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V Congreso Internacional de Ingeniera Bioqumica

XVI Congreso Nacional de Ingeniera Bioqumica


VI Jornadas Cientficas de Biomedicina y
Biotecnologa Molecular


Mar del Norte No. 5, Col. San lvaro Azcapotzalco C. P. 02090, Mxico, D. F.
Tel. y Fax: 5623 3088 email: colegioibq@hotmail.com, colegioibq@yahoo.com.mx




Clave: 507780
TITULO:
GENOTIPIFICACIN DE CEPAS DE Mycobacterium tuberculosis AISLADAS DE
PACIENTES CON VIH/SIDA, MEDIANTE MIRUS-VNTR.

AUTORES:
Rivera-Gutirrez, Sandra; Castillo-Ramrez, Ivn; Cerna-Corts, J orge; Gonzlez y
Merchand, J orge.

DIRECCION:
Laboratorio de Microbiologa Molecular. Escuela Nacional de Ciencias Biolgicas.
Instituto Politcnico Nacional. Prol. de Carpio y Plan de Ayala s/n 11340. D.F. Mxico.


CORREO ELECTRONICO: jgonzal1212@yahoo.com.mx, bp_ivan@yahoo.com.mx



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INTRODUCCIN

La tuberculosis (TB) es una enfermedad causada por los miembros del complejo
Mycobacterium tuberculosis, el cual se encuentra formado por M. bovis, M. africanum, M.
microti, M. canetti, M. pinepedi y M. tuberculosis, siendo este ultimo el principal el agente
causal de la infeccin (Pasqualato y Ferreira, 2001).
A travs de la historia del hombre, la TB ha sido responsable de millones de muertes
alrededor del mundo; la introduccin de diferentes antibiticos como la estreptomicina, la
isoniacida, la rifampicina y el etambutol, as como diferentes medidas profilcticas
establecidas principalmente como programas de control, permitieron la reduccin drstica
de la incidencia de la TB hacia finales de 1970 (Ducati y col., 2006). Sin embargo, desde
1985 se ha presentado un resurgimiento de este padecimiento lo cual, llev a la
Organizacin Mundial de la Salud (OMS) en 1993, a declarar a esta enfermedad como una
emergencia global de salud pblica (Hopewell y col., 2005).

Actualmente, los principales factores que han ocasionado el aumento en la
incidencia de este patgeno son el creciente nmero de cepas de M. tuberculosis
multifrmaco resistentes (MDR) a dos o ms drogas antituberculosas de primera lnea como
rifampicina e isoniacida, y el aumento de personas que presentan al Virus de la
Inmunodeficiencia Humana/Sndrome de Inmunodeficiencia Adquirida (VIH/SIDA)
(Aaron y col., 2004). De hecho, de acuerdo al reporte global emitido por la OMS, 740
000 casos de TB se presentaron en adultos infectados con VIH (URL 1).

La infeccin por VIH representa uno de los principales riesgos para la evolucin de
la TB latente a la enfermedad activa. Adems, la TB induce el desarrollo de SIDA en
pacientes VIH positivos debido a la produccin de citocinas estimulantes y la disminucin
de clulas CD4+. Por ello, la co-infeccin VIH- M. tuberculosis representa un problema
importante de salud pblica tanto para los pacientes infectados como la poblacin en
general. De hecho, es tanta la relacin que existe entre estas dos infecciones que:
La TB es la enfermedad ms importante en la evolucin de SIDA.
La TB es la principal causa de mortalidad entre pacientes con VIH/SIDA.
La incidencia de TB coincide dentro del periodo estacional, regin
geogrfica y tipo de poblacin con la incidencia de SIDA.
La TB activa es ms comn en pacientes VIH positivos.

