Anda di halaman 1dari 10

1

1. HASIL PENGAMATAN

Hasil pengamatan isolasi DNA dapat dilihat pada Tabel. 1

Tabel 1. Hasil pengamatan isolasi DNA
Kel Gambar DNA Warna Keterangan
Sebelum Sesudah
C1





Putih
keruh
Awal.: gelembung
Akhir : serabut
C2


Keruh Awal : gelembung
Akhir : serabut
C3





Keruh Awal : gelembung
Akhir : titik titik


C4

Bening Awal : titik - titik
Akhir : serabut
2


C5



Bening Awal : titik - titik
Akhir : titik - titik
C6


Bening Awal : titik - titik
Akhir : titik - titik

Pada Tabel 1 dapat di lihat bahwa kelompok 1 dan 2 dengan bahan hati sapi menghasilkan
warna putih keruh dan terdapat serabut, kelompok 3 dengan bahan hati sapi menghasilkan
warna putih keruh dan terdapat titik- titik , kelompok 4 dengan bahan kecambah kacang hijau
menghasilkan warna bening dan terdapat serabut, kelompok 5 dengan bahan kecambah
kacang hijau menghasilkan warna bening dan terdapat titik-titik dan kelompok 6 dengan
bahan kecambah kacang hijau menghasilkan warna bening dan terdapat titik- titik.







3

2. PEMBAHASAN

Pada percobaan kali ini, akan di bahas tentang isolasi dan ekstraksi DNA dari inti sel.
Menurut Vaze et al.,(2010) Isolasi merupakan suatu metode untuk memisahkan
mikroorganisme dalam medium menjadi sel yang individu yang disiapkan untuk
mendapatkan spesies tunggal . Isolasi juga merupakan suatu cara untuk memisahkan satu
mikrobia dari mikrobia lainnya yang bertujuan untuk mendapatkan spesies tunggal dengan
sifat-sifat yang diinginkan. Selain itu, isolasi DNA adalah langkah pertama untuk
pengembangan DNA. Untuk mengetahui jenis mikroorganisme pada bahan pangan dapat
dilakukan isolasi mikrobia, dengan cara menggoreskan suspensi campuran sel pada suatu
media padat di dalam cawan petri kemudian menginkubasikannya, sehingga setiap sel akan
tumbuh membentuk koloni dan memudahkan untuk memisahkannya. Untuk mengisolasi dan
mempelajari suatu mikroorganisme dalam kultur murni, kita memerlukan alat-alat
laboratorium dasar dan aplikasi dari teknik isolasi (Cappuccino & Sherman, 1983).

Das et al.,(2009) mengatakan bahwa isolasi DNA merupakan teknik yang dipakai dalam
analisis RAPD. RAPD ini yaitu singkatan dari Random Amplified Polymorphic DNA.
Analisis yang menggunakan teknik isolasi DNA ini memiliki kelebihan dari analisis DNA
yang lain, yaitu relatif cepat, mudah untuk dilakukan, relatif murah, sangat informatif, dan
tidak perlu ada informasi urutan cetakan DNA .

Menurut istanti (1999) DNA merupakan molekul utama yang mengkode semua informasi
yang dibutuhkan untuk proses metabolisme dalam setiap organisme. DNA terdapat pada
nukleus, mitokondria, dan kloroplas. DNA pada nukleus berbentuk linear dan berikatan kuat
dengan protein histon, sedangkan DNA mitokondria dan kloroplas berbentuk sirkular (Klug
& Cummings, 1994). Ciri khas dari DNA mitokondria dan kloroplas, yaitu hanya
mewariskan sifat-sifat yang berasal dari garis ibu. Hal ini sangat berbeda dengan DNA
nukleus yang memiliki pola pewarisan sifat dari kedua orangtua.

Jika dilihat dari organismenya, struktur DNA prokariotik beda dengan DNA eukariotik. DNA
prokariot tidak memiliki protein histon dan berbentuk sirkular, sedangkan DNA eukariot
berbentuk linear dan memiliki protein histon. DNA yang diisolasi dari bermacam-macam
jaringan dalam satu spesies mempunyai basa N yang sama. Komposisi basa N dalam DNA
dalam satu spesies tertentu tidak mengalami perubahan dengan umur, status nutrisional atau
4


perubahan lingkungan. Ekstrak DNA dari spesies yang sangat dekat hubungan keluarganya
mempunyai basa N yang hampir sama dan sebaliknya apabila hubungan kekeluargaannya
jauh, maka komposisi basa N nya sangat berbeda.

