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Cristalografa de rayos X

Proceso de determinacin de la estructura de una molcula por cristalografa de rayos X.


La cristalografa de rayos X es una tcnica experimental para el estudio y anlisis de materiales,
basada en el fenmeno de difraccin de los rayos X por slidos en estado cristalino.
Los rayos X son difractados por los electrones que rodean los tomos por ser su longitud de onda
del mismo orden de magnitud que el radio atmico. El a! de rayos X emergente tras esta
interaccin contiene informacin sobre la posicin y tipo de tomos encontrados en su camino. Los
cristales, gracias a su estructura peridica, dispersan elsticamente los aces de rayos X en ciertas
direcciones y los amplifican por interferencia constructi"a, originando un patrn de difraccin.n. #
Existen "arios tipos de detectores especiales para obser"ar y medir la intensidad y posicin de los
rayos X difractados, y su anlisis posterior por medios matemticos permite obtener una
representacin a escala atmica de los tomos y molculas del material estudiado.
$ax "on Laue reali! los primeros experimentos de cristalografa de rayos X en #%#&. 'on Laue,
(illiam )enry *ragg y (illiam La+rence *ragg desarrollaron inicialmente la teora de difraccin
de cristales, tarea a la que pronto se sumaron otros cientficos. , lo largo del siglo XX tu"ieron
lugar "arios a"ances tericos y tcnicos, como la aparicin de los superordenadores y el uso de
sincrotrones para la produccin de rayos X, que incrementaron la capacidad del mtodo para
determinar las propiedades estructurales de todo tipo de molculas- sales, materiales inorgnicos
comple.os, protenas y asta componentes celulares como los ribosomas. Es posible traba.ar con
monocristales o con pol"o microcristalino, consiguindose diferentes datos en ambos casos- para las
aplicaciones que requieren solo una caracteri!acin precisa de los parmetros de la red cristalina,
puede ser suficiente la difraccin de rayos X por pol"o/ para una dilucidacin precisa de las
posiciones atmicas es preferible traba.ar con monocristales.
0ada la relacin existente entre la estructura tridimensional de las molculas y sus propiedades
qumicas y fsicas, la cristalografa a contribuido al a"ance en "arias disciplinas cientficas como la
qumica, la biologa molecular, la geologa, la fsica aplicada y la ciencia de materiales. La amplia
disponibilidad de tubos de rayos X, complementada con el desarrollo de fuentes de rayos X de alta
intensidad a aumentado significati"amente su impacto en estos campos de in"estigacin as como
en reas con aplicaciones industriales, como el desarrollo de frmacos y la mineraloga aplicada. La
mayor limitacin de este mtodo es la necesidad de traba.ar con sistemas cristalinos, por lo que no
es aplicable a disoluciones, a sistemas biolgicos in vivo, a sistemas amorfos o a gases. En algunos
casos, los rayos X pueden romper los enlaces qumicos que mantienen la integridad estructural, lo
que resulta en un modelo distorsionado de la molcula estudiada. Este problema afecta
especialmente a los materiales de inters biolgico.
ndice
# )istoria
#.# Primeros experimentos
#.& El desarrollo de la tcnica- #%&12#%31
#.4 ,"ances en cristalografa de macromolculas- #%312#%51
#.6 Expansin y madure!- #%512&1#1
& ,spectos fsicos
&.# 7ristales y redes cristalinas
&.& 8ayos X
&.4 0ispersin elstica de rayos X
&.6 0ifraccin cristalina
&.6.# Ley de *ragg
&.6.& 9ndices de $iller
&.6.4 La red recproca
&.6.6 La esfera de E+ald
&.6.: El factor de estructura cristalino
4 El problema de las fases
4.# $todos de Patterson
4.& $todos directos
4.4 8eempla!amiento isomorfo
4.6 0ispersin anmala
4.: 8eempla!amiento molecular
6 8efinamiento de la estructura
: 7ristali!acin
3 ,dquisicin de datos
3.# ;uentes de rayos X
3.& 0etectores
3.4 <eometras de difraccin
3.4.# $todo de Laue
3.4.& $todos de rotacin de cristal
3.4.4 $todo de pol"o cristalino
= ,plicaciones
=.# Premios >obel
=.& ,nlisis de minerales
=.4 0ise?o de frmacos
5 7omparacin con otras tcnicas de difraccin cristalogrfica
% Limitaciones
#1 'ase tambin
## >otas
#& 8eferencias
#&.# *ibliografa
#4 Enlaces externos
Historia
Primeros experimentos
Pioneros de la cristalografa de rayos X. 0e arriba aba.o- (illiam ). *ragg, su i.o (illiam L.
*ragg y $ax "on Laue.
La idea de que los cristales son una repeticin peridica de un grupo de molculas ya exista
anteriormente a que (ilelm 7onrad 8@ntgen descubriera los rayos X en #5%:. ,unque las
distancias tpicas entre los planos de la red cristalina se desconocan, se saba que deban ser muy
peque?as comparadas con la longitud de onda de la lu! "isible. Esto le dio al fsico alemn $ax "on
Laue la idea de utili!ar cristales de sulfato de cobre para determinar si los rayos X se componan de
partculas u ondas- dedu.o que, si fueran ondas, deberan generar un patrn de difraccin al
atra"esar los cristales.n. & Los experimentos se reali!aron en #%#&, con la ayuda de (alter ;riedric
y Paul Anipping, ambos antiguos estudiantes de 8@ntgen. Estos experimentos confirmaron la
presencia de difraccin cristalina, interpretada por "on Laue como la extensin a tres dimensiones
de la difraccin de ;raunofer por un enre.ado.
Poco despus, los britnicos (illiam )enry *ragg y (illiam La+rence *ragg Bpadre e i.o
respecti"amenteC reprodu.eron el experimento. (.L. *ragg explic la difraccin como la
interferencia de los rayos X refle.ados por planos cristalinos paralelos, introduciendo la descripcin
conocida desde entonces como la ley de *ragg.# En #%#4, Paul E+ald demostr que las dos
interpretaciones de los resultados publicadas independientemente por "on Laue y *ragg eran
equi"alentes.& 'on Laue recibi el premio >obel de ;sica en #%#6 por su descubrimiento del
fenmeno, y los *ragg recibieron el mismo premio un a?o ms tarde por su traba.o en las
aplicaciones prcticas.n. 4 4 )acia el final de la dcada, se aba logrado determinar las longitudes
de onda de los rayos X y la estructura de "arios compuestos inorgnicos simples y se aban
