Desde el punto de vista qumico, el ADN es un Polmero de nucletidos, es decir, un
Polinucletido.Un polmero es un compuesto formado por muchas unidades simples conectadas entre s, como si fuera un largo tren formado por vagones. En el ADN,cada vagn es unNucletido, y cada nucletido, a su vez, est formado por un azcar (la Desoxirribosa), una Base nitrogenada (que puede ser AdeninaA, TiminaT, CitosinaC o GuaninaG) y un grupo Fosfato que acta como enganche de cada vagn con el siguiente. Lo que distingue a un vagn (nucletido) de otro es, entonces, la base nitrogenada, y por ello la secuencia del ADN se especifica nombrando slo la secuencia de sus bases. La disposicin secuencial de estas cuatro bases a lo largo de la cadena (el ordenamiento de los cuatro tipos de vagones a lo largo de todo el tren) es la que codifica la informacin gentica: por ejemplo, una secuencia de ADN puede ser ATGCTAGATCGC... En los organismos vivos, el ADN se presenta como una doble cadena de nucletidos, en la que las dos hebras estn unidas entre s por unas conexiones denominadas puentes de hidrgeno. Para que la informacin que contiene el ADN pueda ser utilizada por la maquinaria celular, debe copiarse en primer lugar en unos trenes de nucletidos, ms cortos y con unas unidades diferentes, llamados ARN. Las Molculas de ARN se copian exactamente del ADN mediante un proceso denominado transcripcin. Una vez procesadas en el Ncleo celular, las molculas de ARN pueden salir al Citoplasma para su utilizacin posterior. La informacin contenida en el ARN se interpreta usando el Cdigo gentico, que especifica la secuencia de los Aminocidos de las protenas, segn una correspondencia de un triplete de nucletidos (Codn) para cada aminocido. Esto es, la informacin gentica (esencialmente: qu protenas se van a producir en cada momento del ciclo de vida de una clula) se halla codificada en las secuencias de nucletidos del ADN y debe traducirse para poder ser empleada. Tal traduccin se realiza empleando el cdigo gentico a modo de diccionario. El diccionario "secuencia de nucletido-secuencia de aminocidos" permite el ensamblado de largas cadenas de aminocidos (las protenas) en el citoplasma de la clula. Por ejemplo, en el caso de la secuencia de ADN indicada antes (ATGCTAGATCGC...), la ARN polimerasa utilizara como molde la cadena complementaria de dicha secuencia de ADN (que sera TAC-GAT-CTA-GCG-...) para transcribir una molcula de ARNm que se leera AUG-CUA-GAU-CGC-... ; el ARNm resultante, utilizando el cdigo gentico, se traducira como la secuencia de aminocidos Metionina-Leucina-cido asprtico-Arginina-... Las secuencias de ADN que constituyen la unidad fundamental, fsica y funcional de la herencia se denominan Genes. Cada gen contiene una parte que se transcribe a ARN y otra que se encarga de definir cundo y dnde deben expresarse. La informacin contenida en los genes (gentica) se emplea para generar ARN y Protenas, que son los componentes bsicos de las clulas, los "ladrillos" que se utilizan para la construccin de los orgnulos celulares, entre otras funciones. Dentro de las clulas, el ADN est organizado en estructuras llamadas Cromosomas que, durante el Ciclo celular, se duplican antes de que la clula se divida. Los organismos eucariotas (por ejemplo, Animales, Plantas, y hongos) almacenan la inmensa mayora de su ADN dentro del Ncleo celular y una mnima parte en los elementos celulares llamados Mitocondrias, y en los Plastos y los Centros Organizadores de Microtbulos o Centrolos, en caso de tenerlos; los organismos procariotas (Bacterias y Arqueas) lo almacenan en el Citoplasma de la clula, y, por ltimo, los Virus ADN lo hacen en el interior de la cpsida de naturaleza proteica. Existen multitud de protenas, como por ejemplo las Histonas y los factores de transcripcin, que se unen al ADN dotndolo de una estructura tridimensional determinada y regulando su expresin. Los factores de transcripcin reconocen secuencias reguladoras del ADN y especifican la pauta de transcripcin de los genes. El material gentico completo de una dotacin cromosmica se denomina Genoma y, con pequeas variaciones, es caracterstico de cada especie. Historia El ADN fue aislado por vez primera durante el invierno de 1869 por el mdico suizo Friedrich Miescher mientras trabajaba en la Universidad de Tubinga. Miescher realizaba experimentos acerca de la composicin qumica del Pus de vendas quirrgicas desechadas cuando not un precipitado de una sustancia desconocida que caracteriz qumicamente ms tarde. Se necesitaron casi 70 aos de investigacin para poder identificar los componentes y la estructura de los cidos nucleicos. En 1919 Phoebus