DNA dalam bentuk padatan memiliki sifat yang jauh lebih stabil bila dibandingkan DNA
pada media cair. Hal ini disebabkan karena stabilitas DNA dipengaruhi oleh matriks yang
terkandung di dalamnya. Matriks yang dikandung oleh DNA pada padatan lebih banyak.
Sedangkan pada media cair, matriks DNA kurang kuat sehingga DNA mudah terdegradasi
(Skarger & Basel, 2001).

Terdapat tiga komponen utama yang menyusun DNA, yaitu gula deoksiribosa, basa nitrogen,
dan fosfat. Semuanya bergabung membentuk nukleotida (Istanti,1999). Basa purin terdiri atas
adenin (A) dan guanin (G) yang memiliki struktur cincin-ganda, sedangkan basa pirimidin
terdiri atas sitosin (C) dan timin (T) yang memiliki struktur cincin-tunggal. Ketika Guanin
berikatan dengan Sitosin, maka akan terbentuk tiga ikatan hidrogen, sedangkan ketika Adenin
berikatan dengan Timin maka hanya akan terbentuk dua ikatan hidrogen (Lewis, 2003).

Ada beberapa cara yang digunakan untuk memisahkan sel-sel dari suatu suspensi campuran
sel. Salah satu diantaranya dengan memanfaatkan perbedaan sifat fisik sel. Sebagai contoh,
sel-sel besar dapat dipisahkan dari sel-sel kecil dengan cara pemusingan (centrifugation),
demikian pula untuk memisahkan sel-sel padat dari sel-sel ringan. Pendekatan lain didasarkan
pada kecenderungan beberapa jenis sel untuk menempel dengan kuat pada kaca atau plastik.
Sel-sel ini dapat dipisahkan dari sel-sel yang menempel tidak begitu kuat (Alberts, 1994).

Pada penyaringan bahan, molekul DNA yang larut air akan dapat melewati saringan. Lapisan
lemak bilayer dari membran sel dan nukleus dipecah oleh sabun, seperti lauryl atau laureth
sulfate yang terkandung dalam sampo and sabun pencuci piring. Sabun pencuci piring
mengandung EDTA (ethylene diamine tetraacetic acid), yang mengikat kation seperti Mg
2+
.
Kation bertindak sebagai kofaktor yang membantu enzim bekerja. Salah satu enzim yang
berperan ialah nuklease, yaitu dengan menguraikan DNA.

Praktikum isolasi DNA diawali dengan menyiapkan alat dan bahan yang dibutuhkan. Bahan
yang di butuhkan yaitu hati sapi untuk kelompok 1 sampai 3 dan kecambah kacang hijau
untuk kelompok 4 sampai 5. Setelah menyiapkan alat dan bahan langkah selanjutnya yaitu
5


menghancurkan 4 gram bahan dengan menggunakan mortar dan alu . Dalam melakukan
penghancuran tidak perlu berlebihan karena akan mengakibatkan struktur dari DNA bahan
akan menjadi rusak. Bahan yang telah hancur kemudian di tambah dengan 20 ml larutan
sukrosa 0,5 M dingin. Penambahan sukrosa dingin berfungsi sebagai sumber nutrisi bagi
DNA tersebut selama pengisolasian (Alberts et al., 1994).

Langkah berikutnya yaitu penyaringan dengan menggunakan kain saring. Penyaringan ini
berfungsi untuk menghilangkan debris, seperti membran sel, protein yang mengendap, serta
potongan-potongan bahan yang tidak dapat dihancurkan. (Kimball, 1992). Penyaringan
merupakan salah satu cara untuk memisahkan partikel padat dengan partikel fluida melalui
medium berpori. Partikel padat akan tertahan pada pori-pori medium sedangkan cairan akan
lolos melewati pori-pori medium.Cairan yang lolos dari medium tersebut disebut dengan
filtrat dan partikel padatan yang tertahan dikenal dengan cake (Suyitno, 1989).

