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Universidade Federal de Uberla ndia

Bioqumica

Promiscuidade enzimtica




Discente: Bruno Csar da Silva Matrcula: 91085

Docente: Prof. Dr. Carlos Alberto de Oliveria




Fevereiro de 2014






Promiscuidade nas redes metablicas de bactrias:

O fenmeno de 'promiscuidade cataltica', definido para enzimas, como um mesmo stio ativo
promovendo reaes catalticamente diversas, razoavelmente descrito em sistemas biolgicos. Por
exemplo, uma aminopeptidase de Streptomyces griseus capaz de hidrolisar steres de fosfato, e
tambm oxidar catecis com atividade prxima a da enzima nativa, e ainda hidrolisar peptdeos (JACS
2005, 127, 16380).
As enzimas, protenas especializadas em catalisar reaes qumicas, que so os
grandes artfices do metabolismo, como molculas altamente eficientes e precisas que
evoluram em organismos primitivos ancestrais de verses pouco eficientes para o atual estado
de alta especificidade cataltica, tornando-se, via de regra, bem distintas de suas formas
ancestrais mais remotas que deveriam ter sido bastante promscuas em relao aos seus
substratos e a sua eficincia em catalis-los. Devem ser ressaltados que um certo nvel de
flexibilidade cataltica (e, portanto, de promiscuidade enzimtica) parece no ser apenas
tolervel como tambm parece ser mesmo condutiva evoluo futura, sendo diretamente
importante para tpicos como a evolutibilidade dos sistemas biolgicos. Essa promiscuidade
oferece possibilidades de incrementos em funes correntes atravs do aumento da
especificidade ou mesmo podem facilitar o surgimento de novas funes, j que a
promiscuidade garante que funes anteriores no sejam imediatamente perdidas. A outra
mensagem, que muito importante, por sinal, que as vantagens e desvantagens dos genes,
especialmente daqueles cujos produtos proticos esto envolvidos no metabolismo, so uma
resultante no s das caractersticas especficas da molcula em si e do ambiente em que o
organismo se insere, mas tambm do resto da rede metablica da qual ela faz parte que, no
caso de E. coli, parece ser bastante canalizada. Por causa disso, compreender este contexto
organsmico mais amplo torna-se cada vez mais essencial para avanarmos em nossa
compreenso da evoluo biolgica, mesmo em seu nvel molecular, ressaltando o carter
multidisciplinar e integrado da biologia evolutiva.
Reaes enzimticas em meios aquo-restritos
A catlise enzimtica em meio orgnico possui uma enorme potencialidade para
aplicaes em sntese orgnica (separao de lcoois ou cidos racmicos, sntese
de peptdeos), na indstria (sntese de aspartame, interesterificao regiosseletiva
de leos e gorduras) e particularmente, na (bio)analtica.
Apesar do reconhecimento desses benefcios, o nmero de trabalhos onde enzimas
tm sido utilizadas para propsitos analticos em meio no-aquoso , ainda,
bastante limitado, quando comparado com a profuso de monografias produzida
em fase aquosa. As principais razes listadas por Braco que podem justificar esse
desequilbrio no uso de meios aquosos e no-aquosos em mtodos analticos
mediados por enzimas so:
a) o comportamento de inmeras enzimas em ambientes aquo-restritos ainda
permanece inexplorado;
b) muitas amostras reais so aquosas ou encontram-se em meio aquoso o que
implica, muitas vezes, ou numa partio ineficiente ou no acrscimo de uma etapa
no processo para a extrao do analito de interesse na fase orgnica;
c) os fundamentos da enzimologia em meios no-aquosos foram estabelecidos
muito recentemente;
d) o uso de solventes orgnicos pode, muitas vezes, colocar em risco a sade do
analista (por serem txicos, inflamveis e/ou explosivos) alm de poderem
acarretar problemas ambientais. A esse respeito, a possibilidade do emprego de
solventes no-txicos, biocompatveis com os lipdeos em aplicaes analticas tem
sido amplamente explorada.
Inmeras pesquisas tm demonstrado as vantagens da biocatlise em meios aquo-
restritos, oferecendo uma oportunidade mpar para o desenvolvimento de novas
tecnologias e de biossensores na determinao de importantes analitos (insolveis
em gua) e de matrizes de amostras hidrofbicas.
A introduo de biossensores eletroqumicos, em meios no-aquosos, tem
encontrado variadas aplicaes no processamento industrial e em testes de controle
de qualidade. Quando utilizados em sistemas de anlise por injeo em fluxo,
propriedades tais como velocidade, portabilidade e simplicidade de anlise so
conseguidas. Neste contexto, o desenvolvimento de novos biossensores
amperomtricos em meios no-aquosos deve ser explorado em profundidade por
qumicos, bioqumicos e engenheiros.
A seguir, sero discutidos de forma concisa, os princpios bsicos do
comportamento das macromolculas biolgicas (enzimas, anticorpos, anticorpos
catalticos) e receptores abiticos em ambientes no-aquosos (funo da gua,
critrios para a seleo do solvente, efeitos de memria, estabilidade trmica,
alterao da especificidade enzimtica, influncia do pH). Aplicaes correntes e
perspectivas futuras de biossensores em fase orgnica tambm sero abordados.
Fatores que controlam a atividade enzimtica em solventes orgnicos
gua
As propriedades solventes da gua resultam das foras atrativas fortes (as pontes
de hidrognio) que existem entre as suas molculas. A molcula de gua e seus
produtos de ionizao, H
+
e OH
-
, influenciam profundamente a estrutura, a
automontagem e as propriedades das enzimas. As biomolculas polares dissolvem-
se facilmente na gua (hidroflicas) porque elas podem substituir as interaes
moleculares gua-gua, energeticamente favorveis, por interaes do tipo pontes
de hidrognio e eletrostticas, ainda mais favorveis, no sistema gua-soluto. A
variao da entalpia (H) pela dissoluo desses solutos , geralmente, pequena.
Diferentemente, molculas no-polares interferem com as interaes gua-gua e
so muito pouco solveis na mesma gua (hidrofbicas). Estas molculas no-
polares tendem, quando em soluo aquosa, a agregarem-se de forma a minimizar
os efeitos energeticamente desfavorveis provocados pela sua presena.
Biomolculas como as enzimas so anfipticas, possuindo regies superficiais
polares (ou carregadas) e no-polares. Em um ambiente aquoso, essas duas
regies da molcula experimentam tendncias conflitantes; a regio hidroflica
interage favoravelmente com a gua enquanto a regio hidrofbica tem a tendncia
de evitar o contato com a gua (Figura 1A). Assim, os resduos de aminocidos
hidrofbicos das enzimas agregam-se para apresentar a menor rea hidrofbica
possvel gua (ficam confinados no interior da molcula protica) e as regies
polares so arranjadas para maximizar as interaes com o solvente aquoso
(Figuras 1B e 1C).