Levene identific que un nucletido est formado por una base, un Azcar y un Fosfato. Sin embargo, Levene pensaba que la cadena era corta y que las bases se repetan en un orden fijo. En 1937 William Astbury produjo el primer patrn de Difraccin de rayos X que mostraba que el ADN tena una estructura regular. La funcin biolgica del ADN comenz a dilucidarse en 1928, con una serie bsica de experimentos de la gentica moderna realizados por Frederick Griffith, quien estaba trabajando con cepas "lisas" (S) o "rugosas" (R) de la bacteria Pneumococcus (causante de la neumona), segn la presencia (S) o no (R) de una cpsula azucarada que es la que confiere virulencia (vase tambin Experimento de Griffith). La inyeccin de neumococos S vivos en ratones produce la muerte de stos, y Griffith observ que si inyectaba ratones con neumococos R vivos o con neumococos S muertos por calor, los ratones no moran. Sin embargo, si inyectaba a la vez neumococos R vivos y neumococos S muertos, los ratones moran, y en su sangre se podan aislar neumococos S vivos. Como las bacterias muertas no pudieron haberse multiplicado dentro del ratn, Griffith razon que deba producirse algn tipo de cambio o transformacin de un tipo bacteriano a otro por medio de una transferencia de alguna sustancia activa, que denomin "principio transformante". Esta sustancia proporcionaba la capacidad a los neumococos R de producir una cpsula azucarada y transformarse as en virulentas. En los siguientes 15 aos, estos experimentos iniciales fueron duplicados mezclando distintos tipos de cepas bacterianas muertas por el calor con otras vivas, tanto en ratones (in vivo) como en tubos de ensayo (in vitro). La bsqueda del factor transformante que era capaz de hacer virulentas a cepas que inicialmente no lo eran continu hasta 1944, ao en el cual Oswald Avery, Colin MacLeod y Maclyn McCarty realizaron un experimento hoy clsico. Estos investigadores extrajeron la fraccin activa (el factor transformante), y mediante anlisis qumicos, enzimticos y serolgicos, observaron que no contena protenas, ni lpidos no ligados, ni polisacridos activos, sino que estaba constituido principalmente por "una forma viscosa de cido desoxirribonucleico altamente polimerizado", es decir, ADN. El ADN extrado de las cepas bacterianas S muertas por el calor lo mezclaron "in vitro" con cepas R vivas: el resultado fue que se formaron colonias bacterianas S, por lo que se concluy inequvocamente que el factor o principio transformante era el ADN. En cuanto a la caracterizacin qumica de la molcula, en 1940 Chargaff realiz algunos experimentos que le sirvieron para establecer las proporciones de las bases nitrogenadas en el ADN. Descubri que las proporciones de purinas eran idnticas a las de pirimidinas; la "equimolecularidad" de las bases ([A]=[T], [G]=[C]) y que la cantidad de G+C en una determinada molcula de ADN no siempre es igual a la cantidad de A+T y puede variar desde el 36% al 70% del contenido total. Con esta informacin y junto con los datos de Difraccin de rayos X proporcionados por Rosalind Franklin; James Watson y Francis Crick propusieron en 1953 el modelo de la doble hlice de ADN para representar la estructura tridimensional del polmero. En 1962, despus de la muerte de Franklin, los cientficos Watson, Crick y Wilkins recibieron conjuntamente el Premio Nobel en Fisiologa o Medicina.The Nobel Prize in Physiology or Medicine 1962 Nobelprize .org (Revisado el 22 de diciembre de 06). Sin embargo, el debate contina sobre quin debera recibir crdito por el descubrimiento. Propiedades fsicas y qumicas El ADN es un largo Polmero formado por unidades repetitivas, los Nucletidos. Una doble cadena de ADN mide de 22 a 26 Angstroms (2,2 a 2,6 Nanmetros) de ancho, y una unidad (un nucletido) mide 3,3 (0,33 nm) de largo. En los Organismos vivos, el ADN no suele existir como una molcula individual, sino como una pareja de molculas estrechamente asociadas. Las dos cadenas de ADN se enroscan sobre s mismas formando una especie de escalera de caracol, denominada Doble hlice. El modelo de estructura en doble hlice fue propuesto en 1953 por James Watson y Francis Crick (el artculo Molecular Structure of Nucleic Acids: A Structure for Deoxyribose Nucleic Acid fue publicado el 25 de abril de 1953 en Nature).Watson JD; Crick FHC. A structure for Deoxyribose Nucleic Acid. Nature171(4356):737-738.. (April, 1953) Texto Completo El xito de ste modelo radicaba en su consistencia con las propiedades fsicas y qumicas del ADN. El estudio mostraba adems que la complementariedad de bases poda ser relevante en su replicacin, y tambin la importancia de la secuencia