Setelah filtrat didapat, kemudian dilakukan sentrifugasi selama 10 menit . Cairan yang
dihasilkan dibuang dan endapannya diambil. Endapan ditambahkan larutan sukrosa 0,5M
dingin 5 ml dan disentrifugasi kembali selama 10 menit. Hal ini sudah sesuai dengan teori
menurut Harley (2005) bahwa isolasi DNA memiliki 5 tahapan yaitu isolasi jaringan yang
diinginkan, pelisisan dinding dan membran sel, pengekstraksian dalam larutan, purifikasi, dan
presipitasi.

Hasil dari sentrifugasi tersebut kemudian dipisahkan anatara filtrat dan endapan. Filtrat
dibuang dan endapan ditambah dengan 10 ml NaCl 1M dingin dan 0,2 ml larutan sunlight
10%. Penambahan reagen NaCl dikarenakan DNA tidak larut dalam alkohol namun larut
dalam air garam. Menurut Anonim (2006), garam ini memiliki fungsi untuk memberikan
kondisi ionik, sehingga reaksi berjalan lebih stabil. Sedangkan penambahan larutan
sunlight berfungsi sebagai pemecah lapisan membran sel dan sebagai pengikat protein
kationik pada kromosom dalam sel sehingga DNA dapat keluar ke solusi atau larutan.
Larutan sunlight tersebut merupakan larutan pelisis sel yang berfungsi untuk merusak lipid
pada membran sel sehingga sel hancur (Anonim, 2007).

Setelah ditambahkan NaCl dan larutan sunlight, larutan diaduk di dalam baskom yang berisi
es batu hingga mengental. Kemudian 0,2 ml kloroform ditambahkan yang bertujuan untuk
memvisualisasikan DNA dan menetralkan (desalted) atau dapat juga untuk melarutkan
6


senyawa lemak nonpolar yang ada pada campuran bahan yang mengandung DNA (Anonim,
2007). Kemudian larutan tersebut di sentrifugasi lagi selama 10 menit. Cairan yang didapat di
foto lalu di tambah 30 ml etanol yang sering diseut presipitasi. Endapan yang didapat di
buang. Hal ini sesuai dengan pendapat Anonim (2007), bahwa presipitasi DNA dapat
dilakukan dengan menambahkan etanol secara perlahan-lahan. DNA dapat terlihat secara
visual karena molekul DNA larut dalam air. Hal ini sesuai dengan apa yang diamati pada
praktikum, yaitu setelah penambahan etanol, warna larutan menjadi lebih keruh akibat
penguraian ikatan berpilin pada DNA sehingga lebih mudah terlihat. Etanol juga berfungsi
mengendapkan DNA, sehingga DNA dapat terpisah dari komponen sel lain yang tidak larut
dalam etanol (Lana, 2007).

Penambahan etanol juga dapat digunakan untuk membantu mendeteksi adanya DNA dalam
bahan pangan menurut Mazmur (1961). Dalam ekstraksi, DNA yang dihasilkan terdapat pada
lapisan atas yang ditambahkan ethanol, karena DNA tidak larut ethanol. Ketika DNA kontak
dengan etanol, molekul DNA akan terpresipitasi dalam etanol dan dapat terlihat secara visual
. Untai-untai DNA tidak lagi menggulung (coiling) dan berikatan dengan protein histon, yang
menyebabkan DNA menjadi terlihat saat diberi penambahan etanol (Jin et al., 2004).

