Proceso de determinacin de la estructura de una molcula por cristalografa de rayos X.
La cristalografa de rayos X es una tcnica experimental para el estudio y anlisis de materiales, basada en el fenmeno de difraccin de los rayos X por slidos en estado cristalino. Los rayos X son difractados por los electrones que rodean los tomos por ser su longitud de onda del mismo orden de magnitud que el radio atmico. El a! de rayos X emergente tras esta interaccin contiene informacin sobre la posicin y tipo de tomos encontrados en su camino. Los cristales, gracias a su estructura peridica, dispersan elsticamente los aces de rayos X en ciertas direcciones y los amplifican por interferencia constructi"a, originando un patrn de difraccin.n. # Existen "arios tipos de detectores especiales para obser"ar y medir la intensidad y posicin de los rayos X difractados, y su anlisis posterior por medios matemticos permite obtener una representacin a escala atmica de los tomos y molculas del material estudiado. $ax "on Laue reali! los primeros experimentos de cristalografa de rayos X en #%#&. 'on Laue, (illiam )enry *ragg y (illiam La+rence *ragg desarrollaron inicialmente la teora de difraccin de cristales, tarea a la que pronto se sumaron otros cientficos. , lo largo del siglo XX tu"ieron lugar "arios a"ances tericos y tcnicos, como la aparicin de los superordenadores y el uso de sincrotrones para la produccin de rayos X, que incrementaron la capacidad del mtodo para determinar las propiedades estructurales de todo tipo de molculas- sales, materiales inorgnicos comple.os, protenas y asta componentes celulares como los ribosomas. Es posible traba.ar con monocristales o con pol"o microcristalino, consiguindose diferentes datos en ambos casos- para las aplicaciones que requieren solo una caracteri!acin precisa de los parmetros de la red cristalina, puede ser suficiente la difraccin de rayos X por pol"o/ para una dilucidacin precisa de las posiciones atmicas es preferible traba.ar con monocristales. 0ada la relacin existente entre la estructura tridimensional de las molculas y sus propiedades qumicas y fsicas, la cristalografa a contribuido al a"ance en "arias disciplinas cientficas como la qumica, la biologa molecular, la geologa, la fsica aplicada y la ciencia de materiales. La amplia disponibilidad de tubos de rayos X, complementada con el desarrollo de fuentes de rayos X de alta intensidad a aumentado significati"amente su impacto en estos campos de in"estigacin as como en reas con aplicaciones industriales, como el desarrollo de frmacos y la mineraloga aplicada. La mayor limitacin de este mtodo es la necesidad de traba.ar con sistemas cristalinos, por lo que no es aplicable a disoluciones, a sistemas biolgicos in vivo, a sistemas amorfos o a gases. En algunos casos, los rayos X pueden romper los enlaces qumicos que mantienen la integridad estructural, lo que resulta en un modelo distorsionado de la molcula estudiada. Este problema afecta especialmente a los materiales de inters biolgico. ndice # )istoria #.# Primeros experimentos #.& El desarrollo de la tcnica- #%&12#%31 #.4 ,"ances en cristalografa de macromolculas- #%312#%51 #.6 Expansin y madure!- #%512&1#1 & ,spectos fsicos &.# 7ristales y redes cristalinas &.& 8ayos X &.4 0ispersin elstica de rayos X &.6 0ifraccin cristalina &.6.# Ley de *ragg &.6.& 9ndices de $iller &.6.4 La red recproca &.6.6 La esfera de E+ald &.6.: El factor de estructura cristalino 4 El problema de las fases 4.# $todos de Patterson 4.& $todos directos 4.4 8eempla!amiento isomorfo 4.6 0ispersin anmala 4.: 8eempla!amiento molecular 6 8efinamiento de la estructura : 7ristali!acin 3 ,dquisicin de datos 3.# ;uentes de rayos X 3.& 0etectores 3.4 <eometras de difraccin 3.4.# $todo de Laue 3.4.& $todos de rotacin de cristal 3.4.4 $todo de pol"o cristalino = ,plicaciones =.# Premios >obel =.& ,nlisis de minerales =.4 0ise?o de frmacos 5 7omparacin con otras tcnicas de difraccin cristalogrfica % Limitaciones #1 'ase tambin ## >otas #& 8eferencias #&.# *ibliografa #4 Enlaces externos Historia Primeros experimentos Pioneros de la cristalografa de rayos X. 0e arriba aba.o- (illiam ). *ragg, su i.o (illiam L. *ragg y $ax "on Laue. La idea de que los cristales son una repeticin peridica de un grupo de molculas ya exista anteriormente a que (ilelm 7onrad 8@ntgen descubriera los rayos X en #5%:. ,unque las distancias tpicas entre los planos de la red cristalina se desconocan, se saba que deban ser muy peque?as comparadas con la longitud de onda de la lu! "isible. Esto le dio al fsico alemn $ax "on Laue la idea de utili!ar cristales de sulfato de cobre para determinar si los rayos X se componan de partculas u ondas- dedu.o que, si fueran ondas, deberan generar un patrn de difraccin al atra"esar los cristales.n. & Los experimentos se reali!aron en #%#&, con la ayuda de (alter ;riedric y Paul Anipping, ambos antiguos estudiantes de 8@ntgen. Estos experimentos confirmaron la presencia de difraccin cristalina, interpretada por "on Laue como la extensin a tres dimensiones de la difraccin de ;raunofer por un enre.ado. Poco despus, los britnicos (illiam )enry *ragg y (illiam La+rence *ragg Bpadre e i.o respecti"amenteC reprodu.eron el experimento. (.L. *ragg explic la difraccin como la interferencia de los rayos X refle.ados por planos cristalinos paralelos, introduciendo la descripcin conocida desde entonces como la ley de *ragg.