de bases como portador de informacin gentica.Cada unidad que se repite, el nucletido, contiene un segmento de la estructura de soporte (azcar + fosfato), que mantiene la cadena unida, y una Base, que interacciona con la otra cadena de ADN en la hlice. En general, una base ligada a un azcar se denomina Nuclesido y una base ligada a un azcar y a uno o ms grupos fosfatos recibe el nombre de Nucletido. Cuando muchos nucletidos se encuentran unidos, como ocurre en el ADN, el polmero resultante se denomina Polinucletido.Abbreviations and Symbols for Nucleic Acids, Polynucleotides and their Constituents IUPAC-IUB Commission on Biochemical Nomenclature (CBN), consultado el 3 enero 2006 Composicin del ADN Estructura de soporte La estructura de soporte de una hebra de ADN est formada por unidades alternas de grupos Fosfato y azcar.El azcar en el ADN es una pentosa, concretamente, la Desoxirribosa. cido fosfrico: Su Frmula qumica es H 3 PO 4 . Cada Nucletido puede contener uno (monofosfato: AMP), dos (difosfato: ADP) o tres (trifosfato: ATP) grupos de cido fosfrico, aunque como monmeros constituyentes de los cidos nucleicos slo aparecen en forma de nuclesidos monofosfato. Desoxirribosa: Es un Monosacrido de 5 tomos de Carbono (una Pentosa) derivado de la Ribosa, que forma parte de la estructura de nucletidos del ADN. Su frmula es C 5 H 10 O 4 . Una de las principales diferencias entre el ADN y el ARN es el azcar, pues en el ARN la 2-Desoxirribosa del ADN es reemplazada por una Pentosa alternativa, la Ribosa. Las molculas de azcar se unen entre s a travs de grupos fosfato, que forman enlaces fosfodister entre los tomos de carbono tercero (3, tres prima) y quinto (5, cinco prima) de dos anillos adyacentes de azcar. La formacin de enlaces asimtricos implica que cada hebra de ADN tiene una direccin. En una Doble hlice, la direccin de los Nucletidos en una hebra (3 5) es opuesta a la direccin en la otra hebra (5 3). Esta organizacin de las hebras de ADN se denomina antiparalela; son cadenas paralelas, pero con direcciones opuestas. De la misma manera, los extremos asimtricos de las hebras de ADN se denominan extremo 5 (cinco prima) y extremo 3 (tres prima) respectivamente. Bases nitrogenadas: Las cuatro bases nitrogenadas mayoritarias que se encuentran en el ADN son la Adenina (abreviado A), Citosina (C), Guanina (G) y Timina (T). Cada una de estas cuatro bases est unida al armazn de azcar-fosfato a travs del azcar para formar el nucletido completo (base-azcar-fosfato). Las bases son compuestos heterocclicos y aromticos con dos o ms tomos de Nitrgeno, y, dentro de las bases mayoritarias, se clasifican en dos grupos: las bases pricas o purinas (adenina y guanina), derivadas de la Purina y formadas por dos anillos unidos entre s, y las bases pirimidnicas o pirimidinas (citosina y timina), derivadas de la Pirimidina y con un solo anillo. En los cidos nucleicos existe una quinta base pirimidnica, denominada Uracilo (U), que normalmente ocupa el lugar de la timina en el ARN y difiere de sta en que carece de un grupo metilo en su anillo. El uracilo no se encuentra habitualmente en el ADN, slo aparece raramente como un producto residual de la degradacin de la citosina por procesos de desaminacin oxidativa. Timina: En el Cdigo gentico se representa con la letra T. Es un derivado pirimidnico con un Grupo oxo en las posiciones 2 y 4, y un grupo metil en la posicin 5. Forma el Nuclesido Timidina (siempre desoxitimidina ya que slo aparece en el ADN) y el Nucletido Timidilato o timidina monofosfato (dTMP). En el ADN, la timina siempre se empareja con la adenina de la cadena complementaria mediante 2 puentes de hidrgeno, T=A. Su frmula qumica es C 5 H 6 N 2 O 2 y su nomenclatura 2, 4-dioxo, 5-metilpirimidina. Citosina: En el cdigo gentico se representa con la letra C. Es un derivado pirimidnico, con un Grupo amino en posicin 4 y un grupo oxo en posicin 2. Forma el Nuclesido Citidina (desoxicitidina en el ADN) y el Nucletido Citidilato o (desoxi)citidina monofosfato (dCMP en el ADN, CMP en el ARN). La citosina siempre se empareja en el ADN con la guanina de la cadena complementaria mediante un triple enlace, CG. Su frmula qumica es C 4 H 5 N 3 O y su nomenclatura 2-oxo, 4 aminopirimidina. Su Masa molecular es de 111,10 unidades de masa atmica. La citosina fue descubierta en 1894 cuando fue aislada en tejido del Timo de carnero. Adenina: En el cdigo gentico se representa con la letra A. Es un derivado de la purina con un grupo amino en la posicin 6. Forma el nuclesido Adenosina (desoxiadenosina en el ADN) y el nucletido Adenilato o (desoxi)adenosina monofosfato (dAMP, AMP). En