2012 International Symposium on radiation Physics - ISRP 2012

Rio de Janeiro, RJ, Brazil, October 07-12, 2012

INTERNATIONAL RADIATION PHYSICS SOCIETY - IRPS


CHARACTERIZATION AND QUANTIFICATION OF A MICROTOMOGRAPHIC
SYSTEM
A. Machado*, A.C. Machado, H. Alves, I. Lima, R. Lopes
Programa de Engenharia Nuclear, COPPE/UFRJ
Cidade Universitria, Rio de Janeiro, RJ, Brasil


ABSTRACT
Computed microtomography is a technique that allows for nondestructive, non-invasive 2D/3D visualization of
objects inner structure. Its a highly trustable and established technique and its inspired greater interest for
industrial and research work. As to provide this international demand some manufacturers developed compact
microtomographic systems allowing for fast and accurate results in a small laboratory environment in areas such
as geological, biological, and others. The acquisition of a microtomographic system, Skyscan/Bruker model
1173, for research purposes raises some concerns about parameters and calibration given by the manufacturer
since its a closed system and opening it not only might damage it but it invalidates the warranty. As a method to
identify the best parameters for improving image quality of the microtomographic system, some practical
measurements were made trying to obtain the following parameters: focal spot size of the X-ray tube, correlation
between the total coefficient attenuation and the average energy of the X-ray tubes energy spectrum by using
different physical filters, like Al, Cu and Brass, the total porosity of a known sample, the relation between the
number of frames per acquisition and the signal-to-noise ratio and the modulating transfer function. Results
show that the focal spot size of the X-ray tube obtained is coherent with the data provided by the manufacturer;
the behavior of the coefficient attenuation in relation to the physical filters is in good agreement with the
theoretical behavior expected; the total porosity is consistent with the experimental measurements made with the
known sample; the signal-to-noise ratio keeps practically constant as of a certain acquired number of frames for
each image; and the resolution calculated by the MTF is quite close in both of matrix used although the image
pixel size drastically changes. In conclusion Skyscan model 1173 shows improved image quality, good stability
and accuracy.



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1. Introduo
O sistema Skyscan-Bruker 1173 um microtomgrafo de bancada, com tamanho mximo de pixel
da imagem de 5m. O tubo de raios X da Hamamatsu opera com tenso mxima de 130kV e potncia
mxima de 8W. Possui um fixador para suportes de amostras de diferentes tamanhos e formatos, o que
permite anlises de amostras de vrios tipos, desde dentes at testemunhos de cerca de 1 polegada.
Possui um controlador para todas as direes, facilitando a centralizao da amostra antes da sua
aquisio. H possibilidade de escolher filtros j embutidos no equipamento que so colocados logo
aps a janela de sada do tubo de raios X automaticamente atravs do software para diminuio do
efeito de endurecimento de feixe, onde os raios X, devido a sua natureza policromtica, apresentam
diferenas na sua atenuao em diferentes regies da amostra, principalmente nas bordas, ao se
comparar com o centro da amostra, o que gera bordas na imagem das amostras como com composio
de alta densidade.
O software fornecido com o sistema permite a mudana de parmetros antes da aquisio, visando
uma otimizao da mesma, para diminuir o trabalho no processamento da imagem pr e ps
reconstruo. possvel aumentar o nmero de frames obtidos para um mesmo ngulo, melhorando a
relao sinal rudo da imagem final; pode-se colocar um movimento aleatrio na vertical, onde o
suporte varia, aleatoriamente, a posio da amostra, em unidades de pixels, para diminuir a intensidade
dos artefatos em anel que surgem devido a diferenas ou defeitos nos fotoelementos do detector; h
como escolher o passo angular entre as aquisies, bem como se a aquisio ser feita em 180 ou 360,
com o objetivo de remover o artefato estrela que surge devido a materiais dentro da amostra de alta
densidade; possvel tambm efetuar a aquisio tomogrfica em espiral, o que elimina os artefatos de
anel; para amostras muito grandes, o sistema permite aquisies separadas na vertical e horizontal,
aumentando o campo de viso e, por conseqncia, o tempo de medida.
A reconstruo, por sua vez, feita utilizando o software da prpria fabricante do sistema. Com o
surgimento de um programa com matemtica mais simplificada, apresentando resultados semelhantes
com diminuio considervel de tempo de reconstruo, este foi adquirido pelo laboratrio, pois a
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demanda por resultados mais rpidos, com mesmo nvel de confiana, mantendo a alta qualidade das
imagens muito grande. No software de reconstruo alguns parmetros podem ser inseridos para
melhorar o resultado da imagem final antes do uso da mesma para quantificao e visualizao. As
imagens podem apresentar algum rudo, o que pode ser melhorado passando um filtro de suavizao,
onde o mesmo procura padres da imagem ao varrer os pixels vizinhos ao redor de um pixel, de forma
que este no esteja destoante dos outros; os artefatos em forma de anel podem ser menos visveis ao se
passar um filtro passa baixa; a correo do efeito de endurecimento de feixe feita com um filtro que,
atravs do perfil do coeficiente de atenuao, suaviza a intensidade das bordas em comparao ao
centro da imagem, procurando diminuir a concavidade que surge devido a este efeito.
O objetivo deste trabalho caracterizar o sistema microtomogrfico Skyscan-Bruker 1173,
permitindo um entendimento melhor dos parmetros de aquisio e reconstruo de forma a otimizar o
uso do equipamento em outros trabalhos. O trabalho foi dividido na seguinte ordem: avaliao da
variao do tamanho focal com a tenso do tubo de raios X; efeito da utilizao de diversas
combinaes de filtros no coeficiente de atenuao da imagem; identificao da relao entre o
nmero de frames por aquisio e o valor do parmetro sinal rudo; clculo da porosidade para
amostras com dimetros diferentes; clculo da MTF.