Quando a gua substituda por um solvente orgnico, alteraes na
conformao nativa da enzima podem ocorrer tanto na estrutura terciria como nas
mais proeminentes estruturas secundrias (a -hlice e a conformao)
acarretando, desta maneira, a sua desestabilizao. Com o objetivo de assegurar
uma conformao enzimtica cataliticamente ativa em meio orgnico, a molcula
da enzima deve ter uma camada de hidratao definida, separando o solvente do
contato com a superfcie da protena e contribuindo para o aumento da sua
flexibilidade interna.
Quando gua adicionada a um sistema enzimtico no-aquoso, ela
distribuda entre solvente, enzima, substrato e suporte (se presente). A quantidade
de gua ligada as molculas de enzima fundamental para a atividade cataltica
em meio no aquoso. A explicao mais provvel para isso advm do fato da gua
aumentar a mobilidade e a flexibilidade dos stios ativos e, concomitantemente, a
polarizao da estrutura protica.
Numerosas discusses e trabalhos

tm sido dedicados para determinar a
quantidade adequada de gua para a atividade enzimtica em meio orgnico. Eles
mostraram que a atividade enzimtica estava relacionada quantidade de gua
ligada protena e no concentrao de gua nos solventes orgnicos. A gua
ligada quelas enzimas em solventes orgnicos no formaria uma camada de gua
verdadeira mas, de preferncia, uns poucos "clusters", provavelmente, em torno de
regies carregadas e polares da superfcie enzimtica. Os resultados desse estudo
foram re-interpretados em termos de atividade de gua por Halling, confirmando
que a atividade enzimtica tima est relacionada com a atividade de gua,
independente do solvente usado. Este mesmo autor
30
tem proposto que a atividade
termodinmica da gua um parmetro que deve ser usado para quantificar o
nvel de gua associado com a enzima. A gua, dessa maneira, requerida,
unicamente, para a funo cataltica das enzimas em solventes orgnicos,
contribuindo para a formao de todas as ligaes no covalentes e pontes de
hidrognio da estrutura protica.