# En #%#4, Paul E+ald demostr que las dos interpretaciones de los resultados publicadas independientemente por "on Laue y *ragg eran equi"alentes.& 'on Laue recibi el premio >obel de ;sica en #%#6 por su descubrimiento del fenmeno, y los *ragg recibieron el mismo premio un a?o ms tarde por su traba.o en las aplicaciones prcticas.n. 4 4 )acia el final de la dcada, se aba logrado determinar las longitudes de onda de los rayos X y la estructura de "arios compuestos inorgnicos simples y se aban establecido las bases tericas de la tcnica gracias al traba.o de los ya mencionados in"estigadores, 7arles <alton 0ar+in n. 6 y Peter 0ebye, entre otros. El desarrollo de la tcnica: 192019!0 El perodo entre #%&1 y #%31 se caracteri! por importantes adelantos metodolgicos que propiciaron el empleo de la difraccin de rayos X para anali!ar estructuras de molculas ms comple.as. 0urante la dcada de #%&1, los a"ances de la teora cuntica sir"ieron para caracteri!ar ms precisamente la interaccin entre los rayos X y los tomos de los cristales/ esto posibilit el anlisis correcto de la intensidad de la difraccin. En la misma poca aparecieron las tablas para determinar la simetra cristalina a partir de la distribucin de reflexiones en el patrn de difraccin y se empe!aron a usar las series de ;ourier para representar la distribucin de electrones en la red cristalina. Los desarrollos en la representacin matemtica de la densidad electrnica continuaron asta la Degunda <uerra $undial, facilitando la obtencin de las primeras estructuras de molculas orgnicas. En #%4:, el cristalgrafo britnico ,rtur Patterson descubri un truco matemtico para obtener las distancias interatmicas directamente a partir de los datos experimentales, lo que supuso un importante a"ance en el anlisis de la difraccin.6 Entre las dcadas de #%61 y #%31, surgieron otros procedimientos para la determinacin de estructuras, especialmente, mtodos eursticos basados en el proceso de ensayo y error, que demostraron ser bastante exactos en combinacin con restricciones condicionantes basadas en las propiedades fsicas de una estructura correcta, como por e.emplo, que la densidad electrnica debe ser siempre positi"a. En este perodo la cristalografa empe! a adquirir importancia en el campo de la qumica orgnica, proceso que culmin con la determinacin en #%:= de la estructura de la "itamina *#&, un proyecto liderado por 0oroty )odgEin.6 "#ances en cristalografa de macromolc$las: 19!019%0 El adelanto ms trascendente durante las dcadas de los 31 y =1 fue el reconocimiento de la cristalografa de protenas y de molculas in"olucradas en procesos biolgicos en general como rea de in"estigacin cla"e en la biologa molecular. El a?o #%3& marc un ito al otorgarse dos premios >obel por los resultados obtenidos usando mtodos cristalogrficos en esta rea- el premio >obel de Fumica fue concedido a $ax Perut! y Gon Aendre+ por sus estudios cristalogrficos de las protenas emoglobina y mioglobina y el premio >obel de $edicina a ;rancis 7ricE, Games (atson y $aurice (ilEins por descubrir que el ,0> forma una doble lice.n. : En #%36 0oroty )odgEin tambin obtu"o el premio >obel de Fumica por la determinacin de "arias estructuras de importancia biolgica, como la penicilina y la "itamina *#&, entre otras.3 Hn adelanto que facilit en gran medida el xito de las tcnicas cristalogrficas tanto en el caso de macromolculas orgnicas con un gran nImero de tomos como en el de molculas de menor tama?o fue el desarrollo de ordenadores digitales/ gracias a ellos fue posible usar programas para medir y anali!ar fcilmente los datos obtenidos en los experimentos en "e! de reali!ar los laboriosos clculos manualmente.= Din embargo, al final de este perodo el estudio de protenas estaba aIn limitado por la ausencia de fuentes de rayos X intensos y el empleo de pelcula fotogrfica para medir los patrones de difraccin, lo que requera un largo proceso de re"elado y digitali!acin de las imgenes.n. 3 , consecuencia de estas limitaciones, y a pesar del reconocimiento generali!ado del potencial de la cristalografa para estos experimentos, a finales de la dcada de #%=1 el *anco de 0atos de Protenas solo contaba con unas sesenta entradas.5 Expansi&n y mad$re': 19%02010 $odelo cristalogrfico de la subunidad mayor del ribosoma. La obtencin de esta estructura, galardonada con el premio >obel de Fumica en &11%, fue posible gracias a los a"ances tecnolgicos y metodolgicos de los a?os #%51 y #%%1. 