establecido las bases tericas de la tcnica gracias al traba.o de los ya mencionados in"estigadores,
7arles <alton 0ar+in n. 6 y Peter 0ebye, entre otros.
El desarrollo de la tcnica: 192019!0
El perodo entre #%&1 y #%31 se caracteri! por importantes adelantos metodolgicos que
propiciaron el empleo de la difraccin de rayos X para anali!ar estructuras de molculas ms
comple.as.
0urante la dcada de #%&1, los a"ances de la teora cuntica sir"ieron para caracteri!ar ms
precisamente la interaccin entre los rayos X y los tomos de los cristales/ esto posibilit el anlisis
correcto de la intensidad de la difraccin. En la misma poca aparecieron las tablas para determinar
la simetra cristalina a partir de la distribucin de reflexiones en el patrn de difraccin y se
empe!aron a usar las series de ;ourier para representar la distribucin de electrones en la red
cristalina. Los desarrollos en la representacin matemtica de la densidad electrnica continuaron
asta la Degunda <uerra $undial, facilitando la obtencin de las primeras estructuras de molculas
orgnicas. En #%4:, el cristalgrafo britnico ,rtur Patterson descubri un truco matemtico para
obtener las distancias interatmicas directamente a partir de los datos experimentales, lo que supuso
un importante a"ance en el anlisis de la difraccin.6
Entre las dcadas de #%61 y #%31, surgieron otros procedimientos para la determinacin de
estructuras, especialmente, mtodos eursticos basados en el proceso de ensayo y error, que
demostraron ser bastante exactos en combinacin con restricciones condicionantes basadas en las
propiedades fsicas de una estructura correcta, como por e.emplo, que la densidad electrnica debe
ser siempre positi"a. En este perodo la cristalografa empe! a adquirir importancia en el campo de
la qumica orgnica, proceso que culmin con la determinacin en #%:= de la estructura de la
"itamina *#&, un proyecto liderado por 0oroty )odgEin.6
"#ances en cristalografa de macromolc$las: 19!019%0
El adelanto ms trascendente durante las dcadas de los 31 y =1 fue el reconocimiento de la
cristalografa de protenas y de molculas in"olucradas en procesos biolgicos en general como rea
de in"estigacin cla"e en la biologa molecular. El a?o #%3& marc un ito al otorgarse dos premios
>obel por los resultados obtenidos usando mtodos cristalogrficos en esta rea- el premio >obel de
Fumica fue concedido a $ax Perut! y Gon Aendre+ por sus estudios cristalogrficos de las
protenas emoglobina y mioglobina y el premio >obel de $edicina a ;rancis 7ricE, Games (atson
y $aurice (ilEins por descubrir que el ,0> forma una doble lice.n. : En #%36 0oroty
)odgEin tambin obtu"o el premio >obel de Fumica por la determinacin de "arias estructuras de
importancia biolgica, como la penicilina y la "itamina *#&, entre otras.3
Hn adelanto que facilit en gran medida el xito de las tcnicas cristalogrficas tanto en el caso de
macromolculas orgnicas con un gran nImero de tomos como en el de molculas de menor
tama?o fue el desarrollo de ordenadores digitales/ gracias a ellos fue posible usar programas para
medir y anali!ar fcilmente los datos obtenidos en los experimentos en "e! de reali!ar los
laboriosos clculos manualmente.= Din embargo, al final de este perodo el estudio de protenas
estaba aIn limitado por la ausencia de fuentes de rayos X intensos y el empleo de pelcula
fotogrfica para medir los patrones de difraccin, lo que requera un largo proceso de re"elado y
digitali!acin de las imgenes.n. 3 , consecuencia de estas limitaciones, y a pesar del
reconocimiento generali!ado del potencial de la cristalografa para estos experimentos, a finales de
la dcada de #%=1 el *anco de 0atos de Protenas solo contaba con unas sesenta entradas.5
Expansi&n y mad$re': 19%02010
$odelo cristalogrfico de la subunidad mayor del
ribosoma. La obtencin de esta estructura, galardonada
con el premio >obel de Fumica en &11%, fue posible
gracias a los a"ances tecnolgicos y metodolgicos de los a?os
#%51 y #%%1. 7omo comparacin, a la dereca y aproximadamente
en la misma escala, se muestra el modelo de la mioglobina, una de
las primeras protenas estudiadas con esta tcnica durante los a?os
#%:1 y cuya determinacin se consider un logro considerable en
esa poca.
Los tubos de rayos X, con sucesi"as me.oras, se utili!aron como la
fuente primordial de rayos X para los experimentos de cristalografa desde sus comien!os asta la
dcada de #%=1, poca en la que se empe! a experimentar con la radiacin de sincrotrn de rayos
X. Los sincrotrones dedicados exclusi"amente a la produccin de rayos X aparecieron en la dcada
de #%51 y su nImero no a de.ado de aumentar desde entonces.n. = En la primera dcada del siglo
XXJ se construyeron los primeros lseres de electrones libres de rayos2X, capaces de producir aces
de lu! pulsada de una intensidad de rdenes de magnitud mayor que en las fuentes de lu! sincrotrn
con"encionales. La duracin de los pulsos de lu!, del orden de femtosegundos ofrece la posibilidad
de obser"ar cambios en los cristales a escalas temporales inalcan!ables anteriormente.= 0urante
estos a?os tambin se desarrollaron nue"os detectores bidimensionales o Kde reaL, capaces de
generar directamente una imagen digitali!ada del patrn de difraccin. Estos detectores facilitaron
la rpida medicin y anlisis de la difraccin y sustituyeron totalmente a las placas fotogrficas
usadas asta entonces.
Los mencionados a"ances, unidos al incremento de la capacidad de los ordenadores modernos para
almacenar y procesar datos, an permitido lle"ar a cabo experimentos anta?o irreali!ables, y an
desembocado en un aumento exponencial del nImero de estructuras elucidadas por mtodos
cristalogrficos. El desarrollo ms notable a tenido lugar en el rea de las macromolculas
orgnicas, con ms de 55 111 estructuras depositadas en el *anco de 0atos de Protenas al
comien!o de &1#4.5 La obtencin en &111 de la estructura del ribosoma,% un enorme comple.o de
cidos nucleicos y "arias protenas donde tiene lugar la sntesis de protenas en la clula, ilustra las
capacidades que a alcan!ado la tcnica.
"spectos fsicos
Cristales y redes cristalinas