el ADN siempre se empareja con la timina de la cadena complementaria mediante 2 puentes de hidrgeno, A=T. Su frmula qumica es C 5 H 5 N 5 y su nomenclatura 6-aminopurina. La adenina, junto con la timina, fue descubierta en 1885 por el mdico alemn Albrecht Kossel. Guanina: En el cdigo gentico se representa con la letra G. Es un derivado prico con un grupo oxo en la posicin 6 y un grupo amino en la posicin 2. Forma el nuclesido (desoxi)Guanosina y el nucletido Guanilato o (desoxi)guanosina monofosfato (dGMP, GMP). La guanina siempre se empareja en el ADN con la citosina de la cadena complementaria mediante tres enlaces de hidrgeno, GC. Su frmula qumica es C 5 H 5 N 5 O y su nomenclatura 6-oxo, 2-aminopurina. Tambin existen otras bases nitrogenadas (las llamadas bases nitrogenadas minoritarias), derivadas de forma natural o sinttica de alguna otra base mayoritaria. Lo son por ejemplo la Hipoxantina, relativamente abundante en el TRNA, o la Cafena, ambas derivadas de la adenina; otras, como el Aciclovir, derivadas de la guanina, son anlogos sintticos usados en terapia antiviral; otras, como una de las derivadas del uracilo, son antitumorales. Las bases nitrogenadas tienen una serie de caractersticas que les confieren unas propiedades determinadas. Una caracterstica importante es su carcter aromtico, consecuencia de la presencia en el anillo de dobles enlaces en posicin conjugada. Ello les confiere la capacidad de absorber luz en la zona ultravioleta del espectro en torno a los 260 Nm, lo cual puede ser aprovechado para determinar el coeficiente de extincin del ADN y hallar la concentracin existente de los cidos nucleicos. Otra de sus caractersticas es que presentan Tautomera o Isomera de grupos funcionales debido a que un tomo de Hidrgeno unido a otro tomo puede migrar a una posicin vecina; en las bases nitrogenadas se dan dos tipos de tautomeras: tautomera lactama-lactima, donde el hidrgeno migra del nitrgeno al Oxgeno del grupo oxo (forma lactama) y viceversa (forma lactima), y tautomera imina-amina primaria, donde el hidrgeno puede estar formando el grupo amina (forma amina primaria) o migrar al nitrgeno adyacente (forma imina). La adenina slo puede presentar tautomera amina imina, la timina y el uracilo muestran tautomera doble lactama-lactima, y la guanina y citosina pueden presentar ambas. Por otro lado, y aunque se trate de molculas Apolares, las bases nitrogenadas presentan suficiente carcter polar como para establecer Puentes de hidrgeno, ya que tienen tomos muy Electronegativos (nitrgeno y oxgeno) presentando carga parcial negativa, y tomos de hidrgeno con carga parcial positiva, de manera que se forman dipolos que permiten que se formen estos enlaces dbiles. Se estima que el Genoma humano Haploide tiene alrededor de 3.000 millones de pares de bases. Para indicar el tamao de las molculas de ADN se indica el nmero de pares de bases, y como derivados hay dos unidades de medida muy utilizadas, la Kilobase (kb), que equivale a 1.000 pares de bases, y la Megabase (Mb), que equivale a un milln de pares de bases. Apareamiento de bases La dble hlice de ADN se mantiene estable mediante la formacin de puentes de hidrgeno entre las bases asociadas a cada una de las dos hebras. Para la formacin de un Enlace de hidrgeno una de las bases debe presentar un "donador" de hidrgenos con un tomo de hidrgeno con carga parcial positiva (-NH 2 o -NH) y la otra base debe presentar un grupo "aceptor" de hidrgenos con un tomo cargado electronegativamente (C=O o N). Los puentes de hidrgeno son uniones ms dbiles que los tpicos enlaces qumicos covalentes, como los que conectan los tomos en cada hebra de ADN, pero ms fuertes que interacciones hidrfobas individuales, enlaces de Van der Waals, etc. Como los puentes de hidrgeno no son enlaces covalentes, pueden romperse y formarse de nuevo de forma relativamente sencilla. Por esta razn, las dos hebras de la doble hlice pueden separarse como una cremallera, bien por fuerza mecnica o por alta Temperatura. Cada tipo de base en una hebra forma un enlace nicamente con un tipo de base en la otra hebra, lo que se denomina "complementariedad de las bases". Segn esto, las purinas forman enlaces con las pirimidinas, de forma que A se enlaza slo con T, y C slo con G. La organizacin de dos nucletidos apareados a lo largo de la doble hlice se denomina apareamiento de bases. Este emparejamiento corresponde a la observacin ya realizada por Erwin Chargaff (1905-2002),Erwin Chargaff Papers que mostr que la cantidad de adenina era muy similar a la cantidad de timina, y que la cantidad de citosina era igual a la cantidad de guanina en el