2. Metodologia
2.1. Tamanho focal
O experimento para determinao do tamanho focal do sistema Skyscan 1173 foi feito utilizando
as tenses mnima e mxima, equivalentes a 50kV e 130kV. De acordo com a norma BS EN
12543-5:1999 [1] para determinao do tamanho focal de sistemas de tubos de raios X microfocus, foi
utilizada uma esfera de tungstnio com dimetro de 1.1+0.1mm. A corrente foi mantida constante,
para possibilitar a comparao dos resultados. A amostra foi colocada prxima a janela de sada do
tubo de raios X, para possibilitar uma magnificao geomtrica mnima de 20, como dito na norma.
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As projees foram analisadas no software Isee (v.1.10.2), de forma a obter um perfil de nveis de
cinza e verificar a unsharpness, tendo como calibrao para as dimenses na imagem o tamanho de
pixel do detector do sistema. Os clculos efetuados para obteno do tamanho focal foram feitos de
acordo com a norma.

Figura 1: Visualizao do perfil no programa Isee

2.2. Filtros
O experimento para avaliao da variao do coeficiente de atenuao de acordo com os filtros
utilizados foi feito utilizando esferas de vidro com dimetro aproximado de 3.0mm. Estas esferas
foram colocadas e fixadas dentro de um eppendorf, para garantir a no movimentao das mesmas
durante a aquisio tomogrfica. Com o suporte fixado, utilizou-se diversas combinaes de filtros
com espessuras diferentes entre os disponveis, no caso, 1.0mm de Al, 0.1mm de Cu e 0.3mm de lato.
As medidas foram feitas com tenso de 70kV e corrente de 80A.
Em seguida, utilizou-se o software NRecon/InstaRecon (v.1.6.5.8/v.1.3.8.5) [2,3] para gerar um
preview de uma mesma seo transversal, mantendo os mesmos parmetros para todas as amostras.
Neste preview foi gerado um perfil de nveis de cinza de acordo com a posio e, atravs deste perfil,
foi gerado um grfico nico comparando os diversos resultados.
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Figura 2: Visualizao do perfil no programa NRecon

2.3. Nmero de Frames
O experimento para obteno da relao entre o nmero de frames e o parmetro sinal rudo foi
feito utilizando esferas de vidro com dimetro aproximado de 3.0mm. As medidas foram feitas com
tenso de 70kV e corrente de 80A. As imagens foram adquiridas variando o nmero de frames
adquiridos para cada radiografia, desde 1 at 50 frames, com intervalo de 5 frames para cada uma.
A relao sinal rudo (SNR) foi quantificada com o software Isee (v.1.10.2) [4], medindo oito
pontos diferentes no background de acordo com a norma EN 14784-1:2003 [5]. Com um valor mdio
obtido, um grfico da SNR em relao ao nmero de frames foi gerado.
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Figura 3: Visualizao da regio para clculo da SNR no programa Isee

2.4. Porosidade
O experimento para obteno da porosidade foi feito utilizando esferas de vidro de diferentes
grupos, nos quais o dimetro aproximado variava entre 3.0mm, 1.4mm e 0.7mm. As esferas foram
fixadas dentro de um eppendorf para assegurar a no movimentao delas durante as aquisies, at
uma altura mxima equivalente a 1ml. As medidas foram feitas com tenso de 70kV e corrente de
80A.

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Figura 4: Radiografias das bolinhas de dimenses diferentes
O clculo da porosidade foi feito pensando na regio de vazio entre as esferas de vidro. Para
efetuar a quantificao atravs das imagens reconstrudas foi utilizado o software CTan (v1.12.0.0)
[6], que permite o processamento, binarizao e segmentao das imagens.