La existencia del VIH/SIDA ha cambiado drsticamente la epidemiologa de la TB,
causando un aumento en la transmisin dinmica, morbilidad y mortalidad de esta ltima
enfermedad. Adems, el diagnstico de TB entre pacientes VIH positivos es ms
complicado debido a diferentes factores como: falsos negativos en la prueba de tuberculina,
baciloscopias negativas en muestras de esputo, esquemas pulmonares atpicos obtenidos
mediante rayos X, as como TB extrapulmonar. As mismo, la epidemia de VIH/SIDA


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favorece la aparicin de cepas MDR, consecuencia del alto ndice de tratamientos
interrumpidos. Los ndices de mortalidad entre pacientes VIH positivos infectados con TB-
MDR es mayor del 80% con un periodo de 6 a 14 semanas entre el diagnstico y la muerte
del paciente (Ftkenheuer y col., 1999).

Debido a la gran importancia que ha desarrollado M. tuberculosis durante las
ltimas dcadas, se han establecido una serie de tcnicas que proporcionan esquemas de
caracterizacin y clasificacin intraespecie conocidos como mtodos de tipificacin.
Varios estudios sealan que M. tuberculosis puede ser tipificado usando varios
marcadores genticos; sin embargo, el poliformismo de la longitud de fragmentos de
restriccin (RFLP) de la secuencia de insercin 6110 (IS6110) ha sido considerado como el
estndar internacional para la tipificacin molecular de M. tuberculosis. Despus de
haberse secuenciado el genoma de varios miembros del complejo de M. tuberculosis, se
han desarrollado otras tcnicas moleculares para la epidemiologa molecular de este
importante patgeno, tal como el nmero variable de repetidos contiguos (VNTR), el
polimorfismo de la longitud de fragmentos amplificados fluorescentes (FAFLP) (Ahmed y
col. 2003), la espoligotipificacin (Kamerbeek y col. 1997), el polimorfismo de un solo
nucletido (SNPs) y el polimorfismo de secuencias largas (Kremer y col., 2005).

Recientemente se desarroll una tcnica molecular basada en la reaccin en cadena
de la polimerasa (PCR), que parece ser la ms prometedora en los estudios de
epidemiologa molecular de M. tuberculosis. (Supply y col., 2001). Esta tcnica conocida
como MIRUs VNTR (unidades micobacterianas de repeticin ntergnica- nmero
variable de repetidos contiguos), consiste en la amplificacin de 12 locus independientes y
la asignacin de un cdigo numrico de acuerdo al nmero de repetidos contiguos
encontrados en cada locus (Fig. 1).













Fig. 1 Composicin molecular de las unidades micobacterianas de
repeticin ntergnica (MIRUs)




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En M. tuberculosis y otros organismos procariotes recientemente se han
caracterizado estructuras tipo microsatlites y minisatlites. En M. tuberculosis H37Rv,
estas estructuras estn compuestas por unidades repetidas contiguas de 40 a 100pb llamadas
unidades micobacterianas de repeticin ntergnica (MIRUs) (Supply y col., 2000).

A la fecha, se conocen 41 MIRUs dispersos en el cromosoma de M. tuberculosis,
los cuales flanquean diversos genes involucrados en el metabolismo bacteriano incluyendo
la biosntesis o la degradacin de lpidos, cidos nucleicos y protenas; as como la
produccin de energa y la transduccin de seales. De estos, solo 12 MIRUs muestran
polimorfismos en el nmero de copias contiguas entre diferentes aislados (Supply y col.,
2000).

Los MIRUs pueden ser fcilmente analizados por su amplificacin mediante una
novedosa tcnica de PCR, la cual ha sido ampliamente recomendada para la tipificacin
molecular de cepas del complejo M. tuberculosis, ya que es una tcnica rpida, con gran
reproducibilidad y con un alto poder de discriminacin en comparacin con las otras
tcnicas moleculares (Kremer y col., 2005). Adems, la tcnica de MIRUs-VNTR es
considerada una herramienta til para detectar variantes clonales en una sola muestra,
incluso en situaciones extremas donde las variantes se encuentran en escasa proporcin
dentro de la poblacin bacteriana (Garca de Viedma y col., 2005).

