnya, dengan &ara yang sama. '. Analog Nukleotida dan Mutagenesis )eberapa analog nukleotida merupakan mutagen yang sangat bagus, yang berguna baik dalam mengisolasi mutan dan dalam mempelajari mekanisme mutagenesis. "ua dari analog tersebut adalah 1-aminopurin (1A!) dan 4bromodeoksiuridine ()rdGrd). 1-aminopurin digabungkan dengan "NA untuk menggantikan adenine, tetapi jika 1A! bermuatan replikan template (tiruan pola), analog tersebut akan berpasangan dengan &ytosine daripada dengan tymine. $adi penggabungan 1A! merubah pasangan A-8 dalam "NA menjadi !asangan --> (-ambar *.12). )romodeoksiuridine berfungsi sama tetapi memiliki kegunaan yang lain. @ni merupakan analog thymidine yang sangat bagus karena radius ,an deer 6aals atom bromine mendekati radius dari kelompok methyl. Karenanya sangatlah efesien untuk menggabungkannya dalam "NA. Kesalahan memasangkan )rdGrd dengan residu deoksiguanosine pada replikasi )rdGrd yang berisi template dapat menyebabkan mutagenesis dengan merubah pasangan dasar A-8 menjadi --> (lihat -ambar *.12). Alternatifnya, )rdG8! dapat bersaing dengan d>8! untuk digabungkan dengan la.an - dalam template (tidak diperlihatkan). Karena bromine lebih berat daripada kelompok methyl, bromine akan memberikan suatu densitas yang meningkat bagi "NA yang digantikan. Akhirnya, para radiobiologi menggunakan )rdGrd sebagai suatu agen radiosensitizing. (esidu bromo-dG ! dalam "NA di&ampur bromine dengan &epat jika "NA yang digantikan jika disinari dengan sinar GR. !roses ini akan

Semi QUE V-2004

+A

memun&ulkan radikal-radikal bebas yang akan menyebabkan berbagai jenis kerusakan dalam struktur "NA.

%ambar &.'9 Kesalahan pemasangan )rdGrd dengan residu deoksiguanosina pada replikasi )rdGrd dapat menyebabkan mutagenesis, pasangan dasar A8 berubah menjadi -->. Akhir-akhir ini perhatian terfokus pada analog nukleotida mutagenik yang terbentuk dalam metabolisme yang normal. !ada )ab selanjutnya kita mengetahui bah.a tekanan oxidati,e - &ontohnya yang dimun&ulkan dengan memperlakukan sel-sel dengan hydrogen proxide # akan merusak struktur dasar "NA. 0ksidasi sisa-sisa guanine dalam "NA menjadi +-oxoguanine akan bermutagenis dengan sangat kuat karena pasangan dasar +-oxoguanine selama replikasi dengan adenine sama efesiennya seperti jika dipasangkan dengan &ytosine. Ketidaktepatan pembentukan pasangan ini dapat menyebabkan mutasi dengan merubah pasangan dasar --> menjadi 8-A. Akhir-akhir ini sebuah enzim ditemukan yang dapat meng-hydrolisis se&ara khusus nukleotida +-oxo-d-8! menjadi +-oxo-d- ! plus pyrofosfa. utasi yang tidak mengaktifkan enzim ini yang memiliki mutator phenotype,

Semi QUE V-2004

++

menyatakan bah.a suatu &ara mutagenis yang signifikan memerlukan oxidasi guanine nukleotida menjadi nukleotida-nukleotida +-oxoguanine, diikuti dengan penggabungannya dilakukan. '. !n8im6!n8im (emetabolisi Nukleotida Sebagai (enanda %enetik -ang $a1at $iseleksi Karena hampir semua sel dapat men-sintesa nukleotida se&ara de novo, maka enzim-enzim dari senya.a yang dapat disal,age biasanya tidak penting bagi kelangsungan hidup sel. Hebih lanjut, seperti yang kita ketahui, terdapat banyak inhibitor dari emzim-enzim tersebut. aka dari itu, enzim-enzim yang memetabolisi nukleotida serta gen yang mengkodekannya memberikan penanda genetik tertentu, yang memiliki berbagai kegunaan. %eperti yang dinyatakan pada istilah tersebut, kita dapat mengatur kondisi pertumbuhan sedemikian rupa sehingga hanya sel-sel yang kekurangan enzim tertentu atau yang mengandung enzim tertentu, yang dapat tumbuh. %ebagai &ontoh, ?-thioguanine adalah analog purin yang di-metaboliskan oleh <-!(8 menjadi ra&un lanjutan. %ifat sel pada media yang berisi thioguanine membolehkan pertumbuhan hanya pada sel yang kekurangan <-!(8 aktif, sedamgkan yang tak kekurangan enzim itu tidak akan tumbuh. <al yang sama dapat dilakukan, misalnya seseorang dapat mengisolasi sel-sel yang kekurangan thymidine kinase (8K), yaitu dengan jalan memilih sel yang phenotypenya bersifat tidak mela.an bromodeoksiuridine, karena jika ada 8K, maka enzim itu akan aktif untuk menganabolis )rdGrd. 8etapi anabolisme )rdGrd menyebabkan terjadinya sebuah ra&un anabolit, yang akan membunuh sel. $adi, kita dapat mengukur tingkatan mutasi selanjutnya dengan meneliti mun&ulnya phenotype-phenotype yang mela.an suatu obat. "engan tanda atau &ara yang sama, kita dapat menentukan mutasi dengan arah yang sebaliknya dengan menambahkan kondisi aslinya, sehingga kapasitas sintesa yang disal,age penting bagi kelangsungan hidup sel. %uatu teknik yang umum, baik dalam analisa genetis sel somatis dan dalam mempersiapkan antibodi mono&lonal, adalah fusi sel. "ua jenis sel dari organisme yang berbeda
Semi QUE V-2004 +/