Figura 5: Definio da regio de interesse no programa CTan

2.5. MTF
A MTF descreve a transmisso de contraste em funo do tamanho do objeto. MTF caracteriza a
unsharpness do sistema.
O experimento para obteno da MTF foi feito segundo a norma europeia EN 14784-1:2003 [5],
utilizando uma placa de tungstnio com o topo centralizado na cmera do sistema, inclinado de um
ngulo prximo a 5. Foram feitas medidas correspondentes para as matrizes de 2240 x 2240 e 1120 x
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1120 do detector com tamanho de pixel varivel, a saber: 6, 15 e 30m para a matriz de 2240x2240 e
12, 30 e 60m para a matriz de 1120x1120. As medidas foram feitas com tenso de 100kV e corrente
de 80A. Cada imagem final foi obtida com aquisio de 50 frames por imagem.
O clculo da MTF foi feito utilizando o programa Isee (v.1.10.2) [4] sendo calculada a partir da
primeira derivada do perfil atravs do clculo do espectro de magnitude de Fourier e normalizando-o
como 1 na freqncia zero. A resoluo espacial bsica deve ser determinada a partir do valor da MTF
em 20%. O SR valor correspondente resoluo calculada pela seguinte equao :

(eq.1)

Figura 6: Radiografia da placa de tungstnio para clculo da MTF

Figura 7: Obteno do perfil para clculo da MTF
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3. Resultados
3.1. Tamanho focal
O grfico mostra a variao do tamanho focal com a potncia utilizada. O aumento da energia e,
por conseguinte, da potncia leva a um aumento no tamanho focal do tubo de raios X, como era
esperado. O valor mnimo do tamanho focal encontra-se dentro do valor fornecido pelo fabricante.

Figura 8: Grfico da relao da energia do sistema com o tamanho focal
3.2. Filtros
O grfico mostra a variao do coeficiente de atenuao de acordo com as diferentes combinaes
de filtro, superpondo os perfis de nveis de cinza para um mesmo preview e posio na imagem.
possvel perceber uma grande influncia quando h presena do filtro de Cu, por ser um material mais
atenuante, mesmo possuindo espessura menor do que dos outros filtros, sofrendo pouca alterao
quando este misturado com os filtros de Al e lato.
0
20
40
60
80
100
120
140
0 10 20 30 40 50 60
Energia
Tamanho Focal (m)
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Figura 9: Grfico da relao entre coeficiente de atenuao e posio

3.3. Nmero de Frames
O grfico mostra a variao do nmero de frames e a influncia da mesma na relao sinal rudo.
Foram feitas oito medidas no background da imagem, seguindo a norma. Nota-se pouca variao a
partir da aquisio com vinte frames, saturando a qualidade do sinal obtido em relao ao rudo.
0
0,005
0,01
0,015
0,02
0,025
0,03
0,035
700 900 1100 1300 1500 1700
Coeficiente de
Atenuao
Posio
Sem Filtro
Filtro Al
Filtro Cu
Filtro Brass
Filtro Cu+Al
Filtro Al+Brass
Filtro Cu+Brass
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Figura 10: Grfico da relao entre a SNR e o nmero de frames

3.4. Porosidade
As tabelas mostram os valores obtidos para o volume do objeto, no caso as esferas de vidro, e o
volume da porosidade, ou regio de vazio, obtido pelo clculo no software CTan (v1.12.0.0) [6] e
pelos dados das dimenses das esferas e do eppendorf conhecidos.
Tabela 1: Dados da porosidade obtidos pelo clculo real e no CTan para as amostras com dimetro 3.0mm
Parmetros Unid. Real CTAn
Volume do objeto mm
3
521.88 0.02 520.85
Percentual do volume do objeto % 47.44 44.31
Volume de Poros mm
3
578.12 0.02 654.88
Porosidade Total % 52.55 55.69

260,00
270,00
280,00
290,00
300,00
310,00
320,00
330,00
340,00
0 10 20 30 40 50 60
SNR
Nmero de Frames
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Tabela 2: Dados da porosidade obtidos pelo clculo real e no CTan com dimetro de 1.4mm
Parmetros Unid. Real CTAn
Volume do objeto mm
3
586,15 0,02 600,8
Percentual do volume do objeto % 58,61 56,1
Volume de Poros mm
3
413,84 0,02 470,1
Porosidade Total % 41,38 43,9

Tabela 3: Dados da porosidade obtidos pelo clculo real e no CTan com dimetro de 0.7mm
Parmetros Unid. Real CTAn
Volume do objeto mm
3
585,48 586,35
Percentual do volume do objeto % 58,5 55,38
Volume de Poros mm
3
414,33 468,76
Porosidade Total % 41,4 44,61