Estructura cristalina de cloruro de idrgeno deuterado con la celda unidad superpuesta sobre las
molculas. La red cristalina se forma mediante la translacin de la celda unidad a lo largo de las
direcciones definidas por y .

Parmetros de la celda unidad
,rtculos principales- Celda unidad y Redes de Bravais.
Los cristales estn formados por una repeticin peridica de molculas en tres dimensiones. El
cristal se puede representar matemticamente como una red tridimensional, llamada Kred de
*ra"aisL, en la que todas las intersecciones, o nodos, son idnticas.#1 ## El paraleleppedo definido
por las lneas entre distintos nodos de la red se conoce como la celda unidad/ aunque para una red
dada sea posible designar mIltiples celdas unidad que cumplan esta definicin, por con"encin se
escoge abitualmente la de menor "olumen que refle.e la simetra del cristal.#& ## La celda unidad
se define por la longitud de sus lados , y en la direccin de los
tres e.es espaciales y los ngulos , y que los e.es de la red
forman entre s. Las coordenadas de cualquier punto de la red cristalina se pueden expresar como
una combinacin lineal de los "ectores , y .#4
La posicin de un tomo en la celda unidad se expresa como coordenadas fraccionarias de
, y de la siguiente forma-

con las coordenadas B , , C comprendidas entre 1 y #.#6
El ob.eti"o de los experimentos de difraccin por rayos X es a"eriguar , y
para cada tomo. Para lograrlo es necesario, en primer lugar, determinar la relacin
entre la red cristalina y la geometra del patrn de difraccin y, en segundo lugar, obtener las
posiciones de los tomos a partir de la intensidad de la difraccin.
(ayos X
,rtculo principal- Rayos X

8epresentacin esquemtica de una onda electromagntica, mostrando la oscilacin peridica de los
campos elctrico y magntico.
Los rayos X son un tipo de radiacin electromagntica con longitudes de onda entre #1 y #1
2&
nm o
energas entre 1,# y #11 Ee'.#: Para los experimentos de difraccin cristalina se suelen usar rayos
X de energa relati"amente alta, del orden de #1 Ee', correspondiente a longitudes de onda del
orden de 1,# nm.#3 #=
Los rayos X se describen matemticamente como una onda sinusoidal propagndose a tra"s del
espacio. Momando un punto arbitrario como origen, el "alor del campo elctrico en funcin del
tiempo se puede escribir como-#5 #%