Variasi Ukuran Genom pada Switchgrass

(Panicum virgatum): Flow Cytometry

dan Sitologi mengungkap Kejadian
aneuploidy
Abstrak
Switchgrass (Panicum virgatum L.), tanaman aseli tahunan yang mendominasi padang umput
Amerika Utara, telah ditargetkan sebagai model spesies herba untuk pengembangan
bioeedstock. Sebuah survey dengan menggunakan lowcytometric terhadap susunan inti
dari !! aksesi switchgrass utama yang berasal dari dataran tinggi menun"ukkan adanya
variasi ukuran genom dalam setiap aksesi, terutama pada tingkatan ploidi octoploid (#n $ %&
$ '# kromosom). (ingkat variasi kromosom tertinggi yang dihitung pada saat persiapan
pembelahan sel mitosis. )engindikasikan bahwa aneuploidi lebih sering ter"adi pada
octoploid (%*,+,) dibandingkan pada tetraploid (#+,#,). Selain itu, ke"adian
-iperaneuploidi dibandingkan hypoaneuploidy adalah seimbang pada tetraploids. .ni "elas
tidak ter"adi pada octoploids, di mana hampir /0, dari "umlah aneuploid lebih rendah dari
"umlah euploid.
Penyelidikan Sitogenetika menggunakan hibridisasi luorescent in situ (1.S-)
mengungkapkan dera"at variasi struktur kromosom yang tidak diharapkan
yang mendasari ketidakstabilan genomik dari spesies ini secara "elas.
-asil penelitian ini menun"ukkan bahwa kema"uan pesat dalam pemuliaan polyploid dari
tanaman ini, berdasarkan diseksi molekuler genetik
karakteristik biomassa dan hasil, dapat diprediksi berdasar pemahaman kita yang semakin
baik terhadap sitogenetika spesies ini.
Species therefore evidently vary in their fundamental chromosome
organization or, as we may say, genetic structure. In
some this structure is less rigid, more f exible, better buf ered,
than in others and it is clear that where it is more f exible,
where the chromosomes are more nearly neutral, changes in
the basic number by gain, and less often by loss, of whole chromosomes
will more readily come about!" (!arlington" #$%&)
'Spesies (leh karena itu jelas )er)eda dalam organisasi kromosom dasar
mereka" atau dapat kita katakana se)agai struktur genetik* +ada
)e)erapa spesies struktur ini kurang kaku" le)ih ,eksi)el le)ih"
menyangga le)ih )aik daripada spesies lainnya: dan jelas )ahwa ketika itu
le)ih ,eksi)el" dimana kromosom hampir netral" peru)ahan dalam jumlah
dasar
dimana kromosom le)ih mendekati netral" peru)ahan
jumlah dasar dengan ke)eruntungan" dan kurang sering dengan
hilangnya" kromosom utuh
akan le)ih mudah terjadi*** '(!arlington" #$%&)
'!ari sudut pandang praktis" se)uah program per)aikan -arietas
dapat diuraikan le)ih )aik ketika perilaku sitogenetika dari suatu spesies
dapat dipahami* '(.yers dan /ill" #$01)
S23UK2U3 G45426K dari suatu organisme telah mem)eri pemahaman
mendalam
pada semua aspek )iologi dasar* Cara )agaimana gen7gen terse)ar" )aik
dalam sedikit kromosom atau )anyak kromosom" jumlah seluruh set
kromosom (tingkat ploidi) akan ada" dan ada
atau tidak adanya salinan indi-idu kromosom" akan
)erkontri)usi terhadap 8enotipe* +er)edaan +loidi antara
indi-idu dalam suatu populasi akan menentukan pola perkawinan
dan aliran gen" )erpengaruh pada distri)usi -ariasi genetik
)aik di dalam maupun di antara indi-idu* +ada populasi di alam" -ariasi
8enotip yang dihasilkan adalah dasar )agi pem)entukan ecotype" dan"
akhirnya" seiring dengan )erjalannya waktu" dapat mengarahkan pada
spesi9kasi* !alam program pemuliaan" -ariasi itu merupakan )ahan )aku
untuk pengem)angan kulti-ar dan per)aikan
dari tanaman* Sehingga pengetahuan yang mendalam mengenai
)er)agai )entuk -ariasi ukuran genom dalam studi
organisme adalah langkah awal yang penting untuk program penelitian
genomic atau tipe genetic*
Switchgrass ( +anicum -irgatum :* ) telah
.enjadi su)yek penelitian agronomi dan pemuliaan tanaman yang intensi8
dan ekstensi8
untuk produksi )io8eedstock sejak diidenti9kasi oleh!epartemen 4nergi
;merika Serikat(US7!(4 ) se)agai model spesies her)a untuk
pengem)angan )io8eedstock ( .c:aughlin dan Ks<os " =11%) *
Se)agai)agian dari 8ase awal studi pemetaan kelompok polyploid yang
diketahui " kita meninjau literatur mengenai
-ariasi jumlah kromosom pada kulti-ar switchgrass
dan populasi alami " dan menetapkan )ahwa
ada potensi yang memadai untuk keragaman yang tinggi pada jumlah
kromosom untuk menjamin studi mendalam plasmanut8ah dalam asosiasi
dan populasi pautan yang kita miliki* *
!ari == spesies rumput yang diskrining oleh :a)oratorium 5asional (ak
3idge se)agai kandidat potensial )io8eedstock
( 2urhollow et al * " #$>>)" hampir semua adalah polyploid" dan
switchgrass memiliki per)edaan meragukan karena tidak
hanya jumlah le-el ploidinya yang sangat )eragam tetapi juga memiliki
kejadian aneuploid yang paling tinggi diantara spesies kandidat
( 2am)ahan 2a)el # ) *
:uasnya -ariasi jumlah kromosom
ditemukan pada switchgrass digam)arkan oleh da8tar panjang
jumlah kromosom -egetati8 (=n) yang di)erikan dalam deskripsi
di Flora ter)aru dari ;merika Utara: #>" =#" =%" ?1"
?=" ?%" ?&" %07&1" &@7@=" @0" @@" $1" #1> (Aarkworth et al*"
=11?)* /ampir semua telah dikonsultasikan
dari literatur primer (2a)el 2am)ahan
=)* !engan jumlah kromosom dasar $" luasnya kisaran species pada
)er)agai tingkat ploidi yang ditemukan dalam populasi alami
adalah diploid (=B) hingga duodecaploid (#=B) (5ielsen" #$00)*
Sejumlah aneuploid telah dilaporkan secara sporadis di
literatur lama (Arown" #$0>C Aarnett dan Car-er" #$&@C
Arunken dan 4stes" #$@%)* +opulasi tanaman yang mengandung
)e)erapa ploidi secara teratur telah ditemukan (Gereja"
#$01" 5ielsen" #$00C .c.illan dan Deiler" #$%$C +orter"
#$&&)* !alam sur-ei sitologi paling luas dari -ariasi jumlah kromosom
switchgrass sampai saat ini" .c.illan
dan Deiler (#$%$) menghitung kromosom pada sel induk ser)uk sari
dari klon yang )erasal dari 0? populasi mencakup
.idwest tengah" dari selatan Kanada ke utara
2eEas* !ari =$ populasi di mana mereka sampel le)ih
dari dua tanaman" ?#F )erupa tanaman dengan tiga tingkat ploidi
(=n G 0B G ?& kromosom" &B G %0C >B G @=)" ?#F
dua tingkat ploidi" dan ?>F dengan satu tingkat ploidi ()aik =n G ?& atau
@=)* +ola -ariasi jumlah kromosom yang terungkap oleh semua studi ini
akhirnya dimasukkan dalam
deskripsi ekotipe dari switchgrass: dan ditentukan )ahwa switchgrass
dataran rendah secara khusus adalah tetraploid" sedangkan jenis dataran
tinggi dapat )er-ariasi dalam ploidi (0B" &B" dan >B)" )aik di dalam
maupun di antara populasi (+orter" #$&&)*
Kulti-ar tampaknya mencerminkan ekotipe asal mereka " Secara umum
telah digam)arkan se)agai tetraploid " heEaploid " octoploid "
atau )e)erapa kom)inasi dari semuanya * Sehingga " khususnya pada
kulti-ar yang )erasal dari populasi dataran tinggi " jumlah kromosom
indi-idu klon dapat )er-ariasi * Sur-ei dari in8ormasi sitogenetika yang
tersedia terutama terhadap kulti-ar dataran tinggi yang juga diamati
dalam penelitian ini mendukung hal ini : penulis yang )er)eda
mem)erikan jumlah kromosom yang )er)eda untuk
kulti-ar yang sama " )iasanya didasarkan pada perhitungan kromosom
saat meiosis
dalam sel7sel induk ser)uk sari atau perhitungan kromosom pada saat
mitosis pada sel7sel meristematik pucuk atau akar dari )e)erapa indi-idu
tanaman ( 2a)le# ) * !alam )e)erapa kasus " ploidi diperkirakan dengan
,ow sitometri "
yang mem)erikan ukuran kandungan !5; inti dalam
sel daun " tanpa data perhitungan jumlah kromosom untuk memastikan
tingkat ploidinya ( /ultHuist et al " #$$&C * Casler et
al * " =11&) * /al ini menye)a)kan )e)erapa ke)ingungan di
masa lalu " khususnya dalam mendidenti9kasi heEaploid dan oktoploid
( Dullschleger et al * " #$$& ) " dan juga memerlukan
peringatan tentang potensi adanya
aneuploids dan heEaploids ( se)agai lawan octoploids ) pada
plasma nut8ah yang dikarakterisasi ( Casler et al * " =11&) *
+ada polyploids " jumlah salinan polimor9sme 8ungsional
( yaitu" dosis alel) dapat menjadi 8aktor penting yang
mendasari -ariasi si8at * Selain itu" switchgrass
adalah tanaman menyer)uk silang " spesies yang sangat hetero<igot*
Untuk menangani potensi #& alel yang )er)eda per lokus" kita
mengem)angkan penanda genetik yang secara kuantitati8 mem)erikan
skor terhadap
8rekuensi polimor9sme didalam suatu indi-idu * 5amun "
untuk mem8asilitasi penerapan genotiping ter)aru menggunakan
teknologi seHuencing pada spesies polyploid yang sangat )eragam "
seperti switchgrass dan rumput perennial (tahunan)
akan sangat menguntungkan jika mengawali )ekerja dengan
menggunakan plasma nut8ah
di mana jumlah copy dari kromosom indi-idu
dalam genom yang telah disekuen" telah diketahui sepenuhnya* !alam
studi ini
kami melakukan sur-ei ,ow 7 cytometric dari satu set inti
kulti-ar switchgrass dan kemudian diikuti dengan studi sitologi
-ariasi jumlah kromosom dalam su)set dari
plasma nut8ah ini * Kami menjawa) pertanyaan7pertanyaan )erikut :
# * Se)erapa luas -ariasi ukuran genom didalam dan
diantara aksesi switchgrassI
= * Aagaimana -ariasi ini terkait dengan -ariasi jumlah kromosom I
? * ;pakah ,ow cytometry akurat dalam memperkirakan jumlah
kromosom I
Bahan dan Metode
+lasma nut8ah dan Audidaya
Semua )enih dan klon di)erikan oleh .!C" kecuali dinyatakan
ditunjukkan pada 2a)el =* Semua tanaman ditanam dalam
rumah kaca di Cornell Uni-ersity" 6thaca" 5J" di Cornell
pot campuran" di )awah kondisi cahaya sekitar" disiram
sesuai ke)utuhan" dan dipupuk sekali seminggu dengan ?11 ppm larutan
=#7%7=1** +erkecam)ahan )enih ditingkatkan oleh
inku)asi pada tanah lem)a) di suhu ruang 01 K F selama = sampai &
minggu
se)elum dipindah ke rumah kaca*
Flow Cytometry
2he protocol 8or the preparation o8 lea8 samples 8or ,ow
cytometry used in this study is )ased on that o8 ;rumuganathan
and 4arle (#$$#)" with -arious modi9 cations* (ne
lea8 per plant was har-ested the e-ening )e8ore or the morning
o8 the eEperiment and kept re8rigerated until preparation
o8 samples* ; # cm= piece o8 lea8 was 9 nely chopped in
&11 u: o8 .gS(0 )uL er solution (Solution ;M) in a +etri
dish kept on ice* Solution ; is prepared 8resh on the day
o8 the eEperiment as 8ollows (per sample): %>% N: .gS(0
stock )uL er O#1 mmol :P# .gS(0*@/=("%1 mmol :P# KCl"% mmol :P#
/epes" p/ adjusted to >*1Q R 1*& mg !22 R #%
N: 2riton B7#11 solution (Sigma7;ldrich no* $?00?)* 2h e
resulting slurry was poured through a ?17Nm 8i lter O+artec
Cell2rics no*107110=7=?#&Q* Final -olume o8 9 ltrate 8or
each sample was adjusted to 0=% N:* 2wo solutions were
then added to each sample: @*% N: propidium iodide735ase
solution O% N: +6 (% mg m:P#) R 1*=% N: 35ase stock (#11
mg m:P#) R =*=% N: Solution ;Q and % N: Si<e Standard
Solution* 2h e si<e standard used 8or this eEperiment was
2riploid 2rout nuclei 8rom AioSure" 6nc* (+roduct no* #1#0)*
2riploid trout was chosen as the si<e standard )ecause it
did not reHuire additional chopping time during sample
preparation" as a plant standard would" and its si<e was only
slightly larger" )ut not o-erlapping" octoploid switchgrass"
making it an appropriate standard 8or )oth tetraploids and
octoploids* ; stock solution was made 8resh the day o8 the
eEperiment as 8ollows: # drop o8 standard cells R #%1 N:
Solution ; (enough 8or ?1 samples)* Samples were kept in a
light7protected cooler and transported to the , ow cytometer*
2h e samples were placed on the instrument within = h
a8t er completion o8 sample preparation*
Flow cytometry
protokol persiapan sampel daun untuk ,ow
Cytometry yang digunakan dalam penelitian ini didasarkan pada metode
;rumuganathan
dan 4arle ( #$$#) " dengan )er)agai kation modi9 * satu
daun per tanaman dipanen malam se)elum atau pagi
perco)aan dan disimpan dalam lemari es sampai persiapan
sampel * ; # cm= sepotong daun adalah 9 nely cincang di
&11 u: dari .gS(0 penggemar solusi er ( Solusi ' ; ' ) dalam +etri
/idangan terus es * Solusi siap segar pada hari
dari perco)aan se)agai )erikut ( per sampel ) : %>% u: .gS(0
saham penggemar er O #1 mmol : 7 # .gS(0*@/=( " %1 mmol : 7 # KCl " %
mmol : 7 # /epes " p/ disesuaikan menjadi >"1 Q R 1"& mg !22 R #%
u: 2riton B 7 #11 solusi ( Sigma 7 ;ldrich no * $?*00? ) * th e
menghasilkan )u)ur dituangkan melalui ?1 7 p. 9 lter O +artec
Cell2rics 5o*10 7 110=7=?#& Q * Volume akhir 9 ltrate untuk
masing7masing sampel disesuaikan dengan 0=% u: * !ua solusi yang
kemudian ditam)ahkan ke masing7masing sampel : @*% u: propidium
iodida 7 35ase
solusi O % u: +6 ( % mg m: 7 # ) R 1"=% u: 35ase saham ( #11
mg m: 7 # ) R ="=% Solusi u: ;Q dan % u: Ukuran Standar
Solusi * Ukuran standar 2h e digunakan untuk perco)aan ini adalah
