BIOQ-121 Clase 5 Protenas II

1
En la clase anterior vimos la estructura primaria de las protenas y empezando
a ver las estructuras secundarias.

Enlace pptidico:
El enlace peptdico tiene
carcter parcial de doble enlace, por lo tanto, es
mucho ms rgido que un enlace covalente simple
entre C-N, lo que restringe a la molcula en
configuraciones, es decir, puede estar en
configuracin trans o en configuracin cis.
Obviamente una configuracin
energticamente ms favorable, es la
configuracin trans debido a que los grupos
tienen menos impedimento estrico.
El enlace peptdico C-N es rgido y todos los
tomos se encuentran en el mismo plano, pero
entorno al Carbono no tiene carcter de doble enlace y pueden rotar, por lo tanto, un a con
respecto al otro, en la estructura puede rotar.

Estas posiciones van a permitir el
acercamiento o alejamiento de
grupos R en el espacio, y por lo
tanto, van a poder ocupar solo
algunos ngulos apropiados. Los
distintos grados, de los ngulos que
pueden formar los enlaces, hace
que solo las zonas azules sean ms favorables energticamente
y, por lo tanto, eso restringe la relacin de un a con el otro en el
espacio. Entonces, las configuraciones espaciales que pueden
tomar son algunas; y esto es lo que define la estructura
secundaria.
El primer elemento de estructura secundaria que es
relativamente estable y va a depender de la posicin del a, vale
Revisar caractersticas de enlace peptidico en
BIOROM2008

BIOQ-121 Clase 5 Protenas II

2
decir, de la secuencia a estructura primaria de una zona de la protena, es la -hlice
(que adems histricamente fue la primera estructura espacial reconocida dentro de
una protena). Entonces, los a van girando en torno a un eje imaginario y dejando
expuesto los grupos R hacia fuera del espacio. Cada vuelta de -hlice tiene
3,6 residuos de a y tiene una altura de 5,4 . Esta estructura es estabilizada
por enlaces puente hidrogeno que es formado por el oxgeno que queda del
grupo carboxilo del residuo de a con el Hidrogeno del nitrgeno que queda
inferior a l. Esta es una -hlice dextrorrotaria (hay a que son
levorrotatorias pero son casos especiales)

Es una vista desde arriba donde se ven los grupos R de los a hacia la
periferia lo que causa un menor impedimento estrico. Es una distribucin espacial
que es extremadamente estable.

Hlice levgira (izquierda) y la otra es dextrgira (derecha)

Otra caracterstica de la -hlice es que es un dipolo dado que abajo quedan
oxgenos (de los carboxilos) libres y los otros carboxilos quedan haciendo puente
de hidrogeno en la mitad de la estructura, por lo tanto, las cargas estn
compensadas o neutralizadas. En cambio, la parte de arriba estn los a libres y,
por lo tanto, s hay cargas positivas. Entonces la -hlice tiene cargas en sus
extremos lo que constituye un dipolo.


Otra estructura secundaria de la protena es lo que se
conoce como hoja -plegada, en donde la cadena de a
hace como un zig-zag; una cadena por s sola no es
estable, generalmente se requieren dos hojas (una para
cada sentido) denominadas cadenas antiparalelas,
porque cada una empieza en carboxilo y termina en
amino. Hay un segmento de a que hace de conector.
Forman puente de hidrogeno intercadena que estabilizan
estas hojas -plegadas en el espacio formando una
lmina dentro de la protena.
Tambin existe la hoja paralela donde la cadena
carboxilo-amino da una vuelta por debajo; y los
grupos R de a alternados quedan lo ms alejados
posibles del espacio (hacia abajo y hacia arriba), por lo
tanto, el impedimento estrico est bastante
disminuido.

BIOQ-121 Clase 5 Protenas II

3

Otro elemento de estructura secundaria es la -turns
o vuelta cerrada, y hay las de tipo I y tipo II. En las
de tipo I (izquierda) un a, dependiendo de sus
caractersticas, hace un codo en la protena
permitindole una distinta configuracin espacial, y
por lo tanto, si viene una -hlice se rompe la
estructura -hlice y da una vuelta; o una -plegada
hace lo mismo. Esto es estabilizado por puentes de
hidrgeno y en general, todas las estructuras
secundarias son estabilizadas por estos puentes; los
enlaces dbiles son los que permiten las estructuras de las protenas y sus interacciones.
Las de tipo II (derecha) son muy semejantes a las tipo I solo que la disposicin espacial de los a es
un poco distinta.

Uno de los a que influye mucho es la estructura
secundaria de la protena es la prolina, porque no es un a
tpico sino que es un iminocido, ya que, el amino est
formando parte de un ciclo de grupo R y, por lo tanto,
puede existir como ismero
en una configuracin trans o
cis; y dependiendo de la configuracin que tenga es la influencia
mayoritaria en la protena. La prolina rompe estructuras -hlice y,
por lo tanto, est en la -turns y casi nunca est en estructuras
secundarias como -hlice o hoja -plegada, sino que
rompindolas.