7omo comparacin, a la dereca y aproximadamente en la misma escala, se muestra el modelo de la mioglobina, una de las primeras protenas estudiadas con esta tcnica durante los a?os #%:1 y cuya determinacin se consider un logro considerable en esa poca. Los tubos de rayos X, con sucesi"as me.oras, se utili!aron como la fuente primordial de rayos X para los experimentos de cristalografa desde sus comien!os asta la dcada de #%=1, poca en la que se empe! a experimentar con la radiacin de sincrotrn de rayos X. Los sincrotrones dedicados exclusi"amente a la produccin de rayos X aparecieron en la dcada de #%51 y su nImero no a de.ado de aumentar desde entonces.n. = En la primera dcada del siglo XXJ se construyeron los primeros lseres de electrones libres de rayos2X, capaces de producir aces de lu! pulsada de una intensidad de rdenes de magnitud mayor que en las fuentes de lu! sincrotrn con"encionales. La duracin de los pulsos de lu!, del orden de femtosegundos ofrece la posibilidad de obser"ar cambios en los cristales a escalas temporales inalcan!ables anteriormente.= 0urante estos a?os tambin se desarrollaron nue"os detectores bidimensionales o Kde reaL, capaces de generar directamente una imagen digitali!ada del patrn de difraccin. Estos detectores facilitaron la rpida medicin y anlisis de la difraccin y sustituyeron totalmente a las placas fotogrficas usadas asta entonces. Los mencionados a"ances, unidos al incremento de la capacidad de los ordenadores modernos para almacenar y procesar datos, an permitido lle"ar a cabo experimentos anta?o irreali!ables, y an desembocado en un aumento exponencial del nImero de estructuras elucidadas por mtodos cristalogrficos. El desarrollo ms notable a tenido lugar en el rea de las macromolculas orgnicas, con ms de 55 111 estructuras depositadas en el *anco de 0atos de Protenas al comien!o de &1#4.5 La obtencin en &111 de la estructura del ribosoma,% un enorme comple.o de cidos nucleicos y "arias protenas donde tiene lugar la sntesis de protenas en la clula, ilustra las capacidades que a alcan!ado la tcnica. "spectos fsicos Cristales y redes cristalinas
Estructura cristalina de cloruro de idrgeno deuterado con la celda unidad superpuesta sobre las molculas. La red cristalina se forma mediante la translacin de la celda unidad a lo largo de las direcciones definidas por y .
Parmetros de la celda unidad ,rtculos principales- Celda unidad y Redes de Bravais. Los cristales estn formados por una repeticin peridica de molculas en tres dimensiones. El cristal se puede representar matemticamente como una red tridimensional, llamada Kred de *ra"aisL, en la que todas las intersecciones, o nodos, son idnticas.#1 ## El paraleleppedo definido por las lneas entre distintos nodos de la red se conoce como la celda unidad/ aunque para una red dada sea posible designar mIltiples celdas unidad que cumplan esta definicin, por con"encin se escoge abitualmente la de menor "olumen que refle.e la simetra del cristal.#& ## La celda unidad se define por la longitud de sus lados , y en la direccin de los tres e.es espaciales y los ngulos , y que los e.es de la red forman entre s. Las coordenadas de cualquier punto de la red cristalina se pueden expresar como una combinacin lineal de los "ectores , y .#4 La posicin de un tomo en la celda unidad se expresa como coordenadas fraccionarias de , y de la siguiente forma-
con las coordenadas B , , C comprendidas entre 1 y #.#6 El ob.eti"o de los experimentos de difraccin por rayos X es a"eriguar , y para cada tomo. Para lograrlo es necesario, en primer lugar, determinar la relacin entre la red cristalina y la geometra del patrn de difraccin y, en segundo lugar, obtener las posiciones de los tomos a partir de la intensidad de la difraccin. (ayos X ,rtculo principal- Rayos X
8epresentacin esquemtica de una onda electromagntica, mostrando la oscilacin peridica de los campos elctrico y magntico. Los rayos X son un tipo de radiacin electromagntica con longitudes de onda entre #1 y #1 2& nm o energas entre 1,# y #11 Ee'.#: Para los experimentos de difraccin cristalina se suelen usar rayos X de energa relati"amente alta, del orden de #1 Ee', correspondiente a longitudes de onda del orden de 1,# nm.#3 #= Los rayos X se describen matemticamente como una onda sinusoidal propagndose a tra"s del espacio. Momando un punto arbitrario como origen, el "alor del campo elctrico en funcin del tiempo se puede escribir como-#5 #%