2riploid 2rout inti dari AioSure " 6nc ( ada +roduk * #1#0 ) *
2rout triploid terpilih se)agai ukuran standar karena
tidak memerlukan waktu tam)ahan selama memotong sampel
persiapan" se)agai standar tanaman akan " dan ukurannya hanya
sedikit le)ih )esar " tetapi tidak tumpang tindih " octoploid switchgrass "
menjadikannya se)agai standar yang tepat untuk kedua tetraploids dan
octoploids * Se)uah larutan stok di)uat segar hari ini
perco)aan se)agai )erikut : # tetes sel standar R #%1 u:
Solusi (cukup untuk ?1 sampel ) * Sampel disimpan dalam
pendingin dilindungi ringan dan diangkut ke ow cytometer , *
2h e sampel ditempatkan pada instrumen dalam waktu = jam
)elakang er penyelesaian persiapan sampel *
2h e instrument used 8or the culti-ar sur-ey (4Eperiment
#) was a F;CS Cali)ur (A! Aiosciences" San Sose"
C;)" while su)seHuent work was per8ormed on an :S366
(A! Aiosciences)* 2h e stained nuclei samples were eEcited
)y a 0>> nm laser* +ropidium iodide , uorescence was
measured with a &#1T=1 nm )and pass 9 lter and dou)lets
were eEcluded using a linear +6 , uorescence area
and width plot* 2h e order that samples were run on the
instrument was randomi<ed*
6nstrumen yang digunakan untuk sur-ei kulti-ar (+erco)aan
#) adalah F;CS Cali)ur (A! Aiosciences" San Sose"
C;)" sementara pekerjaan )erikutnya dilakukan pada :S366
(A! Aiosciences)* 2h e )ernoda sampel inti )ersemangat
oleh 0>> nm laser* +ropidium iodida , uorescence adalah
diukur dengan &#1T=1 nm )and pass 9 lter dan dou)let
dikeluarkan menggunakan +6 daerah uorescence , linier
dan plot le)ar* 4 rangka 2h )ahwa sampel dijalankan pada
instrumen secara acak*
Genome si<es were calculated 8or all samples 8or
which the num)ers o8 )oth trout standard nuclei and
plant nuclei eEceeded %11 (in the majority o8 samples"
these num)ers eEceeded #111)* 2h e genome si<e o8
the triploid trout standard is @*> pg !5; (Aiosure"
=1#1)" so the 8ormula used to calculate genome si<e
in switchgrass was (mean , uorescence plant nucleiTmean
, uorescencestd nuclei) * @*>* Genome si<e data were analy<ed
using the S;S statistical so8t ware (S;S 6nstitute"
=11=) general linear models procedure (+roc G:.)
to eEamine the eL ects o8 ploidy" eEperimental )lock"
and culti-ar*
Ukuran genom dihitung untuk semua sampel untuk
yang jumlah kedua trout standar inti dan
inti tanaman mele)ihi %11 (dalam se)agian )esar sampel"
angka7angka ini mele)ihi #111)* 2h e ukuran genom
standar trout triploid adalah @*> pg !5; (Aiosure"
=1#1)" sehingga rumus yang digunakan untuk menghitung ukuran genom
di switchgrass itu ()erarti , inti tanaman uorescence T )erarti
, uorescencestd inti) U @*>* !ata ukuran genom dianalisis
menggunakan S;S statistik so8t ware (S;S 6nstitute"
=11=) secara umum model linier prosedur (+roc G:.)
untuk memeriksa project eL dari ploidi" )lok eksperimental"
dan kulti-ar*
Cytological +reparation and .icroscopy
3oot tips 8or cytogenetics were har-ested multiple times
o-er the course o8 & mo 8rom greenhouse7grown plants that
had their roots cut )ack and were transplanted into wet
-ermiculite* 2h ey were le8t 8or a)out = wk on the )ench in
the greenhouse to allow 8or root re7growth* 2h e tips were
then remo-ed 8rom the new" acti-ely growing roots and
gi-en a =07hour cold water pretreatment )e8ore 9 Eing in ?:#
ethanolTglacial acetic acid* 3oot tips were stained with #F
carmine in 0%F acetic acid 8ollowing sHuash preparation*
+hotomicrographs were taken with an (lympus !+@# camera*
For more details" see the protocol descri)ed at the Kansas
State Uni-ersity Dheat Genetic and Genomic 3esources
Center we)site (http:TTwww*k7state*eduTwgrcT+rotocolsT
la))ook*html O-eri9 ed & (ct* =1#1Q)*
+ersiapan sitologi dan .ikroskop
Ujung akar untuk Sitogenetika dipanen )e)erapa kali
selama & )ulan dari tanaman rumah kaca yang tum)uh
telah )erakar memotong kem)ali dan ditransplantasikan ke )asah
-ermikulit* 2h ey di)iarkan selama sekitar = minggu di )angku di
rumah kaca untuk memungkinkan akar pertum)uhan kem)ali* 2h e kiat
yang
kemudian dihapus dari )aru" akar tum)uh akti8 dan
di)eri pretreatment air dingin =0 jam se)elum 9 Eing di 1?:1#
etanol T asam asetat glasial* Ujung akar diwarnai dengan #F
carmine di 0%F asam asetat )erikut persiapan la)u*
Gal*+hotomicrographs diam)il dengan kamera (lympus !+@#*
Untuk le)ih jelasnya" lihat protokol yang dijelaskan di Kansas
Uni-ersitas 5egeri Gandum dan Sum)er !aya Genetik Genomic
De)site +usat (http:TTwww*k7state*eduTwgrcT+rotocolsT
la))ook*html O-eri9 ed & (kto)er =1#1Q)*
Fluorescence in situ hy)ridi<ation analysis was
per8ormed using clone p2a@# deri-ed 8rom common
wheat" #riticum aestivum :* Clone p2a@# is a $ k) $co36
8ragment o8 the #>S7=%S r!5; containing the coding
seHuences o8 the #>S" %*>S" and =%S r35; genes and
the intergenic spacer seHuence (Gerlach and Aed)rook"
#$@$)* 2o generate a F6S/ pro)e" p2a@# was la)eled )y
nick translation with rhodamine7& dU2+ according
to the manu8acturerVs protocol (3oche ;pplied Science"
6ndianapolis" 65)* /y)ridi<ation conditions and
post7hy)ridi<ation washes were per8ormed according to
Whang et al* (=11#)* Chromosomes were counterstained
with 0V" & diamidino7=7phenylindol (!;+6)* Slides were
analy<ed with an epi, uorescence Weiss ;Eioplan =
microscope* 6mages were captured with a S+(2 =*# CC!
(charge coupled de-ice) camera (!iagnostic 6nstruments"
6nc*" Sterling /eights" .6) and processed with +hotoshop
-%*% so8t ware (;do)e Systems" San Sose" C;)*
Fluoresensi dalam analisis hi)ridisasi in situ adalah
dilakukan dengan menggunakan klon p2a@# )erasal dari umum
gandum" 2riticum aesti-um :* Clone p2a@# adalah $ k) 4co36
8ragmen dari #>S7=%S r!5; yang )erisi coding
Urutan dari #>S" %*>S" dan gen r35; =%S dan
urutan spacer intergenik (Gerlach dan Aed)rook"
#$@$)* Untuk menghasilkan pro)e 6K;5" p2a@# dicap oleh
terjemahan nick dengan rhodamine7& dU2+ sesuai
dengan protokol produsen (3oche Sains 2erapan"
6ndianapolis" 65)* /i)ridisasi dan kondisi
mencuci pasca7hi)ridisasi dilakukan menurut
Whang et al* (=11#)* Kromosom counterstained
dengan 0 X" & diamidino7=7phenylindol (!;+6)* slide adalah
dianalisis dengan epi, uorescence Weiss ;Eioplan =
mikroskop* Gam)ar ditangkap dengan S+(2 ="# CC!
(charge coupled de-ice) kamera (6nstrumen !iagnostik"
6nc" Sterling /eights" .6) dan diolah dengan +hotoshop
-%*% so8t ware (;do)e Systems" San Sose" C;)*
6mage ;nalysis
6mages o8 metaphase chromosome spreads were eEamined
)y three people (!4C" AF" .SS)" using two methods: (i)
manual counts 8rom images and (ii) automated counts
using 6mageS (56/" Aethesda" .!) so8t ware* 6mages
were processed with 6mageS as 8ollows: 3aw images were
con-erted to grayscale" then con-erted to )lack and white
threshold images* Dhen necessary" cellular de)ris was
eliminated 8rom threshold images to allow accurate counting*
6n addition" chromosomes that laid o-er or touched
other chromosomes were separated )y clearing piEels
)etween them to allow accurate counting* ;utomated
chromosome counts were generated using the ;naly<e
+articles 8unction and tracings were outputted as num)ered
3(6s (regions o8 interest)* For Huality control" all
automated counts were compared against raw images and
reiterated i8 they did not agree* Final chromosome count
outlines were then o-erlaid on raw images*
;nalisis gam)ar
Gam)ar menye)ar kromosom meta8ase diperiksa
oleh tiga orang (!4C" AF" .SS)" menggunakan dua metode: (i)
menghitung manual dari gam)ar dan (ii) jumlah otomatis
menggunakan 6mageS (56/ di Aethesda" .!) so8t ware* gam)ar
diolah dengan 6mageS se)agai )erikut: gam)ar mentah yang
dikon-ersi ke grayscale" kemudian dikon-ersi ke hitam dan putih
am)ang )atas gam)ar* Aila perlu" puing7puing selular adalah
dihilangkan dari gam)ar am)ang )atas untuk memungkinkan
penghitungan akurat*
Selain itu" kromosom yang diletakkan di atas atau disentuh
kromosom lain dipisahkan oleh kliring piksel
antara mereka untuk memungkinkan penghitungan akurat* otomatis
jumlah kromosom yang dihasilkan dengan menggunakan ;nalisis
Fungsi partikel dan penelusuran yang dikeluarkan se)agai )ernomor
3(6 (daerah kepentingan)* Untuk kontrol kualitas" semua
jumlah otomatis di)andingkan terhadap gam)ar mentah dan
menegaskan jika mereka tidak setuju* Count kromosom ;khir
garis kemudian o-erlay pada gam)ar mentah*
2wo sets o8 counts were generated" and the cases
where the counts were nonconcordant were re7eEamined
)y !4C and .SS to determine what the discrepancies
were* 68 an image was deemed too am)iguous" 8or eEample"
due to o-erlapping chromosomes or pre7metaphase
stage" it was discarded* For this study" we applied a high
le-el o8 Huality controlYa total o8 #>1 images were eEamined"
with only #?& used in the su)seHuent analysis*
!ua set jumlah yang dihasilkan" dan kasus7kasus
dimana jumlah yang nonconcordant itu kem)ali diperiksa
oleh !esem)er dan .SS untuk menentukan apa per)edaan
itu* Sika gam)ar dianggap terlalu am)igu" misalnya"
karena tumpang tindih kromosom atau pra7meta8ase
panggung" itu di)uang* Untuk studi ini" kami menerapkan tinggi
tingkat kualitas kontrol total #>1 gam)ar diperiksa"
dengan hanya #?& yang digunakan dalam analisis selanjutnya*
Results
2h ree separate eEperiments were per8ormed to answer
the 8undamental Huestions we had a)out the nature
and eEtent o8 genome7si<e -ariation in our core collection
o8 switchgrass accessions* 2h e 9 rst eEperiment
was a , ow7cytometric sur-ey o8 ## culti-ars" including
two culti-ars represented )y two diL erent seed sources
(Carthage and Forest)urg)" with a sample si<e o8 #% indi-iduals
8rom each culti-ar or seed source* 2h ese were
run on the , ow cytometer in 9 -e )locks" with three randomly
assigned indi-iduals 8rom each culti-ar in each
)lock* 2h us" e-ery plant was run once* 2wo additional
randomly chosen plants" an octoploid ZCa-e7in73ockV
and a tetraploid ZKanlowV" were run as controls in all 9 -e
)locks* ;lthough normally we would strongly ad-ise
replication" in this case we wanted to know i8 one measurement
would accurately allow us to assign ploidy le-el
(tetraploid" heEaploid" octoploid)" gi-en our 8uture plan
to sur-ey hundreds o8 plants in our 9 eld eEperiments*
2h e histogram plot o8 the data clearly shows two separate
populations (Fig* #)* 2h ese represent the tetraploid
and octoploid genome types* 5o heEaploids were present
in our samples* !escripti-e statistics are presented
)y culti-ar in 2a)le =* 6n e-ery culti-ar" eEcept one" all
#% indi-iduals sampled were the same ploidy* 6n the one
eEception" Ca-e7in73ock" #0 plants were in the octoploid
range plus one was tetraploid (i*e*" miEed ploidy)* ;n
analysis o8 -ariance was per8ormed using the G:. procedure
in S;S" and con9 rms the o-erwhelming eL ect
o8 ploidy on genome si<e (2a)le ?)* 2h e )lock eL ect is
signi9 cant" as is culti-ar" )ut these are )oth su)stantiallyminimal" compared to
ploidy" )ased on the si<e o8 the
mean sHuares*
hasil
2iga perco)aan terpisah dilakukan untuk menjawa)
pertanyaan mendasar yang kami miliki tentang alam
dan tingkat genom ukuran -ariasi dalam koleksi inti kami
switchgrass aksesi * 2h e 9 rst perco)aan
adalah sur-ei ow 7 cytometric , dari ## kulti-ar " termasuk
dua kulti-ar diwakili oleh dua sum)er )enih erent diL
( Carthage dan Forest)urg ) " dengan ukuran sampel #% orang
dari masing7masing kulti-ar atau sum)er )enih * 2h 4S4 yang
)erjalan di ow cytometer , di 9 -e )lok " dengan tiga acak
indi-idu ditugaskan dari setiap kulti-ar di setiap
)lok * 2h kita " setiap tanaman dijalankan sekali * dua tam)ahan
tanaman yang dipilih secara acak " se)uah octoploid XCa-e 7in 7 3ockX
dan tetraploid X Kanlow X " dijalankan se)agai kontrol dalam semua -e 9
)lok * .eskipun )iasanya kami akan sangat menyarankan
replikasi " dalam hal ini kami ingin tahu jika salah satu pengukuran
akurat akan memungkinkan kita untuk menetapkan tingkat ploidi
( tetraploid " heEaploid " octoploid ) " mengingat rencana masa depan kita
untuk sur-ei ratusan tanaman di kami 9 eld perco)aan *
2h e histogram plot data jelas menunjukkan dua terpisah
populasi (Gam)ar # ) * 2h 4S4 merupakan tetraploid yang
dan jenis genom octoploid * 2idak ada heEaploids hadir
dalam sampel kami * Statistik deskripti8 disajikan
oleh kulti-ar pada 2a)el = * !alam setiap kulti-ar " kecuali satu " semua
#% orang sampel adalah ploidi yang sama * !i satu
pengecualian " Gua 7in 73ock " #0 tanaman yang )erada di octoploid
kisaran plus satu adalah tetraploid (yaitu " ploidi campuran) * se)uah
analisis -arians dilakukan dengan menggunakan prosedur G:.