Son los ngulos que estn restringidos y determinan la estructura
espacial del a.
Se muestra el mapa de distintas protenas y la posicin de sus estructuras secundarias.


Lo otro que influye
definitivamente sobre
que estructura
secundaria opta una
zona determinada de
una protena es saber
que a estn presentes.
BIOQ-121 Clase 5 Protenas II

4
En forma de barra se indica la probabilidad de un a de estar formando una estructura -hlice,
hoja -plegada o -turns. En -hlice va disminuyendo la probabilidad: glutmico, metionina y
alanina son lo que ms estn presentes;
prolina y glicina son los que menos estn,
pero son los que ms forman -turns
junto con la asparragina. En las -plegada
estn la isoleucina y valina. Pero no solo
es importante qu a, sino tambin qu
a se tiene alrededor con el que se
fusiona porque de esto va a depender su
comportamiento. A partir de la secuencia
de a, o sea, de su estructura primaria, se
puede predecir la estructura secundaria
adoptada una zona determinada de la protena.

[El dicrosmo circular permite conocer si una protena tiene -hlice, hoja -plegada o -turns]

Las estructuras secundarias de las protenas tienen que ver con algunas de las propiedades que
tienen. Espacialmente las protenas forman 2 tipos de estructuras: globulares y fibrilares.
Las fibrilares tienen hasta la estructura secundaria la que se asocia espacialmente para formar otro
tipo de estructura.

Estructuras secundarias y propiedades de protenas fibrilares
Estructura Caracterstica Ejemplo
-hlice que presenta entre
cadenas puentes dislfuro
Son resistentes, insolubles,
protegen y tiene distintos
grados de dureza y flexibilidad.
Forman las queratinas del
pelo, en las plumas de las aves
y las uas.
Hoja conformacin
Triple hlice de colgeno
Suaves, filamentos flexibles,
colgeno altamente resistente
a la tensin sin elasticidad.
Fibrona de la seda, colgeno
de los tendones y matriz de los
huesos.

Se tiene una queratina que presenta una estructura secundaria
de -hlice, dos de estas
cadenas se asocian y se
enrollan una sobre la otra
para formar una
estructura bsica, la que
se asocia seguidamente
de otra de las mismas
estructuras para formar
el protofilamento que
luego se asocian para
BIOQ-121 Clase 5 Protenas II

5
formar la protofibrina que tiene entre 40 y 50 . Finalmente estas protofibrinas se asocian entre
ellas para formar un filamento intermedio que est dentro de la clula la que forma un pelo
(clulas muertas llenas de colgeno cuya esencia es -hlice).

Los monmeros de queratina contienen cistena
que son capaces de formar puentes covalentes
llamados puentes dislfuro los que se pueden
romper por reduccin haciendo la permanente o
aplicando calor (menos efectivo), lo que le da otra
forma a la estructura de protena (pelo) forzando a
la fibra de queratina a adquirir la otra forma; y en
este punto lo oxidan formndose los enlaces entre
cistenas ms prximas.
El aplicar calor es menos eficiente, ya que, es ms
inestable; lentamente se comienzan a romper nuevamente los enlaces porque la cantidad de
puentes dislfuro que se modifican es muy baja, en cambio, con los lquidos de la permanente se
rompen prcticamente todos los enlaces.

Otra protena fibrilar importante es el colgeno. Este forma una
-hlice levorrotatoria que tiene caractersticas distintas a la
dextrorrotatoria, ya que va a depender del tipo de a que
contenga; en este caso la secuencia tiene glicina, prolina y otro
a.


Fibras de colgeno al microscopio. Tenemos a la molcula
triple hlice de colgeno que tiene entrecruzamientos
formando enlaces covalentes; las estriaciones observadas se
deben a los espacios que hay entre dos cadenas. El enlace
covalente que presentan, en muchos casos, es un residuo
especial llamado dihidrohidroxilisinonorleucina, obtenida
por dos lisinas que se enfrentan formando el enlace de la
reaccin entre los grupos C-H de una lisina y el grupo amino
de la otra lisina, por lo tanto, una de ellas pierde su grupo
amino en la posicin final.






BIOQ-121 Clase 5 Protenas II

6


Estructura de la seda de hoja -plegada, es una repeticin de
a como glicina y alanina que son los ms abundantes.

Las protenas fibrilares tiene funcin estructural y los a que
tienen son pobres, ya que, desde el punto de vista nutricional
no son gran aporte.
Ac se muestra el tamao de protena
que genera la conformacin con mucho espacio, la -hlice con un
espacio mucho menor (fibrilares), y de menos espacio las protenas
globulares.