Exemplos de pesquisa:
Aplicao da catlise enzimtica na biodegradao de compostos orgnicos em efluentes lquidos
Aplicao de mtodos de imobilizao de enzimas para a resoluo de problemas da indstria de alimentos
Aplicao do processo de fotodegradao de contaminantes orgnicos como complemento do tratamento
enzimtico de efluentes lquidos.
Aplicaes de enzimas em sntese orgnica
Aplicaes de enzimas imobilizadas na resoluo de compostos opticamente ativos
Avaliao da potencialidade de reuso de gua em segmentos industriais
Carvo mineral e fusibilidade de cinzas
Sntese de biodiesel a partir de gordura animal
Sntese e aplicao de amidos modificados na indstria alimentcia e no tratamento de efluentes lquidos
Tramento de efluentes industriais
Tratamento de efluentes utilizando enzimas e microorganismos


Literatura Citada e Recomendada:
1. Nam, H. , Lewis, N. E., Lerman, J. A., Lee, D.-H., D., Chang, R. L., Kim, D, Palsson, B.
O. . Network Context and Selection in the Evolution to Enzyme
Specificity. Science, 2012; 337 (6098): 1101 DOI:10.1126/science.1216861
2. Hockmuth, Catherine Science study shows promiscuous enzymes still prevalent in
metabolism UC San Diego News Center General Health Science and Engineering;
August 30, 2012 [link]








Universidade Federal de Uberla ndia
Bioqumica

A vida bioquimicamente e
suas caractersticas fsico
qumicas




Discente: Bruno Csar da Silva Matrcula: 91085

Docente: Prof. Dr. Carlos Alberto de Oliveria




Fevereiro de 2014



Todos os sistemas vivos, do mais simples ao mais complexo, dependem de reaes
qumicas fundamentais sua sobrevivncia. Os organismos crescem e reproduzem-se atravs
da multiplicao celular, como surgiu e como esses constituintes funcionam em tecidos to
diversificados e como podem organismos to pequenos como uma nica clula ter uma vida
independente?
Todas essas perguntas possuem suas respectivas respostas que esto na base do
desenvolvimento da Bioqumica. A Bioqumica pode ser definida como o estudo da qumica de
organismos vivos e da qumica relacionada com estes. Forma uma ponte entre a Biologia e
a Qumica, pois estuda complexas reaes e estruturas qumicas originam vida e processos
relacionados com ela. Tambm pode ser considerado por vezes um ramo hbrido da Qumica
Orgnica, especializado nos processos qumicos que ocorrem nos organismos vivos, mas na
realidade a Bioqumica no pode ser considerada um ramo de apenas a Biologia ou da
Qumica - a Bioqumica incorpora todas as interaes existentes da menor molcula biolgica
maior clula existente.
De uma forma essencial, a Bioqumica estuda a estrutura e funo de componentes
celulares (como enzimas e organelas) e os processos efetuados por molculas de diferentes
dimenses, como as protenas, cidos nucleicos, glicdios e lipdeos, entre outros. Segundo a
teoria da evoluo, os organismos existentes na atualidade descendem de um antepassado
comum, explicando a semelhana dos processos bioqumicos existentes em todos os
organismos vivos.
Deve-se destacar que muitos processos estao que ocorrem na bioqumica e o estudo
das funes das clulas podem ser influenciados pelos meios em que esto inseridos, sendo
assim, mesmo mtodo de analise pode ser feito para diversos meios e obter vrios resultados
diferentes, como por exemplo, as desnaturaes das protenas que por influncia do meio (ph
acido ou bsico , radiao, temperatura)em que esto sofrem mudanas to drsticas que
perdem suas funes especificas.
Com isso, temos que estudar cada vez mais para entendermos as suas funes para
descobrirmos alm dos fatores j mencionados o que mais pode influencia as clulas. Neste
caso temos patogenias que fazem com que as clulas se desenvolvam de modo diferente
desregulando suas funes, de modo que as clulas sofram como, por exemplo, o efeito de
apoptose que e muito prejudicial para a vida da sistemtica do organismo, ou seja, se o
organismo no funciona bem, temos o efeito cascata, que cada parte agora comea a sofre a
influncia da falta e do excesso de produo das clulas.
Ento, nota-se que a bioqumica se desenvolve no combate de muitas patogenias
utilizando o principio de funcionamento das clulas e como o meio as influencia, uma vez que,
se sabe como as clulas funcionam podemos inutilizar as aes de seres patognicos como
vrus, bactrias que cada vez mais so comuns em nosso meio.
Por ultimo, destacamos que as influencia da bioqumica esta alm dos quesitos aqui
mencionados, uma vez que, a capacidade de o ser humano em descobrir e avanar
tecnologicamente muito lenta por isso falta muitas questes para serem desenvolvidas, e
muitas perguntas para serem respondidas.