ADN. Como resultado de esta complementariedad, toda la informacin contenida en la secuencia de doble hebra de la hlice de ADN est duplicada en cada hebra, lo cual es fundamental durante el proceso de replicacin del ADN. En efecto, esta interaccin reversible y especfica entre pares de bases complementarias es crtica para todas las funciones del ADN en los organismos vivos. Como se ha indicado anteriormente, los dos tipos de pares de bases forman un nmero diferente de enlaces de hidrgeno: A=T forman dos puentes de hidrgeno, y CG forman tres puentes de hidrgeno (ver imgenes). El par de bases GC es por tanto ms fuerte que el par de bases AT. Como consecuencia, tanto el porcentaje de pares de bases GC como la longitud total de la doble hlice de ADN determinan la fuerza de la asociacin entre las dos hebras de ADN. Las dobles hlices largas de ADN con alto contenido en GC tienen hebras que interaccionan ms fuertemente que las dobles hlices cortas con alto contenido en AT. Por esta razn, las zonas de la doble hlice de ADN que necesitan separarse fcilmente tienden a tener un alto contenido en AT, como por ejemplo la secuencia TATAAT de la Caja de Pribnow de algunos promotores. En el laboratorio, la fuerza de esta interaccin puede medirse buscando la temperatura requerida para romper los puentes de hidrgeno, la temperatura de fusin (tambin denominado valor T m , del ingls melting temperature). Cuando todas las pares de bases en una doble hlice se funden, las hebras se separan en solucin en dos hebras completamente independientes. Estas molculas de ADN de hebra simple no tienen una nica forma comn, sino que algunas conformaciones son ms estables que otras. Otros tipos de pares de bases Existen diferentes tipos de pares de bases que se pueden formar segn cmo se forman los puentes de hidrgeno. Los que encontramos en la doble hlice de ADN son los llamados pares de Bases Watson-Crick, pero tambin existen otros posibles pares de bases, como los denominados Hoogsteen y Wobble u oscilante, que pueden aparecer en circunstancias particulares. Adems, para cada tipo existe a su vez el mismo par reverso, es decir, el que se da si se gira la base pirimidnica 180 sobre su eje. Watson-Crick (pares de bases de la doble hlice): los grupos de la base prica que intervienen en el enlace de hidrgeno son los que corresponden a las posiciones 1 y 6 (N aceptor y -NH 2 donador si la purina es una A) y los grupos de la base pirimidnica los que se encuentran en las posiciones 3 y 4 (-NH donador y C=O aceptor si la pirimidina es una T). En el par de bases Watson- Crick reverso participaran los grupos de las posiciones 2 y 3 de la base pirimidnica (ver imgenes). Hoogsteen: en este caso cambian los grupos de la base prica, que ofrece una cara diferente (posiciones 6 y 7) y que forman enlaces con los grupos de las pirimidinas de las posiciones 3 y 4 (como en Watson-Crick). Tambin puede haber Hoogsteen reversos. Con este tipo de enlace pueden unirse A=U (Hoogsteen y Hoogsteen reverso) y A=C (Hoogsteen reverso). Wobble u oscilante: este tipo de enlace permite que se unan guanina y citosina con un doble enlace (G=T). La base prica (G) forma enlace con los grupos de las posiciones 1 y 6 (como en Watson-Crick) y la pirimidina (T) con los grupos de las posiciones 2 y 3. Este tipo de enlace no funcionara con A=C, ya que quedaran enfrentados los 2 aceptores y los 2 donadores, y slo se podra dar en el caso inverso. Encontramos pares de bases de tipo oscilante en el ARN, durante el apareamiento de Codn y Anticodn. Con este tipo de enlace pueden unirse G=U (oscilante y oscilante reverso) y A=C (oscilante reverso). En total, en su forma tautomrica mayoritaria, existen 28 posibles pares de bases nitrogenadas: 10 posibles pares de bases purina-pirimidina (2 pares Watson-Crick y 2 Watson Crick reverso, 1 par Hoogsteen y 2 pares Hoogsteen reverso, 1 par oscilante y 2 pares oscilante reverso), 7 pares homo purina-purina (A=A, G=G), 4 pares A=G y 7 pares pirimidina-pirimidina. Esto sin contar con los pares de bases que pueden formarse si tambin tenemos en cuenta las otras formas tautomricas minoritarias de las bases nitrogenadas; stos, adems, pueden ser responsables de mutaciones puntuales por sustitucin de tipo transicin. Estructura El ADN es una Molcula bicatenaria, es decir, est formada por dos cadenas dispuestas de forma antiparalela y con las bases nitrogenadas enfrentadas. En su estructura tridimensional, se distinguen distintos niveles:Hib, J. & De Robertis, E. D. P. 1998. Fundamentos De Biologa Celular Y Molecular. El Ateneo, 3 edicin, 416 pginas. ISBN 950-02-0372-3. ISBN 978-950-02-0372-2De Robertis, E.D.P. 1998. Biologa Celular Y Molecular. El Ateneo, 617 pginas. ISBN 950-02-0364-2. ISBN 978-950-02- 0364-7 1. Estructura primaria: o Secuencia de nucletidos encadenados. Es en estas cadenas donde se encuentra la informacin gentica, y dado que el esqueleto es el mismo para todos, la diferencia de la informacin radica en la distinta secuencia de bases nitrogenadas. Esta secuencia presenta un cdigo, que determina una informacin u otra, segn el orden de las bases. 