Las protenas globulares poseen funciones biolgicas activas como las
enzimas, receptores, inmunoglobulinas, etc. que forman una estructura
mucho ms cercana a una esfera.
Cuando nos referimos a protenas globulares
estamos hablando del prximo nivel de
estructura. Los elementos de estructura
secundaria se ordenan y relacionan
espacialmente formando una estructura
tridimensional tpica para una protena. No basta con que la protena tenga estructura secundaria,
sino que debe tener un ordenamiento en el espacio que relaciona los distintos elementos de esta
estructura.
Una protena como la albumina siempre va a adquirir la
misma conformacin espacial; todas las veces se
sintetizan como un polmero de a, pero primero
adquiere estructura secundaria y luego terciaria, y en
algunos casos cuaternaria.
Cuando la protena esta en estructura terciaria es
biolgicamente activa, al contrario, las fibrilares
adquieren estructura secundaria y luego se asocian para
formar estructuras filamentosas o fibrosas y son las que
van a ser activas.

Ac se muestras distintas formas de representar estructuras terciarias (hemoglobinas). (a)
Estructura secundaria en el espacio. (b) y (c) Forma ms estilizada de mostrarlo. (d) Mostrando
superficie de los residuos de a. (e) Muestra el volumen de los tomos en el espacio.
La representacin espacial de la mioglobina y de la hemoglobina tienen ms o menos la misma
estructura tridimensional cuya funcin es el transporte de oxgeno en la sangre.
BIOQ-121 Clase 5 Protenas II

7
Hay mtodos para determinar la estructura tridimensional de una molcula. Tenemos que en el
microscopio ptico la imagen se puede aumentar hasta 2000 veces con lo cual se puede ver una
bacteria, reconocer algunos organelos dentro de la clula; luego tenemos el microscopio
electrnico que logra aumentar 1 milln de veces la imagen con lo cual se puede reconocer hasta
virus y su estructura, trozos de organelos,
ribosomas e incluso protenas grandes como
la hemocianina que transporta el oxgeno en
invertebrados; finalmente tenemos la
cristalografa de rayos X con lo cual se puede
determinar la estructura tridimensional de la
molcula y, ac se necesitan tener cristales
de la protena los cuales son sometidos a la
difraccin de rayos X y luego a una
computadora donde los datos son
interpretados dando la distribucin espacial
de los tomos que conforman la molcula.
En la actualidad, la mayora de la estructura terciaria de las protenas que se conoce es de
protenas solubles, en cambio, las protenas de membrana, como interaccionan con lpidos, es
extraordinariamente difcil poder cristalizarlas. Como actualmente hay un banco de datos con la
estructura tridimensional de muchas protenas, lo que se hace como primera aproximacin a de
las protenas nuevas que se van a estudiar es utilizar modelamiento molecular; uno busca a lo que
ms se parece la estructura primaria de la protena y con ella, si es que se tiene su estructura
terciaria, se busca in silico si la protena
analizada se puede plegar de una forma
semejante dando el grado de certeza, ya que,
mide la energa libre de la protena y, si es lo
suficientemente baja, es un modelo probado;
esto evita hacer rayos X.
Y Por qu tan importante? Un
farmacutico en la industria, para ver si un
frmaco va a interactuar con estas molculas
nuevas, necesitan conocer la estructura terciaria y conociendo esta
aunque sea la ms probable, se pueden ubicar sitios donde la otra molcula podra interactuar.
La lisozima espacialmente se diferencia del citocromo c.
La ribonucleasa es una enzima que es capaz de degradar el RNA, su estructura espacial combina
hoja -plegada con -hlice.
BIOQ-121 Clase 5 Protenas II

8
Cuando uno analiza la estructura tridimensional de mltiples protenas globulares, se encuentra
con la cantidad de -hlice y de hoja -plegada que hay en la molcula. El resto es sin estructura
secundaria o estructura al azar.




No todos los a de la estructura
primaria estn formando -hlice o
-plegada. De hecho hay una
protena inhibidora de tripsina que
no posee nada de estructura
secun
daria, pero es terciaria tridimensional.
A parte de la estructura secundaria
que se ha descrito, se pueden reconocer en distintas
protenas, lo que corresponde a super estructuras secundarias. Un elemento que se
repite es el -- loop o -- loop (nota: las hoja -plegada son paralelas). Otro
elemento es - corner.

Tpicas conexiones de motivo .


Conexiones entrecruzadas de hojas


-barrel. Forma un tubo
de hojas - plegada,
esta es bien
importante para
algunas
funciones
BIOQ-121 Clase 5 Protenas II

9
biolgicas como, por ejemplo, la protena fluorescente verde.

Hojas en un plano

Varios tipos de -- loop se pueden conectar para formar un barril -. Esto es una estructura
como un barril en el centro rodeado por estructuras .