A la fecha, existen pocos estudios acerca de la prevalencia de las diferentes especies
de micobacterias en pacientes con VIH/SIDA (Comaru y col., 2003) y a pesar de que
diferentes estudios han empleado las tcnicas de MIRUs-VNTR en la epidemiologa
molecular de M. tuberculosis, no existen reportes del estudio de la epidemiologa molecular
mediante MIRUs-VNTR en cepas aisladas de pacientes con VIH-SIDA. En nuestro pas,
son muy pocos los estudios que se han realizado con micobacterias aisladas de pacientes
con VIH/SIDA; entre ellos, destaca el trabajo de Santos-Montero en el 2003, Molina-
Gamboa y col. en 1996 y Vzquez y col., en 1994, en los que se describen algunas de las
especies de micobacterias presentes en pacientes con VIH/SIDA.
Lpez lvarez en el ao de 2006 realiz un estudio molecular que establece las
diferencias genticas que existen entre diferentes aislados de micobacterias en pacientes
con VIH/SIDA. En este estudio, se analizaron un total de 80 cepas de micobacterias
aisladas de pacientes con VIH/SIDA de las cuales, 86.3% correspondieron al Complejo
Mycobacterium tuberculosis (CMT) y 13.7% se identificaron como micobacterias no
tuberculosas (MNT) (Lpez A. M., 2006).

Entre estos resultados se encontraron una gran diversidad gentica de las cepas
encontrndose 32 patrones de RFLP y 22 espoligotipos para 56 cepas de M. tuberculosis,
as como 9 espoligotipos para las 10 cepas de M. bovis incluso, uno de los espoligos
encontrados en M. bovis fue reportado a la base de datos internacional como un nuevo
espoligotipo (Lpez lvarez M. 2006).


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Por lo tanto, dada la gran diversidad que se ha encontrado en cepas del complejo de
M. tuberculosis en pacientes con VIH/SIDA, es importante continuar con el estudio de
estas cepas mediante otra tcnica de genotipificacin molecular que nos permita analizar
an ms las caractersticas genotpicas entre las cepas aisladas en pacientes de VIH/SIDA.
As como tambin es muy importante evaluar aquellas cepas que presentan resistencia a
diferentes frmacos para de esta manera, contribuir al mejor manejo de los pacientes y al
control de la tuberculosis en nuestro pas.

Debido a lo anterior el objetivo del presente trabajo es genotipificar mediante
MIRUs-VNTR diferentes cepas del complejo Mycobacterium tuberculosis obtenidas de
pacientes con VIH/SIDA y determinar molecularmente su resistencia a la rifampicina y a la
isoniacida.





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MATERIALES Y MTODOS

Propagacin y Obtencin del DNA genmico.
Cada cepa se descongel y propag en 200 ml de caldo Dubos (Difco), enriquecido
con OADC, el cual se incub a 37C de 15 a 30 das. Una vez concluido el tiempo de
incubacin se realiz un frotis el cual, se ti por la tcnica de Ziehl-Neelsen para verificar
la pureza del cultivo. La obtencin de DNA se realiz de acuerdo a la metodologa
establecida por Gonzlez y Merchand y col. (1996) utilizando cloruro de guanididnio como
regulador de lisis.

Amplificacin de MIRUs-VNTR.
La amplificacin de los MIRUs-VNTR se realiz utilizando 12 pares de iniciadores
que amplifican cada uno de los 12 locus gnicos MIRUs (Tabla I). Cada reaccin se llev
en un volumen final de 50 l (Tabla II), donde la concentracin de magnesio vari de
acuerdo al locus MIRUS:
La mezcla 1 corresponde a los MIRUs 2, 4, 10, 16, 16, 31 y 40
La mezcla 2 corresponde a los MIRUs 23 y 39
La mezcla 3 corresponde a los MIRUs 20, 24, 26 y 27.

De esta manera se llevaron a cabo 12 reacciones de PCR para cada una de las cepas
de acuerdo con la siguiente programacin en el temociclador:
Desnaturalizacin inicial durante 15min a 95C .
40 ciclos: Desnaturalizacin durante 1min a 94C, alineamiento de los
iniciadores a 59C durante 1min y extensin durante 1.5min a 72C.
Extensin final durante 10min a 72C.