kedalam

"NA

dan

mutagenesis

oxidati,e

tersebut

diminimalisasikan oleh gangguan pada +-oxo d-8! sebelum penggabungan dapat

di&ampurkan dengan kondisi dimana salah satunya dapat berfusi se&ara fisik, menghasilkan dua nu lei yang berbeda dalam satu &itoplasma. Kita dapat memilih hybrid sel tersebut dengan menambahkan kondisi dasar sedemikian rupa sehingga han-a sel h-brid -ang akan tumbuh dalam media @A (media dasar sel normal bertambah banyak dengan h-1o.anthine, amino1terin, dan th-midine). Aminopterin menghalangi penurunan dihydrofolate dan selanjutnya menghalangi sintesa purin de no,o dan sintesis thymidylate. %el-sel dapat bertahan hanya jika sel tersebut memiliki <-!(8 aktif untuk menggunakan hypoxanthine bagi sintesa purin dan timidilat kinase (8K) untuk mengubah thymidine bagi sintesa thymidylate. -en-gen dengan phenotype yang dapat dipilih menggambarkan pentingnya penggunaan teknologi rekombinan "NA untuk memasukkan materi genetis yang baru pada sel-binatang, tanaman, dan mikrobia- sehingga kita dapat memasukkan molekul-molekul rekombinan "NA yang mengandung sebuah penanda tertentu bersamaan dengan gen target. "engan mengatur kondisi pertumbuhan sel-sel tertentu, selanjutnya hanya akan menumbuhkan sel yang telah mendapatkan gengen target. )esarnya minat terhadap pendekatan ini akan dijelaskan dalam laporan yang terbaru tentang pengobatan pada tumor otak berikut. %uatu rekombinan "NA yang mengandung gen pengkode enzim deoksipirimidin kinase yang telah berada pada ,irus herpes simplex telah diinjeksikan pada tumor. !ada binatang per&obaan, sel yang berkembangbiak (tumor) diambil dan digantikan dengan "NA ini. %etelah beberapa hari, he.an tersebut diberi obat gan i lovir, yang dengan selektif akan membunuh sel tumor karena adanya phosphorilasi obat dalam sel-sel tersebut. ". RAN%"UMAN Nukleotida- Nukleotida ada di dalam sel-sel karena kerusakan asam nukleat, atau dari penggunaan kembali (atau penyelamatan) nukleotida, yang dibentuk kembali oleh biosintesa de no,o. !urin nukleotida dibentuk pada tahapan nukleotida, dengan '3 tahap yang mengubah !(!! menjadi asam inosinat. %elain itu, ada &ara yang berbeda untuk menjadikan adenine menjadi nukleotida guanine. Katabolisme purin menghasilkan asam urat, suatu senya.a yang tidak dapat larut

Semi QUE V-2004

/3

yang menyebabkan berbagai penyakit. )asa pirimidines disintesa se&ara de no ,o, yang akhirnya diubah menjadi nukleotida. $alur sintesa pirimidin tidak ber&abang dan akan menuju ke G8! dan >8!. !ada kebanyakan organisme, ribonukleotida difosfat disubstitusikan untuk mereduksi gula ribose se&ara in situ, menghasilkan deoksi ribonukleosida difosfat, yang pada gilirannya akan diubah menjadi empat ma&am dN8! "NA. (eduksi ribonukleotida merupakan tempat pengendalian, karena menggambarkan reaksi metabolis pertama untuk memasukai sintesa "NA. )iosintesa nukleotida timin melibatkan perpindahan gugus methylene dari 4,'3methylene tetrahydrofolate (8<B) ke suatu nukleotida deoxyuridine, yang diikuti dengan reduksi gugus methylene. (eaksi-reaksi biosintesa deoksiribonukleotida merupakan target utama bagi inhibitor enzim yang telah digunakan sebagai obatobatan anti kanker, antimikroba, anti,iral, dan anti parasit. Analog-analog nukleotida yang lainnya juga telah digunakan sebagai misalnya, dalam penelitian densitas "NA. reagen penelitian, mutagenesis atau sebagai label-label (penanda)