Las protenas primeramente se van plegando para adoptar estructura secundaria y luego estas se
asocian a sper secundarias para llegar finalmente a la terciaria.


BIOQ-121 Clase 5 Protenas II

10
Resumen de protenas:

Tienen solo -hlice: albumina de bobino, ferritina, glucosiltransferasa, protena que se une al
DNA.
Tienen solo -plegada: inhibidor de la amilasa, UDP acetilglucosamina acetiltransferasa,
hemopexina, manosa especifia, inmunoglobulina like.

BIOQ-121 Clase 5 Protenas II

11

Las estructuras terciarias, en algunos casos tienen actividad biolgica, y en otros
se requiere una actividad superior, es decir, la estructura cuaternaria que es la
asociacin de unidades que tienen estructura terciaria. Ac tenemos un ejemplo
que corresponde a la hemoglobina y posee todos los niveles de protena.



BIOQ-121 Clase 5 Protenas II

12
La estructura cuaternaria implica enlaces solo de tipo dbiles como puente de hidrogeno, inicos,
fuerza de van der Wall e hidrfobos; y no participan enlaces covalentes. Vamos a reconocer sub-
unidades:
- La ms simple en donde se tienen dos sub-unidades y se habla de un dmero. Puede ser un
homodmero (iguales) o un heterodmero (distintas). Se rompen con NaCl o KCl.
En muchas protenas de estructura terciaria vamos a encontrar que estn formados por 2 cadenas
polipeptdicas unidas por puente dislfuros como es el caso de la insulina. Cuando se da este caso,
estamos hablando de estructura terciaria, aunque si se rompen estos puentes dislfuros se
obtienen 2 cadenas polipeptdicas, no es estructura cuaternaria.
La mayora de estas protenas se sintetizaron como un precursor, y para ser biolgicamente
activas se les corto un pedazo. Las dos cadenas se sintetizan como una pero se originan en la
protena biolgicamente activa, solo que maduro en el trayecto.
Sub-unidad es una unidad que se puede aislar y que tiene algo de actividad biolgica y que es
capaz de asociarse a otra sub-unidad, igual o distinta, para poder tener toda su potencialidad de
actividad biolgica; pero esta asociacin es solo a travs de enlaces dbiles, por lo tanto, se puede
romper la estructura cuaternaria aumentando la fuerza inica y
rompiendo puentes hidrgeno.
En la estructura cuaternaria nosotros podemos tener 2 subunidades
iguales, 3 subunidades iguales lo que va generando ejes simtricos.
Hay unas extremadamente importantes como la cpsula de los virus
que tienen formas muy particulares.
Una protena va a perder su actividad
biolgica cuando pierde su estructura,
esto es, cuando se aumenta la
temperatura de la protena lo que
genera que se rompan enlaces
hacindose ms dbiles; la energa
cintica de cada uno de los tomos
que lo constituyen aumenta, por lo
que se va perdiendo estructura y, por
lo tanto, la seal como, por ejemplo, el triptfano. Otra manera de romper estructura es con un
competidor de puente de hidrogeno como la urea o cloruro de guanidinio; donde a medida que
aumenta la concentracin se pierde la estructura.
Cmo se estructuran las protenas? Cmo una protena adquiere una determinada estructura
terciaria? En un experimento donde se us la ribonucleasa como protena (con estructura terciaria
en su estado nativo) la cual tiene 4 puentes dislfuro se le agreg urea (rompe los puentes
hidrogeno) y mercapto-etanol (rompe los puentes dislfuros). Luego se observ que perdia su
BIOQ-121 Clase 5 Protenas II

13
estructura terciaria y secundaria y qued una cadena con
estructura al azar, por lo tanto, ya no tiene actividad biolgica.
Luego se comenz a eliminar lentamente la urea y el
mercapto-etanol y la protena recuper su estructura
secundaria y terciaria. Esto fue comprobado porque los
enlaces dislfuro fueron formados exactamente en las mismas
posiciones, y la protena recuper su actividad bilgica. La
informacin para que se forme la estructura terciaria se
encuentra en la estructura primaria de la protena, es decir,
en la secuencia de a.
Cuando esto se sintetiza in vivo,
hay otras protenas que la ayudan
para que quede en forma
ordenada, y si no se plega bien, es detectada y degradada.


Una enfermedad relacionada directamente con el plegamiento de protenas es el mal de las vacas
locas donde est involucrada la protena prinica. Esta
todos los individuos la tienen, pero puede estar en
estado normal o en estado patognico; en este ltimo
se pierde la -hlice y aparece la hoja -plegada la cual
se agrega a la protena la que induce a la protena
normal a plegarse como ella. Esto es lo que lleva al
cerebro a degenerarse y perder masa enceflica.

(A) NORMAL
(B) PATOGENICA