Despus de la Revolucin de Mayo de 1810, fue puesto al mando de un escuadrn gaucho en
la Quebrada de Humahuaca (provincia de Jujuy) y en los valles de Tarija y Lpez, impidiendo la comunicacin entre los contrarrevolucionarios y los realistas del Alto Per. En Suipacha, nico triunfo de las armas patriotas en el intento de recuperar el valioso territorio altoperuano, la participacin del capitn Gemes fue decisiva.
Permaneci en la zona de la Quebrada hasta despus de la derrota de la Batalla de Huaqui, y prest su ayuda a los derrotados que huan; all comenz su famosa guerra de recursos, con la que posiblemente retras el avance de partidas realistas antes de la llegada del ejrcito principal, que mandaba el general Po Tristn.
Con su ayuda, el general Pueyrredn logr atravesar la selva oranense y salvar los caudales de la Ceca de Potos, que estaba en poder de los realistas. Pero cuando el general Manuel Belgrano asumi el mando del Ejrcito del Norte, orden su traslado por indisciplina, causada por un lo de polleras de otro oficial. Permaneci en Buenos Aires, agregado al Estado Mayor General. Al conocerse en Buenos Aires el desastre de Ayohuma, Gemes fue ascendido a teniente coronel y enviado al norte, como jefe de las fuerzas de caballera de San Martn, nuevo comandante del Ejrcito del Norte. Se hizo cargo de la vanguardia del ejrcito reemplazando en ese puesto a Manuel Dorrego, otro oficial brillante que haba sido desterrado por problemas de disciplina.
Se present en Salta como el protector de los pobres y el ms decidido partidario de la Revolucin (de la que empezaban a dudar las clases altas). Pero aun as, no logr nuevos aportes de recursos de parte de la clase adinerada. Es en esta poca cuando se evidencia la figura de su hermana Mara Magdalena "Macacha" Gemes como una de sus principales colaboradores.
San Martn le encomend el mando de la avanzada del ro Pasaje (hoy llamado ro Juramento, porque en sus mrgenes el general Belgrano hizo jurar obediencia al gobierno de Buenos Aires, la Asamblea del Ao XIII, y la Bandera Nacional). Poco despus, asuma tambin el mando de las partidas que operaban en el Valle de Lerma (en el que est la ciudad de Salta). De este modo iniciaba la Guerra Gaucha, ayudado por otros caudillejos, como Burela, Saravia, Gorriti o Latorre. sta fue una larga serie de enfrentamientos casi diarios, apenas cortos tiroteos seguidos de retiradas. En esas condiciones, unas fuerzas poco disciplinadas y mal equipadas pero apoyadas por la poblacin podan hacer mucho dao a un ejrcito regular de invasin.