A figura mostra uma visualizao tridimensional das esferas de vidro delimitadas por um ROI
no formato interno do eppendorf.
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Figura 11: Visualizao 3D das bolinhas em um ROI definido pelo formato do eppendorf

3.5. MTF
A tabela mostra os resultados da resoluo espacial obtida para cada conjunto de tamanho de pixel
utilizado para cada matriz do detector.
Tabela 4: Relao do tamanho de pixel com a resoluo
Matriz Tamanho de Pixel Resoluo
2240 x 2240
6m 17,18m
15m 35,21m
30m 69,44m

1120 x 1120
12m 17,36m
30m 41,66m
60m 79,23m
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4. Concluso
O tamanho focal do sistema apresentou pouca variao no intervalo efetivo de uso do tubo de
raios X, pois abaixo de 50kV a qualidade da imagem cai rapidamente. A variao do tamanho focal
apresentou-se dentro do esperado, com este parmetro aumentando de acordo com o aumento da
potncia. O valor mnimo para o tamanho focal encontra-se prximo ao dado pelo fabricante.
Possveis diferenas esto provavelmente em condies experimentais, onde o fabricante possui
acesso interno ao sistema que nos limitado.
O comportamento do coeficiente de atenuao est relacionado diretamente ao tipo de material
atenuante, seja este uma amostra ou um filtro. Para uma mesma amostra, esperado que, nas mesmas
condies de aquisio e reconstruo, o coeficiente de atenuao diminua de acordo com os filtros
mais atenuantes colocados no caminho do feixe de raios X. O Cu, mesmo possuindo espessura menor
do que os outros filtros, ainda assim possui maior poder de atenuao do que os filtros de Al e lato, o
que pode ser comprovado pelo grfico obtido.
A variao do parmetro sinal rudo em relao ao nmero de frames mostra que, a partir de um
ponto, no caso vinte frames, h pouca influncia no nmero de frames obtidos para melhora da relao
sinal rudo e, por conseguinte, da qualidade da imagem. Entretanto mesmo conhecendo o valor
timo para obteno de uma imagem mais livre de rudos, um nmero maior de frames implica num
tempo maior de aquisio o que, dependendo do tempo disponvel e do nmero de amostras, no
oferece uma melhora justificada.
O clculo da porosidade apresentou resultados muito consistentes com aqueles calculados com as
dimenses reais. As diferenas entre os resultados, mesmo a uma escala micromtrica, apresentou erro
inferior a 5%, o que mostra boa preciso das tarefas computacionais escolhidas para binarizao e
segmentao das imagens das amostras e permite boa confiabilidade no apenas no sistema de
aquisio e reconstruo, mas tambm nas funes de processamento das imagens.
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A MTF mostra a real resoluo do sistema, ou seja, o limite da capacidade de diferenciar as
estruturas muito prximas. Este valor, como possvel ver pelos resultados, varia pouco de uma
matriz para outra para tamanho de pixel pequeno, mas as diferenas ficam mais evidentes a medida
que o tamanho de pixel utilizado aumenta.
Por ser um sistema fechado, h dificuldade em obter parmetros mais detalhados para
caracterizao do microtomgrafo Skyscan-Bruker 1173. Entretanto a busca deste trabalho
exatamente obter parmetros que sirvam de apoio a futuros experimentos feitos com este sistema,
otimizando as aquisies e reconstrues e diminuindo a necessidade de processamento das imagens
finais.
AGRADECIMENTOS
Os autores deste trabalho gostariam de agradecer ao CNPq e ao CENPES/Petrobrs pelo
apoio financeiro a este projeto.
REFERNCIAS BIBLIOGRFICAS
[1] European Standard, EN 12543-5, Non-destructive testing Characteristics of focal spots in
industrial X-ray systems for use in non-destructive testing - Part 5: Measurement of the effective
focal spot size of mini and micro focus X-ray tubes, published by European Committee for
Standardization, September 1999
[2] NRecon, SkyScan/Bruker micro-CT, Kartuizerweg 3B 2550 Kontich, Belgium; 2011.
[3] InstaRecon,, CBR Premium 12-8K
TM
, InstaRecon, Champaign, IL, USA, 2011.
[4] ISee Verso 1.10.2 Software desenvolvido pelo BAM (Federal Institute for Materials Research and
Testing), Berlin, Alemanha.
[5] European Standard, EN 14784-1, Non-destructive testing Industrial computed radiography with
storage phosphor imaging plates - Part 1: Classifications of systems published by European
Committee for Standardization, August 2004.
[6] CT Analyser, "The user's guide", Skyscan/Bruker micro-CT, Kartuizerweg 3B 2550 Kontich,
Belgium, 2012.