S;S" dan kerahasiaan rms yang luar )iasa eL ect
dari ploidi pada ukuran genom ( 2a)el ? ) * 2h e )lok eL ect adalah
signi9 kan " seperti kulti-ar " tapi ini adalah kedua su)stansial minim "
di)andingkan dengan ploidi " )erdasarkan ukuran
kuadrat tengah *
2o 8urther eEamine the diL erences among culti-ars"
we tested 8or diL erences among the )est linear un)iased
estimates o8 the culti-ar means within ploidy" with the )lock
eL ect remo-ed* 6n )oth ploidy le-els" the two culti-ars with
the smallest genomes signi9 cantly diL ered 8rom their re8erence
culti-ar" Kanlow (tetraploid) or Z+ath9 nderV (octoploid)
(Fig* =)* 2h e -ariation in genome si<e within culti-ars (the
percentage diL erence )etween the maEimum and minimum
indi-idual genome si<es) ranged )etween ?=*@ and
#=*1F 8or tetraploid culti-ars and =%*0 to #>*#F 8or octoploid
culti-ars* 6n comparison" the percentage diL erences
)etween the maEimum and minimum genome si<e measures
8or the two control plants in each o8 the )locks o8 the
eEperiment were #?F 8or Kanlow (0%) and ##F 8or Ca-e7in7
3ock (>%)* 2h is gi-es an estimate o8 -ariation attri)uta)le
to random error plus )lock diL erences* Ay su)traction" that
still lea-es" on a-erage" a)out an ##F diL erence in genome
si<e )etween the largest and smallest genomes within a culti-ar*
De suspected that this diL erence could )e attri)uted
to the presence o8 aneuploids in our germplasm*
Untuk memeriksa le)ih lanjut per)edaan7per)edaan diL antara kulti-ar "
kita diuji untuk diL 4rences antara yang ter)aik linier )erisi
perkiraan kulti-ar )erarti dalam ploidi " dengan )lok
eL ect dihapus * !alam kedua tingkat ploidi " dua kulti-ar dengan
genom terkecil signi9 kan diL 4red dari re8erensi mereka
kulti-ar " Kanlow ( tetraploid ) atau X +ath9 nder X ( octoploid )
(Gam)ar = ) * Variasi e th dalam ukuran genom dalam kulti-ar ( yang
persentase diL erence antara maksimum dan minimum
ukuran genom indi-idu ) )erkisar antara ?="@ dan
#="1 F untuk kulti-ar tetraploid dan =%"07#>"# F untuk octoploid
kulti-ar * Se)agai per)andingan " persentase diL 4rences
antara tindakan ukuran genom maksimum dan minimum
untuk tanaman kontrol dua di masing7masing )lok dari
eksperimen adalah #? F untuk Kanlow ( 0B ) dan ## F untuk Ca-e 7in 7
Aatu ( >B ) * 2h adalah mem)erikan perkiraan -ariasi dise)a)kan
kesalahan acak ditam)ah )lok diL per)edaan7per)edaan * !engan
pengurangan" yang
masih menyisakan " rata7rata " sekitar satu ## F diL erence dalam genom
ukuran antara genom ter)esar dan terkecil dalam se)uah kulti-ar *
Kami menduga )ahwa ini diL erence dapat dikaitkan
adanya aneuploids di plasma nut8ah kami*
For the second eEperiment" we kept the pair o8 plants
with the smallest and largest genomes in each culti-ar"
and re7measured their genome si<es with increased
replication* 4ach indi-idual plant was measured three
times in each o8 two )locks* ; mean genome si<e was
calculated 8or each mem)er o8 the high7low pair in each
)lock" and the assignment o8 highM -ersus lowM was
rechecked* (ut o8 a total o8 =# comparisons" the original
high7low diL erence was con9 rmed nine times" it was
re-ersed eight times" and in 8our cases the diL erence
)etween the high and low plants was less than 1*#" and
thus was classi9 ed as not diL erent* 2h ere8ore" it is e-ident
that" although , ow cytometry is highly accurate in
assigning ploidy le-el in switchgrass" it is not a reliable
means o8 detecting 9ner scale genome7si<e -ariation
within a ploidy le-el*
Untuk perco)aan kedua" kami terus sepasang tanaman
dengan genom terkecil dan ter)esar di setiap kulti-ar"
dan kem)ali diukur ukuran genom mereka dengan peningkatan
replikasi* Setiap indi-idu tanaman diukur tiga
kali di masing7masing dua )lok* Se)uah ukuran genom rata7rata adalah
dihitung untuk setiap anggota dari pasangan tinggi7rendah di masing7masing
)lok" dan penugasan 'tinggi' -ersus 'rendah' adalah
diperiksa ulang* !ari total =# per)andingan" asli
tinggi7rendah diL erence adalah kerahasiaan rmed sem)ilan kali" itu
ter)alik delapan kali" dan pada empat kasus diL erence
antara tanaman tinggi dan rendah adalah kurang dari 1"#" dan
dengan demikian klasi9 ed tidak erent diL* 2h ere8ore" jelas
)ahwa" meskipun , ow cytometry sangat akurat dalam
menetapkan tingkat ploidi di switchgrass" itu )ukan handal
cara mendeteksi 9 ner -ariasi genom7skala ukuran
dalam tingkat ploidi*
6n the third eEperiment" we collected chromosome
num)er and , ow cytometry data on the same set
o8 plants to (i) compare the incidence o8 aneuploidy in
the tetraploids and octoploids" (ii) eEamine 8urther the
relationship )etween the -ariation in genome si<es as
detected with , ow cytometry and cytological counts" and
(iii) -alidate the ploidy assignments made in the 9 rst two
eEperiments" which were )ased solely on , ow cytometry
data and comparison to pu)lished genome si<es 8or
switchgrass* ; total o8 #?& counts 8rom =& plants (a-erage
o8 %*= counts per plant) were included in the 9 nal analysis*
Sample si<es -aried among plants" dependent on the
Huality and Huantity o8 root tips produced and the 8reHuency
o8 mitotic cells in metaphase 8or accurate counts
o8 maEimally condensed chromosomes* 2h ose plants that
pro-ided chromosome num)er data were each run once
in 8our diL erent )locks on the , ow cytometer*
+ada perco)aan ketiga" kami mengumpulkan kromosom
jumlah dan , ow !ata cytometry pada set yang sama
tanaman untuk (i) mem)andingkan kejadian aneuploidi di
para tetraploids dan octoploids" (ii) meneliti le)ih lanjut
hu)ungan antara -ariasi ukuran genom se)agai
dideteksi dengan , ow cytometry dan jumlah sitologi" dan
(iii) mem-alidasi tugas ploidi di)uat di 9 rst dua
perco)aan" yang hanya didasarkan pada , ow cytometry
data dan di)andingkan dengan ukuran genom diter)itkan untuk
switchgrass* Se)anyak #?& menghitung dari =& tanaman (rata7rata
%"= hitungan per tanaman) dimasukkan dalam analisis nal 9*
Ukuran sampel )er-ariasi antara tanaman" tergantung pada
kualitas dan kuantitas ujung akar diproduksi dan 8rekuensi
sel mitosis pada meta8ase untuk jumlah akurat
dari maksimal kromosom kental* (se tanaman 2h )ahwa
mem)erikan data jumlah kromosom yang masing7masing )erjalan sekali
dalam empat diL erent )lok pada aliran cytometer*
2he distri)ution o8 the entire set o8 chromosome
counts shows an unmistaka)le pattern: two distinct
populations corresponding to tetraploids (=n G 0% G
?&) and octoploids (=n G >% G @=) (Fig* ?)* /owe-er" the
8reHuencies o8 chromosome num)er classes within the
two ploidies are strikingly diL erent" due to ploidy7le-el
speci9 c -ariation in the incidence o8 aneuploidy (2a)le
0;)* 4Eamining all counts" =?*=F o8 those 8rom tetraploid
indi-iduals are aneuploid (greater or less than
?&)" whereas >&*?F o8 those 8rom octoploid plants are aneuploid (greater or less
than @=)* Furthermore" the
incidence o8 low (less than the euploid complement) -ersus
high (greater than the euploid complement) is a)out
eHui-alent in tetraploids* 2h is is clearly not the case in
octoploids" where close to $1F o8 the aneuploid counts
are lower than the euploid num)er*
!istri)usi seluruh set kromosom
jumlah menunjukkan pola jelas: dua yang )er)eda
populasi sesuai dengan tetraploids (=n G 0B G
?&) dan octoploids (=n G >B G @=) (Gam)ar ?)* 5amun"
8rekuensi kelas jumlah kromosom dalam
dua ploidies yang mencolok diL erent" karena tingkat ploidi
c -ariasi spesi9k dalam kejadian aneuploidi (2a)el
0;)* .eneliti semua penting" =?"=F dari mereka dari tetraploid
indi-idu aneuploid ()esar atau kurang dari
?&)" sedangkan >&"?F dari mereka dari tanaman octoploid yang aneuploid
(le)ih )esar atau kurang dari @=)* Selain itu"
kejadian rendah (kurang dari komplemen euploid) di)andingkan
tinggi (le)ih dari komplemen euploid) adalah sekitar
setara dalam tetraploids* 2h adalah jelas tidak terjadi di
octoploids" di mana hampir $1F dari jumlah aneuploid
le)ih rendah dari jumlah euploid*
(n a within7plant )asis" almost all ($?*>F) o8 the
octoploid plants had counts that -aried 8rom the euploid tetraploid plants had any
counts that -aried 8rom the
euploid num)er o8 ?& chromosomes* ;s a 8urther indication
that the sta)ility o8 chromosome num)ers -aries
according to ploidy le-el" in more than hal8 o8 the
octoploid plants" all o8 the cells counted were aneuploid"
a condition that was not 8ound in tetraploid plants* ;n
eEample o8 chromosome7num)er -ariation within a
plant is illustrated in Fig* 0: three mitotic cells 8rom one
Ca-e7in73ock root tip possessed &?" &&" and @= chromosomes*
2wo other cells counted 8or this same root tip (not
pictured) had @# and &? chromosomes*
+ada dasar dalam tanaman" hampir semua ($?">F) dari
tanaman octoploid telah jumlah yang )er-ariasi dari tanaman tetraploid
euploid punya jumlah yang )er-ariasi dari
jumlah euploid dari ?& kromosom* Se)agai indikasi le)ih lanjut
)ahwa sta)ilitas nomor kromosom )er-ariasi
sesuai dengan tingkat ploidi" di le)ih dari setengah dari
tanaman octoploid" semua sel yang dihitung aneuploid"
suatu kondisi yang tidak ditemukan pada tanaman tetraploid* se)uah
contoh -ariasi kromosom7nomor dalam
tanaman diilustrasikan pada Gam)ar* 0: tiga sel mitosis dari satu
Ujung akar7gua7in 3ock memiliki &?" &&" dan @= kromosom*
!ua sel7sel lain dihitung ujung akar yang sama (tidak
8oto) memiliki @# dan &? kromosom*
2a)el ?* ;nalisis ragam switchgrass kulti-ar
ukuran genom" yang diukur dengan ,ow cytometry* tipe 666
jumlah kuadrat digunakan dalam analisis* 3= untuk model G
1*$%* 2ingkat signi9kansi adalah p [1"111# \\\\" p [1"1# \\*
Table 3. Analysis of variance of switchgrass cultivar
genome size, as measured by fow cytometry. Tye !!!
sums of s"uares used in analysis. R# for the model $
%.&'. (igni)cance levels are p * %.%%%+ ,,,,- p * %.%+,,.