Una vez concluida la PCR, los fragmentos amplificados se separaron por
electroforesis en gel de agarosa al 3% durante 5 horas a 100 V, para posteriormente teir el
gel con bromuro de etidio a una concentracin de 0.7 g/ml. Posteriormente el gel se
visualiz en un transiluminador de luz UV a una longitud de onda () de 302nm,
digitalizando la imagen obtenida. Adicionalmente, los fragmentos obtenidos se separaron
mediante el uso del bionalizador marca Aligent Technologies









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Tabla I. Secuencia de los iniciadores empleados en la amplificacin de los
diferentes locus del MIRUs-VNTR.
INICIADOR SECUENCIA 5--> 3
MIRUS 2 2F- TGGACTTGCAGCAATGGACCAACT
2R- TACTCGGACGCCGGCTCAAAAT
MURIS 4 4F- GCGCGAGAGCCCGAACTGC
4R- GCGCAGCAGAAACGTCAGC
MURIS 10 10F-GTTCTTGACCAACTGCAGTCGTCC
10R-GCCACCTTGGTGATCAGCTACCT
MIRUS 16 16F-TCGGTGATCGGTCCAGTCCAAGTA
16R-CCCGTCGTGCAGCCCTGGTAC
MIRUS 20 20F-TCGGAGACATGCCCTTCGAGTTAG
20RGGAGACCGCGACCAGGTACTTGTA
MIRU 23 23F CTGTCGATGGCCGCAACAAAACG
23R-AGCTCAACGGGTICGCCCTTTTGTC
MIRU 24 24R CGACCAAGATGTGCAGGAATACAT
24F GGGCGAGTTGAGCTCACAGAA
MIRU 26 26F TAGGTCTACCGTCGAAATCTGTGAC
26R- CATAGGCGACCAGGCGAATAG
MIRU 27 27F- TCGAAAGCCTCTGCGTGCCAGTAA
27R- GCGATGTGAGCGTGCCACTCAA
MIRU 31 31F- ACTGATTGGCTTCATACGGCTTTA
31R- GTGCCGACGTGGTCTTGAT
MIRU 39 39F- CGCATCGACAAACTGGAGCCAAAC
39R- CGGAAACGTCTACGCCCCACACAT
MIRU 40 40F- GGGTTGCTGGATGACAACGTGT
40R- GGGTGATCTCGGCGAAATCAGATA


Tabla II. Condiciones de la PCR para la amplificacin de los MIRUs-VNTR.
Reactivos Mezcla tipo 1
MgCl
2
2 mM
Mezcla tipo 2
MgCl
2
2.5 mM
Mezcla tipo 3
MgCl
2
1.5 mM
Concentracin
final
H2O 25.8 l 24.8 l 26.8 l -
Taq Buffer 10X 5 l 5 l 5 l 1x
Sol Q 5X 10 l 10 l 10 l 1x
MgCl
2
25 mM 1 l 2 l - De acuerdo al
MIRU
dNTPs
(5 mM)
1 l 1 l 1 l 100 mM
iniciadores (20
mM)
1 l 1 l 1 l 0.1 mM
Taq 5U 0.2 l 0.2 l 0.2 l 1U
DNA 5 l 5 l 5 l --



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RESULTADOS

Genotipificacin mediante MIRUs-VNTR
Los productos de amplificacin de cada uno de los 12 locus gnicos fueron
separados mediante tanto en electroforesis en gel de agarosa con un tiempo de corrimiento
de 5 horas a 100 V, as como mediante el bioanalizer. Al calcular el tamao de cada una de
las bandas obtenidas en cada locus gnico y al analizar estos tamaos con el numero de
copias correspondiente encontramos que el cdigo MIRUs para la cepa testigo M.
tuberculosis H37Rv es 233236133332, cdigo que corresponde al MIRUs reportado por
Supply y col. (2000) (Fig. 2).