1. Estructura secundaria: o Es una estructura en doble hlice. Permite explicar el almacenamiento de la informacin gentica y el mecanismo de duplicacin del ADN. Fue postulada por Watson y Crick, basndose en la difraccin de rayos X que haban realizado Franklin y Wilkins, y en la equivalencia de bases de Chargaff, segn la cual, la suma de adeninas ms guaninas es igual a la suma de timinas ms citosinas. o Es una cadena doble, dextrgira o levgira, segn el tipo de ADN. Ambas cadenas son complementarias, pues la adenina y la guanina de una cadena se unen, respectivamente, a la timina y la citosina de la otra. Ambas cadenas son antiparalelas, pues el extremo 3 de una se enfrenta al extremo 5 de la homloga. o Existen tres modelos de ADN. El ADN de tipo B es el ms abundante y es el descubierto por Watson y Crick. 1. Estructura terciaria: o Se refiere a cmo se almacena el ADN en un espacio reducido, para formar los Cromosomas. Vara segn se trate de organismos Procariotas o Eucariotas: 2. En Procariotas el ADN se pliega como una sper-hlice, generalmente en forma circular y asociada a una pequea cantidad de protenas. Lo mismo ocurre en Orgnulos celulares como las Mitocondrias y en los Cloroplastos. 3. En Eucariotas, dado que la cantidad de ADN de cada Cromosoma es muy grande, el empaquetamiento ha de ser ms complejo y compacto; para ello se necesita la presencia de protenas, como las Histonas y otras protenas de naturaleza no histnica (en los Espermatozoides estas protenas son las Protaminas). Estructuras en doble hlice El ADN existe en muchas conformaciones. Sin embargo, en organismos vivos slo se han observado las conformaciones ADN-A, ADN-B y ADN-Z. La conformacin que adopta el ADN depende de su secuencia, la cantidad y direccin de superenrollamiento que presenta, la presencia de modificaciones qumicas en las bases y las condiciones de la solucin, tales como la concentracin de Iones de Metales y Poliaminas.De las tres conformaciones, la forma "B" es la ms comn en las condiciones existentes en las clulas. Las dos dobles hlices alternativas del ADN difieren en su geometra y dimensiones. La forma "A" es una espiral que gira hacia la derecha, ms amplia que la "B", con una hendidura menor superficial y ms amplia, y una hendidura mayor ms estrecha y profunda. La forma "A" ocurre en condiciones no fisiolgicas en formas deshidratadas de ADN, mientras que en la clula puede producirse en apareamientos hbridos de hebras ADN-ARN, adems de en complejos enzima-ADN. Los segmentos de ADN en los que las bases han sido modificadas por Metilacin pueden sufrir cambios conformacionales mayores y adoptar la forma "Z". En este caso, las hebras giran alrededor del eje de la hlice en una espiral que gira a mano izquierda, lo opuesto a la forma "B" ms frecuente. Estas estructuras poco frecuentes pueden ser reconocidas por protenas especficas que se unen a ADN-Z y posiblemente estn implicadas en la regulacin de la transcripcin. Estructuras en cudruplex En los extremos de los cromosomas lineales existen regiones especializadas de ADN denominadas Telmeros. La funcin principal de estas regiones es permitir a la clula replicar los extremos cromosmicos utilizando la enzima Telomerasa, puesto que las enzimas que replican el resto del ADN no pueden copiar los extremos 3' de los cromosomas. Estas terminaciones cromosmicas especializadas tambin protegen los extremos del ADN, y previenen que los sistemas de Reparacin del ADN en la clula los procesen como ADN daado que debe ser corregido.En las clulas humanas, los telmeros son largas zonas de ADN de hebra sencilla que contienen algunos miles de repeticiones de una nica secuencia TTAGGG. Estas secuencias ricas en guanina pueden estabilizar los extremos cromosmicos mediante la formacin de estructuras de juegos apilados de unidades de cuatro bases, en lugar de los pares de bases encontrados normalmente en otras estructuras de ADN. En este caso, cuatro bases guanina forman unidades con superficie plana que se apilan una sobre otra, para formar una estructura cudruplex-G estable.Estas estructuras se estabilizan formando puentes de hidrgeno entre los extremos de las bases y la quelatacin