Source d8 .S F
Alock 0 1*$1$? ##*%0 \\\\
+loidy # =0$*$#10 ?#@#*#% \\\\
Culti-ar (+loidy) ## 1*=1$$ =*&& \\
4rror #&%
Figure =* Variation among switchgrass accessions in sur-ey (4Eperiment #): Aest linear un)iased
estimates o8 genome si<es o8 culti-ars
within ploidy le-els" with the signi9 cant )lock eLect remo-ed" as calculated )y the statistical model in
2a)le ?* 2etraploid (0%) culti-ar
estimates compared to Kanlow" octoploid (>%) culti-ar estimates compared to +ath9 nder (\ G 1*1%C \\ G
1*1#)*
Gam)ar =* Variasi antara switchgrass aksesi dalam sur-ei (+erco)aan #):
2er)aik perkiraan o)jekti8 linier ukuran genom kulti-ar
dalam tingkat ploidi" dengan e8ek )lok )isa dihapus signi9kan" yang
dihitung oleh model statistik dalam 2a)el ?* 2etraploid (0B) kulti-ar
perkiraan di)andingkan dengan Kanlow" octoploid (>B) kulti-ar
memperkirakan di)andingkan dengan +ath9 nder (\ G 1"1%C \\ G 1"1#)*
Figure ?* .itotic chromosome counts in metaphase meristematic
cells in root tips o8 switchgrass plants* Sample si<es -ary 8or indi-idual
plants* 4uploid num)ers are indicated in the x7aEes: 0% G
?& chromosomesC &% G %0C >% G @=* (;) Counts 8rom tetraploid
plants: mean ] se G ?&*1 ] 1*#C n G %&* (A) Counts 8rom octoploid
plants: mean ] se G &$*= ] 1*0C n G >1*
Gam)ar ?* Sumlah kromosom mitosis pada meta8ase meristematik
sel dalam akar ujung tanaman switchgrass* Ukuran sampel )er-ariasi )agi
indi-idu
tanaman* 5omor 4uploid ditunjukkan pada E7sum)u: 0B G
?& kromosom" &B G %0C >B G @=* (;) /itungan dari tetraploid
tanaman: rata7rata ] se G ?&"1 ] 1"#" n G %&* (A) /itungan dari octoploid
tanaman: rata7rata ] se G &$"= ] 1"0" n G >1*
5eEt we con9 rmed the ploidy assignments using
, ow cytometry estimates o8 genome si<e in our earlier
eEperiments )y plotting mean genome si<e -ersus mean
chromosome num)er 8or a set o8 =% plants" #1 tetraploids
plus #% octoploids* ;s eEpected" these two -aria)les are
highly correlated (&= G 1*$>C P [ 1*1#) (Fig* %)* /owe-er"
within ploidy le-el" the correlations are low (&=
0B G 1*=#C
&=
>B G 1*#$)" con9 rming the results o8 our second eEperiment:
, ow cytometry data lack the resolution needed to
consistently detect aneuploids in switchgrass*
Selanjutnya kita menegaskan tugas ploidi menggunakan
, ow perkiraan cytometry ukuran genom di awal kami
perco)aan dengan memplot )erarti ukuran genom di)andingkan rata7rata
jumlah kromosom untuk satu set =% pa)rik" #1 tetraploids
ditam)ah #% octoploids* Seperti yang diharapkan" kedua -aria)el ini
sangat )erkorelasi (3= G 1"$>" + [1"1#) (Gam)ar %)* 5amun"
dalam tingkat ploidi" korelasi rendah (3=
0B G 1"=#C
3=
>B G 1*#$)" kerahasiaan rming hasil perco)aan kedua kami:
, ow !ata cytometry kekurangan resolusi yang diperlukan untuk
konsisten mendeteksi aneuploids di switchgrass*
2h e high degree o8 aneuploidy in octoploids could )e
an indicator o8 genome insta)ility in these switchgrass
culti-ars* Genome insta)ility can also aL ect indi-idual
chromosome constitutions" causing translocations" in-ersions"
and chromosome deri-ati-es to )e 8ormed* 2o )egin
to address the Huestion o8 chromosomal constitution" we
per8ormed F6S/ with the r!5; clone p2a@# on selected
tetraploid and octoploid culti-ars* 2h e #>S7=%S r!5;
multigene 8amily is arranged as tandem repeats and is
located at the nucleolus organi<ing regions (5(3s)* ;ll o8
the tetraploids analy<ed had two pairs o8 telomeric 5(3
F6S/ signals (Fig* &" Supplemental Fig* #" 2a)le %)* 6n contrast"
we o)ser-ed a large amount o8 -ariation in num)er"
location" and si<e o8 5(3 F6S/ signals in the octoploids
(Fig* @" Supplemental Fig* =" 2a)le %)* For eEample" in addition
to the eEpected telomeric 5(3 F6S/ signals" we also
o)ser-ed interstitial F6S/ signals* 6n all octoploid culti-ars
eEamined" we saw chromosomes with telomeric 5(3
F6S/ signals at the ends o8 )oth chromosomes arms (see Fig* @ 8"hC 2a)le %)* 2h ese
latter chromosomes appear to
)e isochromosomes" which -aried in num)er 8rom one to
se-en among the accessions analy<ed (2a)le %)* 6sochromosomes
are deri-ed 8rom misalignment o8 the chromosomes
relati-e to the spindle pole and are commonly
8ound with aneuploidy* Surprisingly" the ancestral tetraploid
state o8 two pairs o8 telomeric 5(3 signals is the rarest
state detected in octoploids* 2h ese F6S/ data indicate
that octoploid culti-ars ha-e accumulated chromosomal
rearrangements in addition to aneuploidy" indicating that
their genomes are unsta)le*
2ingginya tingkat aneuploidi di octoploids )isa
indikator ketidaksta)ilan genom di switchgrass ini
kulti-ar * Ketidaksta)ilan genom juga dapat aL dll indi-idu
konstitusi kromosom " menye)a)kan translokasi " in-ersi "
dan turunannya kromosom yang akan di)entuk * untuk memulai
untuk menjawa) pertanyaan tentang kromosom konstitusi " kita
6K;5 dilakukan dengan r!5; clone p2a@# pada dipilih
tetraploid dan octoploid kulti-ar * 2h e #>S 7 =%S r!5;
keluarga multigene diatur se)agai ulangan tandem dan
terletak di nucleolus mengorganisir daerah ( 5(3 ) * semua
yang tetraploids dianalisis memiliki dua pasang telomeric 5(3
Sinyal 6K;5 (Gam)ar & " 2am)ahan Gam)ar * # " 2a)el % ) * Se)aliknya "
kami mengamati sejumlah )esar -ariasi dalam jumlah "
lokasi " dan ukuran 5(3 6K;5 sinyal dalam octoploids
(Gam)ar @ " 2am)ahan Gam)ar * = " 2a)el % ) * .isalnya" di samping
untuk telomeric 5(3 6K;5 sinyal yang diharapkan " kami juga
diamati sinyal 6K;5 interstitial * !alam semua kulti-ar octoploid
diperiksa " kami melihat kromosom dengan telomeric 5(3
Sinyal 6K;5 di ujung kromosom kedua lengan ( lihat Gam)ar @ 8 " h " *
2a)el % ) * Kromosom kedua 2h ese tampak
menjadi isochromosomes " yang )er-ariasi jumlahnya dari satu sampai
tujuh di antara aksesi dianalisis ( 2a)el % ) * 6sochromosomes
)erasal dari misalignment dari kromosom
relati8 terhadap kutu) spindle dan umumnya
ditemukan dengan aneuploidy * ;nehnya" tetraploid leluhur
keadaan dua pasang telomeric 5(3 sinyal adalah yang paling langka
negara terdeteksi dalam octoploids * !ata ini menunjukkan 6K;5
)ahwa kulti-ar octoploid telah mengumpulkan kromosom
penyusunan ulang selain aneuploidi " menunjukkan )ahwa
genom mereka tidak sta)il *
.iscussion
3eports o8 -aria)le ploidy le-els in switchgrass germplasm
accessions and registered culti-ars ha-e )een relati-ely
common in the literature (2a)le #) and" indeed" pro-ided
the moti-ation 8or this study* 6n #1 o8 the ## culti-ars we sur-eyed initially" the ploidy
le-el we 8ound in our material"
)ased solely on , ow cytometry estimates" had )een 8ound
pre-iously (Forest)urg was the eEception) (2a)le =)* 2h e
one culti-ar (Ca-e7in73ock) where we 8ound more than
one ploidy is widely considered a miEedM accession (5arasimhamoorthy
et al*" =11>)* Since multiple ploidy le-els are
the trademark o8 upland switchgrass" our results )asically
con9 rmed what we already suspected: one cannot assume
the ploidy o8 a switchgrass plant" especially in the case o8 an
upland ecotype" without Huanti8ying it* /owe-er" what was
truly eEtraordinary a)out our results was the widespread
occurrence o8 aneuploidy" which was only re-ealed )y
cytology* 2h us" we need to amend our pre-ious statement:
one cannot assume that a ploidy assignment )ased on , ow
cytometry o8 a switchgrass plant means it possesses the
euploid num)er o8 chromosomes" without cytological con9
rmation* ; case in point is the miEedM Ca-e7in73ock seed lot that we studied in
detail: we detected two ploidy le-els
with , ow cytometry (0% and >%)" )ut we su)seHuently
8ound the 8our octoploid plants eEamined cytologically
had mean chromosome num)ers o8 &&*>" &@*@" @1" and @>*@" re-ealing two le-els o8
-ariation in the switchgrass genome
that ha-e )een -irtually ignored in recent genetics studies*
diskusi
:aporan tingkat ploidi -aria)el dalam plasma nut8ah switchgrass
aksesi dan kulti-ar yang terda8tar telah relati8
umum dalam literatur (2a)el # ) dan " memang" disediakan
moti-asi untuk penelitian ini* !alam #1 dari ## kulti-ar kami sur-ei
awalnya " tingkat ploidi yang kami temukan dalam )ahan kami "
hanya didasarkan pada , ow cytometry perkiraan " telah ditemukan
se)elumnya ( Forest)urg adalah pengecualian ) ( 2a)el = ) * th e
satu kulti-ar ( Ca-e7 in 3ock) di mana kami menemukan le)ih dari
satu ploidi secara luas dianggap se)agai ' campuran ' aksesi
( 5arasimhamoorthy
et al * " =11>) * Sejak )e)erapa tingkat ploidi yang
merek dagang dari switchgrass dataran tinggi " hasil kami pada dasarnya
kerahasiaan rmed apa yang sudah kita dicurigai : kita tidak )isa
)erasumsi
yang ploidi dari tanaman switchgrass " terutama dalam kasus
ekotipe dataran tinggi " tanpa mengukur itu * 5amun" apa yang
sungguh luar )iasa tentang hasil kami adalah luas
terjadinya aneuploidi " yang hanya diungkapkan oleh
sitologi * 2h kita " kita perlu mengu)ah pernyataan kami se)elumnya :
kita tidak )isa )erasumsi )ahwa tugas ploidi )erdasarkan , ow
cytometry dari tanaman switchgrass )erarti memiliki yang
jumlah euploid kromosom " tanpa sitologi kerahasiaan
rmation * Contoh kasusnya adalah ' campuran ' Gua 7 in 3ock )anyak
)enih yang kita pelajari secara rinci : kami mendeteksi dua tingkat ploidi
dengan , ow cytometry ( 0B dan >B ) " tapi kami kemudian
menemukan empat pa)rik octoploid diperiksa sitologi
memiliki angka rata7rata kromosom dari &&"> " &@"@ " @1 " dan @>"@ "
mengungkapkan dua tingkat -ariasi dalam genom switchgrass
yang telah hampir dia)aikan dalam genetika studi ter)aru *
Gam)ar 0* Variasi jumlah kromosom penting dalam ujung akar tunggal
XCa-e76n73ockX* (;) gam)ar mentah dari acetocarmine )ernoda
kromosom ujung akar menye)ar dari tiga sel* ;khir penghitungan
kromosom jejak telah disalut (merah)* (A) ;m)ang gam)ar yang
dihasilkan
dari gam)ar mentah (;) digunakan untuk mengotomatisasi penghitungan
dengan ;nalisis 8ungsi partikel dari 6mageS (3as)and" =11$)*
Figure %* .ean genome si<e measured )y , ow cytometry -ersus
mean mitotic chromosome num)er counts 8rom root tips 8or indi-idual
plants (tetraploid ' G #1C octoploid ' G #%)*
Gam)ar %* Aerarti ukuran genom diukur dengan , ow cytometry di)andingkan
)erarti mitosis jumlah kromosom menghitung dari ujung akar )agi indi-idu
tanaman (tetraploid 5 G #1C octoploid 5 G #%)*
Chromosome7num)er Variation
among +lants: ;neuploidy
4arly on in the grass cytology literature" switchgrass was
already )eginning to re-eal its highly -aria)le genome*
6n an o8t 7cited study that 9 rst documented the diploid to
duodecaploid ploidy7le-el range in the species (5ielsen"
#$00)" 8our out o8 ?0 mitotic chromosome counts in the =n
G @=P#1> range were la)eled" perhaps num)er indicated ]
#"=*M 6n one o8 the 9 rst studies to eEamine the relationship
)etween ecotype and chromosome num)er -aria)ility
in switchgrass" it was 8ound that #= lowland plants were
consistently =n G 0% G ?&" while o8 ?@ upland plants" >@F
(?=) were =n G >% G @=" one plant was heEaploid" while the
rest were aneuploids" with =n G &>"@1"@&"@> (Aarnett and
Car-er" #$&@)* Furthermore" the authors admitted that
they may ha-e underestimated the 8reHuency o8 aneuploidy"