Universidade Federal de Uberla ndia
Bioqumica

Regulao da atividade
enzimtica




Discente: Bruno Csar da Silva Matrcula: 91085

Docente: Prof. Dr. Carlos Alberto de Oliveria




Fevereiro de 2014







Basicamente existem dois tipos de mecanismos de regulao da atividade enzimtica. No
primeiro deles h o controle da disponibilidade de enzimas, esse controle feito sobre as
velocidades de sntese e de degradao de enzimas, que vai indicar sua concentrao na clula.
No outro tipo de regulao vai haver o controle da atividade enzimtica, que pode ser feito por
mudanas na estrutura enzimtica e que geram alteraes na velocidade cataltica.
Os cofatores so imprescindveis para muitas enzimas exercerem suas atividades. Os
cofatores podem ser ons metlicos ou coenzimas. As coenzimas podem estar ligadas a molcula
enzimtica ou serem molculas livres, que s se juntam a enzima no momento da catalise. Elas
podem atuar com aceptores de tomos ou grupos funcionais retirados de um substrato em uma
reao e como doadoras destes mesmos grupos em outra reao. Por exemplo, o pH ptimo da
maioria das enzimas intracelulares no o pH do citoplasma. Isto j pode ser um sistema de
regulao: suponhamos uma enzima que sintetiza um produto que causa uma subida do pH. Se o
pH ptimo est um pouco abaixo do pH normal da clula, trabalhar mais intensamente quando o
pH da clula atingir valores mais baixos do que o normal, tendo como resultado a subida do pH, e
consequente diminuio na actividade da enzima. Este exemplo peca por simplificador, de facto a
situao mais complexa, mas serve par entender o tipo de mecanismos que controlam
a homeostase da clula, a manuteno de um meio de caractersticas constantes
independentemente (dentro de certos limites) das condies externas.
A inibio enzimtica
O termo inibir, do latim inhibere, tem o significado de proibir ou impedir o exerccio de uma
faculdade ou hbito. Uma enzima inibida por qualquer substancia, o inibidor, que impea ou
diminua a atividade da mesma. Pode ser irreversvel ou reversvel.
Inibio irreversvel
Uma inibio irreversvel resulta da ligao estvel da molcula de enzima com o inibidor,
inutilizando o local ativo. Normalmente esta ligao de tipo covalente. Temos aqui, na realidade,
uma degradao da molcula, como a causada por qualquer agente desnaturam-se. A diferena
que o inibidor irreversvel pode ser especfico de uma determinada enzima, o que tem utilidade na
investigao e na utilizao como frmaco. O estudo de processos fisiolgicos feito
frequentemente por inibio seletiva de alguns passos da sequncia de reaes. Por outro lado,
diversos medicamentos so bloqueantes de certas enzimas para evitar a sntese de algum
composto indesejado. A toxicodependncia , muitas vezes, provocada pela ligao irreversvel da
droga a alguma enzima relacionada com a transmisso do impulso nervoso.
Inibio reversvel
Este o tipo de inibio que atua nos processos vitais. Funciona a partir de um composto
o inibidor que se liga enzima de forma reversvel. Pode ser de dois tipos: Competitiva e no-
competitiva, tambm chamada alostrica.
Inibio competitiva
Nesta situao, o inibidor liga-se ao local ativo da
enzima, competindo (da o nome) com o substrato. Uma enzima
livre, em qualquer momento, pode ligar-se com uma molcula de
inibidor ou com uma molcula de substrato.
No esquema da direita, a enzima (em verde) liga-se ao
substrato (vermelho) em 1 e 2. No caso 3, porm, a presena do
inibidor, a azul, bloqueia o local ativo, impedindo a ligao do
substrato. Vejamos, por outro lado, que o inibidor no alterado
pela enzima.
O complexo enzima-inibidor, como uma ligao
reversvel, ter uma certa probabilidade de se desfazer, deixando
lugar livre para uma molcula de substrato. O efeito, em termos
quantitativos, ser a diminuio da velocidade de reao. Para
uma concentrao determinada de inibidor, a atividade enzimtica em funo da concentrao do
substrato aumenta segundo a curva prevista na equao de Michaelis-Menten, como se o valor da
constante K
M
tivesse aumentado. A velocidade mxima manter-se- igual, porque, de facto, ao
aumentar a concentrao de substrato, este acabar por ultrapassar de tal modo a concentrao do
inibidor, que a enzima quase no encontrar molculas de inibidor no meio.
Nos
grficos
aparece a
atividade da
enzima sem
inibidor (curva
vermelha) e
com inibidor
(curva azul),
nas representaes linear ( esquerda) e segundo o grfico de Lineweaver-Burk direita. Podemos
ver que a constante de Michaelis-Menten maior para a curva azul (lembremos que o ponto de
interseco da curva com o eixo das abcissas corresponde a -1/K
M
, pelo que, quanto mais prximo
esteja do zero, maior ser o valor de K
M
). A velocidade mxima, pelo contrrio, ser a mesma, o que
no evidente no grfico da esquerda mas sim no da direita (interseco da curva com o eixo das
ordenadas).
Um exemplo deste tipo de inibio o da succinato-desidrogenase pelo cido malnico.
Tanto o succinato como o malonato so componentes do ciclo de Krebs, e a succinato-
desidrogenase uma das enzimas que actuam nesse ciclo. O cido malnico compite com o
succnico no local altivo da enzima.
A inibio alostrica, no competitiva.
Observa-se outro tipo de inibio, onde no h
alterao da constante de Michaelis-Menten, mas sim da
velocidade mxima de reao. a inibio no competitiva
ou alostrica. O seu mecanismo mais complexo do que o
da competitiva, porque a molcula de enzima tem dois locais
ativos: um para o substrato e outro (local alostrico) para o
inibidor. A ligao do inibidor enzima provoca uma
alterao na conformao da molcula que modifica as
caractersticas do local ativo, impedindo a ligao do
substrato.
Nos esquemas da direita, vemos, em 1 e 2 a ligao
do substrato enzima. Em 3, o inibidor (o cdigo de cores o
mesmo da alnea anterior) est ligado enzima, e o local
ativo j no pode receber o substrato especfico.
Neste caso, o efeito da inibio no , como no caso competitivo, semelhante a uma
diminuio na concentrao do substrato, mas o de uma diminuio na concentrao da enzima. As
molculas de enzima ligadas ao inibidor esto inutilizadas, e no o aumento de concentrao de
substrato que reduz o nmero de molculas de enzima inibidas, dado que o local ativo no o
mesmo.
Nos
grficos podemos
ver o efeito do
inibidor (violeta)
na curva de
atividade
enzimtica (sem
inibidor a
vermelho ). No
grfico de Lineweaver-Burk vemos que as duas curvas intersectam no mesmo ponto do eixo de
abcissas, apresentando diferentes valores de velocidade mxima. Notar que, quanto mais alto for o
ponto de ordenada na origem, menor ser a velocidade mxima, visto que a ordenada representa
1/v.