500pb
300pb
650pb
Fig. 2 Electroferogrmas del MIRUs de M tuberculosis H37Rv.
A) Electroferogrma del MIRUs de M. tuberculosis H37Rv en gel de agarosa al
3%.
B) Electroferogrma del MIRUs de M. tuberculosis H37Rv en el bioanalizador.



De esta manera se obtuvo el MIRUs de 56 cepas de M. tuberculosis aislados de
pacientes con VIH/SIDA. Los ms representativos se encuentran representados en las
figuras 3 y 4.

En el total de las cepas analizadas hasta ahora, nicamente encontramos 3 cepas que
tiene el mismo cdigo de MIRUs que la cepa testigo de M. tuberculosis H37Rv. El resto
de las cepas, muestran una amplia variedad entre los cdigos numricos obtenidos. Estos
cdigos mostraron un mayor polimorfismo en los MIRUs 10, 16, 20, 23, 26 y 40
obteniendo un nmero variable de copias para cada uno de ellos entre las distintas cepas.
Por otro lado, los MIRUs 2, 4, 24, 27, 31 y 39 presentaron un polimorfismo ms bajo en
los cuales, se obtuvo una alta homologa en el nmero de copias de entre las diferentes
cepas.




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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12
Cepa: 29 cdigo MIRUs: 220326153322
Cepa: 17 cdigo MIRUs: 22322613322
Cepa: 28 cdigo MIRUs: 124235153324
Cepa: 10 cdigo MIRUs: 233226153324
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12
Cepa: 27 cdigo MIRUs: 121206153324 Cepa: 46 cdigo MIRUs: 232224152320
Fig. 3. M. tuberculosis aisladas
separados y analizados mediante el bioanalizador Aligent
MIRUs representativos de las diferentes cepas de
de pacientes con VIH/SIDA.
Los productos de PCR fueron
Technologies . Carril 1 MIRU02, Carril 2 MIRU04, Carril 3 MIRU10, Carril 4 MIRU16, Carril 5
MIRU20, Carril 6 MIRU23, Carril 7 MIRU24, Carril 8 MIRU26, Carril 9 MIRU27, Carril 10
MIRU31, Carril 11 MIRU39, Carril 12 MIRU40.






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Cepa: 75 cdigo MIRUs: 224325153324 Cepa: 81 cdigo MIRUs: 233226143321
Cepa: 16 cdigo MIRUs: 223326133321
Cepa: 87 cdigo MIRUs: 220005153320 Cepa: 22 cdigo MIRUs: 223326133321
Cepa: 32 cdigo MIRUs: 225225153323
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12
Fig. las difere adas
arados y analizados mediante el bioanalizador marca Aligent
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12
ntes cepas de M. tuberculosis aisl 4. MIRUs representativos de
de pacientes con VIH/SIDA.
Los productos de PCR fueron sep
Technologies . Carril 1 MIRU02, Carril 2 MIRU04, Carril 3 MIRU10, Carril 4 MIRU16, Carril 5
MIRU20, Carril 6 MIRU23, Carril 7 MIRU24, Carril 8 MIRU26, Carril 9 MIRU27, Carril 10
MIRU31, Carril 11 MIRU39, Carril 12 MIRU40.








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Estos resultados muestran una diferencia en los estudios realizados con otras
poblaci
Tabla III. Comparacin del polimorfismo de cada uno de los MIRUs entre la
ones donde se ha observado que los MIRUs con una mayor variabilidad en el
numero de copias son los MIRUs 4, 10, 16, 26, 40 y 31, mientras que el restos de los
MIRUs presentan un polimorfismo mas bajo. Esto significa que en nuestro estudio 4
MIRUs presentan una variabilidad diferente en el nmero de copias en comparacin con
otros estudios (Tabla III).





poblacin de M. tuberculosis aisladas de pacientes con VIH/SIDA y
otras poblaciones.