de un metal inico en el centro de cada unidad de cuatro bases. Tambin se pueden formar otras estructuras, con el juego central de cuatro bases procedente, o bien de una hebra sencilla plegada alrededor de las bases, o bien de varias hebras paralelas diferentes, de forma que cada una contribuye una base a la estructura central. Adems de estas estructuras apiladas, los Telmeros tambin forman largas estructuras en lazo, denominadas lazos telomricos o lazos-T (T- loops en ingls). En este caso, las hebras simples de ADN se enroscan sobre s mismas en un amplio crculo estabilizado por protenas que se unen a telmeros.En el extremo del lazo-T, el ADN telomrico de hebra sencilla se sujeta a una regin de ADN de doble hebra porque la hebra de ADN telomrico altera la doble hlice y se aparea a una de las dos hebras. Esta estructura de triple hebra se denomina lazo de desplazamiento o lazo-D (D-loop). Hendiduras mayor y menor La Doble hlice es una espiral Dextrgira, esto es, cada una de las cadenas de Nucletidos gira a derechas; esto puede verificarse si nos fijamos, yendo de abajo a arriba, en la direccin que siguen los segmentos de las hebras que quedan en primer plano. Si las dos hebras giran a derechas se dice que la doble hlice es dextrgira, y si giran a izquierdas, levgira (esta forma puede aparecer en hlices alternativas debido a cambios conformacionales en el ADN). Pero en la conformacin ms comn que adopta el ADN, la doble hlice es dextrgira, girando cada par de bases respecto al anterior unos 36. Cuando las dos hebras de ADN se enrollan una sobre la otra (sea a derechas o a izquierdas), se forman huecos o hendiduras entre una hebra y la otra, dejando expuestos los laterales de las Bases nitrogenadas del interior (ver la animacin). En la conformacin ms comn que adopta el ADN aparecen, como consecuencia de los ngulos formados entre los azcares de ambas cadenas de cada par de bases nitrogenadas, dos tipos de hendiduras alrededor de la superfcie de la doble hlice: una de ellas, la hendidura o surco mayor, que mide 22 (2,2 Nm) de ancho, y la otra, la hendidura o surco menor, que mide 12 (1,2 nm) de ancho. Cada vuelta de hlice, que es cuando sta ha realizado un giro de 360 o lo que es lo mismo, de principio de hendidura mayor a final de hendidura menor, medir por tanto 34 , y en cada una de esas vueltas hay unos 10,5 pb. left||300px|thumb|Hendiduras mayor y menor de la doble hlice. La anchura de la hendidura mayor implica que los extremos de las bases son ms accesibles en sta, de forma que la cantidad de grupos qumicos expuestos tambin es mayor lo cual facilita la diferenciacin entre los pares de bases A-T, T-A, C-G, G-C. Como consecuencia de ello, tambin se ver facilitado el reconocimiento de secuencias de ADN por parte de diferentes Protenas sin la necesidad de abrir la doble hlice. As, protenas como los factores de transcripcin que pueden unirse a secuencias especficas, frecuentemente contactan con los laterales de las bases expuestos en la hendidura mayor.Por el contrario, los grupos qumicos que quedan expuestos en la hendidura menor son similares, de forma que el reconocimiento de los pares de bases es ms difcil; por ello se dice que la hendidura mayor contiene ms informacin que la hendidura menor. Sentido y antisentido Una secuencia de ADN se denomina "sentido" (en ingls, sense) si su secuencia es la misma que la secuencia de un ARN mensajero que se traduce en una protena. La secuencia de la hebra de ADN complementaria se denomina "antisentido" (antisense). En ambas hebras de ADN de la doble hlice pueden existir tanto secuencias sentido, que codifican ARNm, como antisentido, que no lo codifican. Es decir, las secuencias que codifican ARNm no estn todas presentes en una sola de las hebras, sino repartidas entre las dos hebras. Tanto en Procariotas como en Eucariotas se producen ARNs con secuencias antisentido, pero la funcin de esos ARNs no est completamente clara.Se ha propuesto que los ARNs antisentido estn implicados en la regulacin de la Expresin gnica mediante apareamiento ARN-ARN: los ARNs Antisentido se aparearan con los ARNm complementarios, bloqueando de esta forma su traduccin. En unas pocas secuencias de ADN en procariotas y eucariotas (este hecho es ms frecuente en Plsmidos y Virus), la distincin entre hebras sentido y antisentido es ms difusa, debido a que presentan genes superpuestos.En estos casos, algunas secuencias de ADN tienen una funcin doble, codificando una protena cuando se lee a lo largo de una hebra, y una segunda protena cuando se lee en la direccin contraria a lo largo de la otra hebra. En Bacterias, esta superposicin