due to uncertainty in the counts o8 the octoploids*
Kromosom7nomor Variasi
antara 2anaman: aneuploidy
!i awal literatur rumput sitologi" switchgrass adalah
sudah mulai mengungkapkan genom sangat )er-ariasi nya*
!alam se)uah studi yang sering dikutip )ahwa 9 rst didokumentasikan
diploid untuk
duodecaploid kisaran ploidi tingkat dalam spesies (5ielsen"
#$00)" empat dari ?0 jumlah kromosom mitosis pada =n yang
G @=7#1> kisaran di)eri la)el" 'mungkin jumlah anggota tercantum ]
#"=* '!alam salah satu penelitian 9 rst untuk menguji hu)ungan
antara ekotipe dan -aria)ilitas jumlah kromosom
di switchgrass" ditemukan )ahwa #= tanaman dataran rendah yang
konsisten =n G 0B G ?&" sedangkan dari ?@ tanaman dataran tinggi" >@F
(?=) yang =n G >B G @=" satu pa)rik adalah heEaploid" sedangkan
Sisanya adalah aneuploids" dengan =n G &>"@1"@&"@> (Aarnett dan
Car-er" #$&@)* Selanjutnya" para penulis mengakui )ahwa
mereka mungkin telah meremehkan 8rekuensi aneuploidi"
karena ketidakpastian dalam jumlah yang octoploids*
Figure &* ; representati-e , uorescent in situ hy)ridi<ation (F6S/) detection o8 nuclear organi<ing regions
(5(3s) in a tetraploid switchgrass
culti-ar* (;) 3oot tip spread prepared 8rom Z!acotahV (=n G 0% G ?&) and stained with acetocarmine* (A)
2he same cell as in ;
with chromosomes stained with !;+6 (pseudocolored in red) and su)jected to F6S/ with a 5(3 pro)e
(pseudocolored in green)* 2here
are two pairs o8 p2a@# F6S/ sites in tetraploids" and 5(3s are located at the telomeres (!) (see also
Supplemental Fig* #C 2a)le %)* For
comparison" (C) shows the acetocarmine7stained chromosomes 8rom !*
Gam)ar &* Seorang perwakilan ,uorescent in situ hy)ridi<ation
(F6S/) deteksi pengorganisasian nuklir daerah (5(3) dalam switchgrass
tetraploid
kulti-ar* (;) yang terse)ar ujung akar disiapkan dari X!acotahX (=n G
0B G ?&) dan diwarnai dengan acetocarmine* (A) Sel yang sama seperti di
;
dengan kromosom diwarnai dengan !;+6 (pseudocolored merah)
dan dikenakan 6K;5 dengan 5(3 penyelidikan (pseudocolored hijau)* di
sana
adalah dua pasang situs F6S/ p2a@# di tetraploids" dan 5(3 terletak
pada telomere (!) (lihat juga 2am)ahan Gam)ar #C* 2a)el %)* untuk
per)andingan" (C) menunjukkan kromosom acetocarmine )ernoda
dari !*
Table '. /uclear organization region0f uorescent in situ hybridization 1/2R0
3!(45 results reveal loidy0seci) c
variation in chromosomal constitution. (ee images in 3ig. 6, 7- (ul.
3igures +, #.
2a)el %* (rganisasi nuklir wilayah7, uorescent in situ hy)ridi<ation (F6S/7
5(3) hasil mengungkapkan ploidi7spesi9k c
-ariasi dalam kromosom konstitusi* :ihat gam)ar di Gam)ar* &" @C Suppl*
;ngka #" =*
.ore striking cases o8 aneuploidy in natural populations
o8 switchgrass were descri)ed )y Arunken and
4stes (#$@%)" who 8ound &1*$F o8 an eEclusi-ely octoploid
upland population was aneuploid" and in a miEed
upland7lowland population" =&*@F o8 the octoploids were
aneuploids* 2etraploids" whether in a monoploid lowland
population or an upland miEed population" were
in-aria)ly euploid* 6t is interesting to note that the highly
aneuploid population in this later study is the same one
that +orter (#$&&) reported to consist o8 heEaploids and
octoploids* 2h is disagreement could )e attri)uta)le in part
to the diL erent sources o8 data in the two studies: meiotic
counts 8rom pollen mother cells in the Arunken and 4stes
(#$@%) study" as opposed to mitotic counts 8rom root tips in
the +orter (#$&&) study* De suspect that the pollen gametic
cell population is more highly aneuploid than the mitotic
cell population 8ound in the root tips o8 esta)lished plants
and will )e testing this hypothesis in 9 eld populations*
Kasus yang le)ih mencolok dari aneuploidi dalam populasi alami
switchgrass digam)arkan oleh Arunken dan
4stes ( #$@%) " yang menemukan &1"$ F dari eksklusi8 octoploid
populasi dataran tinggi adalah aneuploid " dan dalam campuran
penduduk dataran 7 dataran rendah " =&"@ F dari octoploids yang
aneuploids * 2etraploids " )aik dalam dataran rendah monoploid
populasi atau populasi campuran di dataran tinggi " yang
selalu euploid * Sangat menarik untuk dicatat )ahwa sangat +opulasi
aneuploid dalam penelitian ini nanti adalah sama
)ahwa +orter ( #$&&) dilaporkan terdiri dari heEaploids dan
octoploids * 2h ketidaksepakatan )isa dise)a)kan se)agian
ke sum)er erent diL data dalam dua studi : meiosis
jumlah dari sel7sel i)u ser)uk sari di Arunken dan 4stes
( #$@%) studi " se)agai lawan dari jumlah mitosis ujung akar di
yang (#$&& ) studi +orter * Kami menduga )ahwa gamet ser)uk sari
populasi sel le)ih tinggi daripada aneuploid mitosis yang
populasi sel yang ditemukan di ujung akar tanaman yang sudah
dan akan menguji hipotesis ini pada populasi lapangan *
Chromosome7num)er Variation within +lants
(ragile )hromosome Sites
Variation in chromosome num)er counts within plants
could )e eEplained )y the eEistence o8 a 8ragile site* Fragile
sites are genomic regions that ha-e a tendency to cause
)reaks" constrictions or non7staining gaps within chromosomes*
Fragile chromosome sites are -ery common
in humans with o-er #=1 documented sites within the
genome (Auttel et al*" =110)" )ut the eEistence o8 8ragile
sites in plants has only recently )een disco-ered in
*olium spp* (/uang et al*" =11>)* 6n this study" the authors
detected chromosome counts greater than the euploid
num)er in >%F o8 root tip spreads" and 8urthermore that
these increased counts were due to chromosome 8ragmentation
occurring speci9 cally at the 0%S r!5; loci*
2h e causati-e 8eature(s) o8 8ragile sites is still speculati-e
although there is some e-idence to support that delayed or stalled !5; replication
(:aird et al*" #$>@C Casper et al*"
=11=)" chromatin modi9 cation (CoL ee et al*" =11=C Dang"
=11&) and chromosome structure (Gericke" #$$$C /uang
et al*" =11>) can contri)ute to 8ragile site esta)lishment*
Kromosom 7 nomor Variasi dalam 2anaman
Situs kromosom Fragile
Variasi jumlah kromosom penting dalam tanaman
dapat dijelaskan oleh adanya situs rapuh * rapuh
situs yang daerah genom yang memiliki kecenderungan untuk
menye)a)kan
istirahat " konstriksi atau kesenjangan non 7 pewarnaan dalam kromosom *
Situs kromosom Fragile sangat umum
pada manusia dengan le)ih dari #=1 situs didokumentasikan dalam
genom ( Auttel et al * " =110) " namun ke)eradaan rapuh
situs pada tanaman )aru7)aru ini telah ditemukan di
:olium spp * ( /uang et al * " =11>) * !alam penelitian ini " penulis
kromosom terdeteksi menghitung le)ih )esar dari yang euploid
angka dalam >% F dari ujung akar menye)ar " dan le)ih jauh lagi )ahwa
jumlah ini meningkat adalah karena kromosom 8ragmentasi
terjadi spesi9k Cally pada lokus 0%S r!5; *
2h e 9tur penye)a) ( s ) dari situs rapuh masih spekulati8
meskipun ada )e)erapa )ukti untuk mendukung )ahwa replikasi !5;
tertunda atau terhenti ( :aird et al " #$>@C * * Casper et al "
=11=) " kromatin modi9 kation ( CoL ee et al " =11=C * Dang "
=11&) dan struktur kromosom ( Gericke " #$$$C /uang
et al * " =11>) dapat )erkontri)usi ke situs pendirian rapuh *
(ne interpretation o8 some o8 our data presented
here is that 8ragile sites are present in switchgrass chromosomes"
causing aneuploid counts* Dhile there is some
circumstantial support 8or this" we )elie-e it is unlikely
that our aneuploid chromosome counts in switchgrass
are due to 8ragile sites as documented in *olium spp*
(/uang et al*" =11>) 8or se-eral reasons* First" 8ragile
sites produce only increased chromosome counts" and
although we do see counts greater than euploid in our
data set" most o8 our counts are lower than the euploid
count* Second" isochromosomes are a common 8eature o8
octoploid switchgrass" yet 8ragile sites are not known to
generate them in -itro* 2h ird" among clones o8 the same
culti-ar" we see -aria)le num)ers o8 isochromosomes
(see DS>U in 2a)le %)" suggesting that non7identical
errors in segregation are still occurring in -i-o* Fourth" it
is unclear i8 8ragile sites are indeed 8ragile in -i-o as well
as in -itro* :astly" the 0%S r!5; has ne-er )een reported
to )e a 8ragile site in other plants" suggesting that the
0%S r!5; regions in *olium spp* ha-e uniHue diL erences
that produce the 8ragile sites in these species* 6n
conclusion" although we cannot de9 niti-ely discount the
eEistence o8 8ragile chromosome sites in switchgrass" we
)elie-e that our data do not support this hypothesis
Salah satu interpretasi dari )e)erapa data yang kami disajikan
di sini adalah )ahwa situs rapuh hadir dalam kromosom switchgrass "
menye)a)kan jumlah aneuploid * .eskipun ada )e)erapa
dukungan mendalam untuk ini " kami percaya itu tidak mungkin
)ahwa kromosom aneuploid kami menghitung di switchgrass
adalah karena situs rapuh seperti yang didokumentasikan dalam :olium
spp *
( /uang et al * " =11>) karena )e)erapa alasan * +ertama " rapuh
situs hanya menghasilkan peningkatan jumlah kromosom " dan
meskipun kita melihat jumlah yang le)ih )esar dari euploid di kami
set data" se)agian )esar jumlah kami le)ih rendah dari yang euploid
menghitung * Kedua " isochromosomes adalah 9tur umum dari
octoploid switchgrass " situs namun rapuh tidak diketahui
menghasilkan mereka in -itro * 6rd 2h " antara klon yang sama
kulti-ar " kita melihat jumlah -aria)el isochromosomes
( lihat DS>U pada 2a)el % ) " menunjukkan )ahwa non 7 identik
kesalahan dalam segregasi masih terjadi in -i-o * Keempat"
jelas apakah situs rapuh memang rapuh in -i-o serta
se)agai in -itro * 2erakhir" 0%S r!5; )elum pernah dilaporkan
menjadi situs rapuh pada tanaman lain " menunjukkan )ahwa
0%S r!5; daerah di :olium spp * memiliki per)edaan7per)edaan yang unik
diL
yang menghasilkan situs rapuh dalam spesies ini * di
Kesimpulannya" meskipun kita tidak )isa de9 niti-ely diskon
Ke)eradaan situs kromosom yang rapuh di switchgrass " kita
percaya )ahwa data kami tidak mendukung hipotesis ini
+osaicism
;lthough mosaicism is usually associated with plant cell
cultures (:arkin and Scowcro8t " #$>#)" there is ample e-idence
that it is a common phenomenon in grasses (/uskins
and Smith" #$?=C Church" #$01C Sachs" #$%=C Datana)e"
#$&=C 2h omas and +eregrine" #$&0C 5ielsen" #$&>C :a-ania"
#$>@C Aurner and :egendre" #$$?)* Aased on reports o8 mosaicism in root tips
a-aila)le at the time" Church (#$01)
proposed that through this mechanism" autopolyploids
could )e produced -egetati-ely* 2h e 9 rst report o8 mosaics
in upland switchgrass roots (cells with chromosome counts
o8 %0" @=" $1 in two root tips and %0" $1" #1> in one root tip)
came much later (+orter" #$&&)* 2h e chromosome7count
-ariation we o)ser-ed could )e attri)uted to mosaicismC
howe-er" more data are needed to uneHui-ocally support its
occurrence in switchgrass* .osaicism is still a largely uneEplored"
)ut potentially widespread" condition in polyploids
in natural populations* 2h e phenomenon o8 mitotic 9 delity
in allopolyploids has )een eEamined in detail only recently"
in the model genus ,rabidopsis" where mosaicism was
8ound to )e pre-alent in two tetraploids" ,. suecica and ,.