L. SOAL6SOAL LA I@AN '. Asam nukleat dibangun dari 2 ma&am unsur, unsur apa saja itu dan dari senya.a apa saja masing-masing unsur-unsur itu berasalI 1. !ada sel organisme, baik nukleotida purin maupun pirimidin dapat disintesis melalui dua ma&am jalur yang berbeda, yaitu jalur Nde no,oO dan jalur Nsal,ageO. Apa maksud kedua istilah itu dan kapan atau bilamana masingmasing jalur itu ditempuhI *. "egradasi nukleotida purin pada mamala sering menimbulkan masalah, tetapi tidak pada burung, ikan maupun moluskaI $elaskan mengapaI 2. !enyakit gout atau rematik disebabkan oleh Nhyperure&emiaO, apa maksudnyaI Ada tiga ma&am &a&at enzimatik yang dapat menyebabkan penyakit itu, &a&at apa saja itu dan bagaimana masing-masing dapat menyebabkan hiperure&emiaI

Semi QUE V-2004

/'

4. Gntuk mengatasi hiperure&emia telah didesain suatu obat yang disebut allopurinol. "engan melihat pada struktur allopurinol dan jalur degradasi nukleotida purin, jelaskan dengan ringkas mekanisme kerja obat tersebut. ?. >a&at enzimatik pada metabolisme nukleotida purin, juga dapat menyebabkan dua ma&am penyakit yang fatal yaitu imunodefisiensi dan Hes&h # Nylian %yndrom. a. 9nzim apa yang bermasalah pada masing # masing penyakit tersebut dan bagaiman hal itu dapat menyebabkan penyakit diatas. b. )agaimana kedua penyakit tersebut dapat dideteksi sejak diniI A. !ada tahun '//4 >hlaporan ditemukannya dua gadis yang terdeteksi terkena imunodefisiensi di atas (no ?), kemudian mengalami terapi gen dengan teknik rekombinan "NA dengan bantuan ,irus. %etelah menjalani terapi selama * tahun, kedua gadis tersebut dinyatakan sembuh. a. )agaimana tahapan terapi gen tersebutI b. engapa terapi tersebut memerlukan .aktu yang demikian lama untuk penyembuhannyaI +. Ada dua perbadaan prinsip antara biosintesis nukleotida purin dengan nukleotida pirimidin, jelaskan dengan singkat kedua perbedaaan tersebut. /. $elaskan akti,itas enzim # enzim berikut, termasuk subtrat dan produk reaksinya. a. 9ndonuklease b. Bosfodiesterase &. Bosforilase d. Nukleosida kinase e. A8>ase f. rN"! reduktase

'3. "i dalam sel, umumnya ribonukleotida lebih banyak 4 sampai '3x dibandingkan dengan deoksiribonukleotida. $elaskan dengan dua alasan pokok, mengapa demikian adanyaI ''. Gntuk membentuk keempat ma&am deoksiribonukleotida dari ribonukleotida ada dua ma&am perubahan prinsip yan harus terjadi. !erubahan apa saja itu dan enzim apa yang terlibat dan bagaiman persamaan reaksi masing # masing perubahan ituI
Semi QUE V-2004 /1

'1. rN"! reduktase yang berasal dari E$;oli telah berhasil diisolasi dan dimurnikan dan bahkan dikristalkan sehingga dapat dianalisis dengan difraksi sinar x. <asilnya diketahui bah.a enzim ini mempunyai sisi aktif dan sisi spesifik. a. Apa fungsi dari keduan ma&am sisi enzim ituI b. !erubahan apa saja yang terjadi pada enzim saat berperan sebagai katalis. &. Kemana larinya atom 0 ribose ketika berubah menjadi dioksiribose, dan dari mana elektronnya berasalI d. ekanisme apa yang terjadi pada enzim sehingga dapat kembali ke bentuk semula. '*. Gntuk menjelaskan keberadaan dan keragaman makhluk hidup seperti yang ada pada saat ini ada dua teori yaitu teori e,olusi dan teori kreasi. Atas dasar pengetahuan biokimia, terutama metabolisme asam nukleat, teori mana yang lebih sesuai denga logika, jelaskanT

Semi QUE V-2004

/*

Anda mungkin juga menyukai