A funo fisiolgica da inibio das enzimas
At aqui, pode no se entender bem qual a utilidade de reduzir a eficincia de uma enzima;
aparentemente, seria do maior interesse que esta eficincia fosse a mxima, assim pouparamos
enzima. Vamos estudar com ateno o grfico que segue

Temos o caminho de sntese de um composto D a partir de um precursor A. O processo tem
trs passos, mediados por outras tantas enzimas. O primeiro passo a produo do composto B a
partir do A, atravs de uma enzima que chamaremos A-B. O segundo e o terceiro tm uma
terminologia semelhante.
Suponhamos que o produto final da cadeia de reaes o inibidor da enzima A-B. O efeito
o seguinte: quando existe suficiente quantidade de D como para no ser todo utilizado, a reao
que inicia a cadeia para, o que tem como consequncia a paragem na produo de D enquanto haja
em excesso. Quando este composto for utilizado todo, deixando de haver molculas em excesso, a
inibio de A-B vai desaparecer, recomeando o processo de produo de D. Temos aqui um tpico
sistema de controle com retroalimentao negativa. O sistema pode ser mais complicado, podendo
ser o inibidor um produto de reaes onde D intervm, e tambm pode haver inibies de outros
fatores: por exemplo, um composto relacionado com o funcionamento de D pode ser necessrio
como coenzima num dos passos da cadeia.
Como sempre, este tipo de fenmenos podem ser muito mais complexos, mas a base geral
da regulao enzimtica esta.