arenosa* /owe-er" sta)le and no-el cytotypes with chromosome
num)ers other than euploid ha-e yet to )e disco-ered
(Dright et al*" =11$)
mosaicism
.eskipun mosaicism )iasanya dikaitkan dengan sel tum)uhan
)udaya ( :arkin dan Scowcro8t " #$>#) " ada )anyak )ukti
)ahwa itu adalah 8enomena umum di rumput ( /uskins
dan Smith " #$?=C Church " #$01" Sachs " #$%=C Datana)e "
#$&=C 2h omas dan +eregrine " #$&0C 5ielsen " #$&>C :a-ania "
#$>@C Aurner dan :egendre " #$$?) * Aerdasarkan laporan dari mosaicism
di ujung akar yang tersedia pada saat itu " Gereja (#$01 )
mengusulkan )ahwa melalui mekanisme ini " autopolyploids
)isa diproduksi secara -egetati8 * 2h e laporan rst 9 mosaik
di akar switchgrass dataran tinggi ( sel dengan jumlah kromosom
dari %0 " @= " $1 dalam dua ujung akar dan %0 " $1 " #1> dalam satu ujung
akar )
datang jauh kemudian ( +orter " #$&&) * 2h e kromosom 7 hitung
Variasi kami mengamati dapat dikaitkan dengan mosaicism C
5amun " le)ih )anyak data yang diperlukan untuk mendukung tegas nya
kejadian di switchgrass * .osaicism masih se)agian )esar )elum
diselidiki "
tetapi )erpotensi meluas " kondisi polyploids
dalam populasi alami * 4 8enomena 2h dari mitosis 9 delity
di allopolyploids telah diperiksa secara detail )aru7)aru "
dalam model genus ;ra)idopsis " di mana mosaicism adalah
ditemukan terjadi di dua tetraploids " ;* suecica dan ;*
arenosa * Cytotypes 5amun" sta)il dan no-el dengan kromosom
nomor selain euploid )elum ditemukan
( Dright et al * " =11$ )
Figure @* ; representati-e , uorescent in situ hy)ridi<ation (F6S/) detection o8 nuclear organi<ing regions
(5(3s) in an octoploid switchgrass
culti-ar* (;) ; root tip spread prepared 8rom ZAlackwellV (=n G >% G @=) and stained with acetocarmine*
(A) 2he same cell as in
(;) with chromosomes stained with !;+6 (pseudocolored in red) and su)jected to F6S/ with a 5(3 pro)e
(pseudocolored in green)*
2here are three types o8 p2a@# F6S/ sites in octoploids (see also Supplemental Fig* =C 2a)le %): (F)
interstitial (located )etween the
centromere and telomere)" (G) at )oth telomeres on an isochromosome" and (/) telomeric* For
comparison" (A)" (C)" and (!) show the
acetocarmine7stained chromosomes 8rom (F)" (G)" and (/)" respecti-ely
Gam)ar @* Se)uah , uorescent perwakilan di situ hi)ridisasi (6K;5) deteksi
pengorganisasian nuklir daerah (5(3) dalam switchgrass octoploid
kulti-ar* (;) ; menye)ar ujung akar di)uat dari XAlackwellX (=n G >B G @=)
dan diwarnai dengan acetocarmine* (A) Sel yang sama seperti pada
(;) dengan kromosom diwarnai dengan !;+6 (pseudocolored merah) dan
dikenakan 6K;5 dengan 5(3 penyelidikan (pseudocolored hijau)*
;da tiga jenis situs F6S/ p2a@# di octoploids (lihat juga 2am)ahan Gam)ar
=" 2a)el %*): (F) interstitial (terletak di antara
sentromer dan telomer)" (G) pada kedua telomeres pada isochromosome"
dan (/) telomeric* Se)agai per)andingan" (A)" (C)" dan (!) menunjukkan
kromosom acetocarmine )ernoda dari (F)" (G)" dan (/)" masing7masing
2he 3oad to Genome Sta)ility
Speciation in plants o8t en occurs a8t er glo)al changes to
the genome" such as polyploidi<ation or hy)ridi<ation
(as re-iewed )y /egarty and /iscock O=11@Q and So)el et
al* O=1#1Q)* Aoth types o8 glo)al genomic change induce
insta)ility into a genome" there)y causing changes in gene
eEpression" meiotic pairing disorders" and altered de-elopmental
patterns (/egarty et al*" =11>)* Sur-i-al o8 the plant
reHuires some measure o8 genome sta)ili<ation (:i and Ge"
=11@C Sipic<ki" =11>)* For eEample" modern mai<e would
not eEist today had it not )een 8or the dramatic diploidi<ation
e-ent(s) that reorgani<ed the allotetraploid genome"
there)y allowing it to undergo regular" error78ree meiosis
(Gaut" =11#)* 2h is has )een the case 8or many crop species*
Salan .enuju Genom Kesta)ilan
Spesiasi pada tanaman sering terjadi en er )elakang peru)ahan glo)al
untuk
genom" seperti polyploidi<ation atau hi)ridisasi
(seperti ditinjau oleh /egarty dan /iscock O=11@Q dan So)el et
al* O=1#1Q)* Kedua jenis peru)ahan genom glo)al yang menye)a)kan
ketidaksta)ilan ke dalam genom" sehingga menye)a)kan peru)ahan
dalam gen
ekspresi" gangguan pasangan meiosis" dan perkem)angan diu)ah
pola (/egarty et al*" =11>)* Kelangsungan hidup tanaman
mem)utuhkan )e)erapa ukuran genom sta)ilisasi (:i dan Ge"
=11@C Sipic<ki" =11>)* .isalnya" jagung modern yang akan
tidak ada hari itu tidak pernah untuk diploidi<ation dramatis
e-ent (s) yang direorganisasi genom allotetraploid"
sehingga memungkinkan untuk menjalani teratur" meiosis )e)as dari
kesalahan
(Gaut" =11#)* 2h yaitu telah terjadi )agi )anyak spesies tanaman*
;neuploidy causes greater genome insta)ility than
polyploidy 8or organisms )y adding or su)tracting the
gene dosage o8 a single chromosome to or 8rom the euploid
genome (Airchler et al*" =11#C Fodde and Smits" =11=C
Airchler" =1#1)* ;neuploidy is caused )y segregation errors
and nondisjunction during cell di-ision -ia meiosis andT
or mitosis* Some types o8 segregation errors generate
chromosomal )reaks and rearrangements (Gri^ n" #$$&)"
which can lead to speciation (3amsey and Schemske"
#$$>)* /ere we use r!5; as a F6S/ pro)e to show that"
not only are there structural rearrangements in octoploids"
)ut the nature and num)er o8 the rearrangements diL er )y
indi-idual eEamined* 2h is is in stark contrast to the lack o8
chromosome rearrangements in tetraploids" where aneuploidy
is low* Unlike reciprocal translocation that results
in no net loss o8 genic material )etween daughter cells"
aneuploidy will always present an un)alanced genic distri)ution*
2h e presence o8 eEtra or missing chromosomes"
or segments" as in the case o8 isochromosomes" has )een
shown to cause changes in !5; methylation in cancer
cells (.at<ke et al*" #$$$C .at<ke et al*" =11?)*
;neuploidi menye)a)kan ketidaksta)ilan genom yang le)ih )esar dari
poliploidi untuk organisme dengan menam)ahkan atau mengurangi
dosis gen dari kromosom tunggal ke atau dari euploid yang
genom ( Airchler et al " =11#C * Fodde dan Smits " =11=C
Airchler " =1#1 ) * ;neuploidi dise)a)kan oleh kesalahan segregasi
dan nondisjunction selama pem)elahan sel melalui meiosis dan T
atau mitosis * Ae)erapa jenis kesalahan segregasi menghasilkan
istirahat kromosom dan penyusunan ulang ( Gri^ n " #$$&) "
yang dapat menye)a)kan spesiasi ( 3amsey dan Schemske "
#$$>) * !i sini kita menggunakan r!5; se)agai pro)e 6K;5 untuk
menunjukkan )ahwa "
tidak hanya ada penyusunan ulang struktural dalam octoploids "
tetapi si8at dan jumlah penyusunan ulang diL er oleh
indi-idual diperiksa * 2h adalah kontras dengan kurangnya
penyusunan ulang kromosom pada tetraploids " di mana aneuploidi
rendah * 2idak seperti translokasi tim)al )alik yang menghasilkan
sekali tidak rugi )ersih )ahan genic antara sel anak "
aneuploidi akan selalu menyajikan distri)usi genic tidak seim)ang *
4 kehadiran 2h kromosom ekstra atau hilang "
atau segmen " seperti dalam kasus isochromosomes " telah
ter)ukti dapat menye)a)kan peru)ahan dalam metilasi !5; pada kanker
sel ( .at<ke et al " #$$$C * .at<ke et al " =11?* ) *
Switchgrass octoploids demonstrate a large amount
o8 genome insta)ility" as e-idenced )y the swarm o8 aneuploidy
surrounding the euploid @=7chromosome count*
Furthermore" we 8ound that the range o8 chromosome
counts surrounding the octoploids did not eEtend past one haploid le-el* For
instance" the lowest counts were
close or at the septaploid (@% G &?) le-el and the highest
counts were at the nonaploid ($% G >#) le-el* 6t is not
known i8 these odd7num)ered ploidy le-els represent some
8orm o8 genome sta)ility or a genome still in , uE* 2h e
8act that the swarm is )iased toward the _@x end o8 the
cur-e suggests that heEaploids could )e produced through
octoploid reduction" there)y impro-ing the sta)ility o8
the genome* 2h eoretically" heEaploids could )e produced
-ia an intermating )etween tetraploid and octoploid" )ut
a post8ertili<ation incompati)ility system pre-ents this
(.artine<73eyna and Vogel" =11=)* 6t remains to )e seen
whether heEaploids can )e produced through an alternati-e
mechanism" such as genome reduction
Switchgrass octoploids menunjukkan sejumlah )esar
ketidaksta)ilan genom " se)agaimana di)uktikan oleh segerom)olan
aneuploidi
sekitar euploid count @= kromosom *
Selain itu " kami menemukan )ahwa kisaran kromosom
jumlah sekitar octoploids tidak memperpanjang masa lalu satu tingkat
haploid * .isalnya" jumlah terendah adalah
dekat atau di septaploid ini ( @B G &? ) dan tingkat tertinggi
jumlah )erada di nonaploid ( $B G ># ) tingkat * /al ini tidak
diketahui apakah ini tingkat ploidi ganjil mewakili )e)erapa
)entuk sta)ilitas genom atau genom masih dalam , uE * th e
Fakta )ahwa kawanan terse)ut condong ke _ akhir @E dari
kur-a menunjukkan )ahwa heEaploids dapat diproduksi melalui
octoploid penurunan " dengan demikian meningkatkan sta)ilitas
genom * 2h eoretically " heEaploids )isa diproduksi
melalui intermating antara tetraploid dan octoploid " tapi
sistem post8ertili<ation ketidakcocokan mencegah ini
( .artine< 7 3eyna dan Vogel " =11=) * 6ni masih harus dilihat
apakah heEaploids dapat diproduksi melalui alternati8
mekanisme " seperti pengurangan genom
Com)ining Flow Cytometry
with Chromosome Counts
;lthough this research 8ocused eEclusi-ely on switchgrass"
it is likely that these 9 ndings will not )e uniHue* .any
perennial grasses ha-e multiple and high ploidy le-els" 8or
eEample" Phalaris arundinacea :*" reed canarygrass" is 0%
to &%" and ,ndropogon gerardii" )ig )luestem" has ploidy
le-els ranging 8rom &% to $% (see Supplemental 2a)le #)* 6n
Pennisetum species" not only does the ploidy -ary 8rom =%
to >%" )ut the )ase chromosome num)er -aries 8rom x G %"
to @" >" and $ (.artel et al*" #$$@)* 2h e genome o8 modern
sugarcane culti-ars is characteri<ed )y )oth high ploidy le-els
and aneuploidy (Gri-et and ;rruda" =11#)" two 8eatures
it shares with switchgrass* 6n addition" the high ploidy states
may pro-ide a genetic )uL erM 8or aneuploidy* Aased on the
results presented here" we recommend that , ow cytometry
always )e coupled with a method to determine chromosome