Locus MIRUS Polimorfismo encontrado en la Polimorfismo reportado por
poblacin de VIH/SIDA. otros estudios
2 Bajo Bajo
4* Bajo Alto
10 Alto Alto
16 Alto Alto
20* Alto Bajo
23* Alto Bajo
24 Bajo Bajo
26 Alto Alto
27 Bajo Bajo
31* Bajo Alto
39 Bajo Bajo
40 Alto Alto






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DISCUSIN

En el presente trabajo se realiz la genotipificacin mediante MIRU-VNTR de
cepas de M tuberculosis aisladas de pacientes con VIH/SIDA en la ciudad de Mxico. A la
fecha no existen datos de la epidemiologa molecular de M. tuberculosis en este tipo de
pacientes que representan uno de los factores ms importantes en el aumento de la
enfermedad a niveles mundial. Nosotros estudiamos la epidemiologa molecular de las
cepas mediante el uso de 12 locus gnicos basados en MIRUs-VNTR en una poblacin de
56 cepas, las cuales mostraron una alta diversidad gentica mostrando diferentes patrones
de MIRUS-VNTR. Interesantemente encontramos 3 cepas con el mismo cdigo de M.
tuberculosis H37Rv. Por otro lado se obtuvo cdigos muy semejantes para el caso de las
cepas de M bovis. Al comparar nuestros resultados con otros estudios encontramos que en
la poblacin de pacientes con VIH/SIDA, cuatro MIRUs muestran un polimorfismo
diferente al que se presentan en pacientes de poblacin abierta (4, 20, 23 y 31) lo cual
puede ser debido a la similitud intrnseca de las cepas que afectan a este tipo de pacientes o
puede ser reflejo de la relacin entre cepas encontradas en una regin geogrfica en
particular.

La alta diversidad gentica observada mediante MIRU-VNTR fue tambin
observada previamente mediante el RFLP y la espoligotipificacin (Lpez, 2006). Esta alta
diversidad puede bien ser atribuida al continuo aporte de cepas provenientes de otras
regiones endmicas del pas o de pases endmicos vecinos. O bien podra ser tambin
ocasionada a la presencia de regiones hipervariables en las cepas circulantes en esta regin.







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CONCLUSIONES

La genotipificacin mediante MIRU-VNTR una alta diversidad gentica en cepas de
M. tuberculosis en pacientes con VIH/SIDA.

Los MIRUs 4, 20, 23 y 31 mostraron un polimorfismo diferente en la poblacin con
VIN/SIDA en comparacin con poblacin abierta.


La mayor parte de las cepas de M bovis mostraron patrones similares en la
genotipificacin mediante MIRUs VNTR.




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REFERENCIAS BIBLIOGRFICAS
1. Aron L., D. Saadoun, I. Calatroni, O. Launay, M. Memain, V. Vincent, G. Marchal,
B. Dupont, O. Bouchaud, D. Valeyre y O. Lortholary. 2004. Tuberculosis in HIV
infected patients; a comprehensive review. Clin. Microbiol. Infect. 10: 388-398.

2. Comaru A. P., D. D. Rosa, M. C. Fontoura, R. L. Targa y B. R. Riegel. 2003.
Retrospective study of 668 cultures for mycobacteria in a reference hospital for
AIDS in southern Brazil. The Brazilian J ournal of Infectious Diseases 7(2): 126-
128.

3. Ducati G. R., A Ruffino-Neto, L.A. Basso, y D. S. Santos. 2006. The resumption
of consumption. A review on tuberculosis. Mem. Inst. Oswaldo Cruz. Vol. 101(7):
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V Congreso Internacional de Ingeniera Bioqumica
XVI Congreso Nacional de Ingeniera Bioqumica
VI Jornadas Cientficas de Biomedicina y
Biotecnologa Molecular


Mar del Norte No. 5, Col. San lvaro Azcapotzalco C. P. 02090, Mxico, D. F.
Tel. y Fax: 5623 3088 email: colegioibq@hotmail.com, colegioibq@yahoo.com.mx

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REFERENCIAS INFORMTICAS
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