Hasil pengamatan pada tabel 1 dapat dilihat bahwa kelompok C1 sampai C6 memiliki warna
cairan awal yang sama, yaitu sebelum di tambah etanol. Setelah di tambah etanol terjadi
perubahan warna pada masing masing kelompok. C1 dan C2 warnanya menjadi putih keruh
dan terdapat serabut. Kelompok C3 warnanya putih keruh namun hanya terdapat titik titik
putih. C4 warnanya bening dan terdapat serabut, sedangkan kelompok C5 dan C6 warnanya
bening dan terdapat titik- titik putih. Dari hasil pengamatan dapat diketahui bahwa kelompok
C1 sampai C3 yang menggunakan hati sapi memiliki warna larutan yang putih keruh, dan
terlihat DNA nya berupa serabut maupun titik titik putih. Pada kelompok C4 sampai C6 yang
menggunakan kecambah kacang hijau memiliki warna larutan yang bening dan juga terdapat
serabut atau titik titik putih. Perbedaan warna larutan ini dapat disebabkan karena kesalahan
pada saat pemisahan filtrat dan supernatan yaitu terbawanya sedikit supernatan ke dalam
filtrat sehingga warnanya lebih keruh. Bentuk DNA pada masing masing kelompok yang
tidak tepat juga dapat disebabkan karena kesalahan praktikan pada saat mengamati di bawah
lampu.


7


3. KESIMPULAN

Isolasi merupakan suatu metode untuk memisahkan mikroorganisme dalam medium
menjadi sel yang individu yang disiapkan untuk mendapatkan spesies tunggal
DNA yang diisolasi dari bermacam-macam jaringan dalam satu spesies mempunyai basa
N yang sama.
Terdapat tiga komponen utama yang menyusun DNA, yaitu gula deoksiribosa, basa
nitrogen, dan fosfat
sel-sel besar dapat dipisahkan dari sel-sel kecil dengan cara pemusingan (centrifugation),
Penyaringan merupakan salah satu cara untuk memisahkan partikel padat dengan partikel
fluida melalui medium berpori
Bentuk kumpulan DNA dapat terlihat karena penambahan etanol








Semarang, 18 September 2012
Praktikan: Asisten dosen:


Merliem Yanesie W Fiera Lusida R
11.70.0062

8

4. DAFTAR PUSTAKA

Alberts, B; D. Bray; J. Lewis; M. Raff; K. Roberts; J.D. Watson. (1994). Biologi Molekuler
Sel Edisi Kedua: Mengenal Sel. PT. Gramedia Pustaka Utama. Jakarta.

Anonim. (2006). Isolasi DNA. http://id.Isolasi_DNA-2006.html

Anonim. (2007). Isolation of DNA from Strawberries and Raspberries. http://www.science-
projects.com

B.K, Das ; R.C, Jena & K.C, Samal. (2009). Optimization Of DNA Isolation And PCR
Protocol For RAPD Analysis Of Banana / Plantain (Musa Spp.). International Journal of
Agriculture Sciences. Orissa

Cappucino, J. G. & N. Sherman. (1983). Microbiology: A Laboratory Manual. Addison-
Wesley Publishing Company. Massachusetts.

Harley, J.T. (2005). Regulatory exercises in microbiology. 6th ed. McGraw-Hill Company,
Boston: xiv + 466 hlm.

Istanti, Annie. (1999). Biologi Sel. Jurusan Biologi FMIPA UM. Malang.

Jin, J., Y. K. Lee, and B. L. Wickes. (2004). Simple Chemical Extraction Method for DNA
Isolation from Aspergillus fumigatus and Other Aspergillus species

Kimball, J.W. (1992). Biologi jilid 1 edisi 5. Erlangga. Jakarta.

Klug, W.S. & M.R. Cummings. (1994). Concepts of genetics. Prentice-Hall Inc., Englewood
Cliffs: xvi + 779 hlm.

Lana, H. (2007). Introduction to DNA Extractions. http://www.accessexcellence.org

9


Lewis, R. (2003). Human genetics: Concepts and applications. The McGraw-Hills Company,
Inc., Boston: xviii + 454 hlm.

Skarger AG, Basel CH. (2001). Safety Consideration DNA in Foods. ILSI Press. Washington
DC, USA.

Suyitno. (1989). Petunjuk Laboratorium Rekayasa Pangan. Pusat Antar Universitas Pangan &
Gizi UGM. Yogyakarta.

Vase,A ; Nerkar, G; Pagariya,M ; Devarumath, R.M & Theertha P,D. (2010). Isolation And
Pcr Amplification Of Genomic Dna From Dry Leaf Samples Of Sugarcane. International
Journal Of Pharma And Bio Sciences. India

10

5. LAMPIRAN
5.1. Jurnal
5.2. Laporan Sementara