counts in a sample o8 indi-iduals 8rom the entire
range o8 genome si<es 8ound in the population under study"
as the standard practice 8or characteri<ing switchgrass and
other polyploid perennial grass culti-ars in 8uture germplasm
characteri<ation and )reeding projects*
.engga)ungkan ;rus cytometry
/itungan dengan kromosom
.eskipun penelitian ini di8okuskan secara eksklusi8 pada switchgrass "
ada kemungkinan )ahwa ndings 9 ini tidak akan menjadi unik * )anyak
rumput a)adi memiliki )e)erapa dan tinggi tingkat ploidi " untuk
.isalnya " +halaris arundinacea :* " reed canarygrass " adalah 0B
ke &B " dan ;ndropogon gerardii " )luestem )esar" memiliki ploidi
tingkat mulai dari &B ke $B ( lihat 2am)ahan 2a)el # ) * di
Spesies +ennisetum " tidak hanya ploidi )er-ariasi dari =B
ke >B " tetapi jumlah kromosom dasar )er-ariasi dari E G % "
@ " > " dan $ ( .artel et al * " #$$@) * 2h e genom modern
kulti-ar te)u ditandai dengan kedua tingkat ploidi tinggi
dan aneuploidi ( Gri-et dan ;rruda " =11# ) " dua 9tur
)er)agi dengan switchgrass * Selain itu" negara7negara ploidi tinggi
dapat mem)erikan ' penggemar genetik er ' untuk aneuploidi *
Aerdasarkan
/asil yang disajikan di sini " kami merekomendasikan )ahwa , ow
cytometry
selalu di)arengi dengan metode untuk menentukan kromosom
jumlah dalam sampel indi-idu dari seluruh yang
)er)agai ukuran genom yang ditemukan dalam populasi yang diteliti "
se)agai praktek standar untuk karakteristik dan switchgrass
polyploid kulti-ar rumput a)adi lainnya di masa depan plasma nut8ah
karakterisasi dan peternakan proyek *
+henotypic ConseHuences o8 ;neuploidy
+olyploidy and aneuploidy are usually deleterious to
animals" causing the kind o8 genomic insta)ility associated
with in8ertility" tumor 8ormation" disease suscepti)ility
and lethality (.at<ke et al*" =11?C /uettel et al*"
=11>C 2orres et al*" =11>)* /owe-er" in plants" polyploidy
is present in nearly >1F o8 all li-ing plants" and nearly
#11F o8 all plant lineages ha-e undergone a paleopolyploidy
e-ent in their history ((tto and Dhitton" =111C
Alanc and Dol8e" =110)* 3ecent studies on aneuploidy
in plants ha-e shown that it can occur without serious
detriment to the plant" and can sometimes e-en enhance
phenotypes (/enry et al*" =11%C /enry et al*" =11@C /uang
et al*" =11>)* !etection and Huanti9 cation o8 the eL ects o8
these phenomena are clearly critical to any studies o8 the
genetic )asis o8 phenotypic traits in switchgrass" as well
as its 8uture as the primary )io8eedstock 8or the )io8uels
industry* 6n a prescient comment in the germplasm registration
o8 KJ #&=% switchgrass" /enry and 2aylor (#$>$)
noted" ;pparently" )oth polyploidy and aneuploidy `
may )e present in this germplasm* 2h is -aria)ility in
chromosome num)er may account in part 8or the poor
-ia)le seed set*M ;ll aspects o8 the li8e cycle o8 switchgrass
are likely to )e aL ected )y genome si<e and structure*
Konsekuensi 8enotipik aneuploidy
+oliploidi dan aneuploidi )iasanya merusak untuk
hewan " menye)a)kan jenis ketidaksta)ilan genomik terkait
dengan in8ertilitas " pem)entukan tumor " kerentanan penyakit
dan mematikan ( .at<ke et al " =11?C * * /uettel et al "
=11>C 2orres et al " =11>) * * 5amun" dalam tanaman " poliploidi
hadir di hampir >1 F dari semua tanaman hidup " dan hampir
#11 F dari semua garis keturunan tanaman telah mengalami
paleopolyploidy a
acara dalam sejarah mereka ( (tto dan Dhitton " =111C
Alanc dan Dol8e " =110) * +enelitian ter)aru pada aneuploidy
pada tanaman telah menunjukkan )ahwa hal itu dapat terjadi tanpa serius
kerugian )agi tanaman " dan kadang7kadang )ahkan dapat meningkatkan
8enotipe ( /enry et al " =11%C * /enry et al " =11@C * /uang
et al * " =11>) * !eteksi dan Huanti9 kation dari project eL dari
8enomena ini jelas penting untuk setiap studi tentang
dasar genetik dari si8at 8enotip pada switchgrass " serta
se)agai masa depannya se)agai )io8eedstock utama untuk )io8uel
industri * !alam komentar terus mata dalam penda8taran plasma nut8ah
KJ #&=% switchgrass " /enry dan 2aylor ( #$>$)
mencatat " ' 3upanya " )aik poliploidi dan aneuploidi *** mungkin ada
dalam plasma nut8ah ini * 2h adalah -aria)ilitas dalam
jumlah kromosom dapat menjelaskan se)agian untuk orang miskin
layak set )enih * ' Semua aspek dari siklus hidup switchgrass
kemungkinan akan aL ected dengan ukuran genom dan struktur *
2he sugarcane species and hy)rid compleE (genus
Saccharum) are perhaps the most genetically compleE
crop taEa in the world* 6nterspeci9 c hy)ridi<ation" meiotic
irregularities" multiple" high ploidy le-els" aneuploidy"
and chromosomal mosaicism are characteristics
o8 this group (Aurner and :egendre" #$$?C ;ljana)i" #$$>C
Cuadrado et al*" =110)* 2h e wild species" Saccharum
spontaneum" shows the most similarities to switchgrass"
with an eEtensi-e range o8 =n chromosome num)ers (01P
#=>) and rampant aneuploidy* 6n a study o8 siE cytotypes
o8 this species" with =n G 01" 0=" 00" %0" %&" @=" considera)le
morphological -ariation was detected among them"
which was attri)uted to )oth numerical and structural
diL erences among the chromosomes (.ehra and Sood"
#$@0)* 2h is will likely )e the case with switchgrass cytotypes*
Cuadrado et al* (=110) point out that the accumulation
o8 numerical and structural chromosome changes
in sugarcane is caused )y the reliance on -egetati-e propagation"
which allows 8or a )ypass o8 the meiotic 9 lter*M
;neuploid switchgrass clones could likewise persist in
prairies -ia -igorous -egetati-e growth and e-entually
)e selected 8or )reeding programs* 2h e sugarcane geneticsT
genomics community has de-eloped a di-erse set o8
resources and complementary approaches that switchgrass
workers should emulate in molecular cytogenetics
(!V/ont" =11%)" )reeding (Aurner and :egendre" #$$0)"
tissue culture (3ajeswari et al*" =11$)" and mapping (:e
CunL et al*" =11>)* 3apid ad-ances in the )reeding o8
polyploid )io8uel 8eedstocks" )ased on the moleculargenetic
dissection o8 )iomass characteristics and yield"
will )e predicated on the continual impro-ement o8 our
understanding o8 the cytogenetics o8 these species*
Spesies te)u dan kompleks hy)rid ( genus
Saccharum ) mungkin adalah yang paling genetik kompleks
taksa tanaman di dunia* 6nterspeci9 c hi)ridisasi " meiosis
penyimpangan " multiple " tingkat ploidi tinggi " aneuploidi "
dan kromosom mosaik adalah karakteristik
kelompok ini ( Aurner dan :egendre " #$$?C ;ljana)i " #$$>C
Cuadrado et al * " =110) * 2h e spesies liar " Saccharum
spontaneum " menunjukkan paling kemiripan dengan switchgrass "
dengan )er)agai pilihan nomor kromosom =n ( 01 7
#=> ) dan aneuploidy merajalela * !alam se)uah studi dari enam
cytotypes
spesies ini " dengan =n G 01 " 0= " 00 " %0 " %& " @= " cukup
Variasi mor8ologi terdeteksi di antara mereka "
yang dikaitkan dengan )aik numerik dan struktural
per)edaan7per)edaan diL antara kromosom ( .ehra dan Sood "
#$@0)* 2h kemungkinan akan menjadi kasus dengan cytotypes
switchgrass *
Cuadrado et al * ( =110) menunjukkan )ahwa akumulasi
peru)ahan kromosom numerik dan struktural
pada tanaman te)u dise)a)kan oleh ketergantungan pada per)anyakan
-egetati8 "
yang memungkinkan untuk )ypass dari ' meiosis 9 lter * '
Klon switchgrass aneuploid juga )isa )ertahan dalam
padang rumput melalui pertum)uhan -egetati8 kuat dan akhirnya
dipilih untuk program pemuliaan * Genetika 2h e te)u T
masyarakat genomik telah mengem)angkan satu set )eragam
sum)er daya dan pendekatan pelengkap yang switchgrass
pekerja harus meniru di Sitogenetika molekuler
( !X /ont " =11%) " pemuliaan ( Aurner dan :egendre " #$$0) "
kultur jaringan ( 3ajeswari et al * " =11$ ) " dan pemetaan ( :e
CunL et al * " =11>) * Kemajuan pesat dalam pengem)ang)iakan
)ahan )aku )io8uel polyploid " )erdasarkan moleculargenetic yang
diseksi karakteristik )iomassa dan hasil "
akan didasarkan pada per)aikan terus7menerus kami
pemahaman tentang Sitogenetika spesies ini *
;cknowledgments
Flow cytometry support was pro-ided )y 3*G* Getchell" Sim Smith and
:a-anya Gowri Sayam* W* Whang and F* Vermeylen ga-e statistical ad-ice*
C* 2h omas and K* Goodwin pro-ided greenhouse support* .*;* Gore
pro-ided comments on the manuscript* De thank them 8or their contri)utions
to this research* 2h is research was 8unded )y a United States
!epartment o8 4nergy7!epartment o8 ;griculture +lant Feedstock
Genomics 8or Aioenergy +rogram grant (!47;#1=71@43&00%0)*
Ucapan 2erima Kasih
;rus cytometry dukungan telah di)erikan oleh 3*G* Getchell" Sim Smith
dan
:a-anya Gowri Sayam* W* Whang dan F* Vermeylen mem)eri nasihat
statistik*
C* 2h omas dan K* Goodwin mem)erikan dukungan rumah kaca* .*;* Gore
komentar yang di)erikan pada naskah* Kami )erterima kasih kepada
mereka atas kontri)usi mereka
penelitian ini* 2h adalah penelitian ini didanai oleh ;merika Serikat
!epartemen 4nergi7!inas +ertanian 2anaman Feedstock
Genomics +rogram Aioenergi hi)ah (!47;#1=71@43&00%0)*
3e8erences
;ljana)i" S*.* #$$>* Genetics" phylogenetics" and comparati-e genetics o8
Saccharum :*" a polysomic polyploid +oales* ;ndropogoneae* Aiotechnol*
;nnu* 3e-* 0:=>%P?#$*
;rumuganathan" K*" and 4* 4arle* #$$#* 4stimation o8 nuclear !5; content
o8 plants )y , ow cytometry* +lant .ol* Aiol* 3ep* $:=#@P==$*
Aarker" 3*4*" 3*S* /aas" 4*2* Saco)son" and S*!* Aerdahl* #$>>* 3egistration
o8 Forest)urgM switchgrass* Crop Sci* =>:#$=P#$?*
Aarker" 3*4*" 3*S* /aas" S*!* Aerdahl" and 4*2* Saco)son* #$$1* 3egistration
o8 !acotahM switchgrass* Crop Sci* ?1:##%>*
Aarkworth" .*4*" K*.* Capels" S* :ong" and .*A* +iep (ed*) =11?* .agnoliophyta:
Commelinidae (in part): +oaceae" part =* (E8ord Uni-*
+ress" 5ew Jork*
Aarnett" F*:*" and 3*F* Car-er* #$&@* .eiosis and pollen staina)ility in
switchgrass" Panicum virgatum :* Crop Sci* @:?1#P?10*
Aiosure* =1#1* +roduct !ata Sheet* ;-aila)le at https:TT)iosure7)est*
securesites*comTrpagesTcontrols*htm (-eri9 ed & (ct* =1#1)* Aiosure"
Grass Valley" C;*
Airchler" S*;* =1#1* 3e, ections on studies o8 gene eEpression in aneuploids*
Aiochem* S* 0=&:##$P#=?*
Airchler" S*;*" U* Ahadra" .*+* Ahadra" and !*:* ;uger* =11#* !osagedependent