puede estar involucrada en la regulacin de la Transcripcin del gen,mientras que en virus los genes superpuestos aumentan la cantidad de informacin que puede codificarse en sus diminutos genomas. Superenrollamiento El ADN puede retorcerse como una cuerda en un proceso que se denomina superenrollamiento del ADN (supercoiling, en ingls). Cuando el ADN est en un estado "relajado", una hebra normalmente gira alrededor del eje de la doble hlice una vez cada 10,4 pares de bases, pero si el ADN est retorcido las hebras pueden estar unidas ms estrechamente o ms relajadamente. Si el ADN est retorcido en la direccin de la hlice, se dice que el superenrollamiento es positivo, y las bases se mantienen juntas de forma ms estrecha. Si el ADN se retuerce en la direccin opuesta, el superenrollamiento se llama negativo, y las bases se alejan. En la naturaleza, la mayor parte del ADN tiene un ligero superenrollamiento negativo que es producido por Enzimas denominadas Topoisomerasas. Estas enzimas tambin son necesarias para liberar las fuerzas de torsin introducidas en las hebras de ADN durante procesos como la Transcripcin y la Replicacin. Modificaciones de bases La expresin de los genes est influenciada por la forma en la que el ADN est empaquetado en cromosomas, en una estructura denominada Cromatina. Las modificaciones de bases pueden estar implicadas en el empaquetamiento del ADN: las regiones que presentan una expresin gnica baja o nula normalmente contienen niveles altos de Metilacin de las bases Citosina. Por ejemplo, la metilacin de citosina produce 5-metil-citosina, que es importante para la inactivacin del Cromosoma X. El nivel medio de metilacin vara entre organismos: el gusano Caenorhabditis elegans carece de metilacin de citosina, mientras que los Vertebrados presentan un nivel alto - hasta 1% de su ADN contiene 5-metil-citosina.A pesar de la importancia de la 5-metil- citosina, sta puede desAminarse para generar una base timina. Las citosinas metiladas son por tanto particularmente sensibles a mutaciones.Otras modificaciones de bases incluyen la metilacin de Adenina en Bacterias y la Glicosilacin de Uracilo para producir la "base-J" en Kinetoplastos. Dao del ADN El ADN puede resultar daado por muchos tipos de Mutgenos, que cambian la secuencia del ADN: agentes alquilantes, adems de Radiacin electromagntica de alta energa, como luz Ultravioleta y Rayos X. El tipo de dao producido en el ADN depende del tipo de mutgeno. Por ejemplo, la luz UV puede daar al ADN produciendo dmeros de Timina, que se forman por ligamiento cruzado entre bases pirimidnicas. Por otro lado, oxidantes tales como radicales libres o el Perxido de hidrgeno producen mltiples daos, incluyendo modificaciones de bases, sobre todo guanina, y roturas de doble hebra (double-strand breaks).En una clula humana cualquiera, alrededor de 500 bases sufren dao oxidativo cada da.De estas lesiones oxidativas, las ms peligrosas son las roturas de doble hebra, ya que son difciles de reparar y pueden producir mutaciones puntuales, inserciones y deleciones de la secuencia de ADN, as como translocaciones cromosmicas. Muchos mutgenos se posicionan entre dos pares de bases adyacentes, por lo que se denominan agentes intercalantes. La mayora de los agentes intercalantes son molculas aromticas y planas, como el Bromuro de etidio, la daunomicina, la Doxorubicina y la Talidomida. Para que un agente intercalante pueda integrarse entre dos pares de bases, stas deben separarse, distorsionando las hebras de ADN y abriendo la doble hlice. Esto inhibe la Transcripcin y la Replicacin del ADN, causando toxicidad y mutaciones. Por ello, los agentes intercalantes del ADN son a menudo Carcingenos: el Benzopireno, las Acridinas, la Aflatoxina y el Bromuro de etidio son ejemplos bien conocidos.Sin embargo, debido a su capacidad para inhibir la replicacin y la transcripcin del ADN, estas toxinas tambin se utilizan en Quimioterapia para inhibir el rpido crecimiento de las clulas cancerosas. El dao en el ADN inicia una respuesta que activa diferentes mecanismos de reparacin que reconocen lesiones especficas en el ADN, que son reparadas en el momento para recuperar la secuencia original del ADN. Asimismo, el dao en el ADN provoca una parada en el Ciclo celular, que conlleva la alteracin de numerosos procesos fisiolgicos, que a su vez implica sntesis, transporte y degradacin de protenas (vase tambin Checkpoint de daos en el ADN). Alternativamente, si el dao genmico es demasiado grande para que pueda ser reparado, los mecanismos de control inducirn la activacin de una serie de rutas celulares que culminarn en la muerte celular.