Quando os portugueses encontraram o Reino do Kongo em 1482, imaginaram
que era o principal Reino da África que procuravam, afinal eles já tinham passado pelo norte nas bordas de Mali, ao leste deixando cristão o Reino da Etiópia e ao sul na Costa de Capa, mas nunca tinham visto um reino como aquele. O Rei João II comissionou Diogo Cao para viajar até a Costa Ocidental da África para achar uma outra rota para a Índia e Etiópia. Ele notou que o contorno da costa estava diferente devido a descarga de água fresca e doce no oceano, e velejou para cima até chegar na boca do Kongo. Diogo ancorou e foi cumprimentado pelos cidadãos locais, que usavam a melhor forma de se comunicar. Ele logo escalou um time de quatro de seus homens para conhecer o soberano Manikongo. Como eles demoraram muito tempo para retornar, Cao assumiu que eles tinham sido assassinados e seqüestrou quatro nativos do Kongo que tinham ficado com o restante da tripulação que velejou de volta para Portugal. Estes quatro cativos que foram para Portugal tiveram suas mentes totalmente poluídas com uma versão imperialista romana de Cristianismo e noção superior de civilização européia. Em dezembro de 1490, o Rei João II organizou novamente uma outra expedição que estava disposta a devolver os quatro cidadãos do Kongo para sua terra nativa. O Rei designou e nomeou Goncola Sousa, um explorador português com uma dúzia de padres, um contingente de soldados, pedreiros, carpinteiros, artesãos, cozinheiras, padeiros e alfaiates. A missão deles era na verdade encantar o Manikongo e convertê-lo ao Catolicismo romano para entrar em aliança com Portugal. Goncola Sousa ficou doente na viagem e faleceu antes de chegar ao Kongo. Seu sobrinho, Rui de Sousa assumiu o comando da expedição que teve sucesso. Ele devolveu os quatro nativos já convertidos ao Manikongo que foi convencido a se tornar um Cristão para formar uma aliança com Portugal. Durante a próxima década, aproximadamente 1500, os padres portugueses converteram os cidadãos do Kongo. Seria injusto dizer que o Manikongo se tornou um Cristão cego e convertido. Os portugueses adaptaram e incorporaram o simbolismo Cristão no ambiente cultural da cosmologia espiritual dos habitantes do Kongo. Sendo assim, os portugueses descobriram que na cultura espiritual religiosa do Povo do Kongo existia um Ser Supremo que era chamado de Nzambi Mpunguin KiKongo, o criador de todas as coisas. Porém, consistente com outras culturas africanas, Nzambi era visto como a força remota com atividade humana cotidiana que criou uma hierarquia de espíritos celestiais, terrestres, e ancestrais, criando os Nkisi, reforçando a conexão dos humanos com estes espíritos criativos. Eles viram a cruz como sendo uma versão do cosmograma do Kongo, uma "assinatura" de Nzambi que delineou o mundo Superior do mais baixo mundo; como também o princípio feminino do princípio masculino. O Kongo gravitou ao ato Cristão de batismo usando água em um ato ritual de purificação, uma prática profundamente inveterada na expressão espiritual deles. Além disso, eles renunciaram monogamia e celibato e mantiveram o matrilinear na estrutura familiar polígama. O fato é que o Povo do Kongo não viu nenhuma contradição e manteve sua perspectiva espiritual tradicional e ainda aceitava a doutrina Cristã frustrada para confundir os missionários que começaram a ver o povo como selvagens desesperados. Em Portugal, o Rei João II maquinava planos abomináveis. Ele estava entrando verdadeiramente no Kongo com a Bíblia numa mão e a arma na outra. No mesmo ano que ele enviou a expedição ao Kongo, criou uma colônia penal ao largo da costa em uma ilha pequena na África chamada São Tomé. Durante a próxima década, ele ofereceu liberdade aos criminosos no reino do Kongo. Sendo assim, os criminosos se instalariam em São Tomé, organizariam invasões na costa, e escravizariam os habitantes do Kongo e começaram a dar mais atenção ao roubo de mulheres para criar uma nação de mestiços. Estes mestiços eram aculturados a um estilo de vida de pirataria, prostituição e escravização do Kongo. Antes de 1511, o ManiKongo estava enviando cartas de suplicas ao Rei João II para que ele controlasse seus ex-condenados. Porém, algo aconteceu neste meio tempo que marcou o destino do Kongo. Outra expedição portuguesa que tinha descoberto o Brasil, necessitava de uma grande força de trabalho para colonizar um Novo Mundo. Assim, em vez de reduzir os exílios de São Tomé, o Rei os organizou e montou um sistema de desabitação do Kongo. Um ambiente de embriaguez e terror foi criado na nação. Comerciantes de escravo incitaram rebeliões de chefes locais, e os fizeram invadir clãs vizinhos. É triste dizer, mas o Manikongo era tão ingênuo, que não pôde ver que o Rei português era o responsável pelo comportamento dos comerciantes de escravos. O Manikongo escreveu novamente para o Rei português, que já era o Rei John III que ignorou por completo suas súplicas. A situação disparou descontrolada durante os próximos duzentos anos daquele tempo, onde também estavam envolvidos no comércio escravo os holandeses e britânicos, que trafegavam nas rotas do Atlântico junto com Portugal, e a cada vez mais continuavam desestabilizando e despovoando o Kongo. Antes do 18º século, é calculado que os portugueses levaram 4 milhões de habitantes do Kongo para escravidão no Novo Mundo, principalmente para o Brasil. Os britânicos e holandeses levaram aproximadamente 3,4 milhões de escravos do Kongo que foram esparramados ao longo do Caribe e América do Norte. Os habitantes do Kongo apenas levaram consigo nestas viagens a sua cosmologia e práticas de espirituais.