gene regulation in multicellular eukaryotes: 6mplications
8or dosage compensation" aneuploid syndromes" and Huantitati-e
traits* !e-* Aiol* =?0:=@%P=>>*
Alanc" G*" and K*/* Dol8e* =110* Didespread paleopolyploidy in model
plant species in8erred 8rom age distri)utions o8 duplicate genes*
+lant Cell #&:#&&@P#&@>*
Arown" D*V* #$0>* ; cytological study in the Gramineae* ;m* S* Aot*
?%:?>=P?$%*
Arunken" S*5*" and S*3* 4stes* #$@%* Cytological and morphological -ariation
in Panicum virgatum :* Southwest* 5at* #$:?@$P?>%*
Aurner" !*.*" and A*:* :egendre* #$$?* Chromosome transmission and
meiotic sta)ility o8 sugarcane (Saccharum spp*) hy)rid deri-ati-es*
Crop Sci* ??:&11P&1&*
Aurner" !*.*" and A*:* :egendre* #$$0* Cytogenetic and 8ertility characteristics
o8 elite sugarcane* Sugar Cane #:&P#1*
Auttel" 6*" ;* Fechter" and .* Schwa)* =110* Common 8ragile sites and
cancer: 2argeted cloning )y insertional mutagenesis* ;nn* 5* J*
;cad* Sci* #1=>:#0P=@*
Casler" .*!*" K*+* Vogel" and ;*C* Aeal* =11&* 3egistration o8 DS0U and
DS>U switchgrass germplasms* Crop Sci* 0&:$$>P$$$*
Casler" .*!*" K*+* Vogel" C*.* 2alia8erro" 5*S* 4hlke" S*!* Aerdahl" 4*C*
Arummer" 3*:* Kallen)ach" C*+* Dest" and 3*A* .itchell* =11@*
:atitudinal and longitudinal adaptation o8 switchgrass populations*
Crop Sci* 0@:==0$P==&1*
Casper" ;*.*" +* 5ghiem" .*F* ;rlt" and 2*D* Glo-er* =11=* ;23 regulates
8ragile site sta)ility* Cell ###:@@$P@>$*
Church" G*:* #$01* CytotaEonomic studies in the Gramineae Spartina"
;ndropogon" and +anicum* ;m* S* Aot* =@:=&?P=@#*
CoL ee" A*" F* Whang" S* Ceman" S*2* Darren" and !* 3eines* =11=* /istone
modi9 cations depict an a)errantly heterochromatini<ed F.3# gene
in 8ragile E syndrome* ;m* S* /um* Genet* @#:$=?P$?=*
Cuadrado" ;*" 3* ;ce-edo" S* .oreno !ia< de la 4spina" 5* Sou-e" and C*
de la 2orre* =110* Genome remodelling in three modern S. o- cinarum
E S. spontaneum sugarcane culti-ars* S* 4Ep* Aot* %%:>0@P>%0*
!V/ont" ;* =11%* Unra-eling the genome structure o8 polyploids using
F6S/ and G6S/C eEamples o8 sugarcane and )anana* Cytogenet*
Genome 3es* #1$:=@P??*
!arlington" C*!* #$%&* Chromosome )otany* George ;llen a Unwin
:td" :ondon*
Fodde" 3*" and 3* Smits* =11=* Cancer )iology* ; matter o8 dosage* Science
=$>:@&#P@&?*
Gaut" A* =11#* +atterns o8 chromosomal duplication in mai<e and their
implications 8or comparati-e maps o8 the grasses* Genome 3es*
##:%%*
Gericke" G*S* #$$$* Chromosomal 8ragility may )e indicati-e o8 altered
higher7order !5; organi<ation as the underlying genetic diathesis
in compleE neuro)eha-ioural disorders* .ed* /ypoth* %=:=1#P=1>*
Gerlach" D*:*" and S*3* Aed)rook* #$@$* Cloning and chracteri<ation o8
ri)osomal 35; genes 8rom wheat and )arley* 5ucleic ;cids 3es*
@:#>&$P#>>%*
Gri^ n" !*K* #$$&* 2h e incidence" origin" and etiology o8 aneuploidy* 6nt*
3e-* Cytol* #&@:=&?P=$&*
Gri-et" :*" and +* ;rruda* =11#* Sugarcane genomics: !epicting the compleE
genome o8 an important tropical crop* Curr* (pin* +lant Aiol*
%:#==P#=@*
/egarty" .*S*" G*:* Aarker" ;*C* Arennan" K*S* 4dwards" 3*S* ;))ott" and
S*S* /iscock* =11>* Changes to gene eEpression associated with hy)rid
speciation in plants: Further insights 8rom transcriptomic studies in
Senecio* +hilos* 2rans* 3* Soc* :ond* A Aiol* Sci* ?&?:?1%%P?1&$*
/egarty" .*" and S* /iscock* =11@* +olyploidy: !ou)ling up 8or e-olutionary
success* Curr* Aiol* #@:3$=@P3$=$*
/enry" 6*.*" A*+* !ilkes" and :* Comai* =11@* Genetic )asis 8or dosage
sensiti-ity in ,rabidopsis thaliana* +:oS Genet* ?:%$?P&1=*
/enry" 6*.*" A*+* !ilkes" K* Joung" A* Datson" /* Du" and :* Comai*
=11%* ;neuploidy and genetic -ariation in the ,rabidopsis thaliana
triploid response* Genetics #@1:#$@$P#$>>*
/enry" !*S*" and 2*/* 2aylor* #$>$* 3egistration o8 KJ #&=% switchgrass
germplasm* Crop Sci* =$:#1$&*
/opkins" ;*;*" C*.* 2alia8erro" C*!* .urphy" and !*;* Christian* #$$&*
Chromosome num)er and nuclear !5; content o8 se-eral switchgrass
populations* Crop Sci* ?&:##$=P##$%*
/uang" S*" :* .a" F* Jang" S*W* Fei" and :* :i* =11>* 0%S r!5; regions are
chromosome 8ragile sites eEpressed as gaps in -itro on metaphase
chromosomes o8 root7tip meristematic cells in :olium spp* +:oS
(ne ?:e=#&@*
/uettel" A*" !*+* Kreil" .* .at<ke" and ;*S*.* .at<ke* =11>* 4L ects o8
aneuploidy on genome structure" eEpression" and interphase organi<ation
in ,rabidopsis thaliana* +:oS Genet* 0:#P#?*
/ultHuist" S*S*" K*+* Vogel" !*S* :ee" K* ;rumuganathan" and S* Kaeppler*
#$$&* Chloroplast !5; and nuclear !5; content -ariations
among culti-ars o8 switchgrass" Panicum virgatum :* Crop Sci*
?&:#10$P#1%=*
/uskins" C*:*" and S*G* Smith* #$?=* ; cytological study o8 the genus
Sorghum +ers* 6* 2h e somatic chromosomes* S* Genet* =%:=0#P=0$*
:aird" C*" 4* SaL e" G* Karpen" .* :am)" and 3* 5elson* #$>@* Fragile sites
in human chromosomes as regions o8 late7replicating !5;* 2rends
Genet* ?:=@0P=>#*
:arkin" +*S*" and D*3* Scowcro8t * #$>#* Somaclonal -ariationPa no-el
source o8 -aria)ility 8rom cell cultures 8or plant impro-ement*
2h eor* ;ppl* Genet* &1:#$@P=#0*
:a-ania" U*C* #$>@* Chromosomal insta)ility in lemon grass" )ymbopogon
f exuosus (Steudel) Dats* Genetica (2h e /ague) @=:=##P=#%*
:e CunL " :*" (* Garsmeur" :*.* 3a)oin" S* +auHuet" /* 2elismart" ;*
Sel-i" :* Gri-et" 3* +hilippe" !* Aegum" .* !eu" :* Costet" 3* Ding"
S*C* Glas<mann" and ;* !V/ont* =11>* !iploidTpolyploid syntenic
shuttle mapping and haplotype7speci9 c chromosome walking
toward a rust resistance gene (Aru#) in highly polyploid sugarcane
(=n_#=E_##%)* Genetics #>1:&0$P&&1*
:i" W*7y*" and B*7h* Ge* =11@* UniHue chromosome )eha-ior and genetic
control in Arassica E (rychophragmus wide hy)rids: ; re-iew* +lant
Cell 3ep* =&:@1#P@#1*
:u" K*" S*D* Kaeppler" K* Vogel" K* ;rumuganathan" and !*S* :ee* #$$>*
5uclear !5; content and chromosome num)ers in switchgrass*
Great +lains 3es* >:=&$P=>1*
.artel" 4*" !* !e 5ay" S* Siljak7Jako-le-" S* Arown" and ;* Sarr* #$$@*
Genome si<e -ariation and )asic chromosome num)er in +earl millet
and 8ourteen related Pennisetum species* S* /ered* >>:#?$P#0?*
.artine<73eyna" S*.*" and K*+* Vogel* =11=* 6ncompati)ility systems in
switchgrass* Crop Sci* 0=:#>11P#>1%*
.at<ke" .*" .* Florian .ette" 2* Kanno" and ;* .at<ke* =11?* !oes the
intrinsic insta)ility o8 aneuploid genomes ha-e a causal role in cancerI
2rends Genet* #$:=%?P=%&*
.at<ke" .*" (* Scheid" and ;* .at<ke* #$$$* 3apid structural and epigenetic
changes in polyploid and aneuploid genomes* Aioessays
=#:@&#P@&@*
.c:aughlin" S*A*" and :*;* Ks<os* =11%* !e-elopment o8 switchgrass
(Panicum virgatum) as a )ioenergy 8eedstock in the United States*
Aiomass Aioenergy =>:%#%P%?%*
.c.illan" C*" and S* Deiler* #$%$* Cytogeography o8 Panicum virgatum in
central 5orth ;merica* ;m* S* Aot* 0&:%$1P%$?*
.ehra" +*5*" and (*+* Sood* #$@0* Floating chromosomal populations in
Saccharum spontaneum :* Cytologia (2okyo) ?$:&>#P&$&*
.yers" D*.*" and /*!* /ill* #$01* Studies o8 chromosomal association
and )eha-ior and occurrence o8 aneuploidy in autotetraploid grass
species" orchard grass" tall oat grass" and crested wheatgrass* Aot*
Ga<* #1=:=?&P=%%*
5arasimhamoorthy" A*" .*C* Saha" 2* Swaller" and S*/* Aouton* =11>*
Genetic di-ersity in switchgrass collections assessed )y 4S27SS3
markers* Aioenergy 3es* #:#?&P#0&*
5ielsen" 4*:* #$00* ;nalysis o8 -ariation in Panicum virgatum* S* ;gric*
3es* &$:?=@P?%?*
5ielsen" 4*:* #$&>* 6ntraplant morphological -ariations in grasses* ;m* S*
Aot* %%:##&P#==*
(tto" S*+*" and S* Dhitton* =111* +olyploid incidence and e-olution*
;nnu* 3e-* Genet* ?0:01#P0?@*
+orter" C*:* #$&&* ;n analysis o8 -ariation )etween upland and lowland
switchgrass" Panicum virgatum :*" in central (klahoma* 4cology
0@:$>1P$$=*
3ajeswari" S*" S* 2h irugnanakumar" ;* ;nandan" and .* Krishnamurthi*
=11$* Somaclonal -ariation in sugarcane through tissue culture and
e-aluation 8or Huantitati-e and Huality traits* 4uphytica #&>:@#P>1*
3amsey" S*" and !* Schemske* #$$>* +athways" mechanisms" and rates
o8 polyploid 8ormation in , owering plants* ;nnu* 3e-* 4col* Syst*
=$:0&@P%1#*
3as)and" D*S* =11$* 6mageS* ;-aila)le at http:TTrs)*in8o*nih*go-TijT (-eri9
ed #? (ct* =1#1)* U*S* 5ational 6nstitutes o8 /ealth" Aethesda" .!*
3iley" 3*!*" and K*+* Vogel* #$>=* Chromosome num)ers o8 released culti-ars
o8 switchgrass" indiangrass" )ig )luestem" and sand )luestem*
Crop Sci* ==:#1>=P#1>?*
Sachs" :* #$%=* Chromosome mosaics in eEperimental amphiploids in the
#riticinae* /eredity &:#%@P#@1*
S;S 6nstitute* =11=* S;S 8or Dindows* S;S 6nst*" Cary 5C*
Sipic<ki" .* =11>* 6nterspecies hy)ridi<ation and recom)ination in Saccharomyces
wine yeasts* F4.S Jeast 3es* >:$$&P#11@*
So)el" S*.*" G*F* Chen" :*3* Datt" and !*D* Schemske* =1#1* 2h e )iology
o8 speciation* 4-olution 6nt* S* (rg* 4-olution &0:=$%P?#%*
2h omas" /*" and D*2*/* +eregrine* #$&0* Chromosome mosaics in synthetic
amphiploids in the ;-enae* Chromosoma #%:#=?P#?#*
2orres" 4*.*" A*3* Dilliams" and ;* ;mon* =11>* ;neuploidy: Cells losing
their )alance* Genetics #@$:@?@P@0&*
2urhollow" ;*F*" S*/* Cushman" and S*D* Sohnston* #$>>* /er)aceous
4nergy Crops +rogram: ;nnual progress report 8or FJ #$>>* (ak
3idge 5ational :a)oratoryP&&?$* (ak 3idge 5ational :a)*" (ak
3idge" 25*
Dang" J*/* =11&* Chromatin structure o8 human chromosomal 8ragile
sites* Cancer :ett* =?=:@1P@>*
Datana)e" J* #$&=* Chromosome7mosaics o)ser-ed in a -ariety o8 wheat"
Shirahada*M Spn* S* Genet* ?@:#$0P=1&*
Dright" K*.*" S*C* +ires" and ;* .adlung* =11$* .itotic insta)ility in
resynthesi<ed and natural polyploids o8 the genus ,rabidopsis (Arassicaceae)*
;m* S* Aot* $&:#&%&P#&&0*
Dullschleger" S*!*" .*;* Sanderson" S*A* .c:aughlin" !*+* Airadar" and
;*:* 3ay)urn* #$$&* +hotosynthetic rates and ploidy le-els among
populations o8 switchgrass* Crop Sci* ?&:?1&P?#=*
Whang" +*" A* Frie)e" ;*S* :ukas<ewski" and A*S* Gill* =11#* 2h e centromere
structure in 3o)ertsonian wheat7rye translocation chromosomes
indicates that centric )reakage78usion can occur at diL erent positions
within the primary constriction* Chromosoma ##1:??%P?00*